一起养老院急性胃肠炎疫情的病原学分析

目的明确一起养老院感染性腹泻疫情的病原体及其基因型别。方法通过流行病学调查,查明罹患率。对发病老人和部分工作人员进行肛拭子采样,采用细菌培养检测常规肠道致病菌,应用胶体金法检测轮状病毒,采用实时荧光定量RT-PCR进行诺如病毒核酸检测,应用常规RT-PCR扩增部分NoV阳性株衣壳蛋白的N/S区,PCR产物纯化回收、测序,利用Clustal X、MEGA4.1软件分析其基因序列。结果 21份病例及工作人员肛拭子样本,肠道致病菌和轮状病毒均为阴性,19份样本诺如病毒核酸阳性,毒株排除重组株的可能,测序样本均属GⅡ.4型诺如病毒,其与Hu/NSW696T/2006/AUS（EF684915）的同源性高达99%。结论经诺如病毒核酸序列分析,该疫情是一起由GⅡ.4-2006b型诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发。     

常州市武进区某学校一起诺如病毒GⅡ型胃肠炎暴发疫情调查分析

目的调查分析某学校一起诺如病毒GⅡ型胃肠炎暴发疫情,探讨疫情暴发的原因、传播途径及危险因素,为有效控制同类胃肠道暴发疫情提供依据和参考经验。方法采用现场流行病学调查方法,开展病例个案调查和统计分析,采集病例和对照肛拭子样本进行肠道病毒核酸检测。结果 2019年12月12～19日,累计搜索到185例病例,罹患率为3.84%(185/4 822);病例分布在七、八、九年级,罹患率分别为5.38%(31/576)、18.71%(104/556)、9.06%(50/552),年级间罹患率差异有统计学意义(χ~2=54.47,P0.05)。教学楼1～5层学生罹患率分别为2.17%(5/230)、7.51%(26/346)、15.77%(53/336)、17.11%(65/380)、6.38%(25/392),不同楼层间罹患率差异有统计学意义(χ~2=55.66,P0.05)。采集12份病例、10份学生对照及10份食堂工作人员对照的肛拭子样本,检测结果为9份病例样本诺如病毒GⅡ型阳性,1份食堂工作人员诺如病毒GⅡ型阳性,其余样本均为阴性。结论此次暴发疫情为一起由诺如病毒GⅡ型引起的胃肠炎暴发疫情,学生间密切接触为主要的传播方式,食堂工作人员隐性感染可能与此次疫情有关。     

1起学校诺如病毒急性胃肠炎暴发的病原学检测

目的 对1起学校急性胃肠炎暴发疫情进行病原学检测分析。方法 对该学校暴发疫情的急性胃肠炎病例、厨房工作人员及病例对照采集肛拭子标本,提取核酸RNA,应用实时荧光RT-PCR试剂盒进行诺如病毒、札如病毒、轮状病毒、腺病毒、星状病毒检测,对阳性标本进行核衣壳编码区RT-PCR扩增、序列测定和系统进化分析。结果 21份患者肛拭样本中有16份GII型诺如病毒实时荧光RT-PCR阳性;所有标本的札如病毒、轮状病毒、腺病毒、星状病毒检测阴性。14份诺如病毒核酸阳性标本获得321bp目标片段序列,彼此间核苷酸相似性100%,提示同一来源;GenBank的BLAST结果显示,本次诺如病毒疫情毒株与GⅡ.2的参考株AY134748(Snowmoutain/1976/US)、X81879 (Melksham/1989)同源性最高,进化树上处于同一进化分支,属于GⅡ.2群。结论 该起学校急性胃肠炎暴发疫情是由诺如病毒GⅡ.2感染所致。     

云南省某中学一起诺如病毒暴发疫情的病原鉴定和基因特征分析

目的明确2022年云南省某中学一起急性肠胃炎暴发疫情的病原和基因特征。方法采集这起暴发疫情中的学生和厨工病例的肛拭子, 使用诺如病毒GⅠ/GⅡ双通道核酸检测试剂盒定性检测。GⅠ和GⅡ阳性的样本分别采用引物G1SKF/G1SKR和MON431/G2SKR进行病毒扩增和测序, 通过在线分型工具及系统进化分析确定病毒基因型别。结果共采集58份肛拭子, 实验室检测阳性率为53.45%(31/58)。其中, GⅠ阳性样本22份, GⅡ阳性样本14份, GⅠ和GⅡ合并感染样本5份。31份阳性样本基因测序获得毒株序列22株, 包括诺如病毒GⅠ型15株, 其中GⅠ.6[P6]型9株、GⅠ6.[P11]型6株;诺如病毒GⅡ.4[P16]型7株。结论本起疫情由诺如病毒GⅠ.6[P6]型、GⅠ.6[P11]型和GⅡ.4[P16]型混合感染引起, 这是云南省首次在诺如病毒暴发疫情中检出GⅠ型。     

一起游学团诺如病毒感染性腹泻暴发疫情的流行病学调查

目的 探索游学团诺如病毒胃肠炎暴发疫情流行病学特征,采取针对性管控措施,避免疫情扩散及类似事件的再次发生。方法 依照病例定义开展病例搜索,利用问卷星开展个案调查及病例对照研究,采集呕吐物、肛拭子及食品等样本进行实时荧光定量PCR检测确定病原。结果 该起疫情共发现135例疑似病例,发病时间集中,临床表现以恶心、呕吐、腹痛、腹泻为主。27份标本(20份人员生物样本,3份水样本及4份环境涂抹样)诺如病毒核酸检测阳性。所有患者均有2020年11月17日午餐在某酒店共同聚餐史,共同就餐点餐饮店有3名从业人员肛拭子诺如病毒核酸阳性,使用被污染的露天井水清洗菜品及餐具可能是导致本次诺如病毒感染性腹泻暴发疫情的主要原因。结论 本次事件是一起因共同饮食暴露由诺如病毒引起的感染性腹泻暴发疫情。     

一起诺如病毒急性胃肠炎暴发疫情调查分析

目的对湖北省某小学发生的一起腹泻暴发疫情进行调查和分析。方法采用现场流行病学方法调查病例发生情况和可疑传播因素。采用RT-PCR法对人体和环境标本进行检测。结果本次疫情从2017年3月9日开始至3月16日结束,共发现26例病例,均为在校师生,罹患率为1.20%。调查共采集到31份肛拭子样本和3份呕吐物标本,采用荧光定量RT-PCR法进行实验室检测,结果显示为10份肛拭子诺如病毒GⅡ型阳性;采集饮水机桶装水和食堂留样食品未检出诺如病毒核酸和致病菌。疫情特点符合经接触传播传染病特征。结论本次疫情为一起由诺如病毒引起的腹泻暴发,可疑传染源为首发病例,传播模式主要为接触传播。     

一起老年公寓诺如病毒感染引发胃肠炎疫情的检测与分析

目的对某社会福利院老年公寓发生的一起急性老人群体性肠胃炎疫情中采集的标本采用实时荧光PCR方法（RT-PCR）进行诺如病毒核酸检测。方法采集该老年公寓患病老人、护理人员的肛拭子共8份。结果本次疫情中,在5份患病老人和2份护理人员的肛拭子标本中检出诺如病毒Ⅱ型（GⅡ）。结论本次疫情爆发蔓延可能是由于带病上班的工作人员在护理和分发餐点过程中将诺如病毒传染给老人并引起交叉感染所致。     

一起急性胃肠炎聚集性疫情的病原学诊断及基因型分析

目的 了解合肥市某工地一起急性胃肠炎聚集性疫情的病原及其基因型。方法 采用实时荧光PCR方法对16份肛拭子标本和7份水样标本进行诺如病毒、札如病毒和星状病毒核酸筛查,对诺如病毒核酸阳性标本采用RT-PCR扩增Rd Rp-VP1区基因,并进行基因序列测定,在线比对确定病毒基因亚型,运用MEGA软件构建基因进化树,进行基因比对和进化分析。结果 14份肛拭子和2份水样标本诺如病毒核酸阳性,札如病毒和星状病毒核酸均阴性,获得9条诺如病毒Rd Rp-VP1区基因序列,均为GⅡ. P17-GⅡ. 17型。结论 这是一起因饮用水污染GⅡ. P17-GⅡ. 17型诺如病毒引发的急性胃肠炎暴发疫情。     

一起厨工污染食物引起GⅡ.17型诺如病毒暴发疫情调查

目的调查珠海市某中学一起急性胃肠炎暴发疫情原因。方法开展病例搜索,用描述性流行病学和病例对照研究进行分析。采集样本用多重RT-PCR检测诺如病毒核酸、测定核苷酸序列。结果该校共发生诺如病毒感染性腹泻51例(学生49例、厨工2例),罹患率12.3%(51/416);主要症状为腹痛、恶心、呕吐、腹泻和发热,症状均较轻,呈自限性,病例无班级和宿舍聚集性,无重症病例;食堂就餐是危险因素(OR=8.46);39份标本(病例及厨工肛拭子、食堂食物留样、厨房自来水及学校直饮水)中,有31份检出诺如病毒核酸阳性(GⅡ.17基因型),证实疫情是由GⅡ.17诺如病毒引起急性胃肠炎暴发,污染食物是主要原因。结论冬春季是诺如病毒感染高发季节,学校是发生疫情的主要场所,污染食物是引起暴发的主要原因之一。应开展针对性健康教育,加强食堂监督管理,定期开展体检,杜绝从业人员带病上岗;疫情暴发流行期要加强外环境消毒,及时控制疫情。     

成都市某寄宿制中学诺如病毒暴发疫情调查

目的探明诺如病毒暴发疫情的原因,为类似疫情的防控提供科学依据。方法 2019-04对成都市某中学按照病例定义开展诺如病毒暴发疫情病例搜索,用描述性流行病学和病例对照研究进行分析,采集标本使用荧光定量PCR检测诺如病毒,不同组别罹患率采用χ~2检验进行分析。结果本次疫情累计病例41例(20例疑似病例,16例临床确诊病例,5例实验室确诊病例),均为学生,罹患率1.62%(41/2 530),主要临床症状为腹泻和呕吐,疫情历时9.5 d,男性罹患率高于女性罹患率(χ~2=5.54,P0.05),初一年级罹患率高于其他年级(χ~2=55.89,P0.01),病例对照研究表明16日晚餐中的凉拌莴笋叶增加发病风险(OR=7.0,95%CI:1.1～58.1),该菜品由感染诺如病毒的厨师制作。可疑暴露餐次前有5名学生发病,其中1例为确诊病例。实验室检测结果显示6份病例肛拭子中检出诺如病毒GⅡ核酸阳性4份,15份厨师肛拭子中检出诺如病毒GⅡ核酸阳性1份。结论这起诺如病毒GⅡ型暴发疫情是2起不同传播方式的疫情同时段发生形成的,传播方式分别是人传人传播方式和经食物传播方式。     

北京市东城区一起GⅠ型诺如病毒感染暴发疫情的调查报告

目的 通过对某小学（以下称F小学）一起GⅠ型诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发疫情进行调查和分析,为有效控制学校内发生的急性胃肠炎暴发疫情提供科学依据和经验借鉴。方法 采用现场流行病学调查方法,对F小学的急性胃肠炎暴发疫情中病例进行个案调查,采集病例和餐饮人员样本和环境样本,采用实时荧光PCR方法检测肠道病毒核酸。结果 2018年10月19 - 22日,F小学共报告急性胃肠炎病例145例,罹患率为21.77%。采集呕吐物及粪便标本29份,采集环境涂抹标本10份, 经检测9份粪便标本和2份涂抹标本为GⅠ型诺如病毒病毒核酸阳性。结论 此次疫情为一起由GⅠ型诺如病毒引起的小学生急性胃肠炎暴发疫情,餐饮人员隐性感染可能与本次疫情有关。     

广西靖西县2008—2009年中小学校乙型流感暴发疫情调查

目的分析广西壮族自治区百色市靖西县2008—2009年中小学校乙型流感疫情暴发的原因以及流行病学特征,为制定乙型流感防控措施提供科学依据。方法采用现场流行病学调查分析方法 ,对病例进行个案调查核实,采集患者咽拭子标本采用RT-PCR方法进行流感病毒核酸检测。结果 2008—2009年靖西县7个乡镇9所中小学校发生流感暴发流行,发病491例,发病主要以学校学生为主,占81.47%(400/491),学生中又以小学生发病居多,占60.90%(299/491),初中生、学龄前儿童和散居儿童发病也较多,成年人发病较少。52份咽拭子标本中有40份检出乙型流感病毒核酸阳性。结论该区流感暴发流行为乙型流感病毒所致,加强学校学生重点人群健康教育为主的防控措施对于控制疫情具有重要作用。     

一起诺如病毒感染引起的职业学校暴发疫情分析

目的 分析南京市一起职业学校诺如病毒感染暴发疫情特征,探讨调查处置经验。方法 通过现场流行病学方法搜集信息,应用描述性流行病学方法分析疫情流行病学特征,采集疑似病例及无症状人员肛拭子、环境、食物标本,进行病原学检测。结果 搜索到疑似病例96例,其中确定临床诊断病例90例,确诊病例6例,全校患病率为9.50%(96/1 010)。男生患病率为18.60%,高于女生的9.05%(χ2=7.947,P＜0.01)。寄宿生患病率为11.10%,高于走读生的4.79%(χ2=6.061,P＜0.05)。疑似病例诺如病毒核酸检测阳性率22.22%(6/27),无症状人员阳性率12.20%(5/41),二者差异无统计学意义(χ2=1.207,P=0.324)。4名食堂无症状感染员工于首次检测诺如病毒GⅡ型阳性1周后(4月15日)再次采集肛拭子进行核酸检测,仍有2人为GⅡ型诺如病毒阳性,副溶血性弧菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌和志贺氏菌4种致病均未检出。结论 该起事件可能是由GⅡ型诺如病毒引起的校园急性胃肠炎暴发疫情,应加强无症状感染者携带诺如病毒的监测。     

一起酒店诺如病毒引起感染性腹泻的流行病学调查

目的分析一起酒店聚餐引发的感染性腹泻暴发的原因及疫情的流行病学特征,为今后预防和控制此类事件的发生提供科学依据。方法以现场流行病学调查为依托,采用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术开展诺如病毒核酸检测。结果该起感染性腹泻事件发病人数82人,罹患率为0.82%。采集腹泻患者粪便样本24份,RT-PCR核酸检测阳性7份;酒店剩余食物及环境相关样本21份均为阴性。结论经过现场流行病学调查及实验室检测结果,该事件为一起诺如病毒感染引起的腹泻暴发。     

广东省某农村学校因生活用井水被GⅡ-4型诺如病毒污染引起胃肠炎暴发调查

目的通过对1起农村学校诺如病毒感染引起的胃肠炎暴发调查,分析感染传播途径,为农村及集体单位饮用水管理提供依据。方法采用主动搜索、问卷调查等方法对2009年9月广东省某农村中学急性胃肠炎暴发进行调查,采用描述性流行病学方法进行分析;采集病例肛拭子、井水及自来水用RT-PCR方法进行诺如病毒核酸检测和测序分析。结果广东省某农村学校胃肠炎暴发的指示病例发病时间为2009年9月4日,疫情历时8d,共搜索到病例108例,罹患率1.8%(108/5854);病例以学生为主(占85.2%,92/108),另有15名教师及1名校门卫发病;临床症状主要表现为腹泻(99.1%,107/108)、腹痛(82.4%,89/108)和呕吐(72.2%,78/108),82名病例病程中位数2d(P25～P75为2～3d),无住院病例;病例在班级及宿舍分布未见明显空间聚集性;学生是否在学生食堂就餐罹患率分别为1.7%(90/5418)、3.0%(2/66),教师是否在教师食堂就餐罹患率分别为7.7%(11/143)、3.5%(5/142),学生及教师有无在学校就餐罹患率差异无统计学意义(χ2=0.1、1.6,P﹥0.05);生活使用井水人群罹患率(2.0%,47/2324)是使用自来水人群罹患率(1.0%,14/1367)的2倍(RR=2.0,95%CI1.1～3.6)。采集9份现症病例肛拭子标本进行诺如病毒核酸RT-PCR检测,6份标本呈阳性;采集消毒前井水及井水末梢水各1份和自来水1份,其中2份井水诺如病毒核酸检测均呈阳性,自来水诺如病毒核酸检测为阴性。选取3份肛拭子阳性标本和1份井水进行序列测定,4份标本核酸相似性为100%,经与GenBank进行BLAST比较属于诺如病毒GⅡ-4群。结论广东省某农村学校发生1起GⅡ-4型诺如病毒感染的胃肠炎暴发,主要传播途径是因生活使用的井水受到诺如病毒污染,加强农村及集体单位饮用水管理是当前各级政府及相关部门重中之重工作。     

一起诺如病毒感染性腹泻暴发流行病学分析

目的了解某中学诺如病毒感染性腹泻暴发的特点和流行原因,探索暴发疫情调查处理的经验。方法按照病例定义开展病例搜索,采用描述性流行病学和回顾性队列研究方法进行分析,样本采用RT-PCR方法检测诺如病毒核酸。结果2011年2月14日至2月19日,该校共发生诺如病毒感染性腹泻478例,罹患率为6.72%(478/7 113);2月16日为发病高峰;病例主要集中在初三和高二两个年级;单独在第一食堂就餐师生的罹患率为4.09%(46/1 124),单独在第二食堂就餐师生的罹患率为4.86%(61/1 256),单独在两个食堂就餐师生的罹患率差异无统计学意义;采集患者肛拭子15份,诺如病毒RT-PCR检测阳性8份。结论这是一起由诺如病毒感染所致的感染性腹泻暴发疫情,供水系统受到一过性污染是本起疫情的主要传播途径。     

一起高校二次供水被GⅡ.17型诺如病毒污染所致的急性胃肠炎暴发调查

目的 查明2017年湖北省某高校急性胃肠炎暴发疫情的致病因子、传播途径、危险因素。 方法 根据病例定义开展搜索、个案调查,对危险因素进行回顾性队列研究和病例对照研究,对供水系统进行现场调查,采集标本开展诺如病毒核酸检测。 结果 2017年5月1-12日,共搜索到病例80例,91.3%(73/80)病例来自该校S学院,S学院罹患率为4.5%(73/1 612)。5月1-8日, S学院学生和教职工中到过实验楼者、未到实验楼者发病率分别为5.4%(73/1 354)和0%(0/258),差异有统计学意义(χ²=14.570,P=0.000);曾在实验楼洗水果吃的发病风险是未暴露组的7.1倍(95%CI:2.74~18.42)。10份病例标本、1份二次供水顶层水箱水样、3份实验室的末梢水样、2份实验室水龙头物表涂抹样本均检出诺如病毒GⅡ.17型核酸阳性。 结论 本次急性胃肠炎暴发因二次供水被诺如病毒GⅡ.17污染所导致,建议加强学校二次供水卫生学监管力度。     

浙江省2008-2009年三起诺如病毒胃肠炎暴发的病原分子特征分析

目的 分析浙江省3起病毒性胃肠炎暴发疫情的诺如病毒分子特征.方法 收集监测期间病毒性胃肠炎暴发疫情患者的粪便标本,采用荧光定量RT-PCR方法检测诺如病毒,并选择部分阳性标本扩增部分多聚酶区(RdRp)和衣壳蛋白区,同时采用3′RACE(rapidamplification of cDNA 3′ends)扩增诺如病毒基因组3′末端,获得完整的开放读码框架(ORF)2和ORF3序列.结果 3起暴发疫情共检测标本62份,诺如病毒阳性41份,其中诺如病毒Ⅰ(G Ⅰ)基因组阳性27例,Ⅱ基因组(GⅡ)阳性9例,G Ⅰ+GⅡ阳性5例.结果 显示,引起浙江省2008-2009年3起病毒性胃肠炎暴发疫情的诺如病毒具有病毒基因型的多样性,包括G Ⅰ.8、GⅡ.b、GⅠ.2与GⅠ.6重组株、GⅠ.8和GⅡ-b混合感染.结论 诺如病毒是浙江省病毒性腹泻暴发疫情的重要病原体,呈现出病毒基因型的多样性,并在省内首次检测到诺如病毒的重组和混合感染毒株.

Abstract：

Objective To study the molecular characteristic of norovirus in 3 outbreaks of gastroenteritis in Zhejiang province. Methods During January 2008 and December 2009, fecal specimens of patients were collected from 3 outbreaks of acute viral gastroenteritis. Noroviruses were detected by Real-time RT-PCR. Part of the positive samples were randomly selected and detected by RT-PCR. PCR products were sequenced. Sequence analysis was undertaken based on partial sequence of RNA dependent RNA polymerase(RdRp)and capsid protein gene. Some positive samples were amplified by 3' RACE(rapid amplification of cDNA 3' ends), 3200 bp in length. The exact whole ORF2, ORF3 and 3' untranslation regions(UTR)gene of norovims were identified. Results There were in total 3 outbreaks of viral gastroenteritis caused by norovirus being reported. A total of 62 stools were obtained from cases with acute gastroentefitis. Noroviruses were detected in 41 cases including 27 strains of genogroup Ⅰ norovirus and 9 strains of genogroup Ⅱ norovirus, 5 strains of genogroup Ⅰ + Ⅱ norovirus. Four genotypes including G Ⅰ .8, G Ⅱ .b, G Ⅰ .2/0 Ⅰ .6 recombination together with co-infection of G Ⅰ .8 and G Ⅱ .b were detected. Conclusion Norovirus was confirmed as the major cause of outbreaks of viral gastroenteritis in Zhejiang province and multiple genotype of norovirus were identified from the outbreaks. It was the first time to have found a recombinant of G Ⅰ .6 capsid and G Ⅰ .2 polymerase norovims as well as the co-infection of G Ⅰ .8 and G Ⅱ .b norovirus in the same sample.