模拟失重下空间诱变菌感染巨噬细胞炎症相关microRNAs的筛选及生物信息学分析

目的探索模拟失重下空间诱变大肠杆菌(T1-13)感染巨噬细胞RAW264.7后差异表达的microRNAs(miRNAs)及其意义。方法采用第二代测序技术检测模拟失重染菌组与对照组巨噬细胞miRNAs差异表达,通过生物信息学预测差异miRNAs的靶基因,并对靶基因进行GO功能富集分析、KEGG信号通路分析以及STRING蛋白互作分析。结果模拟失重染菌组与对照组间筛选出33个差异miRNAs,下调23个,上调10个。这些miRNAs互补结合的靶基因参与了MAPK通路、WNT通路、轴突导向以及TGF-β等信号通路,其中关键下调的靶基因是MAPK9,MAPK14,MAP3K7,MAP3K14,PIK3CA,PIK3CB,PIK3CD,MYC,JUN,SMAD4;关键上调的靶基因是AKT3,MAPK8,MAPK9,MAPK10,MAP2K1,PIK3CD。结论模拟失重下空间诱变大肠杆菌感染巨噬细胞后miRNAs表达出现显著差异,这些miRNAs可能通过调控MAPK,WNT以及TGF-β等通路参与失重条件下炎症反应的发生。     

房颤射频消融对冠状窦血miRNA表达的影响

目的 探讨房颤射频消融手术(RFA)对房颤患者冠状窦血miRNAs表达的影响,以揭示房颤发生发展的机制并寻找可能的miRNAs干预靶点.方法 选择30例行房颤射频消融术的患者(阵发性、持续性和永久性房颤各10例),以同期10例健康体检者作为正常对照组.射频消融术前分别取冠状窦血和外周血,术后3个月取外周血,应用miRNAs芯片进行全基因组miRNAs表达谱微阵列分析,Real-time PCR对冠状窦血差异表达的主要调控miRNAs结果进行验证,通过mirbase、miranda、targetscan数据库进行靶基因分析,并对重要miRNAs进行双荧光素酶结合实验,分析验证靶基因.结果 房颤患者术前冠状窦血与自身外周血比较,共有142种miRNAs表达存在显著差异,其中6种表达上调,8种表达下调(P＜0.05).射频消融术后外周血再与自身术前外周血比较,术前上调的6种miRNAs中,分别有3种表达上调和下调,其中miR-1266下调-204.17倍,术前下调的8种miRNAs中,术后7种继续下调,其中miR-3664-5p下调-44.66倍,仅miR-574-3p上调5.25倍.荧光素酶结合实验证实SCN5A是miR-1266的直接靶基因,而CACNA1C是miR-4279的直接靶基因.结论 冠状窦血miRNAs的表达差异能直接反映房颤发作时心肌miRNAs的调控状况.房颤射频消融手术逆转或改变了术前冠状窦血显著改变的miRNAs表达异常.手术前后表达差异幅度较大和同时调控多个离子通道蛋白的miRNAs如miR-1266有可能成为未来房颤干预的靶点.     

大鼠成骨细胞微小RNAs的筛选研究

目的应用微小RNAs（microRNAs,miRNAs）芯片技术筛选补肾方含药血清干预大鼠成骨细胞后差异表达的miRNAs,与前期获得的软骨细胞差异miRNAs比较,筛选出共有差异miRNAs,以探讨补肾方通过共有miRNAs调控靶基因表达发挥治疗效应的机制。方法原代培养的大鼠成骨细胞经碱性磷酸酶染色、Ⅰ型胶原免疫荧光染色和矿化结节染色鉴定后,用补肾方含药血清干预成骨细胞,在给定时间点收获细胞,抽提纯化总RNAs行miRNAs芯片检测,并挑选差异表达4倍以上的miRNAs行实时荧光定量逆转录-聚合酶链反应验证。结果所培养的原代细胞具有典型的成骨细胞形态和功能,碱性磷酸酶染色、Ⅰ型胶原免疫荧光染色和矿化结节染色均为阳性。与补肾方含药血清干预成骨细胞1 d相比,干预6 d的共有229个2倍以上表达差异的miRNAs,其中上调的52个、下调的177个。差异表达4倍以上的miRNAs实时荧光定量逆转录-聚合酶链反应结果与芯片数据一致。与前期软骨细胞差异miRNAs芯片数据比较,miRNAs均上调2倍以上的有8个、下调4倍以上的2个。结论补肾方含药血清干预成骨细胞获得了一套较为特异的miRNAs,初步预测上调的miRNAs可能通过靶向Runx2、Wnt、Notch、Axin2等基因在骨发育、骨形态发生、骨吸收以及软骨内成骨形成等相关的信号通路中发挥作用。     

模拟失重下氧化应激对EA.hy926细胞miRNA表达谱的影响及生物信息学分析

目的探索模拟失重条件下EA.hy926细胞氧化应激后microRNAs(miRNAs)表达谱的变化及生物学意义。方法 EA.hy926细胞分为对照组(Con组)、对照氧化应激组(Con+H2O2)、模拟失重组(MG组)和模拟失重后氧化应激组(MG+H2O2),采用Illumina HiSeq 2500平台开展miRNAs测序并筛选差异表达miRNAs。筛选出的miRNAs以qRT-PCR进行验证,对验证具有显著差异表达的miRNAs进行靶基因预测、靶基因Gene Ontology(GO)功能富集分析、KEGG信号通路分析以及STRING蛋白互作分析。结果模拟失重下氧化应激导致EA.hy926细胞内miRNAs表达谱发生改变。qRT-PCR结果显示,与Con+H2O2组相比,MG+H2O2组细胞内hsa-miR-29b-3p、hsa-miR-200c-3p表达增加,与miRNA测序结果一致。GO及KEGG通路显著性富集分析结果显示,hsa-miR-29b-3p靶基因显著富集于细胞外基质等生物学过程及局部黏附信号通路,hsa-miR-200c-3p靶基因显著富集于调控细胞代谢过程等生物学过程及miRNA癌症通路等信号通路。蛋白互作分析结果表明,hsa-miR-29b-3p靶基因中COL家族蛋白处于互作关键位置,hsa-miR-200c-3p靶基因中RHOA处于互作关键位置。结论模拟失重下氧化应激可导致EA.hy926细胞miRNAs表达出现显著差异,其中hsa-miR-29b-3p和hsa-miR-200c-3p可通过对靶基因及其信号通路调节对内皮细胞功能发挥调控作用。     

规律有氧运动对大鼠纹状体miRNA207/542及下游靶信号通路的影响

目的:采用规律有氧运动干预不同年龄大鼠,基于mi RNA表达谱芯片技术,旨在寻找运动适应性作用对神经退行性病变早期作用的靶标,挖掘关键的可解释运动适应性作用机理的靶标基因的生物功能。方法:选取SPF级健康雄性3月龄(青年,n=20)、13月龄(中年,n=24)和22月龄(老年,n=24)SD大鼠,每个年龄组大鼠按体重随机分为青年对照组(Y-SED,n=10)、青年运动组(Y-EX,n=10),中年对照组(M-SED,n=12)、中年运动组(M-EX,n=12),老年对照组(O-SED,n=12)和老年运动组(O-EX,n=12)。三组对照组安静饲养;三组运动组进行10周递增负荷中等强度的规律有氧跑台运动。每周进行体重监控;采用HE染色观察大鼠脑纹状体形态学变化;采用mi RNA微阵列芯片mi RCURYTM LNA Array(v.18.0)等方法分析miRNAs差异表达谱,使用q RT-PCR等对筛选重要差异mi RNA及其相关通路的mRNA表达进行验证与研究。结果:大鼠纹状体的形态学变化明显呈现增龄性变化,实施规律有氧运动后,各年龄组相应地出现线团状的基质部分明显紧凑,之间间隙非常紧密,显微镜下观察细胞核排列有序,数量明显增加。mi RNA微阵列芯片数据结果显示,发生2倍及以上变化差异的miRNAs有26个,经生物信息学分析,最终筛查出规律有氧运动上调mi RNA207和下调mi RNA542的表达,mi RNA207和mi RNA542所作用的下游基因PI3K、Akt和m TOR mRNA表达呈现增龄性下调,与对照组M-SED和O-SED相比较,M-EX和O-EX组PI3K、Akt和m TOR mRNA表达上调(P<0.05,P<0.01)。Vdac1 mRNA呈现增龄性上升趋势,与各年龄安静组相比较,运动组Ca MKIIα和Vdac1 mRNA表达上调显著(P<0.05)。结论:规律有氧运动通过上调mi RNA207和下调mi RNA542的表达而激活大鼠纹状体的PI3K/Akt/m TOR和Ca MKIIα信号通路共同参与调控纹状体的生物学功能和改善神经老化。     

两种造模方式对COPD大鼠肺泡巨噬细胞microRNA表达的影响

目的 通过烟熏加气管内注入内毒素法与单纯烟熏法制备大鼠慢性阻塞性肺疾病(COPD)模型,比较两种造模方式的大鼠肺泡巨噬细胞微小RNA(miRNAs)的表达差异.方法 60只雌性Wistar大鼠随机均分为对照组(Ⅰ组、Ⅱ组)、烟熏加气道内内毒素滴注组(模型Ⅰ组)、单纯烟熏组(模型Ⅱ组),采用肺部CT、肺功能检测和肺组织病理学方法进行模型鉴定.分离肺泡巨噬细胞提取总RNA,行微阵列基因芯片分析,荧光实时定量PCR(qRT-PCR)验证,比较两种造模方式中大鼠肺泡巨噬细胞miRNAs的表达差异.结果 模型Ⅰ组、Ⅱ组胸部CT、肺功能检测结果和肺组织病理均符合COPD的特征.与对照Ⅰ组相比,模型Ⅰ组肺泡巨噬细胞let-7b-3p、miR-675-5p、miR-376c-3p表达显著下调,未发现有miRNAs显著上调.与对照Ⅱ组比较,模型Ⅱ组let-7b-3p、miR-675-5p表达显著下调,miR-200b-3p、miR-665、miR-344b-1-3p、miR-34c-5p、miR-34b-5p、miR-99b-5p、miR-129-1-3p、miR-3557-5p、miR-331-5p、miR-493-5p、miR-200a-3p共11种miRNAs表达显著上调.结论 两种方法均造模成功,但其肺泡巨噬细胞miRNAs表达差异显著.单纯烟熏后miRNAs表达变化趋势与人类肺泡巨噬细胞miRNAs表达变化趋势相近,进行COPD肺泡巨噬细胞相关炎症机制研究时推荐选择单纯烟熏模型.     

放射性肺损伤小鼠晚期转录水平特征性基因标志物的研究

目的 研究不同剂量X射线照射小鼠肺部后的差异基因并进行转录水平分析,探讨小鼠放射性肺损伤（RILI）潜在的基因标志物。 方法 8周龄C57BL6雌性小鼠96只,X射线单次照射分为3组（12只/组）:对照组（未接受照射）、中等剂量组（MD组,10 Gy单次照射）、高剂量组（HD组,20 Gy单次照射）,余60只分为5组进行X射线全肺野梯度剂量照射。采用全基因组表达芯片对小鼠肺组织进行RNA检测并生成基因表达矩阵,使用R语言软件包进行基因表达数据转换,对特征性基因标志物表达水平进行验证与数学建模,对HD组小鼠基因表达水平进行基因本体论生物学功能基因集富集分析。采用经典贝叶斯检验方法进行组间基因表达差异的比较,采用线性回归模型分析2组独立数据的关联程度（关联系数为R2）。 结果 MD组和HD组小鼠照射后肺组织转录组学分析,共筛选出RILI差异表达基因539个,其中差异最显著的5个基因为Phlda3、Fgg、Kng1（上调基因）和Ptprb、Kit（下调基因）。梯度剂量X射线分次照射实验结果证实,3个上调基因均随X线剂量的增加而表达增强;2个下调基因则随剂量的上升而表达降低。上调基因的逻辑回归模型拟合程度较高（χ2=11.66, R2=0.88）;下调基因的表达值与剂量具有良好的相关性（R=?0.95,R2=0.89）。基因集富集分析结果显示,上调基因富集于p53信号通路、固有免疫反应等生物学过程,下调基因富集于细胞代谢、肺部发育等生物学过程。 结论 上调基因Phlda3、Fgg、Kng1与下调基因Ptprb、Kit可作为客观反应RILI严重程度的潜在基因标志物,为日后开展临床与辐射防护相关应用奠定前临床基础。     

移植肾慢性排斥反应的miRNAs差异表达研究

目的通过microRNAs芯片技术,探讨microRNAs（miRNAs）在移植肾慢性排斥反应中的差异表达情况。方法纳入4例慢性排斥反应患者肾穿组织为实验组,3例病理检查正常的肾组织皮质为对照组。采用miRNA芯片筛选出差异表达显著的微小RNA,并用实时定量PCR技术验证芯片结果可靠性。结果紫外分光光度法和变性电泳法证明所提取样本总RNA质量良好,可用于后续的芯片实验。芯片实验结果显示CR组中出现差异表达显著的miRNAs 63个,其中表达显著上调35个,表达显著下调28个。其中有9个miRNAs集中在3个miRNAs基因簇位点：14q32.31,22q11.21,xq27.3。随机选择显著差异表达的miRNAs（hsa-miR-637,hsa-miR-648,hsa-miR-516-5p）进行实时定量PCR验证实验,其CR/NC结果（0.034,2.670,7.846）与芯片结果（0.035,2.660,7.857）相符,证明了芯片结果的可靠性。结论miRNAs在慢性排斥反应患者中出现显著差异表达,深入研究miRNAs在慢性排斥反应中的作用机制将为其预防和治疗提供新途径。     

模拟失重下小鼠成骨细胞功能相关miRNA生物信息学预测

目的 应用生物信息学方法预测模拟失重环境下与小鼠成骨细胞功能变化相关的miRNAs.方法 收集并整理已报道的针对模拟失重环境下小鼠成骨细胞内mRNAs表达变化的基因芯片检测数据,分析差异表达显著的mRNAs,搜集其基因组定位信息;在miRBase数据库中查找处于这些基因组位置上的内含子miRNAs,并应用靶基因预测、GO富集分析和KEGG pathway富集分析进行后续miRNA功能预测.结果 鉴定出5种与宿主mRNA共处同一转录单元的潜在内含子miRNAs.结论 预测出的5种内含子miRNAs在模拟失重环境所致成骨细胞功能变化中具有潜在调控作用,为进一步实验研究提供数据支持和理论指导.     

60Co γ射线照射致小鼠肝脏的miRNAs表达改变

目的 应用miRNA芯片筛选4 Gy60Co γ射线照射后小鼠肝脏中差异表达的miRNAs,生物信息学方法探索差异表达miRNAs调控的主要功能.方法 SPF级C57BL/6J小鼠接受4 Gy60Co γ射线单次全身照射后,进行外周血白细胞计数和骨髓嗜多染红细胞微核计数.应用miRNA芯片筛选照射后小鼠肝脏中差异表达的miRNAs,用miRNA特异引物对部分差异表达miRNA进行实时定量PCR(real time PCR)验证.运用生物信息学方法,对差异miRNAs靶基因及调控功能进行预测.结果 4 Gyγ射线照射后,外周血白细胞总数与对照组相比显著减少(t=2.87,P＜0.05),而骨髓嗜多染红细胞微核率与对照组相比显著增加(t=-2.91,P＜0.05).miRNA芯片结果显示,照射组与对照组差异表达的miRNAs共17个,其中9个表达上调,8个表达下调.miR-124和miR-34a的实时荧光定量RT-PCR验证结果与芯片结果一致.GO分析发现,与黏附、细胞周期相关的通路被抑制,一些免疫相关通路被激活.结论 miR-34a和miR-194参与了急性辐射损伤的调控,起主要调控作用的miRNAs还有miR-124、miR-382和miR-92a*.

Abstract：

Objective To investigate the differential expression profiles of microRNAs in the liver of 60Co γ-ray irradiated mice using microRNA microarray and to explore their main functions by bioinformatic analysis.Methods After SPF C57BL/6J mice expose to 4 Gy-single whole body radiation,total number of peripheral WBC and the fMNPCE were measured at 3 d.The differentially expressed miRNAs in mouse liver were detected with miRNA microarray,miRNA-124 and miR-34a were confirmed by real time RT-PCR assay.Bioinformatic analysis was applied to explore target genes and the main functions of the differential expressed miRNAs.Results Compared with control group,the total number of peripheral WBC decreased( t = 2.87,P ＜ 0.05 ) ,while the fMNPCE in bone marrow increased ( t =-2.91,P ＜0.05) after 4 Gy γ-ray irradiation.miRNA microarray revealed that 17 miRNAs were differentially expressed,in which 9 up-regulated,8 down-regulated.The expression levels of miR-124 and miR-34a were coincident with the result of real time RT-PCR.GO analysis showed that some pathways including adherens junction and cell cycle were suppressed,while some immune-related pathways were activated.Conclusions miR-34a and miR-194 were involved in the regulation of acute radiation damage,some other miRNAs including miR-124、miR-382 and miR-92a* also played important roles in radiation process.     

肿块深度对乳腺超声弹性成像检查结果的影响分析

目的 探究超声弹性成像(UE)中肿瘤深度对于判断乳腺肿物的良、恶性影响.方法 选取本院2017年1月～2018年10月间收治的178例因乳腺肿块行手术切除患者为观察对象,纳入病灶200个.依据肿瘤深度不同分4组.对所有的患者在术前均予以常规超声检查以及超声弹性成像检查,对比不同深度肿瘤的UE成像情况、分析诊断效能(准确...     

Evaluation of the usefulness of the limited cone-beam CT (3DX) in the assessment of the thickness of the roof of the glenoid fossa of the temporomandibular joint

OBJECTIVES: The purpose of this study was to evaluate the usefulness of the limited cone-beam X-ray CT (3DX) (Morita Co., Japan) in measuring the thickness of the roof of the glenoid fossa (RGF) of the temporomandibular joint (TMJ). MATERIALS AND METHODS: Twenty-one TMJs removed at autopsy from 21 cadavers were investigated macroscopically using dissection and 3DX imaging. A Digimatic Outside Micrometer and a 3DX-image tool were used to measure the minimum thickness of the RGF. Multiple measurements were made to identify the thinnest area. Once the thinnest areas had been identified, three linear measurements were made and the average value was used for statistical analysis. RESULTS: The average macroscopic examination measurement was 1.37 mm (range 0.55-3.6 mm) and the average 3DX image measurement was 1.22 mm (range: 0.51-3.0 mm). There was no significant difference between these two groups using the Mann-Whitney U-test (P < 0.05). The Spearman's correlation coefficient by rank between these two groups was r = 0.93(P < 0.001). CONCLUSION: These results suggest that bone thickness measurements of the RGF by 3DX imaging was effective.     

Tendinopathy of the tendon of the long head of the biceps

Pathologies of tendon of the long head of the biceps (LHB) are an important cause of shoulder pain. They include tendinopathy, rupture, superior labrum anterior and posterior lesions, pulley tears, and tendon instability. Conservative management of symptomatic LHB tendinopathy is commonly accepted as the first-line treatment. It consists of rest, nonsteroidal anti-inflammatory drugs, corticosteroid injections, and physical therapy. Biceps tenotomy and tenodesis are the most common surgical procedures to manage both isolated LHB pathology and biceps-glenoid complex tears combined with rotator cuff tears. However, controversy persists about the superiority of one of them because there is no evidence of significant differences in functional scores or patient satisfaction between the 2 techniques. This article provides an overview on biomechanical function of the LHB and current strategies for treatment of LHB disorders.