人乳头瘤病毒16型L1蛋白B细胞表位预测

目的预测人乳头瘤病毒16型L1(HPV-16 L1)蛋白的B细胞表位。方法先从NCBI的蛋白质数据库中获得HPV-16 L1蛋白的氨基酸序列,再采用DNAStar中的Protean模块分析HPV-16型L1蛋白的二级结构、柔韧性、亲水性、表面可及性以及抗原性,然后结合吴玉章等建立的氨基酸抗原性指数方法计算其平均抗原指数(AI),综合分析上述多个参数,预测其可能的B细胞表位区域,并用在线BLAST进行同源性匹配分析。结果综合分析多个参数,预测得出HPV-16 L1蛋白的B细胞表位可能位于第51~58、87~97、214~220、290~296、335~341、351~366、408~418、430~442和475~496肽段,进一步的同源性匹配分析显示肽段51~58、335~341、351~366、408~418、430~442以及475~496为其B细胞表位优势区域,其中肽段51(PIKKPNNN)58、351(SETTYKNTNFKEYLRH)366、408(PPPGGTLEDTY)418和430(KHTPPAPKEDPLK)442的氨基酸序列为HPV-16型L1蛋白所特有,而肽段475(KAKPKFTLGKRKATPTTSSTST)496与HPV-16 E1蛋白具有同源性、335(DTTRSTN)341的氨基酸序列与很多其他型别的HPV的L1蛋白具有同源性。结论综合多种方案预测得到HPV-16 L1的多个B细胞表位优势区域。     

EV-D68 VP1 蛋白的生物信息学分析和候选疫苗表位肽段预测及筛选

目的:通过对人肠道病毒D68型(EV-D68)衣壳蛋白VP1理化性质、结构功能和B细胞表位分析,获取候选疫苗肽段用于后期疫苗研制。方法:应用Bioedit软件、Netphos和ExPASy等在线工具分析EV-D68 VP1蛋白氨基酸序列。结果:EV-D68 VP1蛋白是等电点为8.73、相对分子量34.0 kD的亲水性蛋白质,具有35个可能的磷酸化位点,无信号肽和跨膜区,二级结构中不规则卷区有最高比例,α-螺旋和β-折叠散落在蛋白中;预测VP1蛋白具有多个可能的B细胞表位。结论:本研究分析了EV-D68 VP1的基本理化性质,结构功能和可能的B细胞表位,筛选了B细胞表位肽段,为EV-D68的进一步研究和疫苗的制备奠定基础。     

嗜肺军团菌MompS抗原二级结构分析及表位预测

目的分析嗜肺军团菌MompS抗原的二级结构并预测其B细胞表位,初步判断其活性多肽所在区域。方法联合运用多种方法对MompS的二级结构和表面特性,如亲水性、理化性质、可及性、免疫原性和可塑性等方面进行分析,预测其抗原表位。结果 MompS存在多个潜在抗原表位位点,可能的蛋白质抗原表位分布于三个区域：M1（353-546）、M2（1-215）、M3（216-399）。体外实验证明,所预测抗原表位区域基本能与免疫血清发生抗原特异性反应。结论应用DNA Star和胞外区在线分析软件能够成功预测MompS抗原的B细胞表位,M3区域可用于后续的活性肽表位筛选区域。     

苹果过敏原Mal d4蛋白抗原表位预测及交叉反应分析

目的:预测苹果过敏原Mal d 4蛋白B细胞和T细胞抗原表位,探讨Mal d 4蛋白与其同源蛋白之间的交叉反应性.方法:以苹果过敏原Mal d 4蛋白的氨基酸序列为基础,采用生物信息软件HNN预测二级结构;运用DNAStar和Bcepred软件预测其B细胞抗原表位,用NetMHCⅡ、NetMHCⅡpan、Syfpeithi及Propred软件综合预测T细胞抗原表位;采用Clustal X1.83、Swiss-Model软件比对同源序列和模拟空间构象.结果:该蛋白二级结构以无规则卷曲为主.B/T细胞共同抗原表位的区域为53～61、85～93.苹果Mal d 4蛋白与桃、芒果、甜樱桃、草莓中的前纤维蛋白氨基酸序列同源性达88%以上,空间构象相似.结论:苹果过敏原Mal d 4蛋白与桃、芒果、甜樱桃和草莓的前纤维蛋白之间可能存在交叉反应,其优势抗原表位区域可能为53～61、85～93,是后续过敏原改造的重点,为继续深入开展苹果过敏原基础性研究提供理论依据.     

应用免疫信息学技术预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的抗原表位

目的运用免疫信息学技术预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的B细胞、细胞毒性T淋巴细胞(CTL)和辅助T(Th)细胞的抗原表位。方法从NCBI数据库检索SARS-CoV-2蛋白序列,根据抗原性≥0.5和氨基酸数≥100进行筛选,最终的蛋白序列用于后续的抗原肽的预测。用蛋白质结构预测软件Phyre2进行三维结构的预测、蛋白质模型结构的细化软件GalaxyRefine优化蛋白的三维结构,最后用蛋白质结构同源建模SWISS-MODEL系统对优化后的结构进行准确性评估。蛋白序列用于CTL、Th细胞和线性B细胞抗原肽预测,三维结构用于结构性B细胞抗原预测。免疫表位数据库和分析资源(IEDB)预测SARS-CoV-2的CTL和Th细胞抗原表位,B细胞线性抗原肽预测软件Bepipred Linear Epitope Prediction 2.0和B细胞结构抗原肽预测软件ElliPro-Epitope prediction based upon structural protrusion分别预测B细胞线性和结构抗原肽。结果从NCBI数据库获得了27个SARS-CoV-2的蛋白序列,去掉抗原性0.5和氨基酸数100的蛋白质后,最终选定9个蛋白进行后续抗原肽预测。最终获得了24个CTL、20个Th细胞、12个B细胞线性表位和16个B细胞结构表位。结论获得的抗原表位可用于后续多表位疫苗的设计,相较于只针对单种蛋白靶点的抗原表位而言,多靶点抗原表位具有更强的免疫原性,这些抗原表位对SARS-CoV-2疫苗而言,具有一定的参考价值。     

人类肝素酶B细胞表位的预测和免疫原性鉴定

目的 预测并鉴定肝素酶(heparanase)蛋白B细胞表位免疫原性.方法 以肝素酶蛋白的氨基酸序列为基础,采用DNAStar分析软件以及Bcepred在线二级结构分析工具分析其蛋白二级结构并预测B细胞表位.根据预测结果 ,采用8分支多抗原肽结构合成针对该表位的抗原肽,将后者与通用型T辅助表位人IL-1β线性短肽(VQGEESNDK,氨基酸163～171)联合免疫日本白毛黑眼兔,检测免疫血清效价,鉴定其特异性和免疫原性.结果 软件预测显示,肝素酶蛋白大亚基的第1～15位(MAP1)、第279～293位(MAP2)及175～189位(MAP3)氨基酸序列最可能为其优势B细胞表位.间接酶联免疫吸附试验、免疫印迹及免疫组化分析,证实MAP1、MAP2及MAP3均能诱导机体产生高滴度抗体,但仅MAP1、MAP2抗体具有高特异性,MAP2抗体与肝癌组织的结合力最强.结论 肝素酶大亚基的第1～15位、第279～293位氨基酸为其优势B细胞表位,其中第279～293位氨基酸的免疫原性最强,这为肝素酶多肽抗体及B细胞优势短肽疫苗研制提供了理论依据.     

人角蛋白17的HLA-DR限制性T细胞表位区的确定

目的　对银屑病自身抗原———角蛋白 17的HLA DR限制性T细胞表位区进行确定。方法　借助相关软件和互联网服务器进行角蛋白 17的辅助性T细胞抗原表位区预测 ;从银屑病患者皮损组织中扩增出人角蛋白 17全长基因 ;根据预测结果 ,融合表达、纯化相应的表位区 ;分离纯化外周血T淋巴细胞 ,将各表位区肽段分别与正常人和银屑病患者的T淋巴细胞体外作用 ,检测T细胞增殖程度和培养上清中IFN γ水平变化 ,从而筛选出特异性强反应性表位区。结果　角蛋白 17的 6 5～12 0肽段、30 5～ 374肽段能够显著促进银屑病患者T淋巴细胞增殖和IFN γ分泌 ,与正常对照组比较差异有非常显著性 (均为P <0 .0 0 1)。结论　人角蛋白 17的 6 5～ 12 0肽段和 30 5～ 374肽段是银屑病特异性强反应性HLA DR限制性T细胞表位区。本研究为以后研究银屑病的免疫发病机制和治疗打下了一定基础。     

利用MHC-I/肽结合的预测与免疫学实验相结合的方法鉴定肿瘤抗原表位

目的:建立中国人群常见的人类白细胞抗原(HLA)分子限定的肿瘤抗原免疫表位的鉴定技术,为分离及鉴定肿瘤特异性T细胞以及克隆肿瘤抗原特异性T细胞受体基因提供实验基础。方法:以肿瘤/睾丸抗原NY-ESO、MAGE-A1和KK-LC-1作为模型,选用中国人群常见的HLA-I分型,利用主要组织相容性复合体(MHC)/肽预测软件对这3个抗原的MHC-I类表位进行预测。用PCR技术测定健康志愿者的HLA分型,以志愿者含有的中国人群常见HLA-A*11:01和HLA-B*46:01分型选择预测的抗原表位,设计合成KK-LC-1长肽,进行T细胞刺激实验,用ELISPOT和流式细胞仪分析产生干扰素γ(IFN-γ)的T细胞数量和CD137上调反应,以验证肽对T细胞特异性刺激的有效性。对其中一个反应最好的KK-LC-1长肽,开展短肽的验证。结果:(1)3个肿瘤/睾丸抗原在我国人群35种常见HLA分型中存在众多的强结合表位,在不同蛋白质的序列中分布不均匀;(2)KK-LC-1长肽可刺激T细胞产生T细胞活化反应,即释放IFN-γ和T细胞上调CD137分子,与预测的HLA分型基本吻合;(3)KK-LC-1短肽比长肽刺激效果更好,有更精确的抗原表位。结论:利用MHC/肽预测法并结合抗原特异性刺激实验可快速鉴定肿瘤抗原的T细胞表位;根据长肽的结果缩短肽段,可确定抗原表位。本研究为快速确定肿瘤抗原表位提供了新的途径。     

大肠杆菌O157：H7 IntC300 B细胞抗原表位的综合预测

目的预测肠出血型大肠杆菌O157：H7 IntiminC端300氨基酸片段（IntC300）的B细胞抗原表位。方法采用计算机软件和网络服务器分析IntC300的亲水性、β-转角、柔韧性、表面可及性和抗原指数。判断其B细胞抗原表位。结果B细胞抗原表位可能在20—36、76—88、189—198、262—279和284—296残基或其附近。结论对EHEC O157：H7 IntC300 B细胞抗原表位的综合预测，为研究诊断性单克隆抗体及多肽疫苗提供了理论工具。     

结核分枝杆菌α晶体蛋白(Rv2031c)的T、B细胞抗原表位在线分析

目的预测结核分枝杆菌潜伏感染相关蛋白α晶体蛋白(Rv2031c)的抗原表位。方法 BLAST在线分析Rv2031c与人类蛋白的同源性;利用DNAStar软件包中的Protean模块预测其B细胞和T细胞抗原表位;RANKPEP和SYPEPITHI在线预测辅助性T(Th)细胞抗原表位;SYFPEPI、BIMAS和Net CTL方法在线预测细胞毒性T淋巴细胞(CTL)表位。结果 Rv2031c与人类蛋白同源性较低,有8个潜在的B细胞抗原表位,7个候选Th细胞抗原表位和3个候选CTL表位。结论 Rv2031c含有较多潜在的人类B细胞、Th细胞和CTL抗原表位,可作为新的结核病疫苗研发的候选靶蛋白。