乳腺癌外周血中分子检测标记的筛选

目的 对乳腺癌患者和健康者血液样本的基因表达谱进行分析,从中发现检测乳腺癌的分子标记。 方法 以公共数据库GEO中表达谱数据GSE11545作为训练集,利用BRB-ArrayTools软件提取乳腺癌/正常血液样本的差异表达基因作为候选基因,选取两组间差异水平小于0.001的基因,通过复合变量预测、对角线线性判别分析、最邻近算法和支持向量机四种不同的方法对验证集GSE27562中的样本进行分类预测,留一法交叉验证计算错误分类率,ROC曲线评估预测结果。结果 训练集中乳腺癌与正常血液样本的显著差异基因为61个,从中筛选出39个基因作为分类器,四种不同的方法对验证集进行的分类预测准确率都基本达到甚至超过80%,ROC曲线下面积达到0.925,表明分类预测效果良好。结论 基因芯片分析可以筛选出外周血中乳腺癌的分子标记,有望为乳腺癌的早期临床检测提供一种新的方法。     

基于肿瘤免疫循环相关基因的宫颈癌预后模型的构建和验证

目的 基于肿瘤免疫循环相关基因（tumor immune cycle related-genes,TICRGs）构建宫颈癌预后模型,并检测临床组织样本中建模因子的表达以验证模型效能。方法 将TCGA数据库中宫颈癌样本转录组数据作为训练集,GEO数据库的宫颈癌基因表达谱GSE44001作为验证集。差异比较肿瘤样本与正常宫颈组织转录组数据,获得宫颈癌TICRGs,通过单因素Cox回归筛选预后相关的TICRGs,LASSO-Cox算法构建宫颈癌预后模型。采用受试者工作特征（receiver operating characteristic,ROC）曲线下的面积（area under the curve,AUC）和一致性指数（concordance index,C-index）对模型进行评价。用GSE44001数据集对模型进行外部验证,多色荧光免疫组化实验验证模型的可行性。结果 本研究构建了由CCL17、CXCL3和VTCN1组成的宫颈癌预后模型,生存分析显示高风险组与低风险组预后差异有统计学意义（P<0.001）。AUC和C-index提示该模型具有中等程度的预测效能;多因素Cox回归...     

基于单细胞RNA测序的膀胱癌预后风险模型的构建与验证

目的基于单细胞RNA测序(scRNA-seq)生物信息学分析的预后相关的差异表达基因构建膀胱癌预后风险模型并验证。方法从基因表达综合(GEO)数据库中下载膀胱癌scRNA-seq数据集GSE135337、GSE129845, 数据更新时间分别为2022年、2019年;下载常规转录组数据集GSE13507(数据更新时间为2020年)中165例膀胱癌样本的表达谱及其生存信息。从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载414例膀胱癌样本和19例癌旁样本的表达谱数据及405例膀胱癌患者的临床信息。采用R 4.1.2软件对GEO数据库中的10例膀胱癌单细胞样本进行质量控制及降维聚类并对其进行细胞注释;采用CellChat分析GEO数据库中单细胞数据的细胞间通信。采用单因素Cox比例风险模型分析筛选与膀胱癌预后相关的差异表达基因, 并使用LASSO-Cox回归分析构建预后风险模型, 计算风险评分。根据中位风险评分, 以TCGA数据集中膀胱癌患者为训练集, 将患者分为低风险组和高风险组;采用GEO数据库GSE13507数据集为验证集进行验证, 通过Kaplan-Meier分析比较训练集、验证集低风险组...     

基于生信分析筛选胆囊癌关键基因#br# 及相关通路的研究#br#

目的通过生信分析筛选胆囊癌治疗的关键基因及癌症相关通路,挖掘胆囊癌患者的差异基因,预测胆囊癌的潜在治疗靶点。方法对GEO数据库中获得的芯片数据进行差异基因（DEGs）分析。选取NCBI 基因表达综合数据库(GEO)中的基因表达芯片 “GSE76633 ”和 “GSE74048”,利用GEO2R在线分析工具对胆囊癌样本和正常胆囊样本中的差异基因进行筛选。在DAVID和KOBAS上对差异基因进行生物过程（GO）分析和通路富集（KEGG）分析。使用蛋白质 蛋白质相互作用（PPI）分析数据库STRING构建靶点互作（PPI）网络模型。结果该研究共筛选了197个差异基因（P<005,|Log2FC|>2）,其中有33个上调基因,164个下调基因。这些基因主要参与了代谢过程的调节,脂肪酸β 氧化、氧化 还原过程等GO生物过程。主要调控代谢途径,甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢,缬氨酸亮氨酸和异亮氨酸降解,抗生素的生物合成等。结论该研究利用生物信息学筛选出胆囊癌中的差异基因及相关通路,帮助理解其分子机制及在胆囊癌发病机制和发生、发展过程中的作用,为寻找胆囊癌新的治疗靶点提供思路。     

胃癌内质网应激特征相关基因的筛选及预后风险模型的构建

目的基于生物信息学方法筛选胃癌内质网应激(ERS)特征相关差异表达基因并构建预后风险模型。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获取375例胃癌和32例癌旁组织样本的转录组测序数据(RNA-seq)及相应临床信息作为训练集样本;从基因表达综合(GEO)数据库中下载387例胃癌患者数据(GSE84437)作为验证集样本;数据获取时间均为2021年12月25日。从GeneCards数据库中获取785个ERS特征相关基因(ERS-RG)。分析TCGA数据库中胃癌组织与癌旁组织之间差异表达基因。将鉴定出的胃癌差异表达基因与GeneCards数据库中ERS-RG取交集, 得到胃癌ERS特征相关差异表达基因, 对其进行基因本体功能(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。采用单因素Cox比例风险模型筛选具有预后价值的胃癌ERS特征相关差异表达基因, 进行LASSO回归分析, 构建多基因预后风险模型, 计算预后风险评分。根据预后风险评分的中位数(2.369), 将训练集和验证集中患者分别分为高风险组与低风险组;采用Kaplan-Meier生存分析比较两组患者总生存(OS), 并绘制时...     

胃癌前病变相关关键基因的生物信息学分析

目的 利用生物信息学方法探讨胃癌前病变的差异基因及潜在治疗靶点.方法 使用GEO2R挖掘GEO数据库中的基因芯片数据(GSE55696和GSE130823)筛选差异表达基因;然后使用DAVID数据库对DEGs进行GO和KEGG途径富集分析;使用STRING数据库构建DEGs的PPI网络,并将其导入Cytoscape进行...     

基于WGCNA发现的T细胞耗竭相关基因签名并构建骨肉瘤预后及免疫治疗反应的预测模型

目的 ：基于加权基因共表达网络分析（weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）和LASSO(Leastabsoluteshrinkageandselection operator)-COX回归分析筛选与骨肉瘤预后相关的T细胞耗竭关键基因作为生物标志物,并构建预后预测模型。方法 ：从高通量基因表达数据库（Gene Expression Omnibus,GEO）下载GSE21257数据集作为建立预后预测模型的数据基础。通过分子标签数据库（e Molecular Signatures Database,Misg DB）中获取4个T细胞耗竭相关的基因集并对这4个基因集在GSE21257数据集样本中的富集程度进行单样本基因集富集分析（single sample gene set enrichment analysis,ss GSEA）分析。根据ss GSEA结果对GSE21257数据集中的数据进行WGCNA分析以筛选与T细胞耗竭高度相关的基因模块,并通过GO(Gene Ontology)分析和KEGG(Kyoto Encyclopedi...     

早期和晚期肺腺癌的差异基因和信号通路富集分析

[目的]分析早期和晚期肺腺癌的差异基因和信号通路.[方法]从美国国立生物信息中心(NCBI)的GEO数据库下载GSE10072数据集,去除临床指标缺失的样本,按照TNM分期将肺腺癌样本分为早期(Ⅰ期,共16例)和晚期(Ⅲ～Ⅳ期,共15例)两组.原始数据经dChip进行质量检验、标准化,然后进行差异基因分析.从MsigDB数据库获得344个生物信号基因集,通过GSEA进行信号通路富集分析.[结果]获得SEMA3、PLAU、CDKN2A等14个明显差异基因,获取的差异基因主要与细胞凋亡、细胞黏附等过程密切相关.选取MsigDB中来源于Bicarta、KEGG、GenMAPP三大数据库的344个基因集进行富集分析,结果发现Death pathway、Leukocyte transendothelial migration和Focaladhesion 等22条信号通路在晚期肺腺癌中明显富集,富集通路主要涉及细胞凋亡、细胞黏附和迁移等过程.[结论]早期与晚期肺癌中存在一些明显的差异表达基因,有部分信号通路在晚期肺腺癌中明显富集.     

CCND2可能通过p53信号通路在顺铂耐药卵巢癌中起关键作用

目的:为了使接受顺铂药物治疗的卵巢癌患者获得更好的预后，本研究探讨了卵巢癌顺铂耐药的潜在分子机制。方法:通过加权基因共表达网络分析挖掘GEO数据中的GSE15372数据集得到A2780卵巢癌耐药细胞中与顺铂耐药相关的基因集；基于KEGG数据库进行通路富集分析获取卵巢癌中顺铂耐药的关键通路，并且在病人卵巢癌顺铂耐药数据集GSE23554中进行验证；结合关键信号通路和顺铂耐药相关基因筛选耐药相关的核心基因，并通过生存分析和Western blot实验进行验证。结果:共筛选到1 064个耐药相关的基因，其中623个基因属于差异表达基因。通过KEGG over-represent test富集分析和基因集富集分析 (GSEA) 分析鉴定卵巢癌中顺铂耐药相关的关键信号通路是 p53信号通路，耐药相关的核心基因是RRM2、CCND2和CCNE2。通过生存分析得到CCND2高表达与卵巢癌的不良预后相关，并且Western blot证明CCND2在卵巢癌耐药细胞中高表达。结论:CCND2可能通过p53信号通路在卵巢癌顺铂耐药中发挥重要作用，这些结果为卵巢癌顺铂耐药的分子机制研究提供了数据支持。     

基于生物信息学探讨IFIH1和SAMD9L在胶质母细胞瘤抗肿瘤免疫中的作用

目的 通过生物信息学数据库筛选及分析,并结合临床验证,探讨胶质母细胞瘤(GBM)的基因表达变化及其可能的作用机制.方法 在GEO数据库检索GBM基因数据集,通过GEO2R在线工具处理,将各数据集的基因进行韦恩图分析,筛选出差异基因(DEGs).利用String网站构建DEGs蛋白互作(PPI)网络图,并进行功能富集分析...     

西妥昔单抗联合FOLFOX 4方案一线治疗转移性结直肠癌的临床观察

目的 观察西妥昔单抗联合FOLFOX 4方案一线治疗转移性结直肠癌的临床疗效和毒副反应。方法 回顾性分析2008年4月至2011年10月经组织病理学证实的转移性结直肠癌患者36例,其中治疗组（n=18）采用西妥昔单抗（500mg／m2 静滴120min,每周1次,使用6～12次）联合FOLFOX 4方案（奥沙利铂85mg／m2静滴2h,d1;左亚叶酸钙200mg／m2静滴2h,d1、d2;氟尿嘧啶400mg／m2静滴,d1、d2;氟尿嘧啶600mg／m2持续静脉泵入22h,d1、d2。14天为1周期,化疗不超过12个周期。）治疗。对照组（n=18）仅用FOLFOX 4方案化疗,同治疗组。结果 治疗组与对照组的客观缓解率分别为66.7％和22.2％（P＜0.05）,疾病控制率分别为94.4％和67.7％（P＞0.05）。治疗组和对照组痤疮样皮疹发生率分别为389％和0,其他不良反应包括骨髓抑制、恶心呕吐、神经毒性、肝脏损害及脱发等,差异均无统计学意义（P＞0.05）。结论 西妥昔单抗联合FOLFOX 4方案治疗转移性结直肠癌的近期疗效显著,毒副反应可耐受。     

XELOX方案治疗晚期结直肠癌临床观察

目的比较卡培他滨(希罗达)联合奥沙利铂(XELOX)方案与亚叶酸钙、氟尿嘧啶(5-Fu)联合奥沙利铂(FOLFOX4)方案一线治疗晚期转移性结直肠癌的疗效和不良反应。方法将56例晚期结直肠癌患者随机分为两组,XELOX方案组(28例):卡培他滨(capecitabine,Xeloda)1000mg/m2,Bid,口服,d1~14;奥沙利铂(oxaliplatin)130mg/m2,静脉滴注,持续2h,d1;21 d为1周期。FOLFOX4方案组(28例):奥沙利铂85 mg/m2,静脉点滴2 h,d1;醛氢叶酸200 mg/m2,静脉点滴2 h,d1、2;氟尿嘧啶400 mg/m2,莫非氏管静脉推注d1、2;氟尿嘧啶600 mg/m2,静脉持续滴注(化疗泵),持续22 h,d1、2,14 d为1周期。结果 XELOX组总有效率(RR)50.0%,中位肿瘤进展时间(TTP)7.0个月;FOLFOX4组RR为46.4%,TTP为6.8个月;两组比较各项指标差异无显著性(P>0.05)。不良反应中XELOX组手足综合征发生率高于FOLFOX4组,Ⅲ、Ⅳ度中性粒细胞减少发生率低于FOLFOX4组。结论 XELOX方案一线治疗晚期结直肠癌有确切疗效,不良反应可耐受,与FOL-FOX4方案相当,但XELOX方案用药更为方便,安全性更好。     

西妥昔单抗与贝伐单抗分别联合FOLFOX4方案治疗晚期结直肠癌的对比研究

目的:比较西妥昔单抗与贝伐单抗分别联合FOLFOX4方案治疗晚期结直肠癌的临床疗效及安全性.方法:回顾性分析2008年9月至2012年9月经组织病理学证实的晚期结直肠癌患者49例,西妥昔单抗联合FOLFOX4方案组26例,贝伐单抗联合FOLFOX4方案组23例.两组患者在性别、年龄、病理类型、分期等方面大致平衡.观察各组临床疗效和治疗期间毒副反应.结果:贝伐单抗联合FOLFOX4方案治疗转移性结直肠癌有效率低于西妥昔单抗联合FOLFOX4方案(P<0.01).两组间毒副反应发生率差异无统计学意义(P>0.05).结论:西妥昔单抗联合化疗对K-Ras基因为野生型的转移性结直肠癌患者的疗效优于贝伐单抗,且耐受性好.     

XELOX方案与FOLFOX4方案治疗转移性结直肠癌的临床观察

目的：观察两种常用化疗方案卡培他滨联合奥沙利铂方案（XELOX）与5-氟尿嘧啶/亚叶酸钙联合奥沙利铂方案（FOLFOX4）治疗转移性结直肠癌的临床疗效及不良反应。方法：48例晚期结直肠癌患者随机分成两组,XELOX组与FOLFOX4组。XELOX组25例,予卡培他滨联合奥沙利铂方案化疗,卡培他滨1000mg／m^2,口服,2次／日,第1—14天;奥沙利铂130mg／m^2,静脉点滴,第1天;21天1周期。FOLFOX4组23例,予5-氟尿嘧啶,亚叶酸钙联合奥沙利铂方案化疗,奥沙利铂85mg／m^2,静脉点滴,第1天;亚叶酸钙200mg／m^2,静滴2小时后予5-氟尿嘧啶400mg／m^2,推注,后续600mg／m^2持续静滴22小时,第1、2天;每2周重复,4周为1周期。两组均治疗2周期以上。按WHO标准评价客观疗效和不良反应。结果：48例均可评价疗效,XELOX组有效率48．0％（CR2,PR10）,中位TTP 7．1个月,MST 13．8个月,FOLFOX4组有效率47．8％（CR2,PR9）,中位TTP 7．3个月,MST 14．0个月。两组近期有效率无明显统计学差异。不良反应比较,手足综合征以XELOX组显著（P〈0．05）,Ⅲ-Ⅳ级恶心呕吐发生率FOLFOX4组高（P〈0．05）,余不良反应除腹泻外发生率以FOLFOX4组稍高,但无统计学意义。结论：XELOX方案与FOLFOX4方案治疗晚期结直肠癌疗效确切,不良反应能耐受。两组近期疗效相似,不良反应XELOX组更低。     

SOX方案与FOLFOX4方案一线治疗老年晚期结直肠癌的疗效对比

目的:比较奥沙利铂联合替吉奥(SOX方案)与FOLFOX4方案一线治疗老年晚期结直肠癌的有效性和安全性.方法:将86例老年晚期结直肠癌患者分为两组:43例采用SOX方案为观察组,43例采用FOL-FOX4方案为对照组.每例患者至少完成2个周期化疗后评价疗效及毒性.结果:观察组与对照组的有效率(RR)分别为51.2％和48.8％,疾病控制率(DCR)分别为81.4％和76.7％,两组比较差异无统计学意义(P＞0.05);两组患者的1年生存率分别为53.49％和48.83％,中位肿瘤进展时间(TTP)分别为8.4个月和8.1个月,差异均无统计学意义(P＞0.05).观察组的白细胞减少、恶心呕吐发生率均低于对照组,差异有统计学意义(P＜0.05).结论:SOX与FOLFOX4方案一线治疗老年晚期结直肠癌疗效相似,但SOX方案的耐受性较FOLFOX4方案更好.     

FOLFOX6方案治疗结直肠癌肝转移患者的疗效观察

背景与目的:FOLFOX6方案应用于晚期结直肠癌已有一段时间,但尚未见系统评价FOLFOX6方案临床研究的报道,本研究观察FOLFOX6方案治疗结直肠癌肝转移患者的疗效及不良反应,以评价该方案在中国应用的可行性和临床推广价值.方法:91例结直肠癌肝转移患者采用FOLFOX6方案化疗,即草酸铂100 mg/m2加入5%葡萄糖溶液250 ml中静滴2 h,d1;甲酰四氢叶酸(leucovorin,CF)400 mg/m2加入5%葡萄糖溶液250 ml中静滴2 h,d1,接着用氟尿嘧啶(5-fluorouracil,5-FU)400 mg/m2静脉推注,继以5-FU 2.4 g/m2持续静脉滴注46 h.应用CT、MRI评价每例患者的不良反应及疗效.用x2检验分析两组间有效率的差异,Kaplan-Meier法计算中位生存时间,log-rank法比较生存差异.结果:全组患者CR 4例,PR 33例,SD 19例,PD 35例,有效率40.7%,既往未接受其它治疗(第一组,60例)与既往接受过其它治疗(第二组,31例)的患者有效率差异无显著性(P＞0.05);中位生存17个月,第一组中位生存20个月,第二组中位生存12个月;疾病进展时间(time to progress,TTP)7个月,第一组TTP为9个月,第二组TTP为6个月.主要不良反应为周围神经炎、消化道反应、骨髓抑制等,多为Ⅰ～Ⅱ级,未见Ⅳ级不良反应发生,在用药休息期间或作相应的治疗后均可恢复.结论:FOLFOX6方案作为结直肠癌肝转移的治疗方案,疗效好,且不良反应较轻,是治疗结直肠癌肝转移较为理想的化疗方案.     

mFOLFOX6方案一线治疗大肠癌肝转移42例临床研究

目的：探讨mFOLFOX6方案治疗大肠癌肝转移的临床疗效、不良反应及影响因素.方法：对42例大肠癌肝转移患者采用改良FOLFOX6方案治疗作为观察组,同时随机抽取既往在我院住院并采用传统FOL-FOX6方案治疗的大肠癌肝转移患者42例作为对照组.治疗4周期后,评价两组临床疗效及不良反应发生率.结果：观察组和对照组患者的临床有效率分别为57.14％和61.90％（P=0.657）,总反应率分别为85.71％和88.10％ （P =0.746）,两组间无明显差异.观察组患者的中位生存期和疾病进展时间分别为12.1个月和6.2个月,对照组中位生存期和疾病进展时间分别为12.9个月和6.6个月,二者中位生存期及疾病进展时间差异均无统计学意义（P＞0.05）.单因素分析结果显示伴有肠梗阻的患者治疗效果较不伴有肠梗阻的患者差,而性别、年龄、原发肿瘤部位、肿瘤的分化程度及肿瘤的大小与化疗效果无关.结论：mFOLFOX6方案治疗大肠癌肝转移的临床疗效与传统FOLFOX6方案相似,但不良反应较后者少,患者具有更好的耐受性,是治疗大肠癌肝转移的理想方案.     

XELOX与FOLFOX6方案一线治疗晚期结直肠癌的近期疗效及不良反应比较

目的:比较卡培他滨(希罗达)联合奥沙利铂(XELOX)方案与亚叶酸钙、5-氟尿嘧啶(5-FU)联合奥沙利铂(FOLFOX6)方案一线治疗晚期转移性结、直肠癌的疗效和不良反应.方法: 将62例晚期结、直肠癌患者随机分为两组,XELOX方案组(n=31):卡培他滨(capecitabine,Xeloda)1000mg/m2,2次/d,口服,第1天至第14天;奥沙利铂(oxaliplatin)130mg/m2,静脉滴注,持续3h,第1天;21天为1周期.FOLFOX6方案组(n=31):亚叶酸钙(CF)200mg/m2,静脉滴注,第1天,5-FU前;5-FU 400mg/m2,静脉推注,第1天,2400mg/m2,静脉持续滴注46h;奥沙利铂100mg/m2,静脉滴注,持续3h,第1天;14天为1周期. 结果: XELOX组缓解率(RR)为48.4%,中位肿瘤进展时间(TTP)6.8个月;FOLFOX6组RR为51.6%,TTP为7.1个月;两组比较各项指标差异无统计学意义(P＞0.05).不良反应中XELOX组手足综合征发生率高于FOLFOX组,Ⅲ、Ⅳ度中性粒细胞减少发生率低于FOLFOX6组.结论: XELOX 方案一线治疗晚期结、直肠癌有确切疗效,不良反应能耐受,与FOLFOX6方案相当,但XELOX方案用药更为方便,安全性更好.     

IFL

An IFL regimen combining irinotecan, a bolus administration of 5-fluorouracil (5-FU) and leucovorin (LV) was associated with a significantly better response rate, progression-free survival and median overall survival, compared to 5-FU/LV against metastatic colorectal cancer. Despite a favorable initial report, randomized trials have suggested that triple therapy may be more toxic (severe neutropenia, diarrhea), leading to unacceptably high rates of early treatment-related mortality. On the other hand,a survival benefit for the oxaliplatin-containing regimen (FOLFOX 4) compared to bolus IFL, has been shown from INT trial 9741, and a European trial (V 308) suggests similar efficacy for combinations of irinotecan or oxaliplatin with short-term infusional 5-FU/LV (FOLFIRI or FOLFOX 6). Overall, FOLFIRI or FOLFOX regimen is now a standard option for first-line treatment of metastatic CRC.     

FOLFOX2 in the treatment of advanced colorectal cancer: a comparison between elderly and middle aged patients

The effectiveness of chemotherapy in elderly patients is still a matter of debate. We analyzed the toxicity and efficacy of the original FOLFOX2 regimen in middle aged and elderly patients affected by metastatic colorectal cancer. Consecutive patients with metastatic CRC and measurable disease were eligible. Seventy-eight partially pretreated patients were enrolled: 58 patients were defined as middle aged (<70 years) and 20 were elderly patients (>70 years). Elderly patients in comparison to middle-aged patients in a higher percentage were males. No significant differences were found in hematological and non-hematological toxicity between the two groups. No significant differences were found in the response rates, time to progression (5.9 vs. 6.0 months respectively), or median overall survival (20.9 and 21.8 months, respectively) between middle aged and elderly patients. The FOLFOX2 regimen provides equivalent feasibility, efficacy, and survival gain in middle-aged and in elderly patients with metastatic CRC.