肝癌细胞p15基因CpG岛甲基化研究

目的通过检测肝癌细胞株HepG2的抑癌基因p15基因启动子区CpG岛的甲基化状态,探讨其与肿瘤发生的可能相关性。方法应用甲基化特异性PCR(MSP)技术,对人肝癌细胞株HepG2的p15基因启动子区域CpG岛的甲基化状态进行检测,以人淋巴瘤细胞株Raji为阳性对照,以正常人外周血单核细胞(PBMC)和肝细胞为阴性对照。结果肝癌细胞HepG2中p15基因启动子区域CpG岛甲基化和非甲基化检测均呈阳性,正常人外周血单核细胞和肝细胞甲基化检测阴性。结论肝癌细胞株HepG2抑癌基因p15基因CpG岛存在高度甲基化,可能与肝癌的发生相关。     

5-Aza-CdR对肝癌细胞DAPK基因甲基化的影响

目的探讨去甲基化药物5-氮杂-2’-脱氧胞苷(5-Aza-CdR)对人肝癌细胞株SMMC-7721中死亡相关蛋白激酶(DAPK)基因启动子CpG岛甲基化的影响。方法不同浓度(0.5μmol/L、5.0μmol/L、50.0μmol/L)5-Aza-CdR处理人肝癌细胞株SMMC-772172小时后,用焦磷酸测序法检测处理前后DAPK基因启动子CpG岛甲基化水平。以未经处理的人肝癌细胞株SMMC-7721作为对照组。结果未经5-Aza-CdR处理的肝癌细胞SMMC-7721细胞株DAPK基因启动子高度甲基化,平均水平为76.71%。经3种不同浓度药物处理72小时后,各组间甲基化平均水平分别为78.29%、77.57%和66.00%,各组间甲基化水平差异均有统计学意义(F=39.71,P<0.01)。其中,50.0μmol/L处理组细胞甲基化水平最低,与其他各组差异均有统计学意义(P<0.01)。结论 SMMC-7721细胞株DAPK基因启动子区呈高度甲基化状态;5-Aza-CdR能够逆转人肝癌细胞SMMC-7721DAPK基因启动子区域的甲基化状态。     

人肝癌细胞系Slit/Robo启动子甲基化状态及基因表达的研究

目的 研究Slit/Robo信号通路相关基因Slit1、Slit2、Slit3和Robo1、Robo3在多种人肝癌细胞系中的表达及甲基化状态,探讨与肝癌发生和发展的关系. 方法提取9种人肝细胞癌细胞株(Hep3B、HepG2、PLC/PRF/5/PRF/5、SMMC-7721、BEL-7402、MHCC97-H,MHCC97-L、LM3、LM6)及对照细胞株L02的基因组DNA和总RNA,采用半定量逆转录聚合酶链反应技术和甲基化特异性聚合酶链反应技术检测Slit1、Slit2,Slit3和Robo1,Robo3基因的基因表达水平与启动子甲基化状态.实验数据应用Paired t检验. 结果 Slit1、Slit2、Slit3基因除个别细胞株外,在不同转移潜能细胞株中均发生了DNA甲基化,同时Slit1和Slit3在mRNA水平几乎均不表达,Slit2基因表达程度在不同转移潜能的细胞株之间存在差异,随着转移潜能的增加表达大致呈下降趋势.作为Slit2受体的Robo1基因在10株肝癌细胞株中均发生甲基化修饰,但除在SMMC-7721、BEL-7402、L02不表达外,其余7种细胞株均有表达.Robo3基因相关CpG岛在9种肝癌细胞株中均未发生甲基化,同时其在mRNA水平均无表达. 结论 Slit/Robo可能在肝癌发生和发展中发挥作用.而Robo3则在肝癌中不发生表达而且其表达沉默可能不受甲基化方式调控.     

黑色素瘤相关抗原A1在肝癌细胞株中的表达与基因甲基化程度的相关性

目的 探讨人肝癌细胞株中黑色素瘤相关抗原A1(MAGE-A1)表达状况与肝癌细胞基因甲基化的关系。方法 提取10种人肝癌细胞株的总RNA,用逆转录聚合酶链反应对细胞株的MAGE-A1基因的表达进行检测;提取10种人肝癌细胞株的基因组DNA,用限制性酶切和Southern印迹杂交对每种细胞的基因组甲基化程度进行定量分析。另外对基因组DNA行HpaⅡ酶切后,用引物CDS21、EDP4和CDS20、EDP4进行聚合酶链反应扩增,然后用特异性探针杂交来检测肝癌细胞株MAGE-A1启动子的甲基化状态。用特异性序列聚合酶链反应方法检测每一种细胞株的人白细胞抗原-A位点型别。结果 QGY-7703、SMMC-7721、HLE、BEL-7402、BEL-7404、BEL-7405肝癌细胞株的MAGE-A1基因表达阳性,且细胞分化程度均为中低分化;HepG2 2．2．15、HepG2、QGY-7701和Huh7肝癌细胞株的MAGE-A1基因表达阴性,且细胞分化程度均为高中分化。通过定量分析表明,MAGE-A1表达的肝癌细胞株与MAGE-A1不表达的肝癌细胞株比较,前者基因组甲基化程度较低(t=2．896,P=0．02)。肝癌细胞株MAGE-A1基因启动子区甲基化分析结果表明HepG2 2．2．15、HepG2、QGY-7701和Huh7为高甲基化,SMMC-7721、HLE、BEL-7402、BEL-7404、BEL-7405为低甲基化。结论 肝癌细胞株MAGE-A1 mRNA表达与其基因甲基化程度有关。     

人胰腺癌细胞株MUC2基因启动子区甲基化状态检测和分析

近年表观遗传学修饰方式之-的DNA甲基化成为肿瘤研究的热点。目前已发现胰腺癌中存在MUC2表达异常。目的：探讨人胰腺癌细胞株MUC2表达与其基因启动子区甲基化的关系，以了解胰腺癌的发生机制。方法：以人胰腺癌细胞株AsPC-1、BxPC-3、CFPAC-1、PANC-1、SW1990和PaTu8988s为研究对象，以逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）和免疫细胞化学方法检测去甲基化制剂DNA甲基转移酶抑制剂5-氮杂-2’-脱氧胞苷（5-Aza-CdR）处理前后各胰腺癌细胞株MUC2 mRNA／蛋白表达的变化，以甲基化特异性PCR（MSP）结合测序检测MUC2基因启动子区CpG岛甲基化状态。结果：5-Aza-CdR处理前．胰腺癌细胞株AsPC．1、CFPAC-1和SW1990无MUC2mRNA／蛋白表达或低表达：经5-Aza-CdR处理后，MUC2mRNA／蛋白重新表达。MSP结合测序显示上述胰腺癌细胞株MUC2基因启动子区CpG岛存在高甲基化。结论：人胰腺癌细胞株MUC2表达抑制与其基因启动子区CpG岛高甲基化相关。MUC2基因启动子区CpG岛高甲基化可能在胰腺癌的发生、发展中起-定作用。     

乙型肝炎病毒X蛋白调控sFRP1和sFRP5启动子区的甲基化修饰及其分子机制的探讨

目的探讨乙型肝炎病毒X蛋白调控sFRP 1、sFRP5启动子区的甲基化修饰分子机制,以期指导乙型肝炎病毒感染所致疾病的临床治疗。方法选取标本株HBV并对其进行培养,提取DNA,纯化后分别进行甲基化特异性PCR和硫化测序PCR,对目的基因进行测序。结果稳定表达HBV的HepG2.2.15细胞株sFRP1、sFRP5基因的启动子区CpG岛的甲基化程度比HepG2细胞株高,经DAC处理的稳定表达HBV的HepG2.2.15细胞株的sFRP1、sFRP5启动子区CpG岛甲基化程度有部分回落且呈药物剂量依赖。乙型肝炎病毒X蛋白可对sFRP1、sFRP5基因的启动子区的甲基化起到诱导作用;DAC可逆转HBV X蛋白所诱导的sFRP1启动子区甲基化程度,且呈剂量依赖;进行sFRP1基因扩增时,HBx组的甲基化程度比GFP组高。结论乙型肝炎病毒x蛋白通过诱导相关的甲基化转移酶以及甲基化CpG粘附蛋白而富集于sFRP1基因和sFRP5基因的启动子区,从而促进基因CpG岛的甲基化,并且还可以诱导组蛋白的脱乙酰化,最终导致sFRP1基因和sFRP5基因的表达下调或沉默。     

TIP30基因启动子甲基化与大肠癌细胞5-氟尿嘧啶化疗敏感性的关系

目的探讨TIP30启动子CpG岛甲基化状态与大肠癌细胞对5-氟尿嘧啶(5-Fu)敏感性的关系。方法采用MTT法检测HCT116和HT29大肠癌细胞株对5-Fu的敏感性。应用甲基化特异性PCR(MSP)方法,检测2细胞株对5-Fu敏感性有差异的大肠癌细胞株中TIP30基因启动子CpG岛甲基化状态,并用RT-PCR检测其mRNA的表达水平。结果 TIP30基因在HCT116及HT29癌细胞中甲基化状态有差异,其表达水平与启动子CpG岛甲基化状态有关,并且二者对5-氟尿嘧啶敏感度不同。结论 TIP30基因启动子甲基化状态可能影响大肠癌细胞对化疗药物的敏感性,为大肠癌患者的个体化治疗提供了可能。     

5-杂氮-2’脱氧胞苷对肝癌细胞中TIMP-3基因的作用

目的观察多株肝癌细胞中TIMP-3CpG岛的甲基化状况,观察甲基化药物5-杂氮-2’脱氧胞苷对肝癌细胞株中TIMP-3基因表达及其CpG岛甲基化程度的影响。方法运用MSP定性检测8株肝癌细胞中TIMP-3CpG岛甲基化状况。使用去甲基化药物5-杂氮-2’脱氧胞苷对甲基化阳性的细胞株进行于预,观察干预组与对照组TIMP-3基因表达差异,并使用焦磷酸测序技术定量检测CpG岛甲基化差异。结果在8株肝癌细胞系中C3A、Hep-3B、HepG23株检测到TIMP-3CpG岛甲基化阳性。经去甲基化药物干预后,在这3株肝癌细胞中均发现TIMP-3mRNA的表达较对照组有明显上调（P〈0．05）,CpG岛的甲基化率下降（P〈0．05）。结论甲基转移酶抑制剂能显著降低肝癌细胞株TIMP-3CpG岛甲基化程度及上调TIMP-3mRNA的表达。     

人XAF1基因启动子的克隆及其在人肝癌细胞株中活性的测定

目的分析XAF1基因启动子在肝癌细胞株中的活性,为研究XAF1基因转录调控的基本机制奠定基础。方法从肝癌细胞株中扩增XAF1基因的1395bp启动区域片段并分别克隆到报告基因载体pGL3-basic和pEGFP-1中,分别将含有XAF1基因启动子的报告基因载体pGL3-basic和pEGFP-1转染肝癌细胞株HepG2、SMMC7721,检测萤火虫荧光素酶的活性并观察绿色荧光蛋白的表达。通过转染细胞、荧光素酶活性测定及观察绿色荧光蛋白的表达,检测其启动子活性。结果重组的质粒经双酶切和测序结果证实克隆的XAF1启动子片段序列正确;转染后的HepG2、SMMC7721荧光素酶相对发光强度分别是6．97±0．74、6．12±0．59。其绿色荧光蛋白强度明显低于对照组。结论本实验构建的含XAF1启动子的报告基因质粒为研究XAF1基因的转录调控提供实验依据。     

非霍奇金淋巴瘤SHP-1、SOCS-1基因甲基化状态及其意义

目的探讨蛋白质酪氨酸磷酸酶1（SHP-1）、细胞因子信号转导抑制蛋白1（SOCS1）基因启动子区CpG岛异常甲基化状态与非霍奇金淋巴瘤（NHL）发生、发展的关系。方法收集89例初治NHL及20例良性淋巴组织增生患者病理组织,以甲基化特异性PCR法测定SHP-1、SOCS1基因启动子区CpG岛甲基化状态。结果 NHL病理组织SHP-1、SOCS1基因启动子区CpG岛甲基化频率分别为80.90%、2.25%,对照组20例良性淋巴组织增生病理组织未见SHP-1及SOCS1基因启动子区CpG岛甲基化。结论 SHP-1基因启动子区CpG岛在NHL中存在高度甲基化,而SOCS1基因甲基化现象在NHL中少见。SHP-1基因甲基化可作为NHL一个良好的分子诊断标记及可能的治疗靶点。     

乙型肝炎病毒X蛋白通过DNMT3A诱导肝癌细胞RUNX3基因高甲基化

目的研究肝癌细胞中乙型肝炎病毒X蛋白(HBx)对抑癌基因Runt相关转录因子3(RUNX3)表达的影响及相关作用机制,探讨乙肝病毒促肝癌发生的表观遗传调控。方法HBx重组表达载体转染5-aza-CdR处理或未处理的Huh7、HepG2肝癌细胞,Western Blot及RT-qPCR检测RUNX3 的表达,分析RUNX3基因启动子CpG岛甲基化水平。合成DNA甲基转移酶3A的小干扰RNA(siRNA_3A)单独转染或与HBx共转染,检测RUNX3的表达。PCR检测21例手术切除的肝细胞癌新鲜组织标本HBx表达情况,比较HBx阴性与HBx阳性组织样本间RUNX3的表达差异以及启动子甲基化程度。结果过表达HBx可导致肝癌细胞内RUNX3表达下调,且甲基转移酶抑制剂5-aza-CdR可完全阻断HBx对RUNX3的抑制作用。HBx诱导RUNX3基因启动子CpG岛发生高甲基化,但不影响DNA甲基转移酶的表达。siRNA_3A转染肝癌细胞后,RUNX3 mRNA与蛋白表达均显著上调;其与HBx共转染后,逆转了单独HBx对RUNX3的抑制作用。HBx阳性的肝癌组织中RUNX3 mRNA表达水平较HBx阴性组低,且RUNX3启动子甲基化程度也相对较高。结论HBx通过促进RUNX3启动子区域发生高甲基化而抑制其表达,且这一过程是由DNMT3A所介导的。     

IRX1在胰腺癌中的表达及其启动子区甲基化状态

目的 检测胰腺癌的易洛魁族同源盒基因(IRX1)的表达及其启动子区的甲基化状态,探讨两者间的相关性.方法 采用实时PCR法检测12例胰腺癌组织及6株胰腺癌细胞株的IRX1 mRNA 表达.基因序列分析IRX1基因启动子区结构.应用甲基化抑制剂5-氮杂-2＇-脱氧胞苷(5-Aza-dC)处理胰腺癌细胞,采用甲基化特异性PCR(MSP)、非甲基化特异性PCR (USP)及实时PCR检测处理前后IRX1启动子甲基化状态和IRX1 mRNA表达.结果 胰腺癌组织IRX1 mRNA的表达量为0.31±0.11,显著低于癌旁正常胰腺组织的1.05±0.32(P ＜0.01).胰腺癌细胞AsPCl、BxPC3、Capan-2、PANC1、PaTu8988和SW1990的IRX1 mRNA表达量分别为0.36±0.08、0.34±0.16、0.37±0.11、0.25±0.06、0.31±0.04、0.36±0.02,均显著低于人肾上皮293细胞的1.03±0.28(P＜0.05或＜0.01).IRX1基因启动子区富含CpG岛.各胰腺癌细胞株IRX1基因启动子CpG岛对应位点均有甲基化,经5-Aza-dC处理后甲基化状态得以逆转,IRX mRNA的表达也得以恢复.结论 胰腺癌的IRX1 mRNA表达下降,与其IRX1基因启动子区CpG岛高甲基化状态相关.     

胃癌患者TIMP3基因启动子区CpG岛甲基化状态及蛋白表达

目的探讨胃癌组织中TIMP3基因启动子区CpG岛甲基化及蛋白的表达与胃癌生物学行为的关系,并分析TIMP3基因启动子区CpG岛甲基化与其蛋白表达的相关性。方法采用甲基化特异性PCR(MSP)技术和免疫组织化学SP法检测45例患者的胃癌组织、正常胃黏膜组织中TIMP3基因启动子区CpG岛甲基化情况及蛋白的表达。结果 TIMP3基因启动子区CpG岛在胃癌及正常组织中的甲基化阳性率分别为31.1%和0(P<0.05);TIMP3蛋白在胃癌及正常组织中的阳性表达率分别为46.7%和90.5%(P<0.05);TIMP3基因启动子区CpG岛甲基化及蛋白的表达分别与胃癌的分化程度、淋巴结转移有关(P<0.05)。TIMP3基因启动子甲基化与蛋白表达呈明显的负相关(P<0.05)。结论 TIMP3基因启动子区CpG岛的异常甲基化是引起蛋白表达缺失的主要原因,TIMP3基因启动子区CpG岛的异常甲基化与胃癌的发生发展有关。     

胰腺癌细胞系BxPC3及胰腺癌组织Ras相关区域家族1A启动子CpG岛的甲基化状态

目的 检测Ras相关区域家族1A(Ras association domain family 1A,RASSF1A)在胰腺癌细胞株BxPC3及胰腺癌组织中的甲基化状态,探讨其启动子异常甲基化在胰腺癌发病机制中的可能作用.方法 采用结合重亚硫酸盐的限制性内切酶法(combined bisulfite restriction analysis,COBRA)检测胰腺癌细胞株BxPC3、5例正常胰腺组织、13对胰腺癌及相应癌旁正常胰腺组织中RASSF1A启动子CpG岛的甲基化状态,计算其甲基化率.以甲基化酶抑制剂5-Aza-dC(5-Aza-2-deoxycitydine)处理BxPC3,观察处理前后甲基化率变化情况及RASSF1A mRNA表达变化.结果 在BxPC3细胞株中,RASSF1A启动子的CpG岛甲基化率为62.90%;正常胰腺、癌旁及癌组织中平均分别为9.14%、53.79%和55.82%.与正常胰腺组织相比,胰腺癌旁及癌组织的RASSF1A启动子甲基化率明显增高(P值<0.01),而癌旁及癌组织之间无明显差异(P>0.05).BxPC3经5-Aza-dC处理后,RASSF1A的CpG岛甲基化率显著下降至42.50%(P<0.05),同时RASSF1A mRNA表达增强.结论 RASSF1A启动子CpG岛异常甲基化是胰腺癌发生发展中的早期事件,可能参与胰腺癌的发病过程.     

DNA低甲基化与肝细胞癌

DNA甲基化是一种表遗传修饰,是由DNA甲基转移酶（DNMT）催化以S-腺苷甲硫氨酸（SAM）作为甲基供体将胞嘧啶转变为5-甲基胞嘧啶的一种反应,这种修饰反应通常发生在CpG二核苷酸上.CpG二核苷酸在人类基因组中约占10%,其分布是非随机的,其中70%～80%呈甲基化状态,这种甲基化修饰主要集中在CpG密度较低的区域及DNA重复序列,而另一小部分CpG密度较高的区域称为CpG岛,通常位于基因的5＇端,覆盖基因启动子及第一外显子.人类基因组中约有45000个CpG岛,这些CpG岛通常未被甲基化[1].     

肺癌患者PTEN基因启动子甲基化和转录表达的研究

目的 探讨张力蛋白同源的磷酸酶基因(PTEN)启动子CpG岛甲基化状态和基因表达水平与肺癌发生的关系.方法 用甲基化特异性PCR检测PTEN启动子CpG岛甲基化状态,实时定量PCR 检测PTEN mRNA的表达水平.结果 在肺癌组织中PTEN基因启动子甲基化的频率为26.67%(12/45),在肺正常组织中未发生甲基化(χ2=7.448,P＜0.01).正常组织中PTEN mRNA全部表达,肺癌组织中表达缺失率为22.22%(10/45),且表达量低于正常肺组织(t=-14.156,P＜0.001),不同年龄、性别、肿瘤大小、恶性程度、肿瘤分类中其表达量无显著性差异(P＞0.05);PTEN甲基化与其mRNA表达下降密切相关.结论 肺癌中PTEN基因启动子甲基化频率明显升高,其表达普遍下调或缺失,提示PTEN启动子甲基可在肺癌发生、发展中起一定作用.     

SOCS-3基因在结肠癌中的表达及其甲基化测定

目的通过对SOCS-3基因在结肠癌和癌旁组织中的表达及其启动子甲基化状态的测定,探讨其与结肠癌发生、发展和转移的关系。方法收集40例结肠癌患者的肿瘤标本、20例癌旁组织及10例正常结肠组织,运用甲基化特异性PCR测定SOCS-3基因CpG岛甲基化状态,同时运用实时定量PCR分析SOCS-3基因在结肠癌组织中的表达水平。结果40例结肠癌组织中有34例(85%)存在SOCS-3基因CpG岛的异常甲基化,癌旁组织中有2例(10%),而正常结肠组织中未检测到SOCS-3基因CpG岛的异常甲基化;结肠癌组织中SOCS-3基因CpG岛甲基化组与无甲基化组相比,其SOCS-3基因的相对表达量明显减少(P0.05),表明SOCS-3基因CpG岛甲基化可导致SOCS-3基因表达降低。SOCS-3基因CpG岛甲基化与性别、年龄无关(P0.05),而与肿瘤病理分级、TNM分期有关(P0.05)。结论结肠癌中存在SOCS-3基因CpG岛异常甲基化,且CpG岛的甲基化导致其基因表达降低。SOCS-3基因CpG岛甲基化可能参与了结肠癌的发生、发展和转移。     

短发夹状RNA抑制survivin基因在肝癌细胞中的表达

目的 构建抗凋亡因子survivin的短发夹状RNA(shRNA)，观察其在肝癌细胞株HepG2、SMMC—7721中对survivin基因表达的抑制作用。方法 设计，合成两对survivin编码基因的反向重复序列，中间分别间隔4和8个nt，分别定向克隆至载体pTZU6 1的U6转录启动子下，构建pshRNA—survivin1和pshRNA—survivin2重组质粒，与表达survivin基因的质粒pEGFP—Cl—survivin共转染肝癌细胞株HepG2和SMMC—7721，荧光显微镜下观察融合蛋白中GFP的表达以分析pshRNA—survivin对survivin基因表达的抑制作用。结果 酶切分析和测序证实pshRNA—survivin1和pshRNA—survivin2构建成功；两组shRNA对survivin的表达均有明显的抑制作用，抑制率达80％以上；两重组质粒在HepG2和SMMC—7721两种细胞中抑制目的基因的作用无明显差异；反向重复序列中间隔4或8个nt构建的shRNA，对抑制目的基因的表达无显著差异。结论 构建的pshRNA—survivin重组质粒能有效抑制survivin基因在肝癌细胞株HepG2、SMMC—7721中的表达。     

启动子区域甲基化对肺腺癌GPC5表达的调控作用及意义

目的 研究启动子区域CpG岛的甲基化对肺腺癌细胞GPC5表达的调节作用.方法 在线预测GPC5启动子区域CpG岛的分布,合成甲基化特异性聚合酶链反应(Methylation specific polymerase chain reaction,MSP)引物,甲基化酶特异性抑制剂5-氮杂-2'-脱氧胞嘧啶核苷(5-AZA)处理肺腺癌细胞系A549、SPC-A1及永生化支气管上皮细胞HBE,检测处理前后GPC5表达的变化.同时用MSP方法检测肺腺癌组织标本中GPC5基因启动子区域CpG岛甲基化情况,以探讨其可能的临床意义.结果 GPC5在正常的支气管上皮中不表达,而在肺腺癌细胞系中均有明显表达.5-AZA处理后,GPC5在A549及SPC-A1中的表达均上调,提示启动子区域CpG岛的甲基化参与了GPC5基因表达的调节.但肺腺癌组织标本中GPC5基因启动子区域CpG岛呈现低甲基化状态,提示这种低甲基化状态参与了肺腺癌细胞中GPC5表达的上调.结论 GPC5基因启动子区域的甲基化参与了其表达的调控,可能是导致肺腺癌中GPC5上调的一个重要因素.     

肝癌细胞中OY-TES-1基因启动子的甲基化状态

目的:研究肝癌细胞株OY-TES-1启动子的甲基化状态及甲基转移酶抑制剂对其启动子甲基化的影响.方法:运用生物信息学在线软件预测OY-TES-1启动子区域及转录因子结合位点;应用亚硫酸氢盐测序法(bisulfite-sequencing PCR,BSP)分析目的基因CpG位点的甲基化状态;用甲基转移酶抑制剂5-Aza-...