基于网络药理学和分子对接技术探讨化橘红治疗酒精性肝损伤的潜在作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接技术研究化橘红抗酒精性肝损伤的潜在分子作用机制。方法 在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）中获取化橘红的有效成分以及成分靶点，使用GeneCards、OMIM、TTD和DisGenet数据库获取疾病靶点基因信息，借助韦恩图选取活性成分靶点以及疾病靶点基因的交集获取化橘红治疗酒精性肝损伤的潜在作用靶点；利用STRING数据库构建蛋白相互作用网络（PPI），并采用Cytoscape软件得到核心靶点网络图；最后使用Metascape数据库对核心靶点进行基因本体论（GO）功能富集和基因百科全书（KEGG）分析，利用AutoDock Tools进行活性成分与核心靶点的分子对接验证。结果 得到10个有效成分、98个成分靶点基因和1 531个疾病靶点基因，两者取交集后获取67个交集靶点。利用STRING数据库和Cytoscape软件最终得到肿瘤蛋白p53（TP53）、前列腺素内过氧化物酶2（PTGS2）、半胱氨酸蛋白酶3（CASP3）、转录因子AP-1（JUN）、蛋白激酶B1（AKT1）5个核心靶点。GO分析和KEGG分析分别获得过氧化物酶体等50条目和脂质、动脉粥样硬化等20条信号通路。结论 化橘红可通过多个成分作用于多个靶点发挥抗炎、抑制细胞凋亡等作用，进而抑制酒精性肝损伤。     

基于UPLC法和网络药理学的黄芩茎叶防治新型冠状病毒肺炎潜在作用机制研究

目的 利用超高效液相色谱（UPLC）对黄芩茎叶中的黄酮类、酚酸类成分进行分析与评价,基于网络药理学和分子对接探讨黄芩茎叶防治新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在作用机制。方法 采用UPLC测定11个产地黄芩茎叶样品中9种黄酮类、3种酚酸类成分的含量,并利用SPSS 19.0对不同产地样品进行主成分分析。利用TCMSP数据库获取上述12种化学成分的作用靶点,使用GeneCards及NCBI数据库获取COVID-19靶点,导入Cytoscape 3.7.0软件建立药物-化学成分-靶点-疾病网络,导入STRING数据库获取靶点PPI网络,导入Bioconductor进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。利用AutoDock Vina将化合物与新型冠状病毒（SARS-CoV-2）S蛋白受体结合结构域与血管紧张素转化酶II（ACE2）蛋白酶结构域复合物（SARS-CoV-2-S-RBD-ACE2）进行分子对接。结果 不同产地黄芩茎叶中均含有丰富的黄酮类、酚酸类成分,但含量差异较大,野黄芩苷为黄芩茎叶中含量最高的成分,相同产地黄芩茎叶化学成分相似度较高,不同产地黄芩茎叶化学成分相似度较低,表明不同产地黄芩茎叶样品化学成分含量差异可能与产地生态环境诸多生态因子密切相关。网络药理学结果显示黄芩茎叶10种成分可通过干预30个靶点、127条通路发挥防治COVID-19的作用。分子对接结果显示,10种化学成分与SARS-CoV-2-SRBD-ACE2均有较好的结合活性,其中8种成分的结合活性优于诊疗方案中4种COVID-19治疗药物。结论 研究建立了简单快速、全面可靠分析评价不同产地黄芩茎叶中黄酮类、酚酸类成分的方法,可为黄芩茎叶质量控制、资源综合利用提供思路。黄芩茎叶治疗COVID-19具有多成分、多靶点、多途径的特点,对COVID-19引起的免疫系统紊乱、炎症等具有潜在的防治作用。黄芩茎叶中多种黄酮类、酚酸类成分具有潜在的抗SARS-CoV-2活性及COVID-19治疗作用。黄芩茎叶、黄芩茎叶解毒胶囊和由黄芩茎叶制得的黄芩茶可用于COVID-19的防治中,黄芩茎叶亦可作为原料提取用于治疗COVID-19的活性成分。     

基于网络药理学和分子对接探讨菟丝子治疗胰岛素抵抗的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨菟丝子治疗胰岛素抵抗(IR)的分子机制。方法 运用中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库,筛选菟丝子的化合物和有效靶点;使用GeneCards、OMIM和DisGeNET数据库预测IR的相关靶点,并利用Uniprot数据库转换成相应的基因名称;选取Cytoscape软件构建菟丝子—活性成分—靶点网络关系图、String数据库构建靶点蛋白质—蛋白质相互作用(PPI)网络;利用David数据库进行GO生物学功能富集分析和KEGG通路富集分析,并绘制柱状图和气泡图;使用Autodocktools软件对活性成分与核心靶点进行分子对接分析。结果 获得菟丝子的关键化合物10个、药物靶点207个、疾病靶点1 279个、交集靶点122个,得到JUN、AKT1、TP53、RELA、MAPK1和TNF 6个PPI网络核心分子,网络药理学结果提示菟丝子可能通过TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路和FoxO信号通路等121条信号通路参与调控IR。分子对接结果显示,菟丝子中活性成分槲皮素、苦参碱、β-谷甾醇与核心靶点JUN、TP53、MAPK1和RELA间存在结合位点。...     

UPLC-Q-TOF-MS/MS结合网络药理学探讨糌粑炒制铁棒锤药效物质基础及其抗炎作用机制

目的：通过高效液相色谱四极杆飞行时间质谱联用技术（UPLC-Q-TOF-MS/MS）及网络药理学方法,探究糌粑炒制铁棒锤发挥抗炎作用的物质基础及机制,为其深入研究提供参考依据。方法：采用UPLC-Q-TOF-MS/MS技术,整理获得糌粑炒制铁棒锤的化学成分,在此基础上寻找与炎症相关的潜在靶点,采用网络药理学的方法对糌粑炒制铁棒锤药效物质作用机制进行研究,以其中的30种活性成分和1334种抗炎靶点蛋白为网络节点构建“分子-靶点”网络,并对相关抗炎靶点进行基于String数据库的蛋白相互作用分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)的通路富集分析。结果：通过分析,筛选出候选活性分子和抗炎靶点,得出候选化合物分子包括Linolic acid、Magnoflorine、Flavamine、Guan-fu base A、Isopimpinellin、Delavine、2,2’-Methylenebis(6-tert-butyl-4-methylphenol)、Bergapten、Syringin。结论：本研究采用UP...     

基于UPLC-Q-Exactive Focus-MS/MS技术的酸枣仁化学成分分析及其抗阿尔茨海默病机制的网络药理学研究

目的 通过超高效液相色谱-静电场轨道阱高分辨质谱（UPLC-Q-Exactive-Focus-MS/MS）分析酸枣仁中的化学成分,依据解析的化学成分及中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、本草组鉴数据库（HERB）获取的酸枣仁主要成分结合网络药理学和分子对接技术初步预测其抗阿尔茨海默病（AD）的药效物质基础,筛选出潜在功效成分,预测作用机制。方法 采用UPLC-Q-Exactive Focus-MS/MS对酸枣仁进行化学成分分析,分别在正、负离子模式下扫描,结合对照品、文献中的碎片离子信息、保留时间进行匹配,确认化学成分。利用TCMSP、HERB数据库获取酸枣仁的主要成分及其对应作用靶点信息;通过GeneCards、OMIM数据库获得AD相关疾病靶点;将酸枣仁主要成分对应靶点与AD靶点取交集,借助String 11.5平台和Cytoscape 3.7.2软件绘制交集基因蛋白质相互作用（PPI）网络;利用DAVID 6.8对核心靶点进行基因本体（GO）功能与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,通过微生信云平台对富集结果可视化;借助AutoDock Tools软件对核心成分及关键靶点基因进行分子对接。结果 酸枣仁定性分析中共鉴定出40个化合物,主要包括3个有机酸类、28个黄酮类、8个生物碱类、1个皂苷类;筛选出发挥改善AD作用的核心成分5个,包括拟雌内酯、油酸、山柰酚、乌药碱、酸李碱;酸枣仁改善AD的核心靶点有JUN、AKT1、STAT3、MAPK14、ESR1、IL16等;KEGG通路分析共得到157条通路,其中PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路排名靠前;GO富集分析得到生物过程（BP）条目336个、细胞组分（CC）条目45个、分子功能（MF）42个。分子对接结果显示,酸枣仁的4个核心成分与关键靶点间存在分子结合位点且结合能较强,均小于-20.93 kJ·mol^-1。结论 通过UPLC-Q-Exactive-Focus-MS/MS解析的化学成分结合网络药理学、分子对接预测了酸枣仁是通过多成分、多靶点、多途径来发挥抗AD作用的。     

虎杖治疗肺动脉高压作用机制的网络药理学研究

目的 探讨虎杖药材治疗肺动脉高压（PAH）的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）和PubMed检索虎杖活性成分,构建活性成分库。通过TCMSP获取活性成分的潜在靶点,利用Uniprot数据库获取潜在靶基因。利用人类基因数据库（GeneCards）和人类孟德尔遗传数据库（OMIM）筛选PAH致病靶点与活性成分靶点基因,构建“药物-活性成分-疾病靶点”可视化网络。将潜在靶点导入String数据库,构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络;利用DAVID数据库将潜在靶点进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。将节点度值排名前7的活性成分与排名前6的核心靶点利用AutoDock Tools和PyMOL软件进行分子对接和可视化分析。结果 筛选出活性成分39个,对应靶基因323个,与PAH共同靶点138个。经PPI网络分析,其中关键靶点涉及AKT1,VEGFA,TNF等;GO功能富集分析主要涉及低氧反应、炎性反应、血管再生等功能;KEGG通路富集分析主要涉及细胞增殖、细胞凋亡、炎性反应等信号通路;分子对接结果表明,虎杖药材活性成...     

基于UHPLC-Q-TOF-MS技术和网络药理学的金莲花抗炎药效物质基础及作用机制研究

目的 基于超高效液相色谱–四级杆–飞行时间串联质谱（UHPLC-Q-TOF-MS）法、网络药理学和分子对接验证探讨金莲花抗炎的药效物质及机制。方法 根据质谱信息结合对照品、文献和数据库指认金莲花中化学成分信息;借助Swiss ADME平台及查询文献来筛选金莲花潜在活性成分;通过Swiss Target Prediction数据库预测金莲花活性成分的作用靶点;采用OMIM、GeneCards、DrugBank、DisGeNET数据库获取炎症的相关靶点;利用Venn图取药物活性成分靶点与疾病靶点交集后,用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络（PPI）;用Metascape数据库对核心靶点进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析;借助Cytoscape软件构建“活性成分–炎症靶点–富集通路”网络;采用分子对接技术进行初步验证。结果 从金莲花中共鉴别出38个化合物,包括黄酮类23个,有机酸类10个,香豆素类1个,单糖2个以及苯乙素类2个;网络药理学研究表明,金莲花可能通过鼠尾草素、蓟黄素、香叶木素、阿魏酸、槲皮素和芹菜素等成分,作用于肿瘤坏死因子（TNF...     

基于网络药理学和分子对接技术的金卷升板胶囊治疗血小板减少症作用机制探讨

目的 运用网络药理学和分子对接技术预测金卷升板胶囊治疗血小板减少症的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）及GeneCards数据库筛选金卷升板胶囊治疗血小板减少症的相关化合物及其靶点。利用Cytoscape 3.9. 1软件构建活性成分-靶点网络;利用String数据库构建蛋白-蛋白互作（PPI）网络;利用Metascape平台进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用Autodock Vina软件进行分子对接。结果 共获得88个活性成分及159个共有靶点;关键通路包括癌症通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物的多配体受体（AGE-RAGE）信号通路及脂质和动脉粥样硬化信号通路等。获得槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇3个重要化合物,以及TP53,AKT1,JUN 3个核心靶点;分子对接最小结合能均小于-5.0 kcal/mol。结论 金卷升板胶囊可能通过槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等关键活性成分,作用于TP53,AKT1,JUN等潜在核心靶点,调控癌症通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路...     

基于网络药理学及分子对接探讨柴胡注射液退热的分子机制

目的 采用网络药理学方法及分子对接研究柴胡注射液（CI）退热作用的潜在机制。方法 使用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）检索、文献补充获取柴胡的活性成分、潜在靶点。借助GeneCards、DurgBank以及人类在线孟德尔遗传数据库（OMMI）数据库检索发热相关靶点。运用STRING数据库将交集靶点行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析;在Cytoscape中建立“柴胡注射液-活性成分-靶点基因-发热”的网络;利用David数据库行基因本体（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路分析;最后使用AutoDock Vina模拟分子对接。结果 柴胡共有活性成分17个,作用靶点210个,发热靶点1208个,交集靶点102个。GO条目747个,涉及对外来刺激的反应、炎症反应、细胞对肿瘤坏死因子的反应、对脂多糖反应等生物学过程。KEGG通路156条,涉及AGE-RAGE、TNF、IL-17等信号通路。分子对接中成分与靶点可较好结合。结论 CI通过多成分、作用于多靶点和途径对发热产生治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨鼻炎数据挖掘核心方苍耳子散作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究苍耳子散（CRZS）治疗异质性鼻炎的作用机制以及“多成分-多靶点-多通路”的整体药理作用特征。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索CRZS的活性成分及靶点;从GeneCards、DisGeNET、Phenopedia、TTD和PharmGKB数据库获取相关鼻炎的基因。通过STRING数据库与Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用STRING数据库对核心基因进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。通过Cytoscape软件构建“中药成分-靶点-信号通路”网络并筛选核心靶点;采用AutoDock软件对筛选得到的关键通路靶点进行分子对接。结果 CRZS有131个核心基因,鼻炎相关靶点756个,交集靶点41个。GO生物富集条目2005条,KEGG通路富集条目151条,HIF-1、Lipid and atherosclerosis、Fluid shear stress and atherosclerosis等通路最具连接可能。分子对接显示,CEZS靶点的有效成分与3...     

基于网络药理学及分子对接技术的复方丹参滴丸治疗心绞痛潜在分子机制探讨

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制。方法 通过中药系统网络药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索复方丹参滴丸的活性成分,利用GeneCards、Disgnet和TTD数据库检索心绞痛疾病相关靶点,通过String数据库和Metascape开放平台对复方丹参滴丸与心绞痛的交集靶点进行京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析及基因本体论（gene ontology,GO）注释。采用SYBYL2.1软件的Surflex-Dock模块对筛选的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果 从复方丹参滴丸中筛选出76种活性化合物,涉及500个潜在靶点。复方丹参滴丸成分靶点与心绞痛疾病靶点取交集,共获得457个交集靶点;复方丹参滴丸治疗心绞痛作用靶标的蛋白相互作用（PPI）网络中共包含158个节点,其中重要的靶点有STAT3、TP53、AKT1、JUN、MAPK1、HSP90AA1等。复方丹参滴丸通过调控炎症反应、凋亡信号通路、积极调节细胞迁移等GO生物过程,参与流体剪切应力与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、IL17信号通路等信号通路,发挥治疗心绞痛的作用。分子对接结果表明筛选得到的活性成分与靶点有较强的结合。结论 运用网络药理学研究方法推测出复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制及作用靶点,分子对接验证了筛选的关键活性成分与重要靶点具有较强的结合活性。     

基于网络药理学和分子对接探讨漆赛尔桑当松汤治疗类风湿性关节炎的作用机制

目的：基于网络药理学与分子对接探讨藏药漆赛尔桑当松汤治疗类风湿性关节炎的抗炎机制。方法：通过前期研究结果并将结果导入PubChem数据库和Swiss-Target-Prediction数据库收集漆赛尔桑当松汤药物的活性成分和作用靶点。通过Gene Cards等疾病数据库获取类风湿性关节炎的相关基因,将两者放入Venny中提取交集并导入STRING数据库构建PPI网络。使用Metascape数据库进行GO富集分析和KEGG通路分析。最后,将核心靶点与活性化合物进行分子对接。结果：筛选出74个漆赛尔桑当松汤的有效化学成分,检索出769个基因靶点,疾病数据库得到疾病靶点302个,两者取交集后共得到59个共同靶点。PPI网络显示类风湿性关节炎可能与TNF、VEGFA、CXCL8、TLR4等核心基因相关。GO和KEGG分析显示,漆赛尔桑当松汤治疗类风湿性关节炎主要涉及细胞因子产生的正向调节和细胞迁移的正向调节。信号通路主要包括MAPK、PI3K-Akt和C型凝集素受体信号通路。分子对接结果显示Abelmanihotols B、Abelmanihotols C和Rhamnocitrin与TLR4和...     

基于网络药理学和分子对接探究山茱萸-虎杖抗三阴性乳腺癌的作用机制

目的 利用网络药理学方法结合分子对接探究山茱萸-虎杖药对治疗三阴性乳腺癌的作用机制。方法采用TCMSP数据库获取药物的化学成分及其相关靶点;选择Gene Cards和OMIM数据库收集疾病的相关靶点,筛选出二者的共同靶点后可绘制蛋白质互作（PPI）网络;对关键靶点进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因组与基因组百科全书通路（KEGG）通路富集分析,最后进行分子对接验证。结果 筛选得到药物有效成分共20个;疾病相关靶点1512个,与药物共同靶点47个。通过PPI网络得出ESR1、EGFR和PTGS2为关键靶点。GO通路和KEGG富集分析显示,山茱萸-虎杖药对通过参与多种生物学过程抗三阴性乳腺癌;通过PI3K-Akt等信号通路调控病理进程。分子对接显示活性成分与核心靶点之间有较好的结合力。结论 山茱萸-虎杖可以通过多成分、多靶点、多途径发挥抗三阴性乳腺癌的作用,从而为其临床应用及相关机制的研究提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨西帕依麦孜彼子口服液抗良性前列腺增生的作用机制

摘要：目的:基于网络药理学和分子对接探讨西帕依麦孜彼子口服液抗良性前列腺增生（BPH）的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取西帕依麦孜彼子口服液的活性成分及靶点;通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD和DrugBank数据库获取BPH的靶点;获取药物-疾病交集靶点;构建"药物-成分-靶点"网络;建立蛋白互作网络（PPI）并进行拓扑分析;核心靶点进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析;核心成分与靶点进行分子对接验证。结果:西帕依麦孜彼子口服液治疗BPH的活性成分19个,作用靶点162个;排名前4的核心成分为槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇、β-胡萝卜素,靶点为RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶（AKT1）、转录因子AP-1（JUN）、丝裂原激活的蛋白激酶1（MAPK1）、抑癌剂p53（TP53）;主要涉及PI3K-AKT和MAPK等多条信号通路;核心成分与靶点具有较好的亲和力。结论:西帕依麦孜彼子口服液治疗BPH是通过多成分-多靶点-多通路共同作用实现的,为后续其机制研究提供依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨异功散治疗小儿厌食症的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探讨异功散治疗小儿厌食症的主要成分及作用机制。方法 通过TCMSP数据库查找异功散中口服利用度和类药性符合要求的化合物,并通过PubChem、UniProt数据库获得其已知靶点。通过GeneCards、OMIM、NCBI Gene、DisGeNET、TTD数据库获得小儿厌食症相关靶点。将异功散和小儿厌食症靶点取交集,并构建蛋白质相互作用（PPI）网络。通过中心度值、紧密中心度值、节点连接度值进一步筛选出关键靶点。将关键靶点蛋白进行基因本体论（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。采用PyMOL和AutoDock Vina软件将关键靶点和化合物进行分子对接。结果 异功散中共获得139个符合条件的化合物,相对应781个靶点,小儿厌食症共获得靶点2 278个,二者交集为369个靶点。通过PPI网络构建得到66个关键靶点,关键靶点的GO功能注释和KEGG通路富集分析得出生长因子应答、转录调节、癌症通路和蛋白磷酸化通路等生化过程和信号通路与异功散治疗小儿厌食症具有相关性。分子对接结果表明山柰酚、槲皮素、柚皮素、戈米辛B、12-异戊烯酰基-...     

基于体内暴露及网络药理学探讨鞣花酸干预胃肠道出血的作用机制

目的 基于超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱(UPLC-Q-TOF-MS)技术对口服给药鞣花酸后大鼠体内暴露成分进行分析鉴定,结合网络药理学探讨鞣花酸及其体内暴露成分治疗胃肠道出血(gastrointestinal bleeding,GIB)的作用机制。方法 采用UPLC-Q-TOF-MS鉴定大鼠口服鞣花酸后的外源性代谢产物,利用PharmMapper、SwissTargetPrediction数据库预测鞣花酸体内暴露成分的潜在作用靶点,通过GeneCards、OMIM、DRUGBANK数据库收集GIB相关疾病靶点,进一步筛选出成分与疾病的交集靶点;通过STRING 11.0数据库构建蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,借助CytoScape 3.8.2软件对PPI网络进行可视化分析,筛选核心作用靶点;采用Metascape分析平台对交集靶点进行GO分析和KEGG富集分析,并通过CytoScape 3.8.2软件构建成分-靶点-通路图。最后,基于AutoDockVina 1.1.2软件进行分子对接计算,验证化学成分与核心靶点的靶向关系。结果 基于UPLC-Q-TOF-MS分析,鉴定了鞣花酸体内暴露成分,包括鞣花酸原型成分及10个尿石素类代谢物,通过网络药理学预测,发现其潜在作用靶点500个,以及GIB相关靶点1 117个。SRC、PIK3R1、HRAS等为PPI网络的核心靶点。KEGG富集结果发现,该类成分主要涉及PI3K-Akt信号通路、抗EGFR酪氨酸激酶抑制剂通路、黏着斑信号通路等相关通路,GO富集分析主要涉及激酶活性调节、蛋白质丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶活性、蛋白质磷酸化等。分子对接结果显示,11个成分与6个核心靶点均有较好的结合活性。结论 鞣花酸体内暴露成分可能通过减少氧化应激,抑制炎症反应等发挥止血作用,为含有鞣花酸类相关中药治疗GIB的物质基础及作用机制研究提供科学依据。     

基于网络药理学对夏枯草治疗甲状腺结节的分子机制研究

目的 应用网络药理学的分析方法,预测夏枯草抗甲状腺结节的作用靶点及相关分子作用机制.方法 检索TCMSP数据库,筛选夏枯草有效成分和潜在作用靶点;运用Uniprot蛋白质数据库及Genecard数据库检索甲状腺结节的疾病靶点;采用Cytoscape 3.8.0软件构建活性成分-靶点网络结构图及进行PPI可视化分析,使用...     

基于网络药理学探讨玫瑰花抗炎的作用机制

目的：运用网络药理学的方法，预测玫瑰花的活性成分和作用靶点，为揭示玫瑰花抗炎的作用机制提供参考依据。方法：通过中医药综合数据库（TCMID）和中药系统药理学数据库（TCMSP）检索玫瑰花的所有化学成分，并筛选玫瑰花的活性化学成分；然后通过TCMSP 数据库和BATMAN-TCM数据库，查找活性化合物的作用靶点；使用 Cytoscape3.6.1软件构建“活性成分-靶点-疾病”复杂网络关系图；运用生物学信息注释数据库（DAVID）进行基因本体（GO）功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析研究其抗炎的作用机制。结果：共检索出121个化合物，其中7个化合物作为活性化合物；共检索出197个作用靶点；通过网络拓扑特征评价筛选出45个潜在作用靶点，利用DAVID数据库，筛选出66个生物过程和18条信号通路参与玫瑰花抗炎的作用。而与玫瑰花抗炎最为密切的信号通路包括NF-kB、TNF、MAPK等，同时其主要涉及的生物过程包括I-kappaB激酶/NF-kappaB信号通路的正调控、NF-kappaB转录因子活性的正调控、依赖TRIF的Toll样受体信号通路等。结论：本研究初步揭示了玫瑰花抗炎的潜在靶点、涉及的生物过程及信号通路，发现其具有多成分、多靶点、多通路的特点，为进一步的实验研究奠定了基础。     

基于网络药理学及分子对接研究夏枯草治疗乳腺囊性增生病的药理作用机制

目的 联合运用网络药理学和分子对接技术研究夏枯草治疗乳腺囊性增生病的药理作用机制。方法 通过美国TCMSP数据库搜索夏枯草中有效成分信息及其对应的作用研究靶点,运用GeneCards、OMIM、PharmGkb、DrugBank数据库获取相关乳腺囊性增生病的临床疾病靶点。将乳腺囊性增生病对应的相关疾病靶点和夏枯草潜在作用靶点相互映射取一交集,并绘制韦恩图。运用STRING数据库和Cytoscape3.9.0软件对疾病和药物共同靶点进行蛋白质互作网络分析,并应用R软件对交集基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析;通过Cytoscape 3.9.0软件构建疾病-中药活性成分-靶点网络图。运用Sybyl软件以分子对接的形式验证夏枯草活性成分与乳腺囊性增生病核心基因靶点的相互作用。结果 共筛选出夏枯草11个活性成分及186个基因靶点,2 699个乳腺囊性增生病基因靶点。141个药物和疾病的共同靶点,24个核心基因;主要涉及氧化应激反应、抗炎、调节免疫功能等多个生物学过程,主要涉及的信号通路包括环磷酸腺苷信号通路、晚期糖化终末产物-晚期糖化终末产物受体信号...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨十九畏药对“郁金-丁香”抗肝纤维化作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探讨郁金-丁香药对抗肝纤维化的作用机制。方法 于2022年1月8日检索中药系统药理学数据平台（TCMSP）获取郁金和丁香的有效活性成分及相关靶点并进行筛选和预测;肝纤维化相关靶点的数据通过NCBI基因数据、OMIM数据库和Genecards数据库获取;运用软件Venny 2.1绘制药物-疾病靶点韦恩图,得到药物抗肝纤维化的作用靶点;运用Cytoscape 3.8.2软件构建药物-活性成分-靶点相互作用网络并分析其拓扑结构;运用String数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络图;利用David和Metascape数据库对关键靶点分别进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析;利用PubChem和RCSBPDB数据库对关键成分和靶点进行分子对接。结果 筛选得到郁金-丁香药活性成分44个,对应作用靶点200个,肝纤维化候选靶点3 951个,药物与疾病交集靶点155个。药物-活性成分-靶点网络和PPI网络分析显示槲皮素、山柰酚、柚皮素、β-谷甾醇等是药对治疗肝纤维化的关键成分,蛋白激酶B1(AKT1)、白细胞介素（IL）-6、IL-1...