致血液感染的活泼瘤胃球菌的分离与鉴定

目的鉴定1株临床分离活泼瘤胃球菌。方法取2020年8月就诊于海南省人民医院的1例败血症患者的血液标本进行细菌培养、革兰染色,采用Vitek 2 Compact生化鉴定和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)结合16S rRNA PCR扩增及测序鉴定分离株。结果该分离菌为革兰阳性链球菌,专性厌氧,MALDI-TOF MS鉴定置信度为83.7%;16S rRNA PCR产物为1446 bp,与已知活泼瘤胃球菌ATCC 29149^T序列号(NR 036800.1)16S rRNA基因同源性为99%,由分离株的系统进化树可知,该分离菌与标准菌株活泼瘤胃球菌ATCC 29149^T位于同一分支。结论常规生化方法无法鉴定出该菌,16S rRNA检测与MALDI-TOF MS结合可用于活泼瘤胃球菌鉴定。     

应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术鉴定临床常见厌氧菌

目的：应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）技术对临床分离的厌氧菌进行鉴定,与传统Vitek32 ANI鉴定卡及16 S rRNA基因序列法鉴定进行比较,分析MALDI-TOF MS技术用于鉴定临床常见厌氧菌的可行性。方法收集从临床标本培养分离的厌氧菌56株,运用 MALDI-TOF MS 技术对其进行鉴定,同时运用 Vitke32 ANI 鉴定卡及16 S rRNA基因序列法分别进行鉴定,将三者的结果进行比较。结果56株厌氧菌中有41株采用 MALDI-TOF MS技术鉴定至种的水平（分值大于或等于2．0）,11株鉴定至属的水平（分值为1．7～2．0）,4株无可靠结果（分值小于1．7）。MALDI-TOF MS和16S rRNA基因序列法鉴定结果一致的占94．6％（53/56）,不一致的占5．6％（3/56）。MALDI-TOF MS与Vitke32 ANI 鉴定卡的鉴定结果一致的占80．4％（45/56）,不一致的占19．6％（11/56）。结论 MALDI-TOF MS与16S rRNA基因序列法鉴定的符合率高,可应用于临床常见厌氧菌的鉴定。     

用MALDI-TOF MS技术快速鉴定临床分离棒状杆菌属细菌

目的评价基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)快速鉴定临床分离的非白喉棒状杆菌的价值。方法收集本院58株非白喉棒状杆菌,用MALDI-TOF MS和16S rRNA基因测序两种方法进行鉴定和比较。用MALDI-Biotyper软件构建不同棒状杆菌MALDI-TOF MS蛋白系统发育树。结果 58株非白喉棒状杆菌中,54株MALDI-TOF MS与16S rRNA基因测序鉴定结果一致,包括34株纹带棒状杆菌(Corynebacterium straitum)、11株杰氏棒状杆菌(C.jeikeium)、3株C.resistens、2株解葡萄糖苷棒状杆菌(C.glucuronolyticum)、2株黏金色棒状杆菌(C.aurimucosum)和2株无枝菌酸棒状杆菌(C.amycolatum)。4株16S rRNA基因测序无法鉴定到种的菌株中,MALDI-TOF MS鉴定为2株产黏棒状杆菌(C.mucifaciens)、1株C.singulare和1株假白喉棒状杆菌(C.commune)。结论 MALDI-TOF MS可将棒状杆菌属细菌快速、准确地鉴定到种。     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱在临床病原菌鉴定中的应用

目的探讨基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)系统用于快速鉴定临床分离菌的可靠性和实用性。方法收集南京军区南京总医院2013年7~10月自临床标本分离的非重复细菌1 061株,分别使用MALDI-TOF MS和Vitek 2 Compact全自动细菌鉴定仪系统进行鉴定,结果不一致的菌株采用16S r DNA测序验证。结果 1 061株临床分离菌中1 058株(99.7%)经MALDI-TOF MS系统正确鉴定到属水平,1 016株(95.8%)正确鉴定到种,其余3株(0.3%)未给出鉴定结果。5株鉴定结果不一致的菌株经16S r DNA测序确认,结果与MALDI-TOF MS和Vitek 2 Compact鉴定符合率分别为40.0%(2/5)和0(0/5)。结论 MALDI-TOF MS可以作为一个快速、准确和价廉的工具应用于临床分离菌的鉴定。     

MALDI-TOF MS在临床常见菌快速鉴定中的应用研究

目的 评价MALDI-TOF MS在临床常见细菌快速鉴定中的应用.方法 选择浙江大学医学院附属第二医院2008年12月至2009年8月分离自血液、痰液、分泌物和尿液的临床常见细菌和浙江省疾病预防与控制中心收集的沙门菌共426株.包括革兰阳性球菌76株和革兰阴性杆菌350株.采用Vitek系统将细菌鉴定到种,血清凝集试验对沙门菌和志贺菌进行血清分型.PCR扩增91株细菌的16S rDNA基因并测序,所得核苷酸序列与GenBank中的数据库进行比对,确定细菌种类.用MALDI-TOF MS对所有细菌进行快速鉴定,比较不同鉴定方法 之间的符合情况.结果 除沙门菌和志贺菌外的所有革兰阳性球菌和革兰阴性杆菌的Vitek和MALDI-TOF MS两者的鉴定结果 完全符合.23株沙门菌中只有2株肠炎沙门菌鼠伤寒血清型的3种鉴定方法 结果 相符,另有1株伤寒沙门菌、3株甲型副伤寒沙门菌、1株乙型副伤寒沙门菌、1株肠炎沙门菌和1株肠炎沙门菌病牛血清型的血清凝集结果 与16s rDNA基因测序结果 相符.Vitek及血清凝集试验鉴定为福氏志贺菌的4株菌16s rDNA基因测序和MALDI-TOF MS的鉴定结果 均为大肠埃希菌.结论 MALDI-TOF MS可快速、准确地对细菌进行鉴定,具有良好的重复性,但对沙门菌和志贺菌效果不佳.     

MALDI-TOF MS在临床常见菌快速鉴定中的应用研究

目的 评价MALDI-TOF MS在临床常见细菌快速鉴定中的应用.方法 选择浙江大学医学院附属第二医院2008年12月至2009年8月分离自血液、痰液、分泌物和尿液的临床常见细菌和浙江省疾病预防与控制中心收集的沙门菌共426株.包括革兰阳性球菌76株和革兰阴性杆菌350株.采用Vitek系统将细菌鉴定到种,血清凝集试验对沙门菌和志贺菌进行血清分型.PCR扩增91株细菌的16S rDNA基因并测序,所得核苷酸序列与GenBank中的数据库进行比对,确定细菌种类.用MALDI-TOF MS对所有细菌进行快速鉴定,比较不同鉴定方法 之间的符合情况.结果 除沙门菌和志贺菌外的所有革兰阳性球菌和革兰阴性杆菌的Vitek和MALDI-TOF MS两者的鉴定结果 完全符合.23株沙门菌中只有2株肠炎沙门菌鼠伤寒血清型的3种鉴定方法 结果 相符,另有1株伤寒沙门菌、3株甲型副伤寒沙门菌、1株乙型副伤寒沙门菌、1株肠炎沙门菌和1株肠炎沙门菌病牛血清型的血清凝集结果 与16s rDNA基因测序结果 相符.Vitek及血清凝集试验鉴定为福氏志贺菌的4株菌16s rDNA基因测序和MALDI-TOF MS的鉴定结果 均为大肠埃希菌.结论 MALDI-TOF MS可快速、准确地对细菌进行鉴定,具有良好的重复性,但对沙门菌和志贺菌效果不佳.     

MALDI-TOF MS在临床常见菌快速鉴定中的应用研究

目的 评价MALDI-TOF MS在临床常见细菌快速鉴定中的应用.方法 选择浙江大学医学院附属第二医院2008年12月至2009年8月分离自血液、痰液、分泌物和尿液的临床常见细菌和浙江省疾病预防与控制中心收集的沙门菌共426株.包括革兰阳性球菌76株和革兰阴性杆菌350株.采用Vitek系统将细菌鉴定到种,血清凝集试验对沙门菌和志贺菌进行血清分型.PCR扩增91株细菌的16S rDNA基因并测序,所得核苷酸序列与GenBank中的数据库进行比对,确定细菌种类.用MALDI-TOF MS对所有细菌进行快速鉴定,比较不同鉴定方法 之间的符合情况.结果 除沙门菌和志贺菌外的所有革兰阳性球菌和革兰阴性杆菌的Vitek和MALDI-TOF MS两者的鉴定结果 完全符合.23株沙门菌中只有2株肠炎沙门菌鼠伤寒血清型的3种鉴定方法 结果 相符,另有1株伤寒沙门菌、3株甲型副伤寒沙门菌、1株乙型副伤寒沙门菌、1株肠炎沙门菌和1株肠炎沙门菌病牛血清型的血清凝集结果 与16s rDNA基因测序结果 相符.Vitek及血清凝集试验鉴定为福氏志贺菌的4株菌16s rDNA基因测序和MALDI-TOF MS的鉴定结果 均为大肠埃希菌.结论 MALDI-TOF MS可快速、准确地对细菌进行鉴定,具有良好的重复性,但对沙门菌和志贺菌效果不佳.     

荧光定量PCR/熔解曲线分析法快速鉴定葡萄球菌菌种

目的：建立一种基于葡萄球菌16～23s rRNA间隔区序列特征的荧光定量PCR／熔解曲线分析鉴定方法，以快速鉴定葡萄球菌菌种。方法：在葡萄球菌16s rRNA 3′端和23s rRNA5′端分别设计上、下游引物．用荧光定量PCR方法扩增各个实验菌株的16～23s rRNA间隔区序列。然后分析各扩增产物的熔解曲线．以确定各个菌种熔解曲线特征，并以此为依据对15株葡萄球菌临床分离株进行鉴定。结果：设计的引物对成功地扩增了葡萄球菌所有实验菌株，对扩增产物的熔解曲线分析可初步鉴定金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌和溶血葡萄球菌。以VITEK2鉴定结果为标准，荧光定量PCR／熔解曲线分析法鉴定菌种的准确率为67％（10／15）．整个实验可在1h内完成。结论：荧光定量PCR／熔解曲线分析法有望成为临床实验室快速鉴定葡萄球菌菌种的新方法。[著者文摘]     

应用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱鉴定常见细菌和酵母菌

目的 应用MALDI-TOF MS鉴定临床常见病原菌.方法 复苏560株临床分离株,其中革兰阳性细菌(G+ )260株、革兰阴性细菌(G-)180株、酵母菌60株、肠道致病菌60株.MALDI-TOF MS鉴定结果与Vitek2 Compact全自动微生物鉴定系统比对,结果差异菌株采用16S rDNA测序验证.结果 MALDI-TOF MS与Vitek2 Compact鉴定结果比较,G+细菌鉴定符合率为94.6％( 246/260),G-细菌鉴定符合率为96.7％ (174/180),酵母菌鉴定符合率为95.0％ (57/60),肠道致病菌鉴定符合率为93.3％( 56/60).15株鉴定结果不符的菌株经16S rDNA测序确认,结果与Vitek2Compact和MALDI-TOF MS鉴定符合率分别为26.7％ (4/15)和66.7％( 10/15).结论 MALDI-TOF MS可用于常见病原微生物鉴定,其快速、低成本的特点具有推广价值.     

不同检测方法对鲍曼不动杆菌、大肠埃希菌的鉴定结果比较及同源性分析

目的 比较基质辅助激光解析/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)、细菌生化鉴定两种方法对鲍曼不动杆菌、大肠埃希菌的鉴定能力差异,评价两种方法对鲍曼不动杆菌和大肠埃希菌鉴定的准确性.方法 收集2019年3-4月临床分离的非重复鲍曼不动杆菌敏感菌株、大肠埃希菌敏感菌株各40株,经16S rRNA基因测序鉴定后,分别...     

基质辅助激光解析电离飞行时间质谱在大肠埃希菌分群中的应用

摘要 目的 评价基质辅助激光解析/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)对大肠埃希菌菌群的鉴别能力。方法 通过VITEC 2 Compact全自动细菌鉴定仪及药敏分析系统对人和动物源性的大肠埃希菌敏感菌株进行初步筛选,然后将获得的21株人源和42株动物源性大肠埃希菌进行16S rRNA基因测序及同源性分析,同时通过MALDI-TOF MS技术对大肠埃希菌指纹图谱进行鉴定。结果 与16S rRNA基因测序相比,不同来源的菌株蛋白质特征图谱呈现明显的分群趋势,MALDI-TOF MS法对不同来源的菌株具有较强的鉴别区分能力。结论 MALDI-TOF MS法可用于菌株来源差异性的鉴别。     

4株威克汉姆无绿藻的鉴定及基因特征分析

目的对临床分离的4株无绿藻进行菌种鉴定和基因特征分析。方法对临床分离的4株酵母样微生物进行培养特性和形态学特征分析,商品化Vitek 2细菌鉴定系统(配套YST卡)和MALDI-TOF MS微生物鉴定系统鉴定;PCR扩增其16S rRNA基因和28S rRNA基因,并进行系统发育分析,以确定其分类学地位。结果该4株微生物在沙保氏葡萄糖琼脂培养基上培养3 d可形成灰白色、光滑、湿润的"酵母样真菌"菌落;光镜下观察可见大量圆形、卵圆形或椭圆形的孢子囊,且其内含内孢子,形似桑葚状或草莓状,与酵母菌的菌体形态差异显著;Vitek YST和MALDI-TOF MS系统,均鉴定为威克汉姆无绿藻。该4株微生物同时存在代表原核生物的16S rRNA基因以及代表真核生物的28S rRNA基因,其中,16S rRNA基因序列与威克汉姆无绿藻相似度最高,在99.7%以上;28S rRNA基因经克隆测序发现其存在多拷贝,且同一菌株不同克隆序列之间相似度在91.9%～100%。16S rRNA基因和28S rRNA基因系统发育分析均显示,该4株微生物与威克汉姆无绿藻聚类在同一个分枝。结论该4株微生物可鉴定为威克汉姆无绿藻,且单拷贝的小亚基16S rRNA更适合作为其菌种鉴定的靶基因。     

3种方法对1株临床疑难菌的鉴定及结果比较

目的 通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)、16S rRNA序列分析和全基因组测序(WGS)对从临床标本中分离的1株疑似盐单胞菌进行菌种鉴定,比较3种方法的鉴定结果。方法 采用MALDI-TOF MS对待测菌进行蛋白质图谱收集,通过比对图谱特征峰实现菌种鉴定;对菌株进行16S rRNA基因测序,将测序结果与数据库比对;待测菌WGS后进行序列比对分析,具体包括使用ANIm和ANIb 2种方法计算平均核苷酸一致性(ANI)以及与基因组分类数据库(GTDB)进行比对;基于全基因组序列中的16S rRNA序列和看家基因序列构建系统进化树,以及基于COG和KEGG功能对基因组进行聚类分析。结果 MALDI-TOF MS对待测菌株的鉴定结果是Halomonas hamiltonii;经16S rRNA序列分析,发现待测菌株与3种盐单胞菌(Halomonas hamiltonii、Halomonas stevensii和Halomonas johnsoniae)的相似度均>99%,且相似度差异非常小,因此无法进行准确的菌种鉴定;基于WGS的基因序列比对、系统发育树、...     

纹带棒杆菌PCR检测方法的建立及应用效果评价

目的 评价一种快速检测纹带棒杆菌的PCR方法在纹带棒杆菌临床分离株和临床痰标本中的应用效果。方法 采用针对纹带棒杆菌种特异性基因ftr1设计的PCR引物Cst＿1-F/Cst＿1-R建立检测纹带棒杆菌的单重PCR方法。使用纹带棒杆菌标准菌株ATCC6940、ATCC43751、152株纹带棒杆菌临床分离株和30株非纹带棒杆菌菌株验证该方法的有效性,并比较该方法与16S rRNA测序和MALDI-TOF MS鉴定结果的一致性。对该方法的特异性和敏感性进行评估,最终将该方法用于检测88份临床痰标本。结果 该PCR方法与16S rRNA测序和MALDI-TOF MS在鉴定152株纹带棒杆菌临床分离株中具有100%的一致性;该方法对30株非纹带棒杆菌菌株的检测结果均为阴性,检测下限为1 ng模板DNA/反应;在应用于临床痰标本时,该方法与痰涂片镜检相比,具有86.4%(76/88)的一致性。结论 本研究中的PCR方法具有良好的特异性和敏感性,可替代16S rRNA测序和MALDI-TOF MS成为临床鉴定纹带棒杆菌的便捷、经济、有效的方法,且在检测临床痰标本中的纹带棒杆菌时具有较好的应用效果。     

少见诺卡菌MALDI-TOF MS鉴定结果及临床感染特点分析

目的 评价基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)在少见诺卡菌中的鉴定价值,提高诺卡菌感染的临床诊治率。方法 分析11例(12株)诺卡菌临床感染患者特征,以16S rRNA基因测序结果为参考标准,比较MALDI-TOF MS鉴定的准确率。结果 12株诺卡菌中10株(83.3%)准确鉴定到种。64%(7/11)的患者有1种及以上基础疾病,以高血压、冠心病、支气管扩张症、慢性阻塞性肺疾病和糖尿病为主。诺卡菌对复方磺胺甲噁唑的敏感率为71.43%。结论 MALDI-TOF MS可对少见的诺卡菌进行快速鉴定,当患者伴有基础疾病或使用免疫抑制剂时应考虑诺卡菌感染的可能。     

脓性渗出物中老兵诺卡菌的分离鉴定及文献复习

目的 通过对临床分离老兵诺卡菌(Nocardia veterana,N.veterana)的培养鉴定、药敏分析及相关文献复习,为实验室对该菌感染的识别提供参考.方法 分析分离菌培养特性、镜下形态及生化反应;用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)和16S rRNA测序分析对分离菌进行鉴定,采用Me...     

16S rRNA 测序鉴定1株条件致病性人苍白杆菌

目的：探索一种基于16S rRNA 基因的细菌快速鉴定方法,为临床未知病原菌的诊断及治疗提供科学依据。方法对临床患者的痰标本分离培养纯菌落,直接以菌液为模板,以通用引物 PCR 扩增未知菌的16S rRNA 基因片段,产物直接测序。将测序结果进行 BLAST 比对,根据序列同源性鉴定病原细菌。结果未知病原菌经本实验鉴定为人苍白杆菌,经 ABI 细菌快速鉴定板条检测,确认结果一致。结论该研究简化了临床标本未知病原菌分离培养鉴定的步骤,建立了一种利用16S rRNA 基因扩增快速鉴定病原菌的简便方法。     

MALDI-TOF MS技术在鲍曼不动杆菌鉴定及同源性分析中的应用

目的评价基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术对我院鲍曼不动杆菌属的鉴定及同源性分析的能力。方法对2014年9月至2015年2月我院29株经PhoneixTM100全自动微生物鉴定仪鉴定为鲍曼不动杆菌属的菌株进行MALDI-TOF MS鉴定,用MALDI-Biotyper软件进行同源性分析,并用16S rRNA基因测序进行验证。结果 MALDI-TOF MS鉴定结果为鲍曼不动杆菌(Acinetobacter baumannii)26株,院内不动杆菌(Acinetobacter nosocomialis)3株。MALDI-TOF MS鉴定为院内不动杆菌的3株菌株的16S rRNA基因测序结果显示,2株为院内不动杆菌,1株为鲍曼不动杆菌。26株质谱鉴定为鲍曼不动杆菌的菌株分为2大簇(Ⅰ型,Ⅱ型),Ⅱ型又分为2小簇(Ⅱa、Ⅱb)。Ⅰ型、Ⅱ型分布在我院4个病区。结论MALDI-TOF MS技术鉴定鲍曼不动杆菌精准,可以鉴别鲍曼不动杆菌和院内不动杆菌。MALDI-Biotyper数据库软件进行同源性分析十分快捷。     

河北地区多中心临床分离诺卡菌菌种分布

摘要：目的?调查河北地区临床分离诺卡菌的菌种分布。方法?收集2016—2019年河北地区10多家医院临床分离的94株诺卡菌，回顾性分析病例特点；用16S rRNA、secA1基因扩增测序和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)鉴定菌株。结果?94株诺卡菌经测序鉴定分为圣乔治教堂诺卡菌39株、皮疽诺卡菌21株、豚鼠耳炎诺卡菌9株、巴西诺卡菌7株、脓肿诺卡菌7株、亚洲诺卡菌4株、脓液诺卡菌2株、华莱士诺卡菌2株、新诺卡菌1株、北京诺卡菌1株和南非诺卡菌1株。MALDI-TOF MS成功鉴定80株诺卡菌到种，另4株亚洲诺卡菌、3株脓肿诺卡菌、2株脓液诺卡菌、2株华莱士诺卡菌、1株新诺卡菌、1株北京诺卡菌和1株南非诺卡菌未能鉴定到种。呼吸道标本中以圣乔治教堂诺卡菌(48.5%)和皮疽诺卡菌(16.2%)分离较多；分泌物标本中以巴西诺卡菌(25.0%)和皮疽诺卡菌(25.0%)分离较多。结论?临床分离诺卡菌菌种鉴定可以选择质谱技术，并辅以测序；不同感染部位诺卡菌的菌种分布不同。     

23S rRNA基因在临床常见致病菌检测中的应用

目的 根据临床常见致病菌23S rRNA基因序列的差异，建立可初步鉴别革兰阴性菌和革兰阳性菌的分子生物学方法。方法 分析常见细菌的23S rRNA基因序列，设计相应引物。采用多重PCR扩增标准菌株及临床分离株23S rRNA基因，并根据电泳结果作出初步分类。结果 革兰阴性菌株均出现1条DNA电泳条带(约为350bp)，而革兰阳性菌株则出现2条电泳条带(约为250和400bp)。60株临床分离菌经PCR扩增、电泳后，电泳分析结果与常规鉴定结果符合率达100％。结论 23S rRNA基因检测用于细菌初步分类鉴定，具有快速、灵敏、准确的特点，可为细菌感染的实验室诊断提供客观依据。