用文献轮廓挖掘大肠癌转移芯片表达谱

目的寻找新的大肠癌转移相关基因。方法根据大肠癌转移芯片的表达谱,采用基于文献轮廓的数据挖掘方法,从Medline文献数据库中提取基因的相关文献并分析词的频率,再基于重复发生和共发生的过滤标准提取功能相关的词,最后基于词的发生频率对基因进行功能聚类,进一步结合文献及已有的分子生物学检测结果进行分析。结果发现两个新的可能与大肠癌转移相关的基因TIAM1和NM23H1。     

高低转移人大肠癌细胞系基因表达谱差异

目的 用自制肿瘤转移相关基因cDNA微阵列研究人大肠癌高转移细胞系Lovo、SW620及低转移细胞系SW480、LS174T的基因表达谱差异，筛选与大肠癌转移相关的特异基因。方法 分别提取4种大肠癌细胞系及对照的正常大肠上皮组织的mRNA，逆转录成cDNA探针，经cy3和cy5标记后分别与含有399个肿瘤转移相关基因的微阵列杂交．用专用软件分析杂交信号强度。结果 高转移细胞系与低转移细胞系的基因表达谱有显著差异，其中有104个基因的表达值有意义，包括上调基因44个、下调基因60个。结论 大肠癌转移是由其发生过程中多个基因表达的复杂变化决定的，高转移细胞系与低转移细胞系比较存在差异的基因可能与高转移特性有关。     

肿瘤转移相关基因的表达谱研究

目的：运用基因表达谱芯片技术对肿瘤转移相关基因的表达谱进行研究。方法：对临床切除的肝癌和胰腺癌组织及相应的对照正常组织进行总ＲＮＡ抽提,纯化后的ｍＲＮＡ进行逆转录制备杂交探针,应用ＢｉｏＤｏｏｒ４０９６和ＢｉｏＤｏｏｒ１２８００的全长基因ＤＮＡ芯片筛选与肝癌和胰腺癌转移相关的基因。杂交后的信号用ＳｃａｎＡｒｒａｙ３０００扫描,结果用ＩｍａＧｅｎｅ３．０软件分析。结果：对肝癌和胰腺癌基因表达谱进行分     

长必安干预大肠癌转移的基因芯片研究

目的：探讨中药长必安抑制大肠癌转移的机制。方法：应用含227个靶基因芯片分析长必安干预后的大肠癌裸鼠转移模型的基因表达谱差异。结果：发现p47LBC、DKPZP434A2322与syn-thetase-like protein mRNA等3个基因在肠癌转移模型发生转移和未发生转移的癌组织中存在表达差异，长必安对后两个基因产生上调作用。结论：中药长必安对多个癌转移相关基因可能有调控作用。     

大肠癌组织与癌旁正常组织基因差异表达图谱及信号通路研究

目的筛查人大肠癌肿瘤组织与相应癌旁正常组织差异表达基因。方法应用NimbleGen基因芯片检测4例大肠癌肿瘤组织及相应癌旁正常组织基因表达谱,并以RT-PCR技术对部分基因芯片检测结果进行验证,利用生物信息学方法对检测结果进行分析。结果大肠癌肿瘤组织和癌旁正常组织差异表达基因共5042条,其中表达水平上调3399条,下调1643条,这些基因涉及多个信号通路。结论本研究结果可为寻找大肠癌分子标记物和探索大肠癌发生的分子机制提供实验依据。     

肺癌相关基因的表达谱研究

目的：通过研究人肺癌组织和正常组织中差异表达的基因,寻找肺癌相关基因以用于肺癌的诊断和治疗。方法：以包含４０９６个ｃＤＮＡ基因表达谱芯片研究一组肺癌组织样本的基因表达谱。结果：共筛选出差异表达的基因３７０条,包含已知基因１４６条,未知基因２２４条,其中１０７条表达增加,２６３条表达降低。结论：基于ｃＤＮＡ微矩阵技术的肿瘤基因表达谱分析能够高通量筛选与肺癌发生密切相关的基因。     

大肠癌中nm23基因产物的表达与其侵袭转移的关系

目的 :探讨大肠癌 nm2 3基因蛋白 (nm2 3- H1 )的表达水平与大肠癌浸袭、转移的关系。方法 :应用免疫组织化学法对 73例大肠癌及其同源正常 (癌旁 )黏膜组织和 1 6例大肠腺瘤 nm2 3- H1 基因蛋白的表达水平进行研究。结果 :大肠癌中 nm2 3- H1 基因蛋白表达水平明显低于癌旁正常肠黏膜组织和良性腺瘤 (均 P <0 .0 0 1 ) ;转移癌 nm2 3- H1 蛋白表达水平明显低于原发癌 (P<0 .0 0 1 ) ;大肠癌中 nm2 3- H1 蛋白的表达与大肠癌组织分化、肠壁的浸润程度、临床分期、转移均有密切关系 (P <0 .0 0 1 ) ;nm2 3- H1 基因蛋白高表达组术后预后明显优于低表达组 (P <0 .0 0 1 )。结论 :nm2 3- H1 基因产物表达降低可能是大肠癌浸袭、转移的重要原因之一 ,检测大肠癌组织中的 nm2 3- H1 基因产物的表达水平是预测大肠癌预后有价值的指标     

利用全基因组寡核苷酸筛选大肠癌差异表达基因

目的筛查人大肠癌组织与相应正常大肠粘膜差异表达基因。方法应用美国AffymetrixHG—U133寡核苷酸芯片（代表迄今所知的32264个人类全基因．包括19308个已知的人类基因和12956个EST簇）检测9例大肠癌组织及相应正常大肠粘膜基因表达谱，并以实时荧光定量PCR技术对基因芯片检测结果进行验证；综合运用交集补集、秩和检验及t检验比较两组表达谱数据结果获得大肠癌组织与正常大肠粘膜组织差异表达基因和ESTs3125个（包括肿瘤上调基因ESTs974个、下调基因ESTs2151个）；大肠癌组织表达而相应正常粘膜不表达的ESTs245个：大肠癌组织不表达而正常粘膜表达的ESTs162个；最重要的大肠癌差异表达基因ESTs17个。本研究所筛得之大肠癌差异表达基因80．1％未见报道。结论综合运用交集补集分析、t检验、秩和检验对基因谱数据进行挖掘的策略，可为寻找大肠癌分子标记物和从整体上探讨大肠癌发生的分子机制奠定基础。     

人胎盘基因表达谱芯片的初步研究

目的 制备人胎盘基因表达谱芯片,前用于基因差异表达分析。方法用基因芯片点样仪将胎盘基因文库探针打印在氨基包被的玻片上制备表达谱芯片。分别提取对照组三氧化二砷处理的K562细胞总RNA,纯化mRNA后反转录成cDNA。再以限制性显示技术进行荧光标记,将两组荧光标记的样品混合后与芯片进行杂交。杂交后清洗芯片,干燥后对芯片进行扫描,分析杂交结果。结果 建立了较可靠的制备与检测基基表达芯片的方法,并筛选出45个差异表达基因片段。结论 制备的人胎盘基因表达谱芯片可有效地应用于基因的差异表达分析。     

膀胱癌表达谱的全基因组芯片检测及易感标志基因的筛选研究

目的 采用70mer全基因组寡核苷酸基因芯片研究膀胱癌基因表达谱,获得差异基因并筛选出膀胱癌特异的肿瘤易感标志基因.方法 取正常膀胱移行上皮、肌层浸润性(T2以上)膀胱癌组织各10例,抽提mRNA逆转录成cDNA后,再反转录成cRNA并标记后,与70 mer oligo全基因组基因芯片杂交,洗脱,扫描及数据分析,采用Cluster及Trecvicw等统计分析软件比较正常膀胱移行上皮与膀胱癌组织基因表达谱差异,获得差异基因及其表达差异水平.进一步采用Panther数据库检索差异基因在各信号通路中的存在情况,初步阐述浸润性膀胱癌发生的可能的分子机制,筇选出膀胱癌特异的肿瘤标志基因.结果 在19 568个探针的全基因组芯片上,发现膀胱癌基因表达谱共同差异表达基因152个,其中表达上调的基因70个(膀胱癌中上调10倍以上的29个),与肿瘤发生明确相关的基因23个;下调基因81个(膀胱癌中下调10倍以上的16个),与肿瘤发生明确相关的基因17个;通过Panther数据库检索,发现上调基因涉及32条信号通路,下调基因涉及38条信号通路,其中部分信号通路已被证实与肿瘤发生密切相关.结论 采用70met oligo全基因组基因芯片分析膀胱癌基因表达谱,获得的差异表达基因及膀胱癌标志基因,对膀胱癌发生机理阐明、早期诊断以及人群基因易感性预测的前瞻性研究具有重要意义.     

用文献轮廓挖掘鼻咽癌微阵列表达数据

目的 探索鼻咽癌异常信号通路。方法 根据鼻咽癌微阵列表达谱，采用基于文献轮廓的数据挖掘方法，从Medline文献数据库中提取与基因相关的文献并分析词的频率．再根据重复发生和共发生的过滤标准提取功能相关的词，最后根据词的发生频率对基因进行功能聚类。结果 基因表达谱的112个差异表达基因聚成16组功能类别：4组暗示EBV感染、6组显示鼻咽癌变过程、2组参与能量代谢、1组提示蛋白的异常磷酸化、2组与其它疾病相关、1组与肌肉组织活性相关。肿瘤发生发展过程中常见的P53和Rb信号通路的异常在本研究中则未发现。结论 鼻咽癌的发生发展可能由特殊的信号通路引起。     

用文献轮廓挖掘鼻咽癌微阵列表达数据

目的 探索鼻咽癌异常信号通路。方法 根据鼻咽癌微阵列表达谱,采用基于文献轮廓的数据挖掘方法,从Medline文献数据库中提取与基因相关的文献并分析词的频率,再根据重复发生和共发生的过滤标准提取功能相关的词,最后根据词的发生频率对基因进行功能聚类。结果 基因表达谱的112个差异表达基因聚成16组功能类别:4组暗示EBV感染、6组显示鼻咽癌变过程、2组参与能量代谢、1组提示蛋白的异常磷酸化、2组与其它疾病相关、1组与肌肉组织活性相关。肿瘤发生发展过程中常见的P53和Rb信号通路的异常在本研究中则未发现。结论 鼻咽癌的发生发展可能由特殊的信号通路引起。     

Normalization strategy of microarray gene expression data

Objective： To discuss strategies and methods of normalization on how to deal with and analyze data for different chips with the combination of statistics, mathematics and bioinformatics in order to find significant difference genes. Methods： With Excel and SPSS software, high or low density chips were analyzed through total intensity normalization （TIN） and locally weighted linear regression normalization （LWLRN）. Results： These methods effectively reduced systemic errors and made data more comparable and reliable. Conclusion： These methods can search the genes of significant difference, although normalization methods are being developed and need to be improved further. Great breakthrough will be obtained in microarray data normalization analysis and transformation with the development of non-linear technology, software and hardware of computer.     

卵巢癌基因表达谱的cDNA微矩阵研究

目的： 探讨cDNA微矩阵（基因芯片）研究卵巢癌基因表达谱及分析部分差异表达基因功能的可行性。方法：采用4 097个靶基因点BiostarH-40s表达谱基因芯片, 检测5例卵巢浆液性腺癌及5例正常卵巢组织（cy3-dUTP标记正常卵巢组织的RNA,用cy5-dUTP标记卵巢癌组织的RNA）的基因表达谱。结果：两组病例卵巢癌基因表达谱中,4例以上差异表达基因163个,其中基因表达增高（上调趋势）66个,基因表达降低（下调趋势）97个。明确基因功能分类的差异表达基因37个,其中原癌基因和抑癌基因类基因3个,细胞周期蛋白类基因1个,细胞骨架及运动蛋白类基因6个,DNA结合、转录和转录因子类基因1个,细胞受体类基因2个,免疫相关蛋白类基因5个,代谢类基因7个,蛋白翻译合成类基因2个,发育相关基因3个,其他类基因7个。 结论： 应用cDNA微矩阵研究卵巢癌基因表达谱, 发现差异表达基因及其基因功能分类。     

高低转移人大肠癌细胞系基因表达谱差异

目的 用自制肿瘤转移相关基因cDNA微阵列研究人大肠癌高转移细胞系Lovo、SW620及低转移细胞系SW480、LS174T的基因表达谱差异,筛选与大肠癌转移相关的特异基因。方法 分别提取4种大肠癌细胞系及对照的正常大肠上皮组织的mRNA,逆转录成cDNA探针,经cy3和cy5标记后分别与含有399个肿瘤转移相关基因的微阵列杂交,用专用软件分析杂交信号强度。结果 高转移细胞系与低转移细胞系的基因表达谱有显著差异,其中有104个基因的表达值有意义,包括上调基因44个、下调基因60个。结论 大肠癌转移是由其发生过程中多个基因表达的复杂变化决定的,高转移细胞系与低转移细胞系比较存在差异的基因可能与高转移特性有关。     

Identification of differential gene expression for microarray data using recursive random forest

Background The major difficulty in the research of DNA microarray data is the large number of genes compared with the relatively small number of samples as well as the complex data structure. Random forest has received much attention recently; its primary characteristic is that it can form a classification model from the data with high dimensionality. However, optimal results can not be obtained for gene selection since it is still affected by undifferentiated genes. We proposed recursive random forest analysis and applied it to gene selection. Methods Recursive random forest, which is an improvement of random forest, obtains optimal differentiated genes after step by step dropping of genes which, according to a certain algorithm, have no effects on classification. The method has the advantage of random forest and provides a gene importance scale as well. The value of the area under the curve （AUC） of the receiver operating characteristic （ROC） curve, which synthesizes the information of sensitivity and specificity, is adopted as the key standard for evaluating the performance of this method. The focus of the paper is to validate the effectiveness of gene selection using recursive random forest through the analysis of five microarray datasets; colon, prostate, leukemia, breast and skin data. Results Five microarray datasets were analyzed and better classification results have been attained using only a few genes after gene selection. The biological information of the selected genes from breast and skin data was confirmed according to the National Center for Biotechnology Information （NCBI）. The results prove that the genes associated with diseases can be effectively retained by recursive random forest. Conclusions Recursive random forest can be effectively applied to microarray data analysis and gene selection. The retained genes in the optimal model provide important information for clinical diagnoses and research of the biological mechanism of diseases.     

多组学数据解析循环及浸润性B细胞在结直肠癌免疫微环境中的作用

目的·探究循环及浸润性B细胞亚群在结直肠癌免疫微环境中的作用,探寻B细胞发育的潜在驱动机制,分析免疫微环境中B细胞与其他免疫细胞的互作关系及通信分子的功能,并寻找可能的调控途径以促进B细胞的抗肿瘤效应。方法·收集3例结直肠癌患者的癌旁（正常）、肿瘤和外周血共计9份样本,分别制备单细胞悬液。通过多色流式细胞仪分选免疫细胞后,利用10X Genomics平台进行单细胞转录组和B细胞受体组库（B cell receptor repertoire,BCR）测序,并使用Seurat等生信工具进行数据分析,从肿瘤与正常组织中B细胞的浸润数量及功能方面的差异、B细胞亚群与T细胞以及与髓系细胞亚群的互作关系、B细胞亚群的转录因子调控网络等角度进行探索分析。结果·与正常组织相比较,CD20+B细胞亚群在肿瘤组织中的浸润数量显著上升;其中,以生发中心B细胞（germinal center B cells,GCB）的作用最突出,发生积极的克隆扩增和重链突变水平的提升,并且向记忆B细胞分化的趋势增加。然而,浆细胞在肿瘤微环境中的数量大幅减少,以分泌IgA类抗体的浆细胞减少最为明显。此外,相较正常组织的免疫微环...     

结直肠癌患者P^53基因表达的研究

目的探讨结直肠癌患者与P53基因表达改变的相关性.方法用半定量逆转录PCR(RT-PCR)检测P53蛋白mRNA的表达水平,比较各组的差异.结果结直肠癌患者P53蛋白mRNA的表达水平从正常粘膜、癌旁组织、腺癌有逐渐降低的趋势,且正常粘膜组与腺癌组比较,差异具有显著性(P<0.05);结论结直肠癌患者与P53蛋白mRNA表达的降低有一定的相关性.