基于叶绿体DNA序列和ISSR分子标记的菘蓝不同种质遗传变异分析

目的 对47个菘蓝种质进行序列变异和遗传多样性分析,开展其遗传分化和遗传结构研究。方法 采用试剂盒提取法提取菘蓝基因组DNA,用2条叶绿体DNA（cp DNA）序列和5条简单重复序列（ISSR）引物进行扩增并测序,通过软件Chromas、Mega 7.0、DanSP5、GenALEx对得到的序列进行校正、拼接及序列特征分析,利用软件PERMUT、PopGen1.31进行遗传多样性参数和遗传结构分析,最后利用NTSYS软件得到47个菘蓝种质的非加权组平均法（UPGMA）聚类树状图。结果 菘蓝47个种质的129个样本被成功扩增和测序,2个cp DNA序列经拼接后长度为1 412 bp,共有377个多态性变异位点,单倍型数为36个,Fu and Li''s D*检验在P<0.01水平上显著;基于cp DNA的核苷酸多样性（Pi）、平均遗传多样性（H_S）和总遗传多样性（H_T）分别为0.119 89、0.787和0.891,遗传分化系数遗传分化系数（Gst）、核苷酸分化系数（Nst）和群体间遗传分化指数（Fst）分别为0.117、0.468和0.488,基因流（Nm）值为0.615;基于ISSR的多态位点百分率（PPB）、香农（Shannon）信息多样性指数(I)、Nei''s基因遗传多样度指数(H)和Gst平均值为78.85%、0.334 8、0.218 6和0.754 4,Nm值为0.162 8。结论 菘蓝在物种水平上遗传多样性较高,具有丰富的单倍型类型,不同种质居群间遗传分化较明显,且基因交流不频繁,遗传变异主要存在于居群间,种群近期积累了较多的低频基因突变,推测其历史上曾经历了显著的区域扩张。     

怀区地黄遗传多样性的ISSR鉴定

目的利用ISSR标记技术对怀区地黄的8个品种和2个茎尖培养脱毒系进行了遗传多样性分析。方法用44条ISSR引物进行初选，然后用其中适合的10个ISSR引物进行ISSR分析。结果10条ISSR引物共扩增出110条带。基于这些条带，用SPSS10.0软件分析，建立了遗传Jaccard相关系数矩阵，构建了分子树状图，将怀区地黄的8个品种和2个组培系分为2类：其中一类群含有6个材料，包括组培85．5、大田85．5、组培9302、大田9302、金状元和金白地黄；另一类群含有4个材料，包括北京1号、大红袍、地黄9104和野生地黄。而且主成分分析结果支持上述的聚类分析结果；用POPGENE32软件分析知，多态性指数为0．3775，有效等位基因数为1．4037，多态性比率为71.82％；用一个ISSR6引物建立了10个供试地黄样品的DNA指纹图谱并且能将其彼此区分出来。结论ISSR标记适合于构建怀区地黄的DNA指纹图谱、品种鉴定和遗传多样性分析。     

明党参与川明参群体遗传结构及分子鉴定的ISSR分析

目的:明党参和川明参群体遗传遗传多样性、遗传结构及分子鉴定的研究。方法:对7个不同野生群体的明党参和1个栽培群体的川明参进行ISSR分析。利用POPGENE分析软件分析了群体的遗传多样性和遗传结构。结果:共检测了152个位点,总的多态性位点百分率P为90.8％,群体遗传分化值Gst为57.5％,明党参群体水平的遗传多样性(A=1.272;P=27.26％;I=0.132;H=0.087)高于川明参群体(A=1.217;P=21.7％;I=0.103;H=0.067)。结论:明党参的遗传多样性较高,遗传变异主要存在于不同群体间。川明参的遗传多样性低于明党参。聚类分析结果表明,川明参与明党参在DNA水平出现了相当的遗传分化。并通过ISSR分析筛选出了川明参一个特有的分子标记。对明党参和川明参的系统发育关系也进行了探讨。     

青海省冬虫夏草的遗传变异及亲缘关系的形态性状和ISSR分析

目的探讨青海省不同地区冬虫夏草的鉴定方法,并评价其遗传变异、亲缘关系及地域分布。方法利用形态性状和ISSR标记分析青海省11个县的冬虫夏草样品。结果青海省不同地区的冬虫夏草无论是形态性状还是ISSR多态性都存在很大的遗传变异。根据形态性状数据,青海省的冬虫夏草大致分成3个组,即分别产于环青海湖地区、青海中东部和南部,但仅基于形态性状来鉴定特定的冬虫夏草十分费力且不可靠。根据ISSR指纹图谱能够鉴定不同产地的冬虫夏草,而且ISSR分析表明青海省的冬虫夏草可分成产于环青海湖地区和其他地区两大类,其他地区一大类又可分成青海省南部、中部和东部产区3个平行分支。结论青海省的冬虫夏草在分布上表现出明显的地域性。ISSR分子标记对于冬虫夏草的鉴定和亲缘关系检测是非常有效的手段,与形态性状分布相结合效果更佳。     

引种栝楼过氧化物同工酶分析

目的: 对国内不同产区栝楼进行种源间亲缘关系的分析。方法: 采用烯酰胺凝胶电泳(PAGE)技术对不同种源栝楼过氧化物同工酶(POD)进行研究。结果: 不同产区栝楼过氧化物同工酶在酶带数、迁移率和酶量等方面存在差异。栝楼POD酶谱共有10条谱带,分为5个类群,Ⅰ,Ⅴ和其他4个类群亲缘关系都较远,Ⅱ,Ⅲ,Ⅳ这3个类群的亲缘关系较近。结论: 过氧化物同工酶谱可以作为不同种源栝楼遗传多样性鉴定的参考依据。     

贵州不同产地粗毛淫羊藿药用植物遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析

目的对贵州不同产地粗毛淫羊藿样品的遗传多样性和亲缘关系进行分析。方法利用Pop Gene 32软件及NTsys2.10e软件分析贵州5个不同产地粗毛淫羊藿的遗传多样性及亲缘关系,并根据UPGMA法,构建亲缘关系树状图。结果从100个随机引物中筛选出13条多态性稳定、条带清晰的引物,结果表明,共扩增出211个位点,从物种水平上看,共有205个多态性位点,多态性百分率(PPB)为97.16%,Shannon’s信息指数(I)为0.455 7,Nei’s基因多样性指数(H_e)为0.297 3,有效等位基因数(N_e)为1.490 2,5个居群间总的遗传多样性(H_t)为0.297 3,而居群内的遗传多样性(H_s)为0.207 5,表明粗毛淫羊藿的遗传变异主要存在于群体内,种群内的遗传分化大于种群间。利用UPGMA法构建的居群遗传距离聚类树,表明,5个居群被分为2支,其中来自安顺、花溪、高坡的3个居群聚在一支,来自龙里和雷山的2个居群共同聚为一支。结论 ISSR分子标记技术可以用于贵州不同产地的粗毛淫羊藿植物的遗传多样性和亲缘关系分析。     

69份苦玄参种质SSR遗传多样性及品质性状相关标记分析

目的:采用简单重复序列(SSR)分子标记技术对广西苦玄参主产区69份苦玄参种质样本进行遗传多样性及亲缘关系分析,并筛选与苦玄参苷含量相关联的优良种质基因。为苦玄参种质资源评价、遗传进化分析及分子标记辅助育种等提供依据。方法:基于转录组测序技术,开发20对引物进行批量扩增。利用各标记位点的遗传多态信息,分析69份苦玄参种质的遗传多样性及亲缘关系,并通过一元线性和多元逐步回归分析,筛选与苦玄参苷含量相关联的分子标记。结果:20对SSR引物共扩增出76个等位基因,平均每个位点观测等位基因3.8个,高于有效等位基因数(1.9692个),稀有等位基因率为38.2%,等位基因分布不均匀。等位基因多态率范围为0~59%,平均38.24%,各位点多态率差异较大。各位点多态信息含量(PIC)变化范围为0~0.6211,平均0.3780;Shannon多态性信息指数变化范围为0~1.2401,平均0.7590;Nei’s基因多样性指数(Nei)变化范围为0~0.6823,平均0.4409;以上3个指标最高的为P21,最低为P7,各位点遗传多样性存在较大差异。各位点平均观测杂合度为0.3824,低于平均期望杂合度(0.4425),表现为杂合子缺失;平均遗传分化系数Fst为0.3659;基因流Nm平均值为0.4332,种质遗传分化较大,基因流较小。一元线性回归分析和多元逐步回归分析结果表明,与苦玄参苷IA和IB相关的位点各有5个,其中仅有1个位点与2个成分的含量均相关。结论:20个SSR标记位点遗传多样性存在较大的差异,供试69份种质遗传分化大,基因流较小;从供试20个SSR标记中筛选出9个与苦玄参苷含量相关联的标记位点,试验结果可为苦玄参遗传进化分析及良种选育和繁育等提供依据。     

铁皮石斛种质资源DNA身份证的构建及遗传相似性分析

该研究利用中国中医科学院中药资源中心筛选出的4对简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)引物对铁皮石斛主产区9个产地29个居群的铁皮石斛样品进行检测,4对SSR引物分别扩增出5,7,4,3条多态性带,根据不同居群的SSR指纹图谱构建DNA身份证。聚类分析可将来自29个居群样本分成四大类,且表现出较好的地域相关性,其中来自云南、贵州、四川的铁皮石斛样品聚为一类,来自安徽和广西的铁皮石斛单独聚为一类,来自广东丹霞、浙江永康、浙江乐清及泰宁的样品聚为一类。采用PopG ene(version 1. 32)软件包对29个铁皮石斛居群进行遗传相似性分析,相似系数变异在0. 403 4～1. 0。基于遗传相似系数可将不同居群铁皮石斛的遗传一致性分成A,B,C共3个等级,地理位置相近或生长地貌相似的居群遗传相似性系数较高,表明其遗传背景较为一致。本研究为铁皮石斛的品种鉴别及优良品种选育提供参考信息。