基于流式细胞术和K-mer分析的黄芪基因组大小估测

目的使用流式细胞术与K-mer分析估测黄芪基因组的大小及复杂程度,为黄芪基因组测序奠定基础。方法以番茄为内标,用流式细胞仪测定经碘化丙啶(PI)染色的番茄细胞核和黄芪细胞核混合样品的PI荧光强度,通过比较黄芪与番茄细胞DNA含量峰值的倍数关系,计算黄芪的基因组大小。采用高通量测序技术进行黄芪基因组调查测序,利用生物信息学方法估计黄芪杂合率、重复序列和GC含量等信息。结果采用流式细胞术测得黄芪基因组大小约为1 426 Mb。通过基因组调查测序,获得了95 Gb黄芪基因组DNA测序数据,K-mer分析表明黄芪基因组约为1 456 Mb,测序深度为39×。K-mer分布曲线有明显的杂合峰,基因组杂合率为2.1%。结论黄芪基因组大小为1.45 Gb左右,杂合率较高。这一结果可为黄芪基因组学研究提供参考。     

基于流式细胞分析技术的茯苓基因组大小测定

目的：茯苓是担子菌多孔菌科的著名传统中药。本研究的目的在于测定茯苓的基因组大小并考察了其倍性与基因组的关系。方法：真菌材料的前处理参考文献报道[1],并用DNA特异性染料碘化丙啶进行染色,通过调节离心转速、染色时间等条件对样品进行核分离的优化。DNA含量用流式细胞仪进行分析,通过比较茯苓与内参黑曲霉G0/G1期峰比值计算得出。结果：茯苓的基因组大小测定为55.79±3.03Mb,或相对DNA含量为0.12±0.01pg（1pgDNA=0.965×109bp）。在结果中可以检测出黑曲霉和茯苓的G2/M期峰。结论：本研究探索了用流式细胞仪分析茯苓基因组大小的方法,所得数据可为基因组学研究提供了参考。     

基于流式细胞术和基因组survey分析的地黄基因组研究

目的地黄Rehmannia glutinosa是我国传统中药,具有较高的药用价值和经济价值。利用流式细胞技术和高通量测序技术,分析了地黄基因组大小和特征等信息,为绘制地黄全基因组精细图谱提供依据。方法将已知基因组大小的大豆Glycine max和辣椒Capsicum annuum作为对照,用流式细胞技术估算地黄基因组大小。然后利用高通量测序技术对地黄基因组进行survey分析,通过生物信息学分析获得了地黄全基因组重复序列比例、基因组杂合度以及GC含量等信息。结果根据流式细胞实验结果,地黄基因组大小介于大豆和辣椒之间,估算地黄基因组大小应在2.00~2.12 Gb。通过高通量测序,获得了132.79 Gb高质量的数据,总测序深度约为66.40×,估算地黄基因组大小为2.03 Gb。根据Kmer分布情况,估算地黄基因组重复序列比例为78.48%,杂合度为1.93%,GC含量为37.27%。从基因组基本结构特征上看,地黄基因组属于高重复、高杂合、大基因组的复杂基因组。结论获得了地黄基因组大小和特征等信息,这些信息将为绘制地黄全基因组的精细图谱奠定基础,也为阐明地黄有效成分的生物合成和调控途径提供依据。     

基于流式细胞分析技术的茯苓基因组大小测定

目的:茯苓是担子菌多孔菌科的著名传统中药.本研究的目的在于测定茯苓的基因组大小并考察了其倍性与基因组的关系.方法:真菌材料的前处理参考文献报道[1],并用DNA特异性染料碘化丙啶进行染色,通过调节离心转速、染色时间等条件对样品进行核分离的优化.DNA含量用流式细胞仪进行分析,通过比较茯苓与内参黑曲霉G0/G1期峰比值计算得出.结果:茯苓的基因组大小测定为55.79±3.03Mb,或相对DNA含量为0.12±0.01pg(1pgDNA=0.965×109bp).在结果中可以检测出黑曲霉和茯苓的G2/M期峰.结论:本研究探索了用流式细胞仪分析茯苓基因组大小的方法,所得数据可为基因组学研究提供了参考.     

基于本草基因组学应用流式细胞术和高通量测序技术检测人参基因组大小

人参（Ginseng）是五加科植物人参（Panax ginseng C. A. Mey.）的干燥根和根茎。由于其基因组数据的缺乏制约了人参基础研究和产业发展。本实验以水稻（Oryza sativa ssp. Nipponbare）和大豆（Glycine max(L.) Merrill）为内参,通过流式细胞术检测人参基因组大小约为3.42 Gb;同时,分别构建人参基因组插入片段大小为250 bp和500 bp的鸟枪法（shotgun）文库,利用Illumina Hiseq X Ten平台进行双端PE 150高通量测序,过滤原始测序数据后获得183.82 Gb高质量数据,K-mer分析法预估人参基因组大小为3.35 Gb,测序深度为54.87 X。本研究采用流式细胞术结合K-mer分析法测定人参基因组大小,为人参全基因组测序以及本草基因组学的研究提供基础数据。     

两种常用中药材的基因组大小研究

目的 防风和木香是常用的传统中药材,该研究旨在测定防风和木香的基因组大小.方法 摘取防风和木香的新鲜嫩叶作为实验材料,以大豆作为内标,采用LB01裂解液的方法得到细胞核滤液,碘化丙啶染色,应用流式细胞仪分别测定防风和木香的荧光强度.结果 估测出防风的基因组大小约为1.95Gb;木香的基因组大小约为2.15Gb.结论 明...     

苦豆子生物碱的药理作用

 苦豆子广泛分布在我国西北荒漠地区，其生物碱的药理研究近年取得了很大进展。总碱和一些单体生物械对中枢神经系统、心血管系统、呼吸系统和消化系统等都有显著的药理活性。苦豆子生物碱除了已有的抗菌等用途外，其在强心、抗心律失常、抗炎免疫、抗肿瘤等方面也有开发利用的广阔前景。     

苦豆子种子中生物碱的冷浸提取实验研究

目的 考察苦豆子中生物碱的冷浸工艺条件。方法 在室温下用稀盐酸水提取苦豆籽中的生物碱,考察pH值,浸提时间、豆籽粉粒度及保持负压,超声波振荡下总碱浸出率,并对比热浸状况。结果 总生物碱浸出率可达3．7％以上。结论 在优选的工艺条件下,可能提高收率和浸提速度。     

基于流式细胞术的华细辛基因组C值测定

目的建立华细辛Asarum sieboldii Miq.基因组C值的流式细胞术测定方法,估测华细辛基因组大小。方法对8种常用的细胞核解离液进行筛选,根据筛选结果,采用OTTO细胞核解离液,以华细辛幼嫩叶片为材料,以本氏烟草Nicotiana benthamiana Karel Domin为内参植物,运用流式细胞术对华细辛基因组C值进行了测定。结果华细辛基因组C值为(5.197±0.157)pg,估测华细辛基因组大小为5.083 Gb。结论该研究建立了流式细胞术测定华细辛基因组C值的方法,所得数据可为华细辛基因组学和进化生物学研究提供有益的参考。     

苦豆子方剂调血脂作用的临床研究

目的观察苦豆子方剂对高脂血症患者的疗效。方法高脂血症患者50例,随机分为两组。治疗组给予苦豆子方剂;对照组给予血脂康胶囊。两组均连续用药12周,比较两组治疗前后患者血清总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)变化,并进行总体疗效和安全性评定。结果治疗组显效率76.7%,总有效率86.7%;对照组显效率75.0%,总有效率90.0%。两组显效率、总有效率比较,差异无显著性(P>0.05);治疗组能显著降低血浆TC,TG,LDL(P<0.01),升高HDL(P<0.01)。结论苦豆子方剂可明显改善血脂紊乱患者的状况。     

苦豆子ISSR标记的遗传多样性分析

目的 通过对产白宁夏、甘肃、青海、新疆和内蒙的苦豆子遗传多样性和亲缘关系的分析,为野生苦豆子资源的驯化和保护等提供依据.方法 采用ISSR分子标记技术,对22个苦豆子居群的DNA进行扩增,对其扩增条带进行遗传多样性分析,在所得遗传距离的基础上进行UPGMA聚类和主成分分析(PCA),并绘制亲缘关系树状聚类图.结果 51条ISSR引物共检测到433个位点,每条引物5～12个,平均8.49个;平均多态性位点百分率(PPB) 93.30％; Nei's遗传多样性指数(H)和Shannon信息指数(Ⅰ)分别为0.335 1、0.499 8;遗传距离变幅范围0.173 6～0.650 2.结论 22个苦豆子居群间具有较高的遗传多样性,各居群间遗传距离与地理距离没有明显关系.     

乙酰化苦豆子多糖的制备及溶液构象

目的:制备乙酰化苦豆子多糖,并对修饰后的乙酰化苦豆子多糖溶液的构象特征进行研究。方法:对苦豆子多糖进行乙酰化修饰,采用取代度测定、红外光谱分析手段对修饰结果进行验证,采用碘-碘化钾反应和刚果红试验研究乙酰化苦豆子多糖的构象特征,采用圆二色谱法(CD)对不同因素影响下乙酰化苦豆子多糖的溶液行为进行研究。结果:乙酰化苦豆子多糖修饰成功,取代度为0.84,其溶液行为显示乙酰化苦豆子多糖具有多股螺旋结构以及较长的侧链和较多的分支,并且溶液构象受浓度、温度以及添加金属离子的影响而变化。结论:成功修饰获得乙酰化苦豆子多糖,并对其溶液构象进行了全面研究,为其进一步研究提供了参考。     

苦豆子种子生物碱类化学成分及细胞毒活性

目的:研究苦豆子种子的化学成分并对其抗肿瘤活性进行测试。方法:采用常规的硅胶柱层析(CC),葡聚糖(Sephadex LH-20)柱层析,和重结晶等实验手段对其进行了分离纯化,利用波谱技术(1H-NMR,13C-NMR)及与文献数据对照,对分离的化合物进行了结构鉴定;并采用MTT测定部分生物碱单体化合物体外对C6肿瘤细胞的细胞毒活性。结果:共分离出7个生物碱类化合物,分别鉴定为:苦参碱(1),氧化苦参碱(2),槐果碱(3),9α-羟基槐果碱(4),氧化槐果碱(5),9α-羟基槐胺碱(6),(-)-13,14-去氢槐定碱(7),1个非生物碱化合物3-吲哚甲醛(8)。结论:化合物8为首次从该属植物中分离得到。细胞毒活性测试结果表明,化合物1~3和5对鼠脑胶质瘤C6细胞显示了较强的生长抑制活性。     

响应面分析法优化苦豆子多糖的醇沉工艺

目的:优化苦豆子多糖的醇沉工艺.方法:在单因素试验基础上,以多糖提取率为指标,依据响应面法原理,使用Design Expert软件的中心组合设计建立试验数学模型,考察醇沉时间、乙醇体积分数及用量对醇沉工艺的影响.采用苯酚-浓硫酸法测定苦豆子多糖含量.结果:最佳醇沉工艺条件为加4.3倍量97％乙醇醇沉26 h,苦豆子多糖提取率6.98％,与预测值(7.03％)的相对误差0.71％.结论:响应面法可有效用于优化苦豆子多糖的醇沉工艺.     

柱前衍生化HPLC法建立苦豆子多糖特征图谱的研究

[目的]建立苦豆子多糖特征图谱。[方法]采用1-苯基-3-甲基本5-吡唑酮(PMP)柱前衍生化高效液相色谱(HPLC)法对苦豆子多糖进行单糖组成分析。[结果]苦豆子多糖特征图谱由7个共有峰组成,为甘露糖、葡萄糖、鼠李糖、半乳糖、木糖、阿拉伯糖以及1个未鉴定出的单糖。[结论]柱前衍生化HPLC法建立多糖的特征图谱操作简便、准确、重复性良好,为苦豆子多糖的质量评价提供了依据。     

苦豆子不同部位总生物碱提取物指纹图谱分析

目的:研究苦豆子不同部位总生物碱提取物的HPLC指纹图谱,为科学评价及有效控制苦豆子总生物碱提取物的质量提供依据。方法:采用HPLC-DAD方法,对不同主产区的16批苦豆子种子(苦豆籽)和地上部分(苦豆草)总生物碱提取物进行指纹图谱研究,采用相似度评价对指纹图谱进行分析,同时运用聚类分析及主成分分析对其进行模式识别。结果:分别建立苦豆籽和苦豆草提取物对照指纹图谱,确定共有峰,并指认色谱峰。通过聚类分析和主成分分析将16批药材总生物碱提取物按不同产地分为3类。结论:苦豆籽和苦豆草提取物的指纹图谱特征性及专属性良好,可用于全面控制苦豆籽和苦豆草总生物碱的质量。     

苦豆子多糖SAP的结构表征及其对CT26抗肿瘤活性研究

目的研究苦豆子多糖SAP的一级结构及其抗肿瘤活性。方法采用高效凝胶渗透色谱法、红外广谱、GC-MS结合NMR法解析SAP的结构;考察SAP对CT26荷瘤小鼠的抗肿瘤活性。结果 SAP为半乳甘露聚糖,其相对分子质量为9.6×105,以1,4-β-D-Man为主链,在其某些C-6的位置上连接1,6-α-D-Gal片段,末端为半乳糖。体内抗肿瘤实验结果表明,SAP高、中、低剂量组对CT26荷瘤小鼠肿瘤生长有抑制作用,且呈剂量依赖关系,对CT26荷瘤小鼠的抑瘤率可达44.03%。结论 SAP的结构确定为其构效关系研究奠定理论基础,该多糖有望进一步开发成为高效低毒的抗结肠癌新药。     

苦豆子内生真菌诱导子促进宿主生物碱合成关键酶基因表达的荧光定量PCR检测

目的建立荧光定量PCR(qRT-PCR)检测苦豆子内生真菌诱导子促进宿主生物碱合成关键酶—赖氨酸脱羧酶(LDC)基因的表达的方法。方法根据苦豆子LDC和Lectin基因序列设计目的基因引物QLDC-F/QLDC-R和内参基因引物Lectin-F/Lectin-R;以5倍梯度稀释的c DNA作为标准样品,建立目的基因QLDC-F/QLDC-R和内参基因Lectin-F/Lectin-R的标准曲线,优化qRT-PCR反应体系与反应条件,分析比较半定量PCR与qRT-PCR的灵敏度;在苦豆子内生真菌NDZKDF13诱导子不同诱导时间下,高效液相色谱(HPLC)测定宿主氧化苦参碱(oxymatrine,OMA)的含量,qRT-PCR检测LDC基因的表达量,分析在内生真菌诱导下LDC基因与OMA合成积累的关系。结果在qRT-PCR体系中c DNA质量浓度为200 ng/μL,退火温度为61℃时检测结果最好;构建的目的基因和内参基因标准曲线,其循环阈值与模板浓度均呈良好的线性关系,扩增效率都在99%以上,灵敏度是半定量PCR的25倍;在内生真菌NDZKDF13诱导子诱导作用下,宿主LDC基因的表达量在第6天达到峰值,为对照的25.58倍;OMA含量的增加滞后于LDC基因表达量的变化,在诱导子处理第9天达到最高峰。结论成功将qRT-PCR技术应用于苦豆子的功能基因研究。通过对各种条件的优化探索,建立了准确和简单易行的检测苦豆子的功能基因表达的平台。