探索psbA-trnH序列对竹茹、天竺黄及其近缘物种的鉴定

目的：采用psbA-trnH序列对竹茹、天竺黄及其近缘物种进行DNA条形码鉴定研究,保障临床用药准确、安全。方法：收集竹茹、天竺黄及其近缘物种共71份材料,提取基因组DNA、PCR扩增并双向测序,经CodonCode Aligner V 4.2拼接获得序列,应用MEGA5.0比对分析,计算种内及种间Kimura-2-Parameter（K2P）遗传距离并构建系统发育树。结果：竹茹、天竺黄各基原及其近缘物种基于psbA-trnH序列的种内最大K2P遗传距离均小于其与近缘物种的种间最小K2P遗传距离;NJ树图结合MEGA比对结果显示,基原植物青杆竹与青皮竹之间无法区分,而竹茹、天竺黄及其他基原物种之间均可较好地区分并呈现明显的单系性。结论：基于psbA-trnH序列可以准确地鉴定多基原药材竹茹、天竺黄及其近缘物种。     

基于ITS2和psbA-trnH序列鉴别金线兰及其近缘种

目的 应用ITS2和psbA-trnH条形码鉴定金线兰Anoectochilus roxburghii及其近缘种。方法 提取金线兰及其近缘种的DNA,对ITS2和psbA-trnH序列进行扩增和测序,计算物种种内、种间遗传距离,构建邻接法（neighbor-joining,NJ）系统聚类树直观反映鉴定结果。结果 经PCR扩增后测序,金线兰及其近缘种ITS2序列长度为250～254 bp,GC含量为48.2%～51.6%;psbA-trnH序列长度为636～704 bp,GC含量为31.8%～32.0%。根据K2P遗传距离计算,金线兰的种内遗传距离明显小于种间遗传距离。基于ITS2序列构建的NJ树结果显示,除长片金线兰A.longilobus外,金线兰与其余混伪品可以明显区分。基于psb A-trnH序列构建的NJ树结果显示,除长片金线兰和丽蕾金线兰A.lylei外,金线兰与其余金线兰属近缘种可以明显区分。结论 ITS2和psb A-trnH序列可以鉴别金线兰与其遗传距离较远的近缘种。     

应用DNA条形码ITS2序列对市售药材黄柏的鉴定研究

目的：应用DNA条形码ITS2序列鉴定市售黄柏药材及其混伪品,保障药材质量及用药安全。方法：对90份药材及其基原植物样品进行DNA提取,通过聚合酶链式反应（PCR）扩增ITS2序列并进行双向测序,运用CodonCode Aligner V3.7.1对测序峰图进行校对拼接,去除低质量区和引物区,得到ITS2序列,运用MEGA 6.1对序列进行比对分析,基于K2P遗传距离构建系统聚类树。结果：90份实验样品均能提取到DNA,其DNA经PCR扩增、测序,序列拼接剪切后均能得到高质量ITS2序列。川黄柏和关黄柏基原物种黄皮树和黄檗的种内最大K2P遗传距离分别为0.018和0.004,均远小于其与混伪品的种间最小K2P遗传距离（0.051和0.056）;NJ树结果显示川黄柏和关黄柏聚为一支,其混伪品各自聚为一支。结论：基于ITS2序列的DNA条形码技术可准确、有效地鉴定市售黄柏药材及其混伪品,为其市场监管及用药安全提供了一种高效的技术方法。     

基于ITS2序列鉴定红白二丸药材及其近缘易混品

目的：基于ITS2序列建立红白二丸药材及其近缘易混品的分子鉴定方法。方法：共收集67份红白二丸药材（中华秋海棠）及其近缘易混品（秋海棠、掌裂叶秋海棠和柔毛秋海棠）,提取总DNA、PCR扩增ITS2序列并进行双向测序,通过CodonCode Aligner V4.2.1对测序序列进行质量分析和拼接,采用MEGA 6.0进行多序列比对分析,并基于最近距离法和建树法（NJ树和UPGMA树）对红白二丸药材及其近缘易混品进行物种鉴定。结果：最近距离法和建树法的结果均表明中华秋海棠与其近缘易混品掌裂叶秋海棠、柔毛秋海棠能有效区分,但其与秋海棠未能区分开（秋海棠与中华秋海棠为原亚种与亚种的关系）。结论：ITS2序列可以有效区分红白二丸药材及其近缘易混品的物种基原,可以作为红白二丸药材的分子鉴定方法,为红白二丸药材的真伪鉴别和保证临床用药安全提供有效的技术支持。     

基于DNA条形码的岭南特色药材广东海桐皮、木棉花与其混淆品的分子鉴定

目的：本研究主要应用第二内转录间隔区（ITS2）序列作为DNA条形码进行分析,建立对岭南中药广东海桐皮、木棉花与其混淆品的快速鉴定法。方法：收集广东海桐皮等9个物种样本,提取样本基因组DNA,扩增ITS2 基因片段,对其产物进行双向测序。所得序列采用CodonCode Aligner进行拼接。利用MEGA 6.06软件进行种间变异及遗传距离分析,并构建系统进化树。结果：9个物种的ITS2序列长度范围为224-237bp,物种的种内遗传距离（0.000-0.017）明显小于种间遗传距离（0.045-0.820）,NJ和ML聚类树显示,各物种样本独聚一支,表现出单系性。结论：ITS2序列能够有效鉴别植物海桐皮、木棉花与其混淆品,为其基原植物鉴定提供依据,为保证用药真实及其临床疗效提供分子鉴定方法。     

远志药材及其混伪品的DNA条形码鉴定

目的：对中药材远志及其混伪品进行分子鉴定,保障药材质量及用药安全。方法：对46份样品进行DNA提取,通过聚合酶链式反应（PCR）扩增其psbA-trnH序列并双向测序,应用CodonCode Aligner V3.7.1对测序峰图校对拼接,去除低质量区和引物区,得到psbA-trnH序列,用MEGA 6.0对序列进行比对分析,基于K2P遗传距离构建系统聚类树。结果：通过相似性搜索法能准确鉴别远志及其混伪品,远志两个基原的种内最大K2P距离分别为0.004和0,均小于其与混伪品的种间最小K2P遗传距离（0.010 和0.005）,基于psbA-trnH序列的系统发育树可将远志药材及其混伪品明显区分开。结论：psbA-trnH序列能有效鉴别远志药材及其混伪品,为中药材的质量控制提供新方法。     

基于DNA条形码技术的中药材木通种子鉴定研究

目的:利用核糖体内部转录间隔区2(ITS2)及叶绿体psbA-trnH序列对中药材木通种子进行鉴定,建立其种子DNA条形码鉴定方法,保障中药材木通种子的准确性。方法:收集木通种子样品15份,通过提取DNA、聚合酶链式反应(PCR)扩增、双向测序,获取其ITS2及psbA-trnH序列。基于BLAST分析、邻接(NJ)系统发育树构建进行物种鉴定分析。结果:共获得4种类型ITS2序列,2种类型psbA-trnH序列。ITS2及psbA-trnH均可区分木通与川木通、关木通,但ITS2序列可以区分木通与三叶木通、白木通,psbA-trnH序列无法区分木通与三叶木通、白木通。结论:DNA条形码技术可用于木通种子及其易混伪品的鉴定。     

基于DNA条形码的甘草属植物的分子鉴别

目的:评价不同DNA条形码序列对甘草属的鉴定能力。方法:应用5条常用DNA条形码序列ITS、ITS2、psbA-trnH、matK与rbcL对甘草属进行PCR扩增与序列测序,结合在GenBank数据库下载的序列数据,通过分析各序列种内与种间变异与遗传距离,构建系统发育树,并基于相似性搜索算法和最近距离法计算各序列鉴定成功率,以分析比较各序列对甘草属的鉴定效率。结果:matk序列因扩增与测序成功率均较低,没有加入后续的数据分析。各个序列的鉴定成功率由高到低的顺序为psbA-trnH、ITS、ITS2、rbcL。ITS和ITS2序列种间最小变异均大于种内最大变异,且种内变异最小。Barcoding gap检验结果显示,ITS、ITS2的重叠区较小。NJ树结果显示,只有psbA-trnH序列能把甘草属不同物种分开。结论:利用DNA条形码序列可准确鉴别甘草属植物,psbA-trnH和ITS组合序列可作为鉴定甘草属植物的较优序列组合。本研究为甘草属植物的分子鉴别提供科学依据。     

中药材薄荷的DNA条形码鉴定研究

目的:利用DNA条形码鉴定技术快速、准确地鉴别中药材薄荷及其密切相关种。方法:提取薄荷药材及其易混品的DNA、对ITS2序列进行PCR扩增和测序,应用CodonCode Aligner V3.0对测序峰图进行校对拼接,去除低质量序列及引物区,获得ITS2序列。利用MEGA5.0软件计算物种种内种间Kimura 2-parameter(K2P)遗传距离。采用相似性搜索法、最近距离法、构建NJ系统聚类树等方法进行鉴定分析。结果:薄荷药材与其他密切相关种之间的K2P遗传距离分布于0.071～0.231,大于薄荷种内K2P遗传距离(0～0.006);3种鉴定方法也表明ITS2序列适合鉴别薄荷药材与其密切相关种。结论:ITS2条形码可有效鉴别中药材薄荷及其易混品,为快速、准确地鉴定薄荷提供了科学依据。     

细小种子类毒性药材天仙子的DNA 条形码鉴定

目的：毒性中药的误用滥用对人类健康造成了严重危害。本研究应用DNA条形码技术对细小种子类毒性药材天仙子及其混淆品进行鉴定,为中药材的安全使用提供保障。方法：使用试剂盒提取61份样本的总DNA,通过聚合酶链式反应（PCR）扩增其ITS2序列并双向测序,应用Codon Code Aligner v 4.25对测序峰图进行校对拼接,去除低质量序列及引物区获得ITS2 序列。用MEGA 6.0 软件计算物种种内和种间Kimura2-Parameter（K2P）遗传距离,分析变异位点并构建邻接（NJ）系统聚类树。结果：天仙子的基原植物莨菪种内最大K2P遗传距离为0.005,远小于其与混淆品之间的种间最小K2P遗传距离（0.360）;NJ树结果显示莨菪独自聚为一支,表现出良好的单系性,与混淆品明显区分开。结论：ITS2序列能准确鉴别毒性药材天仙子及其混淆品,为保障临床用药的安全提供了有效的技术手段。     

ITS2序列鉴定大蓟、小蓟药材及其近缘混伪品

目的:应用ITS2序列鉴别大蓟、小蓟药材及其近缘混伪品,以保障临床用药准确。方法:收集大蓟、小蓟药材的基原物种蓟和刺儿菜及其近缘混伪品,经DNA提取、PCR扩增、测序和序列拼接等步骤,获得ITS2序列,结合Gen Bank载序列共14个物种54条序列,用MEGA6.0对序列进行比对分析,计算种内种间K2P(Kimura 2-Parameter)遗传距离,构建系统邻接(NJ)树。结果:ITS2序列分析表明,蓟和刺儿菜种内变异位点数均远小于其与混伪品种间变异位点,以上2个物种种内最大(平均)K2P距离均小于其与混伪品种间最小(平均)K2P距离;基于ITS2序列的系统NJ树可以将蓟和刺儿菜及其近缘混伪品很好地区分开,且各物种均单独成支。结论:ITS2序列可以很好地鉴定大蓟、小蓟药材及其近缘混伪品。     

基于ITS2序列的清风藤属药用植物分类鉴定研究＊

目的 探讨核基因内部转录间隔区2（internal transcribed spacer 2，ITS2）序列在清风藤属（Sabia）药用植物中的分类鉴定可行性与系统关系。方法 对9种38个产地的清风藤属药用植物ITS2序列进行PCR扩增和测序。基于（Kimura 2-parameter）K2P计算遗传距离，分析种内和种间变异与鉴定效率，应用最大似然法（maximum likelihood，ML）构建系统发育树。结果 清风藤属药用植物ITS2序列长度均为241 bp，GC含量为51.9-64.7%。38个产地清风藤属药用植物ITS2序列，共具有保守位点168个，变异位点数目为73个，简约信息位点数目为65个。ITS2在清风藤属药用植物中的种内变异为0-0.074，种间变异为0.007-0.205，种间变异较小，种间遗传距离与种内遗传距离存在交叉，没有形成明显的间隔。ML系统树表明，属内种间具有较高的自展支持率，基本能单独聚成一支，可对清风藤属药用植物种间进行有效分类鉴定。结论 ITS2序列在清风藤属植物中具有较好的通用性与鉴定效率，可用于清风藤属DNA条形码与分类鉴定研究。本研究为清风藤属植物的分类鉴定与系统演化研究提供了一定参考。     

基于ITS2条形码序列鉴定中药材佩兰及其混伪品

目的:对中药材佩兰及其混伪品进行ITS2条形码鉴定,以确保该药材的质量以及临床疗效。方法:提取佩兰的DNA,利用PCR技术扩增其ITS2序列,双向测序,所得序列经过CodonCodeAligner拼接后,用软件MEGA5进行相关数据分析,计算其种内、种间遗传距离,并构建系统发育树。结果:佩兰药材的ITS2序列长度为218 bp;佩兰种内最大K2P距离为0.009,与混伪品种间最小K2P距离为0.024。ITS2序列的NJ系统聚类树可明显区分佩兰药材及其混伪品,表现出良好的单系性。结论:ITS2条形码序列能够成功鉴定中药材佩兰与其混伪品,为保障临床安全用药提供了新的技术方法。     

王不留行种子的ITS2序列分子鉴定研究

目的：基于ITS2序列对中药材王不留行种子及其混伪品进行鉴定研究,为王不留行种子及其混伪品的鉴定提供新方法。方法：对王不留行种子及其混伪品样品提取基因组DNA、PCR扩增、双向测序获得ITS2序列。应用MEGA 6.0软件计算种内、种间遗传距离,构建邻接树,基于自行编写的代码和开源代码 PHP QR Code的编码方式,将王不留行及其混伪品 ITS2序列转换为条形码图片,获得各物种二维DNA条形码图片,并在中药材DNA条形码鉴定系统（www.tcmbarcode.cn）对所获得ITS2序列进行分析鉴定。结果：王不留行药材ITS2序列长度为219-221bp,种内最大K2P遗传距离为0.009,小于其与混伪品的种间K2P遗传距离,王不留行及其混伪品ITS2序列间存在的变异位点较多。NJ树结果表明王不留行与其混伪品分别聚为一支,可明显区分。结论：ITS2序列可以准确鉴别王不留行种子,为其种质资源鉴定和中药材种子质量标准的建立提供了新方法,将获得的ITS2序列转换为二维DNA条形码可为王不留行药材流通管理提供便利,为保障王不留行临床用药安全提供了新的技术手段。     

基于ITS2序列鉴定白及与其伪品小白及

目的：通过分析白及与小白及的ITS2条形码序列,鉴定白及与其伪品小白及。方法：以采集自云南、湖北、贵州、湖南、四川的38份白及和小白及叶片为实验材料,提取其总DNA,并 PCR 扩增其ITS2序列,对序列进行双向测序,并从GenBank上下载2个物种共8条ITS2序列,用MAGA5.0进行序列分析,计算种内、种间遗传距离,构建邻接树。结果：白及与小白及的ITS2序列全长均为259 bp,种间有14个变异位点;ITS2序列种内最大遗传距离0.008,种间最小遗传距离0.040。由所构建的系统聚类树可以看出,不同来源的白及与小白及的样本均分别聚为一支,两者明显分开。结论：利用ITS2序列可快速准确地鉴别白及与小白及。     

基于ITS2 序列的车前子原植物及其混伪品的分子鉴定

目的：通过分析车前子原植物及其混伪品的ITS2 条形码序列,探索鉴定车前子及其混伪品的新方法。方法：对研究材料进行DNA 提取、PCR 扩增和双向测序,所得序列经过CodonCode Aligner 拼接后,用软件MEGA5 进行相关数据分析,计算其种间、种内遗传距离,并利用已建立的ITS2 数据库及其网站预测ITS2 二级结构和构建系统发育树。结果：车前种内最大K2P 距离为0.009 9,与混伪品种间最小K2P 距离为0.497 6;平车前种内最大K2P 距离为0.005 2,与混伪品种间最小K2P 距离为0.519 1。车前子基原植物与其混伪品的二级结构的分子形态均有明显差异。由所构建的系统聚类树可以看出,车前与平车前的不同来源样品聚在一支,并能很好与混伪品区分开。结论：ITS2 条形码序列能够成功鉴定车前子基原植物与其混伪品,为车前子的基原鉴定提供了新的方法。     

基于ITS2序列鉴定桃仁及其近缘种

目的：对药材桃仁及其近缘种进行ITS2 分子鉴定,以保证药材质量及用药安全。方法：利用DNA 条形码技术,对桃仁及其近缘种的ITS2 核基因片段进行扩增并双向测序,经CodonCode Aligner V4.1 拼接后,将所有的ITS2 序列用MEGA5. 0 软件进行相关数据分析,并构建NJ 树。结果：桃仁两基原物种ITS2 序列长度为212~213 bp,序列变异较小;两基原物种ITS2 序列与近缘种的种间平均K2P 遗传距离大于其种内平均K2P 遗传距离;由NJ 树可知,桃仁的两基原物种聚为一枝,并与其他近缘种明显分开。结论：ITS2 序列作为DNA 条形码可以有效地鉴定药材桃仁及其近缘种,为其他中药及其近缘种的鉴定提供一定的参考依据。     

基于ITS2 序列鉴定中药材金沸草、旋覆花及其近缘混伪品

目的：应用ITS2 序列鉴定中药材金沸草、旋覆花及其近缘种混伪品,以确保药材质量,保障临床安全用药。方法：通过对金沸草、旋覆花等药材的3 个基原物种条叶旋覆花、旋覆花和欧亚旋覆花及其同属近缘物种进行DNA 提取、PCR 扩增ITS2 序列并双向测序,用CodonCode Aligner 对测序峰图进行拼接后,用MEGA5.0 软件进行相关数据分析,并构建NJ 系统聚类树以直观反映鉴定结果。结果：各基原物种ITS2 序列变异位点稳定,其种内平均K2P 距离均远小于各自药材以及同属近缘混伪品的种间平均K2P 距离;基于ITS2 序列的NJ 树可以将金沸草和旋覆花药材与同属其它近缘混伪品明显区分开。结论：ITS2 序列可准确鉴别中药材金沸草和旋覆花及其同属近缘混伪品。     

维吾尔药材新疆圆柏DNA 条形码鉴定研究

目的：本研究采用形态学与DNA 条形码技术,建立维吾尔药材新疆圆柏Juniperus sabina L.及其混伪品的鉴别方法。方法：随机选择不同产地新疆圆柏及其混伪品的叶片和果实,比较外观差异;采用ITS2 序列对新疆圆柏及其混伪品10 份样品进行PCR 扩增并测序,结合GenBank 获得4 条侧柏ITS2序列,比较14 份样品ITS2 序列种内和种间变异,采用K2P 模型构建NJ 系统树。结果：4 种植物叶片和果实外观相态均有相似之处;DNA 条形码ITS2 序列鉴定结果显示,14 份研究样品ITS2 序列长度均为219 bp,种间最大K2P 距离为0.089。结论：ITS2 序列及NJ 树可将新疆圆柏与3 种混伪品植物区分,为维吾尔药材新疆圆柏的标准化奠定基础。