2012年1株南美洲输入登革1型病毒的基因组特征

目的 分析2012年1株从南美洲输入登革1型病毒的基因组特征,探索登革病毒的传播规律.方法 测定DF1203毒株的全长基因组序列,分析该毒株与97株南美洲登革1型毒株的遗传联系,同时比较该毒株与全球最相似毒株的遗传联系.结果 DF1203毒株的基因组全长10 735个核苷酸,编码区全长10 179个核苷酸.种系发生分析显示,该毒株与南美洲登革1型毒株存在一定差异,BLAST分析表明DF1203与东南亚毒株存在密切遗传联系,尤其与近年柬埔寨毒株在种系发生树上处于同一分支.结论 虽然DF1203的患者来自南美洲苏里南,毒株遗传背景分析却显示与东南亚毒株存在亲密遗传关系.由此表明连续有效的登革病毒监测,尤其是检测分离株的部分或全部基因组序列,对于研究登革病毒传播路径、遗传进化,具有重要意义.     

福建省登革1型病毒基因组序列测定及进化分析

目的对分离自福建省的1株登革1型病毒（FJ231／04）进行全基因组序列测定，并同其它病毒株全基因序列进行比较，了解其序列特征和可能的传播来源。方法采取分段扩增、克隆、测序的方案，设计10对引物分别扩增不同的片段，基因组5’末端序列采用RACE技术进行扩增，扩增产物随后克隆到质粒载体并测序。通过末端重叠序列进行拼按后组成全长病毒基因组序列。结果拼接后的病毒全基因组全长10735nt，编码一个长的开放读码框。参考已公布的登革1型病毒的全基因序列，对该病毒株进行进化分析。序列的进化分析表明，该福建省分离株属登革1型病毒中的第1群（基因1型）病毒。在遗传距离上，该毒株和2002年的泰国分离株最为接近（差异为0．53％）。根据病毒发现时间及其核酸差异，推测该病毒可能是通过在东南亚一带感染者或病人带入福建。结论通过对登革病毒金基因组序列的测定可以获得毒株的特征。此外病毒序列的进化分析，还可为了解病毒可能的来源以及传播途径，正确了解登革病毒在我省的流行病学概况提供重要的线索。     

汕头地区417例疑似脊髓灰质炎病因分析

对汕头地区１９７１～ｌ９９２年临床疑似脊髓灰质炎（灰髓炎）４１７例患者粪便标本和９４例患者双份血清，进行了病毒病因检测，结果分离出病毒１９２株，检出率为４６．０％，计有灰髓炎病毒１５６株，其中Ⅰ型病毒１３８株，占灰髓炎阳性的８８．５％。柯萨奇病毒１０株，埃可病毒和腺病毒各８株，肠道７１型病毒７株，未定型病毒３株。对１１４株灰髓炎Ⅰ型病毒进行了型内抗原分析，结果表明，不同时期分离的灰髓炎Ⅰ型病毒其抗原性有明显差异。在１９８９年以前分离到的灰髓炎Ⅰ型病毒，不论是流行期还是散发病例，均以灰髓炎野毒变异株为主，而１９８９～ｌ９９２年流行的灰髓炎Ⅰ型病毒株则以野毒株Ｍａｈｏｎｅｙ株及其变异株为主要流行毒株。     

汉坦病毒四川分离毒株SN7——HTN的新亚型

目的 对四川省社鼠分离株SN7进行生物学和分子生物学鉴定。方法 应用单克隆抗本抗原性分析和空斑减少中和试验（PRNT）和PCR分型方法分析。克隆测定了SN7株的M和S片段基因。并同汉坦病毒其他病毒株进行比较。结果 单克隆抗体5和PRNT，PCR分型方法均无法对SN7株定性，序列分析表明SN7毒株与现有的HTN型毒株M片段同源性为80.2%-87.1%，差异高达12.9%-19.8%；S片段为76.6%-92.0%，差异也高达8%-23.4%，而与SEO毒株M片段的同源性为70.0%-71.6%。S片段为71.0%-72.2%。SN7株病毒可以定型为HTN型病毒。结论 SN7株为HTN型的新亚型毒株。     

猪源性乙型脑炎病毒分离株全基因序列测定和分析

[摘要] 目的 了解猪源性乙型脑炎病毒（乙脑病毒）的基因特征。方法 对猪源性乙脑病毒株（JX61）进行全基因组序列测定和基因进化特性的分析。结果 猪源性乙脑病毒JX61株全基因组全长均为10964个核苷酸,含有一个开放阅读框架,编码3432个氨基酸。与GenBank中选择的41株乙脑病毒全基因序列比较发现,其核苷酸同源为83.6-99.3%,氨基酸总体同源性为94.9%-99.6%。通过全基因序列进行系统进化分析均显示该毒株属于基因I型乙脑病毒。结论 猪源性乙脑病毒JX61株属于基因I型,与国内分离株XJP613关系最为接近。提示猪体内的乙脑病毒基因型别有了新的变化,这也是浙江省在猪机体第一次分离基因I型乙脑病毒。     

广州戊型病毒性肝炎暴发株和散发株部分序列比较

目的了解广州某部新兵连戊型病毒性肝炎（戊型肝炎）暴发流行的分子病毒学特征,并与当地散发毒株比较,以查找病原可能来源.方法用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）法,对抗HEV-IgM阳性的34例暴发性戊型肝炎及46例散发性戊型肝炎患者的血清和粪便标本进行HEV RNA检测,并对HEV RNA阳性标本的基因开放读码框（ORF）2部分片段进行克隆测序分析.结果 34例暴发流行病例标本中检测出12株病毒,46例散发病例标本中检到2株.经克隆测序分析,各暴发毒株的核苷酸同源性为95.3%～100%;氨基酸同源性为94.0%～100%.且暴发毒株和散发毒株的核苷酸及氨基酸的同源性也较高,分别为95.3%～99.3%和94.0%～100%;暴发毒株和散发毒株与各型中的标准株相比,与Japl株同源性最高,其核苷酸同源性为92.0%～95.3%,氨基酸同源性为96.0%～100.0%.进化树分析提示本次戊型肝炎暴发流行病毒株与戊型肝炎病毒基因Ⅳ型距离最近.结论 本次戊型肝炎暴发流行的病原可能来于广州本地;广州地区戊型肝炎流行毒株属戊型肝炎基因型Ⅳ型.     

黄热病毒NS1蛋白的制备及免疫原性鉴定

目的 原核系统克隆表达黄热病毒(yellow fever virus, YFV)非结构蛋白1(nonstructural protein 1,NS1),鉴定其免疫原性。方法 以YFV-17D疫苗株为模板,常规分子生物学方法构建pQE30-YFV NS1表达载体,原核表达纯化YFVNS1重组蛋白;免疫印记、免疫荧光和酶联免疫吸附实验验证其免疫原性。结果 成功构建重组质粒pQE30-YFV NS1,制备纯化可溶性YFV NS1蛋白;该重组YFV NS1蛋白与登革病毒、黄热病毒、乙脑病毒、西尼罗河病毒免疫小鼠腹水及寨卡病毒NS1、YFV NS1蛋白免疫小鼠血清均发生反应,重组YFV NS1蛋白免疫小鼠血清与YFV感染细胞超声上清也发生反应。结论 获得高纯度YFV NS1重组蛋白,且具有较好的免疫原性,含天然NS1蛋白表位,为基于NS1黄热病毒早期抗原诊断方法和蛋白功能研究奠定基础。     

黄热病疫苗相关性严重毒副反应一例并文献复习

黄热病是由黄病毒科黄热病毒引起的发热性急重症，黄热病减毒活疫苗能有效预防该症的发生，且相对安全。但该疫苗可引起严重的毒副反应，部分引起死亡。国外有散在报道，国内尚未见相关报道，现报道我院收治的首例病例。     

建国后首次登革热暴发分离的2株登革4型病毒prM和E基因序列测定及其系统发生分析

目的对建国后1978年广东佛山首次暴发登革热流行时从患者急性期血液中分离到的两株登革4型病毒（78-42、78—56）进行其分子特征研究并了解其可能来源。方法用Vero细胞培养1978年分离自广东佛山登革热病人的78—42、78—56两病毒株，RNA抽提后RT-PCR法扩增prM、E区基因，克隆至pGEM-TEasy载体后测序；利用DNASTAR软件预测其氨基酸序列并与其他国内外登革4型病毒株序列比较；运用CLUSTALX1．83和MEGA3．1软件绘制系统发生树。结果78—42、78—56两株高度同源，prM、E基因序列和氯基酸序列与其他登革4型病毒同源性很高并证实为登革4型毒株，与印度尼酉亚和马来西亚分离株同属基因ⅡA亚型，核苷酸同源性与印尼ID1973株最高。结论78-42、78—56两新分离病毒株为建国后首次分离到的登革4型毒株，其来源最可能来自印度尼西亚。     

GⅡ-4型诺如病毒体外结合唾液HBGAs受体的检测与分析

目的建立诺如病毒（Norovirus,NoV）结合唾液HBGAs受体的实验方法、验证2株GⅡ-4型NoV毒株与我国人群唾液HBGAs的结合方武。方法收集健康志愿者唾液标本,采用凝集抑制实验法检测唾液中HBGAs血型物质,用EIA法检测NoV VLPs、阳性毒株与HBGAs的结合情况。结果63份标本检出O型21例（占33．3％）,B型14例（占22．2％）,A型和非分泌型各13例（分别占20．6％）,AB型2例（占3．2％）。rVA387、2株GⅡ-4型毒株均能结合分泌型,与非分泌型唾液不反应。结论本研究成功建立了NoV结合唾液HBGAs受体的实验方法,通过NoV毒株与HBGAs相互作用的研究有助于了解NoV的宿主适应特性及病毒进化和流行规律;同时为筛选防治我国人群的抗NoV药物提供技术平台。     

一起由诺如病毒和肠道腺病毒混合感染引起的急性胃肠炎聚集性疫情的病原鉴定及进化分析

目的?对一起儿童急性胃肠炎聚集性疫情的病原进行鉴定、分型及进化分析。 方法?收集本次疫情患儿粪便标本，提取核酸，采用实时荧光PCR初步进行病原鉴定。通过反转录-聚合酶链反应对诺如病毒阳性标本的聚合酶区和衣壳VP1区部分基因序列进行扩增；通过PCR对腺病毒阳性标本的六邻体区部分基因序列进行扩增。对扩增产物进行测序，利用生物信息学软件及网站对病毒进行型别鉴定及进化分析。结果?共收集到3例患儿粪便标本，诺如病毒和腺病毒均为阳性。3株诺如病毒毒株均为诺如病毒GII.P12-GII.3型，其聚合酶区部分基因序列（206 bp）与2015─2018年我国GII.P12-GII.3型诺如病毒参考序列的同源性为98%，且位于同一进化树分支上；3株腺病毒毒株均为腺病毒F亚属41型（F41型），其六邻体区部分基因序列（420 bp）与2015─2019年我国F41型腺病毒参考序列的同源性为100%，且位于同一进化树分支上。 结论?本次儿童急性胃肠炎聚集性疫情是由GII.P12-GII.3型诺如病毒和F41型腺病毒混合感染引起，毒株序列分别与近年来我国流行的GII.P12-GII.3型诺如病毒及F41型腺病毒序列高度同源。本研究为混合感染急性胃肠炎疫情病原的快速鉴定及溯源分析提供了参考。     

传染性法氏囊病病毒B87株VP2基因克隆及序列分析

目的获得传染性法氏囊病病毒（IBDV）B87株VP2基因,并对其序列进行分析。方法采用RT-PCR方法扩增传染性法氏囊病病毒B87株VP2基因,扩增产物提纯后克隆入pMD18-T载体,通过酶切、PCR和测序验证克隆,测序结果与GenBank下载的21株参考毒株VP2基因编码区全核苷酸序列进行比较。结果克隆的VP2基因序列长度为1536bp。所测B87株与Ⅰ型参考毒株的核苷酸同源性介于95.1%～99.2%之间,与Ⅱ型毒株的同源性仅为54.1%～54.7%。结论大多数IBDV强毒株、变异株、超强毒株与B87株的亲缘关系较远;诱导产生保护性中和抗体的VP2抗原决定簇的两个亲水区氨基酸变异较大,是逃避B87疫苗株的免疫保护、导致免疫失败而发生免疫鸡群传染性法氏囊病（IBD）流行的分子基础。     

HIV-1临床毒株的分离培养及生物学表型和基因型鉴定

目的从晚期艾滋病（AIDS）病人中分离培养艾滋病病毒Ⅰ型（HIV-1）毒株,对其生物学表型和基因型进行鉴定,了解中国临床HIV-1毒株的生物学特征,以期探讨HIV-1生物学特征与疾病进展的关系。方法收集6例AIDS晚期病人的静脉全血,分离血浆和外周血单个核淋巴细胞（PBMCs）;流式细胞仪检测CD4细胞,bDNA法检测病毒载量;PBMCs共培养法分离HIV-1毒株;终点稀释法滴定分离株的感染力;逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增分离株的env区;以MT-4细胞检测毒株的融合诱导性。结果6例病例中分离出3株能在PBMCs中连续稳定传代的HIV-1毒株,50%组织培养感染剂量（TCID50/ml）分别为6.3×10^3、10.2×10^3、2.51×10^3;3株毒株均为B亚型,均不能引起MT-4细胞病变。结论共分离出3株感染力相对较高、呈慢/高型复制动力学、M-嗜性、非融合诱导性的HIV-1 B亚型临床分离株。     

黄热病

1黄热病简介黄热病又俗称"黄杰克"、"黑呕",是由黑热病病毒所致的急性传染病,主要媒介在城市是埃及伊蚊,在农村为趋血蚊和非洲伊蚊,传播途径是经蚊的叮咬。黄热病是第一个被发现的人类急性病毒性传染病,也是第一个被证实是由蚊类媒介传播的疾病。主要分布于南美和非洲地区。在历史上可被确定为黄热病第一次流行是在1648年出现在墨西哥东南部的猷加敦地区。     

1996—1998年中国流行的E亚型艾滋病病毒1型毒株的分子流行病学研究

目的：通过对1996－1998年采集的艾滋病病毒1型（HIV－1）毒株样本的env基因的序列分析，阐明在中国流行的E亚型HIV－1毒株的特点，来源和传播方式，为中国E亚型HIV－1疫苗的研制和应用提供基础资料。方法：从HIV感染者淋巴细胞（PBMC）中提取前病毒DNA，使用嵌套式聚合酶链反应（PCR）方法扩增HIV－1的env基因的C2V5区。PCR产物不经克隆直接测序并使用GCG软件包进行序列分析。结果：样品采自1996－1998年中国29个省（自治区、直辖市），总共发现37个E亚型HIV－1感染者，他们中大部分是通过性途径感染（23人，占62．2％），部分在静脉吸毒人群中发现（10人，占27．0％），少数是在职业献血员中发现（4人，占10．8％），经C2－V3区序列分析发现，大部分中国E亚型HIV－1毒株与泰国株很相近，而非洲株相差很大。而来自广西壮族自治区的毒株与越南吸毒人群中的流行株U48720相一致；系统树分析结果发现，中国的E亚型HIV－1株与泰国（CM240X、H93TH966）、越南（U48720）的代表株聚在一起。结论：中国E亚型HIV－1毒株目前仅在东南沿海地区流行，涉及静脉吸毒，输供血和性乱等各种人群，通过env区的序列分析发现其主要来源于泰国，部分来源于与中国接壤的越南。     

重庆地区2004年12月～2005年4月犬狂犬病流行毒株的检测

目的 确诊重庆地区2004年12月至2005年4月发生的临床疑似犬狂犬病，分离病毒并分析病毒株的进化关系。方法 RT，PCR检测重庆地区的5例临床疑似狂犬脑组织样品，乳鼠脑内接种试验分离病毒，分析5个流行毒株间及其与占各基因型代表毒株的遗传衍化关系。结果 5例临床样品均含有狂犬病毒，分离获得了相应的5株流行毒，CQ／ws-1，aQ／wx-1，aQ／w1-1，CQ／fj-1和CQ／qj-1。N基因核酸序列和推导氨基酸序列的同源性分析表明所获毒株均归属于基因Ⅰ型狂犬病毒：在基因Ⅰ型的同源性比较中，分离毒株CQ／qj-1与中国狂犬病人用疫苗株3aG型最低，为83．1％，氨基酸水平同源性最低为90．2％（3aG与CQ／ws-1）。分离毒株间低低为97．5％。同源性分析结果还显示出，尽管CQ／WS-1，CQ／wx-1和CQ／fj-1分别来自紧密相邻的3个地区，可是CQ／fj-1却与其它的两个毒株的基因水平同源性最高仅为95．6％。结论 5例临床疑似病例均为犬狂犬病，新分离的动物狂犬病毒流行毒株均为基因Ⅰ型，而且毒株间存在遗传变异。     

2011年龙岩市流行株柯萨奇病毒A组16型VPl基因特征分析

目的分析2011年龙岩市流行的柯萨奇病毒A组16（CVA16）分离株的分子生物学特征。方法对从龙岩市2011年散发的手足口病（HFMD）患者标本中分离CVA16病毒,采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增VPl基因片段全长,并对扩增产物测序。根据VPl基因核苷酸序列与国内外其他CVA16毒株序列构建进化树,并进行核苷酸和氨基酸同源性分析。结果 4株龙岩分离株CVA16核苷酸同源性为99%~100%。比较推导的氨基酸序列,VP1不存在位点差异,氨基酸序列完全相同。对分离株病毒进行VP1核苷酸序列两两差异分析,与国内其他分离株VP1基因序列的一致性为87%~100%。确定4株CVA16病毒均属于B1b基因型。结论引起2011年龙岩市HFMD流行的CVA16病毒均为B1b基因型,与目前国内其他地区流行毒株高度同源。     

我国部分地区HIV-1流行株的分离培养

目的分离得到能够稳定传代的我国艾滋病病毒Ⅰ型（HIV-1）流行毒株,并进行生物学表型鉴定。方法分离、活化正常人的外周血单核细胞（PBMC）,分离病人的PBMC,采用PBMC共培养和全血共培养的方法分离病人的HIV-1,通过培养上清内P24抗原含量检测病毒的复制情况。同时,标本采集后测定CD产T淋巴细胞计数和病毒载量。结果从270例HIV-1标本中,分离到可稳定传代的强阳性毒株58株,总分离率为21．48％。病毒载量与分离率呈正相关;CD4^＋T细胞计数对分离率的影响没有显著性差异。病毒载量高的标本比病毒载量低的标本分离株的快高型比例大。提示毒株的生长动力学特征与病人的病毒载量相关。结论从我国5个地区的270份HIV-1感染者样本中,分离出58株原代分离毒株,丰富了我国HIV-1毒种库,为进一步开展相关的艾滋病防治研究提供了重要的材料,奠定了坚实的基础。     

不同分析方法用于HBV基因分型的对比

LiPA及DNA测序均检测出63个D型病毒株、4个A型病毒株及13个A型及D型混合病毒株。基于PCR-RFLP方法正确检出了所有4个A型病毒株,但63个D型病毒株中仅正确检出56个。该7个未检出的D型病毒株被定为不确定型。通过对DNA测序结果进行比较,研究发现目标区域中的一处单核苷酸变异产生了一个新的NlaIV的限制性内切位点,从而影响到消减PCR-RFLP分析的准确性。另外,所有的A型及D型混合病毒株均被消减PCR-RFLP分析判定为A型病毒株。     

阿德福韦耐药乙型肝炎病毒株的快速检测和动态观察

目的设计PCR联合限制性片段长度多态性（PCR—RFLP）快速检测HBV阿德福韦耐药变异（rtN236T）的方法以及观察阿德福韦耐药毒株的动态变化情况。方法7例乙型肝炎患者在阿德福韦单药治疗过程中出现病毒突破或应答不完全。对其系列血清标本的HBVDNA逆转录酶部分区域进行直接或克隆后测序，设计和应用PCR—RFLP方法对rt236位点的变异情况进行检测。采用Hamming距离法计算HBV部分逆转录酶区域的基因多样性。结果l例患者出现rtA18IV变异，3例为rtN236T变异。建立了基于限制性内切酶DraI或HpaI的PCR—RFLP方法检测rtN236T变异：可以检测至少10％的弱势毒株，特异性为100％。在病毒突破前8个月可以检测到耐药毒株；该耐药毒株后来成为优势毒株。1例患者停用阿德福韦3个月后野生毒株取代耐药毒株重新成为优势株。1例患者在病毒突破后继续服用阿德福韦，rtN236T突变被一个新的突变株（rtN236V）替代。拉米夫定耐药患者的HBV逆转录酶有更明显的基因多样性。结论建立了PCR—RFLP快速检测rtN236T变异的方法；阿德福韦耐药毒株可以表现为不同的转化过程。