基于网络药理学的金藤清痹颗粒治疗类风湿关节炎的作用机制研究

目的：探讨金藤清痹颗粒治疗类风湿关节炎的活性成分及可能的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台、DisGeNET及GeneCards等数据库获取金藤清痹颗粒中的化学成分和类风湿关节炎相关靶点。将二者交集靶点导入STRING数据库进行分析,接着使用Cytoscape软件绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图、金藤清痹颗粒成分靶点网络图及药物-成分-靶点-通路网络图等。通过R软件对关键靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用AutoDockTools软件对金藤清痹颗粒中的活性成分与其对应的关键靶点进行分子对接验证。结果：筛选得到金藤清痹颗粒中153个化合物,399个化合物相关靶点,131个交集靶点。根据网络拓扑学参数筛选得到关键靶点,分别为蛋白激酶B1(Akt1)、胱天蛋白酶3(CASP3)、表皮生长因子受体(EGFR)、白细胞介素6(IL-6)、肉瘤基因(SRC)、雌激素受体1(ESR1)、缺氧诱导因子1(HIF1)和氨基末端蛋白激酶(JUN)。对PPI网络分析得到151条KEGG通路和2 567条GO功能条目;GO条目...     

基于网络药理学探讨紫苏子—杏仁药对治疗咳嗽变异性哮喘的作用机制

目的 基于网络药理学探讨紫苏子—杏仁药对治疗咳嗽变异性哮喘(CVA)的潜在分子作用靶点及机制。方法 采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)数据库对紫苏子—杏仁药对的有效活性成分进行筛选,并采用SwissTargetPrediction网站进行靶点预测。采用GeneCards数据库检索CVA相关靶点,借助Venny 2.1.0获取交集靶点,对交集靶点分别运用Cytoscape 3.9.1软件和STRING数据库构建主要活性成分—潜在治疗靶基因网络图和PPI蛋白互作网络,并筛选出关键有效活性成分和核心靶蛋白,通过DAVID数据库对交集靶点进行GO功能及KEGG通路的富集分析。结果 筛选出紫苏子—杏仁药对有效成分19个,与CVA相关靶点224个,核心靶点为AKT1、IL-6、TP53、SRC、MAPK3、EGFR、JUN、PTGS2、HSP90AA1、ESR1。GO功能富集分析显示分子功能165个、细胞组分79个、生物过程630个。KEGG通路富集分析显示得到信号通路155条,主要涉及cAMP信号通路、PI3K-Akt信号通路、癌症通路、化学致癌—受体激活通路、神经活性配体—受体相...     

基于网络药理学探究六神丸联合泼尼松治疗亚急性甲状腺炎的潜在作用

目的 探究六神丸联合泼尼松治疗亚急性甲状腺炎（SAT）的潜在作用。方法 应用TCMSP、HERB数据库和Swiss Target Prediction数据库等筛选六神丸、泼尼松的活性成分与靶点，并从GeneCards、OMIM、TTD和DisGeNET数据库获取SAT相关的治疗靶点。应用R语言Cluster Profiler包进行基因本体（GO）、京都基因和基因组（KEGG）富集分析，Cytoscape软件构建药物-活性成分-治疗靶点网络图，并针对关键靶点绘制蛋白-蛋白相互作用网络。通过拓扑结构分析获得关键基因，对关键基因、活性成分构建网络，采用分子对接分析关键靶点。结果 筛选获得六神丸活性成分12个，对应抗SAT靶点441个；泼尼松抗SAT靶点15个，六神丸联合泼尼松与SAT疾病交集靶点135个。GO富集筛选在生物过程方面获得1 811个条目，分子功能方面获得81个条目，细胞组成方面获得63个条目；KEGG富集分析出146条通路，涉及PI3K/Akt、MAPK、Rap1等信号通路。将六神丸活性成分远华蟾毒精、菜油甾醇、乙酸龙脑酯、脱氧胆酸等与筛选出的基因靶点SRC、HSP90AA1、...     

基于网络药理学和分子对接探讨鼻炎数据挖掘核心方苍耳子散作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究苍耳子散（CRZS）治疗异质性鼻炎的作用机制以及“多成分-多靶点-多通路”的整体药理作用特征。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索CRZS的活性成分及靶点;从GeneCards、DisGeNET、Phenopedia、TTD和PharmGKB数据库获取相关鼻炎的基因。通过STRING数据库与Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用STRING数据库对核心基因进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。通过Cytoscape软件构建“中药成分-靶点-信号通路”网络并筛选核心靶点;采用AutoDock软件对筛选得到的关键通路靶点进行分子对接。结果 CRZS有131个核心基因,鼻炎相关靶点756个,交集靶点41个。GO生物富集条目2005条,KEGG通路富集条目151条,HIF-1、Lipid and atherosclerosis、Fluid shear stress and atherosclerosis等通路最具连接可能。分子对接显示,CEZS靶点的有效成分与3...     

基于网络药理学和分子对接的半夏泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎作用机制探讨

目的 运用网络药理学方法研究半夏泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎（CAG）的作用机制。方法 运用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）获取半夏泻心汤化合物及靶标,以口服生物利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18为阈值进行化合物筛选,将靶标输入Uniprot获取靶标对应的基因Symbol;从人类基因数据库（Gene Card：The Human GeneDatabase）获取CAG疾病基因,并筛选出与半夏泻心汤靶标基因的交集基因;运用Cytoscape3.7.1软件绘制“疾病-中药-化合物-交集靶标（基因）”网络图、STRING构建蛋白互作（PPI）网络、利用分子对接技术对关键靶点和化合物的相互作用进行验证。G：Profiler数据分析平台进行GO富集以及KEGG通路富集分析。结果 通过设置OB和DL值筛选得到半夏泻心汤化合物189种,在获得交集基因80个后,剔除不含交集基因（靶标）的化学成分后,最终筛得化合物148种,GO富集分析后共获得符合筛选标准的条目1 188条,其中分子功能59条、生物过程1 086条、细胞组成43条,KEGG富集分析共获得97条。槲皮素、黄芩素、汉黄芩素、小檗碱等为半夏泻心汤的主要活性成分,STAT3、TNF、AKT1、HSP90AA1、TP53等为主要作用靶标。分子对接结果显示,筛选的化合物和核心靶点HSP90AA1、潜在靶点EGFR之间均能较好的结合,涉及氮化合物的代谢、氧化反应、细胞凋亡等生物过程,调控PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路、胃癌通路、幽门螺旋杆菌感染的上皮细胞通路。结论 半夏泻心汤的主要活性成分有槲皮素、黄芩素、汉黄芩素、小檗碱,通过多靶点多通路发挥治疗慢性萎缩性胃炎作用。     

基于网络药理学探讨黄芩-荆芥药对治疗激素依赖性皮炎的作用机制

目的 基于网络药理学的方法探讨黄芩-荆芥药对治疗激素依赖性皮炎的作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选出黄芩、荆芥的活性成分及其靶点;通过GeneCards数据库筛选激素依赖性皮炎的潜在靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”网络图;将整合后的黄芩-荆芥药对治疗激素依赖性皮炎的靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图,并通过R语言软件对关键靶点进行GO和KEGG富集分析。结果 黄芩主要活性成分31种,其对应靶点53个;荆芥主要活性成分9种,其对应靶点93个。激素依赖性皮炎相关靶点2 262个。三者共同靶点25个。PPI网络分析黄芩-荆芥药对治疗激素依赖性皮炎主要靶点有B淋巴细胞瘤-2基因（BCL-2）、白细胞介素6(IL-6)、缺氧诱导因子（HIF-1α）、血管内皮细胞生长因子A(VEGFA)等。GO功能富集分析得到GO条目1 202个,KEGG通路富集分析得到信号通路112条,其中磷脂酰肌醇-3激酶（PI3K）-蛋白激酶B(Akt)信号通路及缺氧诱导因子1α(HIF-1α)信号通路为重要通路。结论 黄芩-荆芥药对治疗...     

橘红痰咳液联合复方甲氧那明治疗感染后咳嗽的疗效观察

目的 运用网络药理学研究芍药甘草汤治疗乙型病毒性肝炎所致肝损伤的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取芍药甘草汤的化合物及靶点,以口服生物利用度（OB）≥30%和类药（DL）≥0.18为阈值进行化合物筛选,将靶点输入Uniprot获取靶点对应的基因Symbol;从TTD、OMIM等数据库获取乙型病毒性肝炎的相关靶点并筛选出与芍药甘草汤靶点基因的交集基因;运用Cytoscape3.8.0软件绘制活性成分-靶点、疾病-中药-化合物-交集靶点（基因）网络图;运用String构建蛋白相互作用网络,再用R语言的Bioconductor安装包,进行GO富集及KEGG通路富集分析,并联合主要化合物、交集基因与通路分析结果,绘制成分-靶点-通路网络图;用Vina软件对筛选出来的结果进行分子对接。结果 筛选得到芍药甘草汤有效成分105种、有效成分靶点214个;筛选得到乙型病毒性肝炎疾病靶点5 984个,药物-疾病交集基因198个;经蛋白互作网络及拓扑结构分析得到21个核心靶点,121条相互作用关系;槲皮素、山柰酚、柚皮素等为芍药甘草汤的主要活性成分,PPARA、RB1、TP53、MAPK3、AKT1、STAT3、JUN等为主要作用靶点。GO富集分析显示靶点所在的细胞组分主要为薄膜筏、膜微域、膜区域;生物学过程主要富集在有对金属离子的响应、对脂多糖的反应;分子功能主要为核受体活性、转录因子活性。KEGG富集发现膜区由糖基化终末产物介导的AGE-RAGE通路、乙型肝炎通路等为主要通路。进一步筛选核心靶点及化合物成分进行分子对接显示MAPK3、AKT1、STAT3、JUN作为核心靶点可与槲皮素、山柰酚、柚皮素稳定对接。结论 通过网络药理学及分子对接的方法,找到了芍药甘草汤治疗慢性乙型病毒性肝炎肝损伤可能的潜在靶点,预测了其发挥药理作用的关键通路。     

基于网络药理学探究金芪降糖片治疗2型糖尿病作用机制

目的 利用网络药理学探讨金芪降糖片治疗2型糖尿病（T2DM）的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、人类基因（GeneCards）和在线人类孟德尔遗传（OMIM）等数据库筛选金芪降糖片的活性成分作用靶点和T2DM靶点,将其结果处理分析得到交集靶点;利用Cystoscape 3.7.2软件建立蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络,选出治疗T2DM的核心靶点;再通过DAVID 6.8处理交集靶点,对其进行基因本体（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果 金芪降糖片中的三味中药筛选出活性成分54个,相关靶点697个,金芪降糖片与T2DM交集靶点86个,包括蛋白激酶B1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)等。GO生物富集条目1722条,主要涉及肽基酪氨酸磷酸化、肽激素反应、上皮细胞增殖、丝氨酸磷酸化等生物过程;KEGG富集分析得到信号通路147条,关键通路为胰岛素抵抗、脂质和动脉粥样硬化等。结论 本研究通过网络药理学初步揭示金芪降糖片多靶点、多成分治疗T2DM的作用机制,可能与细胞的增殖与凋亡、基因表达调控、氧化应激、炎症反应...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨益气开秘方治疗便秘的作用靶点及效应机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术研究益气开秘方治疗便秘的作用靶点及效应机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台收集筛选益气开秘方中组方药材的有效活性成分及对应靶点,利用GeneCards、OMIM、PharmGKB、TTD及DrugBank数据库获取疾病靶点;利用R软件4.1.1筛选成分和疾病的交集靶点,利用STRING数据库（version 11.5）和Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白质–蛋白质相互作用（PPI）网络;运用R软件4.1.1进行基因本体（GO）功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;运用Autodock软件对关键作用靶点和活性成分进行分子对接,验证网络分析结果。结果 益气开秘方主要包含68个活性成分,活性成分对应靶点170个;便秘疾病靶点共1 586个;益气开秘方与便秘的交集靶点基因共68个。PPI分析出核心靶点为丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1)、MAPK3、蛋白激酶B1(AKT1)等;GO功能注释得到生物学过程条目1 825条（如衰老、平滑肌细胞增殖、肽基-丝氨酸...     

基于网络药理学探讨丹参抗乙肝病毒的活性成分与作用机制

应用网络药理学方法预测了丹参抗乙肝病毒(hepatitis B virus, HBV)的活性成分和作用机制。首先通过TCMSP、PubChem数据库及文献调研获取丹参的化学成分,通过SwissTargetPrediction和GeneCards数据库分别预测活性成分和HBV感染所对应的潜在作用靶点。使用String数据库构建蛋白互作关系网络、Cytoscape软件将成分-作用靶点网络可视化并进行拓扑学分析、DAVID平台进行GO功能及KEGG通路富集分析、AutoDock Vina软件将丹参关键活性成分与核心靶蛋白进行分子对接。共筛选出38种活性成分,获得疾病-化合物交集靶点178个,富集分析得到405个GO相关条目、68条相关信号通路(涉及T细胞/B细胞受体信号通路、PI3K/AKT信号通路及mTOR信号通路等)。分子对接结果显示,丹参大多数关键活性成分(丹参醌酚Ⅱ、丹参新酮、原儿茶酸、紫草酸和原儿茶醛)与核心靶点(PIK3CA、APP、STAT3、AKT1和mTOR)具有较好的亲和力。更进一步,在HBV复制小鼠模型上考察了丹参代表性活性成分紫草酸的抗HBV活性及对PI3K/AKT和...     

基于网络药理学与分子对接技术新疆阿魏抗癌作用机制探讨

目的 采用网络药理学与分子对接技术探讨新疆阿魏Ferula sinkiangensisk抗癌的作用机制。方法 通过SymMap和SwissTargetPrediction 数据库筛选新疆阿魏的成分和靶点信息。利用 Genecards 数据库输入“cancer”关键词检索疾病的靶点;利用韦恩图获取药物-疾病的交集靶点,并借助STRING平台获取蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用DAVID数据库对药物-疾病的交集靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用Cytoscape 3.9.0软件绘制“活性成分-靶点-通路”网络图。利用 AutoDock软件对筛选出的主要活性成分及关键靶点进行分子对接实验,验证其结合活性。结果 获取新疆阿魏化学成分34个,对应靶点537个,通过筛选获得癌症靶点1 155个,药物-疾病的交集靶点134个。GO功能富集分析共获取331条条目（P＜0.05）,其中生物过程（BP）249条,细胞组成（CC）31条,分子功能（MF）51条。KEGG通路 133条,并建立活性成分-靶点-通路网络,分子对接实验表明活性物质阿魏酸、法尼斯淝醇 A、法尼斯淝醇 C、柠檬烯和 β -蒎烯与关键靶点 CCND1、JUN、CXCL8、PIK3CA 均具有较好的结合能 力 。 结论 新疆阿魏中阿魏酸、法尼斯淝醇 A、法尼斯淝醇 C、柠檬烯和 β-蒎烯等化学物质,通过 CCND1、JUN、CXCL8和PIK3CA等靶点,调节PDL-1表达和PD-1免疫检查点通路、IL-17信号通路、雌激素信号通路和PI3K-Akt信号通路等发挥抗癌作用。     

基于网络药理学探讨麻黄-苦杏仁对COVID-19的干预机制

目的 基于网络药理学方法预测麻黄-苦杏仁药对干预新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用靶点及信号通路,进而探讨潜在作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)及Swiss Target Prediction服务器筛选麻黄-苦杏仁药对相关活性成分及靶点;通过The Human Gene Database (GeneCards)数据库查找与COVID-19相关的靶点,并将两者靶点通过基因标准化后进行映射;运用Cytoscape3.7.1软件构建“化合物-靶点”网络图,使用蛋白质相互作用网络数据库(String11.0)数据库绘制蛋白互作(PPI)网络,利用功能注释生物信息学分析平台(David)数据库对有效作用靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析。结果 共筛选到40个活性成分,成分相关靶点529个,COVID-19靶点259个,药物-疾病的共同靶点44个。GO功能富集分析得到GO条目238个,其中生物过程(BP)条目169个,细胞组成(CC)条目31个,分子功能(MF)条目38个,主要涉及转录因子调控、蛋白质结合、激酶活性、炎症反应调控等。KEGG通路富集筛选得到109条...     

双丹颗粒联合瑞舒伐他汀治疗冠心病心绞痛的临床研究

目的 采用网络药理学和分子对接法分析款冬花在清肺排毒汤治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）中发挥的作用。方法 基于课题组前期研究,确定款冬花中的主要成分。采用Swiss Target Prediction和BATMAN-TCM数据库对款冬花主要化学成分的潜在靶点进行整理;在GenCLiP 3和GeneCard数据库搜索COVID-19相关靶点,运用Cytoscape 3.7.1软件绘制款冬花成分-靶点-疾病网络图;使用String数据库构建靶点PPI网络;通过DAVID数据库进行GO富集分析和KEGG通路富集分析;将各成分与新型冠状病毒（SARS-CoV-2）3CL水解酶和血管紧张素转化酶II（ACE2）进行分子对接。结果 款冬花治疗COVID-19的化合物-靶点-疾病网络包含化合物14个、靶点104个、疾病4个。GO功能富集分析得到GO条目444个（P<0.05）,其中包括生物过程（BP）条目325个、细胞组成（CC）条目44个、分子功能（MF）条目75个。KEGG通路富集筛选得到94条信号通路（P<0.05）。分子对接结果显示异绿原酸B（3,4-dicaffeoylquinic acid）和异绿原酸C（4,5-dicaffeoylquinic acid）与蛋白的亲和力要优于瑞德西韦。结论 款冬花中主要化合物能通过与SARS-CoV-2 3CL水解酶和ACE2结合,作用于多靶点调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19的防治作用。     

基于网络药理学探讨痰咳净方防治新型冠状病毒肺炎的可行性

目的 采用网络药理学方法探讨痰咳净方治疗呼吸系统的潜在作用机制,并对其防治新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的可能性进行评估。方法 通过TCMSP、Swiss Target Prediction、OMIM等在线数据库收集痰咳净方有效化学成分、成分作用靶点及相关疾病信息。采用Cytoscape 3.7.1构建化合物-靶点网络和靶点-疾病网络。将上述靶点用String 10.0数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络的构建并筛选出核心靶点,最后利用DAVID 6.8数据库进行基因本体（GO）功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制。结果 共筛选出49个主要活性成分,与呼吸系统相关靶点85个,针对疾病19种。PPI网络发现关联度较高的靶点有AKT1、IL-6、MAPK1、PTGS2、VEGFA、TNF、EGFR、STAT3、CCND1、MMP9、JUN、IL-10、ESR1等。基因本体（GO）条目1 793个,其中生物过程相关的条目1 555个,分子功能相关的条目134个,细胞组成相关的条目104个。靶点对应的信号通路为137条,涉及炎症性通路、病毒相关通路、免疫调节性通路、信号转导性通路、肿瘤相关通路及内分泌代谢通路等。结论 研究初步证明痰咳净方通过作用于ADCY2、AKT1、CASP8、CCND1、TNF、CASP8、IFNG、IL-4、IL-6等靶点调节人巨细胞病毒感染通路、IL-17信号通路、FoxO信号通路、HIF-1信号通路、人T细胞白血病病毒感染、TNF信号通路等多条信号通路,来发挥对COVID-19的防治作用。     

基于网络药理学的升麻治疗乳腺癌作用机制研究

目的 通过构建升麻Cimicifugae Rhizoma化学成分-靶点-代谢信号通路网络，探讨其治疗乳腺癌的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和PharmMapper获取升麻化学成分与作用靶点，将其与乳腺癌疾病靶点取交集得到升麻治疗乳腺癌的作用靶点，进一步利用靶点-成分反向筛选得到治疗乳腺癌的升麻潜在活性成分；通过GeneMANIA数据库获取间接靶标和“蛋白-靶点”互作网络，并通过蛋白-蛋白相互作用筛选关键靶标；采用Cytoscape构建“成分-靶点”网络图，使用分子对接将潜在活性成分和关键靶标配对，以证实前期靶标筛选和反向药效团匹配的可靠性；通过DAVID网站对作用靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析，利用R语言和在线绘图网站（omishare tools）将结果可视化。结果 获得升麻潜在活性成分共68个，与乳腺癌相关疾病靶点48个，关键靶点为ESR1、SRC和HRAS。GO功能富集分析得到生物过程（BP）条目484条，细胞组成（CC）条目7条，分子功能（MF）条目75条。KEGG通路富集筛选获得到21条信号通路。分子对接结果显示关键靶标与升麻潜在活性成分匹配性较好。结论 升麻主要通过作用于ESR1、SRC、HRAS等靶点，调节癌症通路、蛋白多糖通路和雌激素信号通路等起到治疗乳腺癌的作用。     

基于网络药理学探讨熟地黄-山茱萸治疗2型糖尿病的作用机制

目的 基于网络药理学探讨熟地黄-山茱萸治疗2型糖尿病（T2DM）的机制。方法 首先对熟地黄及山茱萸的有效活性成分进行筛选,其次运用DisGeNET、OMIM以及GeneCards数据库,对熟地黄以及山茱萸的有效成分靶点和T2DM的作用靶点进行预测。将所获得的数据输入在线维恩平台获得疾病与成分的交集靶点,然后将交集靶点导入Cytoscape软件进行可视化分析,获得疾病-成分-靶点网络图,最后进行GO通路的富集分析和KEGG功能注释分析。结果 筛选出熟地黄以及山茱萸有效活性成分共54种。收集T2DM的作用靶点共450个,相互交集的靶点共24个。GO富集分析发现主要富集在细胞成分等方面,生物学过程主要富集在对基因的调节、调控。KEGG通道路径富集分析发现其涉及多条通路,如营养信号通路、胰岛素抵抗、神经活性配体-受体相互作用等。结论 初步发现了熟地黄-山茱萸治疗T2DM的分子机制。     

基于网络药理学、分子对接及分子动力学模拟探讨黄连治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的 通过网络药理学、分子对接和分子动力学模拟（MD）探讨黄连治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法 利用TCMSP和UniProt数据库获取黄连活性成分及其对应靶点，经GeneCards、OMIM、Drugbank、TTD、DisGeNET数据库筛选溃疡性结肠炎相关靶点，利用Venny 2.1.0获取黄连和溃疡性结肠炎的交集靶点，并上传String 11.0数据库绘制蛋白相互作用（PPI）网络图。通过Cytoscape3.9.0的Cyto Hubb插件和“药物活性成分–靶点–通路网络图”筛选核心靶点。借助Metascape数据库对交集靶点进行基因本体功能注释（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。通过Autodock Tools 1.5.6软件将活性成分与核心靶点进行分子对接。用分子动力学模拟法验证最佳结合模型的稳定性。结果 共筛选出黄连7个活性成分及其137个靶点，溃疡性结肠炎1 258个相关靶点和81个交集靶点。核心靶点包括蛋白激酶B1（Akt1）、B淋巴细胞2（BCL2）、有丝分裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）等。生物过程包括无机物的反应、细胞因子受体结合等。KEGG通路富集主要包括MAPK信号通路等。分子对接结果显示，黄连的核心活性成分能够很好地与关键靶点结合。MD进一步验证了能量结合最好的小檗碱与白细胞介素（IL）-1β的结合能为−36.19 kJ/mol。结论 黄连可能通过多成分、多靶点及多通路参与溃疡性结肠炎的治疗。     

基于网络药理学及分子对接探讨仙鹤草改善慢性萎缩性胃炎的作用机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术探讨仙鹤草改善慢性萎缩性胃炎的物质基础及作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选仙鹤草的活性成分并预测其作用靶点；通过GeneCards、OMIM数据库筛选慢性萎缩性胃炎相关靶点；将活性成分靶点与慢性萎缩性胃炎靶点取交集，通过String 12.0数据库构建蛋白相互作用（PPI）网络，并运用Cytoscape 3.10.1软件构建“中药–疾病–化合物–交集靶标”网络图；通过R软件对核心靶点进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析以预测作用机制；通过AutoDock软件进行分子对接验证。结果 从仙鹤草中筛选出5个活性成分，作用于90个靶点，其中仙鹤草改善慢性萎缩性胃炎的核心活性成分为鞣花酸、山柰酚、儿茶素、木犀草素、槲皮素；核心靶点为B淋巴细胞瘤-2（Bcl-2）、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3（CASP3）、表皮生长因子受体（EGFR）、缺氧诱导因子-1A（HIF-1A）、原癌基因（MYC）等；作用机制主要涉及抗肿瘤、调节免疫、调节脂代谢、抗病毒等多条信号通路；分子对接显示，仙鹤草核心活性成分与核心靶点具有较高亲和力。结论 仙鹤草可能通过调节细胞增殖、凋亡、炎症、代谢等相关基因及通路发挥多靶点、多通路的治疗作用。     

基于网络药理学探讨六味地黄丸治疗儿童注意缺陷多动障碍的作用机制

目的 基于网络药理学探讨六味地黄丸治疗儿童注意缺陷多动障碍（ADHD）的作用机制。方法检索中药系统药理学分析平台（TCMSP）,收集六味地黄丸的活性成分及靶点。使用GeneCards及OMIM数据库筛选ADHD的相关基因并与六味地黄丸活性成分靶点基因取交集,构建蛋白相互作用网络（PPI）,使用Cytoscape 3.7.1软件构建六味地黄丸治疗ADHD的“活性成分-靶点”网络图,并利用CytoNCA插件对该网络进行拓扑属性分析,筛选出核心靶点。应用Metascape对筛选出的核心靶点进行基因生物过程（GO）富集分析与信号通路（KEGG）富集分析,利用R语言对分析结果进行可视化处理。结果 六味地黄丸治疗ADHD共有28个有效活性成分和110个对应靶点。槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇是3个最主要的有效活性成分。丝裂原蛋白活化激酶1(MAPK1)、表皮生长因子受体（EGFR）、白细胞介素-6(IL-6)、低聚果糖（FOS）、肿瘤坏死因子（TNF）、肿瘤蛋白p53(TP53)、癌基因MYC、雌激素受体1(ESR1)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)是9个核心靶点。GO富集分析主要涉及活性氧代谢...     

基于网络药理学探讨“酸枣仁-当归”药对治疗失眠的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探究“酸枣仁-当归”药对治疗失眠的重要靶标。方法 通过中药系统药理学数据库（TCMSP）检索“酸枣仁-当归”药对活性成分及相应靶点;通过GeneCards数据库检索失眠相关靶点;在Cytoscape3.7.2软件中构建“酸枣仁-当归”药对-活性成分-靶点网络图;构建韦恩图得到该药对与疾病的交集靶点。构建蛋白质互作（PPI）网络筛选核心靶点,通过Autodock等软件进行分子对接。借助R studio对交集靶点进行GO富集和KEGG通路分析。结果 得到“酸枣仁-当归”药对有效成分11个,靶点88个,失眠相关靶点1 348个,交集靶点20个,6个核心靶点。分子对接分析发现丁子香萜与MAOB结合能力最强。GO富集和KEGG通路分析得到,肾上腺素能受体信号通路、神经递质受体的活动等,通过神经活性配体受体相互作用、5-羟色胺能突触等达到治疗失眠的作用。结论 “酸枣仁-当归”药对可能通过MAOB、ACHE、SLC6A4等靶标调控胆碱能突触、多巴胺能突触、钙信号通路、5-羟色胺能等信号通路来起到多因素共同治疗失眠的作用。