基于网络药理学的女贞子-黄芪药对的抗癌机制

目的:筛选女贞子-黄芪药对抗癌治疗的主要活性成分,预测活性成分的作用靶点,建立药物成分-活性成分-作用靶点网络,进一步探讨女贞子-黄芪药对抗癌治疗的潜在作用机制。方法:采用中药系统药理学技术平台(TCMSP)中筛选女贞子-黄芪的潜在活性成分,采用Dis Ge NET数据库与人类孟德尔遗传数据库(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)预测和筛选其治疗癌症的作用靶点,采用omicshare平台(http://www. omicshare. com/)对药物靶点和疾病靶点进行匹配。借助Cytoscape软件构建"药物-活性成分-关键作用靶点"网络。采用String数据库构建蛋白质相互作用网络。采用DAVID数据库对女贞子-黄芪关键作用靶点进行生物功能及代谢通路分析。结果:通过筛选得到33个药物活性成分,共涉及203个作用靶点,与疾病靶点有关的活性成分为14个,主要通过调控ERBB2,AR,SRC,EGFR,ESR1等靶蛋白及癌症中的蛋白多糖通路、癌症通路、癌症中的微小mRNA(micro RNA)等通路等发挥抗癌治疗作用。结论:女贞子-黄芪药对对癌症的治疗作用体现了中药多成分-多靶点-多途径的特点,为阐释其抗癌治疗的作用机制与物质基础提供了科学依据。     

基于网络药理学探讨威灵仙-天花粉药对抗癌的作用机制

目的:基于网络药理学探讨威灵仙-天花粉抗癌症的潜在靶点和作用机制.方法:应用中药系统药理学分析平台(TCMSP)根据口服生物利用度(OB)和类药性(DL)对威灵仙和天花粉的活性成分和相应靶蛋白进行筛选;应用GeneCards,OMIM数据库筛选癌症疾病的靶点,应用R语言软件筛选威灵仙、天花粉与癌症疾病共同靶点;应用...     

黄芪-莪术药对基于网络药理学的抗大肠癌分子机制

目的:运用计算机网络药理学技术预测黄芪-莪术药对治疗大肠癌的作用靶点和信号通路,进一步分析其抗大肠癌物质基础和作用机制。方法:通过Therapetutic Target Database(TTD),Drugbank数据库收集大肠癌疾病作用靶点;从中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得黄芪、莪术所含中药成分;运用Chem Mapper,Pharm Mapper数据库预测所选中药成分作用的疾病靶点;采用Cytoscape软件建立"化合物-疾病靶点"网络模型;利用Clue GO插件对靶点进行基因功能(GO)分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:黄芪-莪术药对活性化合物-大肠癌疾病靶点网络包含56个化合物和54个靶点,关键靶点涉及AMP激活蛋白激酶α1(PRKAA1),前列腺素内过氧化物合酶1(PTGS1),环氧化酶2(PTGS2),胸苷酸合成酶(TYMS),肝羧酯酶1(CES1),血管内皮生长因子B(VEGFB),血管内皮生长因子A(VEGFA),谷胱甘肽S-转移酶P(GSTP1),丝氨酸羟甲基转移酶(gly A)等;靶点的基因功能偏向于肽基酪氨酸的磷酸化,调节细胞外调节蛋白激酶(ERK) 1和ERK2信号串联,内皮细胞凋亡过程的负调节等;重要的KEGG通路涉及癌症通路,Ras信号通路,Rap1信号通路,磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)信号通路等。结论:黄芪-莪术药对通过抑制肿瘤细胞增殖分化、促进肿瘤细胞凋亡、抗肿瘤新生血管生成以及增强机体免疫的多表型干预的网络模式产生抗大肠癌活性,其作用信号通路与Ras信号通路,Rap1信号通路,PI3K/Akt信号通路最为相关。     

基于整合药理学平台莪术-冬凌草药对抗癌的分子作用机制

目的:基于整合药理学方法,筛选莪术-冬凌草药对抗癌的有效活性成分,并探讨其分子作用机制.方法:使用中医药整合药理学研究平台V2.0分别筛选莪术和冬凌草的活性成分,使用数据库中疾病相关分子库收集癌症相关靶点,使用VENNY 2.1平台匹配药物和疾病靶点.使用STRING数据库构建药对靶标-疾病靶标相互作用的核心靶点网络图...     

基于网络药理学和分子对接探讨柴胡-大黄药对防治胆石症的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术初步探讨柴胡-大黄药对治疗胆石症的有效物质基础及作用机制.方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索柴胡、大黄的有效活性成分及潜在作用靶点;通过GeneCards、CTD、TTD数据库得出胆石症相关作用靶点.利用Cytoscape 3.7.2软件及STRING数据库构造...     

基于网络药理学探讨桔梗-甘草药对治疗咽炎的作用机制

目的:采用网络药理学方法探讨桔梗-甘草药对治疗咽炎的作用机制.方法:通过检索中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)提取桔梗和甘草的有效成分及其相关作用靶...     

基于网络药理学探讨黄精主要活性成分治疗2型糖尿病的作用机制研究

目的 从网络药理学角度研究黄精的主要活性成分及其治疗2型糖尿病的可能作用机制.方法 从TCMSP数据库中提取黄精的化学成分,以口服生物利用度(OB)≥30％和类药性(DL)≥0.18筛选活性成分,通过该数据库提取活性成分作用靶点,以DisGeNet及OMIM在线分析平台挖掘疾病相关靶点,最后采用Perl语言与R语言分析...     

基于网络药理学方法探究药对人参-熟地黄抗衰老的作用及分子机制

目的:探讨人参-熟地黄药对抗衰老的网络药理学作用及分子机制.方法:运用中药系统药理学数据库平台(Traditional Chinese Medicine System Pharmacology Database Platform,TCMSP)筛选人参、熟地黄的潜在活性化合物及靶点蛋白,在蛋白质数据库(Uniprot)中...     

基于网络药理学探析黄精抗骨质疏松的机制及验证

目的 基于网络药理学及分子对接方法分析黄精抗骨质疏松（OP）的潜在机制,并通过实验进行验证。方法 利用中药系统药理学数据库（TCMSP）2.3进行条件检索,获取黄精的活性成分及其对应作用靶点,并在疾病相关的基因与突变位点数据库（DisGeNET）7.0获取骨质疏松的治疗靶标,两者交集即为黄精抗骨质疏松的潜在靶基因。并用Cytoscape 3.7.1构建“黄精-活性成分-潜在靶点”网络,借助STRING数据库11.0进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析,构建PPI网络。此外,采用Metascape数据库3.5分析其参与的基因本体（GO）富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。选取黄精重要活性成分与靶点通过AutoDock Vina 1.1.2 进行分子对接验证,最后借助小鼠胚胎成骨细胞前体细胞（MC3T3-E1）观察β-谷甾醇对成骨分化的影响。结果 黄精活性成分有12个,其作用靶点与骨质疏松治疗靶点相映射得到潜在靶点32个。Cytoscape 3.7.1拓扑分析得到黄芩素、β-谷甾醇等6个主要成分,蛋白激酶B1（Akt1）、肿瘤蛋白p53（TP53）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、JUN原癌基因（JUN）、基质金属蛋白酶-9（MMP-9）、原癌基因c-FOS（FOS）等关键靶点。GO和KEGG富集分析中,共获得995个GO条目,涉及活性氧调节,生长调节等181条信号通路。分子对接显示黄精中核心成分与各自的靶点表现出良好的对接活性。细胞实验结果显示β-谷甾醇在2.5,5 μmol·L^-1浓度时具有显著促进成骨分化的作用。结论 黄精可通过调节炎症、氧化应激、凋亡、代谢等作用,发挥治疗骨质疏松的效果,其中β-谷甾醇可促进MC3T3-E1细胞成骨分化。     

基于网络药理学探讨四二五合方治疗卵巢早衰的作用机制

目的 探讨四二五合方治疗卵巢早衰的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台数据库（TCMSP）获取四二五合方各中药的活性成分及靶点;通过OMIM、DRUGBANK、Gencards数据库筛选卵巢早衰主要靶点并整合,将四二五合方与卵巢早衰靶点取交集,利用Metascape平台分析交集靶点的生物过程及通路,运用Cytoscape 3.8.2软件构建“四二五合方成分-靶点-通路”网络。结果 四二五合方治疗卵巢早衰的核心活性成分为槲皮素、木犀草素等,核心靶点有PTGS2、NCOA2、PGR、HSP90AA1、PTGS1等。四二五合方治疗卵巢早衰的生物学通路主要作用于癌症通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、癌症中的蛋白多糖、IL-17信号通路、麻疹、细胞凋亡、HIF-1信号通路等。结论 四二五合方可以通过多成分、多靶点、多通路治疗卵巢早衰。     

基于网络药理学研究瓜蒌-薤白药对抗高脂血症作用机制

目的:基于高脂血症大鼠模型和网络药理学技术分析瓜蒌-薤白药对抗高脂血症的作用机制。方法:通过瓜蒌-薤白药对低、中、高剂量(1,2,4 g·kg~(-1)·d~(-1))预防性给药高脂血症大鼠,检测血脂和炎症因子水平。采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)和文本挖掘筛选瓜蒌-薤白药对活性成分,Swiss Target Prediction,Similarity ensemble approach(SEA),DrugBank数据库筛选与活性成分对应的作用靶点;通过Therapeutic Target Database(TTD),Online Mendelian Inheritance in Man(OMIM),DrugBank和DisGeNET数据库收集疾病靶点。整合交集活性成分的作用靶点和疾病靶点,并通过拓扑学参数筛选,获得瓜蒌-薤白药对抗高脂血症的主要候选靶点。通过ClueGO进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集,the Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery(DAVID)数据库进行基因本体(GO)功能富集分析。通过Cytoscape构建中药-成分-靶点网络模型、靶点-通路网络模型,并分析其串扰靶点和信号通路。结果:动物实验表明,瓜蒌-薤白药对预防性给药可明显降低高脂血症大鼠血清中总胆固醇(TC),甘油三酯(TG),低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)水平,升高高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)水平,抑制白细胞介素-6(IL-6),肿瘤坏死因子-α(TNF-α)表达(P0.05,P0.01)。亚油酸乙酯,香叶木素,α-菠菜甾醇等27个活性成分可能是"瓜蒌-薤白"药对主要药效成分,16个串扰靶点和10条信号通路可能是其主要药效靶点和通路;药对主要靶向载脂蛋白A1(APOA1),载脂蛋白A2(APOA2),载脂蛋白C3(APOC3),脂蛋白脂肪酶(LPL),低密度脂蛋白受体(LDLR)等串扰靶点影响胆固醇代谢、胆汁分泌、过氧化物酶体增殖物激活型受体(PPAR)信号通路调节脂质水平;靶向肿瘤坏死因子(TNF),IL-6,IL-1B,丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1),C-C基序趋化因子2(CCL2)等串扰靶点影响TNF信号通路,Toll样受体信号通路,白细胞介素-17(IL-17)信号通路,缺氧诱导因子(HIF)信号通路调节炎症因子水平。DAVID数据库进行GO富集分析,表明药对主要通过炎症反应、脂质定位、储存和脂质代谢等生物学过程治疗高脂血症。结论:通过这些发现可预测瓜蒌-薤白药对干扰高脂血症的作用机制,为瓜蒌-薤白药对的物质基础和临床应用提供理论基础。     

基于网络药理学和分子对接对金丝桃苷抗肝癌作用机制

目的 采用网络药理学的方法,对金丝桃苷抗肝癌的作用机制进行探讨。方法 使用过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、药物基因相互作用数据库（DGIdb）、毒性与基因比较数据库（CTD）及SwissTargetPrediction数据库预测金丝桃苷的作用靶点。利用基因数据库（GeneCards）、在线人类孟德尔遗传病数据库（OMIM）等5个数据库,获得肝癌疾病相关靶点。二者取交集,即金丝桃苷抗肝癌作用靶点。采用在线注释及可视化整合分析工具（DAVID v2021q4）进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。Cytoscape 3.6.1软件构建作用靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选出核心作用靶点,并对金丝桃苷与核心作用靶点亲和力进行分子对接验证。细胞活力实验观察金丝桃苷抗肝癌的作用;划痕实验观察金丝桃苷对肝癌细胞迁移的作用;实时荧光定量聚合酶链式反应（Real-time PCR）、蛋白免疫印迹法（Western blot）检测金丝桃苷对关键靶基因胱天蛋白酶-3（Caspase-3）、丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）mRNA及蛋白表达的影响。结果 共获得金丝桃苷抗肝癌的相关基因45个,并筛选出核心靶基因6个。KEGG途径分析富集的信号通路包括凋亡信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路及癌症信号通路等。分子对接显示核心靶基因Caspase-3、TNF、雌激素受体1（ESR1）、MAPK3、过氧化氢酶（CAT）及环加氧酶2（PTGS2）与金丝桃苷亲和力较好,尤其与Caspase-3与MAPK3具有强烈的结合活性。另外细胞实验显示,与空白组比较金丝桃苷能减低肝癌细胞活力（P<0.05）,抑制肝癌细胞迁移,同时升高Caspase-3 mRNA表达（P<0.05）,降低MAPK3 mRNA表达（P<0.05）。结论 金丝桃苷抗肝癌作用通过影响Caspase-3、TNF、ESR1、MAPK3、CAT、PTGS2等核心靶点,共同干预凋亡信号通路、TNF信号通路及癌症信号通路等,以达到抗肝癌的作用。     

基于网络药理学的四君子汤作用机制分析

目的:采用网络药理学方法探讨四君子汤的功效物质基础和配伍机制。方法:依托中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索四君子汤全方4味中药的化学成分、作用靶点、相关疾病。进而构建化合物-靶点网络,靶点-疾病网络,蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,靶点-通路网络,研究四君子汤作用机制。结果:通过筛选得出27个化合物,相应靶点93个、相关疾病215种。PPI网络包含68个靶点,关键靶点涉及FOS,ESR1,AR,PPARG等。基因本体(GO)条目121个,其中生物过程相关的条目96个,分子功能相关的条目13个,细胞组成相关的条目12个。京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路3条,涉及神经活性受体-配体相互作用信号通路、钙离子信号通路、癌症信号通路。结论:本研究结果初步验证了四君子汤的基本药理作用及其机制,并为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。     

基于网络药理学的六味地黄丸治疗高血压作用机制探讨

目的:基于网络药理学探索六味地黄丸治疗高血压的分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集六味地黄丸的有效化合物,在PharmMapper数据库中预测化合物可能的靶点,与GeneCards数据库中高血压相关靶点相映射,获得六味地黄丸调节高血压的可能作用靶点;对这些靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络的构建、基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,以揭示六味地黄丸治疗高血压可能的作用机制;运用AutoDock进行分子对接验证。结果:共筛选出六味地黄丸中的69个化合物及269个作用靶点,其中作用于高血压的相关靶点有14个;PPI网络显示,血清白蛋白(ALB)、一氧化氮合酶3 (NOS3)、表皮生长因子受体(EGFR)、肾素(REN)是4个联系最多的靶点,涉及对胆固醇的反应、血小板活化的负调节等生物过程,作用机制与调控黏附分子表达、破骨细胞分化、FoxO信号通路、肾素-血管紧张素系统等生物学通路有关。结论:六味地黄丸治疗高血压的主要成分有茯苓酸、泽泻醇、芍药苷、谷甾醇、豆甾醇等,ALB、NOS3、EGFR、REN是其主要作用靶点。     

基于网络药理学探讨验证白藜芦醇抗NAFLD作用

目的:基于网络药理学、分子对接技术预测白藜芦醇抗非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)的分子机制,并根据结果在细颗粒物(PM2.5)染毒的肝细胞模型中进行验证.方法:首先通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)、PubChem、DrugBank、SwissTargetPrediction数据库获取白藜芦醇相关靶点,与...     

基于网络药理学分析莪术的作用机制

目的运用网络药理学的方法研究莪术药理作用的物质基础和作用机制。方法采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)搜索莪术的化学成分、作用靶点、治疗疾病。从而建立化合物-靶点网络、蛋白质相互作用(PPI)网络、靶点-疾病网络、基因-通路网络、基因本体(GO)功能和通路富集分析,研究莪术作用机制。结果筛选得到6个化合物,36个靶点(其中两个化合物没有相应的靶点)相对应疾病102种。PPI网络中有32个靶点,关键靶点有ESR1、AR、NR3C1等。基因功能富集分析共涉及13个条目,其中细胞组成5个,分子功能6个,生物过程2个。通路富集分析得到三条通路,包括神经活性配体-受体相互作用信号通路、逆行内源性大麻素信号通路、烟瘾信号通路。结论本研究初步验证莪术药理作用的分子机制,为进一步深入研究其作用机制提供理论基础。