结核分枝杆菌α晶体蛋白(Rv2031c)的T、B细胞抗原表位在线分析

目的预测结核分枝杆菌潜伏感染相关蛋白α晶体蛋白(Rv2031c)的抗原表位。方法 BLAST在线分析Rv2031c与人类蛋白的同源性;利用DNAStar软件包中的Protean模块预测其B细胞和T细胞抗原表位;RANKPEP和SYPEPITHI在线预测辅助性T(Th)细胞抗原表位;SYFPEPI、BIMAS和Net CTL方法在线预测细胞毒性T淋巴细胞(CTL)表位。结果 Rv2031c与人类蛋白同源性较低,有8个潜在的B细胞抗原表位,7个候选Th细胞抗原表位和3个候选CTL表位。结论 Rv2031c含有较多潜在的人类B细胞、Th细胞和CTL抗原表位,可作为新的结核病疫苗研发的候选靶蛋白。     

结核分枝杆菌潜伏感染相关蛋白Rv2004c的抗原表位预测

本文应用生物信息学技术预测结核分枝杆菌潜伏感染相关蛋白Rv2004c的抗原表位,为结核病的诊断和疫苗研发筛选合适的抗原靶位。通过Blast分析发现Rv2004c蛋白与人类蛋白的同源性较低;采用DNAStar软件包中的Protean软件分析其二级结构、亲水性、抗原性、柔韧性及表面可能性,预测该蛋白有10个候选B细胞抗原表位;应用RANKPEP及SYFPEITHI法预测该蛋白有37个候选Th细胞抗原表位,主要位于第200位氨基酸之后,其中HLA-DRB1*0401及HLA-DRB1*0701表型相对的表位数目较多且某些候选表位的主要组织相容性复合体(MHC)限制类型存在交叉重叠;应用SYFPEITHI法、BIMAS法及NetCTL法预测该蛋白有10个候选细胞毒性T淋巴细胞(CTL)表位,其中以HLA-A2限制性表位数目较多、分值较高。由此得出结论:Rv2004c蛋白含有较多潜在的T细胞和B细胞抗原表位,可作为新的结核病诊断试剂和疫苗研发的候选靶蛋白。     

人巨细胞病毒融合蛋白pp150/MDBP二级结构及其抗原表位预测

用Garnier-Robson和Chou-Fasman方案预测人巨细胞病毒融合蛋白pp150/MDBP的α-螺旋、β-折叠及转角的二级结构,用Kyte-Doolittle及Hopp-Woods亲水性方案预测其B细胞表位。研究结果表明,pp150/MDBP融合蛋白可能含有较少的α-螺旋,但可能含有较多的β-折叠及转角;B细胞识别的表位可能在7~56氨基酸残基或附近以及137~192残基或附近。     

结核分枝杆菌抗原Rv0446c人T细胞抗原表位鉴定及其免疫特征的分析

目的:研究结核分枝杆菌Rv0446c的抗原表位及其免疫原性,为结核病的免疫诊断技术及疫苗研发提供候选抗原及表位。方法:利用生物信息学软件TE-predict和IEDB的T细胞表位预测软件对结核分枝杆菌抗原Rv0446c进行T细胞表位预测,用ELISPOT实验检测表位在2019年1月到2020年12月期间来自佛山市第四人...     

柯萨奇病毒A6 型VP1 蛋白的生物信息学分析

目的:预测柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CVA6)的衣壳蛋白VP1的基本理化性质、结构功能及线性B细胞表位。方法:应用Bioedit软件、Sub Loc、Target P和生物信息学资源门户Ex PASy中的多种在线工具对CVA6 VP1的氨基酸序列进行分析。结果:CVA6 VP1为一亲水性蛋白,其相对分子量为33.6 k D,等电点为7.92,含有24个可能的磷酸化位点,没有信号肽、跨膜区和可能的脂酰化位点;其二级结构中以无规则卷曲居多,有48.52%的氨基酸残基暴露于溶液界面;该分子内存在多个潜在的线性B细胞表位,其中的155~165位氨基酸残基区域的抗原指数最高。结论:成功预测到CVA6 VP1的基本理化性质、结构功能特征及可能的线性B细胞表位,为该蛋白的进一步研究及疫苗和免疫诊断试剂的研制打下基础。     

苹果过敏原Mal d4蛋白抗原表位预测及交叉反应分析

目的:预测苹果过敏原Mal d 4蛋白B细胞和T细胞抗原表位,探讨Mal d 4蛋白与其同源蛋白之间的交叉反应性.方法:以苹果过敏原Mal d 4蛋白的氨基酸序列为基础,采用生物信息软件HNN预测二级结构;运用DNAStar和Bcepred软件预测其B细胞抗原表位,用NetMHCⅡ、NetMHCⅡpan、Syfpeithi及Propred软件综合预测T细胞抗原表位;采用Clustal X1.83、Swiss-Model软件比对同源序列和模拟空间构象.结果:该蛋白二级结构以无规则卷曲为主.B/T细胞共同抗原表位的区域为53～61、85～93.苹果Mal d 4蛋白与桃、芒果、甜樱桃、草莓中的前纤维蛋白氨基酸序列同源性达88%以上,空间构象相似.结论:苹果过敏原Mal d 4蛋白与桃、芒果、甜樱桃和草莓的前纤维蛋白之间可能存在交叉反应,其优势抗原表位区域可能为53～61、85～93,是后续过敏原改造的重点,为继续深入开展苹果过敏原基础性研究提供理论依据.     

肿瘤抗原MAGE—12的表位及二级结构预测

目的 预测肿瘤抗原MAGE－12的α－螺旋二级结构、B细胞表位和MAGE－12的HLA－A2限制性CTL表位。方法 用Garnier-Robson和Chou-Fasman方案预测肿瘤抗原MAGE－12的α－螺旋二级结构;用Kyte-Doolittle亲水方案预测肿瘤抗原MAGE－12的B细胞表位;用简单基序（simple motifs)和延展基序（extended motifs）对肿瘤抗原MAGE－12的HLA－A2限制性CTL表位进行预测。结果 MAGE－12可以含有较多的α－螺旋;B细胞识别的表位可能在82－93残基（QSDEGSSNEE－QE）或附近和3－14残基（LEQRSQHCKPEE）或附近;发现1个HLA－A2限制性CTL表位为FLWGPRALV（271－279）。结论 用亲水性方案和基序法预测肿瘤抗原MAGE－12的B细胞表位和MAGE－12的HLA－A2限制性CTL表位,为实验方法探索MAGE－12的表位提供有用线索。     

欧洲女贞花粉主要过敏原Lig v 1 理化性质与结构的生物信息学分析

目的:运用生物信息学相关软件,预测欧洲女贞花粉主要过敏原Lig v 1 的理化性质和结构,为Lig v 1 重组表达系统的选择和过敏原性改造提供参考。方法:查询文献获得Lig v 1 的氨基酸序列,运用生物信息学软件分析其理化性质(ProtParam)、信号肽(SignalP 4.1 Server)、跨膜区(TMHMM Server v.2.0)、二级结构(GOR4)、MHC域类抗原表位(NetMHC域2.2 Server)、B 细胞抗原表位(ProteanTM 5.01)以及系统发生树(MEGA 6)。结果:Lig v 1 在大肠杆菌中稳定性较好,不存在信号肽与跨膜区;二级结构中无规则卷曲占大多数;Lig v 1 潜在MHC域类抗原表位为30 ~44 区域;B 细胞抗原表位既具有连续的氨基酸序列,也具有不连续的氨基酸序列;Lig v 1 与欧洲白蜡以及木犀榄的同源蛋白进化距离最近。结论:大肠杆菌是适合重组Lig v 1 的表达系统,Lig v 1 抗原表位分析为低过敏原性改造提供参考。     

大肠杆菌O157：H7 IntC300 B细胞抗原表位的综合预测

目的预测肠出血型大肠杆菌O157：H7 IntiminC端300氨基酸片段（IntC300）的B细胞抗原表位。方法采用计算机软件和网络服务器分析IntC300的亲水性、β-转角、柔韧性、表面可及性和抗原指数。判断其B细胞抗原表位。结果B细胞抗原表位可能在20—36、76—88、189—198、262—279和284—296残基或其附近。结论对EHEC O157：H7 IntC300 B细胞抗原表位的综合预测，为研究诊断性单克隆抗体及多肽疫苗提供了理论工具。     

应用免疫信息学技术预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的抗原表位

目的运用免疫信息学技术预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的B细胞、细胞毒性T淋巴细胞(CTL)和辅助T(Th)细胞的抗原表位。方法从NCBI数据库检索SARS-CoV-2蛋白序列,根据抗原性≥0.5和氨基酸数≥100进行筛选,最终的蛋白序列用于后续的抗原肽的预测。用蛋白质结构预测软件Phyre2进行三维结构的预测、蛋白质模型结构的细化软件GalaxyRefine优化蛋白的三维结构,最后用蛋白质结构同源建模SWISS-MODEL系统对优化后的结构进行准确性评估。蛋白序列用于CTL、Th细胞和线性B细胞抗原肽预测,三维结构用于结构性B细胞抗原预测。免疫表位数据库和分析资源(IEDB)预测SARS-CoV-2的CTL和Th细胞抗原表位,B细胞线性抗原肽预测软件Bepipred Linear Epitope Prediction 2.0和B细胞结构抗原肽预测软件ElliPro-Epitope prediction based upon structural protrusion分别预测B细胞线性和结构抗原肽。结果从NCBI数据库获得了27个SARS-CoV-2的蛋白序列,去掉抗原性0.5和氨基酸数100的蛋白质后,最终选定9个蛋白进行后续抗原肽预测。最终获得了24个CTL、20个Th细胞、12个B细胞线性表位和16个B细胞结构表位。结论获得的抗原表位可用于后续多表位疫苗的设计,相较于只针对单种蛋白靶点的抗原表位而言,多靶点抗原表位具有更强的免疫原性,这些抗原表位对SARS-CoV-2疫苗而言,具有一定的参考价值。     

人类肝素酶B细胞表位的预测和免疫原性鉴定

目的 预测并鉴定肝素酶(heparanase)蛋白B细胞表位免疫原性.方法 以肝素酶蛋白的氨基酸序列为基础,采用DNAStar分析软件以及Bcepred在线二级结构分析工具分析其蛋白二级结构并预测B细胞表位.根据预测结果 ,采用8分支多抗原肽结构合成针对该表位的抗原肽,将后者与通用型T辅助表位人IL-1β线性短肽(VQGEESNDK,氨基酸163～171)联合免疫日本白毛黑眼兔,检测免疫血清效价,鉴定其特异性和免疫原性.结果 软件预测显示,肝素酶蛋白大亚基的第1～15位(MAP1)、第279～293位(MAP2)及175～189位(MAP3)氨基酸序列最可能为其优势B细胞表位.间接酶联免疫吸附试验、免疫印迹及免疫组化分析,证实MAP1、MAP2及MAP3均能诱导机体产生高滴度抗体,但仅MAP1、MAP2抗体具有高特异性,MAP2抗体与肝癌组织的结合力最强.结论 肝素酶大亚基的第1～15位、第279～293位氨基酸为其优势B细胞表位,其中第279～293位氨基酸的免疫原性最强,这为肝素酶多肽抗体及B细胞优势短肽疫苗研制提供了理论依据.     

蛇毒C型凝集素家族结构及抗原表位预测

目的:预测和设计蛇毒C型凝集素家族蛋白(CLPs)共同B细胞抗原表位肽。方法:利用expasy蛋白质数据库在线软件Align对CLPs进行序列比对。运用DNAstar和Antheprot软件对蛇毒CLP家族的二级结构和表面特性,如亲水性、表面可及性、免疫原性、柔韧性等,综合各结果预测其抗原表位。采用Swiss-model和SEPPA在线工具进行三维结构和空间表位预测。结果:蛇毒CLP家族存在多个潜在的抗原表位位点,其中46～58区和98～110区肽段为可能的B细胞表位区。结论:综合考虑以上2个肽段家族同源性和表面特征,确定N端附近的46KTWADAEKFCTEQ58为蛇毒CLP可能的共同抗原区。     

人Fas抗原表位预测

采用可及性和可塑性方案,结合抗原性方案、二级结构方案及综合位点预测方案对人Ｆａｓ抗原的Ｂ细胞表位进行预测,结果显示：人Ｆａｓ抗原Ｂ细胞表位可能位于Ｎ－末端残基５１－７８,１０２－１１０,１４５－１５７等区域内或附近。由于残基１０２、１２０位有２个潜在的Ｎ－糖基化位点（Ａｓｎ－Ｘ－Ｓｅｒ／Ｔｈｒ）,对表位的形成有一定影响,人Ｆａｓ抗原的Ｂ细胞表位可能位于５１－７８,１００－１５７区域内。     

严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)刺突蛋白的B细胞及T细胞抗原表位的生物信息学分析

目的 使用生物信息学方法预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)刺突蛋白(S蛋白)的结构特点，并预测可能的B细胞和T细胞表位。方法 从NCBI数据库中获取SARS-CoV-2的S蛋白氨基酸序列，通过蛋白质基本性质分析工具ProtParam分析S蛋白的理化性质；利用综合性序列工具软件Lasergene和蛋白质二级结构分析软件SOMPA分析S蛋白二级结构；蛋白质同源物/类似物Y识别引擎Phyre2和分子图像观察软件Rasmol构建并分析S蛋白三级结构；B细胞表位预测工具ABCpred、 BepiPred和BcePred预测S蛋白的B细胞抗原表位；利用免疫表位数据库IEDB预测S蛋白的T细胞抗原表位。结果S蛋白由1273个氨基酸组成，理论等电点为6.24,原子组成为C₆₃₃₆H₉₇₇₀N₁₆₅₆O₁₈₉₄S₅₄,属于稳定亲水性蛋白。Lasergene软件的Gramier-Robson方法预测显示：α螺旋占23.5%、 β折叠占53.7%、转角区域占14.9%、无规则卷...     

超抗原TSST－1的T细胞表位预测

本文采用可及性和可塑性方案对超抗原ＴＳＳＴ－１的Ｔ细胞表位进行预测，结果显示：Ｔ细胞表位可能位于残基６５～７８、９０～９５、１０８～１１２、１４４～１５２和１５８～１８０或它们附近。它们的二级结构均含无规则卷曲。在这些预测的Ｔ细胞表位中，有一个与文献报道的ＴＳＳＴ－１之Ｔ细胞表位基本相符，还有一个含有数个已确定的ＴＳＳＴ－１超抗原之必需氨基酸残基。本研究为用合成肽对ＴＳＳＴ－１Ｔ细胞表位的研究提供了线索。     

基于EV71交叉保护抗原P1的前体蛋白B细胞抗原位点的预测

目的获得EV71P1保守氨基酸序列COBRA EV71 P1和基于此序列的B细胞抗原表位预测信息。方法从NCBI（http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/）上下载获取1970-2010年间世界各地暴发流行的包含P1或VP1基因片段的EV71源序列和对应的氨基酸序列,根据VP1基因片段信息构建系统进化树,对源序列进行基因分组;对多基因型的EV71 P1氨基酸源序列采用多序列比对,以优势氨基酸位点代替差异氨基酸位点的方法,获得EV71 P1保守序列（COBRA EV71 P1）,并运用IEDB Analysis Resource （http：//tools.immuneepitope.org/main/）在线预测工具和DNASTAR软件里的Protean模块,运用单参数和二级结构预测综合考虑的方法,对COBRA EV71 P1前体蛋白的B细胞抗原表位进行预测。结果成功比对出COBRA EV71 P1氨基酸序列,预测结果发现在COBRA EV71 P1前体蛋白的第10-24,41-60,68-82,208-225,328-345,498-514,592-609,664-678,772-786和841-855位点均具有较好的亲水性、表面可及性、柔韧性和抗原指数,并且在二级结构上含有易形成抗原表位的无规则卷曲和β-转角,有可能是COBRA EV71 P1前体蛋白的优势表位。结论经生物信息学分析,推测COBRA EV71 P1可能具有三个基因型EV7 1P1前体蛋白的候选B细胞线性抗原表位,为EV71重组多表位疫苗设计和多基因型病毒样颗粒疫苗实验提供了理论基础。     

基于生物信息学的ECSM2胞外区B细胞表位预测

目的预测内皮细胞特异分子-2(endothelial cell-specific molecule-2,ECSM2)胞外区B细胞表位。方法以ECSM2胞外区氨基酸序列为基础,应用公共的生物信息学工具,分析ECSM2的序列特异性、二级结构,以及极性、亲水性、柔韧性、表面可及性等参数,然后借助专业的B细胞表位预测工具预测潜在的B细胞表位,最后对获得的数据综合分析,评判ECSM2胞外区最有可能的B细胞表位。结果综合分析多种生物信息学工具获得的数据表明,ECSM2胞外区69-93位氨基酸区段包含了4个相互重叠的潜在表位,具有极大的B细胞表位可能性。结论应用生物信息学预测出的ECSM2胞外区B细胞表位,为直接利用该表位从抗体库或杂交瘤细胞库中筛选出血管内皮细胞靶向的特异抗体提供了理论依据。     

旋毛虫抗原分子克隆及其T细胞和B细胞表位预测

目的 克隆旋毛虫肌幼虫Mr21 000抗原蛋白基因(Ts21),预测其T细胞和B细胞表位.方法 旋毛虫(河南地理株)感染小鼠后收集肌幼虫,提取肌幼虫总RNA,应用RT-PCR技术获取目的基因Ts21,构建重组质粒pUC18-Ts21并测序,应用生物信息分析软件预测其T细胞和B细胞表位.结果 成功构建克隆载体pUC18-Ts21.旋毛虫Mr21 000抗原的T细胞表位位于第9～23、135～150位氨基酸位点;B细胞表位位于第31～35、53～56、98～104、124～130、133～157、160～172位氨基酸位点.结论 成功克隆了旋毛虫河南地理株肌幼虫Mr21 000抗原的编码基因,T细胞和B细胞表位预测结果表明该抗原蛋白具有较好的抗原性,可作为旋毛虫病免疫诊断和预防的候选抗原.     

鼠TRAM蛋白B细胞表位预测及其免疫原性检测

目的 预测TRAM蛋白的二级结构和B细胞表位,为抗鼠TRAM单克隆抗体制备奠定基础。方法以TRAM蛋白的氨基酸序列为基础,采用Goldkeu计算机分析软件以及网络nnpredict二级结构分析软件对TRAM蛋白二级结构及B细胞表位预测。合成针对该表位的多肽,以此多肽为免疫原免疫兔,对其免疫原性进行检测。结果用多参数预测TRAM蛋白的二级结构和B细胞表位,综合评判表明：TRAM分子的第216～229位氨基酸满足亲水性、可及性和可塑性,在二级结构上位于蛋白伸展结构或无规则卷曲结构内,最可能为其优势B细胞表位。此多肽能诱导机体产生较高的抗体滴度,多克隆抗体具有高的特异性。结论TRAM分子的第216～229位氨基酸为其优势B细胞表位,这为制作B细胞优势短肽单克隆抗体提供了理论依据。     

TIMP-1B细胞表位的预测和鉴定

目的: 预测并鉴定金属蛋白酶组织抑制物-1(TIMP-1)蛋白B细胞表位。方法: 采用DNAStar和BcePred分析软件联合预测TIMP-1的B细胞表位,以此合成8分支多抗原肽结构的表位肽(MAP),并与通用型T辅助表位肽(VQGEESNDK,氨基酸163~171)联合免疫家兔,检测免疫血清效价,用Western blotting和间接酶联免疫吸附测定等方法鉴定其特异性和抗体亲和力。结果: 软件预测显示,TIMP-1的第27~41 位(MAP1)、第57~71 位(MAP2)、第95~109 位(MAP3)和第193~207 位(MAP4)氨基酸序列最可能为其优势B细胞表位。抗体滴度动态检测表明,MAP2、MAP3和MAP4均能诱导产生特异性抗体,其中MAP2和MAP4诱导的抗体水平最高;免疫印迹证实MAP2、MAP3和MAP4诱导产生特异性的TIMP-1抗体;间接ELISA证实MAP4与商品化TIMP-1抗体具有最高的亲和力。结论: TIMP-1的第27~41位和第193~207位氨基酸为其优势B细胞表位,其中第193~207位氨基酸的免疫原性最强,这为TIMP-1多肽抗体和B细胞优势短肽疫苗研制提供了理论依据。