基因芯片技术检测丁型肝炎病毒的研究

目的制备检测丁型肝炎病毒(HDV) 基因芯片。方法针对HDV基因保守区域设计多对PCR引物。用芯片点样仪将PCR产物点到玻片上制成基因芯片。样品标记采用限制性显示技术,样品标记后进行杂交。结果运用PCR技术得到多个HDV特异性基因片段,序列分析表明,所扩增的片段均属于HDV特异基因。杂交结果显示,样品和HDV诊断基因芯片杂交的敏感性和特异性均佳。结论用基因芯片检测HDV具有敏感、高效、检测结果可靠的优点,有着较大的应用前景。     

基因芯片技术检测丁型肝炎病毒的研究

目的 制备检测丁型肝炎病毒(HDV)基因芯片。方法 针对HDV基因保守区域设计多对PCR引物。用芯片点样仪将PCR产物点到玻片上制成基因芯片。样品标记采用限制性显示技术，样品标记后进行杂交。结果 运用PCR技术得到多个HDV特异性基因片段，序列分析表明，所扩增的片段均属于HDV特异基因。杂交结果显示，样品和HDV诊断基因芯片杂交的敏感性和特异性均佳。结论 用基因芯片检测HDV具有敏感、高效、检测结果可靠的优点，有着较大的应用前景。     

结核杆菌检测基因芯片的制备研究

目的　建立结核杆菌检测基因芯片的制备技术。方法　制备和标记靶基因 ,用点样仪将靶基因点于玻片介质上 ,并经点样后处理制成基因芯片 ,用扫描仪测定处理前后芯片上荧光强度的变化 ,计算 DNA固定率 ,同时测定和比较两种不同玻片、不同点样液和三种不同点样后处理方法的 DNA固定率。结果　制备结核杆菌检测基因芯片 ,用醛基修饰玻片作为介质 ,用 DMSO溶液作为点样液 ,点样后芯片处理以水合 1小时再干燥 30分钟为佳。结论　本研究所建立的结核杆菌检测基因芯片制备技术具有较高的效率和可靠的实用性能     

人乳头瘤病毒基因分型芯片的研究

目的建立人乳头瘤病毒（Human papillomavirus,HPV）基因分型芯片技术,采用基因测序技术对该芯片进行评价,探讨其临床使用价值。方法利用基因工具软件比对HPV L1基因。设计可扩增高危型HPV的通用简并引物和可以鉴别HPV型别的基因探针,仪器将探针点样于尼龙膜上,制备HPV分型基因芯片。芯片检测的样本结果与HPV基因测序的结果进行比较,以评价芯片的分析性能。结果建立的HPV基因芯片的灵敏度为102cfu／ml,重复性检测的HPV型符合率为96．7％（87／90）,与基因测序结果分型的符合率高达94．3％（66／70）,可以检测常见的高危型和导致性传播疾病的HPV型别,可在6～7h内出结果,结果可通过仪器判读。结论HPV基因芯片具有较高的敏感性和重复性,与基因测序的结果符合率高,具有临床推广使用潜力。     

结核杆菌检测基因芯片的制备研究

目的 建立结核杆菌检测基因芯片的制备技术。方法 制备和标记靶基因，用点样仪将靶基因点于玻片介质上，并给点样后处理制成基因芯片，用扫描仪测定处理前后芯片上荧光强度的变化。计算DNA固定率，同时测定和比较两种不同破片，不同点样液和三种不同点样后处理方法的DNA固定率。结果 制备结核杆菌检测基因芯片，用醛基修饰玻片作为介质，用DMSO溶液作为点样液，点样后芯片处理以水合1小时再干燥30分钟为佳。结论 本研究所建立的结核杆菌检测基因芯片制备技术具有较高的效率和可靠的实用性能。     

HIV基因芯片的初步研究

目的建立HIV基因检测芯片的分析技术。方法分离HIV1U26942基因限制性显示片段作探针,应用PixSys 5500点样仪将探针打印在氨基包被的玻片上制作基因芯片。然后与随机引物荧光标记的HIV样品进行杂交,以分析限制性显示基因片段的杂交动力学。经杂交后清洗和干燥,扫描芯片进行检测。结果对基因检测芯片的制作与检测的实验条件进行了初步研究并筛选了12个限制性显示基因探针。结论建立的检测芯片的实验方法可行且较特异。     

血清E型沙眼衣原体的Real-time PCR定量分析

目的沙眼衣原体感染是最常见的性传播疾病,本文拟建立一种准确快速、标准化的感染动物组织衣原体载量检测体系。方法体外扩增感染用沙眼衣原体血清E型,克隆衣原体特异基因OMP1基因片段作为标准品,用Real time PCR法测定衣原体基因组拷贝数进行衣原体定量。结果 Real time PCR在OMP1基因片段200至2×108拷贝检测结果成线性,在模板中加入小鼠基因组未出现非特异扩增,同时未影响扩增效率。结论针对衣原体特异基因OMP1的实时定量PCR方法可以较为灵敏的特异的定量检测感染动物样本中的衣原体。     

HLA-DRB1基因芯片与PCR-SSP分型的比较

目的：比较基因芯片和PCR-SSP用于汉族南方人群HLA-DRB1基因分型的结果，评价分型芯片的准确性。方法：77份待分型样本，分别用等位基因特异的PCR-SSP和基因分型芯片对DRB1分型。芯片分型通过组间特异引物扩增基因组DNA，扩增用荧光标记。扩增标记后的产物与分型芯片的探针杂交，通过杂交产生的荧光信号确定样品的HLA-DRB1基因亚型，比较两种方法分型所获得的结果，不吻合的样本全部经第三方验证或测序。结果：77份样本，两种方法分型全部成功。分型结果的吻合率为93％。不吻合样本6份，其中SSP定型纯合子4份，芯片分型全部为杂合子。经第三方验证，证实芯片对纯合子和杂合子的分型全部正确。另外2份不吻合的样本经测序，证实SSP分型错误1份，芯片分型错误1份。芯片的重复率为96％。结论：基因芯片是一种理想的分型方法，具有特异性高、重复性好、操作简便、所需样本量少、一次可作多份样本的优点。     

LAMP技术在肺部非典型感染病原体检测中的应用

目的探讨利用现代生物技术开发一套可以快速、准确而且高通量检测肺部3种常见非典型感染病原体的检测方法。方法采用环介导等温核酸扩增技术(LAMP)对导致肺部非典型感染的肺炎支原体、肺炎衣原体及嗜肺军团菌3种常见病原体的特异性DNA片段进行扩增,结合基因芯片杂交技术鉴定这3种肺部非典型感染的病原体。结果采用LAMP技术对目的核酸进行扩增,肺炎支原体、肺炎衣原体及嗜肺军团菌3种致病菌特异性核苷酸片段同时布阵在一张芯片上,证明该鉴定系统可检测出的DNA浓度为104拷贝大小,特异性高,芯片质量稳定。结论 LAMP技术结合基因芯片杂交技术可发挥独特的检测优势,能为常见的肺部非典型感染病原体最终鉴定提供进一步佐证,可提高检验鉴定结果的准确性,具有简便快速、灵敏度高、特异性好等优势。     

病毒性肝炎基因芯片检测肝炎肝硬化患者肝组织中HBV DNA的研究

目的:研究病毒性肝炎基因芯片的制备及其检测HBV DNA的准确性.方法:将PCR扩增的HBV DNA探针用点样仪点于玻片介质上,并经过点样处理后制备成基因芯片;收集肝炎后肝硬化肝组织标本99份,分别用基因芯片、原位分子杂交法、免疫组织化学法检测HBV DNA和HBcAg,比较各种方法的优缺点.结果: 53例HBcAg、HBV DNA阳性组织中基因芯片检测阳性40例; HBcAg阳性22例中基因芯片检测阳性6例; 32例HBcAg HBV DNA阴性组织中基因芯片检测均阴性.结论:肝炎基因诊断芯片可以检测肝组织中HBV DNA,准确率可达75%,假阳性率低.     

HIV基因芯片的初步研究

目的：建立HIV基因检测芯片的分析技术，方法：分离HIV 1U26942基因限制性显示片段作探针，应用PixSys 5500点样仪将探针打印在氨基包被的玻片上制作基因芯片，然后与随机引物荧光标记的HIV样品进行杂交，以分析限制性显示基因片段的杂交动力学，经杂交后清洗和干燥，扫描芯片进行检测。结果：对基因检测芯片的制作与检测的实验条件进行了初步研究并筛选了12个限制性显示基因探针。结论：建立的检测芯片的实验方法可行且较特异。     

多重PCR技术检测病毒性肝炎相关病毒的研究

目的建立一种快速、特异的可同时检测血中多种病毒性肝炎相关病毒的多重PCR方法。方法参照各病毒特异性核酸序列,按多重PCR引物设计的特殊要求设计引物,以核酸测序确证扩增产物,用标准病毒株及临床阳性血清样本DNA、RNA为模板优化PCR反应体系和反应条件,建立病毒性肝炎相关病毒多重PCR检测方法。应用建立的多重检测方法对120例ALT升高的血清标本进行多重检测,并将检测结果与单一PCR检测结果进行比较。结果采用多重PCR技术可同时对EBV、TTV、HBV、HSV 4种DNA病毒进行扩增;采用多重RT-PCR技术可同时对Cox-V、HEV、HCV 3种RNA病毒进行扩增。各病原体单一及多重扩增条带均清晰、均一,无非特异性扩增条带,片段长度与理论值一致;核酸测序证实各扩增产物属各病原体特异性基因片段。临床标本检测多重感染率为19.2%,与单一检测结果一致。结论建立的多重PCR检测方法稳定可靠,敏感度、特异度好,适用于病毒性肝炎相关病毒的实验室诊断与临床筛查。     

基因芯片的制备研究

目的：建立基因芯片的制备技术。方法：基因样本准备,将带荧光标记的ＰＣＲ产物用点样仪点于玻片介质上,并经过点样后处理制备成基因芯片,用扫描仪测定前后芯片上荧光强度的变化,计算ＤＮＡ固定率,分别设计了５种玻片３种固定条件和６种点样后处理方法的固定率测定。结果：对芯片制备的各种条件和方法优化实验表明,ｃＤＮＡ的氨基修复,点样后的ＵＶ交联和芯片室温干燥处理能有效提高ＤＮＡ的固定率。结论：本研究建立的基因芯     

基因芯片检测肝炎肝硬化患者肝组织中HBVDNA

目的 :研究病毒性肝炎基因芯片的制备 ,用肝炎基因诊断芯片 ,免疫组织化学法和原位分子杂交法 ,检测 99例乙型肝炎后肝硬化肝组织中 HBV DNA,比较各种方法优缺点。方法 :将 PCR扩增的 HBVDNA探针用点样仪点于玻片介质上 ,并经过点样处理后制备成基因芯片 ;收集肝炎后肝硬化肝组织标本 99份 ,分别用基因芯片、原位分子杂交法、免疫组织化学法检测 HBVDNA和 HBc Ag。结果 :5 3例 HBc Ag、HBVDNA阳性组织中基因芯片检测阳性 40例 ;HBc Ag阳性 2 2例中基因芯片检测阳性 6例 ;32例 HBc Ag HBVDNA阴性组织中基因芯片检测均阴性。结论 :肝炎基因诊断芯片可以检测肝组织中 HBVDNA,准确率可达 75 % ,假阳性率低。     

利用寡核苷酸芯片快速检测结核分枝杆菌利福平耐药rpoB基因突变

目的:开发快速检测结核分枝杆菌利福平耐药rpoB寡核苷酸突变的基因芯片。方法:根据结核杆菌rpoB基因序列设计探针和引物并制备基因芯片,从临床痰标本中提取结核菌的基因组DNA,PCR扩增含有rpoB基因突变位点的特异DNA片段,荧光标记后与芯片上的特异性寡核苷酸探针进行杂交,同时与DNA测序法比较。结果:22株临床痰标本有18株可用寡核苷酸芯片检测出来,正确率可达82%;患者痰液中少量DNA足够进行芯片检测,无须细菌培养。结论:利用寡核苷酸芯片检测结核菌对利福平的耐药性具有较高的准确性和敏感性,可以应用于临床耐药性诊断。     

基因芯片在中国南方汉族人白细胞抗原-DRB分型中的应用

目的 建立一种用于HLA-DRB分型的基因芯片。并通过与PCR-SSP比较。评价芯片的性能。方法 根据中国汉族南方人常见的HLA-DRB位点基因及其多态性的独特序列。在第二外显子区域设计特异性的寡核苷酸分型探针。将其点在玻片上,制成芯片。基因组DNA通过组间特异引物扩增。扩增中同时用荧光素Ｃy5标记,扩增标记后的产物与结合在芯片上的探针进行杂交,通过荧光扫描仪对杂交产生的荧光信号值进行分析。确定样品的HLA-DRB基因亚型,将这一方法应用于110份样本的HLA-DRB基因分型并与PCR-SS究型的结果进行比较。结果 110份淋巴细胞样本,除1份PCR无产物致芯片不能分型外,其余样本芯片分型全部成功。不吻合样本10份;其中SSP定型纯合子6份,芯片分型全部为杂合子,SSP定型为杂合子1份,芯片结果为纯合。经第三方用PCR-SO验证,证实芯片分型正确。另外3份不吻合的样本经测序,证实SSP分型错误2分。芯片分型错误1份。芯片的重复率为95%。结论 基因芯片是一种理想的分型方法,具有特异性高,重复性好。操作简便,所需样本量少。结果判读容易,一次可作多份样本的优点。     

基因芯片技术在肿瘤研

基因芯片又称DNA芯片、DNA阵列、DNA微集阵列等 ,是生物芯片技术的一种 ,具有快速、高效、高通量、高度并行性及高度敏感性、自动化程度高等特点。基因芯片是近年来新兴的一项生物技术 ,前景十分乐观。1　基因芯片简介基因芯片一般分为 2类 :片上原位合成寡核苷酸点阵芯片ONA和微量点样技术制作cDNA点阵芯片CDA ,其区别在于制作方法上的不同。基因芯片技术主要包括 4个步骤 :芯片制备、样品制备、杂交反应、信号检测和结果分析。其制备方法分为 2类 :“原位合成”和“直接点样”。前者是指直接在芯片上用 4种核苷酸合成核酸及其他生…     

乙肝病毒基因分型技术发展现状

目的:综述乙型肝炎病毒(HBV)基因分型技术方法的现状和存在问题,并提出建立新的技术方法的可能性。方法:查阅国内外主要的HBV基因分型标准和现行技术方法,分析各种方法的优缺点。结果:HBV的基因分型方法可分为全基因序列比对和片段基因序列比对两大类。全基因序列比对由于其技术复杂和费用昂贵难以常规使用;片段基因序列比对利用HBV中的代表性片段的序列类型来反映全基因序列的类型,现有的主要技术类型有片段序列测定、限制性片段长度多态性分析、型特异引物扩增和型特异探针检测等。结论:型特异探针检测因易进行单管PCR扩增、操作相对简单和费用低等优点而最具有实用价值。基因芯片技术具有高敏感、高通量和能够平行检测DNA类型等特点,利用基因芯片技术有可能为HBV基因分型建立一种前所未有的型特异探针检测新方法。     

炭疽杆菌保护性抗原基因芯片探针的制备

目的快速制备炭疽杆菌保护性抗原基因芯片探针。方法根据PubMed上公布的炭疽杆菌保护性抗原的DNA序列设计引物,扩增保护性抗原基因。利用酶切、AT克隆方法快速分析筛选出保护性抗原基因片段的重组子,从而制备成芯片探针。DNA自动分析仪对克隆片段进行序列测定,生物信息学软件对其基因序列进行分析。结果根据炭疽杆菌保护性抗原设计的引物,可以扩增出长2 205 bp的保护性抗原基因,经酶切、AT克隆方法筛选出约7个长度不一的片段,对其片段进行序列测定并进行Blast序列比对得知这些片段均属于炭疽杆菌保护性抗原基因。结论利用PCR扩增产物并结合酶切、AT克隆方法可以快速、简便地制备基因芯片探针。     

炭疽杆菌保护性抗原基因芯片探针的制备

目的 快速制备炭疽杆菌保护性抗原基因芯片探针。方法 根据PubMed上公布的炭疽杆菌保护性抗原的DNA序列设计引物，扩增保护性抗原基因。利用酶切、AT克隆方法快速分析筛选出保护性抗原基因片段的重组子，从而制备成芯片探针。DNA自动分析仪对克隆片段进行序列测定，生物信息学软件对其基因序列进行分析。结果根据炭疽杆菌保护性抗原设计的引物，可以扩增出长2205bp的保护性抗原基因，经酶切、AT克隆方法筛选出约7个长度不一的片段，对其片段进行序列测定并进行Blast序列比对得知这些片段均属于炭疽杆菌保护性抗原基因。结论 利用PCR扩增产物并结合酶切、AT克隆方法可以快速、简便地制备基因芯片探针。