2009年浙江省义乌市登革热暴发疫情实验诊断和病原分子溯源

目的 对2009年浙江省义乌市发生疑似登革热暴发疫情进行实验诊断和病原分子溯源.方法 对40份疑似患者的血清样本同时进行登革病毒抗体、病毒核酸检测和病毒分离.对分离毒株提取病毒核酸后用RT-PCR方法扩增E基因,进行核苷酸序列测定和同源性与进化分析.结果 40份血清样本中登革病毒IgM抗体阳性17份(42.5%),IgG抗体阳性4份(10.0%);核酸阳性34份(85.0%);分离到登革病毒3型(D3)28株(70.0%).选取13株D3分离株测序,E基因全长均为1479个核苷酸(nt),无插入或缺失突变,推导编码493个氨基酸(aa).13株浙江D3分离株之间E基因同源性为100.0%.浙江D3株与2004年沙特阿拉伯分离株(Sandi Arabia/2004)的同源性最高,nt和aa同源性分别为99.3%和100.0%;与原型株(D3/H87/1956)相比同源性分别为93.4%和97.4%;与1980年中国广西D3分离株在该区域的同源性分别为93.6%和97.4%.E基因进化树显示浙江D3分离株在GⅢ进化支上,与浙江株亲缘关系最近的毒株为沙特阿拉伯株,均在同一进化支上.结论 引起2009年浙江省义乌市登革热暴发疫情的病原是登革3型GⅢ亚型,该病毒最有可能来源于沙特阿拉伯.     

2016年-2018年浙江省义乌市输入1型登革病毒分子溯源分析

目的对2016年-2018年义乌市输入1型登革热病例进行实验室检测与分子溯源分析。方法采集登革热病例急性期血清标本进行NS1抗原和核酸检测,用RT-PCR法扩增包膜蛋白(Envelope protein,E)基因,测定核苷酸序列并进行系统进化分析。结果6例登革热病例NS1抗原和核酸检测结果均为阳性。6株毒株之间的E基因核苷酸和氨基酸同源性分别为96.6%~99.3%和98.8%~100%,系统进化分析显示,E基因序列均属于登革病毒1型的GⅠ亚型,与东南亚2003年-2016年分离病毒株亲缘关系最近。结论2016年-2018年义乌市输入登革病毒1型的亚型主要为GⅠ亚型,输入来源主要为东南亚国家。     

一起疑似病毒性脑膜炎暴发病原学检测分析

目的 2014年10月浙江省金华市荣光小学发生疑似病毒性脑膜炎暴发疫情,为及时查明病因,分析病原的分子特征并进行病原溯源。方法开展流行病学调查,采集患者脑脊液和咽拭子样本6份,检测人类肠道病毒(HEV)核酸和分离病毒,对HEV分离株VP1基因测序,进行同源性与进化分析。结果在全校328名学生中,发病7例,罹患率2.13%。患者年龄7~8岁;临床症状为发热、头痛、呕吐等;从5例患者6份样本中均检测到HEV核酸,其中3份脑脊液中分离到3株肠道病毒埃可30型(echovirus 30,E30);新分离株与E30原型株之间VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为81.8%和91.8%~92.1%;进化分析显示:新分离株位于E30 G基因亚型分支上,与2013年浙江省CHN/ZJ/RA-72/13株亲缘关系最近。结论引起2014年10月浙江省金华市荣光小学聚集性病毒性脑膜炎暴发疫情的病原为E30 G基因亚型病毒。     

北京市西城区手足口病患儿肠道病毒71型VP1区基因进化分析

目的了解北京市西城区2015年手足口病（HFMD）患儿肠道病毒71型（EV 71）分离株VP1区基因特征,分析其变异情况。方法收集北京市西城区2015年HFMD病原学检测分型鉴定为EV 71的阳性标本,对部分标本进行病毒分离、培养,并通过实时荧光PCR鉴定阳性培养物。EV 71阳性培养物提取病毒核酸,对其VP1区全长序列进行PCR扩增和测序。从Genbank中选取EV 71不同基因型别参考序列,利用生物信息学软件进行同源性和系统进化分析。结果共分离到6株EV 71（Genbank登录号为KU376383-KU376388）,其VP1区核苷酸和氨基酸序列同源性分别为93.00%~99.00%和98.00%~100.00%,与参考序列VP1区核苷酸和氨基酸序列同源性分别为81.00%~97.00%和93.00%~100.00%。进化分析显示,6株EV 71均为C4a基因亚型。结论 2015年北京市西城区EV 71流行株属于C4a亚型,未出现明显变异。     

浙江省临海市2004年病毒性脑膜炎暴发疫情的病原学及其分子特征研究

目的 为确证2004年浙江省临海市病毒性脑膜炎暴发疫情的病因,分析病原的遗传变异及进化关系.方法 采集患者脑脊液样本60份,采用RD和Hep-2细胞同时分离病毒,中和试验法鉴定病毒型别;对分离株VP1和VP4/VP2基因测序,进行同源性与进化分析.结果 从60份脑脊液样本中分离到埃柯病毒30型(E30)19株,分离率为31.7％;对4株E30分离株VP1区核苷酸序列测定,其长度均为876个核苷酸(nt),编码292个氨基酸(aa).临海分离株与E30原型株Bastianni在VP1区的nt和aa同源性分别为82.4％～84.1％和93.5％ ～ 94.2％;4株临海E30株之间nt和aa的同源性分别为87.1％～99.9％和97.9％ ～ 100.0％.临海分离株分成两类,同类病毒株间的差异很小,而两类病毒株间的差异很大,nt和aa的最大差异率分别为12.9％和2.1％.与临海E30株同源性最高的为2002-2003年浙江E30株.在VP1基因进化树上,临海E30株分别位于G和H基因亚型分支上,其中临海G基因株与2003年浙江、江苏和山东E30株位于同一进化分支,临海H基因株与2002年浙江诸暨株位于同一进化分支.VP4/VP2区进化分析结果与VP1区相似.结论 2004年临海市病毒性脑膜炎暴发疫情由E30G和H不同基因亚型的E30流行株引起;临海E30株与2002-2003年浙江、江苏和山东E30株具有密切的亲缘关系;H基因亚型株推测为新的E30变异株,首先分离于2002年浙江省.     

重庆口岸输入性登革热病例的分子流行病学调查

目的对2014年重庆口岸首起输入性登革热疫情进行分子流行病学调查,确定病毒的基因型别及感染来源。方法采集2014年重庆口岸首起聚集性输入登革热疑似病例血清样本,进行IgM/IgG抗体检测、核酸检测(实时荧光RTPCR)以及病毒分离;用RT-PCR方法扩增病毒分离株E基因,进行核苷酸序列测定和进化分析。结果共采集21份血清样本,其中4份样本IgM抗体阳性,阳性率为19%,IgG均阴性;9份样本为登革热病毒1型核酸阳性。分离得到4株登革病毒,4株病毒的E基因序列同源性为100%,与印度尼西亚的毒株进化关系最近,同源性为99.1%。结论输入性登革病毒与印度尼西亚的登革病毒1型亲缘关系最近,提示其传染源极有可能在印度尼西亚。     

宁夏回族自治区2013年手足口病患者柯萨奇病毒A组10型分离株VP1区基因特征分析

目的 了解宁夏回族自治区(宁夏)手足口病(HFMD)患者中柯萨奇病毒A组10型(Cox A10)分离株的VP1区基因特征。方法 收集2013年real-time PCR 检测非EV71和非Cox A16肠道病毒标本280份,用RD细胞进行肠道病毒分离培养,分离到的毒株采用RT-PCR扩增其VP1区基因并进行核苷酸序列测定,测序结果利用BLAST进行型别鉴定。对鉴定为Cox A10的所有毒株进行VP1区基因同源性分析和进化分析。结果 从280份标本中共分离到肠道病毒36株,其中有6株鉴定为Cox A10,核苷酸和氨基酸同源性分别为97.0%~99.8%和99.0%~99.7%。与A、B、C、D各基因亚型代表株之间的核苷酸同源性分别为76.3%~77.2%、81.6%~83.1%、94.4%~98.9%和80.0%~82.3%,氨基酸序列同源性分别为92.3%~93.0%、94.0%~95.3%、98.0%~99.7%和90.6%~94.0%。系统进化显示,6株Cox A10宁夏株与C基因型代表株处于同一分支。结论 Cox A10是引起宁夏2013年HFMD的常见病原体,本次分离到的Cox A10均属于C基因型。     

2014—2019年东莞市Ⅰ型登革病毒E基因进化特征分析

目的了解东莞市2014—2019年登革热流行情况和血清型Ⅰ型登革病毒(DENV-1)基因型及E基因特征。方法收集2014—2019年东莞市各镇街医院上送的经临床诊断为疑似登革热病例血清样本共962份,其中的729份样本应用酶联免疫吸附试验(ELISA)进行登革IgM抗体检测,全部962份血清样本采用实时荧光PCR进行检测,核酸阳性样本中的血清型Ⅰ型样本用细胞培养方法进行病毒分离鉴定,并对其E基因序列进行测序及系统进化树分析。结果2014—2019年东莞市登革热7—11月为流行期,9—10月为发病高峰。检出IgM抗体阳性样本261份,阳性率35.90%。962份急性期血清中登革病毒核酸阳性362份,阳性率37.6%,其中DENV-1阳性311份,占85.9%。分离获得35株DENV-1毒株,E基因序列比对和系统进化分析显示,35株DENV-1分离株间核苷酸相似度为89.8%~100.0%,分属基因Ⅰ型、Ⅱ型和Ⅴ型,分别为29、1和5株。所有35株分离株与广州、浙江等地及越南、菲律宾、印度等东南亚国家当年或往年流行株同源性较高。结论2014—2019年东莞市流行的DENV-1优势型别为基因Ⅰ型。流行方式可能为广州等周边城市及东南亚国家输入病例引起的本地暴发流行。须警惕基因Ⅴ型DENV-1输入引起登革热暴发流行。     

贵州省2019-2021年人源和猪源戊型肝炎病毒基因特征

目的 分析贵州省部分地区人源和猪源戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)流行株基因特征。方法 2019-2021年在贵州省医疗机构收集急性HEV感染者(抗-HEV IgM阳性)血清标本,在屠宰场收集猪胆汁和血清标本,提取HEV核酸,对HEV ORF2区基因进行扩增和测序,构建系统进化树,分析基因型、基因亚型及其核苷酸和氨基酸同源性。结果 从450例急性HEV感染者标本和196份猪标本中共获得53条人源和2条猪源HEV序列。人源序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为81.39%-100%和95.92%-100%,猪源序列分别为87.40%和100%;人源和猪源HEV均与HEV基因4型参考株的核苷酸同源性最高,分别为89.93%和89.83%。55条HEV序列位于系统进化树的3个分支,其中24条与4b亚型、20条与4a亚型、11条与4d亚型参考株处于同一分支,且核苷酸同源性最高,分别为95.54%、93.10%、95.72%。2条人源序列各发生1个位点的氨基酸替换。结论 2019-2021年贵州省部分地区人群和猪群中HEV优势流行株为基因4型,包括4b、4a和4d亚型,氨基酸...     

广州市2009-2010年DENV-3型病毒分子生物学特征分析

目的探讨广州市DENV-3型病毒的基因变异及传播模式,为登革热疫情防控提供科学建议。方法对2009-2010年采集的疑似登革热病例早期血标本进行检测RT-PCR,阳性标本血清接种至C6/36细胞进行病毒分离培养。对登革病毒E基因进行测序,并与基因库中全球和中国其他省份DENV-3代表病毒株进行比对,对广州病毒分离株的来源和同源性进行分析。结果共分离获得13份DENV-3型病毒样本(2009年7份,2010年6份),基因树系谱分析显示DENV-3型病毒包括3个基因型(Ⅰ,Ⅲ,Ⅴ),其中基因Ⅰ型来源于印度尼西亚,基因Ⅲ型的2个节点族中,A节点族来源于科特迪瓦,B节点族来源于坦桑尼亚,基因型Ⅴ来源于菲律宾。2009年和2010年病毒株E基因核酸分别存在1.3%~9.0%和0.5%~3.9%的差异。结论 2010年分离病毒株并非2009年的延续,不同基因型的DENV-3型病毒可能是通过不同的地理路径传入。     

肠道病毒71型宁波株分子流行病学研究

目的:分析肠道病毒71型2010年宁波分离株的分子流行病学特征。方法:收集2010年宁波市手足口病患者临床标本177份,进行EV71荧光定量RT-PCR鉴定和病毒分离,采用RT-PCR对38株分离到的EV71进行VP1编码区基因扩增,并对扩增产物进行核苷酸序列测序和分析。根据VP1测序结果与国内外报道的各基因型和基因亚型EV71VP1序列进行同源性和亲缘进化分析。结果:88份鉴定为EV71的临床标本中共分离到38株病毒,分离株的VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别是97.1%～100%和99.3%～100%。与C4a亚型的核苷酸和氨基酸同源性分别为93.2%～99.3%和98.3%～100%。亲缘进化树显示,宁波分离株全部属于C4基因亚型的C4a进化分支,并存在多个传播链。结论:宁波地区分离的EV71与近几年国内其他地区EV71分离株亲缘关系很近,有共同进化的趋势,属于C4基因亚型的C4a进化分支,并存在多个传播链。     

2010年浙江省输入性登革2型病毒分子特征研究

目的:为确证2010年浙江省输入性疑似登革热病例病因,分析病原的分子特征并进行溯源。方法:对患者血清标本分别检测登革IgM抗体、病毒核酸和病毒分离。对分离株E和NS1基因测序,并进行同源性和进化分析。结果:从血清中检测到登革IgM抗体和登革2型核酸,并分离到登革2型病毒株(ZJ/02/10);浙江登革2型分离株与标准株NGC在E基因的核苷酸(nt)和氨基酸(aa)同源性分别为94.7%和97.6%,而与登革1、3、4型的nt同源性分别为65.3%、64.3%和65.9%。ZJ/02/10株与菲律宾PHI/St68/00株E基因nt和aa同源性最高,进化树显示二者亲缘关系最近。NS1基因进化树结果与E基因相似。结论:从血清学、病原学和分子特征均证实输入性疑似登革病例由登革2型病毒引起,该毒株最有可能来源于菲律宾。     

河南省两株狂犬病毒核蛋白和糖蛋白基因的序列分析

目的分析河南省2株狂犬病毒核蛋白及糖蛋白的基因序列,了解狂犬病毒街毒株与人用及兽用狂犬病疫苗株间的差异。方法以免疫荧光法检测2004年采自河南省的100只犬脑标本,取阳性犬脑组织悬液接种鼠脑分离病毒。以RT-PCR法扩增病毒核蛋白及糖蛋白全基因,克隆测序后进行遗传学分析。结果分离到2株狂犬病毒,分别命名为Henan Hb1与Henan Sq1,序列分析表明2株病毒均为基因1型狂犬病毒,2株病毒的N基因与G基因核苷酸的同源性分别为99.3%和98.9%,氨基酸的同源性分别为98.7%和98.4%。2株病毒与CTN疫苗株同源性较高,N基因与G基因的核苷酸同源性分别为89.1%和85.6%～85.7%,氨基酸同源性分别为97.6%～98.0%和92.3%。与已知的基因1型狂犬病毒相比,2株病毒与印度尼西亚从犬中分离到的2株病毒同源性最高,N基因与G基因核苷酸同源性分别为92.1%～93.2%和91.9%～92.1%,氨基酸同源性分别为97.5%～98.6%和96.0%～96.2%。Henan Sq1株病毒在糖蛋白关键的毒力位点333位由W替换了R。系统发育分析表明Henan Hb1与Henan Sq1与印度尼西亚株、疫苗株CTN、中国分离株,以及泰国与马来西亚分离株进化关系最近,而与疫苗株3aG、PV、ERA及攻击毒CVS株等进化关系较远。结论2株狂犬病毒是基因1型狂犬病毒,但无论是N基因还是G基因的核苷酸序列,以及推导出来的氨基酸序列与已知的1型狂犬病毒株及疫苗株均有一定的差异。     

四川省2013—2020年麻疹确诊病例标本中分离到的1型单纯疱疹病毒的基因特征

目的 从2013—2020年麻疹核酸阳性标本中分离获得单纯疱疹1型病毒(herpes simplex virus type1, HSV-1)，并分析其基因特征。方法 将2439份麻疹核酸阳性咽拭子标本接种到Vero/SLAM细胞上进行病毒分离培养，出现细胞病变后收获，提取核酸，并经实时荧光定量-聚合酶链式反应（qPCR）、PCR及测序进行分析。结果 共获得30株HSV-1，经系统发育分析，30株HSV-1序列gG区的核苷酸和氨基酸同源性分别为95.58%~100%和90.57%~100%，均属于A基因型。结论 HSV-1在四川省广泛分布且可能来源于同一传播链。麻疹病毒感染增加了HSV-1的感染风险，或是麻疹病毒感染激活了潜伏的HSV-1感染还需进一步研究。     

2010年六安市肠道病毒71型的分子流行病学特征

目的:探讨六安市手足口病患者中EV71的流行趋势及其基因特征,为手足口病的进一步防控提供科学依据。方法:六安市疾控中心从手足口病患儿中采集咽拭子标本进行肠道病毒核酸检测,选取其中8份EV71核酸阳性标本进一步进行VP1全基因序列测定,结果使用Bioedit和DNA Star软件与世界各地EV71各型参考株及我国大陆的EV71流行株序列进行对比分析,构建种系进化树。结果:8株病毒核酸VP1基因全长均为891个核苷酸,编码297个氨基酸,与我国大陆分离的C4a基因型最为相近,核苷酸同源性在96.7%～99.4%之间,氨基酸同源性在97.0%～100%之间;而与A、B基因型参考株差异较大,核苷酸同源性分别为82.6%～83.2%、83.1%～85.0%;氨基酸同源性分别为96.6%～97.0%、96.0%～97.7%;说明本文的8株病毒均属于EV71 C4a基因型。结论:六安市2010年EV71流行株在种系进化上与我国大陆近几年分离的毒株具有较高的同源性,同属于C4a基因型,目前C4a亚型病毒在我国大陆可能有较广泛的分布和传播。本研究对于肠道病毒的基础研究和防范EV71在中国的大规模暴发与流行具有重要意义.     

柯萨奇病毒B组3型四川分离株的基因特征分析

目的了解从四川省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例和手足口(hand-foot-and-mouth disease,HFMD)病例中分离到的柯萨奇病毒B组3型(Coxsackievirus B3,CVB3)的基因特征,探索其变异规律及在四川省的传播动态。方法对2008—2020年AFP病例和2013—2019年非肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV 71)和柯萨奇A16型(Coxsackie virus A16,CVA 16)感染的HFMD病例标本进行细胞分离培养,血清学鉴定,全VP1基因序列的测定及核苷酸同源性和遗传进化的分析,用MEGA6.0软件以邻位连接法构建遗传进化树,bootstrap检验1 000次;以Kimura 2参数方法计算基因型间遗传距离。结果从2008—2020年4 378份四川省AFP病例标本中分离鉴定到13株CVB3,从2013—2019年四川省454份非EV 71和CVA16感染的HFMD病例标本中分离鉴定到1株CVB3。14株CVB3四川分离株之间核苷酸同源性为84.4~98.8%,氨基酸同源性为84.1~100.0%。14株CVB3均属于G基因型,其中11株在G1基因亚型,3株在G2基因亚型。结论四川省存在CVB3病毒的多条传播链,流行趋势呈现周期性变化;G1、G2两种基因亚型在四川省同时流行,G1基因亚型为四川省CVB3的优势基因亚型。     

登革2型病毒深圳分离株的鉴定及E基因序列分析

分支上,核苷酸同源性最高,达99.8%,氨基酸同源性为100%,与Indonesia-76、Somalia-84和Sri Lanka-90同属基因Ⅳ亚型.结论 首次从深圳市登革热患者血清中分离到1株登革2型病毒,证实该毒株可能来源于马来西亚.     

2018年济南市14株柯萨奇病毒A组6型VP1基因特征分析

目的 分析济南市导致手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)的柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6, CVA6)分离株VP1基因特征及氨基酸变异。方法 2018年济南市HFMD常规监测病例样本经实时荧光RT-PCR检测,随机选择部分CVA6核酸阳性样本进行细胞分离鉴定,扩增阳性分离株VP1基因序列并进行同源性比较、氨基酸变异及系统进化分析。结果 2018年共检测652份样本,其中CVA6核酸阳性率为47.85%（312/652）,远高于人肠道病毒A组71型（human enterovirus A 71, EV71）（7.06%, 46/652）和柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16, CVA16)（8.44%,55/652 ）,为济南市HFMD最主要病原体。通过细胞分离成功获得14株CVA6病毒,经VP1基因系统进化分析显示,济南市CVA6分离株均为基因D5亚型,VP1基因核苷酸及氨基酸序列同源性分别为94.2%~100%和98.0%~100%,与2017年广东株（GenBank 登录号MG385796、MG385815）、广西株（GenBank 登录号MH018512）、云南株（GenBank 登录号LC413143）及2014年江西株（GenBank 登录号KY913482）等亲缘关系较近。VP1蛋白主要存在V174I等位点变异,与国内流行的D5亚型基本一致。结论 2018年CVA6病毒为导致济南HFMD的主要病原,与广东、广西、云南和江西等省分离株亲缘关系较近,属于我国目前流行的基因D5亚型。     

中国新型布尼亚病毒分离株序列基因特征分析

目的分析中国新型布尼亚病毒分离株的基因型分布和进化规律,了解分子流行病学特征。方法利用MEGA6.0软件,对GenBank数据库收录的中国地区分离株的完整S片段基因序列进行分析,构建系统进化树,并分析毒株间的核苷酸和氨基酸的同源性。结果在GenBank数据库收集到248株中国地区新型布尼亚病毒分离株,主要为人源毒株232株,占93.55%,核酸和氨基酸序列同源性分别为94.9%~96.8%和91.4%~95.2%;系统进化树分析显示中国地区流行优势株为C2基因亚型,占58.06%;5种亚型的核苷酸序列和氨基酸序列同源性为94.9%~96.8%、91.4%~95.2%,同亚型毒株核苷酸序列和氨基酸序列同源性为96.3%~99.1%、96.8%~98.6%。与汉坦病毒属和白蛉病毒属亲缘较远,毒株核苷酸序列同源性分别为39.3%~40.2%和47.3%~48.1%,氨基酸序列同源性13.6%~14.4%和22.5%~23.9%。人源毒株与宿主动物分离株高度同源,核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为96.3%~97.1%和94.0%~95.7%。结论我国近年来新型布尼亚病毒流行毒株以基因亚型C2为主,存在多种基因亚型间循环交替流行。