膀胱癌组织中上皮细胞钙依粘连蛋白基因启动子区CpG岛甲基化状态的分析

目的　探讨膀胱癌中肿瘤抑制基因上皮细胞钙依粘连蛋白(E cadherin)启动子区CpG岛的甲基化状 态及其与mRNA表达的关系。方法　收集30例新鲜的膀胱癌组织及其癌周正常组织;采用甲基化特异聚合酶 链反应(MSP)检测E cadherin基因启动子区CpG岛的甲基化状态;采用逆转录PCR检测E cadherin基因的mR NA表达。结果　E cadherin基因在膀胱癌组织中的甲基化阳性率(43.3%)显著高于在癌周正常组织中的甲基 化阳性率(6.7%,P<0.01);在复发性膀胱癌中的甲基化阳性率(64.7%)显著高于在原发性膀胱癌中的甲基化 阳性率(15.4%,P<0.05);在不同分级、分期膀胱癌中的差异无显著性。13例异常甲基化的膀胱癌组织中有10 例未检测到CDH1mRNA的表达,而13例未甲基化膀胱癌组织中有2例未检测到,二者差异有显著性(P< 0.01)。结论　E cadherin在膀胱癌组织中有一定程度的过甲基化,但与膀胱癌的临床分期和病理分级无显著相 关性,提示其可能参与了膀胱癌的发生;E cadherin基因CpG岛的过甲基化可能成为判断膀胱癌复发的指标之 一;E cadherin基因CpG岛的过甲基化可能是造成E cadherinmRNA不表达的原因之一。     

结直肠癌C-erbB-2基因启动子CpG岛甲基化状态及其与C-erbB-2蛋白表达的关系

目的了解结直肠癌组织C—erbB-2基因启动子区CpG岛甲基化状态、C-erbB-2蛋白表达水平及两者之间的关系。方法取经病理确诊的43例结直肠癌组织和相应癌旁组织，分别用甲基化特异性聚合酶链反应（MSP）和免疫组织化学法（IHC）检测C-erbB-2启动子区CpG岛的甲基化和C-erbB-2蛋白表达水平。结果癌组织和癌旁组织中C—erbB-2启动子区CpG岛甲基化率分别为44．2％和74．4％，差异具有统计学意义（P=0．004）。癌组织和癌旁组织中C—erbB-2蛋白过度表达率分别为67．4％和27．9％，差异具有统计学意义（P=0．000）。C—erbB-2蛋白表达水平与肿瘤分期相关。结直肠癌组织C—erbB-2启动子区CpG岛甲基化状态与C—erbB-2蛋白表达水平呈显著相关（r=0．331，P=0．03）。结论结直肠癌中C—erbB-2基因启动子区CpG岛的低甲基化可能在C—erbB-2蛋白过度表达中起一定作用，有望成为有用的肿瘤分子诊断标记和治疗靶点。     

膀胱癌组织中上皮细胞钙依粘连蛋白基因启动子区CpG岛甲基化状态的分析

目的探讨膀胱癌中肿瘤抑制基因上皮细胞钙依粘连蛋白(E-cadherin)启动子区CpG岛的甲基化状态及其与mRNA表达的关系.方法收集30例新鲜的膀胱癌组织及其癌周正常组织;采用甲基化特异聚合酶链反应(MSP)检测E-cadherin基因启动子区CpG岛的甲基化状态;采用逆转录PCR检测E-cadherin基因的mRNA表达.结果 E-cadherin基因在膀胱癌组织中的甲基化阳性率(43.3%)显著高于在癌周正常组织中的甲基化阳性率(6.7%,P＜0.01);在复发性膀胱癌中的甲基化阳性率(64.7%)显著高于在原发性膀胱癌中的甲基化阳性率(15.4%,P＜0.05);在不同分级、分期膀胱癌中的差异无显著性.13例异常甲基化的膀胱癌组织中有10例未检测到CDH1 mRNA的表达,而13例未甲基化膀胱癌组织中有2例未检测到,二者差异有显著性(P＜0.01).结论 E-cadherin在膀胱癌组织中有一定程度的过甲基化,但与膀胱癌的临床分期和病理分级无显著相关性,提示其可能参与了膀胱癌的发生;E-cadhenn基因CpG岛的过甲基化可能成为判断膀胱癌复发的指标之一;E-cadhenn基因CpG岛的过甲基化可能是造成E-cadherin mRNA不表达的原因之一.     

急性髓系白血病TFPI-2基因表达及启动子甲基化的研究

本研究检测了组织因子途径抑制物-2（tissue factor pathway inhibitor-2,TFPI-2）基因在急性髓系白血病（acute myeloid leukemia,AML）患者骨髓单个核细胞中的表达水平及其甲基化状态,探讨其与AML发生、发展及危险度分层的关系.分离33例初治、19例完全缓解、12例复发/难治AML患者及15例单纯缺铁性贫血患者（对照组）骨髓单个核细胞,采用实时定量PCR （RT-PCR）检测TFPI-2 mRNA在其中的表达水平,采用甲基化特异性PCR （MSP）检测启动子CpG岛甲基化状态.结果表明,初治组、完全缓解组及复发/难治组TFPI-2 mRNA表达水平均低于对照组（P＜0.05）,复发/难治组TFPI-2 mRNA表达水平明显低于初治组（P =0.006）,与完全缓解组相比,初治组TFPI-2 mRNA表达水平也显著降低（P=0.030）;64例AML患者TFPI-2基因启动子甲基化频率为64.63％ （42/64）,其中初治组、完全缓解组和复发/难治组患者中TFPI-2基因启动子甲基化频率分别为66.67％（22/33）、52.63％ （10/19）和83.33％ （10/12） （P＞ 0.05）;甲基化AML患者与非甲基化AML患者骨髓单个核细胞中TFPI-2 mRNA的相对表达量分别为0.165（0.005-2.099）和0.597（0.011-2.787） （P ＜0.05）,在对照组骨髓单个核细胞中未检测到TFPI-2基因启动子的甲基化;初治组经2个疗程化疗后,完全缓解组（CR）骨髓单个核细胞TFPI-2 mRNA表达量显著高于未完全缓解组（PR＋ NR） （P=0.031）.结论：在AML中TFPI-2基因表达下调或沉默与启动子甲基化有关,TFPI-2基因表达水平及启动子甲基化状态可以作为AML分层及病情进展的指标.     

DNA甲基化对TIG1基因在急性白血病中表达的影响

本研究探讨急性白血病细胞中抑癌基因T1G1的表达及其甲基化状态。应用实时荧光定量PCR（real—timeQuantitativePCR，RT—QT—PCR）的方法，检测53例急性白血病（acuteleukemia，AL）患者及20例正常对照者（nom—alcontrols，NC）的TIG1表达情况，并通过甲基化特异性PCR（methylation—sepecificPCR，MS—PCR）检测TIGl基因的甲基化状态。应用去甲基化试剂处理KG-1a、U937和I（562细胞株，观察其基因转录水平和甲基化状态之间的关系。结果表明，TIG1mRNA在NC中高表达，而在AL患者中低表达；AL患者中TIG1的异常甲基化率高达75％（40／53例），而在正常标本中不发生甲基化；在初治AL中，发生甲基化的患者TIGj的表达水平明显低于未甲基化的患者；Kg-1a、U937和K562细胞株TIG1基因启动子CpG岛均存在过甲基化，应用去甲基化试剂处理后，TIG1基因启动子CpG岛甲基化程度降低，T1G1的表达都得到了恢复，并且TIG1的表达随着5-Aza—CdR浓度增加而增高。结论：TIG1基因表达的减少与急性白血病的发病有关，而甲基化是导致TIG1基因转录沉默的重要机制之一。     

正常上皮细胞特异性-1基因在胃癌细胞株中的表达及甲基化调控

目的:研究正常上皮细胞特异性-1(NES1)基因表达及其CpG岛甲基化状况与胃癌的关系。方法:分别培养胃癌细胞MKN-28(高分化)、SGC-7901、AGS(均中分化)、MKN-45(低分化)、HGC-27(未分化)和原代正常胃上皮细胞。提取细胞RNA,经RT-PCR检测NES1在各细胞株中的表达。以不同浓度DNA去甲基化抑制剂5-aza-dc处理胃癌细胞,RT-PCR检测其NES1mRNA表达。提取细胞基因组DNA,甲基化修饰后MSP分析其CpG岛甲基化状态。结果:各肿瘤细胞株中NES1mRNA表达较胃正常上皮细胞有不同程度降低。甲基化检测显示NES1表达减少的胃癌细胞株均存在不同程度的NES1基因外显子3CpG岛甲基化。NES1表达降低的胃癌细胞株经5-aza-d处理后NES1表达上调。结论:NES1胃癌细胞株中低表达,表达下调与该基因外显子3周围CpG岛甲基化有关。5-aza-dc可使NES1表达降低的胃癌细胞株重新表达NES1mRNA。提示NES1基因CpG岛甲基化可能是NES1在胃癌细胞系中表达缺失的分子机制。     

急性髓系白血病中TRIM58基因表达与其启动子甲基化水平的关系

目的：分析急性髓系白血病（AML）中三基序蛋白58(tripartite-motif protein 58,TRIM58)基因启动子甲基化水平与其mRNA表达的关系,探讨TRIM58基因在AML中的表达调控。方法：分别用亚硫酸氢盐修饰后PCR、实时荧光定量PCR技术检测原代CD34+和CD34-AML细胞以及白血病细胞株KG1a、K562中TRIM58基因启动子甲基化状态和TRIM58mRNA表达情况。结果：AML患者CD34+细胞TRIM58基因mRNA表达下调10例,CD34-细胞TRIM58基因mRNA表达下调12例,TRIM58基因启动子甲基化水平与正常对照比较存在统计学差异（P<0.05）;KG1a及K562细胞株中TRIM58mRNA表达下调,经地西他滨处理后TRIM58mRNA表达上调。结论：AML细胞中TRIM58mRNA表达下调,可能与其启动子甲基化状态具有相关性。     

急性白血病LRP15基因启动子区甲基化及其表达分析

为了探讨LRP15基因在急性白血病（AL）患者中的表达情况及其与启动子区CpG岛甲基化的关系，采用甲基化特异PCR（MSP）方法检测AL患者LRP15基因启动子区甲基化状态，并用RT—PCR方法检测该基因在这些患者中的表达情况。结果发现，LRP15基因在缓解与非缓解状态白血病患者中的表达分别为47．6％和16．7％，其启动子区甲基化比例分别为38．1％和72．2％。LRP15基因的表达与其启动子区甲基化之间无相关（P=0．0087）。结论：AL患者LRP15基因启动子区的甲基化不完全是导致LRP15基因表达沉默的原因。     

胶质瘤患者RASSF1A基因转录表达和启动子区甲基化的研究

目的 探讨RASSF1A(RAS association domain family 1A)基因mRNA表达水平和基因启动子区CpG岛甲基化程度及其与启动子甲基化的关系。方法 用半定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测28份胶质瘤组织和4份正常脑组织中RASSF1A基因mRNA相对表达水平;用甲基化特异性PCR方法研究胶质瘤组织、正常脑组织和U251细胞株中,RASSF1A基因启动子区CpG岛甲基化状态。结果 RASSF1A mRNA在4份正常脑组织中全部表达;在脑胶质瘤中表达缺失率为21.4％(6/28),且表达量低于正常脑组织,但与患者年龄、性别、肿瘤大小、恶性程度间的差异无显著意义(P>0.05)。按病理学分类,胶质母细胞瘤与少突胶质肿瘤的差异有显著意义(P=0.011)。脑胶质瘤中RASSF1A基因启动子发生甲基化的频率为39.3％(11/28),正常脑组织和U251细胞株中,RASSF1A基因启动了未发生甲基化。11份启动子区甲基化的胶质瘤标本中,5份同时伴mRNA表达缺失(P=0.022)。结论 RASSF1A基因启动了在胶质瘤中发生异常甲基化。尽管RASSF1A mRNA在脑胶质瘤中表达缺失并不广泛,但其表达普遍下调。推测启动子区CpG岛甲基化可能是导致RASSF1A基因在胶质瘤中表达缺失或表达水平下调的一种机制。     

采用甲基化特异性聚合酶链反应研究急性白血病p15基因CpG岛甲基化

目的　探讨ｐ１５ 基因ＣｐＧ岛甲基化作为各型急性白血病通用的基因标志物的可行性。方法　采用甲基化特异性聚合酶链反应（ＭＳＰ）法检测４０ 例初治或复发急性白血病、５ 例完全缓解期白血病及８ 例（ 份） 正常骨髓的ｐ１５ 基因ＣｐＧ岛甲基化,并对ＭＳＰ产物进行序列测定。结果　急性白血病患者ｐ１５ 基因ＣｐＧ岛甲基化阳性率为８０％ ,ＡＭＬ与ＡＬＬ的阳性率（分别为８３％ 和７３％） 差异无显著性;５ 例完全缓解期白血病患者中１ 例ｐ１５ ＣｐＧ岛甲基化阳性（该例患者不久白血病复发）;正常骨髓８ 例均为阴性,表明ｐ１５ ＣｐＧ岛甲基化为白血病细胞所特有;ＭＳＰ产物测序结果与理论结果相符合,ＭＳＰ敏感度可达１０ －３。结论　ｐ１５ ＣｐＧ岛甲基化在各型急性白血病中均有很高的发生率,可以作为各型急性白血病通用的微量残留病（ＭＲＤ） 指标;白血病完全缓解期ｐ１５ ＣｐＧ 岛甲基化仍为阳性可能预示着复发;ＭＳＰ法ＤＮＡ需要量极少,不需要有特异性酶切位点,无同位素污染,对标本要求不高,敏感度高,是甲基化研究的一个简便、敏感、特异的新手段。     

采用甲基化特异性聚合酶链反应研究急性白血病p15基因CpG？…

目的 探讨ｐ１５基因ＣｐＧ岛甲基化作为各型急性白血病通用的基因标志物的可行性。方法 采用甲基化特异性聚合链反应（ＭＳＰ）法检测４０例初治或复发急性白血病、５例完全缓解白血病及８例（份）正常骨髓的ｐ１５基因ＣｐＧ岛甲基化,并对ＭＳＰ产物进行序列测定。结果 急性白血病患ｐ１５基因ＣｐＧ岛甲基化阳性率为８０％,ＡＭＬ与ＡＬＬ的阳性率（分别为８３％和７３％）差异无显性;５例完全缓解期白血病患中１例ｐ     

急性白血病死亡相关蛋白激酶基因表达及启动子区甲基化状态研究简

本研究通过对急性白血病病人及体外肿瘤细胞株的DNA甲基化及基因表达的实验,探讨死亡相关蛋白激酶（death-associated protein kinase,DAPK）基因在急性白血病中的表达情况及其启动子区域甲基化的状态,并分析两者之间的相关程度.应用RT-PCR检测DAPK基因在白血病细胞及正常骨髓细胞中的表达;用巢式甲基化特异性PCR（n-MSP）法检测急性白血病患者及细胞株DAPK基因启动子甲基化状况;从第二轮巢式MSP扩增出的随机产物中挑选2个随机引物,交予专业机构克隆后进行序列分析.结果表明：DAPK基因在10例正常对照者骨髓标本中均有表达,DAPKmRNA在急性白血病病人骨髓标本中表达平均值为0.61 ±0.40,低于正常对照者,差异有显著性（P＜0.05）,其中52.94％（9/17例）的急性淋巴细胞白血病病人骨髓标本DAPKmRNA表达降低或缺失,急性髓系白血病病人数据为41.18％ （42/102）;细胞株U-937显示基因表达正常,HL-60表达缺失;102例急性髓系白血病病人骨髓标本中33例存在DAPK启动子区甲基化,甲基化率为32.4％（33/102）;17例急性淋巴细胞白血病病人骨髓标本中8例存在DAPK启动子区甲基化,甲基化率为47％ （8/17）;7例正常人骨髓标本DAPK启动子区均为非甲基化;细胞株U-937 DAPK启动子区非甲基化,HL-60 DAPK启动子区甲基化.ALL组与AML组患者骨髓细胞DAPKmRNA表达与其启动子甲基化均呈显著负相关（ALL组r=-0.855,P＜0.05;AML组r=-0.343,P＜0.05）,提示两者有密切的关联.结论：急性白血病患者中DAPK基因启动区甲基化与其mRNA的异常表达或失表达有关.     

5' CpG island methylation analysis identifies the MAGE-A1 and MAGE-A3 genes as potential markers of HCC

OBJECTIVES: The change in DNA methylation patterns can be used to distinguish between normal and cancer cells. The aim of the present study was to examine the 5' CpG island methylation patterns of the cancer-testis antigen (CT antigen) gene family, MAGE-As, in hepatocellular carcinoma (HCC), and to develop the DNA demethylation pattern as a novel tumor biomarker. METHODS: We used bisulfite-sequencing PCR (BSP) to map the methylation status of the CpG site among the promoter of the MAGE-A gene family in several HCC cell lines including Hep G2, BEL7402, BEL7404, and BEL7407, and normal peripheral blood white blood cells (WBCs). According to differences of the methylation pattern between HCC cell lines and the control, methylation-special PCRs (MSP) have been developed. The developed MSPs were used to detect the paraffin-embedded slices that were pathologically diagnosed as HCC, hepatocirrhosis, hepatitis, and healthy. RESULTS: We found that several CpG sites among the MAGE-A1 and MAGE-A3 promoters have different methylation patterns in the HCC cell lines as compared to those in normal WBCs. Two sets of MSP primers were designed to distinguish the HCC genomic DNA and normal control cell genomic DNA as novel tumor biomarkers, and the biomarkers were validated on the archived paraffin sections of liver primary tissue. In the detection of 34 HCCs and 17 tumor-free liver tissues, the clinical sensitivity and specificity were 91.2% and 100%, respectively. CONCLUSION: Detection of aberrant methylation patterns of MAGEs CpG islands using MSP may be useful for diagnosis of HCC.     

急性髓系白血病SFRP4基因启动子区异常甲基化研究

目的研究急性髓系白血病中SFRP4基因启动子区的异常甲基化状态,探讨其与急性髓系白血病发生的关系。方法应用甲基化特异性PCR法对99例急性髓系白血病患者的骨髓或外周血进行SFRP4基因启动子区甲基化状况检测,并以70例门诊普通患者的外周血作为对照。结果 99例急性髓系白血病患者中有17例SFRP4基因的启动子区发生了甲基化,甲基化率为17.2%;而正常对照组中未检出SFRP4基因启动子区的甲基化。SFRP4基因在急性髓系白血病患者中的甲基化率极显著的高于正常对照(P<0.001)。SFRP4基因的甲基化状态与急性髓系白血病患者的年龄、性别及临床分型间均未出现显著相关性(P>0.05)。结论 SFRP4基因启动子区的异常甲基化与急性髓系白血病的发生有相关性,SFRP4基因的甲基化可能是引起急性髓系白血病的分子机制之一。     

儿童急性淋巴细胞白血病AKAP12启动子区域异常甲基化

目的探讨儿童急性淋巴细胞白血病（ALL）中A激酶锚定蛋白12（AKAP12）基因启动子区域CpG岛异常甲基化情况及其与临床病理参数之间的关系。方法用甲基化特异性聚合酶链反应（MSP）检测儿童ALL患者骨髓和对照骨髓以及淋巴细胞白血病细胞株6T—CEM中AKAP12基因启动子区域CpG岛甲基化状态，并采用亚硫酸盐测序法检测启动子区域发生甲基化的频率。采用荧光定量逆转录PCR（FQ—RT—PCR）检测6T—CEM中，经过甲基化酶抑制剂（5-Aza—CdR）处理后，AKAP12恢复表达的情况。结果32例ALL患者MSP结果显示AKAP12基因甲基化比率为62．5％（20／32），但与患者的临床病理学参数均无显著相关。经过5-Aza-CdR处理后，可使6T-CEM中AKAP12恢复表达，且表达强度与剂量成正比。结论AKAP12基因启动子的异常甲基化与ALL的发生有密切的联系，AKAP12基因启动子甲基化有望成为一个诊断ALL的分子标志物。     

多发性骨髓瘤患者骨髓单个核细胞与U266细胞中ICSBP/IRF8基因表达沉默的初步研究

本研究旨在探讨多发性骨髓瘤(MM)细胞株U266和MM患者骨髓单个核细胞(MM-BMMNC)中干扰素调节因子8(ICSBP/IRF8)的表达,及DNA甲基化与ICSBP/IRF8表达沉默的关系。选取U266细胞株及10例MM患者MM-BMMNC,同时提取10例正常人骨髓单个核细胞(N-BMMNC)为对照。用荧光定量PCR测定ICSBP/IRF8的表达(利用2-ΔΔCT进行计算);利用甲基化特异性PCR检测ICSBP/IRF8启动子序列甲基化程度(以目的基因ICSBP/IRF8与内参照β-actin表达量的比值作为结果)。结果发现,与N-BMMNC相比,ICSBP/IRF8在U266细胞和MM-BMMNC中表达低下,且ICSBP/IRF8启动序列CpG岛甲基化程度明显增高,差异均具有统计学意义(P<0.05)。结论:MM-BMMNC和U226细胞中ICSBP/IRF8基因表达沉默,ICSBP/IRF8启动序列CpG岛甲基化程度较正常显著增高,说明DNA甲基化可能造成了ICSBP/IRF8表达沉默。结果初步提示ICSBP/IRF8与MM的发生和发展机制可能有密切联系。     

Quantitative high-resolution CpG island mapping with Pyrosequencing reveals disease-specific methylation patterns of the CDKN2B gene in myelodysplastic syndrome and myeloid leukemia

BACKGROUND: Gene silencing through aberrant CpG island methylation is the most extensively analyzed epigenetic event in human tumorigenesis and has huge diagnostic and prognostic potential. Methylation patterns are often very heterogeneous, however, presenting a serious challenge for the development of methylation assays for diagnostic purposes. METHODS: We used Pyrosequencing technology to determine the methylation status of 68 CpG sites in the CpG island of the CDKN2B gene [cyclin-dependent kinase inhibitor 2B (p15, inhibits CDK4)], frequently hypermethylated in myeloid malignancies, in a series of bone marrow samples from patients with myelodysplasia and myeloid leukemia (n = 82) and from 32 controls. A total of 7762 individual methylation sites were quantitatively evaluated. Precision and reproducibility of the quantification was evaluated with several overlapping primers. RESULTS: The use of optimized sequencing primers and the new Pyro Q-CpG software enabled precise and reproducible quantification with a single sequencing primer of up to 15 CpG sites distributed over approximately 100 bp. Extensive statistical analyses of the whole CpG island revealed for the first time disease-specific methylation patterns of the CDKN2B gene in myeloid malignancies and small regions of differential methylation with high discriminatory power that enabled differentiation of even low-grade myelodysplastic syndrome samples from the controls, a result that was confirmed in an independent group of 9 control and 36 patient samples. CONCLUSION: The precise quantitative methylation mapping of whole CpG islands is now possible with Pyrosequencing software in combination with optimized sequencing primers. This method reveals disease-specific methylation patterns and enables the development of specific diagnostic assays.