普通PCR与TD-PCR在临床医学科研中应用价值的比较

目的 比较普通聚合酶链反应(PCR)与降落聚合酶链反应(Touchdown PCR,TD-PCR)在临床医学科研中的价值.方法 以人类外周血基因组DNA为模板,设计VHL基因3个外显子的3对引物,根据普通PCR及TD-PCR原理设计包括3个外显子片段在内的PCR程序,通过试验选择PCR最佳反应条件,在同一程序中分别对3个片段进行扩增,琼脂糖凝胶电泳检测扩增产物,纯化后PCR产物测序分析两种试验方法 的差别.结果 电泳检测及纯化后DNA产物测序分析均显示TD-PCR扩增产物条带特异性、效率较普通PCR扩增产物高.结论 成功建立了TD-PCR方法 ,TD-PCR方法 较普通PCR更为高效实用,为临床基因突变筛查研究提供了快速可靠的手段.     

PCR基因诊断技术

PCR技术(Polymeruse Chain Reaction,PCR)又称体外基因(或DNA)扩增技术,是一种检测特异性DNA靶片段的新方法。在临床检验方法学中,是继细胞形态学、生物化学和免疫学后的第四代临床     

聚合酶链反应检测嗜肺军团菌的实验研究

 目的探讨并建立聚合酶链反应(PCR)用于检测嗜肺军团菌的方法.方法用PCR方法扩增嗜肺军团菌巨噬细胞感染增强子基因(mip)片段,琼脂糖凝胶电泳检测扩增产物;分析其特异性和敏感性.结果在嗜肺军团菌14个血清型参考株均扩增出特异的340bp片段,而三株非嗜肺军团菌及其他需鉴别诊断的常见病原菌均未扩增出此特异条带.检测灵敏度为2.6 pg/ul基因组DNA.结论依据mip基因建立的嗜肺军团菌PCR检测方法具有高度的敏感性和特异性,是诊断与鉴别诊断嗜肺军团菌感染的一种有效手段.     

飞行员线粒体DNA调控区基因多态性分析（摘要）

目的探讨线粒体DNA调控区基因多态性与飞行员飞行耐力的关系。方法利用聚合酶链反应和限制性片段长度多态性（PCR—RFLP）分析86例飞行员和80例普通人群线粒体调控区基因多态性。结果飞行员线粒体DNA调控区RFLP分布与普通人群有显著差异。     

一种国产基因芯片用于乙型肝炎病毒P基因突变的检测

目的：验证国产基因芯片检测HBV—P基因突变的准确性和敏感性。方法：选择14例服用拉米夫定48周时HBV—DNA定量检测仍阳性的慢性乙型肝炎病人的血清标本，用HBV基因突变检测基因芯片检测患者血清中HBV—DNA聚合酶基因，观察发生YMDD变异的情况。同时用聚合酶链反应(PCR）技术扩增上述血清标本中编码HBV—DNA聚合酶的P基因片段并直接测序，以对比检查P基因发生YMDD变异的情况。结果：14例患者血清标本用基因芯片均检出HBV—DNA，9例为野生株，5例发生YMDD变异，其中3例为M552I(YIDD)变异，2例为M552V(YVDD)变异，同时均伴有L528M变异。与用PCR扩增产物直接测序的结果完全相同。结论：国产HBV基因突变检测芯片具有特异性强、灵敏性高、快速、简便等优点，可以替代繁琐的DNA序列测定和分析，可作为临床监测HBV—DNA变异的常规方法。     

1.1倍长乙型肝炎病毒基因组在Huh7细胞中的高效复制和表达

目的构建乙型肝炎病毒(HBV)1.1倍基因组长度的重组载体,研究其在人肝癌细胞系Huh7中的复制与表达。方法以慢性乙型肝炎患者C基因型HBV DNA为模板,用聚合酶链反应(PCR)扩增出HBV基因组的两条DNA片段,酶切后与载体连接成含HBV1.1倍基因组长度的重组载体。经PCR、酶切及测序鉴定后,将重组载体经FuGENEHD转染入Huh7细胞,用ELISA检测转染细胞培养上清液的HBsAg和HBeAg表达,用荧光定量PCR和Southern杂交检测HBV DNA的复制水平及复制中间体。结果经鉴定证实成功构建1.1倍基因组长度C基因型HBV重组载体,体外转染Huh7细胞48h后,培养上清液中检出HBsAg和HBeAg表达;转染72h后,荧光定量PCR检出较高的HBV DNA复制水平(107～109拷贝/ml);Southern杂交检出病毒复制中间体。结论构建的1.1倍长重组载体可以介导高水平的HBV病毒复制和基因表达,为进一步体外瞬时转染HBV表型耐药分析奠定基础。     

PCR结合地高辛标记探针杂交检验乙型肝炎病毒C基因启动子

应用聚合酶链式反应结合地高辛标记探针杂交方法检测乙型肝炎病毒C基因启动(HBV,CP)。对聚合酶链反应(PCR)法扩增的HBV DNA直接测序进行DNA同源性分析。并运用探针杂交对结果进行进一步鉴定;应用PCR法扩增20份患者血清,阳性率达95％(19/20),同时运用探针杂交进行进一步检验,与PCR结果符合率达90％以上,并选择中度、重度乙肝患者血清和pGEM,7Z—HBV质粒扩增的HBV.CP各一份分别进行测序,与报告基因的同源性分别为72％、66.5％、90％。建立了特异敏感的检测乙型肝炎病毒C基因启动子(HBV.CP)的PCR方法,可用于HBV基因变异规律的研究。同时初步的研究结果表明,肝炎病人的HBV.CP区存在较多的变异,可能与病情轻重有一定的相关性。     

应用PCR技术检测HBsAg携带者血清中HBV DNA

应用聚合酶链反应(PCR)技术扩增38例HBsAg携带者和58例正常人血清中的HBV DNA特异性片段,通过与HBsAg滴度及HBV血清标志物进行对比分析,发现HBVDNA阳性率与HBsAg滴度呈正相关(r=0.981,P<0.005)与HBeAg减低、抗-HBe产生以及其后的e系统消失过程呈相应递减趋势.并且在单项抗-HBs阳性的血清中,HBV DNA检出率可达10%.     

噬菌体展示技术筛选诱导型NOS基因启动子DNA结合蛋白的研究

目的筛选诱导型一氧化氮合酶(iNOS)基因启动子DNA结合蛋白。探索iNOS基因的表达调控机制。方法应用生物信息学方法确定iNOS基因启动子序列，以PCR扩增iNOS基因启动子DNA片段，构建真核报告载体pcAT3-iNOSp，并转染HepG2细胞系，用ELISA法检测氯霉素乙酰转移酶(CAT)的表达活性以明确所得到的DNA片段具有启动子活性；以iNOS基因启动子片段作为固相筛选分子，对噬菌体人肝细胞cDNA文库进行4轮“吸附一洗脱一扩增”富集过程，噬斑裂解液PCR扩增后，进行【)NA序列分析和蛋白质同源性生物信息学搜索。结果pCAT3-iNOSp瞬时转染的HepG2细胞的CAT表达活性是pCAT3-Basic空载体的4．2倍，说明所得到的DNA片段具有启动子活性；噬菌体经富集后，筛选出12个阳性克隆，成功获得了iNOS基因启动子的DNA结合蛋白编码序列。结论所构建的iNOS基因启动子具有顺式激活下游基因表达的作用；筛选得到的iNOS启动子DNA结合蛋白对于研究iNOS基因的转录调节机制具有重要意义。     

电离辐射致线粒体DNA 4977 bp缺失质粒构建及其鉴定

目的 建立电离辐射诱导的人线粒体DNA（mtDNA）4977bp缺失片段和对照DNA片段的稳定质粒，用于线粒体基因组相关研究。方法 对无mtDNA 4977 bp缺失的正常人外周血进行离体照射10Gy^60Coγ射线，提取细胞总DNA，用巢式PCR扩增mtDNA 4977 bp缺失片段，普通PCR扩增对照ND1基因片段。PCR产物经纯化后构建质粒；提取质粒DNA，DNA样品经酶切、纯化后测序，将测序结果进行BLAST分析。结果 PCR扩增的跨mtDNA 4977 bp缺失的DNA片段和ND1基因片段大小与预期值是吻合的。对制备的质粒DNA样品进行测序，结果 经BLAST分析，两种质粒DNA与人线粒体序列同源性在99％以上。结论 本研究中所构建的质粒是成功的，可以用于人mtDNA 4977 bp缺失的定性或定量研究。     

马疱疹病毒1型ORF30基因原核表达载体的构建

马疱疹病毒1型(Equid herpesvirus 1,EHV-1)是引起孕马流产的主要病原体之一,也与死胎、新生幼驹死亡、青年马鼻肺炎以及一种名为马疱疹病毒性脑脊髓病(Equine herpesvirus myeloencephalopathy,EHM)的神经系统疾病有关。近些年来,EHM出现的频率越来越高,对养马业和赛马业的危害很大。最新研究结果显示,神经致病性毒株与编码病毒DNA聚合酶催化亚基的ORF30基因单核苷酸点突变有着很高的相关性。为了获得马疱疹病毒1型DNA聚合酶,并制备DNA聚合酶的多克隆抗体,本研究以EHV-1-XJ2015毒株基因组DNA为模板,扩增ORF30基因编码区,并连接于pMD19-T载体上,用BamHI和HindIII双酶切后,将酶切产物插入表达pET-28a(+)中,转化入大肠杆菌DH5感受态细胞,构建ORF30基因的原核表达载体pET-28a(+)-ORF30。通过酶切、PCR扩增和测序等方法对阳性重组质粒进行了鉴定。结果表明,构建的重组质粒pET-28a(+)-ORF30经BamhⅠ和HindⅢ双酶切后,经1%琼脂糖凝胶电泳,电泳结果与预期相符,表明目的片段成功插入载体pET28a(+)中。通过采用特异性引物对重组质粒pET28a(+)-ORF30进行PCR鉴定,产物经1%琼脂糖凝胶电泳观察,得到一条大小约1074bp的清晰条带,与目的基因大小相符,表明重组质粒pET28a(+)-ORF30构建成功。本研究为进一步探讨马疱疹病毒1型ORF30基因遗传变异对DNA聚合酶功能的影响奠定了基础。     

多聚酶链式反应在血液病诊断与监测中的应用

多聚酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)技术由美国Cetus公司Mullis等于1985年建立.它是一种在体外将特异性DNA序列进行高效扩增的方法.不仅被广泛用于遗传性疾病及其产前诊断、感染性疾病病原的检测,而且用于各种类型肿瘤基因的研究.PCR作为一个“无细胞基因扩增系统”,其基础理论及应用研究主要用于从基因组DNA中产生大量特异DNA片段用于序列分析或分子克隆.从已知两端序列的双链DNA中产生特异性片段作为分子探针.通过选择性扩增cDNA的特殊片段进行cDNA克隆、产生尚未克隆基因的     

应用PCR-SSP方法快速检测基因HLA-B＊ 1502

目的通过序列特异性引物-聚合酶链反应（PCR-SSP）方法检测等位基因HLA-B＊1502,并对检测结果进行讨论。方法根据HLA核苷酸碱基序列的多态性和已知的DNA序列,设计一系列等位基因型特异性引物,通过特定PCR反应体系扩增各等位基因型特异性DNA片段,产生相对应的特异性扩增产物条带,并用琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物。结果运用4对等位基因型特异性引物,用PCR仪扩增出2份样本等位基因型HLA-B＊1502,并与阴性和空白样本平行对照。结论应用PCR-SSP方法检测基因HLA-B＊1502,快速、简便、安全、有效。     

鼠NF～IL～6反义真核表达载体的构建和鉴定

目的构建包含鼠细胞转录因子白介素6(NF～IL6)反义基因的部分功能区的重组反义真核表达载体pcDNA3.0/NF～IL6,为进一步研究鼠巨噬细胞中NF～IL6的功能奠定基础。方法 Trizol试剂法提取体外分离培养的鼠巨噬细胞总RNA,经逆转录聚合酶链式反应(RT～PCR)扩增NF～IL6基因目的片段,PCR产物及真核表达载体pcD-NA3.0分别双酶切并进行连接,转化入大肠杆菌Ecoli Dh5α扩增后获得重组载体。结果 RT～PCR获得预期大小的特异性NF～IL6 DNA片段,经PCR、双酶切及测序分析证实已将鼠NF～IL6 cDNA片段正确的反向插入真核表达载体中。结论成功获得反义pcDNA3.0/NF～IL6重组质粒。     

人源性热休克蛋白70在大肠杆菌中的表达及鉴定

为在大肠杆菌中表达人源性热休克蛋白70（HSP70）的基因，以质粒为模板，采用PCR方法进行扩增，将PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳，回收大小约1.96kb的片段；回收片段经T－A克隆法克隆到pUCm-T载体上，并进行DNA测序；将目的基因片段从pUCm-T载体上酶切后，亚克隆到表达载体pET-21a( )上，将重组质粒pET-21a( )/HSP转化大肠杆菌，经IPTG诱导后，收集细菌，菌体裂解后进行SDS－PAGE及Western blot检测。结果表明，应用PCR方法扩增出约1.96kb的目的片段，序列测定结果证实，扩增的HSP70基因序列与GeneBank中HSP70 cDNA序列一致；经EcoR I Xho I酶切及PCR鉴定证实，HSP70基因成功地克隆到原核表达载体pET-21a( )上，转入重组质粒的大肠杆菌经IPTG诱导后，进行SDS－PAGE，发现在分子量为72000处有表达量明显增多的蛋白条带，Western blot证实其为目的的条带。表明在大肠杆菌中已成功地表达了HSP70基因。     

应用噬菌体展示技术筛选乙型肝炎病毒表面抗原基因启动子Ⅱ结合蛋白

目的 通过筛选乙型肝炎病毒(HBV)表面抗原基因启动子Ⅱ(SPⅡ)结合蛋白,为HBV复制机制的研究探索新的途径。方法 应用噬菌体展示技术,以HBV的表面抗原基因启动子Ⅱ的聚合酶链反应(PCR)产物DNA作为固相筛选分子,对噬菌体人肝细胞cDNA文库进行5轮“吸附-洗脱-扩增”筛选过程,经噬斑的PCR扩增后,构建克隆载体,最后对所筛选克隆进行DNA序列测定和同源性分析。结果 噬菌体经富集后,从随机筛选的20个克隆中得到4个阳性克隆,成功构建了克隆载体。序列测定后经过同源性分析,确定了和HBV SPⅡ结合的肝细胞蛋白——尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶4(NADHDH4)。结论 用噬菌体人肝cDNA文库筛选得到了HBV SPⅡ的结合蛋白,分析了该蛋白的编码基因,为进一步研究HBV的复制、转录、调节机制开辟了新的徐径。     

胃癌MG7-Ag模拟表位与HSP70融合基因疫苗的构建及其诱导小鼠免疫反应的研究

目的　以热休克蛋白 70 (HSP70 )为载体 ,构建胃癌MG7 Ag模拟表位与HSP70融合基因的DNA疫苗 ,并观察该疫苗诱导C5 7BL/ 6小鼠产生MG7 Ag特异性免疫反应的作用。方法　将胃癌MG7 Ag模拟表位 (九肽 )的编码序列设计在HSP70下游引物的 5′末端 ,通过PCR方法获得HSP70与模拟表位的融合基因片段。将PCR产物克隆入真核表达载体pcDNA3.1(+) ,构建融合基因疫苗。将该融合基因疫苗接种C5 7BL/ 6小鼠股四头肌 ,每隔 3周加强免疫一次 ,共接种 3次。分别在每次接种后 3周收集免疫血清 ,用细胞ELISA法检测小鼠血清中抗MG7 Ag抗体的水平。末次免疫后 3周 ,收集脾细胞 ,用51Cr释放法检测MG7 Ag特异性CTL的杀伤活性。结果　PCR扩增得到大小约 2 .0kb的片段 ,与预期大小一致。将该片段克隆入pcDNA3.1(+) ,DNA序列测定证实MG7 Ag模拟表位的编码序列已成功融合于HSP70cDNA的 3′末端。基因疫苗免疫后 ,融合基因免疫组小鼠于第 9周出现抗MG7 Ag抗体 ,而对照组小鼠无MG7 Ag抗体产生 (P <0 0 5 )。51Cr释放实验结果表明 ,融合基因免疫组小鼠脾细胞对靶细胞的杀伤率与对照组相比无显著差异 (P >0 0 5 )。结论　MG7 Ag模拟表位与HSP70融合基因疫苗构建成功 ;该融合基因疫苗能够诱导MG7 Ag特异性的体液免疫反应     

肝细胞内人类次要组织相容性抗原-HA8蛋白反式激活基因的筛选

目的应用抑制性消减杂交(SSH)技术及生物信息学技术筛选肝细胞内人类次要组织相容性抗原-HA8(HLA-HA8)的反式激活基因。方法以HLA-HA8基因表达质粒pcDNA3.1(-)-HLA-HA8和空载体pcDNA3.1(-)转染HepG2细胞,提取mRNA并反转录合成双链cDNA(dscDNA),分别标记为Tester和Driver;经RsaI酶切后,将Tester cDNA分成两组,分别与两种不同的接头adapter 1和adapter 2衔接,再与Driver cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性聚合酶链反应,将产物与pGEM-T easy载体连接,构建cDNA消减文库,并转染大肠埃希菌进行文库扩增,随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析。结果成功构建HLA-HA8反式激活基因差异表达cDNA消减文库。扩增后得到101个阳性克隆,菌落PCR分析均得到200~1000bp的插入片段。随机挑选其中28个阳性片段测序,同源分析结果显示,共获得16种编码基因,其中4个功能未知。结论 HLA-HA8基因反式调节基因与细胞结构和生长、物质及能量代谢、物质转运和信号转导密切相关,为HLA-HA8的功能以及HBV感染慢性化机制研究提供了新的思路。     

应用抑制性消减杂交技术筛选HBeAg结合蛋白1反式激活基因

目的筛选与克隆HBeAg结合蛋白1(HBEBP1)新基因的反式激活基因,了解其可能存在的调节功能线索。方法应用抑制性消减杂交(SSH)技术及生物信息学(bioinformatics)技术筛选并克隆HBEBP1反式激活的新型靶基因。以HBEBP1表达质粒pcDNA3．1(-)-HBEBP1转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3．1(-)为平行对照,制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA并逆转录为cDNA,经RsaⅠ酶切后,将实验组cDNA分成两组,分别与2种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行2次消减杂交及2次抑制性聚合酶链反应(PCR),将产物与T／A载体连接,构建cDNA消减库,并转染大肠杆菌进行库扩增,随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析。结果成功构建人HBEBP1反式激活基因差异表达的cDNA消减库。库扩增后得到85个阳性克隆,进行菌落PCR分析,均得到200～1000bp插入片段。对26个插入片段测序,并通过生物信息学分析获得其全长基因序列,结果共获得15种编码基因,包括14种已知基因和1种未知基因。结论筛选到的cDNA全长序列,包括一些与细胞生长调节、信号转导、肿瘤免疫发生及细胞凋亡密切相关的蛋白编码基因,推测了HBEBP1可能存在的调控机制的线索。     

HBVX蛋白和DNAP在肝癌组织中的表达

乙型肝炎病毒(HBV)感染与肝细胞癌(HCC)发生关系密切,但其确切机理尚不清楚,近年来 HBV 致癌研究重点在有关 X 基因及其编码的 X 蛋白(HBVX)和 P 基因编码 DNA 聚合酶(DNA Polymerase,DNAP)上,并发现 X 基因和 P 基因的翻译产物是HBV 致癌过程中的重要因素。因此本文应用HBVX 和 DNAP 多克隆抗体对60例 HCC,