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相似文献
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1.
目的:对大鼠GLUT3基因第一外显子5′侧翼转录调控区的碱基序列进行生物信息学分析,为后续的GLUT3基因的转录调控研究奠定基础。方法:通过搜索网络数据库,得到GLUT3基因现有的转录本序列以及翻译起始点上游6kb的序列。运用CpG island searcher,methprimer等软件对上述序列进行分析,预测出该段序列潜在的CpG岛,运用FirstEF、NNPP等软件分析可能的启动子区域以及运用Matlspector、TFSEARCH和TFBIND等软件分析潜在的转录因子结合位点。结果:GLUT3基因的启动子可能位于翻译起始点上游-795~-226bp(以翻译起始点ATG为+1),第一外显子位于-285~+15bp,在这段序列上存在包括SP1、CREBP、P300、AML1、NF1等约110多种转录因子的潜在结合位点。结论:对大鼠GLUT3基因第一外显子5′侧翼转录调控区序列进行了初步的生物信息学分析,为后续试验提供了研究基础。  相似文献   

2.
周雯  王青松 《海南医学院学报》2010,16(11):1392-1395
目的:拟对claudin-10基因转录起始位点和启动子区域进行预测,并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法:利用BLAST比对分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件Neural Network Promoter Prediction、PROMOTER SCAN和PROMOTER 2.0分析claudin-10基因5′调控区序列中启动子;利用在线分析软件EMBOSS和CpG Island Searcher分析claudin-10基因5′调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH分析claudin-10基因5′调控区序列中潜在的转录因子结合位点。结果:claudin-10基因5′调控区序列中存在1个CAAT-box和3个GC-box,没有TATA-box;claudin-10基因可能存在4个启动子位点;CpG岛为444bp区间(1 700~2 143bp)或834bp区间(1 367~2 200bp);评分在85分以上时,该区域具有159个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上时,该区域具有48个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上时,该区域具有9个潜在的转录因子结合位点。结论:通过生物信息学的方法对于claudin-10基因转录起始位点、启动子区域和潜在的转录因子结合位点进行预测,对于科研具有十分重要的指导意义,但最终的结论还需要实验来证实。  相似文献   

3.
目的:研究突触分化诱导基因SynDIG1转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法:利用BLAST比对获得SynDIG1基因5′调控区序列;利用模序识别分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件Neural Network Promoter Prediction和PROMOTER 2.0分析SynDIG1基因5′调控区序列中启动子;利用在线分析软件CpG Island Searcher分析SynDIG1基因5′调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH分析SynDIG1基因5′调控区序列中潜在的转录因子结合位点。结果:SynDIG1基因5′调控区序列中存在1个CAAT-box,没有GC-box和TATA-box;SynDIG1基因可能存在5个启动子位点;CpG岛为516bp区间(1 686~2 201bp);结果显示评分在85分以上(Score Threshold:85.0)时,该区域具有406个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上(Score Threshold:90.0)时,该区域具有168个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上(Score Threshold:95.0)时,该区域具有72个潜在的转录因子结合位点;评分在99分以上(ScoreThreshold:99.0)时,该区域具有28个潜在的转录因子结合位点。结论:通过生物信息学的方法对于SynDIG1基因转录起始位点、启动子区域和潜在的转录因子结合位点进行预测,对于科研具有十分重要的指导意义。  相似文献   

4.
目的 研究紧密连接蛋白claudin-8基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析.方法 利用BLAST比对获得claudin-8基因5′调控区序列;利用模序识别分析TATA-box、GC-box 和CAAT-box ;利用在线分析软件Neural Network Promoter Prediction和PROMOTER 2.0 分析claudin-8基因5′调控区序列中启动子;利用在线分析软件EMBOSS 和CpG Island Searcher 分析claudin-8基因5′调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH 分析claudin-8基因5′调控区序列中潜在的转录因子结合位点.结果 claudin-8 基因5′调控区序列中存在2个CAAT-box,无TATA -box和GC-box;claudin-8基因可能存在6个启动子位点;CpG岛为148 bp(379 bp-526 bp)、64 bp(1662 bp-1725 bp)、319 bp(296 bp-614 bp).结果 显示评分在85分以上(Score Threshold:85.0)时,该区域具有498个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上(Score Threshold:90.0)时,该区域具有221个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上(Score Threshold:95.0)时,该区域具有98个潜在的转录因子结合位点;评分在100分(Score Threshold:99.0)时,该区域具有37个潜在的转录因子结合位点.结论 通过生物信息学的方法 对于claudin-8基因转录起始位点、启动子区域和潜在的转录因子结合位点进行预测,对于科研具有十分重要的指导意义.  相似文献   

5.
目的克隆小鼠Reelin基因启动子区并分析其潜在DNA甲基化位点和转录因子结合位点。方法根据NCBI上小鼠Reelin 5’非翻译区序列设计引物,利用高保真PCR方法克隆昆明小鼠Reelin启动子区序列,并进行TA克隆,测序鉴定。利用亚硫酸氢钠处理基因组DNA,通过PCR技术和测序技术对Reelin启动子-636 bp至-135bp序列甲基化情况分析。应用Methyl Primer Express software V1.0和TFSEARCH软件分析该区域甲基化位点和转录因子结合位点。结果成功克隆了小鼠Reelin基因启动子区0至-450片段。甲基化测序分析小鼠Reelin启动子区-636 bp至-135 bp序列没有CpG二核苷酸被甲基化。小鼠Reelin翻译起始点0至-450片段利用CpG岛序列分析软件分析显示,该区域C+G含量高达78.71%,CpG含量为14.44%。该区域有120多个潜在转录因子结合位点。结论在小鼠Reelin基因启动子区0~-450发现有一个CpG岛和多个转录因子结合位点,该区域可能在小鼠Reelin基因表达调控起重要作用。  相似文献   

6.
目的:研究紧密连接蛋白Claudin-15基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法:利用BLAST比对获得Claudin-15基因5′调控区序列;利用模序识别分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件Neural Network Promoter Prediction和PROMOTER 2.0分析Claudin-15基因5′调控区序列中启动子;利用在线分析软件EMBOSS和CpG Island Searcher分析Claudin-15基因5′调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH分析Claudin-15基因5′调控区序列中潜在的转录因子结合位点。结果:Claudin-15基因5′调控区序列中存在1个CAAT-box和1个GC-box,没有TATA-box;Caudin-15基因可能存在4个启动子位点;CpG岛为70bp区间(51~120bp)、77bp区间(312~388bp)、72bp区间(2 029~2 100bp)、204bp区间(1 745~1 948bp);结果显示评分在85分以上(Score Threshold:85.0)时,该区域具有470个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上(Score Threshold:90.0)时,该区域具有162个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上(Score Threshold:95.0)时,该区域具有59个潜在的转录因子结合位点;评分在100分(ScoreThreshold:99.0)时,该区域具有14个潜在的转录因子结合位点。结论:通过生物信息学的方法对于Claudin-15基因转录起始位点、启动子区域和潜在的转录因子结合位点进行预测,对于科研具有十分重要的指导意义。  相似文献   

7.
目的:研究紧密连接蛋白对claudin-10基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法:利用BLAST比对分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件Neural NetworkPromoter Prediction、PROMOTERSCAN和PROMOTER2.0分析claudin-10基因5′调控区序列中启动子;利用在线分析软件EMBOSS和CpGIsland Searcher分析claudin-10基因5′调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH分析claudin-10基因5′调控区序列中潜在的转录因子结合位点。结果:claudin-10基因5′调控区序列中存在1个CAAT-box和3个GC-box,没有TATA-box;claudin-10基因可能存在4个启动子位点;CpG岛为444bp区间(1700bp-2143bp)或834bp区间(1367bp-2200bp);评分在85分以上时,该区域具有159个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上时,该区域具有48个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上时,该区域具有9个潜在的转录因子结合位点。结论:通过生物信息学的方法对于claudin-10基因转录起始位点、启动子区域和潜在的转录因子结合位点进行预测,对于科研具有十分重要的指导意义,但最终的结论还需要实验来证实。  相似文献   

8.
王凡  徐世明  古同男  王宏娟 《重庆医学》2021,50(9):1581-1585
目的 分析人血红素加氧酶-1(hHO-1)基因启动子区序列特点,转录因子结合位点种类及CpG岛位置.方法 利用美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库获取hHO-1基因序列和启动子序列,SoftBer-ry分析hHO-1基因核心启动子位置,PROMO和Gene Regulation分析转录因子结合位点种类,MethPrimer 2.0和CpGFinder预测CpG岛位置.结果 hHO-1基因位于22q12.3,全长13112 bp.转录起始点上游约1995 bp范围内为启动子区域,hHO-1启动子区含79种转录因子结合位点和1个CpG岛.结论 hHO-1基因启动子能预测出多种转录因子结合位点,可为更深入地研究hHO-1基因的调控机制及其在抗逆方面的潜在作用提供理论基础.  相似文献   

9.
目的 PP1分子是一种与学习记忆相关的分子,目前对其表达调控尚未有系统的研究。为了研究小鼠PP1基因启动子区甲基化潜在的位点和转录因子结合位点而克隆小鼠PP1启动子区。方法本实验利用NCBI上小鼠PP15’非翻译区序列设计引物,使用高保真Taq酶,利用PCR方法扩增昆明小鼠PP1启动子0至-320序列,并进行TA克隆,测序鉴定。利用亚硫酸氢钠处理基因组DNA,通过PCR技术和测序技术对PP1启动子0至-320序列甲基化情况分析。然后再应用Methyl Primer Express software V1.0和TFSEARCH软件分析该区域甲基化位点和转录因子结合位点。利用CpG岛序列分析软件分析。结果成功克隆得到PP1基因启动区0到-320 bp片段。甲基化测序分析该片段只有一个CpG位点被甲基化。软件分析表明小鼠PP1翻译起始点到-320 bp区域C+G含量高达70.25%,CpG含量为11.75%,含有70个潜在的转录因子结合位点。结论在小鼠PP1基因启动子区0~-320发现有一个CpG岛和多个转录因子结合位点,该区域可能在小鼠PP1基因表达调控起重要作用。  相似文献   

10.
目的研究紧密连接蛋白claudin-14基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法利用局部序列比对基本检索工具(BLAST)比对获得claudin-14基因5'调控区序列;利用模序识别分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件Neural Network Promoter Prediction和PROMOTER 2.0分析claudin-14基因5'调控区序列中启动子;利用在线分析软件EMBOSS和CpG Island Searcher分析claudin-14基因5'调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH分析claudin-14基因5'调控区序列中潜在的转录因子结合位点。结果 Claudin-14基因5'调控区序列中存在1个CAAT-box、1个TATA-box和1个GC-box;claudin-14基因可能存在5个启动子位点;CpG岛位于62 bp区间(229~290 bp)、99 bp区间(417~515 bp)、76 bp区间(523~598 bp)、89 bp区间(836~924 bp)、69 bp区间(1 216~1 284 bp)和194 bp区间(1 235~1 428 bp)。评分在85分以上时,该区域有432个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上时,该区域有156个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上时,该区域有66个潜在的转录因子结合位点;评分在100分时,该区域有24个潜在的转录因子结合位点。结论 Claudin-14基因可能存在不同的转录起始位点;claudin-14基因的转录受DNA甲基化和多种转录因子的调控。  相似文献   

11.
目的:分析Visfatin基因可能的转录启动子区段及转录因子结合位点.方法:检索网上数据库资料,获得Visfatin的转录本信息;运用CpG/CpGReport/Isochore和FirstEF对Visfatin基因进行CpG岛分析和第一外显子预测;利用PromoterScan等程序对Visfatin的启动子进行预测.再用Matlspector、TFSEARCH和Match预测潜在的调控元件及转录因子结合位点.结果:目前已知的Visfatin转录本中,5'UTR区最长的序列为NM_005746;Visfatin基因属于典型的CpG岛相关基因,在NM_005746的5'上游229bp到798bp内很可能存在启动子,在该区域内发现了一些重要的顺式作用元件.结论:NM_005746的5'上游229bp到798bp内存在一些重要的顺式作用元件,通过实验确认这些转录因子结合位点有重要意义.  相似文献   

12.
目的生物信息学分析与鉴定人类膀胱癌特异性表达的UCA1 基因转录调控作用原理。方法运用CpG岛预测软件
EMBOSS CpGplot、CpG Island Searcher、Methprimer、CpG finder对UCA1基因启动子CpG岛进行分析。利用转录因子预测软
件MatrixCatch和TFSEARCH对UCA1基因核心启动子区可能结合的转录因子进行分析。染色质免疫沉淀技术对所预测到的
转录因子进行分子生物学实验验证。结果CpG岛预测发现UCA1基因全长启动子区中不存在CpG岛,因此UCA1基因属于组
织特异性基因与前期研究报道结果一致。生物信息学预测及筛选发现UCA1基因核心启动子存在4个与肿瘤关系密切的转录
因子。根据预测结果选取2个转录因子利用染色质免疫沉淀实验鉴定,确定1个转录因子可与UCA1基因核心启动子区结合。
结论UCA1 基因启动子区无CpG岛存在,该基因核心启动子区可能与多种转录因子结合,并确定转录因子c-Myb 可以与
UCA1基因核心启动子区结合。
  相似文献   

13.
目的 分析人BMPR2基因5′侧翼序列的特征,预测其潜在的启动子区段,克隆5′侧翼大片断.方法 提取人BMPR2基因的5′侧翼序列,用CpG岛预测软件、重复序列分析软件、启动子预测软件对其进行生物信息学分析,用分段克隆再拼接的方法 克隆其5′侧翼近5.5K的大片断.结果 人BMPR2基因属于典型的CpG岛相关基因;有4个可能参与转录调控的Alu序列;有多个潜在的启动子区段.成功构建了重组质粒pGL3-Basic-5.5K,其插入片断包含人BMPR2基因5′侧翼近5.5 K的序列. 结论 人BMPR2基因5′侧翼大片段的成功克隆及生物信息学预测将为通过实验手段研究该基因的表达调控奠定坚实的基础.  相似文献   

14.
目的对五指山小型猪PPARγ2基因启动子调控区域多态性进行分析。方法根据猪PPARγ2启动子调控区域2200 bp设计5对引物,对57头封闭群五指山小型猪的多态性进行检测,并用多种生物信息学软件对调控区域的启动子、转录因子结合位点、RNA二级结构、Cp G岛进行预测分析。结果筛选到9个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点,分别是:-1595T/C、-1534G/A、-1262C/A、-1220C/A、-1017A/G、-963A/G、-955G/A、-866A/G、-333G/A。SNPs都没有处在软件识别的启动子区域中,但-333G/A突变位于核心启动子(-656~-23 bp)区域。突变的SNP位点附近转录因子结合位点会发生改变,突变前后RNA二级结构最小自由能发生变化,其结构也发生显著变化。目标序列未找到Cp G岛。结论筛选到的五指山小型猪PPARγ2启动子调控区域SNPs可能对该基因的表达调控产生影响,为进一步研究其功能奠定基础。  相似文献   

15.
目的 确定Prss37基因的转录起始位点,并利用转基因技术在整体水平验证该启动子的组织特异性.方法 运用cDNA 5'末端快速扩增法(5' RACE)对C57BL/6J小鼠睾丸mRNA进行分析,确定Prss37的转录起始位点;构建Prss37内源启动子区域转录起始位点上游不同长度DNA片段(1 kb、2 kb、4 kb)驱动的荧光素酶基因表达的质粒;通过受精卵雄原核显微注射技术获得上述三种启动子驱动荧光素酶基因表达的转基因小鼠;利用活体成像技术观察荧光素酶基因的表达,明确启动子的组织特异性.结果 Prss37基因的转录起始位点位于NCBI GeneBankTM(NM_026317.2)报道序列上游的40 bp处;成功获得三种转基因小鼠,其中1kb启动子驱动的转基因小鼠检测到荧光素酶基因的表达,且在脑、睾丸和附睾组织中的表达较强.结论 明确Prss37的转录起始位点,成功获得了睾丸和附睾表达荧光素酶基因的转基因小鼠,为进一步的Prss37基因转录调控研究奠定了基础.  相似文献   

16.
目的 探讨长链游离脂肪酸对胎盘滋养细胞线粒体β氧化循环长链三羟基酰基辅酶A脱氢酶(LCHAD)基因启动子区甲基化程度影响,以及对甲基化修饰的时间效应.方法 体外培养原代人绒毛滋养细胞及HTR-8/SVneo永久性人滋养细胞,研究组采用长链游离脂肪酸孵育滋养细胞(LC-FFA组),并以短链游离脂肪酸(SC-FFA组)和中链游离脂肪酸(MC-FFA组)作为不同链长游离脂肪酸对照组,空白对照组无脂肪酸(F-FFA组).分别在孵育24、48及72 h收集细胞并提取DNA.在LCHAD基因转录起始位点上游2 000 bp区域内序列预测CpG岛位置,设计甲基化检测位点和引物.采用Sequenom MassArray甲基化DNA定量分析平台检测不同组CpG岛各CpG位点的甲基化程度后进行各甲基化位点和CpG岛的统计学分析.结果 (1)在LCHAD基因转录起始位点上游2 000bp区域内的17个CpG位点中获得11个位点(65%)的甲基化程度,8个为单独位点,3个为复合位点(-984、-960、-899、-853、-811、-796、-774、-727、-615、-595、-579).在不同研究组中每个位点的甲基化变化程度各不同,其中-899位点变化最明显.(2)LCHAD基因启动子区CpG岛甲基化程度变化分析:①长、中链游离脂肪酸对LCHAD基因启动子区CpG岛甲基化程度影响伴随时间的延长呈现升高趋势:LC-FFA组孵育72 h(0.55±0.08)比孵育48 h(0.35±0.12)及24 h(0.31±0.04)均明显升高(P<0.05),48 h虽比24 h升高,但差异无统计学意义(P>0.05).MC-FFA组孵育72 h(0.44±0.05)比孵育24 h(0.31±0.04)明显升高(P<0.05).②不同链长游离脂肪酸在不同作用时间影响LCHAD基因启动子区CpG岛甲基化程度比较:LC-FFA组孵育72 h的甲基化程度比MC-FFA、SC-FFA组及F-FFA组的72、48及24 h均明显升高(P<0.05).(3)作用72 h游离脂肪酸对LCHAD基因启动子区11个CpG位点甲基化程度影响比较:在LC-FFA组和MC-FFA组-899位点甲基化程度明显高于其他位点(P<0.05).(4)长链游离脂肪酸对LCHAD基因启动子区-899位点甲基化程度影响伴随时间的延长呈现升高趋势(P<0.05).LC-FFA组孵育72 h比MC-FFA、SC-FFA组及F-FFA组的72、48及24 h均明显升高(P<0.05).结论 长链游离脂肪酸比中链和短链游离脂肪酸呈现较大的滋养细胞LCHAD基因启动子区甲基化的修饰作用,并伴随作用时间延长表现出明显的时间依赖效应;甲基化程度改变主要发生在LCHAD基因启动子区-899位点.  相似文献   

17.
目的:鉴定并分析EFTUD2(elongation factor Tu GTP?binding domain?containing 2)基因的启动子区域。方法:应用生物信息学技术对EFTUD2基因结构及潜在启动子区域进行分析,预测4个EFTUD2启动子序列。使用全基因合成技术以及高保真PCR扩增得到目的启动子序列,通过BglⅡ和NheⅠ双酶切,将目的条带克隆到双荧光素酶报告基因载体psiCHECK?2中,得到4个长度不同并覆盖EFTUD2基因转录起始位点附近约2 kb的EFTUD2基因启动子双荧光素酶报告基因重组体。荧光素酶分析检测启动子活性。结果:经酶切、测序鉴定,成功构建了人EFTUD2启动子荧光素酶报告基因重组质粒。通过荧光素酶活性检测,重组体EFTUD2?0.5的相对荧光素酶活性增加(P < 0.05),提示EFTUD2基因核心启动子序列位于转录起始位点附近约500 bp的区域内。结论:EFTUD2基因转录起始位点上游500 bp具有启动子活性,初步判定其核心启动子位于该区域。  相似文献   

18.
人三叶因子3基因启动子区的生物信息学分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的人三叶因子3(human trefoil factor 3,hTFT3)是一种具有胃肠黏膜修复和保护作用的小分子多肽,文中利用生物信息学在线软件预测hTFF3基因启动子功能。方法获取hTFF3基因启动子全长序列,利用多种在线相关软件预测出CpG岛及转录因子结合部位。结果 hTFF3基因序列全长为2295 bp,核苷酸数据库(GenBank)登录号为AB038162.1。hTFF3启动子存在于非编码区上游1500bp内,启动子序列中未发现CpG岛,启动子区共发现204个转录因子。结论生物信息学在线软件能预测hTFF3基因启动子功能,提高了针对启动子的研究效率。  相似文献   

19.
目的 鉴定WNK4基因启动子结构,初步探讨WNK4基因表达的调节机制.方法 应用5′ RACE方法确定WNK4基因转录起始点;构建WNK4基因启动子报告基因载体,并应用ELISA法检测启动子活性;应用软件分析预测WNK4基因启动子区顺式作用元件.结果 初步确定了WNK4基因转录起始位点;构建了WNK4基因启动子报告基因载体,并通过ELISA方法确定了转录起始点上游1 275 bp具有高转录活性,并且软件预测该区域内存在多个顺式作用元件,初步证明该区域为WNK4基因的启动子序列.结论 鉴定了WNK4基因的启动子区,并对其功能进行了初步鉴定.  相似文献   

20.
卜友泉  宋方洲  易发平  马永平 《医学争鸣》2007,28(22):2020-2024
目的:鉴定分析NFBD1启动子,为进一步研究其转录调控奠定基础.方法:综合应用生物信息学分析和异构体特异性的巢式RT—PCR技术鉴定NFBD1转录起始位点和转录变异体;高保真PCR方法扩增NFBD1基因启动子区域并分别定向克隆入pGL3-basic和pGL3-enhancer载体,构建NFBD1启动子荧光素酶报告基因重组体;荧光素酶分析检测启动子活性;生物信息学方法预测转录因子结合位点.结果:鉴定了一个新的NFBD1转录起始位点和转录变异体,构建了2个含有长度分别为2.5和1.2kb的NFBD1启动子序列的荧光素酶报告基因重组体以及2个相应的含有外源增强子的NFBD1启动子荧光素酶报告基因重组体.启动子活性分析表明,该启动子区域具有启动子活性,且能被外源增强子有效驱动,是一个新的人NFBD1启动子.转录因子结合位点预测分析表明,该启动子区域缺乏典型的CCAAT盒和GC盒,但含有TATA盒以及STAT1,MZF1和MAZ等潜在的转录因子结合位点.结论:鉴定了一个新的NFBD1启动子.  相似文献   

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