实时定量PCR检测骨髓增生异常综合征患者多个基因甲基化水平

目的 了解骨髓增生异常综合征(MDS)患者p15、CDH1、DAPK和HICI基因的甲基化情况,探讨其与临床特征的关系.方法 通过实时荧光定量PCR方法检测52例MDS、38例初诊AML患者和46名正常人骨髓或外周血4种基因的甲基化水平,并分析MDS患者基因的甲基化水平与其临床和实验室特征的关系.结果 MDS患者骨髓p15、CDH1、DAPK和HICI基因的甲基化水平分别为16.23±21.69、6.59±9.39、0.14±0.11和7.81±9.70,外周血为14.96±20.16、6.00±9.26、0.12±0.14和6.74±9.72,骨髓与外周血4种基因甲基化水平差异无统计学意义(P值均＞0.05).MDS-RAEB Ⅰ/Ⅱ患者骨髓或外周血p15及CDH1基因的甲基化水平(分别为14.70±18.17和6.61±8.79)较MDS-RCUD/RARS/5q-(分别为1.99±1.59,1.23±1.14)、MDS-RCMD(分别为3.02±3.42和1.53±2.06)和正常对照组(分别为1.69±1.82和1.01±1.12)显著升高(P值均＜0.05);各分型之间DAPK基因甲基化水平差异均无统计学意义;而HIC1基因甲基化水平仅在RAEB Ⅰ/Ⅱ(9.16±11.95)与对照组(2.49±2.26)差异有统计学意义(P=0.042).不同分型组间骨髓样本4种基因(p15、CDH1、DAPK和HICI)甲基化水平差异有统计学意义(P值分别为0.001、0.003、0.039、0.023);不同分型组间外周血样本p15及DAPK基因的甲基化水平差异有统计学意义(P值分别为0.013、0.006).p15基因甲基化水平与IPSS分型、原始细胞百分数、血小板计数有相关性;CDH1基因甲基化水平与IPSS分型、原始细胞百分数有相关性;DAPK基因甲基化水平仅与年龄有相关性;HIC1基因甲基化水平与各项指标均无相关性.结论 p15和CDH1基因是MDS中较为特征性出现的高度甲基化基因,HIC1甲基化水平从低危至高危组有升高趋势,DAPK基因虽然在各分型中均能检测到甲基化,但水平较低,而四种基因的甲基化水平与MDS疗效或预后的关系有待于进一步研究.

Abstract：

Objective To analyze the promoter methylation levels of p15、 CDH1、 DAPK and HICI genes of patients with myelodysplastic syndrome (MDS) and explore the relationship between the level of methylation and clinical features. Methods DNA methylation levels of p15、CDH1 、DAPK and HICI in peripheral blood (PB) or bone marrow (BM) samples from 52 MDS patients were detected by real-time quantitative PCR. The correlation of the methylation level with clinical features and hematological findings was analyzed. 38 de novo AML patients and 46 normal individuals served as controls. Results The methylation levels of p15 、CDH1 、DAPK and HICI were 16.23 ± 21.69,6.59 ±9.39,0. 14 ±0. 11 and 7.81 ± 9.70 in BM,and 14.96 ± 20.16,6.00 ± 9.26,0.12 ± 0. 14 and 6.74 ± 9.72 in PB, respectively from 18 MDS patients,and the difference between BM and PB was not statistically significant (P ＞0.05). The methylation levels of p15 (14.70 ± 18.17) and CDH1 (6.61 ±8.79) genes in high risk (RAEB Ⅰ / Ⅱ) MDS were significantly higher than in low risk (RCMD/RARS/5q -, p15: 1.99 ± 1.59, CDH1: 1.23 ± 1.14 and RCMD, p15:3.02 ±3.42, CDH1:1.53 ±2.06) MDS or control (p15:1.69 ± 1.82, CDH1: 1.01 ± 1.12) (P ＜0.05).The methylation levels of DAPK gene had no difference among subtypes of MDS, and that of HIC1 gene only differed between RAEB Ⅰ / Ⅱ (9.16 ± 11.95) and control (2.49 ± 2.26) (P = 0. 042). The difference of methylation levels of p15 、CDH1 、DAPK and HICI in BM was statistically significant among subtypes of MDS (P=0. 001, 0. 003 ,0. 039,0. 023 , respectively). And so did of p15 and DAPK in PB (P=0. 013, 0.006,respectively). The methylation level of p15 and CDH1 was significantly correlated with IPSS classification and blasts percentage in BM. Conclusions p15 and CDH1 genes are special hepermethylation genes in MDS.Methylation level of HIC1 gene showed an upward tendency from low risk to high risk MDS.     

实时定量PCR检测骨髓增生异常综合征患者多个基因甲基化水平

Objective To analyze the promoter methylation levels of p15、 CDH1、 DAPK and HICI genes of patients with myelodysplastic syndrome (MDS) and explore the relationship between the level of methylation and clinical features. Methods DNA methylation levels of p15、CDH1 、DAPK and HICI in peripheral blood (PB) or bone marrow (BM) samples from 52 MDS patients were detected by real-time quantitative PCR. The correlation of the methylation level with clinical features and hematological findings was analyzed. 38 de novo AML patients and 46 normal individuals served as controls. Results The methylation levels of p15 、CDH1 、DAPK and HICI were 16.23 ± 21.69,6.59 ±9.39,0. 14 ±0. 11 and 7.81 ± 9.70 in BM,and 14.96 ± 20.16,6.00 ± 9.26,0.12 ± 0. 14 and 6.74 ± 9.72 in PB, respectively from 18 MDS patients,and the difference between BM and PB was not statistically significant (P ＞0.05). The methylation levels of p15 (14.70 ± 18.17) and CDH1 (6.61 ±8.79) genes in high risk (RAEB Ⅰ / Ⅱ) MDS were significantly higher than in low risk (RCMD/RARS/5q -, p15: 1.99 ± 1.59, CDH1: 1.23 ± 1.14 and RCMD, p15:3.02 ±3.42, CDH1:1.53 ±2.06) MDS or control (p15:1.69 ± 1.82, CDH1: 1.01 ± 1.12) (P ＜0.05).The methylation levels of DAPK gene had no difference among subtypes of MDS, and that of HIC1 gene only differed between RAEB Ⅰ / Ⅱ (9.16 ± 11.95) and control (2.49 ± 2.26) (P = 0. 042). The difference of methylation levels of p15 、CDH1 、DAPK and HICI in BM was statistically significant among subtypes of MDS (P=0. 001, 0. 003 ,0. 039,0. 023 , respectively). And so did of p15 and DAPK in PB (P=0. 013, 0.006,respectively). The methylation level of p15 and CDH1 was significantly correlated with IPSS classification and blasts percentage in BM. Conclusions p15 and CDH1 genes are special hepermethylation genes in MDS.Methylation level of HIC1 gene showed an upward tendency from low risk to high risk MDS.     

PCR检测骨髓增生异常综合征降钙素基因的高度甲基化

ＰＣＲ检测骨髓增生异常综合征降钙素基因的高度甲基化禹华玮刘祥荣谭齐贤乔宏降钙素（ＣＴ）基因位于人类１１号染色体短臂１１ｐ１５。约９０％的非霍奇金Ｔ和Ｂ细胞淋巴瘤和９５％的急性非淋巴细胞白血病（ＡＮＬＬ）的肿瘤细胞，其ＣＴ基因５′端ＣＣＧＧ位点高度甲基...     

用多聚酶链反应分析降钙素基因的甲基化检测白血病和骨髓增生异常综合征

用多聚酶链反应分析降钙素基因的甲基化检测白血病和骨髓增生异常综合征陈淅泠，朱平，刘福森，张欣欣，张燕玲，史国利，张杰，江继发，陈文杰最近的研究发现，异常的ＤＮＡ甲基化类型与肿瘤有关，尤其降钙素（ＣａｌｃｉｔｏｎｉｎＣＴ）基因，在许多肿瘤中出现甲基化状...     

骨髓增生异常综合征降钙素基因甲基化的定量研究

目的：探讨降钙素（ＣＴ）基因高甲基化能否作为骨髓增生异常综合征（ＭＤＳ）向白血病转化的分子标志。方法：采用设有内、外参照的多聚酶链反应（ＰＣＲ），结合限制性内切酶和激光扫描技术，检测２７例ＭＤＳ和６例由ＭＤＳ转化的急性髓细胞白血病（ＡＭＬ）患者骨髓细胞的ＣＴ基因５′端甲基化率（ＣＴＭＲ）。结果：ＭＤＳ患者ＣＴＭＲ为３３．６５％±２３．３７％，显著高于对照组（８．０１％±４．２５％，Ｐ＜０．００１），其中ＲＡＥＢｔ组显著高于对照组和ＲＡ组，已随访３～１０年的ＲＡ患者５例均在正常范围，且无白血病转化。９例ＲＡＥＢｔ的ＣＴＭＲ均＞３０％，随访８例中７例于２个月内转化为ＡＭＬ。结论：ＣＴＭＲ对早期预测ＭＤＳ向白血病转化可能是一个有用的指标。     

去甲基化药物治疗骨髓增生异常综合征的临床研究进展

<正>骨髓增生异常综合征(Myelodysplastic Syndrome, MDS)是起源于造血干细胞的异质性髓系克隆性疾病,主要特点为髓系细胞发育异常,表现为造血功能衰竭、难治性血细胞减少、病态造血、无效造血等,转化为急性髓系白血病几率高达30%[1～2]。MDS患者自然病程差异极大,总体预后差且生存期短,需个体化治疗。根据预后情况将MDS分为相对高危组和相对低危组。相对高危组治疗包括化疗、去甲基化药物(Hypometh-ylating Agents, HMAs)、异基因造血干细胞抑制等,以达到延缓疾病进展、治愈     

骨髓增生异常综合征患者p73基因启动子区域异常甲基化的研究

目的 探讨骨髓增生异常综合征(MDS)患者抑癌基因p73启动子区域甲基化情况及其在预后中的意义.方法 收集135例初诊MDS患者及13名正常志愿者骨髓细胞,用甲基化特异性PCR (MS-PCR)方法检测p73基因启动子CpG岛甲基化发生情况,并利用亚硫酸盐测序法验证MS-PCR结果;荧光定量PCR法检测p73 mRNA表达情况;利用地西他滨处理MDS患者原代细胞,观察p73基因去甲基化及p73 mRNA表达情况;结合临床资料分析p73基因异常高甲基化在MDS中的作用.结果 37.0％的MDS患者p73基因启动子呈高甲基化状态,而且高危组MDS患者(RAEB-1、RAEB-2)甲基化发生率明显高于低危组(58.8％对29.7％,P=0.002);甲基化组患者p73 mRNA表达水平显著低于非甲基化组(P=0.032);用地西他滨处理后,可见MDS原代细胞p73去甲基化,且p73mRNA表达水平增高;p73高甲基化患者无白血病生存时间(DFS)及总体生存时间(OS)低于p73非甲基化患者(P值均＜0.01).在COX模型中,p73基因甲基化状况和骨髓原始细胞水平为影响患者DFS及OS的独立预后因素.结论 p73基因启动子高甲基化在MDS患者中较常见,且提示预后不良,可能为地西他滨治疗的靶点.     

骨髓增生异常综合征的去甲基化治疗

骨髓增生异常综合征(MDS)是一组异质性后天性克隆性恶性疾病,其基本病变是克隆性造血干、祖细胞发育异常,导致无效造血以及恶性转化危险性增高。MDS作为恶性克隆性疾病,只有异基因造血干细胞移植(allo-HSCT)才可以治愈。而MDS主要发生于老年人群,多数患者由于年龄、体能状况及严重并发症无法接受异基因造血干细胞移植治疗。在去甲基化药物(HMAs)出现之前,大多数患者只能采取支持治疗作为主要甚至唯一的治疗手段。     

骨髓增生异常综合征患者SFRP5基因启动子区甲基化状态研究

背景:SFRP5基因启动子区的甲基化与急性髓系白血病的发生密切相关.作为白血病的前期,骨髓增生异常综合征患者中SFRP5基因启动子区的甲基化状态尚不清楚.目的:探索骨髓增生异常综合征中WNT/β-catenin信号传导通路拮抗基因分泌型卷曲相关蛋白5(SFRP5)基因的甲基化状态.方法:应用甲基化特异性PCR(MSP)法对43例骨髓增生异常综合征患者的骨髓或外周血进行SFRP5基因启动子区甲基化状况检测,并以70例门诊普通患者的外周血作为对照.结果与结论:113例样本均成功进行了MSP检测,进入结果分析.43例骨髓增生异常综合征患者中检出5例(11.6%)SFRP5的甲基化,70例正常对照中检出1例(1.4%)SFRP5的甲基化,并且均为不完全甲基化状态.SFRP5在骨髓增生异常综合征患者中的甲基化率显著高于正常对照(χ2=5.511,P=0.019).43例患者样本中,17例为骨髓样本,26例为外周血样本.而5例甲基化的样本中,2例为骨髓样本,3例为外周血样本.样本的来源(骨髓/外周血)对于甲基化状态的结果无显著差异(χ2=0.001,P=0.982).提示,SFRP5基因的甲基化与骨髓增生异常综合征有相关性,SFRP5基因的甲基化可能是引起骨髓增生异常综合征的分子机制之一.     

骨髓增生异常综合征患者SFRP5基因启动子区甲基化状态研究

背景：SFRP5基因启动子区的甲基化与急性髓系白血病的发生密切相关。作为白血病的前期,骨髓增生异常综合征患者中SFRP5基因启动子区的甲基化状态尚不清楚。目的：探索骨髓增生异常综合征中WNT/β-catenin信号传导通路拮抗基因分泌型卷曲相关蛋白5（SFRP5）基因的甲基化状态。方法：应用甲基化特异性PCR（MSP）法对43例骨髓增生异常综合征患者的骨髓或外周血进行SFRP5基因启动子区甲基化状况检测,并以70例门诊普通患者的外周血作为对照。结果与结论：113例样本均成功进行了MSP检测,进入结果分析。43例骨髓增生异常综合征患者中检出5例（11.6%）SFRP5的甲基化,70例正常对照中检出1例（1.4%）SFRP5的甲基化,并且均为不完全甲基化状态。SFRP5在骨髓增生异常综合征患者中的甲基化率显著高于正常对照（χ2=5.511,P=0.019）。43例患者样本中,17例为骨髓样本,26例为外周血样本。而5例甲基化的样本中,2例为骨髓样本,3例为外周血样本。样本的来源（骨髓/外周血）对于甲基化状态的结果无显著差异（χ2=0.001,P=0.982）。提示,SFRP5基因的甲基化与骨髓增生异常综合征有相关性,SFRP5基因的甲基化可能是引起骨髓增生异常综合征的分子机制之一。     

SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR检测survivin甲基化状态

目的建立SYBR Green Ⅰ实时荧光聚合酶链反应（PCR）检测survivin甲基化的方法。方法25例胃癌组织标本及与其配对的正常胃组织经甲基化敏感性限制性内切酶HpaⅡ和MspⅠ处理后，再用SYBR GreenⅠ实时荧光PCR对survivin外显子1进行检测。实时荧光定量PCR检测survivin基因内含子2，用于监测经限制性酶消化的基因组DNA浓度变化，10倍系列稀释的基因组标准物用于检验实时PCR的敏感度，PCR产物通过凝胶电泳分析证实。结果经Hpa Ⅱ酶切后，甲基化的目的基因PCR产物在熔解曲线上有Tm值为（91．5&#177;0．5）℃的峰，电泳证实为338bp的条带。所有经酶消化的样本都能扩增出以Tm值（79．5&#177;0．5）℃为特征的对照基因（survivin基因内含子2），表明基因组DNA未产生严重的非特异性降解。SYBR GreenⅠ实时荧光PCR检测甲基化目的基因的灵敏度为10^0拷贝／μL。用以上新建的体系检测25例胃癌标本，发现其survivin基因外显子1的去甲基化频率为96％。结论SYBR GreenⅠ荧光PCR法具有快速、准确、敏感、实时、简单和敏感的特点，是检测survivin外显子1甲基化状态的一种可靠的新方法。     

实时荧光聚合酶链反应检测空肠弯曲菌

目的探索一种快速、敏感、特异的空肠弯曲菌检验方法。方法根据GenBank公布的空肠弯曲菌基因序列,在其保守区域设计特异性引物与探针以建立基于TaqM an探针的实时荧光聚合酶链反应(PCR)方法,并对方法的特异性、敏感性和重复性进行研究。结果该方法对空肠弯曲菌可产生特异扩增信号,对其他非空肠弯曲菌菌属无响应,其检测敏感性可达10 cfu/mL。反应体系具有很高的稳定性。结论实时荧光PCR可快速、特异、灵敏地检测空肠弯曲菌,具有较强的实际应用价值。     

骨髓增生异常综合征患者地西他滨治疗后DNA甲基化水平变化

目的 了解骨髓增生异常综合征(MDS)患者地西他滨治疗后DNA甲基化水平的变化.方法 7例MDS患者难治性贫血伴原始细胞增多Ⅰ型或Ⅱ型(RAEBⅠ/Ⅱ)接受规律的地西他滨治疗,5天方案(4例)和3天方案(3例),每个疗程分4个时间点采集其外周血,实时荧光定量聚合酶链反应( real time-Q-PCR)方法检测外周血P15和CDH1基因的甲基化水平.结果 用药前3例患者(例2、例4和例7)P15甲基化水平较高(20％～65％),CDH1均较低(0.5％～5％).无论5天还是3天方案,用药前甲基化水平越高,用药后下降越明显,患者用药第5/7天后P15、CDH1甲基化水平下降幅度最大,达20％～60％,P15可维持在下降后的水平,在随后的治疗中未再出现明显的下降,但是CDH1的波动较大,用药期间CDH1甲基化水平可升至≥用药前水平.目前的数据表明甲基化的变化与血象变化不一致.应用重复测量方法分析5天与3天方案两个基因甲基化水平变化,两种不同方案组间去甲基化水平差异无统计学意义(均P ＞0.05);有血液学改善的患者与未改善患者的去甲基化程度差异无统计学意义.结论 地西他滨治疗后P15和CDH1的甲基化水平均有不同程度降低,但甲基化水平与治疗方案和疗效无关.     

荧光原位杂交技术检测骨髓增生异常综合征患者+8和20q-

目的探讨荧光原位杂交(FISH)技术检测骨髓增生异常综合征(MDS)患者8号和20号染色体异常的应用。方法 40例MDS患者,采用间期FISH技术,选取+8和20q-探针的组合,检测MDS患者中的+8和20q-异常情况。结果利用FISH技术,+8和20q-检出率分别为12.5%,15.0%。采用FISH技术的组合探针可以检测出8号和20号染色体异常。结论 FISH技术能够检测出MDS染色体异常,采用组合探针的FISH更为敏感和特异。     

实时荧光PCR同时检测沙门菌和单核细胞增生利斯特菌

目的建立一种同时检测沙门菌、单核细胞增生利斯特菌的快速检测方法。方法分别针对沙门菌invA基因、单核细胞增生利斯特菌hlyA基因设计引物和探针,进行多重实时荧光PCR（TaqMan）检测。结果经过对多重实时荧光PCR反应条件的优化,对沙门菌、单核细胞增生利斯特菌检测的灵敏度达到11.5fg和25．5fg。结论实时荧光PCR能够有效地同时检测沙门菌、单核细胞增生利斯特菌,并且该方法操作简便、快速,具有良好的灵敏性和特异性。     

实时定量RT-PCR技术测定初治白血病患者常见融合基因转录子水平及其标准化的探讨

目的 了解白血病常见融合基因M—bcr—abl（表达产物为P210^bcr-abl）、m—bcr—abl（表达产物为P190^bcr-abl）、TEL—AML1、AML1-ETO、PML—RARα、CBFβ-MYH11在初治白血病患者中的表达水平。方法 采用基于TaqMan探针的实时定量RT—PCR（RQ—PCR）技术检测195例白血病患者骨髓细胞融合基因转录子水平，其中M—bcr—abl^＋慢性粒细胞白血病慢性期（CML—CP）50例、M—bcr—abl^＋急性淋巴细胞白血病（ALL）10例、m—bcr—abl^＋ALL19例、TEL—AML1^＋ALL11例、AML1-ETO^＋急性髓系白血病（AML）30例、PML—RARα急性早幼粒细胞白血病（APL）58例、CBFβ-MYH11^＋AML患者17例，并检测13例M—bcr-abl^＋CML-CP患者的外周血细胞融合基因转录子水平。以abl作为内参基因，融合基因转录子水平以融合基因转录子拷贝数／abl基因转录子拷贝数×100％表示。结果CML—CP患者骨髓及外周血M-bcr—abl转录子水平相似（中位值分别为30％和35％，P〉0.05）、ALL患者M—bcr—abl及m-bcr-abl转录子水平相似（中位值分别为64％和54％，P〉0．05），ALL患者M—bet—abl转录子水平明显高于CML—CP患者（P〈0．001）。ALL患者TEL—AML1转录子中位水平为228％。表达特异性融合基因的AML患者中，AML1-ETO转录子水平明显高于CBFβ-MYH11及PML—RARα（中位值分别为388％，145％和47％，P值均〈0．001），CBFβ-MYH11转录子明显高于PML—RARα（P〈0．001）。L型、V型及S型PML—RARα转录子中位水平分别为45％、44％及55％，L型明显低于S型（P=0．04）。结论 不同类型融合基因转录子在初治白血病患者中的水平不同，并有个体差异。初治患者融合基因转录子水平的测定不仅为检测微量残留病、评价疗效提供基准值，而且是不同实验室间数据比较、实现标准化的基础。     

采用荧光定量PCR检测JAK2基因V617F突变

目的 建立荧光定量PCR检测JAK2基因V617F突变的方法,评估JAK2 V617F突变在诊断骨髓增殖性疾病和白血病中的临床意义.方法 选取71例慢性粒细胞性白血病(CML)、22例原发性血小板增多症(ET)、11例原发性骨髓纤维化(PMF)、9例真性红细胞增多症(PV)、7例嗜酸粒细胞增多症患者,分别采用荧光定量PCR、突变特异性扩增系统(ARMS)对JAK2 V617F突变进行检测,并采用基因测序对结果进行验证.将具有JAK2 V617F纯合子突变的人类红白血病细胞株(HEL)DNA作为阳性对照,比较荧光定量PCR和ARMS对JAK2基因V617F突变的检测敏感度.结果 采用荧光定量PCR检测,野生型的熔解温度(Tm)峰出现于(75.0±0.2)℃处,突变型的Tm峰出现于(76.6±0.2)℃处.JAK2基因V617F突变在PV、ET、PMF等骨髓增殖性疾病中的检出率分别为8例(88.9%)、12例(54.5%)、7例(63.6%),但在71例CML中只检出1例(1.4%).荧光定量PCR与ARMS的结果符合率为100%,结果经过测序证实.使用荧光定量PER法可在每106个正常自细胞中检出低至102个HEL细胞,而使用ARMS方法时要在每106个正常白细胞中HEL细胞达到104个时,方可检测出,前者比后者方法灵敏100倍.结论 成功地建立了荧光定量PCR检测JAK2基因V617F突变的方法,比ARMS更灵敏、简便,适合临床使用.JAK2基因V617F突变在骨髓增殖性疾病中有较高的检出率,可作为骨髓增殖性疾病特异性诊断指标.