乙型肝炎病毒耐药变异与基因型检测在临床上的应用

目的 建立直接测序法检测HBV P区耐药变异情况并分析基因型.探讨HBV基因型与临床病情的关系.方法 检测46例乙肝患者血清样本,采用特异的引物对待检标本HBV P区进行PCR扩增后作基因序列检测,利用Chromas2.23软件对测序结果 进行分析有无突变产生,测序结果 用软件clustalx1.81进行基因分型分析.结果 可通过一次测序反应完成对HBV.DNA P区的基因检测及基因型分析.检出YMDD变异株8例,其中YIDD 5例,YVDD 3例.在检测的46例标本中23例为B基因型,阳性率为50.0%;有21例为C基因型,其阳性率45.6;D基因型2例,阳性率4.4%.B基因型HBV感染者中HCC 2例,占8.7%;C基因型HBV感染者中HCC 8例,占38.1%.结论 直接测序法分析HBV常见耐药突变位点及基因型准确可行,B基因型乙肝患者预后优于C基因型患者.     

基于长期研究队列的广西隆安县乙型肝炎病毒准种研究

目的 明确广西隆安县队列HBs Ag无症状携带者感染的乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)准种序列长期演化特征。方法 收集9名广西隆安县队列HBs Ag无症状携带者2004年、2007年、2013年、2019年或2020年4个不同时间点血清样本。酶联免疫吸附测定法检测HBV血清学标志物；聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)荧光探针法检测HBV病毒载量；试剂盒提取HBV DNA;PCR法扩增HBV全基因组，进行二代测序；利用Mega等软件对所获得的序列进行生物信息学分析。结果 共获得23份血清样本，309条全长基因准种序列，每份标本平均获得(0.18±0.07)G测序数据量。55.55%(5/9)的研究对象携带的HBV毒株基因型在长期进化过程中发生了基因型转换，Pre S/S区系统进化树基因分型结果与全基因组分析结果完全一致；发现B/C、I/C重组体；各研究标本的Sn值范围为0～0.37,D值范围为0～0.11；共检出21种特殊单核苷酸/氨基酸突变位点(S区7种，X区2种，Pre C区3种，BCP区9种)和6种缺失突变，...     

自建两轮PCR法对低载量HBV DNA S区基因的扩增及实验条件优化

目的 探究低载量HBV DNA S区基因扩增的可行性并对实验条件进行优化,为隐匿性HBV感染(OBI)患者HBV DNA S区基因突变检测提供依据.方法 采用传统巢式PCR和自建两轮PCR方法扩增6例低HBV DNA载量(100～200 IU/mL)和22例更低HBV DNA载量(20～99 IU/mL)的血清样本中HBV DNA S区基因,并对引物序列、引物量、PCR产物模板稀释倍数、退火温度、PCR反应循环数、PCR总反应体系等条件进行优化.PCR扩增产物经琼脂糖凝胶电泳后,切割目的条带凝胶进行克隆测序,然后对克隆测序结果进行核酸序列BLAST比对确认.结果 设计3对巢式PCR引物(P1～P3),扩增产物理论上包含整个HBV DNA S区基因.经过PCR扩增条件优化后,6例低HBV DNA载量的血清样本中仅2例经巢式PCR扩增出HBV DNA S区基因特异性靶序列,22例更低HBV DNA载量样本无一例扩增成功.自建两轮PCR法设计了P4～P15共12对引物,扩增产物理论上包含整个HBV DNA S区基因.经过PCR扩增条件优化并筛选出P13为最佳引物后,6例低HBV DNA载量的血清样本全部扩增出HBV DNA S区基因特异性靶序列;15例(15/22,68.18％)更低HBV DNA载量的样本扩增出HBV DNA S区基因特异性靶序列,经PCR产物克隆测序均证实为HBV DNA S区基因,该15例样本中HBV DNA载量最低为20.1 IU/mL.结论 基于引物P13自建的两轮PCR法更适用于低载量HBV DNA S区基因的扩增,扩增效率和特异性均优于传统巢式PCR;扩增产物可进一步应用于OBI者HBV DNA S区基因序列突变分析.     

HBV BCP区1762/1764和1896突变位点检测新技术研究

目的：利用错配扩增和荧光PCR原理,建立一种针对HBV BCP区1762/1764和前C区1896突变位点的新型检测方法---错配扩增突变分析PCR法（MAMA-PCR）,并对该方法进行临床评价。方法：a）MAMA-PCR突变检测方法性能评估：以野生和突变性阳性参考品作为模板检测3次,分析该方法稳定性;将突变型和野生型质控品梯度比例混合,分析该方法检测混合感染的检测效率。b）测序法、商品化试剂盒与本方法同时检测样本并对MAMA-PCR方法做出评价。结果：MAMA-PCR 3次检测重复性良好,CV值均小于5%,且可稳定检出含1%突变含量的混合样本。132例HBV样本中,1762/1764双突变位点测序法检出67例,ARMS-PCR试剂盒检出69例,MAMA-PCR检出69例,突变检出率分别为50.8%、52.3%和52.3%;1896突变测序法检出39例,ARMS-PCR试剂盒检出41例,MAMA-PCR检出42例,突变检出率分别为29.5%、31.1%和31.8%。结论：MAMA-PCR 检测方法性能稳定,突变检出率高于测序法,与商用试剂盒基本一致,可用于临床乙肝患者 BCP区1762/1764双突变和前C区1896突变位点的快速检测。     

实时荧光聚合酶链反应检测HBV基因型B～D方法的建立

目的 建立实时荧光聚合酶链反应检测乙型肝炎病毒(HBV)基因型B~D方法并验证其准确性。方法 比较GenBank中已发表的明确分型的143株HBV全序列,设计特异的组合引物探针,应用实时荧光聚合酶链反应HBV基因分型法对兰州地区128例慢性乙型肝炎患者血清标本进行基因型B、C、D检测,并随机对检测的基因型各3株标本进行S基因测序验证。结果 128例标本中B型检出率为20.3%(26/128),C型71.9%(92/128),D型7.8%(10/128);18株HBV克隆标本S基因测序结果与本分型法完全一致。结论 实时荧光聚合酶链反应HBV基因分型法能够简便、灵敏、快速、准确地鉴定HBV基因型,适宜用于HBV基因型的大规模临床和流行病学调查。     

荧光定量分型PCR法与直接测序法检测HBV-DNA水平的应用价值比较

目的比较荧光定量分型PCR法与直接测序法检测HBV-DNA水平的应用价值。方法选取该院2012年1月—2013年12月收治的126例符合入选标准的HBV患者,分别采用荧光定量分型PCR法与直接测序法检测HBV-DNA水平,对HBV-DNA基因分型结果进行比较分析。结果 126份样本只检测出3种基因分型（B型、C型、B/C混合型）,其中B型占明显优势。荧光定量分型PCR法B/C混合型检出率明显高于直接测序法（P〈0.001）;一致性检验表明两种检测方法的一致性较好（Kappa〉0.75）;TA克隆结果与荧光定量分型PCR法一致。结论荧光定量分型PCR法检测HBV-DNA水平应用价值较直接测序法高,值得临床推广应用。     

特异性标签序列快速鉴定乙肝病毒B、C基因型的方法及应用

目的建立一种乙肝病毒(hepatitis B virus,HBV)基因分型方法,并观察其临床应用效果。方法利用HBV大S区的型间特异性位点密集序列,建立了一种直接多重PCR方法,并对重庆地区250例临床样本进行应用性观察。结果使用该方法对重庆地区250例随机临床HBV阳性血清进行了检测,结果显示B基因型占73.6%(184/250),C基因型占16.4%(41/250),BC混合型占6.4%(16/250),总检出率为97%左右,与重庆周边地区HBV基因型的区域分布具有一致性。结论该方法能够快捷而准确地鉴定乙肝病毒B、C基因型。     

实时荧光聚合酶链反应检测HBV基因型B～D方法的建立

目的建立实时荧光聚合酶链反应检测乙型肝炎病毒(HBV)基因型B～D方法并验证其准确性。方法比较GenBank中已发表的明确分型的143株HBV全序列，设计特异的组合引物探针，应用实时荧光聚合酶链反应HBV基因分型法对兰州地区128例慢性乙型肝炎患血清标本进行基因型B、C、D检测，并随机对检测的基因型各3株标本进行S基因测序验证。结果128例标本中B型检出率为20.3％(26／128)，C型71．9％(92／128)，D型7．8％(10／128)：18株HBV克隆标本S基因测序结果与本分型法完全一致。结论实时荧光聚合酶链反应HBV基因分型法能够简便、灵敏、快速、准确地鉴定HBV基因型，适宜用于HBV基因型的大规模临床和流行病学调查。     

南京地区HBV基因型分布及其前C区1896变异的特点

目的探讨南京地区HBV基因型分布及其前C区1896变异的特点.方法随机选择2004年3月～2005年3月南京地区HBV-DNA阳性（荧光PCR）的HBV感染者220例.采用多对型特异性引物PCR法检测HBV基因型,采用特异性引物PCR法检测HBV前C区1896变异株和野生株.结果 HBV感染者中基因型B 71例,基因型C 146例,基因型D 1例,B/C混合型1例,A/B混合型1例,未发现基因型A、E、F存在.有163例HBV感染者发生了前C区1896变异,变异株检出率（单纯变异株/混合变异株）为74.1%.基因型B 78.9%发生了前C区1896变异,基因型C有66.4%发生了C区1896变异,两组比较,差别有显著性意义 （χ2=4.56,P＜0.05）.结论南京地区存在HBV基因B、C、D及B＋C和 A＋B混合型,以B、C型为优势基因型,未发现A、F、E基因型;HBV基因型B前C区1896的变异率较HBV基因型C高.     

HBV基因型与HBx基因变异的研究

目的 分析慢性HBV感染者血清中HBV基因型和HBx基因多态性,探讨HBx基因变异与HBV基因型的关系.方法 采用型特异性引物PCR法对110份慢性HBV感染者血清中HBV基因型进行检测.采用巢式PCR、单链构象多态性与异源双链分析、以及基因测序和生物信息学方法分析HBx基因突变.结果 在110份慢性HBV感染者血清中,检出B型、C型和混合型B+C,分别占57份(56.8%)、49份(44.6%)和4份(3.6%).与参考序列相比,B型与C型HBx基因都存在点突变,且C型点突变数明显多于B型(t:-12.599.P<0.05).结论 慢性HBV感染者HBx基因突变与HBV基因型密切相关.     

乙肝病毒基因分型检测芯片的构建及初步应用

目的:构建乙肝病毒(HBV)常见基因型的分型芯片,并应用分型芯片调查HBV基因型分布。方法:应用生物信息学软件针对乙肝病毒4种常见基因型的特征区域和保守区域分别设计分型探针和通用探针,在优化条件下通过重复杂交及分型测序检验芯片的重复性与可靠性后应用于临床,对150例不同类型的乙肝患者进行HBV基因分型。结果:分型探针和通用探针检测重现率分别为94.7%及100%,反馈的测序结果与芯片分型结果完全一致;经芯片分型发现辽宁省HBV基因型分别为C型占68.7%,B型占22.7%,B、C混合型占8.7%,未发现A、D型。结论:基因芯片技术为乙肝病毒基因分型提供了快速准确的检测方法,辽宁地区HBV基因型分布以B、C两型为主,C型占主要优势。     

RFLP基因分型在动态监测乙型肝炎病毒基因变异中的应用

目的探讨基因分型结合克隆后测序方法在动态监测ＨＢＶ基因变异中的价值。方法分析１例重型肝炎患者发 病后血清,用 ＰＣＲ扩增血清中 ＨＢＶ ｐｒｅＳ／Ｓ基因片段并克隆,２份标本各随机挑取 ３个阳性克隆进行测序;同时用 ＲＦＬＰ方法分析２份血清中ＨＢＶ毒株的基因型。结果ＰＦＬＰ分析２份血清为Ｂ基因型为主的Ｂ／Ｃ基因型混合毒株感 染;６个克隆中仅１株为Ｃ基因型。比较２份血清ＨＢＶ ｐｒｅＳ／Ｓ克隆核酸序列,有１７０个点位的差异,剔除Ｃ基因型株 后,仅５４个位点差异。结论克隆后测序结合ＲＦＬＰ对ＨＢＶ基因型测定有助于更准确地对ＨＢＶ基因变异进行动态分 析。     

慢性乙型肝炎病毒基因型与血清病毒载量的关系

目的探讨徐州地区慢性乙型肝炎（CHB）患者血清中乙型肝炎病毒（HBV）基因型与病毒载量的关系。方法采用型特异性引物多重PCR方法对徐州地区160例CHB患者的HBV进行基因分型，用荧光定量PCR方法检测HBVDNA水平。结果B型14例（8．7％），C型88例（55．0％），BC混合型51例（31．9％），未分型7例（4．4％），未发现A、D、E、F型。不同基因型之间HBVDNA载量无明显差别。结论徐州地区CHB患者中HBV基因型主要是C型和BC混合型，感染的HBV基因型与血清病毒载量之间无明显相关。     

型特异性引物PCR技术在HBV基因分型中的应用

目的 应用乙型肝炎病毒（HBV）型特异性引物PCR的基因分型方法，了解武汉地区HBV基因型的分布及其临床意义。方法 选择298例HBV感染者，分成表面抗原携带者（ASC）、急性肝炎（AH）、慢性肝炎（CH）、重型肝炎（SH）、肝硬化（LC）和原发性肝癌（HCC）6组，用多对型特异性引物PCR方法检测HBV的基因型；并对4份血清HBVDNA进行序列分析。结果多对型特异性引物PCR法可简便、快速、准确地鉴定HBV基因型；298份HBVDNA阳性的血清标本中，B基因型197例（66．1％），BC混合型68例（22．8%），C基因型33例（11．1％）；B基因型在ASC、AH、CH、SH和HCC组患者中均占绝对优势，分别为63．6％、71．9％、68．7％、89．5％和65．9%，C基因型在各组患者中的分布差异无显著性意义，BC混合基因型在各组患者中的分布存在差异，更多见于肝硬化患者；各基因型在ALT水平、HBeAg阳性率及HBV DNA水平上差异无显著性意义（均P〉0．05）。结论 多对型特异性引物PCR扩增法能快速准确地进行HBV基因分型检测，可用于大规模的流行病学调查；武汉地区HBV感染者中，优势基因型为B型，其次为BC混合型和c型，BC混合型更多见于肝硬化患者。     

PCR-反向斑点杂交法检测HBV YMDD模序混合感染

目的为HBV感染临床个体化治疗、指导临床用药寻找一种能更好地检测HBV YMDD模序混合感染的方法。方法28份已知乙肝病人血清,其中10份为HBV YMDD模序感染,5份为HBV YIDD模序感染,5份为HBV YVDD模序感染,2份为HBV YMDD和YIDD模序混合感染,2份为HBV YMDD和YVDD模序混合感染,2份为HBV YIDD和YVDD模序混合感染,2份为HBV YMDD、YIDD和YVDD模序混合感染,都用PCR产物直接测序和PCR-流过式反向斑点杂交(Flowthrough-RDB)方法检测。结果HBV YMDD模序单一感染标本用两种方法检测准确性都达到100%,对混合感染标本PCR-流过式反向斑点杂交方法检测准确性也可达100%,然而用PCR产物直接测序方法只能检测其中一种或两种型别。结论PCR-流过式反向斑点杂交方法是一种敏感、特异和快速的检测HBV YMDD野生型及其突变型模序单一感染和混合感染的有效方法,比PCR产物直接测序更优越,更有利于实现临床个体化治疗和指导临床用药。     

Relation between hepatitis B virus genotypes and gene mutation of basic core promoter in Li nationality

Objective:To investigate the relation between hepatitis B virus(HBV) genotypes and the double mutation of A-to-T nucleotide(nt) 1762 and G-to-A nt 1764 in basic core promoter(BCP T1762/A1764) in patients of the Li nationality. Methods:Subjects were 125 HBV DNA positive patients that belong to the Li nationality on Hainan Island. HBV DNA genotype was determined by real time fluorimetry polymerase chain reaction. BCP T1762/A1764 mutation was performed using the direct sequencing method. Results:The prevalence rates of genotype B, genotype C, genotype D, genotype C and D mixed infection(genotype C＋D) and genotype B and D mixed infection (genotype B＋C) were 31.20%, 53.60%, 12.00%, 2.40% and 0.80% respectively. Mutation frequencies in patients infected with HBV genotype C(58.21%) were significantly higher than in those infected with other genotypes (P ＜0.01). The serum viral load of the patients with genotype C(5.74±1.21) was also higher than that of those with genotype B(P ＜0.01). Conclusion:The major genotypes in the Li nationality were genotype C and genotype B. The infection of genotype D and mixed infection also occurred in the Li nationality. Genotype C HBV has a higher replication rate, and the different degrees of pathogenecity among HBV genotypes may be related to BCP T1762/A1764 mutation frequency.