蛋白质组学新技术在白血病中的应用

蛋白质组学(proteomes)是当今生物领域中极其活跃的学科，主要以生物质谱技术为支撑平台，并结合生物信息学对蛋白质进行研究。此外，发展高通量和高精度的蛋白质相互作用检测技术已受到密切关注，如蛋白质芯片、抗体芯片、荧光能量传递技术等。在白血病的发病机制、早期诊断、指导治疗、寻找药物靶分子及预后判断等方面，蛋白质组学技术发挥了积极作用。     

蛋白质组学在肾移植中的研究进展

蛋白质组学技术是一门从整体上研究细胞、组织或有机体蛋白质组的新兴学科,包括蛋白质提取、生物质谱和生物信息学三部分。蛋白质组学为疾病发病机制的研究提供了新的思路和方法。本文简要介绍蛋自质组学技术在肾移植术后无创性诊断排斥反应、免疫抑制剂肾毒性及肾移植术后感染等方面的研究进展。     

在医学检验专业讲授生物信息学技术的几点思考

生物信息学（Bioinformatics）是一门集数学、统计、计算机与生物医学交叉于一身的新兴学科，目前这一学科已广泛地渗透到生命科学的各个研究领域，成为生物医学发展不可缺少的重要工具。随着人类基因组计划的快速发展，生物信息学技术在人类疾病与功能基因的发现与识别、基因与蛋白质的表达与功能研究方面都发挥着关键的作用。     

生物信息学在输血医学研究中的应用

生物信息学（Bioinformatics）是一门基于计算机和互联网的应用和信息科学的知识方法对生物信息进行收集、整理、分析研究、处理和应用的交叉学科。它作为生命科学中的信息学科，将会扮演十分重要的角色，影响并带动相关学科的进步与融合，本文简要介绍生物信息学的研究内容及在输血医学研究中常用的生物信息资源。     

生物信息学在基因组和蛋白质研究中的应用

目的：人类基因组计划在世界范围内的开展促进了生命科学的进步，在此过程中产生了大量的基因组与蛋白质结构和序列数据库资源，促进了生物信息学的发展；同时生物信息学在基因组和蛋白质研究中也起着重要的作用。 资料来源：应用计算机检索Medline1990—01／2006—01文章，检索词“bioinfonnatics”，并限定语言种类为English；同时手工检索2000—01／2006—01的相关文章，限定语言为中文，检索词为“生物信息学；基因组；蛋白质结构”以及基因组相关方面的书籍。 资料选择：对资料进行初审，纳入标准：生物信息学的发展及其在基因组和蛋白质研究中的应用：排除标准：重复性研究。 资料提炼：从检索资料选取34篇（含2篇中文文献或书籍）关于生物信息学及其应用的文章，进行综述：其中与基因组研究相关的文献4篇，与蛋白质研究相关的文献20篇，其他文献10篇。 资料综合：随着人们对基因组和蛋白质研究的深入，对基因表达模式、蛋白质结构、蛋白质-蛋白质相互作用等分析得到的数据越来越多．为生物信息学提供了丰富的资源，促进了生物信息学的发展；同时生物信息学在基因序列比对、大规模基因功能表达谱的分析、新基因的发现与鉴定等方面以及蛋白质序列比较分析、蛋白质空间结构和功能预测等研究中也起着重要的作用，促进了DNA和蛋白质的研究。 结论：基因组和蛋白质组研究与生物信息学技术互相推动，并行发展；生物信息学在基因组和蛋白质研究中发挥着重要的作用。     

诊断分子生物学教学体会

分子生物学研究的内容主要是生命物体中最重要的两类大分子一蛋白质和核酸。从50年代起。由蛋白质生理功能的研究，逐步深入到微量蛋白质、酶、蛋白质结构、细胞因子，建立了蛋白质分析、酶学、免疫学、细胞工程等研究方法学。在此基础上，研究深入到决定蛋白质结构、功能的物质本质一核酸。蛋白质是核酸的表达产物。核酸研究是蛋白质研究的延伸，核酸研究的成果揭示了许多蛋白质生理功能的本质，使这一学科的发展进入了一个新的领域，形成了一门新的学科—分子生物学。分子生物学不断向医学各领域渗透的结果，成为与医学及临床各学科交叉最广泛的一门学科。神经分子生物学(脑的研究)，肿瘤分子生物学等学科的研究成果，使人们相信，分子生物学在下世纪揭示生命本质方面将是最有发展、充满希望的一门学科。由此日益受到人们的关注。     

生物信息学在基因组和蛋白质研究中的应用

目的:人类基因组计划在世界范围内的开展促进了生命科学的进步,在此过程中产生了大量的基因组与蛋白质结构和序列数据库资源,促进了生物信息学的发展;同时生物信息学在基因组和蛋白质研究中也起着重要的作用。资料来源:应用计算机检索Medline1990-01/2006-01文章,检索词“bioinformatics”,并限定语言种类为English;同时手工检索2000-01/2006-01的相关文章,限定语言为中文,检索词为“生物信息学;基因组;蛋白质结构”以及基因组相关方面的书籍。资料选择:对资料进行初审,纳入标准:生物信息学的发展及其在基因组和蛋白质研究中的应用。排除标准:重复性研究。资料提炼:从检索资料选取34篇(含2篇中文文献或书籍)关于生物信息学及其应用的文章,进行综述。其中与基因组研究相关的文献4篇,与蛋白质研究相关的文献20篇,其他文献10篇。资料综合:随着人们对基因组和蛋白质研究的深入,对基因表达模式、蛋白质结构、蛋白质-蛋白质相互作用等分析得到的数据越来越多,为生物信息学提供了丰富的资源,促进了生物信息学的发展;同时生物信息学在基因序列比对、大规模基因功能表达谱的分析、新基因的发现与鉴定等方面以及蛋白质序列比较分析、蛋白质空间结构和功能预测等研究中也起着重要的作用,促进了DNA和蛋白质的研究。结论:基因组和蛋白质组研究与生物信息学技术互相推动,并行发展;生物信息学在基因组和蛋白质研究中发挥着重要的作用。     

蛋白质组学研究相关技术新进展

蛋白质组学是以生物体系整体蛋白质为研究对象的新的研究领域。近年来，蛋白质组学研究取得了令人鼓舞的进展，一些新技术也得到迅猛的发展和改进，如双向凝胶电泳、生物质谱、生物传感芯片质谱、蛋白质芯片和生物信息学等。现就蛋白质组学相关技术的研究进展作一综述。     

生物信息学与中医药现代化

生物信息学的发展和功能基因组研究的进步，为中医证候研究奠定了一个新的平台，而伴随着生物信息学发展过程产生的大量基因信息的整合，也需要借助于中医的系统理论，因此，笔者认为，中西医结合研究将是未来生命科学研究的重要方向，振兴中医必须借助于分子生物学的翻译作用，同时，中医的发展也会开阔以生物信息学为代表的新兴生命科学领域的研究思路。     

蛋白质组学新技术在白血病中的应用

蛋白质组学(proteomes)是当今生物领域中极其活跃的学科,主要以生物质谱技术为支撑平台,并结合生物信息学对蛋白质进行研究。此外,发展高通量和高精度的蛋白质相互作用检测技术已受到密切关注,如蛋白质芯片、抗体芯片、荧光能量传递技术等。在白血病的发病机制、早期诊断、指导治疗、寻找药物靶分子及预后判断等方面,蛋白质组学技术发挥了积极作用。     

蛋白质组学技术在白血病研究中的应用

蛋白质组学（Proteomics）是一门相对于基因组学（Genomics）而提出的，旨在综合研究某一基因组所表达的全部蛋白质的新型学科。随着蛋白质组学技术如二维电泳（2DE）、高效液相色谱（HPLC）、质潜以及生物信息学等的快速发展和趋于成熟，我们将就蛋白质组学研究在白血病发病、诊断、预后及治疗等方面取得的进展进行综述。     

高血糖素样肽-2对大鼠失血性休克复苏后肠道免疫功能的影响

目的 研究高血糖素样肽-2(Glucagon-1ike peptide-2，CLP-2)对大鼠失血性休克复苏后胆汁中分泌型IgA(sIgA)、肠黏膜蛋白质和DNA含量的影响。方法 采用大鼠经股动脉放血及自体血回输的方法复制休克复苏模型，连续腹腔注射GLP-2，7d后收集大鼠胆汁测定sIgA、采集门静脉血测定血内毒素及制备小肠黏膜标本测定小肠黏膜蛋白质和DNA含量。结果 休克复苏组胆汁中sIgA仅为对照组的78％左右，而GLP-2组与对照组接近；小肠黏膜蛋白质和DNA含量GLP-2组显著高于休克复苏组，门静脉血内毒素也显著减少。结论 GLP-2能够改善大鼠休克复苏后肠道免疫功能，从而减轻内毒血症。     

神经源性异位骨化相关差异基因的筛选及生物信息学分析

目的:基于GEO数据库筛选神经源性异位骨化的差异基因并进行生物信息学分析,寻找疾病相关基因和通道。方法:从GEO数据库中下载关于神经源性异位骨化的基因表达谱芯片,通过R软件的Limma包以调整后的P0.05和|Log2(fold-change)|2作为阈值筛选异位骨化组和健康对照组的差异基因,使用Matascape在线工具对差异基因进行GO富集及KEGG通路富集分析,并构建差异基因蛋白质-蛋白质相互作用关系(PPI)网络,利用Cytohubba和MCODE算法寻找关键基因。结果:共筛选出276个差异基因,其中上调基因150个,下调基因126个,差异表达基因的生物学过程(BP)主要在化学突触传递、跨突触信号的调控、骨化等过程富集;分子功能(MF)主要在细胞外基质结构成分、肝素结合、糖胺聚糖结合富集;细胞成分(CC)主要在胶原三聚体、含胶原蛋白的细胞外基质、细胞外基质富集。KEGG信号通路分析主要富集在补体和凝血级联、IL-17、Wnt、蛋白的消化吸收等通路。PPI网络共鉴别出EGF、GPR18、ADRA2C、CXCL1、C3、CXCL6、ADRB2、PENK、CXCL2、CDH1共10个hub基因和CXCL2、PTH2、EPHB1、HTR2B共4个种子基因。结论:通过对基因芯片的生物信息学分析,发现了可能与神经源性异位骨化相关的基因及分子调控机制。     

实验性脑梗死及再灌注后的微管相关蛋白、热休克蛋白及胶质原纤维酸性蛋白的动态变化

目的：动态观察实验性脑梗死及再灌注后的微管相关蛋白2(microtubule associated protein 2，MAP2)、热休克蛋白70(heat shock protein70，HSP70)及胶质原纤维酸性蛋白(glia fibril acid protein，GFAP)的变化，同时观察脑缺血的分子病理及形态学上的演变。方法：实验于1999-05／2000-02在中山医科大学神经科实验室进行，用90只SD大鼠行易卒中型肾血管性高血压模型术(RHRsP)，在术后10周按Longa’s方法改良行左侧大脑中动脉闭塞术。分别在闭塞12h内的不同时间点及再灌注48h完成检查后将大鼠处死行苏木精-伊红染色及MAP2，HSP70，GFAP免疫组化检查。结果：所有的RHRSP均表现出高血压性脑血管病变，主要表现为小动脉管壁增厚和管径小。自大脑中动脉闭塞30min～12h，缺血中心无HSP70染色阳性神经元，在其周边区有散在的HSP70阳性神经元，随着大脑中动脉闭塞的持续，其数目逐渐减少(P&;lt;0．01)；缺血周边区内出现MAP2阳性神经元增多，可见树突卷曲，在中心区MAP2阳性信号密度逐渐减少(P&;lt;0．01)，可见断裂的树突；同侧皮质及基底核区GFAP染色阳性细胞逐渐增多(P&;lt;0．001)，细胞体积增大，突起增多。恢复血流48h后，梗死灶周边区仍可见少量的HSP70阳性神经元；梗死灶周边区卷曲的树突已变直，而梗死灶内断裂的树突则消失；GFAP免疫反应增强更明显，并遍及正常组织及对侧脑组织。结论：缺血病灶在急性脑缺血早期病灶内神经元出现水肿、树突卷曲或断裂，而在再灌注48h时梗死灶内的神经元发生坏死、树突消失和神经胶质细胞增生。     

大鼠肝脏再生终止阶段差异基因表达的生物信息学分析

目的通过生物信息学方法分析参与肝脏再生(LR)终止阶段调控的相关基因,以探讨该阶段精确调控肝脏大小所涉及的相关分子机制。方法从美国国立生物技术信息中心(NCBI)的高通量基因表达数据库(GEO)下载大鼠部分肝脏切除(PH)术后肝组织基因表达数据集(GSE63742),选取LR终止阶段样本(PH术后7 d)并使用R语言筛选出该阶段所有差异表达基因(DEGs)。利用在线功能富集数据库DAVID对DEGs进行富集分析。利用线上蛋白质相互作用检索数据库(STRING数据库)构建DEGs的蛋白质-蛋白质互作用网络(PPI网络)并使用Cytoscape软件筛选该网络中的关键节点及关键基因。结果共筛选出136个有统计学意义的DEGs,其中包括70个上调基因及66个下调基因。京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析提示DEGs主要与类固醇激素合成、维生素A代谢、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、转化生长因子-β(TGF-β)通路等密切相关。基因本体富集表明DEGs主要与Notch信号通路负向调控、环氧酶P450通路、细胞外区域、外泌体、芳香酶活性以及类固醇羟化酶活性等过程、组分以及功能相关。STRING数据库和Cytoscape软件分析发现Cyp2c13、ste2、Mup5、LOC259244、Rup2、Hsd3b5、UST4r、Btg2、Cyp2c11、Myc为调控LR终止阶段的关键基因。结论采用生物信息学方法筛选出LR终止阶段DEGs中包含ste2、Btg2等关键基因,上述基因可能参与大鼠LR终止阶段调控,其调控机制与MAPK、TGF-β等通路相关。     

心脏基因工程研究：柯萨奇B2病毒云南分离株VP1基因的分子特征

目的：探讨CVB2云南分离株编码主要中和抗原的衣壳蛋白VP1基因?B5姆肿犹卣鳎云谖泄鶦VB2感染致病的分子基础、基因疫苗的研制和心脏基因工程实施提供参考依据。方法：采用逆转录PCR技术扩增CVB2云南分离株VP1基因，经分子克隆获得pMD18-T-CVB2VP1并测序，应用生物信息学进行其序列、同源性分析、预测蛋白质二级结构，并建立进化树。结果：CVB2云南分离株VP1基因全长约846bp，无起始密码及终止密码，与Ohio-1株(GenBank登录号：AF081312)核苷酸、氨基酸序列同源性最高为98％。BC环的BB区与BC区之间缺失6个腺嘌呤，其编码2个构成无规卷曲结构的赖氨酸。CVB的共同抗原表位区中RIYFKPKHVKA高度保守，为云南分离株及其他参考毒株的共同序列，变异主要在CVB2云南株的251～252位，W→Y，V→I。结论：CVB2云南分离株与Ohio-1株同源性最高，亲缘关系最近，以主要中和抗原表位区存在缬氨酸缺失，CVB共同抗原表位区存在具有规律性的变异及保守序列等为其主要分子特征。     

胚胎发育过程中神经节细胞发育和定位与胶质细胞源性神经营养因子／受体酪氨酸激酶信号传递系统的相关性

目的：胶质细胞源性神经营养因子(glial cell line-derived neurotrophic factor，GDNF)／受体酪氨酸激酶(Ret)信号传递系统功能异常及基因变异可导致肠道神经元缺失，从而引起先天性巨结肠(hirsehsprung，HSCR)的发生。综合GDNF／Ret信号传递系统与胚胎神经系统发育的研究结果，探讨胚胎发育过程中神经节细胞的发育和定位的分子机制。资料来源：应用计算机检索Medline数据库1980-01／2004-06期间的有关Ret、GDNF及胚胎神经系统发育的文章，检索词“Ret，GDNF、neurons，nervoussystem，embryodevelopment”，限定文章语言种类为英文。同时计算机检索中国期刊全文数据库和《中国临床康复》杂志1990-01／2004-06期间的相关文章，检索词“Ret，GDNF，神经元，神经系统，胚胎发育”，限定文章语言种类为中文。研究对象为GDNF／Ret信号传递系统功能异常及基因变异的患者和实验动物。资料选择：对资料进行初审，选取关于Ret，GDNF及胚胎神经系统发育的文献，查找全文，以随机对照试验为(RCT)纳入标准。资料提炼：共收集到45篇关于Ret，GDNF的功能及其与神经系统发育关系的文献。37篇文献符合纳入标准，排除8篇文章为非随机及重复的研究原著及综述。资料综合：综合以上研究结果说明，RET是一种原癌基因，其编码蛋白为受体酪氨酸激酶Ret。肠道神经节细胞的增殖、迁移与定位需要Ret接收信号来维持，Ret功能不全可导致神经节细胞分化的异常。GDNF在肠道神经系统的建立过程中起着神经营养作用，能促进多种发育中的神经元的存活，GDNF’可通过Ret进行胞内信号传导。结论：GDNF／Ret信号传递系统对胚胎发育过程中神经节细胞的发育和定位有重要作用。通过对它们的研究，有助于进一步明确神经节细胞增殖、定位和存活的分子机制，从而对由于GDNF／Ret基因突变引起的疾病找到一些治疗依据。     

中南大学生物医学工程研究院简介

生物医学工程学是一门生命科学与工程技术相结合的具有高度综合性的学科。它所包含的分支领域有：基因工程、组织工程、医疗器械、生物力学、光电子学、材料学、生物信息学、计算机应用、纳米生物技术、人工器官、康复医学、医学成像技术等。是一门近20年来国内外迅速发展起来的边缘学科。     

急性髓系白血病与急性淋巴系白血病的蛋白质组比较研究

本研究通过对急性髓系白血病(AML)与急性淋巴系白血病(ALL)细胞比较蛋白质组分析,寻找亚型特异性的蛋白质表达谱。应用双向电泳分别分离AML不同亚型(M1、M2、M3)、ALL患者骨髓白血病细胞蛋白质,利用PDQuest 7.4软件分析双向电泳图谱差异蛋白质点,基质辅助的激光解析飞行时间质谱和生物信息学鉴定差异蛋白质。结果显示:经过电泳图谱分析得到21个差异蛋白质点,质谱鉴定提示15种蛋白有统计学意义。在AML中高表达的蛋白质包括髓过氧化物酶(MPO)、硫氧还蛋白依赖的过氧化物还原酶(PRDX3),钙网蛋白(CALR)、烯酰辅酶A水合酶ECH1等7种,在ALL中高表达的蛋白质包括ARHGDIB、肌动蛋白抑制蛋白1(PFN1)、肌动蛋白(ACTG1)等8种。结论:AML与ALL细胞存在差异蛋白质表达谱,这将有助于发现早期诊断的分子标志物及特异性治疗靶标。     

中南大学生物医学工程研究院简介

生物医学工程学是一门生命科学与工程技术相结合的具有高度综合性的学科。它所包含的分支领域有：基因工程、组织工程、医疗器械、生物力学、光电子学、材料学、生物信息学、计算机应用、纳米生物技术、人工器官、康复医学、医学成像技术等。是一门近20年来国内外迅速发展起来的边缘学科。