基于16S rRNA测序对2型糖尿病患者肠道菌群特征的分析

目的 分析比较2型糖尿病患者(T2D)与正常人群肠道菌群结构、丰度及多样性的差异。方法 收集30例临床粪便样本(健康样本15例为研究组,2型糖尿病病例样本15例为对照组),应用Illumina MiSeq高通量测序技术进行Alpha、Beta多样性分析,比较研究组和对照组肠道菌群丰富度和多样性以及两组间的肠道菌群差异。采用Tax4Fun软件进行差异菌群功能预测。结果 研究组和对照组OTU共有1 565个,其中两组共有OTU为767个。与对照组比较,研究组肠道菌群α多样性下降;Unweighted Unifrac距离显著降低,差异有统计学意义(P<0.05),β多样性存在差异。在门水平上,研究组中厚壁菌门(Fimicutes)、变形杆菌门(Proteobacteria)的相对丰度明显高于对照组,而拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线杆菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobiota)相对丰度低于对照组。在属水平上,研究组克雷伯氏菌(Klebsiella)、普拉梭菌(Faecalibacterium)的相对丰度明显高于对照组,狄氏副拟杆菌(P...     

基于16S rRNA测序2型糖尿病大鼠肠内容物及粪便菌群研究

目的 基于16S rRNA测序技术,研究2型糖尿病模型大鼠肠内容物和粪便菌群,进而从肠道微生态的角度去探索糖尿病的奥秘。方法 采用高脂饲料喂养结合腹腔注射链脲佐菌素（45 mg/kg）复制2型糖尿病大鼠模型,观察脾、胃和肠组织的病理形态。采用16S rRNA测序技术分别研究各组大鼠肠内容物、粪便样本的菌群,并对菌群进行物种注释与评估、组成分析、差异分析和功能预测等。结果 与空白组比较,模型组大鼠血糖水平显著升高。组织切片结果发现,模型组大鼠脾组织中有多量的白髓内可见少量的凋亡小体;肠组织中可见大量的肠绒毛顶端上皮细胞脱落;胃组织中可见黏膜层多量的上皮细胞脱落。肠道菌群研究发现,大鼠肠内容物和粪便中菌群间存在差异。但分别与正常大鼠肠内容物和粪便相比,糖尿病大鼠肠内容物和粪便中菌群的多样性、丰度（门水平）等均发生相似变化。这些结果提示糖尿病模型大鼠脾胃受损,运化失司,肠道微生物的动态平衡被破坏。结论 2型糖尿病的发生、发展与肠道（肠内容物、粪便）菌群平衡的改变有关,研究为揭示糖尿病的发病机制及临床防治糖尿病提供研究思路。     

基于16S rRNA基因测序的黄褐斑病人肠道菌群差异研究

目的：利用新一代16S rRNA测序技术比较黄褐斑病人与健康人的肠道菌群多样性和细菌表型差异。方法：纳入30例黄褐斑病人为研究组,以20名正常人作为健康对照,测序分析粪便样品中细菌群落的结构组成和表型特征。结果：研究组肠道微生物群落丰度、多样性相对降低。研究组拟杆菌门、拟杆菌纲、拟杆菌目、普雷沃菌科、拟杆菌科、普雷沃氏菌、拟杆菌属等丰度显著降低,而厚壁菌门、放射菌门、放线菌纲、乳杆菌目、双歧杆菌目、毛螺菌科、布劳特氏菌等升高,差异均有统计学意义(P<0.05～P<0.01)。结论：黄褐斑病人与健康人肠道菌群存在一定差异。     

基于16S rRNA测序技术研究痛泻要方调节腹泻型肠易激综合征模型大鼠肠道菌群的作用机制

目的?探讨痛泻要方是否可以通过调节肠道菌群而对腹泻性肠易激综合征大鼠发挥治疗作用。方法?将24只SD大鼠随机分为4组:空白组、模型组、痛泻要方组和阳性药组。采用番泻叶灌胃加束缚刺激的方法制备大鼠腹泻型肠易激综合征模型。建模成功后连续给药1周。对大鼠进行体质量变化、病理检测、AWR评分等药理学效应指标检测,并对产生腹泻症状的大鼠计数。同时,通过16S rRNA高通量测序,对大鼠的肠道菌群进行测序分析。结果?所采用的方法可以成功制备大鼠腹泻型肠易激综合征模型。经痛泻要方治疗后,模型大鼠的腹泻症状得到缓解;痛泻要方组大鼠体质量及AWR评分明显高于模型组（P<0.001）。与模型组相比,痛泻要方组大鼠肠道菌群的丰度、多样性增加;在门水平下分析,痛泻要方组大鼠体内的拟杆菌门丰度增加,变形菌门、螺旋体门和疣微菌门的丰度降低。结论?痛泻要方能够通过调节肠道菌群的丰度及组成,对腹泻型肠激综合征大鼠发挥治疗作用。      

基于16S rDNA测序分析湿热下注型肛瘘的局部菌群

目的:通过16S rDNA测序试验研究湿热下注型肛瘘患者手术前后瘘管和肛管局部菌群的变化及其与未患肛瘘健康人群的菌群差异。方法:选取2020年6月至12月于上海中医药大学附属曙光医院肛肠科就诊并接受手术治疗的湿热下注型肛瘘患者,依据肛瘘位置不同分为高位肛瘘组和低位肛瘘组,两组各10例,未患肛瘘的健康人群10例纳入无肛瘘组,通过采集肛瘘患者术中瘘管分泌物,术前、术后肛管分泌物及未患肛瘘健康人群的肛管内分泌物,运用16S rDNA测序结合生物信息学分析,使用细菌群落多样性算法(OUT聚类、Alpha多样性),分析各组别、各时期的菌群特点,并进行功能富集。结果:无肛瘘组群落丰富度和多样性均最低;术前高位肛瘘组的群落丰富度和多样性均高于低位肛瘘组;瘘管分泌物的群落丰富度和多样性均高于同组病例肛管分泌物。结论:肛瘘患者肠道菌群丰富度及多样性均高于健康人群,瘘管内菌群丰富度及多样性均高于肛管,术后肛瘘患者肛管内菌群丰富度及多样性下降,但仍较健康人群高。     

间歇性缺氧对睡眠呼吸暂停大鼠模型肠道菌群结构的影响

目的 探讨间歇性缺氧(IH)对睡眠呼吸暂停综合征(OSAS)大鼠模型肠道菌群结构的影响。方法 16只大鼠随机均分为两组,分别给予4周常氧处理(NC组)或间歇性缺氧处理(IH组)。然后采集并提取大鼠粪便DNA,进行16S rRNA焦磷酸测序,并对测序结果进行生物信息学分析。Welch T检验分析两组间样本α多样性差异,ANOSIM分析检验组间β多样性差异,KW秩和检验分析组间显著丰度差异。结果 IH组与NC组间OTUs数量无显著差异(P＞0.05)。且群落多样性(Shannon指数)和丰富度(Chao1指数)亦无显著差异(P＞0.05)。物种差异分析显示,在门水平,拟杆菌门(P＜0.05)、软壁菌门(P＜0.01)在IH组肠道中显著富集,而厚壁菌门(P＜0.05)在NC组肠道中显著富集,但并未发现IH对大鼠肠道内变形菌门(P＞0.05)物种丰度的影响。在科水平上,优势菌科中,普雷沃氏菌科(P＜0.05),克里斯滕森菌科(P＜0.001),韦荣球菌科(P＜0.05),柔膜细菌RF9(P＜0.01)在IH组显著富集,理研菌科(P＜0.001),乳杆菌科(P＜0.01)在NC组显著富集。弱势菌科中,产碱菌科(P＜0.01),红螺菌科(P＜0.05),vadinBE97(P＜0.05)IH组显著富集。网络分析显示,IH组和NC组间有广泛的物种之间的相互作用。结论 间歇性缺氧可以显著改变大鼠肠道菌群结构特征。     

肠道菌群代谢物脱氧胆酸对人脐带间充质干细胞hUC-MSCs增殖及细胞周期的影响

目的 探讨肠道菌群代谢物次级胆汁酸DCA不同浓度和不同作用时间在体外环境下对人脐带间充质干细胞(human umbilical cord mesenchymal stem cells,hUC-MSCs)增殖和细胞周期的影响。方法 CCK8及流式细胞仪检测在含不同浓度DCA(0.00μmol/L、1.56μmol/L、3.13μmol/L、6.25μmol/L、12.50μmol/L、25.00μmol/L、50.00μmol/L、100.00μmol/L、200.00μmol/L、400.00μmol/L、800.00μmol/L)干细胞培养基中培养hUC-MSCs 24 h、48 h、72 h后,干细胞增殖及细胞周期的变化。结果 脱氧胆酸对hUC-MSCs增殖的影响体现在DCA剂量和作用时间两方面(两者交互作用,F=6.622,P <0.001);当浓度一定时,时间越长,细胞增殖越多;当作用时间一定时,浓度越高,细胞增殖抑制。浓度一定时,随时间的增加,细胞阻滞在G0/G1期的比例增加(P <0.001);不同作用时间DCA对hUC-MSCs的细胞周期表现为低浓度组细胞阻滞...     

基于16S rDNA基因测序技术分析不同体长斑马鱼的肠道菌群结构差异

目的:分析探究同亲代不同体长斑马鱼肠道菌群组成和丰度差异.方法:将同一亲代的3月和6月龄子代斑马鱼,按性别及体长进行分组,采用16S rDNA序列分析技术检测斑马鱼肠道菌群构成,比较不同性别及体长的斑马鱼肠道菌群多样性和丰度差异.结果:Alpha多样性分析结果显示,3月龄斑马鱼同一性别体长与体短组间菌群丰度和多样性存在...     

高通量测序法研究不同pH的饮用水对SPF小鼠肠道微生物的影响

目的研究不同pH饮用水对SPF小鼠肠道微生物多样性的影响。方法 21日龄SPF小鼠90只随机分成3组,每组30只,分别给予三类水,即酸化水(pH 3.0),中性水(pH 7.0)和碱性水(pH 9.0),并进行为期三个月的饲养。每组分别在饲养4周、8周、12周末各处死10只动物,取血清按SPF国标项目检测了细菌、病毒、寄生虫,取回盲部内容物,根据细菌16S rRNA的保守性设计引物,构建文库,进行高通量(Illumina)测序,获得10 G的数据,并对数据进行统计,聚类分析。结果以pH 3.0处理的小鼠肠道微生物丰富度适中,稳定性高。结论在规模化饲养条件下,选取pH 3.0饮用水小鼠能较长时间维持肠道微生物多样性,稳定性达到一个平台。本研究为长期稳定维持动物质量的生产实践提供了理论与技术支持,也是胃肠道宏基因组学技术在动物质量控制领域的一个具体应用。     

基于16S rDNA高通量测序分析2型糖尿病腹泻患者肠道菌群的变化

目的 利用16S rDNA高通量测序技术,研究2型糖尿病腹泻患者肠道菌群的变化。方法 收集18例2型糖尿病腹泻患者和23例健康受试者的粪便样本,提取肠道菌群基因组,采用二代高通量基因测序技术,对16S rDNA V3～V4高变区进行扩增测序、生物信息学分析,比较两组人群肠道菌群结构和种类的差异。结果 Alpha多样性分析显示2型糖尿病腹泻患者肠道中菌群的丰度和多样性低于健康对照组,P<0.05。在门水平上,2型糖尿病腹泻患者组拟杆菌门占比低于健康组,P<0.05;而厚壁菌门,疣微菌门高于健康组,P均<0.05。另外,厚壁菌门/拟杆菌门比值,患者组高于健康组,P<0.05。在属水平上,2型糖尿病腹泻患者组中粪杆菌属低于健康对照组,P<0.05。结论 16S rDNA高通量测序技术有助于分析2型糖尿病腹泻患者肠道菌群多样性,为研究肠道菌群与2型糖尿病腹泻的关系提供新的思路和理论依据。     

基于16S rRNA测序探讨银屑病1号方对银屑病患者皮肤微生态的影响

[目的] 采用16S rRNA基因测序技术，观察银屑病1号方对银屑病患者治疗前后皮肤微生态的影响。[方法] 选取在杭州市第三人民医院接受治疗的30例寻常型银屑病患者，口服银屑病1号方治疗后，取治疗前后皮肤样本，同时选取健康对照组30例，采用16S rRNA基因测序技术，分析治疗前后菌群多样性及菌群分布差异。[结果] 银屑病1号方治疗后患者组操作分类单元(operational taxonomic units，OTUs)数目较治疗前患者组显著减少(P<0.05)。在门水平上，治疗后患者厚壁菌门、放线菌门增加，变形菌门、拟杆菌门含量减少；在属水平上，治疗后患者痤疮丙酸杆菌属、葡萄球菌属、棒状杆菌属丰度增加，链球菌属丰度下降。秩和检验显示，治疗前患者组中相对丰度较高(>1%)的差异物种有厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、葡萄球菌属、金黄杆菌属、鞘氨醇单胞菌属。功能预测分析，患者组的皮肤微生态功能与糖代谢、辅因子及维生素代谢和氨基酸生物合成的相关基因通路与健康对照组比较差异有统计学意义(P<0.01)。[结论] 银屑病1号方可通过改善皮肤微生态治疗银屑病。     

升阳散火汤及其拆方对慢性疲劳综合征小鼠行为学和肠道菌群的影响

目的 探讨升阳散火汤及其拆方对慢性疲劳综合征小鼠行为学和肠道菌群的调节作用.方法 ICR小鼠随机分为空白组、模型组、升阳散火汤组、及其拆方的补虚组和升阳散郁组,采用复合应激因素复制慢性疲劳综合征模型,于实验第15天开始给药,空白组及模型组给予等量蒸馏水,升阳散火汤组(2.73 g/kg)、升阳散郁组(1.57 g/kg)、补虚组(1.16 g/kg)给予相应的药物和剂量灌胃,期间造模不间断,连续灌胃30 d.分别于实验第15、30、45天,以体质量变化、力竭游泳、悬尾实验进行行为学评估.实验第45天后采集各组粪便样本,利用16S rRNA测序技术进行肠道菌群多样性和结构变化分析.结果 行为学评估显示,与空白组相比,模型组小鼠体质量增长缓慢、力竭游泳时间减少、小鼠悬尾静止时间增加(P＜0.05);与模型组相比,实验第30天,各给药组小鼠体质量差别无统计学意义,升阳散火汤组、补虚组力竭游泳时间增加(P＜0.05),升阳散火汤组、升阳散郁组小鼠悬尾静止时间缩短(P＜0.05);实验第45天,各给药组小鼠体质量差别无统计学意义,升阳散火汤及其拆方各组小鼠悬尾静止时间明显缩短、力竭游泳时间均升高(P＜0.05).肠道菌群测序实验结果显示,升阳散火汤组和升阳散郁组均可增加乳杆菌属、咸海鲜球菌属、毛螺菌属NK4 A136益生菌群的丰富度,降低拟普雷沃菌属的相对含量.结论 升阳散火汤及其拆方均可通过调节与慢性疲劳综合征相关肠道菌群的相对丰度而改善模型动物的疲劳状态.     

基于16S rDNA测序技术探索白头翁汤灌肠对湿热型溃疡性结肠炎大鼠肠道菌群的影响

目的 采用不同剂量白头翁汤对比美沙拉嗪干预治疗湿热型溃疡性结肠炎（ulcerative colitis,UC）大鼠,观察肠道菌群是否参与了UC的发病过程及药物治疗前后肠道菌群的变化情况。方法 随机将62只SD健康雄性大鼠分为正常组,模型组,白头翁汤低、中、高剂量组和美沙拉嗪组,其中正常组12只,其余各组10只。采用三硝基苯磺酸/乙醇复合法复制UC大鼠模型。模型复制成功后,白头翁汤低、中、高剂量组分别以白头翁汤每日2.15、4.31、8.62 g/kg灌肠,美沙拉嗪组予以美沙拉嗪灌肠液每日0.35 g/kg灌肠,正常组和模型组予以生理盐水灌肠,连续给药14 d。治疗结束后观察各组大鼠一般情况和疾病活动指数,光镜下观察结肠病理变化,并收集大鼠结肠新鲜的粪便,提取粪便微生物DNA,测序及分析PCR扩增基因组DNA,采用Miseq平台测序。结果 ①与模型组相比,白头翁汤各剂量组和美沙拉嗪组体质量逐渐回升,便血及腹泻次数减少。②与模型组比较,白头翁汤各剂量组、美沙拉嗪组疾病活动指数评分明显降低,差异均有统计学意义（P＜0.05）。③模型组大鼠菌群丰度、多样性均降低,白头翁汤及美沙拉嗪治疗后菌群丰度及多样性均有提升。④模型组大鼠厚壁菌门与拟杆菌门比值较正常组升高,白头翁汤和美沙拉嗪治疗后二者比值回调。⑤在菌群构成方面,UC大鼠较正常大鼠具有较低的普氏菌属、乳杆菌属生物丰度,白头翁汤和美沙拉嗪治疗后可回调普氏菌属、乳杆菌属益生菌丰度。结论 肠道菌群参与了UC的发病过程,白头翁汤和美沙拉嗪可能通过调节肠道益生菌而起到对于疾病的治疗作用。     

幽门螺杆菌感染对胃内正常菌群结构的影响

目的比较分析不同人群胃内菌群的特点,探讨幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)感染对胃内菌群结构的影响,探讨胃内菌群与Hp相关疾病的关系。方法分别采集Hp阴性者、Hp正常携带者和Hp感染患者的胃黏膜标本220例,采用多种选择性培养基分别在需氧、微需氧、厌氧情况下分离培养细菌,结合Hp感染情况,分析胃内主要菌群的结构组成及定植数量。结果220例胃镜受检者中,Hp阴性82例,Hp阳性138例,Hp检出率为62.73%;乳杆菌检出率在Hp阴性者(59.76%)和Hp感染患者(27.84%)比较,差异有统计学意义(P<0.05),其余细菌在3类人群中检出率差异无统计学意义(P>0.05);细菌总量在Hp阴性者胃内的定植量显著高于Hp正常携带者和Hp感染患者(P<0.05);Hp阴性者中的乳杆菌、肠杆菌、链球菌所占比例分别为41.39%、16.90%、18.28%,检出数量和所占比例明显均高于Hp感染患者(P<0.05);厌氧菌在Hp感染患者的检出率最高,所占比例为43.77%,显著高于Hp阴性者(P<0.05)。结论Hp感染严重影响胃内菌群变化,胃内菌群(特别是乳杆菌与厌氧菌)与Hp致病性密切相关...     

熊脱氧胆酸联合S-腺苷蛋氨酸治疗妊娠期肝内胆汁淤积症的疗效及对围生儿预后的影响

目的探讨熊脱氧胆酸联合S-腺苷蛋氨酸治疗妊娠期肝内胆汁淤积症(ICP)的疗效及对围生儿预后的影响。方法将62例ICP患者根据入院顺序随机分为观察组与对照组,每组各31例。对照组患者予能量合剂、维生素C及S-腺苷蛋氨酸治疗,观察组在此基础上加用口服熊脱氧胆酸胶囊。比较2组治疗前后瘙痒症状评分、总胆汁酸(TBA)、丙氨酸氨基转移酶(ALT)、天门冬氨酸氨基转移酶(AST)及围生儿预后的差异。结果治疗后2组患者瘙痒评分、TBA、ALT、AST均较治疗前有显著降低(均P<0.05),观察组效果优于对照组(P<0.05)。2组患者剖宫产率及胎儿窘迫发生率差异无统计学意义(均P>0.05);观察组早产率为12.90%,低于对照组的29.03%(P<0.05)。结论熊脱氧胆酸联合S-腺苷蛋氨酸治疗ICP,在减轻瘙痒症状、降低血胆汁酸及转氨酶水平、早产率方面具有重要意义。     

清肺通络合剂对气阴两虚兼痰热型社区获得性肺炎患者肠道菌群多样性的影响

目的 探讨中药清肺通络合剂（QFTLM）对气阴两虚兼痰热型社区获得性肺炎（CAP）患者肠道菌群多样性的影响。方法 采用前瞻性临床对照研究方法,根据患者采用的治疗方法不同,将23例气阴两虚兼痰热型CAP患者分为两组：予抗菌药物治疗组10例,予抗菌药物联合QFTLM治疗组13例。收集治疗前后患者粪便样本46份,利用PacBio测序平台进行16S rRNA测序,分析两组患者治疗前后样本中肠道菌群的组成、多样性和显著性差异物种。结果 （1）两组治疗前后肠道菌群的组成：在门水平为厚壁菌门、变形杆菌门、拟杆菌门、疣微菌门和放线菌门;在纲水平为梭菌纲、革兰阴性菌纲、芽孢杆菌纲、丹毒丝菌纲、拟杆菌纲、γ-变形杆菌纲、疣微菌纲和放线菌纲;在目水平为拟杆菌目、梭菌目、单胞菌目、肠杆菌目、乳杆菌目、丹毒丝菌目和颤螺菌目;在科水平为拟杆菌科、乳球菌科、肠杆菌科、韦荣球菌科、艾克曼菌科、毛螺菌科、喜热菌科、链球菌科、丹毒丝菌科和肠球菌科;在属水平为拟杆菌属、粪杆菌属、埃希氏菌属、罕见小球菌属、巨单胞菌属、艾克曼菌属、梭菌属、链球菌属和肠球菌属。（2）两组治疗前后梭菌纲的相对丰度抗菌药物组治疗前后为（0.48±0...