川乌、白芍治疗类风湿关节炎的网络药理学研究

目的:研究川乌、白芍治疗类风湿关节炎的作用机制.方法:以口服生物利用度(OB)≥30％、类药性(DL)≥0.18为指标,通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库分别获取川乌、白芍的活性成分、作用靶点,GeneCards数据库获取类风湿关节炎靶点,采用Cytoscape 3.7.2软件构建川乌、白芍活性成分...     

基于网络药理学探讨黄芪治疗骨质疏松症的分子机制

目的基于网络药理学方法探讨黄芪治疗骨质疏松症的潜在作用机制。方法通过TCMSP数据库进行黄芪潜在化学成分获取和靶点预测,运用GeneC ards及OMIM数据库预测筛选与骨质疏松症相关的基因,采用R软件进行药物靶点与疾病靶点映射匹配。通过Cytoscape软件进行药物-成分-靶点-疾病可视化网络建立,借助String数据库在线平台进行蛋白互作网络构建,采用DAVID数据库进行生物过程及通路注释。结果通过筛选共得到黄芪主要化合物20种,药物靶点218个,与骨质疏松症相关的靶点22个,主要影响转录因子活性、配受体活性、细胞因子活性、类固醇激素受体活性等生物过程,涉及类风湿关节炎通路、破骨细胞分化通路、IL-17因子通路、AGE-RAGE信号通路、雌激素通路等。结论研究结果证实黄芪具有多成分、多靶点、多过程的作用特征,不仅直接参与骨代谢,还间接通过消化系统、循环系统、内分泌系统等影响骨微环境,调节骨代谢,治疗骨质疏松症; Toll样受体信号通路、炎症性肠病、PI3K-Akt信号通路等与消化系统、脾脏相关通路的富集,可能是黄芪从脾治疗骨质疏松症的重要证据。     

联合GEO数据库使用网络药理学探讨四妙勇安汤治疗类风湿关节炎的作用机制

目的:联合GEO数据库使用网络药理学探讨四妙勇安汤治疗类风湿关节炎的主要成分和可能的作用机制.方法:通过GEO芯片数据挖掘OMIM数据库和Genecards数据库,检索收集类风湿关节炎靶点;通过TCMSP数据库,以生物利用度>30％,类药性>0.18为筛选条件,收集四妙勇安汤的活性成分及对应靶点.将四妙勇安汤靶点与类风...     

基于网络药理学探讨黄芪-当归治疗糖尿病足的作用机制

目的:采用网络药理学方法分析黄芪-当归(HQ-DG)治疗糖尿病足,促进溃疡愈合的作用机制.方法:检索中药系统药理学数据库与分析(TCMSP)数据库,查阅文献获得黄芪-当归潜在活性成分及作用靶点,通过GeneCards数据库、OMIM数据库、DDT数据库和Drugbank数据库获得糖尿病足的疾病潜在靶点;应用Metasc...     

基于网络药理学和分子对接探讨程氏萆薢分清饮治疗慢性前列腺炎的机制研究

目的:运用网络药理学研究和分子对接技术,探讨程氏萆薢分清饮治疗慢性前列腺炎(CP)的潜在机制.方法:借助TCMSP数据库筛选萆薢分清饮的活性成分及对应蛋白靶点,并利用Uniprot数据库确定基因靶点简称,通过Cytoscape3.7.2软件构建"中药-有效成分-靶点"作用网络.借助GeneCards和OMIM数据库筛选...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨益气养阴汤治疗甲状腺癌术后的作用机制

目的：利用网络药理学和分子对接技术探讨益气养阴汤治疗甲状腺癌术后的作用机制。方法：通过本草组鉴（HERB）数据库检索益气养阴汤10味药物化学成分,通过PubChem、SwissADNE筛选药物活性成分,Swiss target prediction预测活性成分作用靶点。在Gene Cards、OMIM、DisGeNET、Drug Bank数据库检索获得甲状腺癌术后的疾病靶点。Venny2.1.0平台获得药物与疾病的交集靶点,使用String数据库构建交集靶点蛋白互作网络,并导入Cytoscape3.9.1筛选得到核心靶点蛋白;借助Cytoscape3.9.1构建药物-活性成分-靶点网络图,并获取关键活性成分;使用Metascape数据库进行GO和KEGG富集分析;对关键靶点和关键成分进行分子对接验证。结果：得到益气养阴汤活性成分157种,预测活性成分作用靶点507个,甲状腺癌术后相关疾病靶点1817个,药物活性成分—疾病交集靶点154个。PPI分析得到SRC、HSP90AA1、PIK3R1、PIK3CA、AKT1为关键靶点基因,槲皮素、山柰酚、木犀草素为关键活性成分,分子对接显示关键靶...     

基于网络药理学及分子对接方法探讨当归补血汤治疗慢性肾脏病的作用机制

目的:基于网络药理学及分子对接方法分析当归补血汤治疗慢性肾脏病的作用机制,构建慢性肾衰竭大鼠模型进行实验验证。方法:利用数据库筛选当归补血汤活性成分及靶点、慢性肾脏病疾病靶点,取二者交集,构建蛋白互作(PPI)网络模型,对交集靶点进行GO与KEGG通路富集分析,构建药物-疾病靶点-通路网络图,得到当归补血汤治疗慢性肾脏病的关键靶点。对药物核心成分和疾病靶蛋白进行分子对接。构建慢性肾衰竭大鼠模型,运用免疫组化及Western Blotting方法对核心靶点进行验证。结果:(1)当归补血汤治疗慢性肾脏病的潜在靶点涉及氧化应激、细胞粘附、凋亡等生物学过程,涉及蛋白激酶复合物、细胞外基质等细胞组成,涉及蛋白激酶活性、DNA结合转录因子结合、细胞因子受体结合等分子功能,涉及NF-κB信号通路、FoxO信号通路等多种信号途径。(2)筛选关键基因SIRT1、TLR4、MCP-1与当归补血汤主要活性成分黄芪甲苷、毛蕊异黄酮、槲皮素进行分子对接,配体化合物均能良好的包埋在受体靶蛋白的活性口袋中。(3)构建慢性肾衰竭大鼠模型,给予当归补血汤结肠透析治疗,与正常组相比,CRF模型组肾组织SIRT1、Clau...     

山药-黄芪药对治疗2型糖尿病性骨质疏松的网络药理学机制研究

目的 筛选山药-黄芪药对的化学成分并预测其作用靶点,建立药物活性成分-作用靶点-信号通路网络,分析山药-黄芪药对治疗2型糖尿病性骨质疏松(type 2 diabetic osteoporosis,T2DOP)的作用机制.方法 通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)检索山药、黄芪的所有潜在活性成分及其对应的作用靶...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨聚精丸治疗精索静脉曲张性男性不育的作用机制

目的:基于网络药理学与分子对接技术探讨聚精丸治疗精索静脉曲张性男性不育的潜在作用机制。方法:通过TCMSP数据库及BATMAN数据库检索聚精丸中药成分并获取成分对应的靶点;在“GeneCards”“DISGENET”“OMIM”“HPO”数据库检索“varicocele”、“male infertility”,获得精索静脉曲张性男性不育的潜在靶点;利用jvenn工具绘制韦恩图,获得中药靶点与疾病靶点的交集靶点;筛选出与交集靶点相对应的成分及中药,在Cytoscape3.8.2构建中药-活性成分-靶点网络图;应用STRING平台构建病药交集靶点的蛋白-蛋白相互作用网络(PPI);将病药交集靶点导入DAVID数据库进行GO富集分析并进行基于KEGG的通路富集分析;再将病药交集靶点上传至KEGG数据库,选择与本课题最为相关的通路,使用mapper工具构建KEGG通路图;进一步使用FDR值排名前15的通路与其相关靶点、成分绘制核心成分-靶点-通路图;最后,利用AutoDock及PyMol软件对核心基因的蛋白受体和小分子配体进行分子对接验证及结果的可视化分析。结果:共筛选出聚精丸207种成分和1...     

基于网络药理学和分子对接探讨顾步汤治疗糖尿病足作用机制的研究

目的:通过网络药理学和分子对接方法,预测顾步汤治疗糖尿病足(DF)的作用机制.方法:通过TCMSP数据库获取顾步汤各中药有效成分并预测其作用靶点;通过检索TTD数据库和CTD数据库筛选DF的靶点,并将成分靶点与疾病靶点取交集得到关键靶点;通过STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;运用Cytoscape...     

黄芪桂枝五物汤治疗老年类风湿性关节炎36例

黄芪桂枝五物汤治疗老年类风湿性关节炎３６例柴可夫１胡补菊２近年来，笔者采用黄芪桂枝五物汤加减合中药外洗治疗老年类风湿性关节炎，取得较好的疗效，现报道如下。１资料与方法１．１病例选择本组病例均符合１９８７年美国风湿病协会修订的类风湿性关节炎分类标准。对...     

黄芪-生地治疗糖尿病肾病作用机制的网络药理学研究

目的:应用网络药理学方法探讨黄芪-生地干预糖尿病肾脏疾病(diabetic kidney disease, DKD)的物质基础及作用机制。方法:应用TCMSP及TCMID数据库及结合相关文献筛选黄芪、生地药物成分,运用Swiss Target Prediction分析平台获取活性成分关键靶点,GeneCards数据库获取疾病靶点信息;利用韦恩图获取药物和疾病交集靶点,String数据库对交集靶点进行PPI分析;将交集靶点上传至Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析,应用Cytoscape3.8.2软件构建“成分-靶点-信号通路”网络。结果:共查找符合筛选条件药物成分33个,活性药物靶点263个,疾病靶点756个,药物和疾病交集靶点67个,设定条件下,GO功能富集分析共得到53个条目,涉及分子功能、细胞组成及生物过程,KEGG富集分析筛选18条信号通路,关键靶点VEGFA、JUN、MET、EGFR、IGF等主要富集在肿瘤信号途径、c型凝集素受体信号通路、白介素17信号途径等相关信号通路。结论:黄芪-生地可通过多靶点、多途径干预DKD进展,预测中药潜在作用机制,为进一步...     

基于网络药理学和分子对接探讨补肾活血汤“从虚从瘀”治疗骨质疏松症的分子机制

目的采用网络药理学和分子对接技术探索补肾活血汤"从虚从瘀"治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的内在分子机制。方法将补肾活血汤中的药物在TCMSP、Batman-TCM、化学数据库、TCMID数据库和知网上收集相关化学成分及作用靶点,然后对靶点进行基因注释;对Gene Cards和OMIM数据库进行疾病相关靶点检索,获取其对应靶点;然后通过Cytoscape3.7.2软件将药物成分、疾病及靶点的对应关系构建"中药-成分-靶点-疾病"网络可视化,并从String数据库获取交集靶点数据,构建蛋白互作网络;利用R语言软件对基因进行GO和KEGG富集分析;最后对核心化合物及靶点进行分子对接。结果共获取补肾活血汤活性化合物171种,共筛选出11个核心成分,预测出对应靶点166个; OP相关靶点1 335个,两者的交集基因共54个;利用PPI蛋白网络共筛选到13个核心靶点蛋白; GO和KEGG富集分析分别得到279个、63个富集结果;分子对接结果显示补肾活血汤治疗骨质疏松过程中,其核心化合物豆甾醇与MAPK1、PPARG以及β-谷甾醇与PPARG具有良好的结合性能。结论补肾活血汤通过营养支持、免疫调节和抗炎、损伤修复等方面发挥其重要作用,通过网络药理学和分子对接阐释了其"从虚从瘀"治疗骨质疏松的内在分子机制。     

基于网络药理学探究三芪口服液治疗慢性肾小球肾炎的效应机制

目的:研究三芪口服液治疗慢性肾小球肾炎(chronic glomerulonephritis,CGN)的网络药理学机制。方法:根据药物的药物动力学(ADME)特性,通过TCMSP平台筛选以三七、黄芪复方研制的三芪口服液的活性成分,通过Pub Chem平台、Swiss Target Prediction平台进行作用靶点的预测;基于Gene Cards数据库、Dis Ge NET数据库、OMIM数据库检索CGN相关靶点,采用Venny分析工具对药物靶点及疾病靶点进行重叠;借助cytoscape软件构建"活性药物-活性成分-靶点基因"网络,采用String数据库构建蛋白质相互作用网络。并将重叠的靶点信息利用DAVID数据库分析生物过程及通路富集。结果:本研究共获得27个药物活性成分,对应211个靶点,与疾病靶点有关的潜在靶点为42个;主要通过调节激素受体结合、蛋白酪氨酸激酶活性、Rap1信号通路、PI3K-Akt信号通路等发挥治疗CGN治疗作用。结论:三芪口服液通过多靶点-多通路治疗CGN,为解释其效应机制提供理论基础及科学依据。     

二仙汤防治骨质疏松症的网络药理学研究

目的通过网络药理学分析二仙汤防治骨质疏松症(osteoporosis,OP)的关键靶点,探讨二仙汤防治OP的可能机制及信号通路。方法检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),筛选二仙汤的入血活性成分并预测其作用靶点;利用基因表达数据库(GEO)获取GSE56116基因芯片原始数据,分析二仙汤的治疗靶点;从疾病相关数据库检索已知OP致病基因;通过STRING和Cytoscape软件映射获得二仙汤治疗OP的关键靶点,建立关键靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并进行KEGG和GO富集分析揭示其可能的作用机制。结果通过检索TCMSP获得符合筛选标准的二仙汤活性成分84个,21个活性成分预测出145个作用靶点;通过R语言对基因芯片进行分析筛选出84个可能致病靶点,通过疾病相关数据平台获得691个OP相关致病靶点,利用STRING和Cytoscape构建PPI网络筛选出40个关键作用靶点和9个核心作用靶点。KEGG和GO分析结果显示,二仙汤治疗OP的关键靶点主要富集在RNA聚合酶II启动子对转录的正向调节、一氧化氮合酶等生物学进程,主要富集的信号通路为TNF信号通路、低氧诱导因子1信号通路和雌激素信号通路等。结论通过网络药理学方法阐释二仙汤可能通过TNF信号通路和HIF-1信号通路治疗OP,本研究为揭开中药复方治疗疾病的作用机制提供了科学的方法。     

茵陈赤小豆汤治疗深静脉血栓形成的网络药理学机制研究

目的:利用网络药理学研究方法预测茵陈赤小豆汤治疗深静脉血栓形成的作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库和分析平台,挖掘茵陈赤小豆汤药物有效成分并预测其作用靶点,通过GeneCards、OMIM等数据库筛选出深静脉血栓形成的相关靶点.运用Cytoscape软件构建茵陈赤小豆汤治疗深静脉血栓形成的"成分-靶点-通路-疾病...     

基于网络药理学的“山慈菇-半枝莲”抗肝癌活性成分及作用机制研究

目的 基于网络药理学探讨“山慈菇-半枝莲”药对治疗肝癌的有效靶点及作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）数据库检索山慈菇和半枝莲活性成分和相关靶点,在genecards数据库和OMIM数据库获取肝癌相关疾病靶点。运用Cytoscape构建“药物-活性成分-靶点”网络,String数据库构建蛋白相互作用网络（protein-protein interaction,PPI）,并通过网络拓扑分析筛选关键成分及核心靶点,最后通过R软件对肝癌靶基因进行GO功能分析和KEGG富集分析。结果 本研究筛选出“山慈菇-半枝莲”活性成分30个,肝癌靶点192个,涉及162个信号通路,进一步筛选得出核心化合物7个,核心靶基因6个,GO富集结果显示肝癌靶基因主要参与DNA转录和蛋白降解、炎症反应、免疫抑制以及血管的生成等生理功能。KEGG富集结果显示AGE-RAGE信号通路、乙型肝炎信号通路,IL-17、TNF、PI3K-Ak...     

通过网络药理学研究白术治疗前列腺癌的作用机制

目的:研究白术治疗前列腺癌的潜在靶点和作用机制.方法:使用公共数据库(TCMSP数据库、Genecard数据库、OMIM数据库、CTD数据库、DigSee数据库),筛选出白术的潜在活性成分及药物治疗疾病的预测靶点、前列腺癌靶点,构建成分-疾病-靶点网络图.通过生物信息学分析,包括构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)...     

森登-4汤治疗骨性关节炎的靶点筛选及验证

目的筛选并验证森登-4汤治疗骨性关节炎(osteoarthritis,OA)的作用靶点。方法运用网络药理学方法中TCMSP、PubChem等数据库及Swiss target predictionn平台,获得森登-4汤的化合物信息,运用DISgeNET、PharmGkb、OMIM、NCBI等数据库,获OA疾病相关靶点基因。以Merge工具构建“森登-4汤活性成分-靶点-通路”网络图,筛选靶点蛋白。建立家兔OA模型并给予森登-4汤灌胃治疗,采用蛋白质免疫印迹法(western blot,WB)检测家兔膝关节软骨组织基质金属蛋白酶(matrix metalloproteinase9,MMP9)、基质金属蛋白酶(matrix metalloproteinase13,MMP13)蛋白表达。结果通过本研究筛得森登-4治疗OA的13个靶点蛋白,通过WB法对其中MMP9、MMP13蛋白进行验证分析,结果表明,森登-4汤显著下调MMP9、MMP13蛋白表达,与模型组比较有显著差异(P<0.01)。结论筛选了森登-4汤治疗OA的相关靶点。验证了网络药理学与分子生物学方法的一致性,阐明了森登-4汤通过调节MMP9、MMP13等蛋白达到治疗OA的机理所在。     

基于网络药理学的肉桂治疗腰椎间盘突出症分子机制研究

目的:利用网络药理学方法探究肉桂治疗腰椎间盘突出症的分子作用机制及关键靶点.方法:从药物和疾病两个角度出发,通过TCMSP、TCMID数据库收集肉桂化学成分,根据阈值筛选有效活性成分并预测其作用靶点,构建"肉桂活性成分-靶点"网络.GenCards、OMIM数据库检索腰椎间盘突出症相关基因,建立"疾病-靶点"网络,将药...