山东省部分HIV-1流行株的亚型分析和序列特征研究

目的　对山东省HIV 1流行毒株进行亚型分析 ,并研究其变异特征。方法　采集 2 6份HIV 1感染者的外周静脉抗凝血 ,提取前病毒DNA进行体外扩增 ,获得包膜蛋白 (env)基因的核酸片段 ,并对其C2 V3及邻区的核苷酸进行测定和分析。结果　基因和氨基酸序列分析表明 ,2 6份标本中存在 4种亚型和重组毒株 (B′、C、A、A/E) ,其中B′ 17株 ,其组内基因距离为 11.6 9± 4 .19。V3环顶端四肽有 6种形式 ,最多的是GPGQ(15株 )、GPGR(6株 )。V3环第 11、2 5位氨基酸出现变异 ,并有 1株呈电荷双阳性。结论　山东省HIV 1流行株亚型较多 ,有重组毒株出现的可能 ,基因发生较大变异 ,HIV 1传播在山东省有加快的趋势。     

湖北省HIV-1流行株gag基因序列测定及亚型分析

目的 了解湖北省HIV-1感染者流行毒株亚型分布和流行趋势.方法 随机采集湖北省HIV-1感染者的抗凝全血标本,分离血浆,提取病毒RNA,用套式聚合酶链反应扩增HIV-1病毒gag基因,并进行序列测定和亚型分析.结果 对80份HIV-1感染者的样品进行扩增,得到了62份样品的HIV-1基因片段.共发现7种HIV-1亚型和流行重组株.泰国B'亚型占11.3％ (7/62),欧美B亚型占4.8％ (3/62),G亚型占4.8％ (3/62),CRF07-BC占22.6％ (14/62),CRF08-BC占6.5％(4/62),CRF01-AE占48.4％(30/62),CRF15-01B占1.6％ (1/62).在湖北省发现了CRF15-01B和G亚型.结论 湖北省存在多种HIV-1亚型和流行重组型,CRF01-AE、CRF07-BC两种重组亚型毒株为目前湖北省HIV-1流行优势毒株,应加强对HIV-1毒株亚型变异的监测,及时调整防治策略.     

福建省HIV-l流行毒株的基因序列测定和亚型分析

目的　通过DNA序列分析 ,确定福建省HIV 1流行毒株的亚型。方法　从福建省HIV 1抗体阳性者中选择 9例经性接触感染HIV 1者 ,采集其全血分离周围血淋巴细胞 (PBMCs)提取DNA作为PCR扩增的模板 ,设计合成 3对套式引物扩增HIV 1前病毒DNA的C2～V3区用于测序。所测序列与HIV 1中的 6个亚型的 10个国际标准或参考序列进行比较 ,确定被检标本的型别。结果使用PCR技术对 9份福建HIV 1阳性感染者PBMC样品进行扩增 ,获得HIV 1膜蛋白 (env)基因的核酸片段 ,并对其约 2 47bp核苷酸序列进行了分析、比较 ,证实 9份样品中 7份为E亚型 ,其余 2份分别为B和C亚型毒株。E亚型各株间序列存在一定差异 ,组内基因离散率为 6 2 8± 2 40。结论　福建省目前HIV 1的流行株主要为E亚型 ,流行株的来源较为复杂 ,株间序列差异不仅与感染时间有关 ,也和感染地点不同等因素有关 ,这些特点不同于我国其他一些省份发现的经血传播的HIV 1B或C亚型 ,其流行时间不长 ,株间序列差异不大     

北京市性传播HIV-1感染者流行毒株gag基因序列测定和亚型分析

目的 了解北京市性传播HIV-1感染者流行毒株亚型特点和流行规律.方法 随机采集北京市2008年新确证性传播HIV感染者的抗凝全血标本100份,分离血浆,提取病毒RNA,用套式聚合酶链反应扩增病毒gag基因,并进行序列测定和亚型分析.结果 系统进化分析确定北京市性传播HIV-1感染者流行毒株存在8个亚型或流行重组型,分别为B亚型22份,B'亚型8份,C亚型1份,CRF01_AE 38份,CRF02_AG 2份,CRF07 BC 9份,CRF08_BC 3份,疑似C/CRF01_AE重组型1份.结论 CRF01_AE和B亚型分别占45.2%和26.2%,为性传播感染者主要的亚型,应该加强我市HIV-1亚型流行情况的监测.

Abstract：

Objective To investigate the subtype distribution and sequence characteristics of HIV-1 strains prevalent among sexual infectors in Beijing. Methods We collected the blood samples from 100HIV sexual infectors in Beijing during 2008 and separated plasma specimens. RNA was extracted from the plasma and the gag gene was amplified by RT-PCR and nest-PCR. The PCR products were sequenced directly and phylogenetic analyses of gag gene was performed using the MEGA4 software. Results Among 100 HIV-1 plasma samples,84 gag gene fragments were amplified and analyzed. Eight HIV subtypes including B(22 strains), B'(8 strains),C( 1 strain) ,CRF01_AE (38 strains) ,CRF02_AG (2 strains) ,CRF07_BC(9 strains) ,CRF08_BC(3 strains) and C/CRF01_AE recombinant like strain( 1 strain) were identified circulating in Beijing. Conclusion CRF01 _AE and subtype B were predominant in Beijing account for 45.2% and 26.2% and the surveillance of HIV gene variation should be paid more attention.     

河北省HIV-1流行株基因序列测定及亚型分析

目的 了解河北省HIV-1流行株的亚型分布和流行趋势.方法 从感染者的血浆样品中提取病毒RNA,逆转录后采用套式PCR扩增HIV-1 gag和env基因的部分片段,对PCR产物直接进行核苷酸序列测定,所获序列与各亚型国际参考株序列比对,确定基因型并进行系统进化树分析.结果 对154份HIV-1感染者的样品进行扩增,得到了148份样品的HIV-1基因片段.发现6种HIV-1亚型和重组型,以及2例未定型.其中B'亚型61例(41.2%)、CRF01_AE 59例(39.9%)、CRF07_BC 16例(10.8%)、CRF08_BC 6例(4.1%)、C亚和B01亚型各2例(1.4%).在河北省首次发现了B01亚型.结论 2009年河北省存在多种HIV-1亚型和流行重组型,主要是B'亚型和CRF01_AE重组型,应加强对HIV-1毒株亚型变异的监测,及时调整防治策略.     

河北省HIV-1流行株的env基因序列测定和亚型分析

目的了解河北省HIV-1亚型的分布特点和传播方式,推测流行时间,预测流行趋势。方法采集HIV感染者的全血样品,分离外周血单核细胞(PBMC),提取前病毒DNA,使用套式聚合酶链反应(nested-PCR),扩增HIV-1的env基因的C2-V3区并进行序列测定和亚型分析。结果对22份HIV-1感染者的样品,扩增得到了18份HIV-1envC2-V3基因片段,经序列测定和基因分析鉴定出3种HIV-1M亚群基因亚型,即:B′、CRF-BC和C亚型。B′亚型的组内基因离散率为7.84%±3.14%(n=14),基因序列与云南瑞丽株rl42(泰国B亚型)相近;2株CRF-BC亚型与广西毒株的基因离散率为4.60%。与血液途径感染有关的人员均为B′(泰国B)亚型。结论目前,在河北省发现了3种HIV-1亚型。输供血途径中B′亚型仍是主要的流行亚型,可能来源于云南吸毒人群。HIV-1B′亚型在河北省的流行时间大约为7~9年。     

2006年北京市外来人口中HIV-1感染者流行毒株gag基因序列测定和亚型分析

目的了解北京市外来人口中HIV-1亚型的特点和流行规律。方法随机采集北京市2006年外来人口中新确证HIV-1感染者的抗凝全血标本80份，分离血浆，提取病毒RNA，用套式聚合酶链反应扩增病毒gag基因，并进行序列测定和亚型分析。结果系统进化分析确定北京市外来人口HIV-1毒株属于8个亚型，分别为B亚型4份，泰国B亚型15份，C亚型1份，CRF01-AE亚型5份，CRF02-AG亚型1份，CRF07-BC亚型29份，CRF08-BC亚型3份，CRFl5—01B亚型1份。结论北京市外来人口中己存在8种HIV-1亚型和流行重组型，应该加强对HIV-1亚型变异的监测。     

HIV-1G亚型基因芯片的制备与杂交分析

基因芯片技术是一种高效、敏感、平行化的基因检测分析新技术[1],对临床疾病的诊断技术将产生革命性的影响,目前主要集中在感染性病原基因的检测方面。我们尝试将该技术应用于人免疫缺陷病毒(HIV)基因的检测与分型。首先制备HIV基因组探针并分别进行分析,实验中我们采用一种基因显示新技术:限制性显示(restriction display,RD-PCR)[2、3],制备HIV-1G亚型基因探针,并用基因芯片荧光标记杂交的方法对这些探针进行了杂交分析,为基因芯片技术在HIV感染检测的应用中奠定了基础。     

我国HIV-1 B''亚型毒株gag基因变异特征研究

目的研究我国人免疫缺陷病毒1型（HIV-1）B’亚型主要流行株在宿主免疫压力下的基因变异及抗原表位的变化特征，探讨选择压力、基因离散率和抗原表位变化之间的关系。方法从确诊的HIV-1感染者的全血样本中提取基因组DNA，经套式聚合酶链反应（PCR）扩增后，将扩增产物进行纯化和测序。然后将所得序列进行系统进化树和氨基酸变异分析，使用GCG软件包的Distance程序对P17和P24两个区段计算基因距离，用Diverge程序计算同义替换（1（s）和非同义替换（1（a）及二者之间的比值，并对我国人群中较常见的HLA型别限制的CTL表位的突变情况进行分析。结果HIV-1B’亚型毒株的P17区段的Ks／Ka值〈1，而P24区段的Ks／Ka值〉1；P24部分的基因离散率低于P17部分；P17区段抗原表位的保守率为34．94％，而P24区段抗原表位的保守率为67．38％；从基因离散率、所受的选择压力及抗原表位的突变率3个方面来看，HIV-1的P17区段均明显大于P24区段。结论HIV-1B’亚型毒株的P17区段的抗原表位变化较大，而P24区段的抗原表位相对较为保守。提示P24区段的CTL表位更适合于表位疫苗的研制。     

Ⅰ型人类免疫缺陷病毒包膜gp120与乙型肝炎病毒表面抗原免疫原性比较

目的 比较Ⅰ型人类免疫缺陷病毒(HIV-1)及乙型肝炎病毒(HBV)包膜蛋白初次免疫及加强免疫后诱导产生抗体的规律,为提高HIV-1包膜蛋白诱导保护性抗体产生能力提供创新思路.方法 以10周龄雌性C57BL/6小鼠为动物模型,分别用HIV-1 06044毒株gp120三聚体(gp120T)、HBV表面抗原(HBsAg)蛋白与AddaVax佐剂免疫小鼠,背部皮下注射,共免疫3次,每次免疫间隔3周,第一、第二次免疫后7d和第三次免疫后3d、7d取血;第一次免疫后7d、第三次免疫后3d、7d取脾组织.用酶联免疫吸附实验(ELISA)及酶联免疫斑点实验(ELISpot)方法检测免疫小鼠血浆特异性结合抗体滴度及抗体分泌细胞(ASC)数量.结果 gp120T和HBsAg两种蛋白初次免疫后,动物均未产生明显的特异性抗体.两种蛋白加强免疫后特异性抗体水平明显升高,gp120T一次加强免疫及两次加强特异性抗体滴度逐渐升高,而HBsAg一次加强抗体滴度已经接近两次加强的水平.二次加强免疫后,gp120T和HBsAg免疫鼠脾脏特异性ASC数量差异不显著.结论 HIV-1包膜gp120T加强免疫诱导抗体水平达到高峰慢于HBsAg加强免疫,即加强免疫后gp120T诱导的回忆反应慢于HBsAg.     

我国云南省艾滋病病毒感染的长期不进展者人免疫缺陷 …

目的 人类免疫缺陷病毒１型（ＨＩＶ－１）ｔａｔ基因是该病毒的调控基因之一。本研究是探讨ｔａｔ基因变异是否影响ＨＩＶ－１感染者的病程进展。方法 从云南ＨＩＶ流行区的２２例感染后临床进程不同的人抽取外周血,提取核酸,用套式聚合酶链反应（ＰＣＲ）扩增ＨＩＶ－１的ｔａｔ基因,并进行了核酸序列测定和分析。     

APOBEC3H haplotypes and HIV-1 pro-viral vif DNA sequence diversity in early untreated human immunodeficiency virus-1 infection

We examined single nucleotide polymorphisms (SNP) in the APOBEC3 locus on chromosome 22, paired with population sequences of pro-viral human immunodeficiency virus-1 (HIV-1) vif from peripheral blood mononuclear cells, from 96 recently HIV-1-infected treatment-naive adults. We found evidence for the existence of an APOBEC3H linkage disequilibrium (LD) block associated with variation in GA → AA, or APOBEC3F/H signature, sequence changes in pro-viral HIV-1 vif sequence (top 10 significant SNPs with a significant p = 4.8 × 10(-3)). We identified a common five position risk haplotype distal to APOBEC3H (A3Hrh). These markers were in high LD (D' = 1; r(2) = 0.98) to a previously described A3H "RED" haplotype containing a variant (E121) with enhanced susceptibility to HIV-1 Vif. This association was confirmed by a haplotype analysis. Homozygote carriers of the A3Hrh had lower GA->AA (A3F/H) sequence editing upon pro-viral HIV-1 vif sequence (p = 0.01), and lower HIV-1 RNA levels over time during early, untreated HIV-1 infection, (p = 0.015 mixed effects model). This effect may be due to enhanced susceptibility of A3H forms to HIV-1 Vif mediated viral suppression of sequence editing activity, slowing viral diversification and escape from immune responses.     

干血斑滤纸片中人免疫缺陷病毒1型前病毒基因的检测

目的建立套式引物聚合酶链反应（ＰＣＲ），用于检测滤纸干血斑中的人免疫缺陷病毒１型（ＨＩＶ１）前病毒ｐｏｌ基因ＤＮＡ片段。方法采集ＨＩＶ１感染者的全血约５０μｌ滴在经ＥＤＴＡ－蛋白酶Ｋ预处理并干燥的滤纸片上，室温下干燥，将滤纸片密封于塑料袋中，在室温及４℃下保存１～６４周后，分别将滤纸片置０５ｍｌ试管中直接进行ＨＩＶ１前病毒ｐｏｌ基因的外侧引物ＰＣＲ检测，然后进行内侧引物的ＰＣＲ检测。结果经ＥＤＴＡ－蛋白酶Ｋ预处理的滤纸片在４℃下保存４０周、在室温下保存２４周仍可检出ＨＩＶ１前病毒目的基因。根据ＰＣＲ产物的琼脂糖凝胶电泳溴化乙锭染色带形并参比实验设立的标准对照可直接判断结果。结论该方法具有快速、特异、敏感的特点，敏感性可以达到检出１０个靶ＤＮＡ分子。样品采集后可通过邮件传递至中心实验室，特别适合于ＨＩＶ１感染的确证及筛检     

A recombinant human immunodeficiency virus type-1 capsid protein (rp24): its expression, purification and physico-chemical characterization

An expression system has been established in Escherichia coli to facilitate the preparation of the HIV-1 capsid protein in amounts sufficient for structural analysis. A plasmid vector pTCA5, containing the gene for the recombinant HIV-1 capsid protein rp24 under the control of the λ-P_R-promoter, was constructed which gave an expression product that spanned 234 amino acid residues. It differs at the N-terminus from the authentic sequence in that the residues Pro-Ile- are replaced by Met-Asn-Ser-Ala-Met-. Recombinant p24 was produced, as inclusion bodies in E. coli LE392 containing pTCA5, at a level of approximately 15% of the total cellular protein. After dissolution of the inclusion bodies in the acidic urea system, the protein was easily reconstituted in a soluble state by dialysis. The yield of reconstituted and purified protein was 12 mg per liter in rich medium. Recombinant rp24 consists of about 40% -helix and 10% β-sheet from circular dichroism measurements and the two cysteine residues, within the rp24 sequence, are bridged by a disulfide bond.     

人源抗人免疫缺陷病毒1型噬菌体抗体库的构建及筛选

目的构建人免疫缺陷病毒１型（ＨＩＶ－１）特异性噬菌体抗体库，制备人源抗ＨＩＶ－１ｇｐ１２０单克隆抗体。方法以半巢式聚合酶链反应（ＰＣＲ）从ＨＩＶ－１感染者外周血单个核淋巴细胞中扩增抗体重链Ｆｄ和轻链（ｋ）基因，与噬菌体载体ｐＣｏｍｂ３连接，构建噬菌体抗体Ｆａｂ组合文库。对抗体库进行３轮吸附－洗脱－扩增的亲和选择后，以ＥＬＩＳＡ法筛选抗ＨＩＶ－１ｇｐ１２０噬菌体抗体，并进行ＤＮＡ序列分析和Ｆａｂ的可溶性表达。结果半巢式ＰＣＲ有效地扩增出Ｆｄ和ｋ基因，以此构建成容量为１９５×１０７的噬菌体抗体库。３轮亲和选择使特异性抗体得到高度富集，抗ＨＩＶ－１ｇｐ１２０噬菌体抗体阳性克隆占３２％。对一阳性克隆抗体基因ＣＨ１和ＣＬ部分ＤＮＡ序列进行了测定，并在大肠杆菌表达出可溶性Ｆａｂ。结论抗ＨＩＶ－１特异性噬菌体抗体库的构建和人源抗ＨＩＶ－１ｇｐ１２０单克隆抗体的制备为今后筛选抗ＨＩＶ中和抗体奠定了基础，具有重要的应用价值。     

Joint replacement and human immunodeficiency virus

The incidence of human immunodeficiency virus(HIV)-infected cases that need total joint replacement(TJR) is generally rising. On the other hand, modern management of HIV-infected cases has enabled them to achieve longevity while increasing the need for arthroplasty procedures due to the augmented degenerative joint disease and fragility fractures, and the risk of osteonecrosis. Although initial investigations on joint replacement in HIV-infected cases showed a high risk of complications, the rec...     

Human immunodeficiency virus type-2-A milder, kinder virus: an update

Human immunodeficiency virus type-2 (HIV-2) belongs to the family retroviridae which is phylogenetically clusters with SIV SM from sooty mangabeys. This virus is morphologically similar to human immunodeficiency virus type-1 (HIV-1) but has got only a 40% homology at the nucleotide level. There is a distinct geographical distribution of HIV-2 unlike HIV-1. There are currently eight subtypes/groups identified with subtype/group A responsible for the majority of infections. HIV-2 shows a considerable difference in the course of the disease. Clinical, haematological and immunological evaluation of individuals infected with HIV-2 has shown the virus to be less pathogenic than HIV-1 although the exact mechanism underlying this difference is not well defined. Similar to HIV-1, the HIV-2 isolates also showed distinct replicative and cytopathic characteristics. The transmission rate for HIV-2 compared to HIV-1 is very low both by heterosexual route and mother to child transmission. The clinical signs and symptoms of immunodeficiency associated with HIV-2 are similar to the ones seen among the HIV-1-infected individuals and they can also progress to AIDS. It is naturally resistant to NNRTI and hence the diagnosis become important as it affects the treatment strategy. Similar to HIV-1, HIV-2 strains of infected individuals also show mutations that can cause drug resistance. The current evidence suggests that there is no protective effective for HIV-2 against HIV-1.