登革2型病毒E基因克隆及B细胞抗原表位分析

目的扩增登革病毒2型新几内亚株(NGC)E基因,并进行B细胞抗原表位分析。方法根据登革2型病毒NGC株E基因序列设计引物,采用RT-PCR技术扩增NGC株E基因并克隆至pGEM-T载体,转化大肠杆菌DH5α后测序。按Kyte-Doolit-tle方案、Jameson-Wolf方案和Emini方案预测B细胞抗原表位。结果通过RT-PCR方法,获得了登革2型病毒NGC株E基因,并对登革2型病毒NGC株E基因进行B细胞抗原表位预测。结论通过RT-PCR方法,获得了登革2型病毒NGC株E基因,为制备登革2型病毒E基因单克隆抗体和疫苗打下基础。     

佛山市登革2型病毒流行株结构基因序列测定及分析

目的对我国登革2型病毒1993年广东省佛山市流行株GD06/93结构蛋白基因进行序列测定及分析,追踪其地域来源、基因组结构与致病性的关系,为研究开发登革病毒新型疫苗奠定基础。方法根据登革2型国际标准株NGC序列,设计2对重叠引物,RT-PCR扩增,分别克隆到pMD18-T载体,转化受体菌DH5α,挑取阳性克隆进行PCR、酶切鉴定及序列测定。结果GD06/93株结构基因序列长度为2325bp,编码775个氨基酸。与其它登革2型病毒株TSV01、Taiwan-1008DHF、NGC、44、ThD2_0038_74、ThNH81/93、gd08/98、04、Cuba165/97及S1进行比较,其核酸序列同源性分别为97%、96%、95%、95%、95%、94%、94%、92%、92%、91%。结论GD06/93病毒株的结构基因序列与已发表的其它登革2型病毒株同源性很高。在比较的6株登革2型病毒株中,GD06/93株与同期在澳大利亚流行的TSV01株同源性最高。     

登革2型病毒NGC株NS1基因部分序列pcDNA3.1载体的构建

目的：克隆登革2型病毒NGC株NS1基因部分序列,构建NS1基因部分序列的真核表达载体。方法：用PCR技术扩增登革2型病毒NGC株NS1基因部分序列,并定向克隆入pcDNA3.1（＋）的kpnⅠ、xhoⅠ位点,构建真核重组载体pcDNA3.1（＋）-NS1,转化EcoliDH5a。阳性重组质粒用PCR、酶切及序列测定等方法鉴定。电穿孔法将真核重组载体转染COS-7细胞,RT-PCR鉴定其表达情况。结果：阳性质粒经kpnⅠ及xhoⅠ双酶切及PCR获得了1个核苷酸长度为413 bp的基因,序列测定证实与NGC株NS1基因部分基因序列有99%同源,重组真核质粒转染COS-7细胞经RT-PCR鉴定证实有表达。结论：成功构建了含有登革2型病毒NGC株NS1基因部分序列基因的真核重组载体pcDNA3.1（＋）-NS1。     

登革2型病毒全长NS1基因真核表达载体的构建及序列分析

目的克隆登革2型病毒(DEN2)全长NS1基因，构建NS1基因的真核表达重组质粒。方法用RT—PCR技术扩增DEN2(NGC株)全长的NSl基因序列，并定向克隆入pPICZαB的KpnⅠ／XbalⅠ位点，构建真核表达载体pPICZαB—NS1，转化E.coli DH5a菌。阳性重组质粒用PCR、酶切及序列测定等方法鉴定。结果阳性质粒经PCR及KpnⅠ／XbaⅠ双酶切获得了一个核苷酸长度为1134bp的基因；序列测定证实该基因与DEN2(NGC株AF038403)NS1基因序列有99％同源。结论成功构建了含有DEN2全长NS1基因的真核表达载体DPICZαB—NS1，为NS1的进一步酵母表达奠定了良好的基础。     

衣壳蛋白缺失突变登革病毒的制备与鉴定

目的 制备登革2型病毒中国分离株(DEN2-43)的衣壳蛋白缺失突变病毒.方法 在DEN2-43株病毒感染性全长cDNA克隆的基础之上,利用融合PCR技术构建衣壳蛋白基因缺失的全长cDNA,将其线性化并体外转录成RNA后,经电穿孔法导入宿主细胞获得衣壳蛋白缺失突变病毒.结果 序列比对表明,所获得的恢复病毒带有与预期一致的缺失突变.结论 成功制备衣壳蛋白缺失突变病毒,为进一步研究衣壳蛋白基因突变对登革病毒生物学特性的影响奠定了基础.     

用RT-PCR方法检测登革病毒E基因核酸

目的：应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术建立检测登革2型病毒E基因的方法。方法：分别抽提登革2型病毒NGC株和从登革出血热病人血清中分离得到的2型登革热病毒(DV)核酸(RNA)，合成CD-NA第一链，经过RT-PCR得到cDNA产物，用HinfI限制性内切酶酶切鉴定。结果：通过RT-PCR检测登革2型病毒核酸。结论：登革2型病毒E基因核酸的RT-PCR检测方法的建立为快速诊断登革病毒感染提供了可靠的方法。     

广东珠海市2007年登革病毒分子流行病学分析

目的了解2007年珠海市登革热暴发期间登革Ⅰ型（ZH1067/07）及Ⅱ型（ZH1340/07）病毒序列特征和可能的传播来源。方法以GenBank公布的病毒AB178 040和M29 095为参考,分别设计PCR引物,扩增病毒ZH1067/07和ZH1340/07全基因组的不同片段并测序,通过末端重叠序列进行拼接组成病毒全基因组序列。序列GenBank登录号分别为Eu359 008和Eu359 009。参考已公布的登革Ⅰ/Ⅱ型病毒全基因组序列进行进化分析。结果拼接后的登革Ⅰ型病毒基因组全长10 735个核苷酸,经序列进化分析,属登革Ⅰ型中的第1群（基因Ⅰ型）,与2004年分离自日本的登革Ⅰ型毒株AB178 040及分离自福建的登革Ⅰ型毒株Fj231/04核苷酸同源性最高,达99%（10 638/10735）,经流行病学证据支持福建输入病例导致珠海本地暴发;拼接后的登革Ⅱ型病毒基因组全长10 723个核苷酸,经序列的进化分析,属登革Ⅱ型病毒中的第4群（基因Ⅳ型）,与2005年分离自文莱的登革Ⅱ型EU179 857和EU179858两毒株距离最近,核酸同源性99%,（10 609/10 705）。流行病学调查证明2例均为澳门输入病例。结论2007年珠海登革Ⅰ型病毒ZH1 067/07可能来源于福建登革Ⅰ型毒株Fj231/04,与来源于密克罗尼西亚的AB178 040有很近的亲缘关系;珠海登革Ⅱ型病毒ZH1340/07可能由澳门输入,与文莱EU179 857有很近的亲缘关系,未导致珠海本地暴发。     

SARS冠状病毒PUMC_2株全基因组cDNA分段克隆

目的分段克隆SARS冠状病毒PUMC2株的全基因组cDNA。方法以SARS冠状病毒PUMC2株基因组RNA为模板,用RT-PCR扩增cDNA片段,PCR产物经纯化后,连接入pGEM-T载体中,进行序列测定。结果获得了SARS冠状病毒PUMC2株基因组全长cDNA的分段克隆。结论SARS冠状病毒PUMC2株基因组全长cDNA分段克隆的获得,为SARS冠状病毒基因功能的研究和全长有感染性cDNA的克隆奠定了基础。     

SARS冠状病毒PUMC2株全基因组cDNA分段克隆

目的 分段克隆SARS冠状病毒PUMC2株的全基因组cDNA。方法 以SARS冠状病毒PUMC2株基因组RNA为模板,用RT-PCR扩增cDNA片段,PCR产物经纯化后,连接人pGEM-T载体中,进行序列测定。结果 获得了SARS冠状病毒PUMC2株基因组全长cDNA的分段克隆。结论 SARS冠状病毒PUMC2株基因组全长cDNA分段克隆的获得,为SARS冠状病毒基因功能的研究和全长有感染性cDNA的克隆奠定了基础。     

登革2型病毒及其NGC株、M株E基因的原核蛋白对HUVEC通透性的影响

目的：研究登革2型病毒（DENV-2）、登革2型病毒国际参考株（NGC）E基因1-476序列原核蛋白、登革2型病毒贵州蚊虫分离株（M）E基因1476序列原核蛋白对人脐静脉内皮细胞（HUVEC）通透性的影响.方法：将DENV-2 M株和NGC株E基因1-476序列原核表达产物及DENV-2接种于HUVEC单层细胞,用tran-swell法检测HUVEC的通透性,透射电镜观察细胞超微结构的改变.结果：DENV-2、NGC株E基因的原核蛋白、M株E基因的原核蛋白分别在30 min、3h、12 h时对HUVEC通透性的影响最为明显,透射电镜结果显示有细胞超微结构的改变.结论：DENV-2、DENV-2 NGC株E基因原核蛋白、M株E基因原核蛋白对HUVEC通透性、细胞超微结构有明显影响.     

深圳市2015年首例输入性登革热病毒溯源分析

目的 对2015年深圳市报告的首例输入性登革热病例进行溯源分析。方法 收集该病例流行病学资料及血清样本,并通过免疫层析法和实时荧光RT-PCR对该病例血清中的特异性IgM抗体、IgG抗体、NS1抗原及病毒核酸进行检测。用C6/36细胞对血清进行病毒分离。对分离株的E基因进行序列测定,与不同型别的标准株及不同地区的分离株进行同源性分析并构建系统发生树。同时对糖基化位点、毒力位点上的序列进行比较。结果 从该病例血清中检测出IgM抗体、NS1抗原和2型登革病毒RNA,并成功从血清样本中分离出登革病毒DEN2-SZ1503。 SZ1503与标准2型登革病毒NGC株E基因的核苷酸及氨基酸序列同源性分别为93.8％和97.8％。系统发生树表明SZ1503与SG（EHI）D2 / 06572Y13株（Malaysia 2013）,具有最高相似性,且位于系统发育树的同一分支中。该分离株同1051株（Indonesia 76）、10株（Somalia 84）和271-206株（Sri Lanka 90）一起属于基因型Ⅳ。SZ1503株E基因的糖基化位点与其他登革热2型毒株相同,毒力位点也与之前报道的毒株一致。结论 病毒学、血清学和流行病学结果表明,该输入登革热病例是由2型登革热病毒引起的,SZ1503病毒株的遗传特征与马来西亚流行的登革热病毒一致。     

TIMP-2逆转录病毒载体的构建及表达

目的构建人组织型基质金属蛋白酶抑制剂2（TIMP-2）编码序列基因逆转录病毒表达载体，转染人单核细胞白血病细胞株，为探讨TIMP-2的生物学功能奠定基础。方法根据基因库中已公布的序列设计引物，用PCR方法扩增出人TIMP-2编码序列基因片段，用限制性内切酶及T4连接酶将目的片段插入MSCV逆转录病毒载体中。采用酶切和PCR鉴定及测序后经脂质体介导转染至PT67包装细胞中，以病毒上清感染单核细胞白血病细胞株SHI-1，G418筛选，极限稀释法挑选单克隆细胞株，定量PCR和Western Blotting检测TIMP-2的表达。结果TIMP-2基因克隆进逆转录病毒载体MSCV中，经酶切、PCR和DNA测序证实重组逆转录病毒载体构建正确，病毒上清感染SHI-1细胞，经G418筛选并挑选出单克隆细胞，经实时定量PCR和Western Blotting检测发现SHI-1细胞中TIMP-2 mRNA及蛋白表达明显上调。结论成功构建了高表达TIMP-2的SHI-1细胞，可对其生物学行为作进一步研究。     

Stability of virulent pseudorabies (Aujeszky's disease) viral genome after single passage through nonswine animal species

This experiment was done to determine the effect(s) of single passage of pseudorabies virus in dead-end hosts on the stability of the pseudorabies virus genome. Calves, dogs, rabbits and cats were inoculated with a virulent strain of pseudorabies virus and the virus was reisolated from each animal and restriction endonuclease analysis was used to determine possible alterations in the DNA banding patterns. The restriction fragment migration profile of the pseudorabies virus DNA isolated from the animals was indistinguishable from the DNA profile of the original pseudorabies virus inoculum. The restriction endonuclease viral DNA profile appears to be relatively stable after a single passage in dead-end hosts, although minor changes in the viral genome that are not detectable in the DNA banding pattern may have occurred.     

河南省1例柬埔寨输入登革热病例的病原分子分型与全基因序列分析

目的鉴定河南省1例来自柬埔寨的登革热输入性病例的登革病毒(dengue virus,DENV)血清型和基因型及其序列特征和传播来源。方法患者血液标本来源于2019年国家疾病监测系统网络直报的登革热疑似病例。样品经快速检测DENV NS1抗原和IgM/IgG抗体,再提取血清中核酸,应用荧光RT-PCR法进行DENV血清型鉴定,同时用Vero和BHK-21细胞对血清标本进行病毒分离培养,阳性培养物扩增全基因组序列,进行序列系统进化分析。结果该病例实验室确诊为DENV 1型感染,并从血清标本中分离到病毒株,测序后拼接成全长10670 nt的全基因组序列,经系统进化分析,该病毒株属于DENV 1型基因Ⅰ型,与东南亚流行株具有较高同源性和较近亲缘关系。结论2019年河南省来自柬埔寨的输入性病例的病原体为DENV 1型基因I型,此为近年来东南亚输入我国的常见血清型和基因型。     

寨卡病毒基因序列分析及核酸检测方法

目的 分析寨卡病毒基因组序列特征,建立寨卡病毒的核酸检测方法.方法 构建81种虫媒传播黄病毒和寨卡病毒的系统进化树,比较寨卡病毒与登革病毒4型、日本脑炎病毒的核酸和氨基酸序列差异,分析亚洲型和非洲型寨卡病毒基因变异位点,尤其是中国的4株输入性寨卡病毒基因序列.通过比较亚洲型和非洲型寨卡病毒全基因组核酸序列,设计一组寨卡病毒实时荧光定量PCR检测的引物和探针,并检测其敏感性与特异性.结果 81种虫媒传播黄病毒中,寨卡病毒与Spondweni、Kedougou病毒同源性最近.全基因组核酸序列比较结果显示寨卡病毒与登革病毒4型的同源性比日本脑炎病毒更近,而氨基酸序列比较结果显示寨卡病毒与日本脑炎病毒的同源性更近.与传统亚洲型寨卡病毒比较,广东GD01株有5个氨基酸突变位点,广东GDZ16001株有3个,浙江ZJ03株有6个,赣县VE Ganxian株有33个.所设计的PCR引物和探针对质粒标准品检测呈阳性,检测下限为100拷贝/mL,对细胞培养的寨卡病毒RNA检测呈阳性,而对登革病毒1～4型和日本脑炎病毒检测呈阴性.结论 寨卡病毒与Spondweni病毒同源性最近,赣县VE Ganxian株的高变异显示寨卡病毒正在快速变异.本研究设计的PCR引物和探针可用于亚洲型和非洲型寨卡病毒株检测,具有较高的敏感性和特异性.