Cdx2基因过表达对胃癌细胞免疫相关基因表达的影响

目的 利用基因表达谱芯片技术筛选过表达Cdx2的胃癌MGC-803细胞与对照组间差异表达的免疫相关基因. 探讨Cdx2对胃癌细胞免疫相关基因表达的影响。 方法 分别抽取Cdx2转染组和对照组的细胞总RNA,分离纯化mRNA并逆转录合成荧光分子(Cy3/ Cy5)标记cDNA 探针,与含有21522条人类22k基因表达谱芯片进行杂交。采用LuxScan 10K/A双通道激光扫描仪扫描芯片上两种信号,应用LuxScan3.0图像分析软件对芯片图像进行处理和分析。 结果 在21522条基因中,胃癌细胞间差异性表达基因为有551条,其中302条上调,249条下调。其中与免疫相关的基因共有7个,分别为HLA-E、RRAS、ULBP2、HLA-G、HLA-C、CTSB、CTSL,均表达上调。结论 Cdx2过表达上调了胃癌MGC803细胞免疫相关基因的表达,这可能与胃癌细胞生物学行为的改变有关。     

新型去甲万古霉素-纤维蛋白胶磷酸钙人工骨研究

目的 利用基因表达谱芯片技术筛选过表达Cdx2的胃癌MGC-803细胞与对照组间差异表达的免疫相关基因,探讨Cdx2对胃癌细胞免疫相关基因表达的影响。 方法 分别抽取Cdx2转染组和对照组的细胞总RNA,分离纯化mRNA并逆转录合成荧光分子(Cy3/ Cy5)标记cDNA 探针,与含有21522条人类22k基因表达谱芯片进行杂交。采用LuxScan 10K/A双通道激光扫描仪扫描芯片上两种信号,应用LuxScan3.0图像分析软件对芯片图像进行处理和分析。 结果 在21522条基因中,胃癌细胞间差异性表达基因为有551条,其中302条上调,249条下调。其中与免疫相关的基因共有7个,分别为HLA-E、RRAS、ULBP2、HLA-G、HLA-C、CTSB、CTSL,均表达上调。结论 Cdx2过表达上调了胃癌MGC803细胞免疫相关基因的表达,这可能与胃癌细胞生物学行为的改变有关。 【关键词】 胃癌;Cdx2;免疫相关基因;差异表达基因     

E2F-1过表达对胃癌细胞中癌基因和抑癌基因表达的影响

目的：了解E2F-1过表达对胃癌细胞中癌基因和抑癌基因表达的影响,探讨E2F—1影响胃癌细胞侵袭能力的作用机制。方法：从胃癌细胞MGC-803和MGC803／E2F-1中提取总RNA,纯化mRNA,逆转录将Cy3和Cy5两种荧光素标记到两组逆转录合成的第一链cDNA。与22K人类基因组寡核苷酸芯片进行杂交,采用LuxScan 10K／A双通道激光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,应用LuxScan3．0图像分析软件对图像处理分析,筛选出差异基因。结果：在21522条基因中,MGC-803／E2F-1和MGC-803细胞差异表达的癌基因和抑癌基因有39条,其中上调基因19条（49%）,下调基因20条（51%）。结论：过表达E2F-1在胃癌细胞MGC803中影响了众多癌基因和抑癌基因的表达变化,表明胃癌侵袭能力的变化是多基因相互作用,多种信号传导途径相互影响的结果。     

E2F-1过表达对胃癌细胞生物学行为影响的分子机理初步研究

目的 利用基因表达谱芯片技术筛选过表达E2F-1的胃癌MGC-803细胞与对照组间的差异表达基因,探讨E2F-1对胃癌细胞生物学行为影响的分子机理。方法 分别抽取转染E2F-1的胃癌MGC-803细胞和未转染E2F-1的胃癌MGC-803细胞的总RNA。纯化mRNA,逆转录合成cDNA标记后,与22K人类基因表达谱芯片进行杂交,扫描后筛选出表达差异的基因。随机选取3个差异表达基因,分别设计引物,用半定量RT-PCR检测验证。 结果 在21522条基因中,两组细胞间的差异表达基因有740条,其中上调基因405条,下调基因335条。差异基因中有73条功能信息不明。随机选取的3个差异表达基因的RT-PCR结果与基因芯片扫描结果相似,具有相同的方向性。结论 胃癌的发生发展是多基因相互作用、多种信号通路相互调节的结果。生物信息学分析显示, E2F-1基因可以通过TP53信号传导途径影响胃癌MGC-803细胞生物学行为的改变,还与众多基因的差异性表达密切相关。     

应用基因芯片研究E2F-1过表达对胃癌细胞免疫相关基因表达的影响

目的利用基因表达谱芯片技术筛选过表达E2F-1的胃癌MGC-803细胞与对照组间差异表达的免疫相关基因,初步探讨E2F-1对胃癌细胞免疫功能影响的机制。方法分别抽取转染E2F-1的胃癌MGC-803细胞和未转染E2F-1的胃癌MGC-803细胞的总RNA．纯化mRNA,逆转录合成cDNA标记后,与22K人类基因表达谱芯片进行杂交,扫描后筛选出与免疫相关的差异表达基因,半定量RT-PCR方法验证差异表达基因。结果在21522条基因中,两组细胞间差异表达的免疫相关基因有10条,其中上调基因2条,下调基因8条。上调基因中有1条功能信息不明。其中myc的RT-PCR结果与基因芯片扫描结果相似,具有相同的方向性。结论利用基因芯片技术筛选出E2F-1过表达影响胃癌细胞免疫功能的相关基因,为今后更深入的研究E2F-1对胃癌免疫功能的影响奠定了基础。     

E2F-1过表达对胃癌细胞生物学行为的影响

目的 探讨E2F-1对胃癌细胞生物学行为影响的分子机制.方法 分别抽取转染E2F-1的胃癌MGC-803细胞和未转染E2F-1的胃癌MGC-803细胞的总RNA.纯化mRNA,逆转录合成cDNA标记后,与22K人类基因表达谱芯片进行杂交,扫描后筛选出表达差异的基因.随机选取3个差异表达基因,分别设计引物,用半定量RT-PCR检测验证.结果 在21 522条基因中,两组细胞间的差异表达基因有740条,其中上调基因405条,下调基因335条.差异基因中有73条功能信息不明.随机选取的3个差异表达基因的RT-PCR结果与基因芯片扫描结果相似,具有相同的方向性.结论 胃癌的发生发展是多基因相互作用、多种信号通路相互调节的结果.生物信息学分析显示,E2F-1基因可以通过TP53信号传导途径影响胃癌MGC-803细胞生物学行为的改变,还与众多基因的差异性表达密切相关.     

期刊文摘

肠型胃癌基因表达的cDNA微阵列分析[李新华 ,张万岱 ,王波涛 ,肖　冰 ,张振书 .世界华人消化杂志 ,2 0 0 4 ;12 (1) :16 - 19]　　目的 :研究肠型胃癌发生发展的基因表达变化 .方法 :利用肠型胃癌和相应非癌组织的mRNA通过逆转录方法 ,将Cy3和Cy5两种荧光分别标记到两种cDNA上制成探针 ,然后与表达谱芯片 (含 4 0 96条基因 )进行杂交后扫描 ,通过计算机辅助判别基因的差异表达 .结果 :肠型胃癌和相应非癌组织组织中差异表达的基因有 6 6 6条 ,上调表达 333条 ,下调表达 333条 .参与细胞增生、凋亡、分化和转移调控的多种基因的表达水平…     

乳铁蛋白抗菌肽抑制胃癌细胞增殖诱导其凋亡的体外研究

目的 探讨乳铁蛋白抗菌肽(LfcinB)对人胃癌细胞株MGC803细胞增殖和细胞凋亡的影响.方法 用CCK-8法测定不同浓度LfcinB对胃癌细胞株MGC803 24、48和72 h细胞增殖影响.用流式细胞术检测胃癌MGC803细胞凋亡的变化.用RT-PCR检测凋亡相关基因bcl-2、bax和caspase-3 mRNA的变化情况.用Western blot检测MGC803细胞中的Bcl-2、Bax和Caspase-3蛋白表达.结果 LfcinB对胃癌细胞株MGC803的增殖具有抑制作用,促进胃癌细胞株MGC803细胞凋亡,并且具有时间和剂量依赖性(P<0.05,P<0.01);LfcinB能显著抑制胃癌细胞株MGC803 bcl-2 mRNA表达,同时促进bax和caspase-3 mRNA表达,并且随着LfcinB浓度的增高相关基因下降或上升越明显(P<0.05,P<0.01);Western blot结果也显示,LfcinB能抑制Bcl-2蛋白表达,促进Caspase-3和Bax蛋白表达,其变化规律与mRNA相同(P<0.05,P<0.01).结论 LfcinB通过调控相关基因,抑制胃癌细胞MGC803增殖,并诱导其细胞凋亡.     

稳定过表达Cdx2基因的胃癌细胞株的建立

目的 建立稳定过表达Cdx2基因的胃癌细胞株。方法 使用阳离子脂质体分别将真核表达载体pCMV-Cdx2-HA或空载体pCMV-HA转染至人胃癌细胞MGC-803中,G418筛选出阳性克隆后扩大培养。RT-PCR和Western Blot技术检测各组胃癌细胞中Cdx2基因mRNA和蛋白的表达情况,将挑选出的稳定株命名为MGC-803/Cdx2细胞（转染组）和MGC-803/EV细胞（空载体组）;流式细胞仪检测MGC-803细胞（未转染组）、MGC-803/EV细胞和MGC-803/Cdx2细胞的细胞周期和凋亡情况。结果 成功筛选出稳定过表达Cdx2基因的MGC-803胃癌细胞,即MGC-803/Cdx2细胞;与MGC-803细胞和MGC-803/EV细胞比较,MGC-803/Cdx2细胞中Cdx2基因mRNA和蛋白的表达明显增加（P<0.05）,而且细胞周期G0/G1期比例和凋亡率也明显增加（P<0.05）。结论 成功构建了稳定过表达Cdx2基因的胃癌细胞株,而且Cdx2过表达使细胞周期停滞、凋亡增加。     

CpG-寡核苷酸对免疫细胞基因表达的影响

目的:研究CpG-寡核苷酸(CpG-ODN)对免疫细胞基因表达的影响.方法:用Cy3和Cy5两种荧光分子通过逆转录反应将CpG-ODN刺激前后的单核-巨噬细胞系RAW264.7细胞的mRNA分别标记成探针,混合后与小鼠基因表达谱芯片杂交,通过扫描、计算机分析,寻找经CpG-ODN刺激后差异表达的基因.结果:CpG-ODN刺激RAW264.7细胞6 h后,2次芯片杂交筛选出重复差异表达的基因119条,其中74条上调,45条下调;这些基因涉及细胞周期、免疫调控、脂肪代谢、泡沫细胞形成、信号转导等过程.结论:CpG-ODN可广泛调控巨噬细胞内多种基因的表达,对相关基因群的进一步研究有助于深入了解CpG-ODN的作用机制.     

Chk1/2转基因MGC803细胞系的建立与鉴定

目的构建Chk1/2基因的真核表达载体和建立高表达Chk1/2基因人胃癌MGC803细胞,为研究Chk1/2功能奠定基础。方法参照野生型Chk1/2基因mRNA全序列,在cDNA两端各设计一条对应引物,并引入各自的酶切位点。从人胃癌MGC803细胞中提取mRNA作为模板合成Chk1/2 cDNA第一链,并扩增目的基因全表达序列片断,双酶切后定向克隆至pcDNA3.1(+)真核表达载体,经氨苄青霉素筛选阳性重组质粒,菌液PCR及测序法对重组质粒进行鉴定。用脂质体将重组质粒转染入MGC803细胞,经G418筛选后,RT-PCR及Western blot检测表达产物。结果菌液特异性PCR结果表明克隆的基因片断分别为1.4 kb和1.6 kb,测序分别证实为Chk1和Chk2基因,经NCBIBLAST分析与Genbank中Chk1基因的同源性为100%,编码的氨基酸同源性为100%,Chk2基因的同源性为99%,编码的氨基酸同源性为100%。G418筛选转染细胞4周后获得稳定转染空载体pcD-NA3.1(+)的细胞克隆株和稳定转染重组质粒的MGC803细胞。经RT-PCR及Western blot鉴定,Chk1/2在MGC803细胞中的表达比对照组明显增加。结论成功构建Chk1/2基因真核表达载体与Chk1/2高表达MGC803细胞,为研究二烯丙基二硫诱导MGC803细胞G2/M期阻滞的机制奠定了基础。     

EBVaGC肿瘤差异表达的基因表达谱芯片筛选

目的应用全基因组表达谱芯片技术,分析EB病毒(EBV)阳性胃癌细胞系与EBV阴性胃癌细胞系基因表达谱差异,筛选EBV相关胃癌(EBVaGC)相关基因。方法采用TRIzol一步法提取3种EBV阳性胃癌细胞系(GT38、PT、SNU-719)和3种EBV阴性胃癌细胞系(SGC7901、HGC-27、MKN-45)总RNA并纯化,逆转录合成cDNA,利用荧光染料(Cy3)标记aaUTP,转录合成标记的cRNA,与Agilent人类全基因组表达谱芯片杂交,扫描荧光信号图像,对芯片原始数据扣除本底和归一化处理,利用倍数差异和t检验计算筛选差异表达的基因,采用上海博豪生物在线分析系统进行基因的功能注释和关联分析,明确差异基因的生物学功能。将处理前后差异表达倍数>2.0或<0.5,且在不同样本间的具有统计学差异的基因判断为差异表达基因。选取特定的差异表达基因,应用实时荧光PCR技术验证芯片结果的可靠性。结果聚类热图及矩阵图分析显示,EBV阳性胃癌细胞系与阴性胃癌细胞系之间表达谱存在明显差异。EBV阳性胃癌细胞系与阴性胃癌细胞系之间有322条基因的表达有明显差异,其中与肿瘤相关的基因涉及转录翻译、信号转导、黏附、细胞增殖和凋亡以及免疫应答等多种生物学过程。选取6条差异基因进行验证,结果有3条基因表达上调,3条基因表达下调,表达趋势与芯片结果一致。结论 EBV阳性胃癌细胞系与阴性胃癌细胞系基因表达存在明显差异,提示EBV感染可影响胃癌细胞相关基因的表达,分析这些差异表达基因有助于阐明EBV感染在EBVaGC发生发展中的作用机制,为进一步筛选EBVaGC特异性肿瘤标记物以及进行生物治疗提供理论依据。     

结肠黑变病相关基因的cDNA芯片筛查分析

目的 应用基因芯片技术研究结肠黑变病(MC)和正常成人结肠组织基因的差异表达. 方法 分别用Cy5和Cy3两种不同的荧光染料通过逆转录反应将MC组和对照组结肠组织的mRNA分别标记成探针,并与载有一组靶基因的基因表达谱芯片进行杂交.通过扫描荧光强度,计算机软件分析,寻找两组差异表达基因. 结果 MC组和正常对照组之间共筛选出93条差异表达基因,其中表达增加的基因有53条(2.0倍以上),表达降低的基因有40条(0.5倍以下). 结论 基因表达谱芯片筛选MC与正常成人结肠组织差异表达基因具有样品用量少、高速度、高敏感、高通量等特性.通过筛选所得差异基因提示MC的发病可能涉及细胞增殖、酯类代谢、能量代谢、细胞毒等多种因素,为进一步阐明MC的发病机制提供了新线索.     

HBV转染肝癌细胞系基因表达谱改变的研究

目的 利用寡核苷酸芯片筛选HBV感染应答基因,探讨HBV感染分子致病机制.方法 选用Agilent Human 1A Oligo基因芯片进行乙型肝炎基因表达改变的研究,用Cy3标记实验细胞(HepG2.2.15细胞),Cy5标记对照组细胞(HepG2细胞),比较HepG2.2.15细胞与HepG2细胞之间的基因表达谱差异;用适时定量PCR(RQ-PCR)对部分差异基因进行验证.结果 通过杂交、扫描、统计学分析,根据P Value LogRatio值及gProcessed signal/rProcessed signal值从近20 000个基因中共筛选出差异表达基因744个,其中423个基因表达上调,321个基因表达下调.用RQ-PCR技术对其中4个相关基因胰岛素样生长因子2(IGF2)、甲胎蛋白(AFP)、干扰素同源序列结合蛋白(ICSBP)、核糖核苷酸还原酶缩多氨酸M1(RRM1)的表达差异进行了验证,与表达谱的结果基本保持一致.结论 通过验证,表达谱芯片的杂交结果真实可靠,为下一步继续进行差异表达基因的研究、了解HBV的致病机制打下了基础.     

大鼠颈椎间盘凋亡软骨细胞基因表达谱的研究

目的分析正常和诱导凋亡的大鼠颈椎间盘软骨细胞基因表达水平的变化。方法建立大鼠颈椎间盘软骨细胞培养体系,使用抗Fas抗体诱导凋亡,分别从正常组和诱导凋亡组的大鼠颈椎间盘软骨细胞中抽提mRNA,经反转录后用Cy3、Cy5荧光标记,获得椎间盘软骨细胞cDNA的探针,再与BiostarR-40s的基因表达谱芯片杂交,ScanArray4000激光扫描仪扫描,GenePix Pro3．0图像处理软件进行图像分析、标准化处理、Ratio值分析、聚类分析。结果凋亡细胞与正常细胞比较,共筛选出明显变化的基因231条。在30条表达有差异的已知基因中,20条基因表达量明显下降（Ratio〈0．5）,10条基因表达量明显上升（Ratio〉2）。变化的基因包括蛋白酶类,生长因子类,信号转导通路类等方面。结论初步筛选出大鼠颈椎间盘软骨细胞的凋亡相关基因,为研究颈椎病在基因水平上的病理变化提供了基础。     

急性胰腺炎不同病理类型基因表达谱差异的研究﹡

目的:联合应用cDNA微阵列和组织微阵列技术并采用计算机辅助处理技术研究正常胰腺组织、MAP、SAP之间基因表达谱,筛选出MAP与正常粘膜以及MAP与SAP之间的差异表达基因。方法:分别抽提正常胰腺组织、MAP和SAP组织的总RNA并纯化mRNA;将各mR-NA逆转录合成以Cy5和Cy3标记的cDNA一链做探针,分别混合后在3张含有4096条双点人类全长基因的芯片上进行杂交。用ScanArray 4000扫描芯片荧光信号图像,用GenePix Pro 3.0软件对扫描图像进行数字化处理和分析。结果3次杂交出现一致性显著异常,表达差异在2倍以上的基因有141条,其中表达上调的74条,表达下调的67条。结论通过基因表达谱差异的比较,提示MAP和SAP在基因水平存在差异,差异2倍以上的141个基因可能与AP的发生和发展以及相关早期炎症的启动和演化有关。     

姜黄素纳米微粒对体外胃癌MGC803细胞凋亡机制的影响

目的观察姜黄素纳米微粒对人胃癌MGC803细胞凋亡机制的影响。方法 MTT法建立细胞剂量效应曲线,光镜和电镜下观察细胞形态变化,流式细胞仪分析MGC803细胞周期改变,免疫组化法检测凋亡相关Bcl-2蛋白表达。结果 MTT法显示,姜黄素纳米微粒抑制胃癌MGC803细胞增殖,呈现剂量-时间依赖性;光镜观察姜黄素纳米微粒组细胞损伤较轻,电镜下核周隙清晰,突触小泡较多;流式细胞仪法显示,姜黄素纳米微粒使胃癌MGC803细胞阻滞于G2/M期;免疫组织化学法显示,姜黄素纳米微粒使凋亡相关Bcl-2蛋白表达下调。结论姜黄素纳米微粒诱导人胃癌细胞MGC803凋亡并且延长药物对胃癌MGC803细胞作用时间。     

胃癌淋巴结转移相关基因差异表达分析

[目的]探讨胃癌淋巴结转移过程中相关基因群的表达和功能。[方法]从6例胃癌患者分别抽取胃癌和淋巴结转移组织的总RNA,采用逆转录的方法,制成cDNA链,并以两种荧光Cy5和Cy3标记后做探针,与含有14784条人类14KcDNA基因表达谱芯片进行杂交。以Agilent荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,进行计算机处理和分析,筛选出胃癌淋巴结转移组织中差异表达的基因,并用RT—PCR实验对部分差异表达基因进行验证。[结果]在14784条基因中,胃癌原发灶与淋巴结转移组织间存在差异表达的基因共80条,其中59条基因表达显著上调,21条基因表达显著下调。经RT-PCR验证,差异表达趋势与基因芯片技术检测的结果一致。[结论]胃癌组织和淋巴结转移组织之间存在多个差异表达的基因,胃癌淋巴结转移的发生与发展是多种相关基因表达失常所致。     

稳定高表达RORα基因的人胃癌MGC803细胞系的构建与鉴定

目的 构建维甲酸相关孤核受体α(RORα)基因的真核表达载体,并建立稳定高表达RORα的人胃癌MGC803细胞,为研究RORα的功能奠定基础。方法根据RORα基因的cDNA全序列,设计一对带有限制性酶切位点的引物。从人胃癌MGC803细胞中提取mRNA作为模板合成RORα cDNA第一链,并用上述引物扩增目的基因全序列,然后经双酶切插入到真核表达载体pcDNA3.1(+),转化大肠杆菌DH5α;用氨苄青霉素筛选pcDNA3.1(+)-RORα的阳性菌株,双酶切和测序进行鉴定。用经鉴定的重组质粒pcDNA3.1(+)-RORα转染MGC803细胞,G418筛选获得RORα/MGC803细胞株;Real-time PCR和Western blot检测该细胞株RORα的表达情况。结果经双酶切鉴定,构建的真核表达载体pcDNA3.1(+)-RORα包含有大约1 640 bp的插入片段,与预期大小一致;表达载体经测序鉴定,其插入片段碱基序列与RORα基因的cDNA序列完全一致。用构建的真核表达载体pcDNA3.1(+)-RORα转染MGC803细胞后,筛选到可稳定传代的RORα/MGC803细胞株。Real-time PCR与Western blot检测显示,RORα/MGC803细胞RORα mRNA和蛋白表达增高。结论成功构建真核表达载体pcDNA3.1(+)-RORα和建立高表达RORα基因的RORα/MGC803细胞。