中国和日本部分地区TT病毒的检出率及基因亚型 …

目的 比较中国及日本部分地区ＴＴ病毒（ＴＴＶ）感染情况及基因亚型分布特征。方法 采用半巢式－聚合酶链反应（Ｓｅｍｉ－ｎｅｓｔｅｄ ＰＣＲ）检测中国和日本部分慢性丙型肝炎患者及正常人血标本中的ＴＴＶ感染情况,并对阳性产物片段直接进行序列分析。结果 发现中国部分正常人群ＴＴＶ感染率为６４％;慢性丙型肝炎患者ＴＴＶ感染率中国国为６８％,日本为４９．１％,基因亚型分布中国ＴＴＶ Ｇ２ａ＋２ｂ亚型占６０％,     

西安地区一株TT病毒的基因克隆及序列分析

目的 对TTV阳性扩增产物进行克隆及测序,以了解西安地区TTV基因及基因结构的特点。方法 采用巢式PCR从转氨酶活性异常增高的患者血清中,得到TTV阳性扩增产物,将其插入pGEM-T easy载体,进行克隆及序列分析。结果 获得1个pGEM-TTV重组载体。序列分析表明,插入片段为196bp。该序列与AF065400株等对应位置的核苷酸同源性分别为：AF065400（中国株）94．9％、AF351132（中国株）98．0％和NC－002076（日本株）99．0％。结论 西安地区TTV阳性扩增序列与报道的AF065400株、AF351132株和NC－002076株的序列具有高度的同源性,属同个基因型别。     

从6例血友病患者分离的TT病毒基因克隆及序列测定

目的 了解血友病人的输血传播病毒（ＴＴＶ）基因型及其在个体内存在状况。方法 对６例血友病人血清中分离的ＴＴＶ进行基因克隆,从每例病人的标本随机选多个克隆进行测序,比较其核苷酸和氨基酸序列。结果 除１例病人的５个克隆ＴＴＶ ＤＮＡ序列基本相同外,其余病人所测的ＴＴＶ ＤＡＮ克隆序列均不完全相同。根据同源性分析,该６例病人的ＴＴＶ ＤＮＡ主要可分为３组：Ｇ１ａ、Ｇ１ｂ和Ｇ２基因型。结论 同一病人可混合     

TTV部分基因的克隆及序列测定

为了弄清萍乡地区ＴＴ病毒 (ＴＴＶ)感染情况 ,分析本地区ＴＴＶ株基因结构特点 ,我们对江西省萍乡地区 8例ＴＴ病毒株进行了部分基因的克隆及序列测定。1　材料和方法1 1　材料　血清标本采用本地区流行病学调查和本院的临床阳性标本。Ｔ载体、ＸＬ1 Ｂｌｕｅ菌为美国Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ公司产品。Ｔａｑ酶、ｄＮＴＰｓ及Ｔ4ＤＮＡ连接酶购自华美公司。ＰＣＲ试剂由中国军事医学科学院提供。1 2　引物合成　根据Ｏｋａｍｏｔｏ等报道的ＴＴＶ基因序列 ,采用Ｇｏｌｄｋｅｙ软件在ＴＴＶＯＲＦ保守区设计两对套式引物 ,引物序列如下 :外…     

山东省HCV分离株C区及NS5区核苷酸序列分析及其基因分型

目的 研究山东省丙型肝炎病毒（HCV）流行株的基因型别,方法 用反转录套式聚合酶链反应（PCR）方法分别扩增山东省HCV流行株C区（432bp)NS5区（319bp)的两个基因片段,将其克隆人T载体上并自动测序,进行同源性分析及基因型别鉴定。结果 4株HCVC区基因片段有3株为1b基因亚型,1株为2a基因亚型,10株NS5区的基因片段分析均为1b基因亚型,并且与GenBank中多个1b亚型代表株核苷酸序列同源性达90%以上,结论 山东省HCV流行株以1b亚型为主,兼有2a亚型,同一亚型中也有较大的变异,NS5区1b亚型中基因散率可达5%以上。     

藏族株TT病毒的分子生物学研究

目的 初步探索青海少数民族地区输血后肝炎病毒（TTV）感染的分子流行病学和TTV DNA部分核苷酸片段序列的分析。方法 采用ELISA聚合酶链反应（PCR）技术,检测藏族、蒙古族、土族人群TTV的感染性,TTV DNA应用荧光法测序分析部分核苷酸片段。结果 ELISA检测74例藏族TTV阳性率14．9％;57例蒙古族TTV阳性率1．9％;土族未检测到阳性。PCR检测13例TTV阳性血清,DNA阳性率53．8％;藏族TTV DNA部分核苷酸测序,对照BDH1．Shanxi13.Gla序列,同源性达90％以上。结论 TTV在青海少数民族人群间有一定的感染性,不同区域的民族感染率有显著差异。藏族株TTV DNA片段对照分析同源性为90％以上,属Gla亚型。提示民族间感染有输入性特征。     

汉坦病毒浙江分离株ZT71株的全基因核苷酸序列测定及分析

目的 为了获得浙江省汉坦病毒基因组更为详尽的资料,研究汉坦病毒的进化状况及变异程度,为疫苗病毒株的选择使用提供科学依据.方法 设计特异性引物,RT-PCR分段扩增ZT71株全长L、M和S片段,PCR产物纯化后克隆于T载体并进行序列测定.然后进行遗传进化分析.结果 汉坦病毒ZT71株L、M及S基因分别由6530、3651和1753个核苷酸组成,分别编码2151、1133和429个氨基酸.基因比较分析表明,ZT71株与SEO型汉坦病毒比较其L片段核苷酸同源性为95.5%～99.7%,氨基酸同源性为99.0%～99.3%;M片段核苷酸同源性为84.1%～99.6%,氨基酸同源性为95.3%～99.2%;S片段核苷酸同源性为88.7%～99.5%,氨基酸同源性为96.5%～99.1%;而与其他汉坦病毒同源性则较低.结论 测定了ZT71株的全基因核苷酸序列,其L、M和S片段具有和其他汉坦病毒L、M、S片段相似的核苷酸一级结构,但与SEO型更为接近,属于SEO型病毒.     

中国庚型肝炎病毒河南株非结构基因（NS）3区cDNA的克隆 …

目的 为了研究中国庚型肝炎病毒（ＨＧＶ）非结构（ＮＳ３）区基因结构特征。方法 利用逆转录－半巢式－聚合酶链反应从河南１份ＨＧＶ ＲＮＡ阳性血清获得覆盖ＨＢＶ ＮＳ３全长ｃＤＮＡ的４个片段，并克隆到ｐｃＤＮＡⅡ载体中，采用Ｓａｎｇｅｒ双脱氧末端终止法测定全部ｃＤＮＡ序列。结果 发现克隆到的包括ＨＢＶ ＮＳ３区在内的ｃＤＮＡ序列和度为２１３７个核苷酸，编码７１１个氨基酸。与国内外已测定的５株全序列的相     

乙型肝炎病毒中国株全基因参照序列的初步建立

目的初步建立乙型肝炎病毒中国株全基因参照序列。方法测定７例慢性无症状ＨＢＶ携带者ＨＢＶ基因组全序列,结合已有的２株ＨＢＶ中国株全基因序列,经同源性比较及对齐比较,确定基因型和参照序列。结果血清型ａｄｒ４例,ａｄｗ３例;２例基因型为Ｂ型,余均为Ｃ型。各序列间Ｘ基因差异最大。该参照序列与国外参照序列仅有２２个位点的差异。结论拟定了中国ＨＢＶＣ基因型毒株全基因参照序列,建立不同地区的ＨＢＶ毒株参照序列尚待进一步收集各地区ＨＢＶ全基因序列。     

诺如病毒广州株全基因组序列测定及分析

目的 探讨广州地区儿童感染的诺如病毒基因组分子结构特点和基因组类型。方法 参考GenBank上的诺如病毒MD145-12基因组设计分段扩增引物，进行RT-PCR分段扩增诺如病毒基因组，克隆于T载体上，测定序列，用Clustal W／X、DNAStar、RAT（recombination analysis tool）等软件分析基因组序列。结果 诺如病毒NVgz01全基因组为7558bp，提交到C,enBank上的序列号为DQ369797，3’端非编码区末端长45bp，病毒基因组有3个开放阅读框（ORF），ORF1长5100bp（5～5104nt），ORF2基因长1623bp，位于基因组中5085～6707nt之间，ORF3基因长807bp（6707～7513nt），其中ORF1、ORF2两基因有19个核苷酸的重叠区；NVgz01全基因组核苷酸序列与GenBank上诺如GI组Norwalk68、Southampto、BS5、Chiba、WUG1的同源相似性在43％～44％之间，与GⅡ组MD145、Farmington　Hills、B4S5、Hawaii、Lordsdale、SaitamaU1、Mc37同源相似性在76％～90％之间。NVgz01的ORF1与Mc37核苷酸序列同源性为94％，但ORF2与Mc37的同源性只有65％；NVgz01的ORF2与Fannillgton Hills（AY502023）同源性为最高（94％），ORF1的同源性为88％。结论广州地区儿童腹泻感染的诺如病毒NVgz01株全基因组序列为7558bp，GenBank序列号为DQ369797，NVgz01与诺如病毒的GⅡ组同源性较高，确认NVgz01株属于诺如病毒GⅡ组；根据ORF1、ORF2的同源性差异和RAT程序分析初步认为NVgz01可能是重组病毒。     

TT病毒的检测及部分核苷酸序列比较

目的 为阐明ＴＴ病毒（ＴＴＶ）流行病学特征和基因级异质性以及血清学诊断试剂的研制提供资料。方法 从健康查体者的血清中提取ＤＮＡ，设计一套引物，采用套式聚合酶链反应（ｎｅｓｔｅｌ－ＰＣＲ）检测ＴＴＶ，对其中７例阳性标本进行了克隆测序，并与２株ＴＴＶ的核苷酸序列作了比较。结果 １１１例正常人中ＴＴＶ的感染率为１２．６％。７株中国株ＴＴＶ间的核苷酸同源性为９０．６％～９５．４％，与日本株ＴＸ０１１（Ｏ）     

狂犬病毒5aG株核蛋白基因的克隆及序列分析

用ＲＴ、ＲＡＣＥ、ＰＣＲ等方法，从中国狂犬疫苗株（５ａＧ）病毒感染的鼠脑组织中扩增病毒核蛋白基因，用双链测序法进行了全基因核酸序列分析。结果表明：该基因开放阅读框架全长１３５３ｂｐ，编码４５０个氨基酸。与其它３株狂犬病毒核蛋白相比，核酸序列同源性为９０％～９６％，氨基酸序列同源性为９５％～９６％。表明核蛋白保守性较好。     

我国2型登革病毒NS1基因的克隆及部分碱基序列的测定

将我国登革２型病毒株ＮＳ１基因的聚合酶链反应（ＰＣＲ）扩增片段直接克隆到Ｔ－载体ＤＮＡ中。用限制性内切酶分析经蓝／白斑筛选和ＰＣＲ鉴定的阳性克隆的ＤＮＡ，证明插入片段与扩增的ＮＳ１片段的大小一致。用双脱氧链末端终止法测序结果表明，ＮＳ１基因扩增片段５’端的部分碱基序列并未发生改变。     

赖型钩端螺旋体毒力株新基因差异片段筛选和核苷酸序列分析

目的:筛选致病钩端螺旋体赖型017株毒力相关基因DNA差异片段,并进行核苷酸及基因信息学分析。方法:提取钩端螺旋体017株基因组DNA,根据抑制消减杂交(SSH)筛选的017株特有的153bp核苷酸短片段,采用盒式连接半巢式PCR技术,扩增相邻未知序列,进行序列测定、分析及同源性检索,并进行蛋白二级结构预测。结果:克隆获得580bp核苷酸长度的基因片段,包含4个重叠开放阅读框架(ORF),在氨基酸水平上与A型化脓性链球菌,肺炎链球菌保守的假想蛋白高度同源。被GenBank收录,收录号为AF495587。结论:本研究筛选并分析了可能是钩体毒力相关的基因片段,为进一步探讨该基因的生物学功能及阐明赖型钩端螺旋体致病分子机制打下了基础。     

献血员中TT病毒DNA检测及部分基因序列分析

目的探讨献血员中一种与输血后肝炎有关的病毒—ＴＴＶ的感染情况。方法采用ＴＴＶ基因组ＯＲＦ１区的套式聚合酶链反应（ｎｅｓｔｅｄ－ＰＣＲ）方法检测２６２份献血员血清标本。结果在血清丙氨酸转氨酶（ＡＬＴ）异常、ＨＢｓＡｇ及抗－ＨＣＶ阴性的５８份献血员血清标本中，１８份ＴＴＶＤＮＡ阳性，ＴＴＶＤＮＡ的阳性检出率为３１０％；在２０４份正常献血员血清标本中检出３０份（１４７％）ＴＴＶＤＮＡ阳性，ＴＴＶＤＮＡ的阳性检出率明显低于ＡＬＴ异常献血员人群（χ２＝３８１，Ｐ＜００５）。序列分析结果显示，其序列与日本株和中国株相应位置核苷酸序列的同源性大于９７％，可能属同一基因型。结论提示我国献血员中存在ＴＴＶ感染，ＴＴＶ存在“健康携带状态”，输血可能成为传播ＴＴＶ感染的途径之一     

人黄体松弛素原基因的克隆及在大肠杆菌中的初步表达

为了加速我国基因工程高技术药物的研制，开发新型、具有生物活性功能的人重组松弛素原，利用逆转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）技术从人黄体组织克隆了松弛素原的编码基因，包括Ｂ和Ａ链以及连接肽（Ｃ肽）。克隆的松弛素原基因进行序列测定后，再亚克隆到原核表达载体ＬＫＢ２，转化大肠杆菌ＢＬ２１，用ＩＰＴＧ诱导表达。结果表明，克隆的松弛素原基因与已发表的基因序列相同，ＳＤＳ－ＰＡＧＥ显示表达蛋白的分子量为２０ｋＤ，为可溶性蛋白，占菌体蛋白的３０％。     

TTV在肝炎患者中的检测及临床意义探讨

目的研究新近报道与丙氨酸转氨酶异常相关的ＴＴＶ在已知和未知病毒性肝炎中的临床意义。方法设计ＴＴＶ部分基因的特异性引物，用聚合酶链反应（ＰＣＲ）方法检测了１０４例病毒性肝炎的ＴＴＶＤＮＡ，并对１例ＴＴＶ阳性标本克隆测序。结果ＴＴＶＤＮＡ序列与日本ＴＴＶ部分基因序列相对应位置的核苷酸同源性为９８．４％。在１０４例肝炎患者中ＴＴＶＤＮＡ阳性检出率为２４．０％（２５／１０４），其中在非甲～戊和庚型肝炎患者中为４８．０％（１２／４２），在甲型肝炎中为１９．０％（４／２１），乙型肝炎为２５．０％（８／３２），丙型肝炎为１１．１％（１／９），９例ＨＧＶＲＮＡ阳性者中未检出ＴＴＶＤＮＡ。值得注意的是重型肝炎ＴＴＶ检出率极高，其中急性重型肝炎６例中阳性为４例（６６．７％），慢性重型肝炎６例中阳性为３例（５０．０％）。结论ＴＴＶ在我国肝炎病人中存在。在重型肝炎中有较高的发生率，可能是未知病毒致急性和慢性及重型肝炎的病因之一。     

阴道加德纳菌ITS-23S rRNA部分基因克隆及序列分析

目的 分析深圳地区阴道国纳菌（Ｇ．ｖａｇ）ＩＴＳ（ｉｎｔｅｒｎａｌ ｔｒａｎｓｃｒｉｂｅｄ ｓｐａｃｅｒ）－２３Ｓ ｒＲＮＡ部分基因序列。方法 设计特异性引物,建立检测Ｇ．ｖａｇ的ＰＣＲ方法,对临床病人阴道分泌物标本进行检测,并对分离出的４株ＰＣＲ产物进行分子克隆和序列分析。结果 分离出的４株Ｇ．ｖａｇＩＴＳ－２３ｓ ｒＲＡＮ基因的核苷酸同源性的９９．５％以上,与Ｂｅｌｄｕｍ报道株同源性在８９％以     

一起引发脑膜炎流行的ECHO病毒的序列分析

目的 测定山东省招远县1987年2－8月发生的无菌性脑膜炎大流行的病因病毒之W株病毒（Zhaoyuan/W/87）的部分序列,分析其与其他肠道病毒的关系。方法 病毒用酚－氯仿抽提RNA,经逆转录合成cDNA,经聚合酶链反应（PCR）扩增,产物纯化,采用双脱氧链末端终止法在AB1377自动核酸测序仪上测定序列。结果 W株5′端非区、2C和3D区的部分序列长度分别为244、275和353个核苷酸;VP1区全基因为876个核苷酸,编码292个氨基酸,与检索到的2株ECH029核苷酸序列的同源性分别为82．1％和81．7％,氨基酸序列的同源性分别为95．1％和94．4％,与检索到的1株ECH02核革苷酸序列的同源性为62．3％。种系发生树分析,W株在单独的一个分支上,与2株ECH029所在分支较近,与ECHO2所在分歧较远。结论 目前无法判定W株与ECHO2的关系,但可以说W株是ECHO029的变异味。