水中诺如病毒浓缩与应急检测研究

目的探索适合于基层实验室开展的水中诺如病毒浓缩与应急检测的方法,评估钙离子法对水体中诺如病毒的富集效果及检测灵敏度,为水源性诺如病毒突发疫情的病原检测提供可靠的检测数据。方法将不同浓度的指示病毒(GⅡ型诺如病毒)加入到不同水样中,用钙离子法进行富集,用荧光定量PCR检测,根据富集前后的病毒浓度,评估方法的回收率;根据不同梯度的检测值,评估方法的灵敏度。同时制备不同的模拟水样进行荧光定量PCR检测。结果钙离子法的平均回收率为81.6%,检测灵敏度为模拟样本中病毒浓度为10 copy/μl。而10份不同模拟水样荧光定量PCR检测阳性9份。结论钙离子法浓缩水样中的诺如病毒,回收率与灵敏度均较高,操作简单;同时,荧光定量PCR检测方法具有快速、灵敏的优点,适用于基层实验室开展水体中诺如病毒的应急检测。     

水体中诺如病毒富集技术的研究

目的评估不同实验条件下NanoCeram-PEG富集法对水中诺如病毒(NV)的富集效果,以获得较优的富集方法。方法构建诺如病毒阳性标准质粒,以此为模板,应用荧光定量RT-PCR方法绘制病毒定量标准曲线;将含诺如病毒粪便悬液加入纯净水中,在不同实验条件下经富集操作,富集液经荧光定量RT-PCR方法进行绝对定量并计算最终回收率,从而确定最优富集方法。结果通过病毒定量标准曲线确定荧光定量RT-PCR方法对水中诺如病毒的检测灵敏度为100 copy/μl。本实验通过正交设计方法考察了洗脱液p H值、洗脱速度和PEG浓度3个因素对最终病毒回收率的影响,最终确定在洗脱液流速为300 ml/min,洗脱液p H值为9.5,PEG6000浓度为13%的条件下病毒回收率最高,达到26.55%。结论证明NanoCeram-PEG富集法具有较好的病毒回收率,加以发展将为水源性诺如病毒疫情的溯源提供可靠的实验室依据。     

应用实时荧光定量RT-PCR技术快速检测基因Ⅱ型诺如病毒

目的建立基因Ⅱ型诺如病毒的实时荧光定量RT-PCR检测方法,并应用于临床标本的检测。方法二氧化硅法提取粪便中的病毒RNA,使用针对基因Ⅱ型诺如病毒N/S结构域的引物和探针建立荧光定量PCR方法,对罗城县急性胃肠炎疫情的34份标本进行检测,并与常规RT-PCR和ELISA检测结果比较;还用该法对2006年2月至2007年1月广西急性胃肠炎暴发及散发病例粪便样本305份做了临床检测。结果用实时荧光定量RT-PCR法成功地从罗城疫情样本中检测出基因Ⅱ型诺如病毒,实时荧光定量RT-PCR、常规RT-PCR和ELISA的检出率分别为为85.3%、76.5%和26.5%。而实时荧光定量RT-PCR对114份对急性胃肠炎暴发疫情及191份散发病例样本的基因Ⅱ型诺如病毒检出率分别为56.1%和23.6%。结论诺如病毒的实时荧光定量RT-PCR检测方法具有快速、灵敏和特异的优点,不但能对标本中病毒浓度进行定量检测,还能鉴别诺如病毒基因型别。同时也发现基因Ⅱ型诺如病毒感染在广西急性胃肠炎暴发疫情和散发病例中较常见。     

荧光定量RT-PCR定量检测诺如病毒方法的建立及其评价

目的:建立荧光定量RT-PCR快速检测诺如病毒GⅠ、GⅡ的方法,以用于患者标本的检测、分型及绝对定量。方法:经过优化筛选出最佳反应体系及反应条件,建立荧光定量RT-PCR快速检测诺如病毒的方法;制作两种不同型号的荧光定量PCR仪的绝对定量标准曲线,并从灵敏度、特异性、重复性、对患者标本检测能力等方面对建立的方法进行综合评价。结果:该方法在两种不同型号的仪器上对108~101copy/μl范围内的病毒,具有良好的线性关系,最低灵敏度为101copy/μl。与容易引起腹泻症状的轮状病毒、腺病毒、星状病毒、肠道病毒均无交叉反应;诺如病毒GⅠ、GⅡ两种常见感染人类的亚型之间无交叉反应。批内及批间重复性实验的标准差在0.10~0.59、变异系数在0.43%~2.84%之间,显示该方法重复性较好。用该方法共检测腹泻患者粪便标本181份,其中33份诺如病毒阳性,随机抽取10份阳性标本测序分析,结果证实均为诺如病毒。结论:本研究建立的诺如病毒荧光定量RT-PCR检测方法,灵敏度、特异性、重复性、对患者标本的检测能力等均显示较好的结果,且能快速区分GⅠ、GⅡ两种感染人类的重要亚型,在诺如病毒的快速检测中有着实际推广意义。     

单管多重荧光定量RT-PCR方法鉴别A组轮状病毒及诺如病毒GⅠ型和GⅡ型

目的建立能同时检测A组轮状病毒、诺如病毒GⅠ型和GⅡ型的多重荧光定量RT-PCR方法。方法分别选用轮状病毒NSP3基因、诺如病毒GⅠ型和GⅡ型orf1与orf2基因中的64 bp、90 bp和185 bp片段作为荧光定量PCR检测的靶标,设计引物和Taq Man探针,构建标准品,绘制标准曲线,评价检测方法的重复性、特异度和灵敏度,并对138份粪便标本进行检测及测序验证。结果 3种病毒对应的标准曲线分别为:轮状病毒:y=-3.9lgx+41.204;诺如病毒GⅠ型:y=-3.06lgx+40.716;诺如病毒GⅡ型:y=-3.29lgx+41.538,质粒标准曲线的方差系数为0.997,灵敏度达到每个反应102copy/μl,特异度强。138份样本中检出A组轮状病毒、诺如病毒GⅠ型和GⅡ型的检出率分别为32.6%、5.8%和26.1%,与基因测序比对结果相符。结论构建可用于A组轮状病毒及诺如病毒GⅠ型和GⅡ型的多重荧光定量RT-PCR方法快速、特异且灵敏,可用于临床病原诊断和流行病学调查。     

牡蛎中GⅡ型诺如病毒快速检测方法研究

目的建立牡蛎中GⅡ型诺如病毒快速有效的检测方法,为食源性疾患疫情暴发的溯源提供可靠的实验室依据。方法梯度稀释含有GⅡ型诺如病毒的便悬液分别加入牡蛎消化道组织匀浆中,用蛋白酶K消化-PEG6000沉淀方法富集后,实时荧光RT-PCR进行终端检测,评估灵敏度及回收率。结果该方法的灵敏度为3.91×103copies/g,病毒平均回收率为6.64%。结论蛋白酶K消化-PEG沉淀法操作简单、快速,有望进一步优化后应用于不同贝类中病毒的检测。     

水及水产品诺如病毒快速检测技术研究

目的:进行水中病毒富集和水产品前处理方法的研究,以确定水及水产品诺如病毒快速检测技术。方法:不同水中病毒的浓缩富集方法,不同水产品前处理方法,通过荧光PCR检测比较效果,同时检测实际样本的诺如病毒。结果:两步浓缩法浓缩水中病毒效果比PEG沉淀法好,而两种水产品前处理方法相近,实际样本检测诺如病毒均为阴性。结论:确定了水和水产品诺如病毒快速检测技术,为水系和水产品诺如病毒监测提供依据。     

荧光定量RT-PCR检测诺如病毒基因Ⅱ型方法的建立和评估

目的 建立灵敏、特异的诺如病毒基因Ⅱ型的荧光定量RT-PCR方法,用于临床腹泻粪便样本病毒的定量检测.方法 构建质粒DNA,并转录合成RNA作为标准品,建立和优化诺如病毒基因Ⅱ型荧光定量RT-PCR方法和反应体系,评价该方法的灵敏度、特异性、重复性,并进行临床粪便样本的检测.结果 此方法最低可以检出102拷贝数/μl,能特异地检出诺如病毒基因Ⅱ型,与诺如病毒基因Ⅰ型无交叉反应,与柯萨奇病毒B组、脊髓灰质炎病毒、肠道病毒、星状病毒、甲肝病毒、埃可病毒和轮状病毒无交叉反应.针对标准品,2次批内试验的荧光信号循阈值(Ct值)变异系数(CV)分别为1.60％、0.70％,2次批间试验的变异系数(CV)分别为0.40％、0.40％,均在5％以下.结论 本研究建立的实时定量RT-PCR检测诺如病毒基因Ⅱ型的方法,其灵敏度、特异性和重复性良好,可用于该病毒的快速检测.     

贝类中诺如病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

目的建立实时荧光定量PCR法检测GⅠ、GⅡ型诺如病毒的方法。对东海区域市场内零售贝类海产品中诺如病毒携带情况进行监测,为海产品食品安全和风险预警提供科学依据。方法采集浙江沿海地区市场上常见贝类,利用实时荧光定量PCR检测技术对贝类进行检测。结果 2 955份样品中有63份样品携带诺如病毒,其中杂色蛤、太平洋牡蛎、僧帽牡蛎、毛蚶中均检出GⅡ型诺如病毒。贝类样品中太平洋牡蛎的检出率最高,为15.64%。贝类中诺如病毒在冬季(11月-次年2月)的检出率明显高于夏季(6月-9月),其季节分布差异有统计学意义(χ~2=31.3,P0.05)。结论东海区域贝类中,特别是生食或半熟食贝类中诺如病毒的携带水平较高、分布较广,应持续做好贝类中诺如病毒携带监测,同时做好风险预警。     

应用TaqMan荧光定量RT-PCR检测猪肝中戊型肝炎病毒的研究

目的建立适用于猪肝样本中戊肝病毒检测的荧光RT-PCR方法。方法采用匀浆处理直接提取法(方法一)与聚乙二醇处理法(方法二)两种处理方法对染毒猪肝样本进行病毒富集,针对4种型别戊肝病毒的基因组而设计的特异性引物和探针,建立一套Taq Man荧光定量RT-PCR方法,并评价该方法的准确性和灵敏性。采用新建荧光定量RT-PCR检测人工染毒的猪肝样本并比较两种方法的处理效率。结果所建立的Taq Man荧光定量RT-PCR标准曲线显示在102~108copies/μL范围内具有良好的线性关系,相关系数为0.999。批内和批间重复性实验结果表明,不同浓度的质粒标准品检测所获得的Ct值的变异系数分别在0.11%~3.75%、2.47%~6.62%间。2种方法均可以检测出102copies/μL的染毒猪肝中戊肝病毒拷贝数。结论所建立的Taq Man荧光定量RT-PCR方法具有灵敏度高、稳定性好、特异性强等特点,适用于HEV的定量检测。匀浆处理直接提取法更加快捷,适用于长期监测。     

荧光定量RT-PCR检测血清标本中的肠道病毒RNA

[目的]建立一种快速,灵敏,易操作的通用肠道病毒荧光定量RT-PCR检测方法用于血清标本检测。[方法]在肠道病毒5'端的保守区域中选取所有型别肠道病毒一致的基因组序列设计通用引物及Taqman探针。优化反应体系,建立RT-PCR荧光定量检测系统,测定了TCID50(50%组织培养感染剂量/ml)的CoxB3病毒培养液进行10倍稀释以检测最低检测病毒量,用45份心肌炎患者血清标本和122例人群血清标本进行检测。[结果]荧光定量RT-PCR系统对于CoxB3病毒的最低检测量为0.01TCID50/ml并且可以检测到小于1000拷贝/ml的质粒DNA,定量线形范围达到5个数量级,相关系数达到0.993。45份病毒性心肌炎患者急性期血清临床标本中31份阳性,阳性率为68.9%。122份人群血清标本中肠道病毒阳性标本19份,阳性率15.6%。[结论]应用TaqMan荧光定量RT-PCR方法检测血清标本,为肠道病毒的临床诊断及流行病学调查提供了一种快速,高灵敏度的实用方法.     

诺如病毒快速检测方法的建立及其在国境卫生检疫中的应用

目的:建立快速、特异的诺如病毒实时荧光RT-PCR与常规RT-PCR相结合检测方法,对人感染诺如病毒进行快速检测。方法:根据国外最新流行的诺如病毒核酸序列,设计并合成诺如病毒基因扩增引物及荧光标记探针,摸索最佳反应条件,制定出快速、灵敏检测诺如病毒核酸的实时荧光RT-PCR检测方法及常规RT-PCR检测方法。结果:实验证明,本方法将实时荧光RT-PCR与常规RT-PCR检测方法相结合,能在5 h内快速确认诺如病毒,检测灵敏度达到102拷贝/反应,具有快速、灵敏的特点,且具有较高的特异性和重复性。结论:本实验室利用本方法,首次在广州某国境口岸从外籍发热船员样本中检出5例输入性GGⅡ群诺如病毒。该方法对防止诺如病毒传入我国,保障我国国境卫生安全具有重要意义。     

实时逆转录环介导等温扩增检测GⅡ.4型诺如病毒的研究

目的建立快速检测诺如病毒GⅡ.4型的实时逆转录环介导等温扩增方法(RT-LAMP)。方法选取GⅡ.4型诺如病毒的ORF1与ORF2接头处较为保守的基因序列设计RT-LAMP引物并进行筛选,优化反应条件,分析方法的灵敏度、分析特异性和稳定性,采用优化的方法检测40例临床病毒性腹泻样本,结果与实时荧光逆转录PCR(RT-PCR)比较。结果该研究建立的诺如病毒GⅡ.4型RT-LAMP的最佳反应温度为65℃;该方法检测GⅠ型和GⅡ非诺如病毒4型、轮状病毒、札如病毒、星状病毒、腺病毒、CA16、EV71、CA6和CA10等常见10种其他腹泻病毒的结果为阴性;该方法对诺如病毒GⅡ.4型的检测能力与实时荧光RT-PCR相当;与实时荧光RT-PCR相比,该研究建立的RT-LAMP法检测诺如病毒GⅡ.4型阳性样本和诺如病毒阴性样本的符合率为100%。结论该研究建立的诺如病毒GⅡ.4型RT-LAMP快速检测方法灵敏度高,特异性好,为建立诺如病毒其他基因型的RT-LAMP检测方法奠定了基础。     

贝类中诺如病毒检测方法的优化

目的优化贝类中GⅡ型诺如病毒(No V GⅡ)的检测方法。方法用No V GⅡ人工染毒贝类样本,分别比较曲通X-100缓冲液(KNT)、Tris/甘氨酸/牛肉膏(TGBE)缓冲液、甘氨酸缓冲液、脱脂牛奶、磷酸盐缓冲液(PBS)、PBS-吐温80缓冲液和大豆蛋白缓冲液的洗脱效果以及PEG沉淀法、超滤法和膜吸附法3种浓缩方法的回收效果,并采用实时荧光RT-PCR方法进行检测,最后运用优化后的方法对诺如病毒污染的贝类各组织的病毒含量进行检测,以确定最佳检测部位。结果实时荧光RT-PCR结果表明,人工染毒后的贝类样品采用KNT缓冲液洗脱,再用PEG沉淀法浓缩,回收率最好,达18.95%;诺如病毒在贝类中的分布主要集中于进出水口、鳃和消化腺。结论贝类海产品中诺如病毒的检测建议取贝类的进出水口、鳃和消化腺,用KNT缓冲液洗脱、PEG沉淀法浓缩,实时荧光RT-PCR进行检测,以提高检测率。     

秦皇岛市海产品贝类中诺如病毒监测分析

目的了解秦皇岛市海产品中血蚶、牡蛎、海虹受诺如病毒污染情况,检测3种贝类带毒率,对检测出的诺如病毒进行GⅠ和GⅡ分型。建立Mengo病毒作为阳性质控检测病毒回收率方法。方法蛋白酶水解法富集病毒,全自动核酸提取仪提取病毒RNA,实时荧光定量PCR方法对诺如病毒进行检测和分型,用Mengo病毒做标准曲线,检测诺如病毒回收率。结果 Mengo病毒回收率均1%符合富集要求,检测牡蛎、海虹、血蚶各20份,检出诺如病毒阳性样本11份,其中GⅠ型1株,GⅡ型10株,总检出率为18.33%。牡蛎、血蚶均检出GⅡ型毒株,检出率分别为30.00%、5.00%,海虹检出GⅠ型和GⅡ型毒株,检出率分别为5.00%和15.00%。结论 3种贝类产品均受到诺如病毒不同程度的污染,GⅡ毒株含量较多,牡蚶和海虹受到污染较为严重。     

GⅠ和GⅡ型诺如病毒双重荧光RT-PCR法检测

目的 建立应用Allglo探针同时检测GⅠ和GⅡ型诺如病毒的双重荧光反转录\聚合酶链反应(RT-PCR)方法.方法 设计针对GⅠ和GⅡ型诺如病毒开放阅读框架ORF1及ORF2为目的基因的引物和Allglo探针,优化最佳反应条件,建立一步法荧光RT-PCR快速检测反应体系;对该方法的特异性、抗干扰性、灵敏度进行评估,对96份临床粪便标本进行检测、测序分析.结果 该方法特异性强,与轮状病毒、扎如病毒、星状病毒、腺病毒同时检测无交叉反应;同一体系下GⅠ或GⅢ型诺如病毒相互之间没有干扰;最低检测限均为10 copies/μL;对96份临床粪便标本进行检测,结果与单重荧光RT-PCR方法符合率100％,且测序结果显示目标序列正确.结论 本研究建立的Allglo探针法检测GⅠ和G Ⅱ型诺如病毒技术特异性好,灵敏度高,可用于感染性腹泻暴发中诺如病毒的快速筛查.     

北京市市售花蛤诺如病毒和轮状病毒检出情况及基因特征分析

目的 了解北京市市售花蛤诺如病毒和轮状病毒检出情况,分析其基因特征.方法 2014年11月-2015年10月,采集北京市三个水产品销售市场新鲜花蛤各24件.用两种方法对花蛤鳃和肠内容物进行病毒浓缩,提取核酸后用实时荧光RT-PCR法检测诺如病毒GⅠ/GⅡ组和A组轮状病毒核酸.用半巢式RT-PCR方法,扩增诺如病毒阳性样...     

荧光定量RT-PCR快速检测B型流感病毒的研究

目的:利用荧光定量RT-PCR技术建立一种快速检测B型流感病毒的方法。方法:根据B型流感病毒HA基因的相对保守序列分别设计一对引物及其相应的Taqman探针,建立、优化反应体系后,利用10倍稀释法检验方法的灵敏度并建立相对定量标准曲线;特异性检验后利用临床标本与普通RT-PCR法进行比较。结果:B型流感病毒检测反应的灵敏度为5.0×10-6TCID50,标准曲线相关系数为0.998,扩增效率为107.8%,5种非B型流感病毒病原体检测均为阴性,说明此方法具有很好的稳定性、重现性和特异性。结论:本研究建立荧光定量RT-PCR技术可以准确检测B型流感病毒,不仅灵敏度高、稳定性好,而且可以对病毒滴度进行定量检测。     

普马拉病毒实时荧光定量RT-PCR方法的建立

目的建立一种适应国境口岸地区特定鼠种中普马拉病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法。方法利用Beacon Designer7.0软件设计引物和探针,以人工合成普马拉病毒S基因的片段作为模板,进行实时荧光定量RT-PCR检测,并验证该方法的灵敏度及特异性。结果模板的Ct值与模板稀释浓度的对数存在良好的线性关系,标准曲线y=-3.122x＋38.605,R2=0.995,PCR扩增效率为109.1%,其最低检出限为31.6copies/μl。结论建立的实时荧光定量RT-PCR方法特异性好、灵敏度高,适合于普马拉病毒的快速检测。     

诺如病毒引起某托幼机构胃肠炎聚集性疫情的调查

目的调查分析无锡新区某托幼机构诺如病毒引起的胃肠炎聚集性疫情的流行病学特征。方法通过现场流行病学调查了解病例发生情况,实验室采用荧光定量RT-PCR方法对病例标本进行核酸检测。结果疫情从2014-03-31/04-03,共发生病例7例,罹患率1.08%。现场采集肛拭子、粪便、呕吐物标本共10份,7份标本检出诺如病毒。结论这是一起由诺如病毒引起的托幼机构胃肠炎聚集性疫情。