重庆地区乙型肝炎病毒B/adw2和C/adrq+亚型PreS/S基因参照序列的初步建立

目的 建立重庆地区不同亚型乙型肝炎病毒(HBV)流行株PreS/S基因参照序列。方法 扩增18例HBV慢性无症状携带者的PreS/S基因，应用同源性分析和对齐比较等方法确定基因型／血清型，并选同HBV亚型的PreS/S拟定参照序列。结果 9株基因型B/血清型adw2、6株基因型C／血清型adrq 、3株基因型B/血清型aywl；建立的重庆地区基因型B/血清型adw2、基因型C／血清型adrq HBV流行株PreS/S参照序列，与华东华南、东北华南地区同亚型的参照序列比较分别有6个、13个核苷酸差异，均可引起4个氨基酸差异。结论 初步建立了重庆地区HBV基因型吲血清型adw2、基因型C/血清型adrq HBV流行株PreS/S基因参照序列。     

HBsAg携带者C型乙型肝炎病毒PreS基因序列建立

目的建立南通地区C型乙型肝炎病毒(HBV)流行株PreS基因参考序列。方法扩增25例HBV慢性无症状携带者的PreS基因,分析并确定基因型,选同HBVC亚型的PreS拟定参照序列。结果将所测基因序列与HBV不同型PreS序列用Clustalx1.8软件对比,经MEGA3.1软件分型。结果表明,其中有19份血样属C型,有6份血样属B型;南通地区C型HBV流行株的PreS参照序列与GenBank收录的HBV-C型序列D50517.1以及重庆地区的参照序列进行比较,分别有6个核苷酸和10个核苷酸位点的差异,同源性分别为98.9%和98.1%。结论建立了南通地区C型HBV流行株的PreS基因参照序列。     

南通地区B型乙型肝炎病毒PreS基因参照序列的建立

[目的]建立南通地区B型HBV流行株PreS基因参考序列. [方法]扩增HBV慢性无症状携带者的PreS基因,分析确定基因型并拟定参照序列.将所测基因序列与HBV不同型PreS序列用Clustalx1.8软件比对,经MEGA3.1分型,选取其中的B型HBV基因,建立南通地区B型HBV流行株的PreS参考序列. [结果]与GenBank收录的HBV-B型序列比较,核苷酸和氨基酸的同源率分别为98.5%～99.2%和96.6%～98.9%. [结论]成功建立了南通地区B型HBV流行株的PreS基因参照序列.     

桂南桂北两地HBV基因型分布特点研究

目的探索乙型肝炎病毒(HBV)基因型在广西肝癌高发区扶绥县和低发区桂林市的分布特点,为肝癌的防治及早期诊断提供理论依据。方法采用现况研究的方法,随机抽取扶绥县、桂林市HBV感染者各300例,分析研究对象HBV基因型,描述并研究两地基因型分布特点和差异。结果扶绥和桂林HBV基因型均为B型和C型,未见其它基因型。扶绥县基因型B、C分别占26.00%(78/300)、74.00%(222/300),桂林市基因型B、C分别占77.33%(232/300)、22.67%(68/300),基因型在两地分布差异有统计学意义(P0.05)。在扶绥、桂林两地不同基因型在HBV相关肝癌患者和HBV慢性携带者分布差异均无统计学意义(P0.05)。结论广西扶绥、桂林两地流行的HBV基因型有B和C两种,基因型C是扶绥的主要流行毒株,基因型B是桂林的主要流行毒株。     

广西HBsAg无症状携带者HBV前S基因缺失突变的分子流行病学研究

目的 了解广西HBsAg 无症状携带者乙肝病毒(HBV)前S 基因(PreS)缺失突变株的流行情况.方法 按现况研究的原理,用三阶抽样法,在广西东、西、南、北、中各选定1 个县,然后在每个县选择人口约1 000 人的自然村,调查该村全人群HBV 感染情况,用套式聚合酶链反应(nested PCR)对HBsAg 阳性血清HBV 前S 基因扩增和序列分析.结果 共调查4 513 人,HBsAg 总阳性率为8.7%(395/4 513),Pre-S 基因缺失突变率为4.9%(17/350),男、女突变率(5.1%、4.5%)无显著性差异(X2=0.07,P >0.05),25 岁以下没有出现缺失突变,突变率在50 岁年龄组最高,但各组间无显著性差异(P >0.05).汉族人群突变率较高(6%);钦州突变率最高(7.5%),苍梧最低(1.5%),各民族之间、各县之间突变率均无显著性差异(P >0.05).所有Pre-S 缺失突变都是框内突变,82.4%(14/17)的突变发生在或涉及Pre-S2 的5'端.Pre-S2 起始密码发生突变率为6.9%(24/350).基因型B、C、I 和D 前S 基因缺失突变率分别为6.1%(7/114)、4.1%(9/221)、7.1%(1/14)和0(0/1),各组间无显著性差异(P >0.05).结论 广西HBV 无症状携带者前S 基因缺失突变率较低,PreS1 的3'端和PreS2的5'端是缺失突变的好发部位,低年龄组罕见,突变与性别、民族、地理位置和基因型无关.     

H基因型:中美洲新发现的美洲土著HBV基因型

目前公认而权威的HBV基因分型方法是根据HBV DNA全序列的核苷酸变异,即同基因型其序列的同源性和异型间序列的差异。本文作者所做的HBV DNA全基因组测序,提示一个新的HBV基因型的发现,从而使HBV基因型扩展到A～H八种。 作者对来自世界不同地区的10株HBV毒株进行了全基因组测序。5株来自中美洲,属于F基因型。另外2株分别来自西班牙和瑞典,尽管编码d     

132例乙型肝炎病毒感染者基本核心启动子变异分析

目的研究乙型肝炎病毒（HBV）感染者基本核心启动子（BCP）变异情况。方法收集HBV感染者血清标本132份(HBV DNA均阳性),用半巢式聚合酶链反应扩增HBV C基因部分片段,产物纯化后直接测序,检测BCP T1762/A1764变异。用S基因错配聚合酶链反应（PCR RFLP）法确定HBV基因型。结果51例乙型肝炎e抗原(HBeAg)阳性患者BCP T1762/A1764双变异检出率为27.45%,81例HBeAg阴性患者BCP T1762/A1764双变异检出率为62.96%,两组比较,差异有高度显著性（χ2=15.79,P＝0.00）。 BCP T1762/A1764双变异的HBV感染者B基因型检出率为33.85%,明显低于C基因型的检出率66.15%（χ2=24.25,P＝0.00）。结论HBV感染者普遍存在BCP T1762/A1764双变异,以C基因型感染者多见。     

自贡地区HBV基因BCP区1762/1764及前C区1896位点突变与HBV相关性肝癌的相关性研究

目的通过分析自贡地区乙肝患者乙型肝炎病毒HBV基因BCP区1762/1764及前C区1896位点的突变情况,探讨其与HBV相关性肝癌的关系。方法收集2015年9月至2018年6月141例经本院确诊的乙肝性相关疾病患者血清标本(HBV DNA≥103IU/mL):慢性乙肝(CHB组)50例、肝硬化(LC组)45例、肝癌(HCC组)46例,并收集临床相关资料。采用荧光定量PCR法检测患者的HBV DNA水平,多通道荧光PCR法检测HBV基因型,然后采用ARMS-PCR法检测HBV基因BCP区1762/1764及前C区1896突变情况。采用SPSS17.0软件对数据进行统计学分析。结果 HCC组和CHB组在e抗原阳性率、HBV DNA水平及HBV DNA>105IU/mL方面对比发现差异均具有统计学意义(P<0.05);HCC组和LC组在e抗原阳性率方面比较发现差异无统计学意义(P>0.05),而HBV DNA水平方面差异具有统计学意义(P<0.05)。男性、女性乙肝患者HBV基因BCP区1762/1764位点突变率分别为67.0%、57.1%(P>0.05),前C区1896位点突变率分别为61.6%、66.7%(P>0.05)。HCC组患者、LC组患者、CHB组患者的HBV基因BCP区1762/1764突变率分别为91.3%、84.4%、22%,HCC组与CHB组比较差异具有统计学意义(P<0.05),而HCC组与LC组比较差异无统计学意义(P>0.05);HBV基因前C区1896突变率分别为84.8%、62.2%、42.0%,HCC组与CHB组、LC组比较差异均具有统计学意义(P<0.05)。HCC组患者的HBV基因前C区1896和BCP区1762/1764位点同时突变率为78.3%,要高于LC组和CHB组,差异均具有统计学意义(P<0.05)。HBV基因型方面比较,无论是基因B型还是C型的乙肝相关患者,疾病进程较重(HCC组、LC组)的受试者携带BCP区1762/1764突变型或前C区1896突变型的比例都要高于慢性乙肝患者(CHB组)。结论自贡地区HBV基因BCP区1762/1764和前C区1896突变率高,无性别和基因型差异,其中HBV基因BCP区1762/1764位点和前C区1896位点联合突变与HBV相关性HCC发生可能存在一定关系。     

HBV核心区基因突变的研究

目的 研究乙型肝炎病毒(HBV)核心区的突变模式.方法 在核酸序列比对的基因上,设计靶向HBV各基因型核心区的通用引物.PCR扩增血清病毒DNA,经DNA测序和随后的序列分析,检测和分析核心区的突变模式.结果 在34例可检测样本中,共有23例患者存在HBV核心区突变;其中,基本核心启动子区(BCP)的A1762T(50.0%)和G1764A(52.9%)是最常见的突变位点,并且,通常表现为双碱基突变;其次是核心(C)基因区的L60V氨基酸突变(17.6%);就各基因区的突变频率而言,BCP区、前核心(Pre-C)区和C基因区突变患者分别有18、6、10例,其中,BCP区通常表现为A1762T和G1764A双突变(94.7%),pre-C区以G1896A最为常见(83.3%),C基因区则主要是L60V的氨基酸单突变(50.0%).结论 HBV核心区最常见的突变形式是BCP区A1762T和G1764A的碱基双突变;由于HBV核心区基因具有复杂的突变模式,因此,研究HBV核心区基因突变模式对HBV感染的病情预测和预后判断具有重要的临床应用价值.     

HBV/HIV共感染与单纯感染HBV 1762T/1764A突变及前S基因缺失的比较研究

目的 比较分析HBV/HIV共感染者与HBV单纯感染者肝癌相关HBV 1762T/1764A突变及前S基因缺失突变率.方法 根据病例对照研究原理,收集未接受HBV及HIV抗病毒治疗的HBV/HIV共感染者和HBV单纯感染者血清标本,用分子生物学技术对血清HBV核心基因启动子(BCP)和前S基因进行分析.结果 病例-对照共61对,平均年龄为(44.9±2.1)岁,共发现3个HBV基因型:基因型B、C和I.共感染者和单纯感染者的主要基因型均为B基因型,分别占63.4%(39/61)和50.8%(31/61).共感染者肝癌相关HBV基因突变总率(52.5%)显著高于HBV单纯感染者(23.0%),差异有统计学意义(χ2=11.307,P<0.05).共感染者BCP的1762T/1764A双突变率(44.3%)显著高于HBV单纯感染者(χ2=7.290,P<0.05).同样,共感染者前S基因缺失率也显著高于HBV单纯感染者(χ2=8.270,P<0.05).随机从两组中各抽20例进行对比分析,结果显示共感染与高病毒载量有关,但是高病毒载量与肝癌相关HBV基因突变无关.肝癌相关HBV基因突变率不随CD+4细胞计数变化而变化.多因素分析结果表明,合并HIV感染与肝癌相关HBV基因突变(包括BCP双突变与前S缺失突变)有关.结论 HBV/HIV共感染可增加肝癌相关HBV基因突变率.     

上海市88例乙型肝炎患者乙肝病毒基因型与基因突变的关系

[目的]了解乙型肝炎患者乙肝病毒(hepatitis B virus,HBV)基因型分布及有关位点的基因突变情况。[方法]随机抽取上海市88例乙肝患者,采用巢式聚合酶链反应检测HBV基因型,扩增HBV Pre-S/S区和C区序列并测序。[结果]在88名研究对象中共检出C基因型52例(59.09%)、B基因型36例(40.91%)。B基因型的平均年龄为(38.56±12.55)岁,低于C基因型的(44.54±15.72)岁,两组年龄分布差异有统计学意义(P<0.05)。B基因型的乙肝表面E抗原(HBeAg)阳性率(66.67%)高于C基因型(28.85%),差异有统计学意义(P<0.05)。C基因型C1762、C1764位点的突变率分别为50.00%和50.77%,分别高于B基因型的27.78%和25.00%,差异均有统计学意义(P<0.05)。[结论]本研究乙型肝炎患者的HBV基因型以C型为主,C基因型C1762、C1764位点的突变率高于B基因型,应加强HBV基因型和基因突变的监测。     

辽宁省乙型肝炎监测病例HBV基因型分布及主蛋白抗原主要亲水区变异特点分析

目的 了解辽宁省乙型肝炎(乙肝)监测病例HBV基因型分布及其主蛋白抗原主要亲水区(MHR)氨基酸(aa)位点变异情况。方法 采集辽宁省监测试点县区乙肝病例血清,提取HBV DNA并进行序列扩增,测序得到S基因序列,利用生物学软件比较分析。结果 共得到HBV S基因序列81条,基因型分布B型为8.64%(7/81)、C型为86.42%(70/81)、D型为4.94%(4/81).S基因MHR aa位点变异率为4.87%,T126I变异率最高,为8.64%.HBV MHR变异株总流行率为49.38%(40/81),其中B型为42.86%(3/7),C型为47.14%(33/70),D型为100%(4/4).在不同年龄、性别、基因型和抗-HBc IgM(+/-)分类比较中,差异无统计学意义,但ALT正常组(<43 IU/L)该流行率显着高于ALT异常组(≥43 IU/L). 结论 辽宁省乙肝监测病例中,基因型分布以C型为主,B型次之,偶见D型。HBV MHR aa位点变异与既往研究结果一致,仍为今后乙肝监测重点。     

西宁地区乙型肝炎病毒基因前C区及启动子突变的研究

[目的]分析西宁地区乙型肝炎病毒(HBV)C基因前区(preC/C)与C基因启动子(BCP)的变异株在HBV感染者中的状态及与HBeAg在血清学中的关系. [方法]使用一条PCR错配引物和引入BCL1酶切位点,扩增一条nt1765-nt1895核苷酸片断,以序列分析扩增产物. [结果]在nt130核苷酸片断中,A83突变率为9.3%,BCP突变率为43.6%,25例野毒株的突变率达17.0%;HBeAg阴性病例中A83突变率为9.3%,BCP突变率为78.1%;HBsAg阴性、抗-HB8阳性的双阳病例中A83和BCP双突变为99.7%;HBV感染的不同临床病例主要显示于慢性肝炎重度和肝硬化组,BCP突变率分别为75%及71%. [结论]HBV双突变与肝炎的严重性有密切联系,BCP双突变对e系统表达有一定影响.PCR技术和基因测序分析有重要指导价值和临床意义.     

新疆维吾尔族慢性乙型肝炎患者HBV基因型及亚型分析

目的探讨新疆维吾尔族(维族)慢性乙型肝炎患者中乙型肝炎病毒(HBV)基因型及基因亚型。方法用本实验室建立的HBV基因型及基因亚型特异性引物巢式聚合酶链反应(nPCR)法,对54份新疆维族慢性乙型肝炎患者血清样本进行HBV基因型及亚型分析。随机选取11株经nPCR法鉴定为D基因型的样本,同时进行PreS/S区及PreC/C区测序以鉴定D基因亚型。随机选取2株D型HBV进行基因组全长扩增并克隆测序。从GenBank下载75株各国HBVD1亚型参考序列,根据Kimuratwo-parameter法计算中国新疆地区与其他国家的HBVD1亚型株进化距离。结果新疆维族人群HBV感染以D基因型为主,占66.67%,同时存在B(5.56%)、C(5.56%)基因型及混合感染(22.22%)。新疆存在D1和D3两种亚型,以D1亚型为主。新疆D1亚型与中亚哈萨克斯坦、乌兹别克斯坦、蒙古等国及中东地区土耳其、伊朗、埃及等国的进化距离较近。结论新疆维族慢性乙肝患者中D基因型为优势株,主要为D1亚型,其进化距离与中亚中东等国较为接近。     

浙江省1999—2011年麻疹流行株全基因组序列分析

目的 从全基因组层面探讨浙江省1999-2011年麻疹病毒的变异及其与疫苗株S191之间的差异.方法 选取浙江省不同年份分离的麻疹病毒流行株9株,采用RT-PCR方法扩增全基因组序列,并与疫苗株S191及国外主要流行基因型毒株进行全序列比较分析.结果 1999-2011年浙江麻疹流行株间的氨基酸同源性为98.77％ ～ 99.89％,麻疹病毒尚未受到明显的正向压力,各基因的变异仍属随机漂移.与疫苗株S191相比,两者间氨基酸的同源性仅为96.63％～ 98.16％,分别存在135～159个氨基酸的改变,其中共同的氨基酸变异位点113个,导致5个糖基化位点的变异.在核苷酸水平上,N基因的平均变异率最大(5.5％);而在氨基酸水平上,P蛋白的平均变异率最大(7.7％).此外,在全基因组序列上,浙江流行株与各国疫苗株的遗传距离均大于D4、B3基因型流行株与各国疫苗组的遗传距离(t=9.76,P＜0.05;t=-12.39,P＜0.05).结论 浙江麻疹流行株与疫苗株S 191在各基因上均产生了较大的差异,现行疫苗株与H基因型流行株之间的差异远大于疫苗株与国外优势流行株(D4、B(1)基因型)之间的差异,应密切关注这一变化趋势,及早研究后备麻疹免疫株.     

不同肝病患者乙型肝炎病毒BCP/PC区变异研究

目的探讨不同肝病患者乙型肝炎病毒BCP/PC区突变情况。方法选择乙型肝炎患者245例,其中慢性乙型肝炎(CHB)98例、慢性重症肝炎(CSHB)68例、肝硬化(LC)34例及肝癌(HCC)45例,荧光定量PCR测定其基因型,巢氏PCR扩增BCP/PC区基因,分析其在各个肝病组中的分布情况以及与基因型和HBeAg的关系。结果在所检测的245例患者血清中,检测出变异株134例,占54.7%;CSHB组、HCC组和LC组在A1762T/G1764A、G1896A以及联合变异中,其变异频率明显高于CHB组,差异有统计学意义(P0.01)。CSHB组和LC组比较差异无统计学意义(P0.05)。C基因型明显高于B型和B+C型的HBV BCP区变异频率,三者比较差异具有统计学意义(P0.05)。HBeAg阴性组变异率明显高于HBeAg阳性组,差异有统计学意义(P0.05)。结论 HBV BCP/PC变异中,CSHB组、HCC组和LC组变异频率明显高于CHB组,HBV BCP/PC变异是导致HBeAg阴性的主要机制之一。     

广西壮族自治区肝癌高发区HBV基因型、BCP/前C区突变与肝癌相关性的研究

目的 研究广西壮族自治区(广西)扶绥县肝癌高发区HBV基因型、基本核心启动子(BCP)/前C区突变与肝癌的关系。方法 采用病例对照方法收集53例肝癌患者和70例HBV健康携带者的血清,提取HBV DNA,用巢式PCR扩增 HBV S区、BCP/前C区,扩增产物纯化后测序,分析基因型、基因突变与肝癌发生的关系。结果 BCP区A1762T/G1764A及前C区T1858C在病例组中的突变率高于对照组,分别为94.3% vs. 75.7%(P=0.006)和50.9% vs. 31.4%(P=0.029);A1775G在对照组中的突变率高于病例组28.6% vs.13.2%(P=0.041)。多因素logistic回归分析显示,HBV A1762T/G1764A和T1858C突变是肝癌发生的危险因素,OR值分别为5.459(95%CI:1.397~21.332,P=0.015)和3.881(95%CI:1.462~10.305,P=0.006);A1775G突变是肝癌发生的保护因素,OR=0.192(95%CI:0.059~0.622,P=0.006)。结论 HBV C基因型是广西肝癌高发区的主要流行株,HBV BCP区A1762T/G1764A、A1775G、前C区T1858C 突变与HBV相关肝癌的发生有密切关系。     

内江市东兴区乙型肝炎病毒基因型、基本核心启动子和前C区变异分析

目的 了解内江市东兴区乙型肝炎病毒（hepatitis B virus,HBV）慢性感染者中的HBV基因型和基本核心启动子（basal core promoter,BCP）、前C(Precore,PC)区变异。方法 从慢性HBV感染者血清标本中提取病毒DNA,进行核苷酸测序,构建进化树确定基因型,分析BCP和前C区位点变异。结果 S基因序列进化树分析显示,64份标本为B基因型,7份为C基因型,1份为I基因型;获取的53份BCP和PC序列标本中,25份标本发生A1762T/G1764A或G1896A变异;7份C基因型标本中6份发生A1762T/G1764A变异;B基因型标本以G1896A变异为主,并与A1762T/G1764A联合变异,HBeAg阳性组和阴性组之间G1896A和A1762T/G1764A变异率有差异（P均<0.05）。其他包括HBeAg前体启动子变异、1846位点核苷酸缺失等。结论 内江市东兴区慢性HBV感染者以B基因型感染为主,1例为I基因型。B基因型HBV以G1896A变异最常见,并与A1762T/G1764A联合变异,C基因型HBV更容易发生A1762T/G1...     

上海市88例乙型肝炎患者乙肝病毒基因型与基因突变的关系

[目的]了解乙型肝炎患者乙肝病毒(hepatitis B virus,HBV)基因型分布及有关位点的基因突变情况. [方法]随机抽取上海市88例乙肝患者,采用巢式聚合酶链反应检测HBV基因型,扩增HBV Pre-S/S区和C区序列并测序.[结果]在88名研究对象中共检出C基因型52例(59.09％)、B基因型36例(40.91％).B基因型的平均年龄为(38.56±12.55)岁,低于C基因型的(44.54±15.72)岁,两组年龄分布差异有统计学意义(P＜0.05).B基因型的乙肝表面E抗原(HBeAg)阳性率(66.67％)高于C基因型(28.85％),差异有统计学意义(P＜0.05).C基因型C1762、C1764位点的突变率分别为50.00％和50.77％,分别高于B基因型的27.78％和25.00％,差异均有统计学意义(P＜0.05). [结论]本研究乙型肝炎患者的HBV基因型以C型为主,C基因型C1762、C1764位点的突变率高于B基因型,应加强HBV基因型和基因突变的监测.     

江苏省2013年流行性腮腺炎病毒的基因特征分析

目的分析江苏省2013年流行性腮腺炎病毒(Mu V)的基因特征。方法针对2013年分离到的139株Mu V小疏水蛋白(small hydrophobic protein,SH)基因316个核苷酸片段进行反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增,并对该PCR产物进行序列测定,将139株Mu V与世界卫生组织(WHO)Mu V基因型参考株一起进行分子流行病学研究。结果江苏省136株Mu V分离株属于F基因型,核苷酸和氨基酸同源性分别为93.4%~100%和84.3%~100%。3株Mu V分离株属于G基因型,核苷酸和氨基酸同源性分别为95.6%~100%和93%~100%。Mu V分离株在SH基因编码的氨基酸保守位点也发生了变化。结论江苏省2013年主要流行的Mu V基因型为F基因型,同时也出现G基因型的流行,Mu V毒株与疫苗株S79遗传距离差异较大。F基因型参考株与江苏省2013年的F基因型Mu V毒株间序列差异较大,说明江苏省流行的Mu V发生了一定程度的变异。另外,还发现所有F基因型和G基因型Mu V在SH基因上分别存在5个特异性突变,而其他基因型Mu V在这些位点上均未发生改变。