基于网络药理学探讨泻白散治疗小儿喘息性支气管炎的作用机制

目的：基于网络药理学方法分析中医名方泻白散治疗小儿喘息性支气管炎的作用机制。方法：通过TCMSP数据库获取泻白散的有效成分及其作用蛋白-基因靶点,通过GeneCards、Drug Bank等数据库获取主要疾病靶点。利用STRING数据平台进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析,运用Metascape数据平台进行基因本体(GO)功能与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。采用Cytoscape 3.8.0软件建立“中药-共同靶点-主要通路”网络。结果：获得泻白散治疗小儿喘息性支气管炎的主要活性成分为山柰酚、槲皮素、甘草查尔酮A、柚皮素、18α-羟基甘草酸等;其核心靶点为丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、核因子κ-B激酶亚基β抑制剂(IKBKB)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)、半胱天冬酶-3(CASP3)和丝裂原活化蛋白激酶14(MAPK14)等。通过分子对接验证,大部分靶点与化合物都有较好的结合效果。靶点富集通路包括白细胞介素-17信号通路(IL-17 signaling p...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨罗汉果治疗糖尿病的作用机制

目的：运用网络药理学和分子对接技术探讨罗汉果治疗糖尿病的作用机制。方法：通过TCMSP平台和Swiss Target Prediction数据库筛选出罗汉果的活性成分及其靶点;利用GeneCard、TTD、OMIM数据库筛选出糖尿病潜在靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-活性成分-疾病-靶点的可视化网络;通过STRING数据库对关键靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Metascape数据库进行基因本体(GO)功能以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Autodock4和Pymol软件对关键活性成分和关键靶点进行分子对接分析和可视化。结果：筛选出有效成分18种,糖尿病靶点146个。GO功能富集分析得到GO条目572条,KEGG通路富集分析得到信号通路167条。分子对接结果显示β-谷甾醇、山柰酚、罗汉果醇等关键活性成分与原癌基因酪氨酸蛋白激酶(SRC)等关键靶点的亲和力较高。结论：罗汉果通过多靶点、多通路发挥抗糖尿病的作用,其关键活性成分通过与SRC、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK-3)等靶点调节晚...     

基于GEO 芯片联合网络药理学探讨化瘀通络汤治疗缺血性脑卒中作用机制

目的：基于GEO 芯片联合网络药理学探讨化瘀通络汤治疗缺血性脑卒中（IS） 的作用机制。方法：通过GEO 芯片结合GeneCards 数据库获取IS 的疾病靶点,利用TCMSP、文献检索结合SwissTargetPrediction 筛选出化瘀通络汤治疗IS 的有效成分和作用靶点,通过STRING 数据库与Cytoscape 3.8.2 软件构建蛋白质相互作用（PPI） 网络及拓扑分析,采用DAVID 数据库和R 语言对共同靶点进行GO 功能及KEGG 通路富集分析,并对化瘀通络汤的主要成分与关键治疗靶点进行分子对接验证。结果：共筛选出疾病靶点3 964 个,化瘀通络汤作用靶点565 个,化瘀通络汤治疗IS 的关键靶点有非受体酪氨酸激酶（Src）、丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）、表皮生长因子受体（EGFR） 等;富集分析主要涉及神经活性配体-受体相互作用通路、癌症通路、缺氧诱导因子-1 信号通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路等。分子对接结果显示,化瘀通络汤主要活性化合物（木犀草素、槲皮素） 与主要治疗靶点（Src、EGFR） 有较高的结合效能。结论：化瘀通络汤可能通过作用于Src、EGFR 等核心靶点,减轻神经炎症反应、促进血管新生等多个方面发挥治疗IS 的作用。     

基于网络药理学及分子对接探讨瓜蒌-薤白治疗冠心病的作用机制

目的:运用网络药理学及分子对接探索瓜蒌-薤白治疗冠心病的作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和BATMAN-TCM筛选符合口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥018的瓜蒌-薤白活性成分及作用靶点;使用GeneCards数据库在线获取冠心病相关靶点;将瓜蒌-薤白与冠心病的交集靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape分析网络的核心靶点,运用ClueGO及DAVID在线数据库对交集靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后使用Autodock软件对核心活性成分及作用靶点进行分子对接验证。结果:瓜蒌-薤白中共得到22种活性成分,201个靶点,与冠心病相关靶点116个,在构建核心靶点PPI网络后得到包括肿瘤坏死因子（TNF）、苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）、白细胞介素-6（IL-6）、肿瘤蛋白P53（TP53）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、上皮生长因子A（EGFA）等核心靶点,涉及生物学过程对缺氧的反应、对药物的反应、聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控和衰老等,KEGG通路包括HIF-1信号通路、TNF信号通路和cancer信号通路等,分子对接表明活性成分中槲皮素、β-谷甾醇、香叶木素、柚皮素、羟基芜花素活性成分可作用于磷酸肌醇3激酶（PIK3CG）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、环加氧酶2(PTGS2）、MAPK3、TNF和AKT1等核心靶点。结论:瓜蒌-薤白中槲皮素、β-谷甾醇、香叶木素、柚皮素、羟基芜花素可能作用于PIK3CG、MAPK1、PTGS2、MAPK3、TNF和AKT1而影响TNF、HIF-1和晚期糖基化终产物及受体（AGE/RAGE）等通路发挥治疗冠心病的作用。     

固本解毒方调控肺腺癌免疫微环境的分子机制研究及实验验证

目的：通过网络药理学探究固本解毒方干预肺腺癌免疫微环境的作用机制,并通过动物实验验证。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)等数据库筛选出固本解毒方的候选化学成分及其相关靶点,利用疾病靶点数据库获取肺腺癌及肿瘤免疫微环境的相关靶点,取交集后获得潜在作用靶点;运用蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析数据库(STRING)建立PPI网络,以Cytoscape软件构建“中药-活性成分-靶点”网络图。最后,通过分子对接及动物实验进行结果验证。结果：共获得固本解毒方的候选活性成分251种,潜在作用靶点217个;中药的核心有效成分包括槲皮素(Quercetin)、β-谷甾醇(Beta-sitosterol)等,关键潜在作用靶点为促分裂原活化的蛋白激酶1(MAPK1)、促分裂原活化的蛋白激酶3(MAPK3)、信号转导及转录激活因子3(STAT3)、促分裂原活化的蛋白激酶14(MAPK14);所涉及的主要信号通路主要包括磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-AKT)、促分裂原活化的蛋白激酶(MAPK)等信号通路;分子对接结果显示Beta-sitosterol与各核心潜在作用靶点均...     

基于网络药理学和分子对接探讨双夏汤治疗不寐的相关作用研究

目的：通过网络药理学和分子对接技术探讨双夏汤治疗不寐的主要活性成分及作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）数据库获取双夏汤活性成分,通过Swiss Target Prediction数据库预测其成分的作用靶点,结合OMIM、Gencards、Drugbank数据库获取不寐的作用靶点,取二者共同作用的靶点制作韦恩图。运用Cytoscape 3.7.2软件筛选并构建“活性成分-核心靶点”网络,利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图,筛选出核心靶点后对其进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组学百科全书（KEGG）通路分析,最后将核心靶点与主要活性成分进行分子对接验证。结果：筛选得到双夏汤治疗不寐的22个活性成分和115个药物与疾病的共同靶点,推测丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、白细胞介素（Interleukin,IL...     

基于网络药理学方法和分子对接技术探讨芍药甘草汤合桃红四物汤治疗糖尿病周围神经病变的作用机制

目的：运用网络药理学方法及分子对接技术探讨芍药甘草汤合桃红四物汤治疗糖尿病周围神经病 变（DPN） 的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP） 数据库筛选芍药甘草汤合桃 红四物汤的活性成分及相关靶点信息;从DrugBank、PharmGKB、GeneCards、OMIM和TTD数据库中获取DPN 的靶点基因。运用Cytoscape软件、STRING数据库构建芍药甘草汤合桃红四物汤活性成分-DPN共同靶点基因 关系网络及共同靶点基因的蛋白质相互作用（PPI） 网络。利用R语言软件进行基因本体论（GO） 功能富集分 析和京都基因与基因组百科全书（KEGG） 通路富集分析。采用AutoDock Vina软件进行分子对接。结果：共获 得161个芍药甘草汤合桃红四物汤活性成分,184个芍药甘草汤合桃红四物汤活性成分-DPN共同靶点基因。核 心活性成分为槲皮素、木犀草素、山奈酚、柚皮素、7-甲氧基-2-甲基异黄酮,核心靶点基因为信号传导及转 录激活蛋白3（STAT3）、丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）、热休克蛋白90AA1 （HSP90AA1）、丝裂原活化蛋 白激酶1（MAPK1）、转录因子p65（RELA）。GO功能富集分析得到2 940条GO条目,KEGG通路富集分析得 到182条信号通路。分子对接结果显示,木犀草素与HSP90AA1的结合活性最好。结论：芍药甘草汤合桃红 四物汤具有多成分、多靶点、多通路的效应特点,其作用机制可能是槲皮素、木犀草素、山奈酚、柚皮素、 7-甲氧基-2-甲基异黄酮等活性成分作用于STAT3、MAPK3、HSP90AA1、MAPK1、RELA等靶点基因,调控 磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K-Akt）、晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体（AGE-RAGE）、 白细胞介素-17（IL-17）、肿瘤坏死因子（TNF）、缺氧诱导因子1（HIF-1） 等多条信号通路,通过抗氧化应 激、抑制炎症反应、保护神经细胞、改善胰岛素抵抗发挥治疗DPN的作用。     

基于网络药理学探讨藿香正气方治疗妊娠期新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的?采用网络药理学方法分析藿香正气方治疗妊娠期新型冠状病毒肺炎的作用机制，探究其多成分—多靶点—多通路的相关关系。方法?运用中药系统药理学分析平台（TCMSP）筛选藿香正气方中的活性成分，SwissTargetPrediction服务器收集成分靶点，人类基因数据库（GeneCards）获取妊娠期新型冠状病毒肺炎靶点，将成分靶点与疾病靶点映射，获取共有靶点。STRING数据库构建蛋白互作（PPI）网络，用Cytoscape3.3.0软件进行拓扑参数分析，得到核心靶点，并构建“药物—成分—靶点—疾病”网络。DAVID数据库对核心靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果?筛选得到藿香正气方中84个活性成分，1 007个成分靶点，疾病靶点236个，两者交集靶点72个。涉及丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、白细胞介素6（IL-6）、MAPK3、MAPK8、肿瘤坏死因子（TNF）、表皮生长因子受体（EGFR）、IL-2等31个核心靶点。GO富集分析显示448个条目，主要集中于细胞凋亡的调控、氧化应激反应、对细胞因子刺激的反应等过程。KEGG富集分析有52条通路，主要参与Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路、ErbB信号通路、血管内皮生长因子（VEGF）信号通路和癌症、免疫、凋亡等相关通路调控。结论?藿香正气方的有效成分可通过作用于MAPK1、IL-6、MAPK3、MAPK8、TNF、EGFR等靶点调节多条信号通路，发挥对妊娠期新型冠状病毒肺炎的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接方法探讨保元汤治疗扩张型心肌病的作用机制

目的利用网络药理学方法探讨保元汤治疗扩张型心肌病（dilated cardiomyopathy,DCM）的作用机制。 方法应用中药系统药理学分析平台（TCSMP）及中药分子作用机制的生物信息学分析工具（BATMAN-TCM）、 Pubchem、SwissTargetPrediction、Uniprot 等数据库筛选保元汤活性成分及其作用靶点,基于人类基因数据 库（GeneCards）、在线《人类孟德尔遗传》数据库（OMIM）获取扩张型心肌病相关靶点,二者相互映射获得药物 与疾病共同靶点。利用Cytoscape 软件构建“保元汤成分-靶点”“保元汤-成分-DCM-靶点”网络图。采用 String、Cytoscape 软件构建蛋白相互作用（PPI）网络及筛选关健基因（Hub 基因）。通过R 软件进行基因本 体（GO）聚类分析及京都基因与基因百科全书（KEGG）通路富集分析。使用PDB、PubChem 数据库,PyMOL、 ChemBio3D 及AutoDock vina 软件进行分子对接。结果共筛选出保元汤活性成分120 个,保元汤治疗扩张型 心肌病潜在靶点91 个,富集分析显示102 条GO 条目,152 条KEGG 通路。主要活性成分包括五味子酯乙、 花生四烯酸、脱氧三尖杉酯碱、槲皮素、原花青素B1 等;关键靶点有丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）、血管 内皮生长因子α（VEGFA）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、表皮生长因子（EGFR）、肿瘤蛋白P53（TP53）、 胱天蛋白酶3（CASP3）、肿瘤坏死因子（TNF）等;主要涉及MAPK 信号通路、cGMP-PKG 信号通路、PI3K-Akt 信号通路、癌症中的蛋白聚糖等通路。分子对接初步验证了保元汤主要活性化合物与核心靶点有较高的结合活 性,与临床治疗DCM 的药物相当。结论保元汤可能通过保护心肌线粒体、调节心肌能量代谢、调控心肌细 胞凋亡及自噬、抑制心肌纤维化等机制,发挥治疗扩张型心肌病的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术的银柴胡解热作用机制探讨

目的：采用网络药理学与分子对接技术探讨银柴胡解热作用的机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医药整合药理学研究平台（TCMIP）和中药分子机制生物信息学分析工具（BATMANTCM）筛选银柴胡活性成分和相关作用靶点;使用GeneCards、OMIM和TTD数据库筛选发热相关靶点;通过STRING数据库构建活性成分靶点与发热疾病靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Cytoscape软件的Network Analysis插件对获得的PPI网络进行拓扑分析,筛选核心节点;使用Venny软件获得银柴胡活性成分靶点、发热疾病靶点和核心节点的交集靶点,并通过进一步的拓扑分析筛选得到关键成分和关键靶点;通过DAVID数据库进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用Schr?dinger软件对关键靶点与对应的关键成分进行分子对接。结果：银柴胡解热关键成分为银柴胡胺D和银柴胡新木质素-β-D-葡萄糖苷A～D,71个关键靶点主要包括促丝裂原活化蛋白激酶10 (MAPK10)、蛋白激酶B1 (Akt1)、热休克蛋白90AA1(HS...     

基于网络药理学及分子对接研究金珍滴眼液治疗干眼作用机制

目的：基于网络药理学及分子对接研究金珍滴眼液治疗干眼的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和中药综合数据库（TCMID）筛选出金珍滴眼液的所有化学成分及作用靶点;通过人类基因数据库（GeneCards）、人类孟德尔遗传数据库（OMIM）筛选出干眼的相关靶点;使用RGUI软件绘制韦恩图,得到金珍滴眼液治疗干眼的潜在靶点,利用STRING数据库和合Cytoscape软件构建蛋白互作网络;利用RGUI软件ClusterProfiler库进行GO功能和KEGG富集分析;使用AutoDockTools和Vina软件对关键靶点和活性成分进行分子对接,使用Pymol软件绘制对接结果。结果：金珍滴眼液中共挖掘出治疗干眼的主要活性成分34种,药物和疾病共同靶点221个。治疗干眼的重要靶点涉及AKT1、TP53、HSP90AA1、丝裂原活化蛋白激酶3 (MAPK3)、肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-6 (IL-6)、表皮生长因子受体（EGFR）等,主要作用于PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、白细胞介素-17 (IL-17)信号通路、MAPK信号通路、表皮生长因子受体...     

基于网络药理学及分子对接探讨补肾和脉方核心中药治疗单纯性收缩期高血压作用机制

目的：利用网络药理学和分子对接技术，研究补肾和脉方核心中药在单纯性收缩期高血压（ISH治疗中的潜在作用机制。方法：在中药系统药理学数据库（TCMSP）中检索补肾和脉方核心中药的化学成分以及作用靶点，通过多个数据库检索与ISH治疗相关的靶点，利用R4.0.2软件中的Venn包对药物靶点与疾病靶点取交集。利用STRING数据库构建靶点蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络，使用Cytoscape的CytoNCA插件进行集中性分析，筛选出关键基因。利用R4.0.2软件以及拓展包对靶基因进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组数据库（KEGG）富集分析。利用AutoDockVina软件进行核心药物成分与靶点的分子对接。结果：在补肾和脉方核心药物中筛选出39种活性成分，并与疾病具有141个共同靶点。PPI拓扑分析筛选出转录因子JUN、丝裂原蛋白活化激酶1(MAPK1)、丝裂原蛋白活化激酶14(MAPK14)、肿瘤坏死因子（TNF）等13个核心靶点。GO生物过程分析显示，补肾和脉方治疗ISH可以影响脂多糖反应、循环系统中的血管进程和管径调节等多种生物过程。KEGG通路富集分析显示，主要涉及流体剪切...     

辣蓼治疗胃溃疡作用机制的网络药理学研究

目的 通过网络药理学探讨辣蓼治疗胃溃疡的作用机制。方法 通过中药系统药理数据库与分析平台（TCMSP）和文献挖掘,筛选辣蓼治疗胃溃疡的有效成分及作用靶点;借助GeneCards、OMIM、DisGeNet获取胃溃疡的作用靶点;将成分靶点与疾病靶点导入Venny2.1进行映射取交集,获取辣蓼和胃溃疡交集靶点;通过STRING获取交集靶点的PPI关系,使用Cytoscape3.7.2构建PPI相互作用网络,以大于degree值中位数2倍为标准,筛选关键靶点;借助DAVID数据库和微生信（http：//www.bioinformatics.com.cn/）对交集靶点进行GO和KEGG通路富集分析;采用Cytoscape3.7.2构建成分-靶点-通路网络并分析。结果 辣蓼的活性成分有16个,交集靶点有152个;PPI网络中的关键靶点共有29个。成分-靶点-通路网络表明,辣蓼中的槲皮素、芦丁、黄芩苷等成分是治疗胃溃疡的有效物质基础,可能通过作用于关键靶点来参与调控PI3K/Akt、低氧诱导因子-1、肿瘤坏死因子、白细胞介素-17、丝裂原活化蛋白激酶、Chemical carcinogenesis...     

基于网络药理学探讨浙贝母-海螵蛸药对治疗胃食管反流病作用机制

目的：基于网络药理学探讨浙贝母-海螵蛸药对治疗胃食管反流病（GERD） 的作用机制。方法： 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、BATMAN-TCM、中药与有效成分、本草组鉴-HERB等数 据库及相关文献筛选浙贝母-海螵蛸的活性成分,使用Swiss ADME与SwissTargetPrediction平台对活性成分靶点 进行预测。利用GeneCards、DisGeNET、Drugbank筛选GERD的作用靶点,通过Jvenn平台取浙贝母-海螵蛸与 GERD的交集靶点,将交集靶点上传STRING11.0数据库,运用Cytoscape3.7.1软件构建蛋白互作网络图,获取 浙贝母-海螵蛸药对治疗GERD的核心靶点;借助Metascape数据库对核心靶点进行基因本体论（GO） 和京都 基因和基因组百科全书（KEGG） 通路富集分析;采用AutoDock工具将药对中的关键成分与核心靶点进行分子 对接验证。结果：共筛选出浙贝母-海螵蛸药对活性成分28个,药物靶点536个,GERD靶点1 997个。浙贝 母-海螵蛸药对的核心活性成分有贝母素乙、浙贝丙素、苦鬼臼毒素等;浙贝母-海螵蛸药对治疗GERD的核心 靶点有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶（AKT1）、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK） 1、磷脂酰肌醇3-激酶催化亚基 δ（PIK3CD）、表皮生长因子（EGFR）、原癌基因（JUN） 等。浙贝母-海螵蛸药对治疗GERD主要作用于神经 活性配体-受体相互作用、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K） /蛋白激酶B（AKT）、MAPK及癌症等信号通路。分子对 接发现药物核心活性成分浙贝丙素、贝母素乙与AKT1等靶点结合活性较高。结论：浙贝母-海螵蛸药对中贝 母素乙、浙贝丙素、苦鬼臼毒素等成分能作用于AKT1、EGFR等靶点治疗GERD,其作用机制与调节神经活性 配体-受体相互作用、PI3K/Akt信号、MAPK信号通路等多条信号通路有关。     

基于网络药理学和分子对接技术探析除湿解毒饮治疗银屑病的作用机制

目的：利用网络药理学和分子对接技术探析除湿解毒饮治疗银屑病的作用靶点、信号通路及分子机制,为后期进一步实验研究提供理论依据。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选出除湿解毒饮中黄芩、苦参等有效成分和靶点基因;利用Genecards数据库、OMIM数据库、PharmGkb数据库等检索银屑病的相关基因;运用R软件将药物靶点与银屑病相关基因取交集,利用交集基因在Cytoscape中构建中药复方调控网络;在STRING数据库中在线绘制蛋白质-蛋白质相互作用网络,并用插件CytoNCA查找调控网络核心基因;运用R软件对核心靶点基因进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。使用Vina软件将主要药物活性成分槲皮素、汉黄芩素、贯叶金丝桃素、柚皮素、山柰酚、甘草查尔酮A分别与靶点丝裂原活化蛋白激酶（Mitogen-Activated Protein Kinase,MAPK）3、MAPK8、白细胞介素-8(Chemokine 8,CXCL8)、信号转导因子和转录激活因子3(Signal Transducer and Activator of Transcr...     

基于网络药理学及分子对接研究栀子抗缺血性脑卒中的分子机制

目的基于网络药理学及分子对接方法,探讨栀子活性成分治疗缺血性脑卒中(CIS)的相关作用靶点及潜在分子机制。方法检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及国内外文献筛选获得活性成分及其对应靶点;检索GeneCards、OMIM等数据库获得CIS疾病相关靶点;采用STRING分析靶点蛋白的互作关系;利用Cytoscape软件构建并合并活性成分靶点及疾病靶点相互作用关系网络,通过网络拓扑分析筛选出关键基因,并对核心靶点进行GO和KEGG信号通路富集分析;最后,利用MOE软件对关键靶点与核心成分进行分子对接。结果共检索到98种活性成分,成分作用靶标97个,疾病靶标4 409个,通过网络拓扑分析筛选出80个关键基因,功能分析富集通路129条。进一步分析栀子治疗CIS的12个核心成分与10个关键靶点,其主要作用于流体剪切应力和动脉粥样硬化、MAPK(丝裂原活化蛋白激酶)、NF-κB(核因子-κB)、VEGF(血管内皮生长因子)、血小板活化等信号通路。12个有效成分与VEGFA、MAPK8、IL6(白细胞介素6)分子对接,其结合能均≤-5 kJ/mol,各成分间结合能无显著性差异。结论本研究揭示了栀子治疗CIS具有"多成分-多靶点-多通路"调控特点,其效应机制与促进血管新生、抗炎、抗氧化应激等相关。     

龙胆泻肝汤治疗特应性皮炎可能的分子机制及生物学过程

目的：利用网络药理学探索龙胆泻肝汤治疗特应性皮炎的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和BATMAN-TCM数据库挖掘龙胆泻肝汤的有效成分和作用靶点,利用CTD数据库筛选疾病靶点。将药物与疾病的交集靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,运用Cytoscape 3.7.2构建“疾病-药物-靶点-基因”四维网络,借助DAVID数据库对靶点进行基因本体论（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最终使用Auto Dock进行分子对接验证。结果：从龙胆泻肝汤中筛选出有效成分195个、作用靶点328个,其中与特应性皮炎疾病密切相关的靶点79个。经筛选,GO功能富集分析得到条目295个,KEGG通路富集分析得到信号通路86条。分子对接结果显示复方活性成分与核心靶点结合程度较好。结论：龙胆泻肝汤治疗特应性皮炎主要通过槲皮素、山柰酚、豆甾醇等活性化合物作用于白细胞介素-6(Interleukin-6,IL-6)、前列素内环氧化物合成酶2(Prostaglandin-endoperoxide Synthase 2,PTGS2)、丝裂原激活蛋白激酶（Mito...     

基于网络药理学探讨瓜拉纳治疗阿尔兹海默症的潜在作用机制（英文）

目的 通过网络药理学方法及分子对接研究瓜拉纳治疗阿尔茨海默症（AD）的主要活性成分及其潜在作用机制。方法 基于文献挖掘获取瓜拉纳的化学成分并进行化学成分的类药性分析,运用本草组鉴（HERB）、中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）等数据库获取瓜拉纳活性成分的潜在作用靶点并关联靶点相关疾病。利用GeneCards人类基因数据库、DisGeNET数据库收集阿尔兹海默症的疾病相关基因,利用韦恩图构建瓜拉纳治疗阿尔兹海默症的潜在靶点,运用CytoScape软件构建相应的网络互作图。找出运用STRING在线数据库建立关键靶点之间的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图,并对关键靶点蛋白进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。使用AutoDock软件对重要活性化合物与关键靶点进行分子对接验证。结果 瓜拉纳治疗阿尔兹海默症潜在靶点共140个。PPI蛋白互作网络分析发现白细胞介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子（TNF）、胰岛素（INS）、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、转录因子（JUN）、肿瘤蛋白p53(TP53)、胱天蛋白酶3(CASP3)、c-Fos蛋白质（...     

基于网络药理学与分子对接研究人参-五味子药对治疗冠状动脉粥样硬化性心脏病的作用机制

目的：基于网络药理学与分子对接研究人参-五味子药对治疗冠状动脉粥样硬化性心脏病（简称冠心病）的作用机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索人参和五味子的化学成分,并进行筛选,通过PharmMapper和STRING数据库进行药物化学成分靶点的预测,再结合CytoScape软件绘制出可以反映药物、化学成分和靶点之间联系的网络图;通过PharmGKB、TTD、GeneCards、DisGENET和OMIM数据库获得冠心病的相关靶点。制作韦恩图得到药物与疾病之间的交集而获取共同靶点,利用STRING数据库和CytoScape软件绘制药物疾病共同靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络并进行可视化分析。通过R语言对共同靶点进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）和基因本体论（GO）富集分析,研究筛选出人参-五味子治疗冠心病的关键信号通路,最后根据高拓扑分析选择核心有效成分与核心靶点进行分子对接验证。结果：共获得人参-五味子药对30个活性成分,药物靶点188个,冠心病靶点1 632个,两者共同靶点65个,其中度值比较高的有白蛋白（Albumin,ALB）、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1...     

基于网络药理学探讨黄连防治2型糖尿病的作用机制

目的：运用网络药理学分析黄连防治2型糖尿病的作用机制。方法：通过TCMSP及UniProt数据库查询黄连主要活性成分与相关作用靶点,在GeneCards、OMIM数据库中检索2型糖尿病靶点,并通过OmicShare软件获得黄连与2型糖尿病共同靶点,运用String数据库对共同靶点进行蛋白质相互作用（PPI）分析,构建黄连防治2型糖尿病靶点蛋白互作（PPI）网络,利用CytoScape软件构建黄连-化合物-靶点-2型糖尿病网络图,并通过R语言软件对其防治2型糖尿病作用靶点的基因本体论（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路进行富集分析。结果：获得黄连成分中具有类药性、口服吸收良好的化合物10种,其防治2型糖尿病的潜在作用靶点94个,包括丝氨酸、苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、白细胞介素6（IL-6）、丝裂原活化蛋白激酶（CASP3）、表皮生长因子（EGF）、转录因子AP-1（JUN）等,信号通路主要有缺氧诱导因子-1（HIF-1）、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B（PI3K/AKT）等。结论：黄连可通过多组分、多靶点、多机制防治2型糖尿病,为深入研究黄连防治2型糖尿病的潜在作用机制提供理论基础。