转录组测序分析糖尿病对小鼠AOM/DSS诱导结直肠癌发生的影响

目的探讨糖尿病(DM)对小鼠化学诱导结直肠癌发生的影响。方法采用氧化偶氮甲烷/葡聚糖硫酸钠诱导db/db小鼠和野生型(WT)小鼠产生结直肠癌,通过Illumina高通量测序技术筛选DM组与非DM组小鼠结肠肿瘤癌旁组织之间的差异表达基因,并对差异表达基因进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能注释与富集分析。结果与WT小鼠相比,DM小鼠结直肠的平均肿瘤体积增加(P <0.05)。DM小鼠与WT小鼠共有1656个差异表达基因(q <0.05),其中有70个mRNA在整个实验过程中均差异表达,主要组织相容性复合体(MHC)Ⅱ类基因包括H2-Ea-ps、H2-Q1、H2-DMb2、H2-Q4均在DM小鼠中表达上调(q <0.05)。GO富集分析发现免疫反应的调控和激活途径、抗原加工与提呈途径、抗原结合是显著富集的类型(q <0.05)。KEGG富集分析发现与免疫反应相关的抗原加工与呈递是显著富集的类型(q<0.05)。结论 DM状态下,小鼠免疫反应激活,MHCⅡ类基因表达存在显著差异,可能参与促进结直肠癌的发生发展。     

单独骨髓复发儿童急性B淋巴细胞白血病的生物信息学分析及验证

目的:分析影响儿童急性B淋巴细胞白血病单独骨髓复发患儿预后的枢纽基因.方法:从TCGA数据库下载符合要求的高通量RNA测序数据,运用R语言DESeq2程序包筛选出差异表达基因,并对这些基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,同时使用STRING数据库数据和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络,筛选枢纽基...     

基于生物信息学分析LPA与肝癌发生、预后的相关性

目的评估载脂蛋白(a)基因(LPA)在肝细胞癌(HCC)组织中差异表达特征,确定LPA对HCC发生和预后的影响。方法根据现有肿瘤基因组图谱计划(TCGA)和基因型组织表达(GTEx)正常组织数据库,获取369例肝癌组织标本和159例癌旁正常组织标本。借助基因表达谱交互分析(GEPIA)平台探讨33种癌症组织中LPA mRNA的差异,分析LPA对HCC患者肿瘤分级和总生存期(OS)中的影响;采用Pearson相关系数法,分别分析LPA mRNA(LPA-001)与DNA错配修复基因(MLH1、MSH2、MSH6、PMS2和EPCAM)、DNA甲基转移酶(DNMT1、DNMT2、DNMT3A、DNMT3B)的相关性。使用TCGA R软件,对交集差异基因进行基因本体论(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 HCC组织中LPA-001的表达水平低于癌旁正常组织(P0.05),GEPIA验证了上述结果的可靠性。相对于LPA低表达组,LPA高表达组的HCC患者的总生存期更长,预后更佳(P0.05)。通过GO功能注释和KEGG通路富集分析发现,LPA可能通过翻译起始、mRNA分解代谢、病毒基因表达、病毒转录、焦点粘连、细胞底物黏着连接、细胞底物连接、核糖体亚基等基因,通过核糖体、氧化磷酸化、脂肪酸降解、PPAR信号通路、化学致癌作用、铁死亡等途径进一步影响HCC的发生、发展及预后。结论 LPA在HCC组织中表达水平更低,与DNA错配修复基因及DNA甲基转移酶呈负相关,这与HCC的发展及预后密切相关。     

骨髓增生异常综合征的特征基因筛选及分析

目的 筛选骨髓增生异常综合征(MDS)患者的疾病特征基因并分析其与免疫细胞浸润的关系。方法 从高通量基因表达数据库(GEO)中下载MDS患者及健康人的基因表达谱数据。应用生物信息学的方法对表达谱数据进行差异基因、加权基因共表达网络(WGCNA)及免疫细胞浸润分析。初步探究MDS的疾病特征基因。结果 该研究共获得88个差异表达基因(DEGs),其中上调基因11个,下调基因77个。基因本体(GO)富集分析显示,DEGs在生物学过程层面主要富集于免疫应答、信号通路传导等;在细胞组分层面,DEGs主要在细胞质膜外侧面执行功能;在分子功能层面主要是结合DNA及蛋白质。京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析结果显示,DEGs主要富集于原发性免疫缺陷、造血细胞谱系、B细胞受体信号传导等。WGCNA分析及Lasso回归筛选出4个关键的下调基因,分别是AKAP12、ARPP21、MME、NPY。免疫浸润显示AKAP12、ARPP21、MME、NPY与活化B细胞、成熟B细胞、记忆B细胞、嗜酸性粒细胞、Ⅱ型辅助T细胞、Treg细胞、活化的CD4⁺T细胞呈正相关,与效应记忆型CD8     

基于转录组测序技术筛选NSUN2在卵巢癌细胞的基因差异表达

目的 应用RNA-seq技术研究NSUN2对卵巢癌细胞株A2780基因表达的影响，为阐明NSUN2在卵巢癌症发生发展中的作用提供理论依据。方法 慢病毒介导的RNA干扰技术抑制A2780细胞中NSUN2的表达。以转染空载体的细胞为对照，使用RNA-seq技术对干扰细胞株进行基因谱高通量测序分析，筛选出差异表达的基因。并通过KEGG Pathway、GO分析和GSEA富集分析，探索NSUN2调控的差异基因主要参与的相关信号通路和生物学过程。结果 与对照组细胞相比，NSUN2敲低的A2780细胞株有1 642个差异表达的基因，其中上调基因有1 020个，下调基因有622个；通过GO分析、KEGG Pathway和GSEA富集分析发现差异表达基因主要富集在hedgehog信号通路、P53等信号通路上，参与了病毒转录、翻译起始和调节等生物过程；通过对P53信号通路的相关基因进一步分析，筛选出与改通路相关的3个关键基因（ZMAT3、EI24和CCND2）,RT-qPCR验证其表达结果与测序结果相符。结论 A2780 sh-NSUN2组与A2780 sh-NC组的基因表达谱间存在明显的差异，其差异基...     

早期胃癌淋巴结转移差异表达基因分析

目的:利用TCGA数据库早期胃癌RNA-seq数据,探讨早期胃癌淋巴结转移差异表达基因及相关生物学意义。方法:从TCGA数据库下载胃癌RNA-seq数据和临床病理数据,筛选出早期胃癌数据,并根据有无淋巴结转移进行分组对比分析。在R 3.5.3环境下,加载edgeR包,筛选T_1N_(1-3)M_0期与T_1N_0M_0期胃癌相比的差异表达基因。通过对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,分析其潜在的生物学功能。分析差异表达基因与胃癌预后的相关性。结果:早期合并淋巴结转移组胃癌中发现197个显著上调表达基因和5个显著下调表达基因。上调差异表达基因显著富集在白细胞介素-1、白细胞介素-6、肿瘤坏死因子等作用的细胞增殖相关GO功能因子,和Wnt信号通路、核转录因子κB(NF-κB)信号通路、胃癌信号通路等癌症相关信号通路上。上调和下调差异表达基因多与胃癌患者预后相关。结论:早期胃癌淋巴结结转移相关差异表达基因可能通过细胞增殖相关GO功能和Wnt信号通路、NF-κB信号通路等信号通路影响早期胃癌的生物学行为;有无淋巴结早期胃癌中的差异表达基因表达水平多与胃癌患者预后显著相关,有可能作为胃癌的诊治靶点应用于临床。     

基于生物信息学挖掘骨关节炎潜在的关键生物标志物

目的 基于生物信息学的方法挖掘骨关节炎(OA)潜在的关键生物标志物。方法 从GEO数据库下载人类关节滑膜组织微阵列mRNA数据集GSE55457、GSE82107、GSE55235和miRNA数据集GSE143514,筛选OA与正常滑膜之间的差异表达基因(DEGs),利用在线分析工具Metascape对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,并利用在线分析数据库STRING将筛选出的DEGs基因导入数据库,进行差异基因蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,并利用Cytoscape软件构建PPI网络。结果 GSE55457、GSE82107、GSE55235中最终共筛选出19个交叉的关键基因。GO功能富集分析表明,这些基因主要参与免疫相关过程;KEGG通路富集分析显示,这些基因主要参与白细胞介素(IL)-17信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。利用PPI网络得到了趋化因子配体(CXCL)2、JUN、CXCL3、基质金属蛋白酶(MMP)1、磷脂酶Cδ3(PLCD3)这5个OA最关键的基因,通过构建一个由29个节点和39条边组成的mRNA-miRNA共表达网络,分析m...     

基于生物信息学分析筛选儿科脓毒症关键基因

目的应用生物信息学方法筛选和分析儿科脓毒症关键基因。方法从GEO数据库中下载2015年2月19日上传的儿科脓毒症芯片数据集GSE66099和2020年2月13日上传的儿科脓毒症芯片数据集GSE145227, 使用Limma包筛选儿科脓毒症与正常对照组血液组织差异表达信使核糖核酸(DEmRNA), 随后进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。使用在线网站STRING和Cytoscape软件对DEmRNA构建蛋白互作网络(PPI), 并筛选关键(hub)基因。最后使用R软件进行hub基因差异表达和受试者工作特征曲线(ROC曲线)分析。结果共发现160个DEmRNA, 包含126个上调mRNA和34个下调mRNA。通过GO功能富集分析, 发现DEmRNA主要富集在中性粒细胞激活和脱粒, T细胞激活以及淋巴细胞活化调节。KEGG富集通路分析显示DEmRNA主要参与自然杀伤细胞介导的细胞毒性和中性粒细胞胞外陷阱的形成。STRING和Cytoscape共筛选出10个hub基因, 通过R软件分析发现10个hub基因(ARG1、RETN、MMP9、C3AR1、LCN2、FP...     

基于全转录组测序分析多形性胶质母细胞瘤增殖及侵袭的相关机制

目的 通过对多形性胶质母细胞瘤(GBM)组织及癌旁组织的转录组测序及生物信息数据进行分析,挖掘导致GBM发生的关键基因并明确其功能,深入探讨GBM细胞增殖、侵袭及迁移的分子调控机制。方法 收集4例GBM患者的癌组织及癌旁组织进行全转录组测序分析,筛选差异表达的mRNA、微小RNA(miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)和环状RNA(circRNA),并对其进行生物信息学分析[基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组数据库(KEGG)通路分析和转录本富集分析等]。构建mRNA-miRNA-lncRNA/circRNA的关联网络,寻找与脑胶质瘤发生、迁移和侵袭密切相关的目标分子。结果 筛选出3 088个癌组织与癌旁组织差异表达的mRNA,其中表达上调1 375个、表达下调1 713个;差异表达的lncRNA 106个,其中表达上调52个、表达下调54个;差异表达的circRNA 82个,其中表达上调32个、表达下调50个;差异表达的miRNA 15个,其中表达上调8个、表达下调7个。差异表达的mRNA转录本富集共得到显著性通路19条,涉及Shh(Sonic hedgehog)信号...     

基于GEO骨髓增生异常综合征芯片数据的生物信息学分析

目的:用生物信息学分析方法挖掘骨髓增生异常综合征的关键基因并探索其发病机制.方法:从公共基因芯片数据库(GEO)中下载2组骨髓增生异常综合征表达谱芯片数据,通过GEO2R工具在线分析,筛选出骨髓增生异常综合征中差异表达基因,利用GO数据库获取差异表达基因的功能注释,利用KEGG数据库进行通路富集分析,基于STRING数...     

Sonographic findings in cases of missed gallstones

PURPOSE. We retrospectively evaluated sonographic findings in 946 cases of gallstones to determine whether the false-negative rate for gallstone detection by sonography has decreased as a result of technologic advances over the past 15 years. METHODS: We reviewed preoperative sonographic reports, operative notes, and pathologic reports for 614 women and 332 men (ages 22-78 years) seen over a 2.5-year period and compared sonographic findings with surgical pathologic findings after cholecystectomy. Sonograms for patients whose gallstones were missed on sonography were reviewed by 3 board-certified radiologists. RESULTS: Preoperative sonography of the gallbladder accurately predicted the presence of gallstones in 934 cases (98.7%). Gallstones were not identified by sonography in the remaining 12 cases. In those cases, sonography revealed polyps in 5, sludge in 5, sludge plus a polyp in 1, and neither stones nor polyps in 1. Thus, the false-negative rate was 1.3%. CONCLUSIONS: Despite improvements in sonographic technology, detection of small gallstones remains difficult in some cases. Adherent gallstones can mimic gallbladder polyps. Our false-negative rate for detection of gallstones was no different from that in earlier studies.     

胆囊息肉样病变手术切除指征临床分析

目的探讨胆囊息肉样病变（PLG）手术切除指征。方法对124例PLG病人术前B超、手术切除标本及术后病理资料进行回顾性分析。结果手术标本示PLG直径〈1 cm者共72例,≥1 cm者52例。病理示：胆固醇性息肉59例（47.6%）,胆囊腺瘤35例（28.2%）,炎性息肉18例（14.5%）,胆囊癌8例（6.5%）,其他4例（3.2%）。良性组与潜在恶性及恶性组病人年龄、息肉数目、PLG大小、PLG形态、胆囊结石、血流比较差异均有显著性（χ2=4.1~71.6,P〈0.05）。结论 PLG符合下列条件之一均应手术切除：病人年龄≥50岁的单发息肉,并存胆囊结石,息肉直径≥1 cm,广基息肉或血流信号丰富,有临床症状。     

兰州军区乌鲁木齐总医院2005～2010年胆囊疾病构成分析

目的 分析兰州军区乌鲁木齐总医院2005～2010年胆囊疾病构成及其变化情况.方法 应用自制的新疆地区胆囊疾病临床调查表1和新疆地区胆囊疾病临床调查表2,对我院2005年1月至2010年12月经手术证实的2031例胆囊疾病患者主要包括单纯胆囊结石、胆囊息肉样病变(简称胆囊息肉)、胆囊结石合并息肉和胆囊癌进行回归分析.观察各组发病年龄、性别、职业等回顾性临床资料.结果 不同胆囊疾病住院患者构成比占普外科住院患者的构成比2009和2010年增高明显.单纯胆囊结石、胆囊息肉、胆囊结石合并息肉和胆囊癌病发病的高峰年龄分别为40～49岁、30～39岁、30～49岁、>69岁,各胆囊疾病在一般工作人员中占比重最高.胆囊结石在女性中占比重高于男性,而胆囊息肉和胆囊结石合并息肉在男性构成比高于女性.结论 胆囊疾病占我院普外科疾病的构成比较高,其中胆囊结石随年龄增长而增加,女性占比重较高.胆囊息肉随年龄增长而降低,以男性占比重较高.各胆囊疾病构成比在不同年龄、性别和职业均有统计学意义.     

胆囊癌合并胆囊结石的超声研究

目的 探讨易合并胆囊癌的高危胆囊结石声像图特征，为胆囊结石患者选择预防性胆囊切除提供影像学依据。方法 分析37例胆囊癌合并胆囊结石术前超声检查的声像图特点。结果 26例（71％）同时合并慢性胆囊炎。29例（78％）为单发结石且结石大小超过1cm。扫查时27例（73％）结石不移动。胆固醇性和混合性结石共33例（89％）。结论 单发、体积较大且移动性差的胆固醇性或混合性结石更倾向于合并胆囊癌，当超声检查发现上述特点，尤其是同时存在慢性胆囊炎时，提示有较强的预防性胆囊切除指征。     

保胆取石手术适应证的初步探讨

【目的】探讨胆囊收缩功能障碍及缩胆囊素（CCK）A受体（AR）与胆囊结石的关系,为临床明确保胆手术适应证提供理论依据。【方法】B超测量息肉组、结石组胆囊的胆囊壁厚度,长、宽、横径,计算胆囊收缩率,酶免疫组织化学法染色,观察胆囊壁中CCK-AR分子蛋白表达水平。【结果】①结石组胆囊壁厚度明显高于息肉组（ P ＜0．05）;②结石组胆囊收缩率明显低于息肉组（ P ＜0．05）。③结石组胆囊收缩率与胆囊壁厚度二者呈显著负相关。④结石组平滑肌CCK-AR低于息肉组（ P＜0．01）。⑤结石组患者的胆囊收缩率与平滑肌CCK-AR蛋白表达阳性细胞数二者呈显著正相关。【结论】①胆囊收缩功能障碍与CCK-AR减少有关。②胆囊结石患者胆囊壁厚度与胆囊收缩功能成明显负相关。③保胆手取石术的基本条件是胆囊收缩率＞50％,胆囊壁厚度＜0．30 cm。     

2 419例17 530颗胆囊息肉内镜微创保胆手术后病理结果分析

目的 通过对胆囊息肉保胆手术后病理结果分析,评估内镜微创保胆手术对胆囊息肉的治疗价值。方法 收集2007年1月－2020年12月行内镜微创保胆手术的2 419例17 530颗胆囊息肉患者的病理资料,纳入回顾性研究,以内镜微创保胆手术的手术适应证作为入组标准,分析其术后病理结果。结果 胆囊良性息肉占99.68%,均行保胆取息肉手术,0.20%的患者息肉为恶性,且为早期,均行胆囊癌根治术,0.12%的患者为腺瘤高级别上皮内瘤变,行胆囊切除术。结论 胆囊息肉中恶性肿瘤占比较低,内镜微创保胆手术是治疗胆囊息肉的首选手术方法,既可以去除胆囊良性病变,又能保留胆囊功能,还可以早期发现胆囊癌。因此,胆囊息肉应早期行微创保胆手术以明确诊断,防止恶变。     

The relationship between cholelithiasis and diabetes mellitus: discussion of age, obesity, hyperlipidemia and neuropathy

We investigated the patients who underwent operation for cholelithiasis and the diabetic patients at our clinic in order to determine whether there was a significant relationship between the occurrence of cholesterol gallbladder stone and age, obesity, hyperlipidemia, diabetes mellitus and neuropathy. In 647 patients undergoing surgery, cholesterol gallstones were not highly associated with diabetes mellitus or hyperlipidemia, compared with calcium bilirubinate and black stones. Eighty-seven percent of the male operated patients and 88% of the female patients were over 40 years old of age. Of the female patients in whom gallstones were detected at surgery, 36% were obese. We found cholesterol gallbladder stone in 11.5% (males 11%, females 12%) of 208 diabetic patients at our clinic. All of them were over 40 years old. The prevalence of cholesterol gallbladder stones was related to the decrease in motor nerve conduction velocity in the male diabetic patients (p less than 0.05). We observed that method of treatment had no definite effect on the prevalence of gallbladder stones. Fifty-four percent of the diabetic patients was normolipidemic in both sexes. Obesity was present in 64% of the female cholesterol gallbladder stone patients. Our data suggest that age, obesity and poor contraction of the gallbladder could be high risk factors for cholesterol gallstone formation.     

原发性胆囊癌MRI误诊分析

目的分析MIu误诊的原发性胆囊癌影像表现,以期提高MRJ对原发性胆囊癌诊断的准确性。方法回顾性分析2010年1月-2013年3月15例术前MRI误诊为其他疾病而经手术病理证实的原发性胆囊癌的MRj影像学表现,分析其胆囊壁病灶部位、增强扫描强化方式、胆管扩张及是否伴有胆囊结石等特点。结果5例误诊为肝门部占位伴肝内胆管扩张,7例肝内外胆管扩张者误诊为胆管内肿瘤及炎性狭窄,2例诊断肝右叶占位而胆囊病变误诊为胆囊息肉,1例误诊为结石性胆囊炎。回顾性分析发现12例有胆囊壁增厚（其中局限性增厚9例,弥漫性增厚3例）;增强扫描15例胆囊壁均有不同程度强化,11例动脉期有延迟强化特征;8例患者合并胆囊结石;2例出现胆囊壁结节。结论原发性胆囊癌容易引起肝内、外胆管扩张,胆囊癌可表现为局限性或弥漫性囊壁增厚,常伴有胆囊结石等,MRI诊断时需引起充分注意。     

Value of prone positioning in the ultrasonographic diagnosis of gallstones: prospective study.

To determine prospectively the value of prone/postprone positioning in the sonographic detection of gallstones, 682 patients were scanned in the recumbent, erect, and prone or postprone positions. The gallbladder was evaluated for an intraluminal hyperechoic focus, shadowing, and gravitational dependence and was identified in 679 patients. Among these, 28% had cholelithiasis. In five cases, prone positioning alone revealed gallstones. In 11 of 140 cases, gravitational dependence was only seen with prone scanning. The gallbladder was seen more frequently when the patients were prone than erect. Prone or postprone scanning is a useful supplement to the gallbladder examination, allowing increased demonstration of gravitational dependence and increased stone detection.     

常规超声图像特征对胆囊息肉样病变的鉴别诊断价值

目的探讨常规超声对最大径1.0~1.5 cm的胆固醇性息肉与胆囊腺瘤的鉴别诊断价值。 方法回顾性分析2019年5月至2020年10月解放军总医院第一医学中心87例最大径为1.0~1.5 cm的胆囊息肉样病变患者的临床资料，所有患者均行常规超声检查，并取得术后病理检查。根据病理结果将其分为胆固醇性息肉组和胆囊腺瘤组。比较2组患者的年龄、性别，胆囊息肉样病变的最大径、纵横比、基底部宽度、息肉部位、回声特征、回声均匀性、边界、数量以及是否存在点状强回声、血流信号和结石。应用Logistic回归分析胆囊腺瘤的独立危险因素，采用ROC曲线评价不同超声特征诊断胆囊腺瘤的效能。 结果87例患者中胆固醇性息肉65例，胆囊腺瘤22例。胆固醇性息肉组与胆囊腺瘤组的病变最大径、纵横比、病变存在点状强回声占比、存在血流信号占比以及存在结石占比进行比较［1.2（1.1，1.3）cm vs 1.2（1.1，1.4）cm，1.0（0.7，1.5）vs 0.6（0.5，0.7），73.85% vs 22.73%，9.23% vs 54.55%，3.08% vs 18.18%］，差异均有统计学意义（Z=-2.048、-3.396，χ²=18.041、20.569、5.841，P均＜0.05）。Logistic回归分析显示，仅胆囊息肉样病变的纵横比＜0.8、无点状强回声和存在血流信号是胆囊腺瘤的独立危险因素（P均＜0.05）。结合上述独立危险因素，常规超声诊断最大径为1.0~1.5 cm胆囊腺瘤的敏感度、特异度和准确性分别为86.36%、90.77%和89.66%，曲线下面积为0.906，其大于单一超声特征的ROC曲线下面积（P＜0.05）。 结论常规超声观察胆囊息肉样病变纵横比、是否存在点状强回声和血流信号对于最大径为1.0~1.5 cm的胆固醇性息肉与胆囊腺瘤的鉴别诊断具有较高的应用价值，可为胆囊息肉样病变患者治疗方案的选择提供可靠的诊断信息。