基于网络药理学及分子对接技术探讨通关丸治疗良性前列腺增生的作用机制

目的:通过网络药理学及分子对接技术探讨通关丸治疗良性前列腺增生(BPH)的作用机制.方法:查询TCMSP、BATMAN-TCM及ETCM获取通关丸的药物成分,在Swiss Target Prediction对药物成分的ADME进行筛选,并预测筛选后的药物成分的作用靶点;运用DisGeNET、Genecards及OMIM...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨夏枯草治疗甲状腺癌的作用机制

目的 运用网络药理学联合分子对接技术分析夏枯草治疗甲状腺癌的分子机制。方法 利用TCMSP数据库预测夏枯草的主要活性成分,并用TCMSP和PubChem数据库获取所有活性成分对应靶点;通过GeneCards及OMIM数据库收集甲状腺治疗甲状腺癌的靶点。利用STRING数据库获取蛋白间的相互作用信息,并通过R语言进行拓扑学分析及可视化。利用R包clusterProfiler对上述取得的药物和疾病的交集靶点进行GO和KEGG pathway分析。利用Cytoscape 3.7.2构建活性成分-靶点-疾病网络,并进行拓扑学分析,得到核心化合物,用分子对接对核心靶点和化合物进行验证。结果 槲皮素、木犀草素、山奈酚、谷甾醇可能是夏枯草治疗甲状腺癌的核心成分,AKTI、VEGFA、CASP3、MYC、JUN、MAPK8、IL6、EGFR、MAPK1、EGF可能是治疗的重要靶点。结论 夏枯草治疗甲状腺癌体现了多成分、多靶点、多通路的特点,为夏枯草有效成分的筛选及进一步研究提供了理论基础。     

基于网络药理学和分子对接探讨顾步汤治疗糖尿病足作用机制的研究

目的:通过网络药理学和分子对接方法,预测顾步汤治疗糖尿病足(DF)的作用机制.方法:通过TCMSP数据库获取顾步汤各中药有效成分并预测其作用靶点;通过检索TTD数据库和CTD数据库筛选DF的靶点,并将成分靶点与疾病靶点取交集得到关键靶点;通过STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;运用Cytoscape...     

精索静脉曲张与男性不育

精索静脉曲张(VC)是导致男性不育的最常见原因之一,手术是治疗VC的主要方法。近来,关于VC导致不育的病理机制研究较多,尤其是细胞分子机制的研究进展较快,主要包括生精细胞凋亡异常和氧化应激。同时,对于VC手术指征和各种术式优劣性的认识也渐趋统一。本文介绍VC导致不育的细胞分子机制及临床治疗决策的研究进展。     

精索静脉曲张致男性不育的研究进展

精索静脉曲张（VC）是青年男性泌尿科常见病，是导致男性不育的重要原因，目前对精索静脉曲张致男性不育的机制已进行了不少研究，但仍未完全阐明，VC可能通过睾丸微循环、血管活性物质、氧自由基、一氧化氮、缺氧、免疫及凋亡等多种途径共同作用致男性不育。近年来，细胞分子和遗传学方面的异常成为VC研究的热点，如细胞凋亡、氧化应激和NO等。现结合近几年的研究，就VC致男性不育的发病机制作一综述。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨六味地黄丸抗骨质疏松症的机制研究

目的基于网络药理学及分子对接方法探讨六味地黄丸在治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)过程中的有效成分及作用机制。方法通过TCMSP数据库获得六味地黄丸组方的药物有效成分及其预测靶点;利用疾病数据库筛选骨质疏松症相关疾病作用靶点;将获得的关键靶点上传至STRING数据库完成PPI网络分析;利用DAVID数据库完成关键靶点的富集分析;通过Auto Dock Vina等软件完成化学有效药物成分与关键靶点的分析对接验证。结果共获得六味地黄丸组方化学有效成分69个、药物靶点蛋白128个及药物与骨质疏松症共同相关靶点81个;获得了IL6、TP53、VEGFA、TNF、JUN、MAPK1、EGF、EGFR、ESR1、CAT等PPI网络中的关键靶点。富集分析结果显示,其通过参与细胞增殖与凋亡过程、药物代谢、雌激素反应调节与细胞抗缺氧、抗衰老等生物学进程,调控TNF、药物代谢过程、HIF-1、VEGF、雌激素调节等信号通路,参与骨质疏松症的治疗过程;分子对接结果显示,调控网络中的关键靶点与相关有效成分之间具有较高的结合活性。结论借助生物信息学手段和分子对接技术,初步揭示了六味地黄丸抗骨质疏松症的作用机制,为后续进一步的机制研究及实验验证提供了目标与思路。     

基于网络药理学与分子对接探讨沉香治疗缺氧性肾损伤的作用机制

目的:基于网络药理学探究沉香治疗缺氧性肾损伤的潜在机制。方法:通过TCMSP数据库筛取沉香活性组分及作用靶点;从GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank数据库获取肾缺氧相关靶点,利用String平台构建PPI网络并挖掘潜在蛋白质功能模块。Metascape平台分析所涉及的生物过程及通路,Cytoscape 3.8.2软件构建“沉香成分—肾脏缺氧靶点—通路”网络,Autodock软件进行分子对接验证。结果:沉香改善肾脏缺氧的核心成分包括槲皮素、β-谷甾醇、6,7-二甲氧基-2-(苯乙基)色酮等,核心靶点有BAX、IL6、AKT1、BCL2、TP53等,对接结果中Affinity小于-5者占93.3%,提示靶点和成分间较好的结合活性。关键靶点主要富集于AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、HIF-1信号通路以及p53信号通路等20个显著相关通路,涉及细胞凋亡、炎症反应、免疫调节、缺氧及氧化应激等100多个显著相关生物学过程。结论:本研究初步探析了沉香治疗缺氧性肾损伤的潜在机制,为沉香在肾脏疾病中的应用提供科学依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨程氏萆薢分清饮治疗慢性前列腺炎的机制研究

目的:运用网络药理学研究和分子对接技术,探讨程氏萆薢分清饮治疗慢性前列腺炎(CP)的潜在机制.方法:借助TCMSP数据库筛选萆薢分清饮的活性成分及对应蛋白靶点,并利用Uniprot数据库确定基因靶点简称,通过Cytoscape3.7.2软件构建"中药-有效成分-靶点"作用网络.借助GeneCards和OMIM数据库筛选...     

基于网络药理学探讨二至丸治疗慢性肾脏病的作用机制

目的:采用网络药理学的方法探讨二至丸治疗慢性肾脏病(CKD)的作用机制。方法:通过TCMSP数据库收集二至丸的有效成分及靶点,构建化合物-靶点网络;使用DisGeNET、OMIM、DrugBank数据库收集CKD的作用靶点,获得药物与疾病的交集靶点后,使用在线STRING数据库进行分析,构建PPI网络图,获取核心靶点蛋白,利用Metascape数据库对交集靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析。结果:共收集到23个有效成分,包括槲皮素、木樨草素等,药物靶点蛋白211个,疾病基因905个,49个共同靶点,主要作用于IL6、VEGFA、IL1B等20个核心靶点,涉及活性氧代谢过程、细胞因子介导的信号通路等1 491条GO富集功能和剪切应力与动脉粥样硬化通路、AGEs-RAGE介导信号通路、IL-17信号通路等97条KEGG信号通路。结论:二至丸治疗CKD具有多途径、多靶点作用的特点,为今后进一步药理研究及临床试验提供参考。     

基于网络药理学和分子对接技术探究左卡尼汀治疗附睾炎的作用机制

目的:基于网络药理学及实验研究探究左卡尼汀治疗附睾炎的潜在作用机制。方法:通过多个数据库联用检索出附睾炎与左卡尼汀相关的靶蛋白,在Venny软件获得两者的共同靶点。应用STRING数据库获得蛋白-蛋白之间的相互关系。利用Cytoscape软件进行可视化,拓扑分析后筛选出关键靶点。使用DAVID数据库进行GO与KEGG通路富集分析。使用Autodock Vina进行分子对接。结果:共获得药物靶点130个,疾病靶点2 151个,共同靶点47个。PPI网络分析得到左卡尼汀治疗附睾炎的核心靶点包括AKT1、HSP90AA1、ALB、CASP3、GSK3B和GSR等。KEGG通路分析提示代谢途径、脂质与动脉粥样硬化、癌症途径、流体剪切应力与动脉粥样硬化、麻疹、化学致癌物质-活性氧物质、嘌呤代谢、P13K-Akt等信号通路可能与左卡尼汀治疗附睾炎的机制有关。结论:本研究通过网络药理学揭示了左卡尼汀可能作用于AKT1、HSP90AA1、ALB、CASP3、GSK3B、GSR等靶点调节多条信号通路,从而可能发挥对附睾炎的治疗效果。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨徐福松教授水陆二仙丹治疗早泄的作用机制

目的:基于网络药理学分析水陆二仙丹治疗早泄的潜在作用机制.方法:通过TCMSP数据库查询水陆二仙丹的核心药物芡实、金樱子的主要化学成分;设定口服生物利用度、类药性为筛选参数,寻找活性成分;通过DisGeNET、GeneCards、OMIM和TTD等数据库查找早泄相关疾病靶点;利用网站Venny2.1.0构建韦恩图筛选药...     

男性不育伴精索静脉曲张的治疗策略

男性不育伴精索静脉曲张的治疗选择困难,争议较大,在制定医疗决策中要考虑到患者的求治目的是生育,解决问题的办法不仅仅是手术,还应该包括药物和辅助生殖技术,而且3种治疗方法还可以彼此协同。在选择具体治疗方法的时候,要充分考虑到精索静脉与精液质量是否存在相关性,术后睾丸功能改善的概率有多大,药物治疗能否有效地控制病情,不育患者年龄是否过大等相关因素。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨益气养阴汤治疗甲状腺癌术后的作用机制

目的：利用网络药理学和分子对接技术探讨益气养阴汤治疗甲状腺癌术后的作用机制。方法：通过本草组鉴（HERB）数据库检索益气养阴汤10味药物化学成分,通过PubChem、SwissADNE筛选药物活性成分,Swiss target prediction预测活性成分作用靶点。在Gene Cards、OMIM、DisGeNET、Drug Bank数据库检索获得甲状腺癌术后的疾病靶点。Venny2.1.0平台获得药物与疾病的交集靶点,使用String数据库构建交集靶点蛋白互作网络,并导入Cytoscape3.9.1筛选得到核心靶点蛋白;借助Cytoscape3.9.1构建药物-活性成分-靶点网络图,并获取关键活性成分;使用Metascape数据库进行GO和KEGG富集分析;对关键靶点和关键成分进行分子对接验证。结果：得到益气养阴汤活性成分157种,预测活性成分作用靶点507个,甲状腺癌术后相关疾病靶点1817个,药物活性成分—疾病交集靶点154个。PPI分析得到SRC、HSP90AA1、PIK3R1、PIK3CA、AKT1为关键靶点基因,槲皮素、山柰酚、木犀草素为关键活性成分,分子对接显示关键靶...     

桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的网络药理学和分子对接研究

目的 运用网络药理学和分子对接的技术,研究桃红四物汤作用于骨质疏松性骨折的潜在作用机制。方法 检索TCMSP,获取桃红四物汤药物的有效成分、潜在靶点,运用GeneCards、OMIM、DrugBank、DisGeNET数据库收集骨质疏松性骨折的相关靶点,获取药物和疾病的交集靶点,并通过Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病”可视化网络图,筛选出药物关键成分。将交集靶点上传到STRING数据库,并绘制PPI网络图,筛选核心靶点;并使用Metascape数据库进行交集靶点的GO以及KEGG通路的富集分析。最后运用AutoDock Tools1.5.6和Pymol2.4.1软件,分子对接关键成分与核心靶点。结果 桃红四物汤与骨质疏松性骨折的交集靶点有152个,“药物-成分-靶点-疾病”网络图及PPI提示IL6、JUN、AKT1、MAPK1、TNF可能是桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的关键靶点。GO富集分析显示,桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的交集靶点的生物功能主要涉及炎症免疫、细胞增殖分化、细胞凋亡等方面。KEGG通路富集分析显示,桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的交集靶点主...     

四妙丸治疗血栓性浅静脉炎的网络药理学机制研究

目的:通过网络药理学方法对四妙丸治疗血栓性浅静脉炎(STP)的作用机制进行探索.方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)筛选四妙丸所含的有效成分并预测其作用靶点;通过GeneCards、OMIM、CTD等数据库筛选出STP的相关靶点,将成分作用靶点与疾病靶点取交集得到交集靶点,利用Cytoscape 3.7...     

基于网络药理学和分子对接探讨丹参酮ⅡA治疗肺栓塞的分子机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨丹参酮ⅡA治疗肺栓塞（PE）的分子机制,揭示其相关生物学靶点和信号通路。方法 通过网络数据库获得PE和丹参酮ⅡA的相关靶点,取交集后获得交叉靶点。利用STRING数据库分析蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,之后应用Cytoscape软件及其插件获得丹参酮ⅡA抗PE的核心靶点。利用R语言对核心靶点进行基因本位（GO）功能、京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,分别探索其生物学功能和主要信号途径。运用Cytoscape软件构建可视化网络图,通过分子对接验证丹参酮ⅡA与核心靶点之间的相互作用。结果 经筛选共获得131个丹参酮ⅡA治疗PE的交叉靶点,应用CytoHubba插件筛选得到位居前10位的核心靶点基因,分别是类固醇受体辅助活化因子（SRC）、蛋白酪氨酸磷酸酶非受体型11(PTPN11)、雌激素受体1(ESR1)、信号转导及转录激活因子1(STAT1)、TP53、AP-1转录因子亚单位（JUN）、蛋白激酶B1(PKB1,又称AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、热休克蛋白90AA1(HSP90AA1)、丝裂原活化蛋白激酶14(M...     

基于分子对接和网络药理学探讨肾复康治疗IgA肾病的潜在机制

目的:采用分子对接与网络药理学的方法,探讨肾复康治疗IgA肾病(IgAN)的有效成分及作用靶点.方法:本研究通过TCMSP数据库获得肾复康的化学成分,并利用GEO数据库收集IgAN相关靶基因.利用STRING数据库建立药物和疾病的共有蛋白相互作用网络.通过GO和KEGG途径富集分析,进一步探讨肾复康的IgAN机制和治疗...     

精索静脉曲张对男性不育发病机制的研究

精索静脉曲张（varcocele，VC）是男性常见的泌尿生殖系统疾病，也是导致男性不育的重要原因，在男性不育症中占19％～41％^[1]。VC是一种血管性疾病，以精索内蔓状静脉丛呈不同程度扩张和迂曲为特点。临床容易诊断高频彩色多普勒超声可提供客观依据，超声诊断标准为：（1）临床型VC：平静呼吸下精索静脉丛中至少检测到3支以上的精索静脉，     

基于网络药理学探索仙鹤草治疗肺癌的分子机制

目的 仙鹤草在临床上被广泛应用于治疗肺癌,但其作用机制及靶点尚不明确。本文基于网络药理学的研究思路和细胞实验以初步验证仙鹤草治疗肺癌的作用机制。方法 利用Swiss Target Prediction数据库对仙鹤草的靶点进行预测,从DisGeNET中找到肺癌的致病靶点,药物和疾病的靶点相互映射,得到仙鹤草治疗肺癌的潜在靶点。使用Cytoscape 3.9.1构建“仙鹤草-成分-靶点”网络和蛋白质-蛋白质相互作用网络（protein-protein interaction,PPI）。使用OmicShare平台对交集靶点进行GO和KEGG信号通路富集分析,通过Autodock Vina软件进行分子对接。从上述分析结果中筛选出富集通路及关键靶点进行细胞实验。通过CCK-8法观察不同浓度仙鹤草水提取物对肺癌A549细胞生长的抑制作用,通过Western blot法观察其对关键靶点蛋白表达的影响。结果 分析结果提示共获得20个活性成分以及96个潜在治疗肺癌的靶点,其中5个核心靶点分别是AKT1、SRC、EGFR、CCND1、ESR1。潜在治疗的靶点主要富集在PI3K/AKT及FOXO等信号通路。...