基于TCGA数据库分析CD70在肝细胞癌中的表达及其对肿瘤微环境的影响

目的:研究CD70及受体CD27在肝细胞癌(HCC)中的表达水平,及其与临床病理特征及预后的关系,并探讨CD70对肿瘤微环境可能的作用。方法:下载癌症基因组图谱(TCGA)数据库中有关HCC的RNA测序数据,分析CD70和CD27在肿瘤组织和正常组织中的表达差异及其与临床病理特征的关系;采用Kaplan-Meier生存曲线比较CD70、CD27表达不同患者的生存率;分析CD70与其他影响肿瘤微环境基因表达间的相关性。结果:通过TCGA数据库共获得371例HCC肿瘤样本和50例正常组织样本信息;CD70在HCC肿瘤组织内的表达水平显著高于正常组织;CD70表达水平与年龄、性别、肿瘤分期、是否存在远处转移及生存无明显相关性( P>0.05);CD27在HCC肿瘤组织内的表达水平与正常组织无显著差异,但CD27高表达组的总生存率显著高于CD27低表达组患者;HCC肿瘤组织内CD70表达与 IL-12、 FOXP3、 CD25、 CD39、 CD27、 PD-1、 PD-L1、 LAG3、 CTLA4、 Tim3、 VEGF、 IDO、 CXCR4和 CCL2的表达呈显著正相关( P<0.05,| r|>0.3)。 结论:CD70在HCC患者肿瘤组织中异常表达,虽然CD70表达升高与患者病理分期和生存无显著相关,但是其与免疫抑制肿瘤微环境相关,可能是HCC形成免疫逃逸的机制之一。     

生物信息学分析CA3在乳腺癌组织中的表达和对预后的影响

目的通过多种在线数据库分析碳酸酐酶3(carbonic anhydrase 3,CA3)在乳腺癌中的表达差异、预后潜力以及相关机制。方法使用GEPIA2.0和TIMER数据库资料分析CA3 mRNA在乳腺癌组织中的表达差异;使用Bc-GenExMinerv4.7数据库资料分析乳腺癌亚分类的CA3 mRNA的表达差异;使用Kaplan-Meier绘图仪、Bc-GenExMinerv4.7和PrognoScan数据库资料分析CA3 mRNA表达水平与乳腺癌患者预后的关系;使用LinkedOmics数据库资料分析CA3共表达基因及其生物学行为;使用TIMER数据库资料分析乳腺癌组织中CA3 mRNA的表达与免疫细胞浸润的关系。结果乳腺癌组织中CA3 mRNA表达水平低于正常乳腺组织(P<0.05),在ER阴性(P<0.05)、PR阴性(P<0.05)、HER2阴性(P<0.05)以及无淋巴转移者(P<0.05)其表达水平较高,且在高表达Ki67乳腺癌患者中CA3表达水平较低(P<0.05),与SBR和NPI分级也具有相关性(P<0.05);CA3 mRNA表达水平低的乳腺癌患者其总体生存率、无复发生存率和无病生存率均较低(P<0.05);筛选出的正相关前50个共表达基因有10个基因具有低风险比(P<0.05),筛选出的负相关前50个共表达基因中有11个基因具有高风险比(P<0.05);在乳腺癌组织中CA3 mRNA表达与CD4⁺T细胞和CD8⁺T细胞具有正相关关系(r_s=0.175,P<0.001;r_s=0.137,P<0.001),与T细胞衰竭标志物LAG3、TIM-3和PVRL2呈负相关关系(r_s=–0.100,P<0.01;r_s=–0.143,P<0.001;r_s=–0.082,P<0.05)。结论CA3 mRNA在乳腺癌组织中的低表达与乳腺癌的发生发展及预后存在一定的相关性,有望作为乳腺癌预后潜在标志物,可能与免疫浸润有关。     

ATF3在前列腺癌中的表达及意义

目的：探讨激活转录因子3（ATF3）在前列腺癌的表达和意义。方法：采用免疫组化和Western Blot检测正常前列腺、良性前列腺增生及前列腺癌组织中ATF3的表达。结果：ATF3在前列腺癌组织中的表达较正常前列腺组织和前列腺增生组织高（P〈0．05）。ATF3的表达与临床分期、病理分级、是否伴有转移有关。结论：ATF3可能与前列腺癌的发生、发展、侵袭和转移有关,可以作为预测前列腺癌的恶性程度和预后的指标。     

Galectin-3在肾细胞癌中的表达及意义

目的:研究Galectin-3在肾细胞癌中的表达,探讨它与肾细胞癌的临床病理意义。方法:用免疫组化SP法检测Galectin-3在83例肾细胞癌和18例正常肾组织中的表达,结合临床病理数据,分析其与肾细胞癌临床病理特征之间的关系。结果:Galectin-3在透明细胞癌中的阳性表达率为38.89%(21/54),在乳头状细胞癌中的阳性表达率为68.42%(13/19),在嫌色细胞癌中的阳性表达率为80.00%(8/10),正常肾组织中阳性表达率为11.11%(2/18)。差异有统计学意义。Galectin-3在肾细胞癌中的表达与肾细胞癌病理学分级、临床分期、淋巴结转移及病理类型有关(P<0.05);而与患者性别、年龄和肿瘤直径无关(P>0.05)。结论:Galectin-3的高表达与肾细胞癌,特别是乳头状细胞癌和嫌色细胞癌的发生、发展密切相关,为肾细胞癌的鉴别诊断及临床治疗提供了可参考的指标。     

Survivin和Caspase-3在结肠癌和结肠腺瘤组织中的表达及意义

为探讨Survivin和Caspase-3在结肠癌和结肠腺瘤组织中的表达及意义,应用免疫组织化学染色法对42例结肠癌和结肠正常黏膜组织、38例结肠腺瘤组织进行Survivin和Caspase-3检测。结果显示,结肠癌组织中Survivin阳性率明显高于结肠腺瘤和结肠正常黏膜组织（P〈0．05）,结肠癌组织中Caspase-3阳性率明显低于结肠腺瘤组织（P〈0．05）。Survivin和Caspase3在结肠癌组织中的表达呈负相关（r=-0．8535,P=0．000）。结果表明,Survivin可能通过抑制结肠癌细胞凋亡,对结肠癌的发生发展起重要作用;在结肠癌的癌变过程中,Survivin的作用可能是通过抑制Caspase-3介导的细胞凋亡实现的。     

fascin及Galectin-3在肾细胞癌中的表达及意义

目的：观察fascin在肾细胞癌中的表达情况,并探讨其表达与肿瘤生物学行为及临床、病理指标的关系。方法：用免疫组织化学方法检测114例肾细胞癌组织及30例正常。肾组织中fascin和Galectin3的表达。分析fascin表达与不同临床病理指标及Galectin3表达之间的关系。结果：fascin及Galectin-3在正常肾组织均无表达,114例肾细胞癌标本中fascin有80例呈阳性表达,Galectin-3有68例呈阳性表达,差异有统计学意义（P〈0．01）。在肾细胞癌标本中fascin表达与肿瘤浸润程度、淋巴转移、临床分期、病理类型具有相关性（P〈0．05）,与年龄、性别、肿瘤的侧别、肿瘤的部位无相关性（P〉0．05）．fascin与Galectin-3在肾细胞癌中表达具有明显的正相关性（P〈0．01）。结论：fascin与Galectin-3在肾细胞癌中表达上调且和肿瘤的进展相关。fascin、Galectin-3表达和l临床分期结合能够更好地判断‘肾细胞癌的预后,且其有可能成为肾细胞癌治疗的一个新靶点。     

E2F3在前列腺癌中的表达及意义

目的探讨E2F3在前列腺癌中的表达及临床意义。方法采用逆转录聚合酶链反应（RT—PCR）和免疫组化技术检测26例前列腺癌、20例良性前列腺增生和10例正常前列腺组织中E2F3 mRNA及蛋白的表达。结果E2F3 mRNA及蛋白的表达与临床分期有关,晚期（C＋D期）E2F3 mRNA及蛋白的表达水平明显高于早期（A＋B期,P〈0．05）,低分化癌E2F3 mRNA及蛋白的表达明显高于高中分化癌（P〈0．05）。前列腺癌中E2F3表达水平明显高于良性前列腺增生（P〈0．05）及正常前列腺组织（P〈0．05）。结论E2F3表达可能与前列腺癌的恶性程度有关,E2F3在前列腺癌的发生发展中起到促进作用。     

Survivin和caspase-3在骨肉瘤中的表达及意义

目的探讨骨肉瘤中Survivin和caspase-3的表达及其意义。方法应用免疫组化EnVision二步法检测95例骨肉瘤及45例良性骨肿瘤中Survivin及caspase-3的表达。结果 Survivin在骨肉瘤中表达的阳性率明显高于良性骨肿瘤,Survivin表达的阳性骨肉瘤患者在caspase-3的表达明显低于Survivin表达阴性骨肉瘤患者,在不同软组织浸润及不同Ennecking分期的比较中,两种蛋白的表达差异有统计学意义(P<0.01)。结论骨肉瘤中Survivin及caspase-3高表达,两者在骨肉瘤发展及判断预后中有重要价值。     

STAT3在食管鳞状细胞癌中的表达和意义

目的研究STAT3蛋白表达与食管鳞状细胞癌临床病理特征的关系,探讨其在食管癌变中的可能作用。方法应用免疫组织化学S-P法检测60例食管鳞状细胞癌及其癌旁组织中STAT3蛋白的表达,结合临床资料进行分析。结果STAT3蛋白阳性反应主要定位于胞质。食管鳞状细胞癌组织中STAT3蛋白表达阳性率86.7%(平均灰度值为36.05±13.74)明显高于正常组织阳性率17.6%(平均灰度值为16.92±5.43)(P<0.05)。STAT3蛋白在低分化、中分化、高分化鳞癌组的阳性表达率分别是100%、95%、73.08%,平均灰度值分别是51.22±7.09、42.18±7.21、23.16±6.94,3组间差异有统计学意义(P<0.01)。肿瘤分化程度越高STAT3蛋白表达越低。有淋巴细胞转移的食管癌组织中STAT3表达的阳性率100%(平均灰度值45.36±10.36),明显高于无淋巴细胞转移的食管癌组织阳性率78.38%(平均灰度值30.26±12.41)(P<0.05)。结论STAT3蛋白在食管鳞状细胞癌组织中的高表达可能与食管鳞癌的发生有关系。     

galectin-3和CD105蛋白在结直肠癌中的表达及意义

目的探讨galectin-3和CD105在结直肠癌组织中的表达及其与临床病理特征的关系。方法应用微波-EliVisionTM免疫组织化学染色技术检测60例结直肠癌、30例结直肠腺瘤及30例结直肠正常黏膜组织(远离癌组织4 cm以上)中galectin-3蛋白和CD105蛋白的表达〔以微血管密度(MVD)反映CD105蛋白的表达〕,分析其与结直肠癌临床病理特征的关系。结果 galectin-3蛋白表达阳性率和MVD在结直肠正常黏膜、腺瘤至癌组织中逐渐升高,差异有统计学意义(P<0.05)。两者均与结直肠癌的TNM分期、浸润深度及淋巴结转移有关(P<0.05,P<0.01),且galectin-3蛋白表达还与肿瘤的分化程度有关(P<0.05)。结直肠癌组织中galectin-3蛋白的表达与MVD呈正相关(r=0.420,P<0.01)。结论 galectin-3和CD105蛋白的表达与结直肠癌高侵袭能力和淋巴结转移有一定关系,可作为预测结直肠癌浸润、转移的潜在敏感指标。     

基于数据库挖掘分析COL4A1基因在结直肠癌中的表达及意义

目的利用公开的生物信息学数据库分析COL4A1基因在结直肠癌中的表达以及意义。方法应用Oncomine数据库探讨COL4A1基因在结直肠癌组织中的表达;应用GEPIA数据库分析COL4A1基因的表达水平,在结直肠癌患者中的病理分期以及生存期的相关性分析;应用MethHC甲基化数据库分析COL4A1基因启动子区的甲基化水平,分析COL4A1的表达与甲基化的关系;应用String数据库分析与COL4A1蛋白相互作用的蛋白网络及可能参与的机制。结果在结直肠癌肿瘤组织中,COL4A1基因的mRNA表达水平显著地高于正常结直肠组织,COL4A1基因的mRNA表达水平与结直肠癌患者的临床病理分级及患者总体生存持续时间水平无显著的相关性。结直肠癌中COL4A1基因DNA启动子区的甲基化表达水平较正常的结直肠黏膜组织显著升高,且COL4A1基因表达与结肠癌组织中COL4A1启动子区甲基化表达水平呈正相关。COL4A1基因可能ECM受体相互作用、局部受体粘附等信号传递通路中发挥作用。结论结直肠癌组织中COL4A1基因高表达,其在结直肠癌中的作用及机制需进一步研究阐明。     

基于GEO数据库与生物信息学方法分析食管鳞状细胞癌中的免疫微环境和潜在敏感药物

目的 构建基于免疫检查点相关基因的食管鳞状细胞癌（esophageal squamous cell carcinoma,ESCC）预后模型,并探索这些基因与肿瘤微环境（tumor microenvironment,TME）的潜在关联。方法 收集基因表达综合数据库（GEO）GSE53625数据集中ESCC样本及其癌旁组织样本的免疫检查点基因转录组测序数据和临床资料。评估ESCC和正常癌旁组织中免疫检查点基因表达差异,对在食管癌中的高表达差异基因进行药物敏感性分析。对生存相关的基因构建风险模型并研究不同风险组不同亚型预后特征、通路富集、免疫检查点、免疫评分、免疫细胞浸润及其潜在敏感药物。结果 共收集358个样本（来自179例患者的ESCC样本及其癌旁组织样本）,其中男33例、女146例,≤60岁80例,>60岁99例。共39个免疫检查点基因在ESCC组织中差异表达,包括14个低表达基因和25个高表达基因。针对其中8个显著高表达基因（TNFRSF8、CTLA4、TNFRSF4、CD276、TNFSF4、IDO1、CD80、TNFRSF18）进行药物敏感性分析,发现多种化合物对这些免疫治...     

Galectin-3在前列腺癌中的表达及意义

目的:研究Galectin-3在前列腺癌(PCa)中的表达,探讨其与PCa发生发展、侵袭转移的关系.方法:应用免疫组织化学S-P法检测48例PCa组织和20例良性前列腺增生组织中Galectin-3的表达.结果:在48例PCa患者中只有14例Galectin-3表达阳性(29.2%),与良性前列腺增生中的表达(65%)差异有统计学意义(P<0.01),并且Galectin-3的表达与PCa的病理分期、Gleason评分及转移密切相关.结论:Galectin-3在PCa中表达降低,其低表达可能对PCa的发生发展及转移起重要作用.Galectin-3可望成为PCa治疗的新靶点.     

14-3-3θ在乳腺癌中的表达和意义

目的：研究14-3-3θ在乳腺癌组织中的表达及其临床意义。方法：应用S-P免疫组化法检测14-3-3θ在66例乳腺癌组织中的表达情况。结果：14-3-3θ在乳腺癌组织中的表达与患者年龄、原发肿瘤大小、临床分期、孕激素受体（progesteronereceptor,PR）、原癌基因人类表皮生长因子受体2（human epidermalgrowth factor receptor-2,Her-2）无关（P〉0.05）;在腋窝淋巴结转移组14-3-3θ阳性率明显高于无转移组（P〈0.05）;在雌激素受体（estrogen receptor,ER）阴性乳腺癌组织中的阳性率远高于ER阳性组（P〈0.01）。结论：14-3-3θ与乳腺癌的转移和预后存在一定的相关性。     

基于TCGA数据库分析BIRC5在肾透明细胞癌中的表达及预后

目的通过分析杆状病毒凋亡抑制蛋白5(BIRC5)在肾透明细胞癌(ccRCC)组织中的表达,阐明BIRC5对其早期诊断及作为预后预测因子的作用。方法利用GEO、TCGA数据库和HPA分析BIRC5在ccRCC组织中mRNA和蛋白质水平的变化。运用UALCAN和LinkedOmics数据库阐述BIRC5表达与ccRCC临床病理学参数的相关性及对预后的影响。采用GEPIA、Kaplan-Meier Plotter、SurvExpress分析BIRC5表达与ccRCC预后的关系。结果BIRC5 mRNA在ccRCC中高表达,并且与ccRCC患者TNM分期相关(P<0.05),与ccRCC进展高度相关,高表达BIRC5mRNA是ccRCC患者不良预后指标。免疫组织化学结果证实,与正常肾组织相比,ccRCC中BIRC5蛋白表达量显著升高。结论在ccRCC中,BIRC5高表达是一种重要的早期诊断及不良预后指标,有望成为ccRCC早期诊断和预后预测标志物。     

基于生物信息数据库分析前列腺癌组织特异性lncRNA表达及临床意义

目的 研究前列腺癌组织特异性长链非编码RNA(lncRNA)表达及其临床意义。方法 利用生物信息学方法深入分析TCGA及GEO基因组数据库,对数据库收录的492例前列腺癌组织和152例癌旁组织做基因差异分析,筛选出差异表达的lncRNA,并进一步分析上述lncRNA的前列腺组织特异性及对前列腺癌患者预后的影响。结果 筛选出差异表达的5个lncRNA包括：前列腺相关转录因子14(PCAT14)、前列腺抗原3(PCA3)、C末端结合蛋白1-AS(CTBP1-AS)、DRAIC、GPC5-AS1。其中,PCAT14、PCA3在前列腺癌组织中特异性表达,二者升高提示与前列腺癌预后相关,且二者与激肽释放酶相关肽酶3(KLK3)、α-甲基酰基辅酶A消旋酶(AMACR)、溶质转运蛋白家族45A3(SLC45A3)等前列腺癌特异抗原相关性好。针对PCAT14、PCA3进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析提示：PCA3差异表达与吞噬作用、细胞识别、对细菌的防御反应、免疫球蛋白复合物、高尔基体、抗原结合、趋化因子受体结合、蛋白质消化吸收、肾素-血管紧张素系统等信号通路等密切相关;PCAT14差异表达...     

MMP-3和TIMP-3在膀胱移行细胞癌中的表达及意义

目的 研究基质金属蛋白酶3(MMP-3)及其抑制物组织基质金属蛋白酶抑制剂3(TIMP-3)在膀胱移行细胞癌中的表达及其临床意义.方法 通过免疫组化Elivision法检测48例膀胱移行细胞癌组织及20例正常膀胱组织中的MMP-3和TIMP-3的表达.结果 MMP-3和TIMP-3在正常膀胱组织中不表达,随着肿瘤分级和分期的增高,MMP-3表达增高,但差异无统计学意义(P＞0.05).TIMP-3表达降低,但在肿瘤分级中差异有统计学意义(P＜0.05).结论 MMP-3的高表达,TIMP-3的低表达与膀胱移行细胞癌的恶性程度有关,在膀胱移行细胞癌的发生发展中起重要作用,可作为临床判断膀胱移行细胞癌的恶性程度及预后的重要参考指标.     

Rab25和CLIC3在胃癌组织中的表达及临床意义

目的:探讨Rab25和CLIC3在胃癌组织中的表达及临床病理意义。方法:采用免疫组织化学技术,检测20例正常胃黏膜组织和62例胃癌组织中Rab25和CLIC3的表达,分析其与胃癌临床病理因素之间的关系。结果:Rab25和CLIC3在胃癌组织中的阳性表达率分别为77.4%、74.2%,明显高于正常胃黏膜(5%、5%),差异有统计学意义(P均0.01)。Rab25和CLIC3的表达与患者性别、年龄、肿瘤大小无关(P均0.05),而与胃癌组织分化程度、TNM分期、有无淋巴结转移密切相关(P均0.05)。两种蛋白在胃癌组织中的表达呈正相关(r=0.475,P0.01)。结论:Rab25和CLIC3在胃癌组织中阳性表达,并在胃癌的侵袭转移过程中起重要作用。