桑白皮及其混伪品的DNA条形码鉴定研究

为了探索鉴定桑白皮及其混伪品的新方法,本实验提取桑白皮药材及其混伪品的DNA,对ITS2序列进行PCR扩增和双向测序,应用CodonCode Aligner V3.0对测序峰图进行校对拼接,去除低质量序列及引物区,获得ITS2序列。利用MEGA4.0软件计算物种种内种间Kimura 2-pa-rameter(K2P)遗传距离。采用相似性搜索法、最近距离法、构建NJ系统聚类树等方法进行鉴定分析。结果表明桑白皮药材与其混伪品之间的K2P遗传距离分布于0.003~0.343,大于桑种内K2P遗传距离0,NJ树也显示桑白皮可与其混伪品明显分开。因此,ITS2条形码可有效鉴别中药材桑白皮及其混伪品,为快速准确地鉴定桑白皮提供了科学依据和新的方法。     

蔓荆子药材及其混伪品DNA条形码鉴定研究

本研究应用ITS2序列鉴别蔓荆子及其混伪品,收集药材和基原植物样本共46份,通过提取基因组DNA、PCR扩增和双向测序获得ITS2序列,经CodonCode Aligner V4.2拼接注释获得序列,应用MEGA5.0对序列进行分析比对,计算种内和种间遗传距离（Kimura 2-Parameter,K2P）,构建系统发育NJ树进行鉴定。结果表明,蔓荆子药材基于ITS2序列的种内最大K2P遗传距离均小于其与混伪品的种间最小K2P遗传距离,NJ树显示蔓荆子药材与其混伪品可明显分开,表现出良好的单系性。因此,应用ITS2序列能够准确地鉴定蔓荆子药材及其混伪品。     

桑白皮及其混伪品的DNA条形码鉴定研究＊

为了探索鉴定桑白皮及其混伪品的新方法,本实验提取桑白皮药材及其混伪品的DNA,对 ITS2序列进行 PCR 扩增和双向测序,应用 CodonCode Aligner V3.0对测序峰图进行校对拼接,去除低质量序列及引物区,获得 ITS2序列。利用MEGA4.0软件计算物种种内种间Kimura 2-pa原rameter（K2P）遗传距离。采用相似性搜索法、最近距离法、构建 NJ系统聚类树等方法进行鉴定分析。结果表明桑白皮药材与其混伪品之间的K2P遗传距离分布于0.003~0.343,大于桑种内K2P遗传距离0,NJ树也显示桑白皮可与其混伪品明显分开。因此,ITS2条形码可有效鉴别中药材桑白皮及其混伪品,为快速准确地鉴定桑白皮提供了科学依据和新的方法。     

中药材半夏及其混伪品的DNA条形码鉴定研究

目的：采用ITS2序列对中药材半夏及其混伪品进行DNA条形码鉴定研究,为规范中药材半夏的市场流通,保障临床用药安全及疗效提供参考依据。方法：对半夏及其混伪品共59份样品,通过DNA提取及聚合酶链式反应（PCR）扩增其ITS2序列,并采用Mega6.0软件进行多序列比对,计算种内及种间K2P遗传距离,采用邻接（NJ）法构建NJ系统聚类树。采用相似性搜索法、最小距离法、NJ 树法考察ITS2序列的鉴定能力。结果：半夏药材的ITS2序列长度为251 bp,应用相似性搜索法表明ITS2序列能够准确鉴定半夏药材及其混伪品;半夏种内最大K2P距离小于半夏与混伪品间的最小K2P距离;NJ树显示半夏药材可与其混伪品明显分开。结论：ITS2序列能准确、稳定鉴定中药材半夏药材及其混伪品。     

鸡血藤及其混伪品的DNA条形码分子鉴定研究

目的采用分子生物学鉴定技术,筛选合适的DNA条形码序列,建立快速、准确鉴定鸡血藤的方法。方法采集72份鸡血藤及其混伪品的样本,分别提取样品DNA,对ITS2、matK、psbA-trnH、ITS和rbcL序列扩增、测序;计算各序列扩增成功率和测序成功率,利用MEGA7.0分析比对序列特征;基于Kimura-2-Parameter(K2P)双参数模型计算种内、种间的遗传距离评估Barcoding gap;利用Phylosuite软件构建ITS2、matK和psbA-trnH和多基因(I-M-P)联合系统发育树。结果 ITS2的扩增成功率和测序成功率最高,均为100%,matK和psbA-trnH的测序成功率亦有94.4%、91.7%,而rbcL和ITS仅为69.4%和61.1%;ITS2较其他条形码序列具有明显的Barcoding gap,且种内、种间重叠少;系统发育树显示,ITS2和psbA-trnH可将鸡血藤及其混伪品明显聚为不同分支,matK不能把滇鸡血藤和南五味子分开;I-M-P系统发育树同ITS2和psbA-trnH结果相同。结论以ITS2为主、psbA-trnH序列为辅的鉴定方法能够对鸡血藤及其混伪品进行快速、准确的鉴定,为鸡血藤临床用药的安全性和合理使用的准确性提供依据。     

远志药材及其混伪品的DNA条形码鉴定

目的：对中药材远志及其混伪品进行分子鉴定,保障药材质量及用药安全。方法：对46份样品进行DNA提取,通过聚合酶链式反应（PCR）扩增其psbA-trnH序列并双向测序,应用CodonCode Aligner V3.7.1对测序峰图校对拼接,去除低质量区和引物区,得到psbA-trnH序列,用MEGA 6.0对序列进行比对分析,基于K2P遗传距离构建系统聚类树。结果：通过相似性搜索法能准确鉴别远志及其混伪品,远志两个基原的种内最大K2P距离分别为0.004和0,均小于其与混伪品的种间最小K2P遗传距离（0.010 和0.005）,基于psbA-trnH序列的系统发育树可将远志药材及其混伪品明显区分开。结论：psbA-trnH序列能有效鉴别远志药材及其混伪品,为中药材的质量控制提供新方法。     

白术与苍术及其混伪品DNA条形码鉴定研究

药材白术与苍术为苍术属植物,为常用健脾之要药,但二者功效不完全相同,古代对二者未进行区分,现代用药也容易将其混用,为了确保用药安全,该文采用ITS2序列对药材白术与苍术及其混伪品进行DNA条形码鉴定研究。白术与苍术的3个基原物种（苍术、关苍术和朝鲜苍术）ITS2序列均为229 bp。13条白术的序列仅在98 bp处有C-G变异,平均GC含量为69.42%;4条苍术序列无变异位点;关苍术与朝鲜苍术的种内最大K2P距离均为0.013。白术、苍术、关苍术和朝鲜苍术种内最大K2P距离均小于与混伪品的种间最小K2P距离。邻接（NJ）法构建的系统聚类树,白术、朝鲜苍术序列能各自聚为一支,关苍术与苍术聚为一支,但都能与混伪品明显分开。ITS2序列在药材白术与苍术及其混伪品的鉴定方面具有很好的鉴别效果。     

藏药材榜嘎及其混伪品的DNA条形码鉴定研究

目的:利用DNA条形码技术对榜嘎及其混伪品进行鉴别,为藏药榜嘎的鉴定提供准确可靠的依据。方法:通过分析榜嘎及其混伪品ITS和ITS2序列的遗传距离、种内种间变异并构建NJ系统发育树,以评价ITS2和ITS序列的鉴定效率。结果:本研究中ITS2和ITS序列扩增效率相同,在blast比对和遗传距离距离分析上,ITS序列表现出更强的鉴定能力;通过K2P距离构建NJ树,ITS2和ITS序列在榜嘎与混伪品间的种间变异无统计学意义,但ITS序列对易混物种的鉴定效率较高。结论:ITS序列可作为鉴定榜嘎及其混伪品的有效条形码。     

凉茶药材鸡蛋花及其混伪品的DNA条形码鉴定

该研究应用ITS2序列作为DNA条形码鉴定凉茶药材鸡蛋花及其混伪品,共收集48份药材和基原植物样本,提取基因组DNA,通过PCR扩增ITS2序列并进行双向测序,经CodonCode Aligner拼接注释获得序列,然后应用MEGA5.0比对ITS2序列,计算种内和种间遗传距离,构建系统进化NJ树进行鉴定。结果表明,鸡蛋花ITS2序列长度为244 bp,种内遗传距离为0~0.016 6,远小于其与混伪物种间的遗传距离0.320 8~0.650 4,NJ树结果显示鸡蛋花与其混伪品均可准确区分。因此,应用ITS2条形码能够准确、有效地鉴别凉茶药材鸡蛋花及其混伪品,为鸡蛋花药材的鉴定提供了一种新的分子手段,为其使用安全提供了有力保障。     

DNA条形码在山药及其混伪品鉴定中的应用

目的通过对5种候选DNA条形码(nrITS,nrITS2,matK,rbcL和trnH-psbA)的筛选找到适合鉴定中国药典山药及其混伪品的DNA序列。方法采用DNA条形码技术,对收集到的山药及其混伪品进行DNA提取,片段扩增和测序。将所得序列在NCBI数据库进行Blast在线比对,确定收到样品集物种正确,用序列比对以及建立系统发育树的方法对山药及其混伪品进行区分。结果通过其成功的扩增和测序,利用DNA序列高种间变异性构建系统发育树,成果鉴定了7个物种样本中5个物种(包括药典规定的山药物种)。结论 mat K序列最适合作为薯蓣科薯蓣属药用植物山药鉴定的候选DNA条形码。     

基于DNA条形码分子技术的海龙及其混伪品鉴定研究

目的:基于DNA条形码分子技术对动物药海龙及其混伪品进行鉴别,建立一种统一的海龙鉴定技术手段。方法:对收集到的动物药海龙及其混伪品进行DNA提取、PCR扩增和双向测序检测,运用Codon Code Aligner进行序列拼接,采用MEGA 7.0软件进行序列比对分析,比较种内、种间序列差异,构建动物药海龙及其混伪品的系统发育树。结果:所有海龙药材及其混伪品均可以使用中药材DNA条形码分子鉴定技术进行鉴别,共得到7个物种129条序列,各物种之间序列区分明显。结论:中药材DNA条形码鉴定技术能够准确有效地鉴别动物药海龙及其混伪品,可以作为海龙类中药的统一鉴定方法,为海龙的临床用药安全提供了新的分子技术手段。     

三斑海马及其混伪品的DNA条形码分子鉴定研究

目的 建立三斑海马Hippocampus trimaculatus的COI、16 S rRNA和ATP6的条形码序列数据库,应用DNA条形码技术从分子水平快速准确鉴定三斑海马和其他正伪品海马,探讨海马属药材鉴定的新方法。方法 提取三斑海马药材的基因组DNA,PCR扩增COI、16 S rRNA和ATP6的序列并进行双向测序,所得序列采用软件Codon Code Aligner V4.2对测序峰图进行校对拼接,应用ClustalX软件进行序列比对,MAGA5.0软件计算三斑海马的种内种间遗传距离(Kimura2-Parameter,K2P),构建邻接树(Neighbor-joingtree,NJTree)聚类分析不同品种海马药材的鉴定结果。结果 获得的三斑海马线粒体COI、16 S rRNA、ATP6序列长度分别649、572、603～605 bp,其中3个条形码序列的种内变异位点碱基数分别为8、4和15,种内的变异率较小,COI、16 S r RNA、ATP6序列的平均种内K2P遗传距离0.002、0.001和0.006,均远小于三斑海马的种间K2P距离;NJ树结果显示三斑海马与其他海马均可明显区分,具有良好的单系性。结论 COI、16 S r RNA、ATP6序列作为条形码均可以鉴定三斑海马及其他混伪品海马药材,为动物类药材及其混伪品和近源物种的分子鉴定提供依据,为对保障海马临床用药安全提供了新的技术手段。     

基于psbA-trnH序列的芦根及其混伪品DNA条形码鉴定

目的:应用psb A-trnH序列对芦根及其混伪品进行鉴定研究,为该药材的临床用药安全和市场监管等方面提供参考。方法:对芦根及其基原物种进行DNA提取、PCR扩增psb A-trnH序列、双向测序,结合Gen Bank下载序列,对序列进行比对、计算遗传距离、构建NJ系统聚类树。结果:芦根psb A-trnH序列长度为482～483 bp,种内有2个变异位点,有2种单倍型,G+C含量为37. 7%～37. 8%。芦根psb A-trnH序列种内遗传距离为0～0. 004 2,芦根与其混伪品的种间遗传距离为0. 008 3～0. 036 1,大于芦根种内最大遗传距离。基于psb A-trnH序列构建的NJ聚类树显示,芦根样品单独聚为一支,其混伪品各自聚为一支。结论:应用psb A-trnH序列可以鉴别芦根及其混伪品。     

柴胡及其伪品的DNA条形码鉴定研究

目的鉴定河北中药材市场柴胡的真伪。方法对从河北中药材市场采购的28份柴胡药材的ITS2序列进行PCR扩增,同时从Gen Bank下载7个样本序列。采用Codon Code Aligner软件进行序列拼接,采用软件MEGA 6.0分析比对,计算其种间、种内的K2P距离以及各序列的变异位点并进行聚类分析。结果 28份样品中有21份为柴胡,3份为黑柴胡,4份为伪品。结论 ITS2序列能够作为柴胡药材鉴别的有效方法之一,对药材市场的规范和临床用药安全具有重要意义。     

中药材蜈蚣及其混伪品DNA条形码鉴别研究

利用DNA条形码技术对蜈蚣药材进行鉴别,为蜈蚣药材鉴定提供新的方法。该研究以COI条形码序列为基础,对蜈蚣实验样品进行DNA提取,PCR扩增和双向测序,用MEGA6.0软件对所有5个物种的50份样品进行序列比对和邻接（NJ）树构建。结果显示实验样品均可以获得COI序列,蜈蚣药材与其混伪品COI序列种间平均K2P距离为0.222,种间最小K2P 距离为0.190,基于COI序列构建的邻接（NJ）树中少棘巨蜈蚣单独聚在一枝,与其混伪品可以相互区分。因此基于COI条形码序列可以准确鉴定蜈蚣及其混伪品。     

基于COI条形码的麝香及其混伪品的DNA分子鉴定

目的：利用COI序列对麝香及其常见混伪品进行DNA条形码鉴别,研究鉴定麝香的新方法。方法：对麝香及其混伪品共7种12份样品的COI条形码序列进行研究,分析药材正品来源的种内变异,与混伪品的种间变异,以及NJ树的聚类情况。结果：麝香种内COI序列变异很小,种间存在较多的变异位点,种间的遗传距离显著大于种内的遗传距离。由所构建的系统聚类树可以看出,麝香的正品聚在一起,支持率较高,且各物种又形成相对独立的枝,与其混伪品能够很明显区分开。结论：运用COI条形码序列能够准确鉴定麝香的正品来源及其混伪品,本研究为麝香的鉴别提供了新方法,在其他动物药品种鉴定中也具有一定的参考价值。     

紫苏子及其混伪品的DNA条形码(ITS2)鉴定

目的利用ITS2序列对紫苏子及其混伪品进行快速、有效地鉴定,以确保药品质量和临床用药安全。方法以紫苏子及其常见混伪品为研究对象,从GenBank中下载紫苏子及其混伪品的ITS2序列,利用软件MEGA6.06对ITS2序列的长度、GC含量等分析比对,基于K2P模型计算遗传距离,应用Schultz等建立的ITS2数据库及其网站预测其ITS2二级结构,通过中药材DNA条形码鉴定系统和构建邻接树(NJ树)法对紫苏子及其混伪品进行鉴定。结果紫苏子及其混伪品ITS2序列间存在明显差异,种内遗传距离远远小于种间遗传距离。比较ITS2二级结构发现,紫苏子及其混伪品在4个螺旋区的茎环数目、大小、位置以及螺旋发出时的角度均有明显差异,很容易区分紫苏子及其混伪品。结论 DNA条形码的ITS2序列为紫苏子及其混伪品的快速、准确鉴定提供了新的分子鉴定方法,利于确保药品质量和临床用药安全。     

蛤蚧及其伪品微型DNA条形码的引物筛选

文章旨在筛选出适合于扩增蛤蚧及伪品微型DNA条形码引物。通过引物设计软件,经过多序列比对,设计了两对引物mini-barcode F2,mini-barcode R2;mini-barcode F3,mini-barcode R3,并用这两对引物和目前已报道的微型条形码引物PCR扩增蛤蚧及伪品61个样本,结果表明mini-barcode F2,mini-barcode R2和mini-barcode F3,mini-barcode R3这两对引物的PCR扩增成功率分别为100%和90%,而目前已报道的微型条形码引物PCR扩增蛤蚧及其伪品得到了长度约500 bp非微型条形码序列片段。因此目前已报道的微型条形码引物不适用于扩增蛤蚧及伪品,该研究筛选出了适合于蛤蚧及伪品的微型条形码引物。     

基于COI条形码序列的龟甲及其混伪品的DNA分子鉴定

目的:用准确、简便的鉴定方法鉴别中药材龟甲及其混伪品,以保正药材的质量及其临床疗效.方法:对龟甲及其混伪品的原动物COI序列进行研究,利用MEGA 4.0等软件进行遗传距离等分析,并构建乌龟及其混伪品的NJ树.结果:乌龟种内COI序列变异很小,种间存在较多的变异位点,种间的遗传距离显著大于种内的遗传距离.由所构建的系统聚类树图可以看出,同一物种的不同样品能聚在一起,支持率较高,且与其混伪品能够很明显地区分开.结论:基于COI序列的DNA条形码技术可以很好的鉴定龟甲的正品来源及其混伪品,为该药材的准确鉴定提供了有效的分子遗传标记方法,具有一定的参考价值.     

基于COI条形码序列的鹿茸及其混伪品的DNA分子鉴定

目的:利用COI序列对鹿茸及其混伪品进行DNA条形码鉴别,考察其可行性.方法:对鹿茸及其混伪品源自动物鹿科4属7种共14份样品的COI条形码序列进行研究,分析药材正品来源的种内变异,与混伪品的种间变异,以及系统树中物种的聚类情况.结果:梅花鹿和马鹿COI序列种内变异较小,混伪品的种间序列差异较大,种间最小K-2P距离远大于梅花鹿和马鹿种内最大K-2P距离.由所构建的系统聚类树可以看出,同属聚在一起,且各物种又形成相对独立的支,支持率较高.基于COI序列的NJ树能够明显地看出,鹿茸与其混伪品能够明确地区分开.结论:运用COI条形码序列能够准确鉴定鹿茸的基源动物及其混伪品,本研究为鹿茸的鉴别提供了新的可行性方法.