基于网络药理学分析疏肝健脾解毒方抗乳腺癌潜在靶点和作用机制

目的:通过网络药理学预测疏肝健脾解毒方治疗乳腺癌的作用靶点及信号通路,利用分子对接验证靶点和有效物质间相互作用,探讨该组方潜在的作用机制.方法:挖掘基因表达数据库(GEO)中的基因表达谱(GSE83591)数据获取乳腺癌差异表达基因;通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选疏肝健脾解毒方中郁金、柴胡、茯苓、白术、白花蛇舌草、半枝莲、蒲公英的活性成分,筛选条件为:口服生物利用度(OB)≥30％,类药性(DL)≥0.18.基于TCMSP数据库获取疏肝健脾解毒方的活性成分及其对应靶点,再将药物与疾病靶点进行取交集且可视化构图.利用Cytoscape进行药物-疾病靶点基因所编码蛋白质相互作用(PPI)网络的构建,并对其进行网络拓扑分析.利用R语言对药物-疾病靶点基因进行GO和KEGG Pathway富集分析.以180≤NW≤500,OB≥30％,DL≥0.18为筛选条件,筛选疏肝健脾解毒方中的791种成分,并与有靶点蛋白的活性成分进行交叉对比,筛选出重合物质进行分子对接.结果:筛选出活性成分82个,获得对应靶点239个,构建药物-疾病靶点网络图,PPI网络通过拓扑分析共筛选出21个关键基因.疏肝健脾解毒方抗乳腺癌与β2肾上腺素能受体、原癌基因c-Fos、肝细胞生长因子受体等有关,疏肝健脾解毒方抗乳腺癌的生物过程与对活性氧的反应、氧化应激反应有关,疏肝健脾解毒方主要通过调节放松信号通路、IL-17信号通路、乙型肝炎信号通路、糖尿病并发症中的年龄-年龄信号通路、类风湿性关节炎信号通路、安非他明成瘾信号通路等发挥抗乳腺癌的作用.beta-sitosterol(β-谷甾醇),Stigmasterol(豆甾醇),Cubebin(荜澄茄素),3β-acetoxyatractylone(3β-乙酰氧基苍术碱)可能作用于ADRB2基因;beta-sitosterol(β-谷甾醇)可能作用于JUN基因;luteolin(木犀草素),quercetin(槲皮素)可能作用于MMP9基因;beta-sitosterol(β-谷甾醇)可能作用于PRKCA基因;quercetin(槲皮素),kaempferol(山奈酚)可能作用于STAT1基因;quercetin(槲皮素)可能作用于BIRC5基因.结论:本研究采用网络药理学,分子对接技术分析了疏肝健脾解毒方抗乳腺癌的潜在作用机制,为进一步治疗乳腺癌的作用靶点及药效基础物质提供了有效的参考.     

基于网络药理学探讨丹参饮治疗冠心病的作用机制

目的:采用网络药理学方法解析丹参饮治疗冠心病的药理机制。方法:使用中药系统药理学分析平台(TCMSP),检索丹参、檀香、砂仁3味中药的有效成分和作用靶点。使用DisGeNET数据库检索冠心病靶基因。利用Cytoscape软件构建丹参饮化合物-冠心病靶点网络和靶点-通路网络。通过DAVID数据库进行生物功能和信号通路富集分析,预测丹参饮治疗冠心病的作用机制。结果:通过数据库筛选出丹参饮活性成分76个,相应靶基因156个,冠心病靶基因912个,丹参饮治疗冠心病靶点53个,核心作用靶点16个,相互作用节点96个,相互作用关系边838条,涉及生物过程84个,分子功能23个,信号通路11条。结论:丹参饮可能通过多靶点、多信号通路协同治疗冠心病。     

基于网络药理学探讨丹参饮治疗心绞痛的作用机制

目的:运用网络药理学方法探究丹参饮治疗心绞痛的作用机制。方法:本研究通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP)筛选出丹参饮中丹参、檀香、砂仁的有效活性成分及其相关靶点蛋白,通过GeneCards数据库挖掘心绞痛的疾病靶点,将其与药物靶点蛋白取其交集,并将交集靶点运用Cytoscape 372构建活性成分-靶点-疾病网络图。运用STRING数据库对交集靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）I网络图,并进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果:共筛选出丹参饮的活性成分78个,靶点334个,心绞痛的靶点2 578个,其交集靶点93个,对应的活性成分59个。GO生物过程20条,包括肾上腺素能受体活性、G蛋白偶联胺受体活性、泛素样蛋白连接酶结合、细胞因子受体结合、酰胺结合等;KEGG相关信号通路,涉及HIF-1信号通路、IL-17信号通路、T细胞受体信号通路等。结论:本研究体现了丹参饮治疗心绞痛的作用机制,体现了中药多成分、多靶点、多途径的作用特点,为临床应用及药理学研究提供了思路和依据。     

基于网络药理学的柴胡疏肝散治疗失眠作用机制探讨

目的:通过网络药理学方法探讨柴胡疏肝散治疗失眠的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索柴胡疏肝散复方中7味中药有效成分和相关靶点;在GeneCard和OMIM数据库检索失眠的疾病靶点;运用Perl语言计算分析中药复方中药物与疾病之间的交集靶点,利用String在线网站构建复方与疾病之间的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;运用DAVID数据库对核心靶点蛋白进行基因本体(GO)分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,构建KEGG-PPI网络核心蛋白关系图。结果:根据筛选条件共得到柴胡疏肝散有效成分157个,相关作用靶点8488个。PPI网络显示,白细胞介素-6(IL-6)、蛋白激酶B1(Akt1)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、Fos、过氧化氢酶(CAT)等很可能为柴胡疏肝散治疗失眠的关键蛋白。GO功能富集分析结果显示,BP涉及1624条目,细胞功能(CC)涉及62条目,分子功能(MF)涉及97条目。KEGG富集结果显示,有103条通路与柴胡疏肝散治疗失眠相关,主要包括糖基化终产物及其受体(AGE-RAGE)信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、前列腺癌通路、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染通路、内分泌抵抗通路、多巴胺能突触、IL-17信号通路、催乳素信号通路等。结论:通过网络药理学初步阐明了柴胡疏肝散治疗失眠的作用机制,柴胡疏肝散是通过多成分-多靶点-多通路发挥治疗作用。     

基于网络药理学探讨肾衰饮治疗糖尿病肾病的作用机制

目的:根据网络药理学方法对肾衰饮治疗糖尿病肾病(DKD)的作用机制进行探讨.方法:利用中药分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)、中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对肾衰饮中有效成分进行筛选及靶点预测,检索GeneCards、TTD、DisGeNET数据库筛选DKD靶点,利用韦恩图在线平台筛选肾衰...     

基于网络药理学探讨丹参饮治疗胃癌前病变的作用机制

目的:利用网络药理学分析探讨丹参饮治疗胃癌前病变的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取丹参、砂仁、檀香的活性成分及靶点,通过GeneCards数据库获取胃癌前病变疾病基因,在与丹参饮靶点映射后获得交集靶点,利用Cytoscape 3.7.1软件构建“中药-有效成分-交集靶点-疾病”网络图,并分析该网络;通过STRING数据库结合Cytoscape 3.7.1软件构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络;将交集靶点导入至DAVID(2021 Update)数据库,进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:预测获得丹参饮治疗胃癌前病变的有效活性成分76个,67个交集靶点。蛋白质-蛋白质相互作用分析得到18个核心靶点。GO功能富集分析获得369项条目,KEGG富集在90条通路上。结论:丹参饮可能通过木犀草素、丹参酮ⅡA等有效成分调节磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信号通路、叉头框蛋白(FoxO)信号通路、缺氧诱导因子(Hypoxia Inducible Factor,HIF)-1α信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等,发挥抗炎、...     

基于网络药理学及分子对接探讨疏肝降脂片治疗乳腺癌相关血脂异常的作用机制

目的：运用网络药理学及分子对接探讨疏肝降脂片治疗乳腺癌相关血脂异常的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索疏肝降脂片所含药物的有效成分及作用靶点,采用GeneCards、DRUGBANK数据库筛选疾病靶点,使用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”网络,利用STRING平台构建核心靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,在Metascape平台针对核心靶点蛋白开展基因本体（GO）功能与京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,用AutoDock Vina软件进行活性成分与核心靶点的分子对接。结果：筛选药物有效活性成分104个及其潜在靶点288个,乳腺癌靶点6 302个,血脂异常靶点1 852个。药物活性成分主要有槲皮素、山柰酚、木樨草素、柚皮素、异鼠李素、黄柏酮,核心靶点主要有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1 (AKT1)、肿瘤坏死因子（TNF）、V-JUN肉瘤病毒17癌基因同源物（JUN）、信号传导转录激活因子3 (STAT3)、肿瘤蛋白P53 (TP53)、磷脂酰肌醇-3-激酶（PIK3CA）、白细胞介素-6 (IL-6...     

基于网络药理学探讨清化肠饮治疗溃疡性结肠炎作用机制

目的 采用网络药理学探讨清化肠饮治疗溃疡性结肠炎(UC)作用机制.方法 运用TCMSP数据库筛选清化肠饮的活性成分及其作用靶点;通过DisGeNET和GeneCards数据库筛选疾病作用靶点,与活性成分作用靶点相映射得到二者共同靶点;将共同靶点导入String数据库中构建靶点相互作用(PPI)网络图,根据相互作用关系大...     

基于网络药理学探讨黄芩苷治疗转移性乳腺癌的作用机制

目的 采用网络药理学的方法探讨黄芩苷治疗转移性乳腺癌的作用机制。方法 运用中药系统药理学分析平台（TCMSP）搜索获取黄芩苷的药代动力学（ADME）等数据,用Pharmmapper数据库预测黄芩苷的作用靶点;运用GeneCards数据库搜索获取转移性乳腺癌疾病靶点;运用Venny 2.1.0在线工具,获取黄芩苷与转移性乳腺癌的共同靶点,再用String数据库构建互作网络（PPI网络）并分析,获取核心靶点;最后运用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析,获得生物学过程及核心作用通路。结果 获取黄芩苷的作用靶点399个,转移性乳腺癌的疾病靶点3 188个,药物和疾病共同靶点206个;String数据库PPI网络分析得到核心靶点62个,包含MAPK1、AKT1、PIK3R1、HSP90AA1、SRC、Bcl-2等;GO富集分析得到134个生物过程（BP）、51个分子功能（MF）、24个细胞成分（CC）,主要涉及信号转导、凋亡过程的负调控、炎症反应、蛋白磷酸化、细胞增殖、细胞迁移、MAPK级联、血管生成等生物学进程;KEGG通路分析得到信号通路88条,包括癌症的途径、PI3K/Akt信号通...     

基于网络药理学研究金铃子散治疗乳腺癌作用机制

目的:运用网络药理学对金铃子散治疗乳腺癌(BC)的机理进行数据挖掘和分析.方法:通过TCMSP数据库选出金铃子散活性成分的对应靶点,与GeneCards网站选取的乳腺癌靶点取交集后获得潜在靶标基因.应用Cytoscape软件构建金铃子散-活性成分-靶点-乳腺癌可视化网络图;应用STRING在线软件展示蛋白-蛋白间的相互...     

基于网络药理学探讨京大戟抗乳腺癌的作用机制

目的:运用网络药理学的方法分析京大戟治疗乳腺癌的潜在作用机制.方法:通过运用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine System Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)检索获取京大戟的化合物成分及相关靶点,使...     

基于网络药理学探讨健脾养正消癥方治疗胃癌的作用机制

目的 采用网络药理学方法研究全国名中医刘沈林创制的健脾养正消癥方治疗胃癌的作用机制。方法 应用TCMSP数据库获取健脾养正消癥方中所有中药的有效成分,筛选后获得相关靶点。采用GeneCards和OMIM数据库获得胃癌的相关靶点,并获得药物和疾病的共同靶点,使用Cytoscape软件构建有效成分-靶点调控网络,使用String数据库绘制蛋白互作网络,进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果 健脾养正消癥方12味中药有效成分152个、相关靶点276个,胃癌疾病靶点1 904个,两者共同靶点135个(AKT1、IL6、CASP3、VEGFA、MAPK3等),涉及有效成分118个,如槲皮素、山柰酚、β-谷固醇、木犀草素、豆甾醇等。GO功能富集在泛素样蛋白连接酶结合、激酶调节剂活性、磷酸酶结合等。KEGG通路富集在PI3K-Akt信号通路、细胞衰老、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药、铂类药物耐药等。结论 健脾养正消癥方通过多成分、多靶点、多通路发挥抗胃癌作用,为进一步深入研究和开发奠定了基础。     

疏肝健脾饮治疗慢性胃炎76例

目的:观察和分析疏肝健脾饮治疗慢性胃炎的临床疗效。方法:选择我院中医内科门诊自2015年10月-2016年10月收治的152例慢性胃炎患者作为研究对象,将其随机分成对照组和研究组,每组76例,对照组采用常规西药治疗,研究组采用疏肝健脾饮治疗,对比两组患者治疗的总有效率、治疗期间不良反应发生率及停药后病症复发率。结果:研究组患者治疗的总有效率明显高于对照组,研究组患者治疗期间不良反应发生率及停药后病症复发率明显低于对照组,两组对比差异显著,具有统计学意义(P0.05),且在76例研究组患者中,47例服用1个疗程临床症状明显减轻,29例服用2个疗程自感病情明显好转,一般需服药3~4个疗程。76例临床痊愈58例,好转16例,总有效率100%。结论:对慢性胃炎患者采用疏肝健脾饮治疗,不仅能有效提高患者疾病的治愈率和降低其停药后并发症的复发率,并且其对患者机体造成的不良反应较小,因此,其是一种安全、高效的中药治疗方案。     

基于网络药理学探讨金柴饮治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的 运用网络药理学方法研究金柴饮治疗新冠肺炎的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库(TCMSP)、SwissTarget Prediction平台、GeneCards、OMIM等疾病靶点数据库,得到金柴饮治疗新冠肺炎的作用靶点.借助String数据库和Cytoscape3.8.0软件构建蛋白质相互作用网络(PPI...     

基于网络药理学的阳和化岩汤治疗乳腺癌作用机制探讨

目的:通过网络药理学方法探讨阳和化岩汤治疗乳腺癌的作用机理。方法:运用中药成分数据库TCMID、中药系统药理学数据库和分析平台TCMSP、知网CNKI获取阳和化岩汤的药物主要成分及作用靶标基因,于DRUGBANK数据库中获取乳腺癌疾病相对应的靶标基因,获取两者相交集靶基因,运用网络可视化软件STRING构建蛋白质间相互作用网络,并将结果进行网络可视化展示,通过网络结构和节点间加权重联系的计算分析算法筛选出重要的关键基因。借助DAVID在线工具进行疾病药物交集靶基因的基因本体论(GO)分析和KEGG通路富集分析。最后利用Cytoscape软件构建阳和化岩汤治疗乳腺癌的"化合物—靶点—通路"网络图。结果:阳和化岩汤靶标基因与乳腺癌疾病靶标基因的交集基因有524个。GO分析结果显示,生物功能包括细胞表面受体连接的信号转导,G蛋白偶联受体蛋白信号通路,细胞内信号级联,第二信使介导的信号,调节细胞增殖维持稳态等,交集靶基因的细胞功能主要在于作用于细胞膜、细胞质及细胞外间隙等。交集靶基因的分子功能主要是相同蛋白结合、肽结合、蛋白质二聚化活性、趋化因子受体结合等。信号通路富集结果显示,阳和化岩汤与乳腺癌交集靶基因的网络主要涉及细胞因子—细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路、PI3K/Akt信号通路、T细胞受体信号通路、VEGF信号通路、Erb B信号通路等。结论:阳和化岩汤治疗乳腺癌是多靶点、多通路共同作用的过程,其机制多与调节肿瘤细胞增殖与凋亡通路相关。     

基于网络药理学探讨散结消瘤方治疗乳腺癌的作用机制

目的：基于网络药理学方法探究散结消瘤方治疗乳腺癌的主要作用靶标和主要通路。方法：通过TCMSP平台检索散结消瘤方的活性成分及其对应靶标。利用UniProt和GeneCards数据库获得潜在靶标基因。使用Cytoscape 3.9.0软件构建散结消瘤方的“成分-靶标”网络。使用Bioinformatics平台将药物靶蛋白和疾病靶点相映射,并绘制Venny图。结合STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。利用Database for Annotation、DAVID生物信息资源数据库对散结消瘤方的作用靶标进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果：获得散结消瘤方主要活性成分196种,包括β-谷甾醇、木犀草素、甘草查尔酮及槲皮素等,其中与乳腺癌相关的作用靶标有112个,包括肿瘤蛋白P53、雌激素受体1、丝氨酸特异性蛋白激酶1、原癌基因、氨基端激酶等。涉及的生物过程为激素应答、无机物反应等;细胞组分为激酶结合、蛋白质激酶结合等;分子功能为转录调节复合物、膜筏等。主要涉及癌症途径、脂质和动脉粥样硬化、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白...     

基于网络药理学探讨王灿辉教授健脾益胃汤的作用机制

目的 基于网络数据库研究王灿辉教授自拟健脾益胃汤治疗慢性萎缩性胃炎的潜在作用机制。方法 检索TCMSP数据库、PubChem数据库、SwissTarget Prediction平台获得健脾益胃汤的作用靶点。检索OMIM、Gene cards数据库,获得慢性萎缩性胃炎的疾病靶点。使用Cytoscape软件构建“药物-化学成分-潜在作用靶点”网络。利用String数据库、Cytoscape软件进行潜在靶点的蛋白互作网络分析,得到主要靶点。通过Metascape平台,对主要靶点进行富集分析。结果 通过检索筛选得到63个主要化学成分,共涉及109个潜在作用靶点,靶点类型25种(包含各种酶、蛋白、受体、离子通道、转录因子等)。对其中主要的45个靶点进行富集分析发现,健脾益胃汤主要通过参与癌症通路、癌症中的蛋白多糖通路、肿瘤坏死因子信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制剂抵抗、AGE-RAGE信号通路、光动力疗法诱导NF-kB存活信号转导、光动力疗法诱导AP-1存活信号、RANKL/RANK(NFKB(配体)受体激活剂)信号通路、氧化应激反应、凋亡信号通路、白细胞分化、炎症反应的调节、对氧气水平的反应、...     

疏肝健脾饮治疗小儿厌食症的临床研究

笔者根据小儿生理病理特点,目拟疏肝健脾饮治疗本病,收到了满意的效果。现将临床疗效报道如下。亚临床资料1．1病例选择：诊断依据',长期食欲不振,而无其他疾病者;面色少华,但精神尚好;无腹膨;有喂养不当史。排除标准：因各种急慢性疾病及药物所致的厌食。1．2一般资料：符合诊断标准的79例均为门诊病例。其中男42例,女37例,年龄最小1岁,最大9岁,平均4．72士2．11岁。病程最短2月,最长2年半。1．3治疗方法及观察指标：79例随机分为治疗组44例,对照组35例。治疗组用疏肝健脾饮：佛手10h、白芍12h、山植12h、鸡内金15h、麦芽20…     

基于网络药理学和体外实验探讨健脾疏肝清化方治疗非酒精性脂肪性肝病的机制

目的：运用网络药理学和体外实验寻找健脾疏肝清化方的主要活性成分及其潜在作用靶点和通路,初步探讨其治疗非酒精性脂肪性肝病（NAFLD） 的机制。方法：在TCMSP数据库中筛选健脾疏肝清化方中中药的主要成分和靶点,同时在GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选NAFLD相关靶点,两者取交集后得到健脾疏肝清化方治疗NAFLD的潜在靶点,并通过Cytoscape绘制网络图;String数据库获得蛋白交互作用网络网,利用Cytoscape寻找核心基因;同时运用R语言clusterProfiler包进行GO、KEGG富集分析;利用AutoDock Tools进行分子对接模拟靶点蛋白与活性成分的相互作用;运用棕榈酸、油酸构建AML12脂肪变性细胞模型,通过细胞油红O 染色、细胞内甘油三脂（TG） 测定以及核心靶点的mRNA 相对水平验证健脾疏肝清化方治疗NAFLD的疗效及机制。结果：①11种中药通过口服利用度（OB） 和类药性（DL） 筛选后,有效活性成分共210种,其中槲皮素、山柰酚、木犀草素、异鼠李亭、β-谷甾醇及柚皮素为主要活性成分;②健脾疏肝清化方治疗NAFLD的潜在靶点有119个,其中TNF、AKT1、IL-6、IL-1β、PPARG、TP53为核心靶点;③GO分析显示活性氧代谢过程的调节（GO： 2000377）、对脂多糖的反应（GO： 0032496）、活性氧代谢过程（GO：0072593）、对细菌来源分子的反应（GO：0002237）、对药物的反应（GO：0042493） 起关键作用;KEGG富集分析显示肿瘤坏死因子信号通路、NAFLD、Toll样受体通路、胰岛素抵抗通路等通路可能在治疗中起关键作用;④分子对接显示槲皮素和IL-1β的结合较好。⑤体外细胞实验表明,健脾疏肝清化方可以降低肝细胞油红O红染（脂滴） 面积以及细胞内TG水平,同时RT-qPCR表明健脾疏肝清化方能够调控核心靶点的表达。结论：基于网络药理学和体外实验,健脾疏肝清化方治疗NAFLD可能是槲皮素、山柰酚、木犀草素作用于TNF、AKT1、IL-6、IL-1β、PPARG、TP53等靶点,通过TNF信号通路、Toll样受体通路、胰岛素抵抗通路发挥作用,是多组分、多靶点、多通路相互交互的结果。