基于网络药理学的阳和化岩汤治疗乳腺癌作用机制探讨

目的:通过网络药理学方法探讨阳和化岩汤治疗乳腺癌的作用机理。方法:运用中药成分数据库TCMID、中药系统药理学数据库和分析平台TCMSP、知网CNKI获取阳和化岩汤的药物主要成分及作用靶标基因,于DRUGBANK数据库中获取乳腺癌疾病相对应的靶标基因,获取两者相交集靶基因,运用网络可视化软件STRING构建蛋白质间相互作用网络,并将结果进行网络可视化展示,通过网络结构和节点间加权重联系的计算分析算法筛选出重要的关键基因。借助DAVID在线工具进行疾病药物交集靶基因的基因本体论(GO)分析和KEGG通路富集分析。最后利用Cytoscape软件构建阳和化岩汤治疗乳腺癌的"化合物—靶点—通路"网络图。结果:阳和化岩汤靶标基因与乳腺癌疾病靶标基因的交集基因有524个。GO分析结果显示,生物功能包括细胞表面受体连接的信号转导,G蛋白偶联受体蛋白信号通路,细胞内信号级联,第二信使介导的信号,调节细胞增殖维持稳态等,交集靶基因的细胞功能主要在于作用于细胞膜、细胞质及细胞外间隙等。交集靶基因的分子功能主要是相同蛋白结合、肽结合、蛋白质二聚化活性、趋化因子受体结合等。信号通路富集结果显示,阳和化岩汤与乳腺癌交集靶基因的网络主要涉及细胞因子—细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路、PI3K/Akt信号通路、T细胞受体信号通路、VEGF信号通路、Erb B信号通路等。结论:阳和化岩汤治疗乳腺癌是多靶点、多通路共同作用的过程,其机制多与调节肿瘤细胞增殖与凋亡通路相关。     

基于网络药理学分析疏肝健脾解毒方抗乳腺癌潜在靶点和作用机制

目的:通过网络药理学预测疏肝健脾解毒方治疗乳腺癌的作用靶点及信号通路,利用分子对接验证靶点和有效物质间相互作用,探讨该组方潜在的作用机制.方法:挖掘基因表达数据库(GEO)中的基因表达谱(GSE83591)数据获取乳腺癌差异表达基因;通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选疏肝健脾解毒方中郁金、柴胡、茯苓、白术、白花蛇舌草、半枝莲、蒲公英的活性成分,筛选条件为:口服生物利用度(OB)≥30％,类药性(DL)≥0.18.基于TCMSP数据库获取疏肝健脾解毒方的活性成分及其对应靶点,再将药物与疾病靶点进行取交集且可视化构图.利用Cytoscape进行药物-疾病靶点基因所编码蛋白质相互作用(PPI)网络的构建,并对其进行网络拓扑分析.利用R语言对药物-疾病靶点基因进行GO和KEGG Pathway富集分析.以180≤NW≤500,OB≥30％,DL≥0.18为筛选条件,筛选疏肝健脾解毒方中的791种成分,并与有靶点蛋白的活性成分进行交叉对比,筛选出重合物质进行分子对接.结果:筛选出活性成分82个,获得对应靶点239个,构建药物-疾病靶点网络图,PPI网络通过拓扑分析共筛选出21个关键基因.疏肝健脾解毒方抗乳腺癌与β2肾上腺素能受体、原癌基因c-Fos、肝细胞生长因子受体等有关,疏肝健脾解毒方抗乳腺癌的生物过程与对活性氧的反应、氧化应激反应有关,疏肝健脾解毒方主要通过调节放松信号通路、IL-17信号通路、乙型肝炎信号通路、糖尿病并发症中的年龄-年龄信号通路、类风湿性关节炎信号通路、安非他明成瘾信号通路等发挥抗乳腺癌的作用.beta-sitosterol(β-谷甾醇),Stigmasterol(豆甾醇),Cubebin(荜澄茄素),3β-acetoxyatractylone(3β-乙酰氧基苍术碱)可能作用于ADRB2基因;beta-sitosterol(β-谷甾醇)可能作用于JUN基因;luteolin(木犀草素),quercetin(槲皮素)可能作用于MMP9基因;beta-sitosterol(β-谷甾醇)可能作用于PRKCA基因;quercetin(槲皮素),kaempferol(山奈酚)可能作用于STAT1基因;quercetin(槲皮素)可能作用于BIRC5基因.结论:本研究采用网络药理学,分子对接技术分析了疏肝健脾解毒方抗乳腺癌的潜在作用机制,为进一步治疗乳腺癌的作用靶点及药效基础物质提供了有效的参考.     

基于网络药理学探讨三棱-莪术药对治疗子宫内膜异位症的作用机制

目的:采用网络药理学的方法预测三棱-莪术药对治疗子宫内膜异位症（EMT）的主要活性成分、靶点及信号通路,探讨其作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索三棱-莪术药对的中药化学成分,以口服生物利用度（OB）≥30%、类药性（DL）≥0.18为阈值筛选潜在的活性化合物;通过TCMSP查询活性化合物对应的靶标;运用GeneCards和人类孟德尔遗传数据库（OMIM)预测疾病靶点;利用韦恩图找到活性成分靶点和疾病靶点的交集靶点;使用Cytoscape 3.7.2软件构建疾病-药物-有效成分-靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;采用String在线数据库和Cytoscape软件绘制交集靶点PPI网络;最后借助R软件和Bioconductor生物信息软件包进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,并使用Cytoscape软件绘制靶点-信号通路网络图。结果:筛选得到三棱-莪术活性成分8个,对应靶点77个,EMT相关靶点1 600个,交集靶点34个。GO功能富集分析结果显示三棱-莪术药对可影响1 054个生物学过程、22个细胞组分和65个分子功能。KEGG通路富集分析得到91条通路,三棱-莪术药对治疗EMT主要与雌激素信号通路、IL-17信号通路、AGE-RAGE信号通路、甲状腺激素信号通路、P53信号通路等有关。结论:三棱-莪术药对治疗EMs具有多靶点、多途径、多通路的特点。     

基于网络药理学探讨丹参饮治疗胃癌前病变的作用机制

目的:利用网络药理学分析探讨丹参饮治疗胃癌前病变的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取丹参、砂仁、檀香的活性成分及靶点,通过GeneCards数据库获取胃癌前病变疾病基因,在与丹参饮靶点映射后获得交集靶点,利用Cytoscape 3.7.1软件构建“中药-有效成分-交集靶点-疾病”网络图,并分析该网络;通过STRING数据库结合Cytoscape 3.7.1软件构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络;将交集靶点导入至DAVID(2021 Update)数据库,进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:预测获得丹参饮治疗胃癌前病变的有效活性成分76个,67个交集靶点。蛋白质-蛋白质相互作用分析得到18个核心靶点。GO功能富集分析获得369项条目,KEGG富集在90条通路上。结论:丹参饮可能通过木犀草素、丹参酮ⅡA等有效成分调节磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信号通路、叉头框蛋白(FoxO)信号通路、缺氧诱导因子(Hypoxia Inducible Factor,HIF)-1α信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等,发挥抗炎、...     

基于网络药理学探讨柴胡对4种分子分型乳腺癌的治疗机制

目的：基于网络药理学探究柴胡对4种分子分型乳腺癌的治疗机制。方法：应用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医药综合数据库（TCMID）,获取柴胡的药物靶标,应用GeneCards和人类孟德尔遗传数据库（OMIM）获取4种分子分型乳腺癌的疾病靶标,将二者靶标进行网络分析,应用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,通过Cytoscape软件统计靶标的关联频次。应用R语言软件对公共交集及非公共交集靶标进行基因本体（GO）富集分析。应用DAVID平台对公共交集及非公共交集靶标进行京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析,通过Cytoscape软件将结果制成网络图。结果：交集的靶标共101个,其分子功能主要包括：RNA聚合酶Ⅱ转录因子结合、泛素-蛋白质连接酶结合、激酶调节活性等。其参与通路主要包括：MAPK信号通路、P53信号通路、VEGF信号通路等。结论：柴胡治疗4种分子分型乳腺癌是多靶标、多信号通路共同作用的过程。对于4种分子分型乳腺癌,其机制多与调节肿瘤细胞的增殖、凋亡、转移相关。     

基于网络药理学和分子对接研究红花治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接的方法研究红花治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法:通过查阅文献和数据库获取红花的有效药物成分,利用数据库预测红花的成分靶点与AD的靶点,并对红花靶标基因进行标准化。运用Cytoscape 3.7.2软件构建“红花-成分-靶点”网络,利用红花的靶标基因与AD的靶标基因的交集基因构建蛋白相互作用(PPI)网络。通过DAVID数据库进行GO分析和KEGG富集分析,最后利用Ledock软件对关键成分与核心靶点进行分子对接。结果:获得21种红花有效成分和391个作用靶点,AD的疾病靶点535个,其中红花与AD的共同作用靶点有94个。共得到535个GO分析,43个KEGG通路,主要涉及阿尔茨海默病信号通路、ErbB信号通路、5-羟色胺能突触、癌症中的蛋白多糖等;分子对接结果显示,核心成分与关键靶点具有良好的结合能力。结论:红花治疗由微循环障碍引起的AD的潜在作用机制,且具有多成分、多靶点、多通路的特点。     

基于网络药理学探讨薏苡仁-苍术“异病同治”类风湿关节炎和痛风性关节炎作用机制

目的 通过网络药理学方法探讨薏苡仁-苍术“异病同治”类风湿关节炎（RA）和痛风性关节炎（GA）的作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选薏苡仁-苍术的主要活性成分和作用靶点,利用UniProt数据库进行靶点名称规范及转化,通过GeneCards和OMIM数据库搜集RA和GA相关疾病靶点,将疾病靶点与药物靶点取交集,利用Cytoscape3.7.1软件构建药物-活性成分-靶点网络,通过STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用网络;运用Rx4.0.5软件进行GO功能和KEGG通路富集分析,并借助Cytoscape3.7.1构建中药成分-靶点-通路网络。结果 筛选后得到薏苡仁-苍术活性成分10个,作用靶点70个;RA、GA疾病靶点分别为4 763个、1 572个,疾病和药物交集靶点24个。GO富集分析得到生物过程1 238条,细胞组分9条,分子功能38条;KEGG通路富集分析得到123条通路,与RA及GA相关且排序较靠前的通路有AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、Toll样受体信号通路及TNF信号通路等,主要与炎症反应、免疫调节和抗氧化等相关。结论 薏苡仁-苍术治疗RA和GA具...     

基于网络药理学探讨丹参饮治疗心绞痛的作用机制

目的:运用网络药理学方法探究丹参饮治疗心绞痛的作用机制。方法:本研究通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP)筛选出丹参饮中丹参、檀香、砂仁的有效活性成分及其相关靶点蛋白,通过GeneCards数据库挖掘心绞痛的疾病靶点,将其与药物靶点蛋白取其交集,并将交集靶点运用Cytoscape 372构建活性成分-靶点-疾病网络图。运用STRING数据库对交集靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）I网络图,并进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果:共筛选出丹参饮的活性成分78个,靶点334个,心绞痛的靶点2 578个,其交集靶点93个,对应的活性成分59个。GO生物过程20条,包括肾上腺素能受体活性、G蛋白偶联胺受体活性、泛素样蛋白连接酶结合、细胞因子受体结合、酰胺结合等;KEGG相关信号通路,涉及HIF-1信号通路、IL-17信号通路、T细胞受体信号通路等。结论:本研究体现了丹参饮治疗心绞痛的作用机制,体现了中药多成分、多靶点、多途径的作用特点,为临床应用及药理学研究提供了思路和依据。     

基于网络药理学研究消瘀泄浊饮治疗慢性肾功能衰竭的作用机制

目的：利用网络药理学方法研究消瘀泄浊饮治疗慢性肾功能衰竭（Chronic Renal Failure,CRF的分子机制。方法：采用TCMSP与化学专业数据库及文献收集消瘀泄浊饮的有效活性成分和作用靶点。在GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD数据库中获得CRF相关靶点,对消瘀泄浊饮药物靶点和CRF相关基因取交集。使用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物活性成分-CRF-靶点”网络,将交集靶点导入STRING数据库,构建蛋白质相互作用网络（PPI）,借助Metascape在线工具对关键靶点进行GO功能富集分析、KEGG通路富集分析,并用Autodock vina和Chimera-1.14软件对蛋白和活性成分进行分子对接。结果：通过筛选获得消瘀泄浊饮主要活性成分68个,249个靶点基因;CRF相关基因共1 533个;交集靶点101个。消瘀泄浊饮治疗CRF的关键靶点为黄芪、川牛膝、车前草的共同主要成分AKT1,IL-6,以及大黄、黄芪、桃仁、川牛膝、车前草的共同主要成分PTGS2等。KEGG富集分析筛选出包括HIF-1信号通路、PI3K/Akt信号通路、NF-κB信号...     

基于网络药理学探讨疏肝消脂方干预酒精性脂肪肝病的作用机制

目的:筛选疏肝消脂方主要活性成分,预测活性成分的作用靶点,探讨疏肝消脂方干预酒精性脂肪肝(AFLD)的多成分、多靶点、多通路作用机制。方法:检索BATMAN-TCM和TCMSP数据库,收集疏肝消脂方的活性成分及靶点。从GeneCards、OMIM等数据库收集AFLD的作用靶点,并与疏肝消脂方活性成分靶点取交集;用STRING数据库构建蛋白相互作用网络图(PPI);使用Cytoscape软件构建疏肝消脂方活性成分-靶点网络图,并利用CytoNCA插件对该网络进行拓扑属性分析,筛选出核心靶点。采用DAVID数据库对筛选到的核心靶点进行GO(基因本体)功能富集分析和KEGG(京都基因和基因组百科全书)信号通路富集分析,并通过R语言实现可视化分析。结果:疏肝消脂方筛选获得活性成分203种,对应靶点678个,AFLD相关靶点1 784个,交集靶点278个。核心靶点主要关联AFLD中的氧化应激、蛋白质结合、对脂多糖反应等生物过程,并且参与肿瘤坏死因子信号通路、脂质和动脉粥样硬化、MAPK信号通路等,以上生物过程和信号通路介导疏肝消脂方干预AFLD潜在作用机制。结论:疏肝消脂方通过MAPK等信号通路...     

桂枝-柴胡治疗慢性心衰伴抑郁的网络药理学研究

目的:运用网络药理学方法挖掘桂枝-柴胡治疗慢性心力衰竭(CHF)伴抑郁(MDD)的主要活性成分、靶点及信号通路,探究其潜在作用机制.方法:通过TCMSP数据库和相关文献检索桂枝-柴胡主要活性成分及其作用靶点,经BAT-MAN-TCM平台对预测靶点予以补充,构建药物靶点库;通过GeneCards、DisGeNET数据库分别获取CHF与抑郁相关靶标,二者取交集,建立疾病靶标库;利用R语言将药物靶点库与疾病靶标库取交集,构建Venn图;通过STRING数据库和Cytoscape 3.7.1软件及其内在插件构建化合物-靶标网络及PPI核心网络;最后利用DAVID数据库对核心网络靶点进行GO富集和KEGG通路注释分析.结果:筛选出桂枝-柴胡有27个活性成分,288个靶基因;筛选出CHF伴MDD相关靶基因882个,药物与疾病Venn图提取关键靶点83个,PPI核心网络构建筛选出12个关键基因;GO分析(P＜0.05且靶点基因富集度＞10％)得到19条生物过程,13条细胞组分表达过程,8个分子功能相关过程;KEGG分析(P＜0.05)显示72条信号通路,包括HIF-1信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路等.结论:桂枝-柴胡活性成分通过多成分、多靶点、多通路发挥CHF伴MDD的治疗作用.     

基于网络药理学及分子对接探讨杜仲叶防治骨质疏松的作用机制

目的：采用网络药理学-分子对接预测杜仲叶防治骨质疏松症的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）及SwissTargetPrediction分析平台对杜仲叶活性成分及作用靶点进行筛选,使用GeneCards、在线人类孟德尔遗传（OMIM）数据库、治疗靶点数据库（TTD）对骨质疏松症的对应靶标进行筛选,将中药靶基因与疾病靶基因相交集,将交集靶点导入Cytoscape软件构建成分靶点网络,使用STRING分析平台及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选核心靶点。对中药-疾病共同靶标进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）功能富集分析,得出中药-疾病共同靶标相关的信号通路,最后运用AutoDock与Pymol软件对预测靶标与其对应的成分进行分子对接。结果：筛选后得到杜仲叶治疗防治骨质疏松症的有效成分7个,杜仲叶-骨质疏松症共同靶标231个,并推断其作用机制可能与动脉粥样硬化信号通路的下游核因子κB信号通路,MAPK信号通路、TNF、PI3K-AKT、IL-17及HIF-1信号通路等有关,且MAPK1、STAT3、VEGFA、IL6、TP53、EGF、AKT1、JUN、MAPK8、EGFR、TNF基因可能起着关键的作用。结论：杜仲叶可能通过减轻氧化应激损伤、抑制破骨细胞形成、促进成骨细胞形成等作用发挥抗骨质疏松作用。     

基于网络药理学探讨玉屏风散治疗支气管哮喘的作用机制

目的:运用网络药理学筛选玉屏风散治疗支气管哮喘的作用靶标及信号通路,为临床治疗提供有力依据。方法:利用TCMSP筛选中药活性成分和有效成分靶点信息。利用Uniprot数据库和Excel找出有效成分靶点信息基因名。在Gene Cards、OMIM、Drugbank数据库搜集疾病相关靶标,采用Venny软件对中药靶点基因与疾病靶点基因取交集,得到Venny交集图。将各个中药靶点基因共同输入Cytoscape软件,得到中药-靶标调控网络。通过String软件构建中药-疾病共同靶标的蛋白互作网络。将中药-疾病共同靶点基因进行GO和KEGG功能富集分析,采用Cytoscape软件做出共同靶点通路。结果:筛选得到玉屏风散治疗支气管哮喘的主要活性成分17个,中药-疾病共同靶点基因114个,推断其作用机制可能与糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、癌症途径、IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路等相关,并且可能起到关键作用。结论:基于网络药理学探讨玉屏风散治疗支气管哮喘的作用机制,有利于临床治疗。     

基于网络药理学探讨白芍治疗慢性萎缩性胃炎的分子机制研究

目的：采用网络药理学方法,对白芍治疗慢性萎缩性胃炎（Chronic Atrophic Gastritis, CAG）的作用机制进行探讨。方法：运用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获得白芍有效活性成分与相应靶点信息。通过GeneCards、OMIM、DisGeNET数据库搜集CAG的相关靶标信息,并通过Venny 2.1.0取得药物与疾病靶点的交集。分别采用Cytoscape 3.7.1、STRING数据库绘制“药物活性成分-靶点”网络图与蛋白质-蛋白质相互作用网络图,行可视化处理。借助DAVID数据库行基因本体论（GO）功能、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后用软件Cytoscape 3.7.1绘制“药物成分-靶点-通路-疾病”网络。结果：得到白芍活性成分8个、作用靶点72个,疾病靶点972个,二者交集34个。关键活性成分有山柰酚、β-谷甾醇、儿茶素,关键靶点有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、肿瘤坏死因子、白细胞介素-6等;白芍主要通过参与凋亡过程阳性调节、对药物的反应、炎症反应等生物过程...     

基于网络药理学探讨乌梅治疗哮喘的作用机制

目的基于网络药理学方法,探讨乌梅治疗哮喘的作用机制。方法运用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)检索乌梅的活性成分和靶标蛋白。运用治疗靶点数据库(TTD)检索哮喘的靶标蛋白。通过Cytoscape软件对二者的靶标蛋白进行交集,得到交集靶标蛋白并在Unitprot数据库查询交集靶标蛋白的基因名称。将交集靶标蛋白输入STRING数据库中构建蛋白相互作用网络。使用DAVID在线分析工具对交集靶标蛋白基因进行GO富集及KEGG通路富集分析。结果从乌梅中筛选出8种活性成分,涉及哮喘的靶标有14个。其治疗机制可能与神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路、脂肪细胞脂解的调控、cAMP信号通路、利什曼病、胆碱能突触、TNF信号通路、弓形虫病有关。结论乌梅治疗哮喘涉及多种黄酮类、甾醇类化合物,可能与肾上腺素受体、肿瘤坏死因子、趋化因子、白三烯等有关,并涉及神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路等通路。     

基于网络药理学和分子对接探讨强力定眩片治疗高血压的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术,探讨强力定眩片治疗高血压的作用机制。方法：使用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中药分子作用机制的网络药理学在线分析工具（BATMAN-TCM）平台检索强力定眩片活性成分,使用Swiss Target Prediction数据库,对活性成分进行靶点预测。通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、治疗靶点数据库（TTD）得到高血压相关靶点,整合药物靶点和疾病靶点,获取交集靶点。使用Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图,筛选核心成分。利用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选核心蛋白。使用MCODE对PPI网络进行蛋白聚类分析。利用DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,Hiplot分析平台进行基因本体（GO）富集分析,再使用Autodock Vina和Pymol实现核心成分-核心蛋白的分子对接。结果：检索得到强力定眩片活性成分44个,作用靶点679个,疾病相关靶点2 367个,药物与疾病的交集靶点305个。KEGG分析显示,交集基因主要富集于PI3K-AKT信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路、钙信号通路、cAMP信号通路、HIF-1等信号通路。GO富集分析显示,交集基因主要富集于循环系统调控过程、血管管径调节、MAPK级联正向调节、血压调节等过程。分子对接结果显示,主要核心成分与核心蛋白均有较好的结合活性。结论：强力定眩片可能通过调控肾素-血管紧张素-醛固酮系统、血管平滑肌收缩、氧化应激、钙离子通道等方式,起到降低血压的功效。     

基于网络药理学探讨三棱-莪术药对治疗肝癌的作用机制

目的：采用网络药理学方法筛选三棱-莪术药对治疗肝癌的作用靶点以及相关信号通路,明确治疗肝癌的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选出三棱、莪术的有效药物成分及作用靶点,构建有效成分-靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。从OMIM、DrugBank、TTD数据库检索与肝癌相关的疾病靶点,并通过R语言软件分析获得三棱-莪术成分与肝癌的交集靶点。应用Cytoscape 3.2.1软件绘制成分-靶点网络,并运用DAVID数据库进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：共筛选出三棱-莪术药对与肝癌的相对应作用靶点共31个。共涉及与肝癌相关的GO分析125条,主要包括分子功能、生物过程、细胞组分3个方面。KEGG通路82条,主要从一氧化氮生物合成过程的正调控、细胞对脂多糖的反应、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等多处通路治疗肝癌。结论：本研究初步验证了三棱-莪术药对通过肿瘤坏死因子信号通路、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、类固醇激素介导的信号通路等治疗肝癌。本研究表明三棱-莪术药对具有多成分、多靶点的特点,其作用机制多样,对进一步研究肝癌的治疗提供了参考。     

基于网络药理学及分子对接技术分析马鞭草-虎杖治疗新型冠状病毒感染的作用机制

目的：运用网络药理学方法及分子对接技术探讨马鞭草-虎杖治疗新型冠状病毒感染(Coronavirus Disease 2019,COVID-19)的有效成分、作用靶点、信号通路,从而找出马鞭草-虎杖治疗COVID-19的作用机制,探索治疗COVID-19的新策略。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选出马鞭草-虎杖药对的活性成分和作用靶标,通过Uniport数据库查找其作用靶标对应的基因;在GeneCards数据库中检索出COVID-19的相关疾病基因,通过Venny网站得出药物与疾病的交集基因,将交集基因导入STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用网络构建,运用DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）和基因本体论（GO）富集分析,并通过Cytoscape 3.7.2软件制作“疾病-通路-靶点-成分-药物”网络图。利用微生信制作相应的GO和KEGG富集分析图。采用AutoDockTools及Vina软件将关键活性成分与治疗COVID-19的受体进行分子对接。结果：检索出马鞭草-虎杖药对有22个有效活性成分、752个靶点基因,同时获得COVID-19...     

维药罗欧咳祖帕抗哮喘活性评价和作用机制研究

目的：通过药效学评价、网络药理学和分子对接等研究方法探讨维药罗欧咳祖帕(LKZP)治疗哮喘的潜在功效成分和作用机制。方法：采用卵蛋白(OVA)诱导的哮喘模型小鼠研究LKZP抗哮喘的活性；整理出文献中LKZP的化学成分，预测其符合Lipinski规则化合物的作用靶点，并与哮喘疾病靶点进行交集分析，从而确定LKZP抗哮喘的治疗靶点。采用String数据库构建治疗靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，确定该网络中的核心靶点，并利用DAVID平台对核心靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析，采用Cytoscape软件构建成分-靶点-信号通路的网络，采用分子对接的方法计算关键活性成分与靶点之间的结合能。结果：LKZP中共有潜在的活性化合物136个和841个作用靶点，而其核心靶点共66个。网络拓扑结构分析表明，LOKZP的核心治疗靶点为MAPK1、EGFR、MAPK3、PIK3CA、AKT1、PIK3CB、PIK3CD、PIK3R1和PRKCA等，而其作用的信号通路主要包含与调节气道炎症相关的PI3K-AKT信号通路、ErbB信号通路和雌激素信号通路，以及与调节气道重塑相关的HIF-1信号通路、VEGF信号通路和钙信号通路。分子对接的结果表明关键活性成分与靶点之间能较强结合。结论：LKZP中的关键活性成分倍半萜类、黄酮类和苯丙素类成分通过多靶点和多通路的方式调节气道炎症和气道重塑，从而发挥治疗哮喘的作用。     

基于网络药理学探讨黄芩、毛冬青药治疗冠心病的作用机制

目的基于网络药理学探讨黄芩、毛冬青药治疗冠心病的作用机制。方法使用中药系统药理学成分分析平台(BATMAN-TCM)对黄芩、毛冬青进行成分分析及靶点基因预测,借助人类基因数据库(GeneCards)获取冠心病的相关靶点基因,使用FUNRICH软件,将药物靶点基因与疾病靶点基因进行映射,得到药物-疾病交集靶点基因。利用STRING数据库得出药物-疾病交集靶点蛋白相互作用网络(PPI),使用Cytoscape 3.7.1软件对中药化学成分-靶点-疾病网络进行分析,借助DAVID 6.8数据库,进行基因本体(GO)生物过程富集分析和KEGG通路富集分析。结果黄芩、毛冬青共有27种活性成分,与冠心病的交集靶点有285个,KEGG通路富集结果显示:黄芩、毛冬青主要通过cAMP信号通路、钙离子信号通路、5-羟色胺能突触、cGMP-PKG信号通路、非酒精性脂肪肝、催产素信号通路、TRP通道炎症介质调控、HIF-1信号通路等治疗冠心病。结论黄芩、毛冬青通过多成分、多靶点、多通路治疗冠心病,其可能是通过cAMP信号通路、钙离子信号通路等发挥对冠心病的治疗作用。