感染性腹泻疫情中诺如病毒的分子流行病学分析

目的 研究感染性腹泻疫情中诺如病毒的分子流行病学特点.方法 对2008-2010年湖州地区的感染性腹泻疫情标本共119份进行诺如病毒核酸检测,并选取部分阳性扩增产物经序列测定分析诺如病毒的基因型.结果 119份感染性腹泻标本荧光定量PCR检测阳性50份,其中GⅠ型9份,GⅡ型35份,GⅠ和GⅡ混合感染6份.对12份PCR扩增阳性产物进行序列分析显示：5株GⅠ型诺如病毒毒株分属于GⅠ/2和GⅠ/3两种基因型;7株GⅡ型诺如病毒毒株中除1株属于新基因型GⅡb外,其余6株均属于GⅡ/4基因型.结论 诺如病毒是引起湖州地区感染性腹泻疫情最重要的病原菌之一,且湖州地区的诺如病毒存在很高的遗传多样性,同时也存在基因型别的差异.     

河北省卢龙地区2008—2009年5岁以下腹泻住院儿童中诺如病毒的检测和分型

目的了解河北省卢龙地区2008—2009年5岁以下住院儿童中诺如病毒的分子流行病学特征。方法收集2008年10月至2009年8月325例5岁以下腹泻住院患儿粪便标本和流行病学资料,采用酶联免疫吸附试验（ELISA）检测轮状病毒抗原,利用多重RT．PCR方法检测诺如病毒,并对部分诺如病毒阳性株进行序列测定和系统进化分析。结果诺如病毒的检出率为11．3％（37／325）,仅次于轮状病毒的检出率（48．6％）,高于腺病毒（6．5％）和星状病毒（4．3％）,主要感染2岁以下儿童,季节高峰在11月,系统进化分析表明诺如病毒流行优势株为GII-4／2006b变异株,并发现一株未见报道的新型GII-4变异株。结论诺如病毒是引起2008—2009年卢龙地区的急性胃肠炎的重要病原之一,G114／2006b变异株仍是流行优势株,要进一步监测新型GII-4变异株的流行。     

河北省卢龙地区2008-2009年5岁以下腹泻住院儿童中诺如病毒的检测和分型

目的 了解河北省卢龙地区2008 -2009年5岁以下住院儿童中诺如病毒的分子流行病学特征.方法 收集2008年10月至2009年8月325例5岁以下腹泻住院患儿粪便标本和流行病学资料,采用酶联免疫吸附试验( ELISA)检测轮状病毒抗原,利用多重RT-PCR方法检测诺如病毒,并对部分诺如病毒阳性株进行序列测定和系统进化分析.结果 诺如病毒的检出率为11.3％ (37/325),仅次于轮状病毒的检出率(48.6％),高于腺病毒(6.5％)和星状病毒(4.3％),主要感染2岁以下儿童,季节高峰在11月,系统进化分析表明诺如病毒流行优势株为GⅡ-4/2006b变异株,并发现一株未见报道的新型GⅡ-4变异株.结论 诺如病毒是引起2008 -2009年卢龙地区的急性胃肠炎的重要病原之一,GⅡ-4/2006b变异株仍是流行优势株,要进一步监测新型GⅡ-4变异株的流行.     

广东省暴发性胃肠炎中诺如病毒的分子流行病学特点分析

目的研究广东省暴发性胃肠炎中诺如病毒的分子流行病学特点。方法对2003年至2004年的13起急性胃肠炎患者的粪便和肛拭子标本,采用针对诺如病毒的特异引物和逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术进行检测,再经核苷酸序列测定分析病毒的基因型,同时收集患者相关流行病学资料。结果13起暴发性胃肠炎中有8起是由诺如病毒引起的,时间主要集中在每年的10月至12月,基因分析显示这些病毒都属基因Ⅱ组,但分属3个亚型,6株病毒属GⅡ-4型。结论诺如病毒是广东省暴发性非细菌性胃肠炎的重要病原体之一,具有分布广、流行时间集中在秋冬季的特点。引起暴发的病毒主要为基因Ⅱ组,在现阶段存在优势毒株。     

北京市春季诺如病毒性腹泻流行病学及病原学调查

目的 探讨北京市春季诺如病毒性腹泻的流行病学规律及病原学特点.方法 对2007年1月至4月北京市各级各类医院报告的451例病毒性腹泻病例采集便标本,应用ELISA方法进行诺如病毒抗原检测.应用逆转录聚合酶链反应进行RNA检测,对9例阳性标本的PCR产物进行克降测序.结果 ELISA检测诺如病毒阳性166例,阳性率35.48%.166例病人主要集中在1月、2月,以20～29岁年龄组最多,男性多于女性,城区多于郊区.但在病毒性腹泻病例中,诺如病毒阳性率分布无时间、人群和空间差异.该9株病毒均为GⅡ/4型诺如病毒变异株,组内核苷酸同源性为97.0%～99.6%.系统发生树表明北京地Ⅸ的流行株与同时期世界上流行的诺如病毒株属于同一型别的GⅡ/4变异株.结论 北京市春季诺如病毒性腹泻主要山GⅡ/4变异株引起,与同期世界上流行株有共同的来源,各人群均存在感染的风险,应该加强相应的预防控制措施,并有必要在围外发生流行时建立预警机制.     

GII.P7/GII.14型诺如病毒暴发的分子特征分析

目的 了解江苏地区3起诺如病毒(Norovirus,NoV)暴发疫情中病毒感染情况,并对其分子流行病学特征进行初步研究.方法 收集暴发疫情中患者的肛拭子标本53份,采用实时荧光RT-PCR定性检测NoV,阳性标本利用普通RT-PCR对其聚合酶区(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)及衣壳蛋白区(VP1)片段进行扩增和测序分析.结果 3起NoV暴发疫情中,阳性检出率为56.6%(30/53).对30株阳性标本序列进行分析,其RdRp区与GII.P7的同源性最高(93.86%),VP1区与GII.14的同源性较高(97.13%).初步判断为GII.P7/GII.14重组毒株,SimPlot分析可能的重组位点在核苷酸5009位.对其氨基酸序列进行分析发现在RdRp区和VP1区均出现部分氨基酸突变.结论 3起NoV暴发疫情均由同一重组毒株引起,提示GII.P7/GII.14重组株传染性较强,有可能再次引起暴发,应加强监测防控.     

2001至2005年上海部分地区腹泻住院患儿诺若病毒分子临床流行病学研究

目的通过对上海地区腹泻住院患儿进行诺若病毒检测,对其流行株进行基因序列的测定,以了解诺若病毒在上海地区的流行特征,为该病原体所致腹泻的防治提供基础数据和理论依据。方法收集2001至2005年复旦大学附属儿科医院5岁以下腹泻住院患儿的粪便标本。首先进行轮状病毒的检测,在轮状病毒抗原阴性标本中,每隔8个标本按编号顺序行机械随机抽样,建立RT-PCR方法进行诺若病毒的检测。对PCR产物进行双向测序,测序结果通过Clustal W和Mega 4.1软件进行分析。结果研究期间共收集腹泻患儿粪便标本5534份,轮状病毒抗原阴性4084份,机械随机抽得484份用于诺若病毒检测,45/484份(9.3%)检测到诺若病毒。对诺若病毒感染季节分布和患儿年龄特点的分析表明,除4月和7月份未检测到诺若病毒外,其余各月份均检测到诺若病毒,其高发的月份是8至11月。5~6月也呈一个小高峰。77.8%(35/45)的患儿<2岁,其中6~11个月的患儿所占比例最高,达35.6%(16/45),<6个月的婴儿占20%(9/45)。GⅡ-4型是这5年间尤其是2003年之后的主要流行型别,2001至2002年尚存在其他的流行型别GⅡ-3和GⅡ-7...     

Molecular characterization of three novel murine noroviruses

Murine noroviruses (MNV) comprise a group of newly recognized pathogens infecting laboratory mice. The first reported murine norovirus, murine norovirus 1 (MNV-1), produces a transient infection with a short duration of fecal shedding after infection of immunocompetent laboratory mice. Our laboratory subsequently isolated three novel murine noroviruses, murine norovirus 2 (MNV-2), murine norovirus 3 (MNV-3), and murine norovirus 4 (MNV-4), that have markedly different pathogenicity from MNV-1 by producing persistent infections and prolonged fecal shedding in infected immunocompetent mice. In this study, the nucleotide sequences and the predicted amino acid sequences of the three novel murine noroviruses were determined and compared to each other, MNV-1, and other previously described human and animal noroviruses. The three novel murine norovirus strains were shown to be related to each other and MNV-1 by sequence and phylogenetic analysis even though MNV-2, MNV-3 and MNV-4 all display markedly different biologic behavior from that of MNV-1. The nucleotide sequence data reported in this paper have been submitted to the GenBank nucleotide sequence database and have been assigned the accession numbers DQ223041, DQ223042, and DQ223043.     

乌鲁木齐地区腹泻患儿中人博卡病毒感染分子流行病学调查

目的 了解新疆乌鲁木齐地区腹泻患儿中人博卡病毒1～4型(HBoV1 ～4)感染的分子流行情况.方法 收集新疆维吾尔自治区人民医院2011年1月至12月住院及门诊腹泻患儿粪便标本315例,用巢氏PCR扩增入博卡病毒(HBoV) NS1片段(518 bp),检测HBoV1～4型.结果 315份标本中,HBoV总阳性检出率为8.57％ (27/315),其中HBoV1、2、3、4型分别为2例、22例、3例、0例.除XJ1378外,其他26例HBoV均与参考株的核苷酸同源性达到98％ ～ 100％,但其中3例HBoV3型与大猩猩GBoV1型(HM145750.1)核苷酸同源性为92％,且系统进化显示HBoV3型NS1片段更接近于HBoV1型.HBoV感染呈全年散发,并无明显季节性.在性别、年龄及民族间均无差异.结论 本地区腹泻患儿中HBoV1 ～3型均有流行,且以HBoV2型为主要流行株.     

1型星状病毒上海分离株基因组序列测定及分析

目的 了解上海地区腹泻患儿感染的星状病毒基因组分子结构特点和基因型.方法 用RT-PCR方法分段扩增星状病毒基因组,克隆于pMD18-T载体上,测定序列并拼接,用MEGA、DNAStar软件对所得序列进行分析.结果 本次分离株基因组全长6807 bp,命名为HAstV-SH,提交到GenBank上的序列号为FJ375759,有3个开放阅读框架,非结构基因ORF1a、ORF1b共长4290 bp,位于基因组83～4372 nt之间;编码结构蛋白的ORF2基因全长2364 bp,位于基因组4764～6727 nt之间.与GenBank中星状病毒ORF2基因组序列同源性比较发现,HAstV-SH与1型星状病毒核苷酸同源性最高(97%),与其他基因型的同源性为63%～70%.结论 上海地区儿童感染的星状病毒HAstV-SH属于1型星状病毒,与日本分离株AB009985亲缘关系较近,氨基酸同源性为97.5%.     

Molecular epidemiology of noroviruses in children in South Greece, 2013‐2015

Noroviruses constitute the leading cause of acute, nonbacterial gastroenteritis that affects both children and adults in healthcare and community settings. The current study attempted to provide insight on the molecular epidemiology of noroviruses in children in South Greece. Genotypic characterization of 69 norovirus strains detected in stool samples from children with gastroenteritis during a period of 30 months (January 2013 to June 2015) was performed on the basis of ORF2 (VP1 capsid) gene sequences. The results revealed the circulation of a diverse variety of norovirus genotypes. GII.4 was the predominant genotype (74%), followed by GII.2 (8.7%), GII.3 (5.8%), GII.6 (2.9%), GI.2 (2.9%), and four strains identified as GII.1, GII.7, GII.8, and GII.13, respectively. Phylogenetic analysis showed that most of the strains were closely associated with norovirus strains that circulated globally either in outbreaks and sporadic cases of gastroenteritis or in the environment during the last 4 years. Οf the GII.4 strains, 80.4% were detected between January 2013 and February 2014, indicating a possible ongoing epidemic. The incidence of other genotypes remained constant throughout the study period. Genotypic and phylogenetic analysis showed the predominance of the “Sydney 2012” variant among the GII.4 strains, whereas one GII.4 strain was identified as a “New Orleans 2009” variant. Five GII.4 strains showed significant nucleotide and amino acid sequence divergence from either the “Sydney 2012” or the “New Orleans 2009” variant, and these divergent strains might represent an emerging GII.4 variant.