基于地理信息系统的中国人群HLA-A、B位点的空间遗传结构

目的分析中国人群HLA-A、B位点HLA的空间遗传结构, 为研究人口迁移、民族融合等群体遗传学和人类学问题、揭示HLA与疾病关联性以及合理设计多表位疫苗提供依据。方法应用主成分分析方法及地理信息系统中的空间插值技术，从基因频率矩阵中提取综合指标，用以反映中国人群HLA-A、B位点的空间遗传结构。结果中国人群HLA-A位点的第一主成分自北向南形成了明显的遗传地理梯度变异。在黄河流域以南，第一主成分梯度呈南北走向；在西北地区，呈西北东南走向；在华北及东北地区，呈东北西南走向。HLA-B位点第一主成分自北向南形成了明显的遗传地理梯度变异；HLA-B位点的空间遗传结构的异质性程度高，而 HLA-A位点空间遗传结构的异质性程度相对较低。结论中国群体HLA-A、B位点的空间遗传结构呈现明显的南北地理遗传梯度变异性；南方人群HLA-A、B位点空间遗传结构异质性程度高，群体之间差异较大；中国人群HLA B位点空间异质性程度高于HLA-A位点空间异质性程度     

中国22个人群3个Y-STR基因座的群体遗传学研究

目的：用Y-STR基因座的基因频率探讨中国22个人群的群体遗传关系。方法：收集中国22个人群DYS390、DYS391和DYS393基因座的基因频率资料，采用Phylip3．66统计软件包计算出Nei’s遗传距离，再用MEGA3．1输出系统发生树。结果：天津、安徽、浙江、福建、北京、云南、潮汕、湖南、成都汉族聚为Ⅰ簇；辽宁满族、新疆维吾尔族、陕西汉族、云南藏族、云南蒙古族、新疆柯尔克孜族和甘肃回族为Ⅱ簇；海南黎族和广西壮族、贵州水族和广州汉族为Ⅲ簇；云南普米族和纳西族为Ⅳ簇。结论：汉族人群间群体遗传关系较近，而少数民族群体间遗传关系较远。同时提示Y-STR基因座的基因频率分布与民族起源和地域有相关性。     

人类群体遗传结构的图论主坐标分析方法

目的：提出基因频率矩阵的图论主坐标分析方法，探讨该法在人类群体遗传结构研究中的应用。方法：从分析基因频率矩阵的结构特征入手。将主坐标分析与图论中的最小生成树有机结合，构建人类群体遗传结构的图论主坐标模型．并以中国26个汉族人群HLA-A位点遗传结构分析为例，验证图论主坐标分析的科学性和适用性。结果：图论主坐标分析的基本步骤可概括为：①对中心化基因频率矩阵进行主坐标分析；②按图论原理求过m维空间n个点的最小生成树；③利用求“颈”法分割最小生成树：④将最小生成树整合到二维主坐标散点图中构建图论主坐标分类图。根据此步骤．对中国26个汉族人群HLA-A位点遗传结构进行了图论主坐标分析，分析结果符合中华民族源与流的客观规律。结论：图论主坐标分类图既可显示各群体的遗传结构特性，又可利用最小生成树的连接关系揭示各群体间的内在联系；图论主坐标分析是分析人类群体遗传结构的一种理想方法。     

藏族人群ABO血型分布及其遗传关系

目的:了解中国和印度28个藏族群体ABO血型分布特征。方法:采用Phylip3.68 和MEGA4.1遗传分析软件包对基因频率数据进行处理, 输出Nei’s遗传距离, 分析他们的遗传关系。结果:甘肃、青海、四川、云南、西藏和印度藏族群体ABO血型表型分布特征为O>A>B>AB, 民族指数和遗传距离分别为0.63~0.98和0~0.0072。结论:各地藏族的先民可能存在一定的历史渊源, 由于其历史上的分化事件不同, 而致不同地区藏族群体ABO血型的基因频率分布特征存在多样性。     

中国3个民族群体Y染色体上17个双等位基因位点的遗传分析

目的研究中国不同民族群体Y染色体的遗传多样性.方法采用PCR和等位基因特定PCR(ASPCR)的方法,对山东汉族、白族和土族共计76份男性DNA样本进行Y染色体上17个双等位基因位点的基因分型,确定每一个体的单倍型,统计3个群体各单倍型的频率分布,与国内其他群体的结果进行对比分析,并进行这些群体的主成分分析.结果有6个位点在3个群体中没有发现多态变异,YAP 在土族、白族和山东汉族中的分布分别为23.8%、6.7%和4%;3个群体共发现11种单倍型,山东汉族7种,土族8种,白族9种,主要单倍型频率集中在H1、H3、H5、H6、H8和H11.主成分分析结果显示白族与北方汉族相近,山东汉族与南方汉族等南方群体聚在一起,土族与彝族、回族和满族相近.结论山东汉族可能与一些南方群体有过基因交流,白族基因池中融入汉族基因流.中亚人群的基因流可能对东亚人群的遗传结构有过影响.     

中国人群FGA、D5S818基因座的空间群体遗传结构分析

目的:分析中国87个人群常染色体FGA、D5S818基因座的空间群体遗传结构,为研究中华民族的起源、人口迁移、考古以及民族融合等群体遗传学和人类学问题提供分子生物学依据。方法:应用主成分分析的方法及GIS中的空间差值分析技术,从基因频率矩阵中提取综合指标,并采取可视化技术来反映中国人群2个短串联重复序列(STR)位点的空间群体遗传结构。结果:中国人群FGA、D5S818基因座的主成分空间分析结果划分出4大区域,显示出从东北向西南递增的趋势,同时在西北部也有增高趋势。结论:中国人群2个STR位点的空间群体遗传结构呈现明显的地理遗传梯度变异性,不同群体之间存在明显差异。     

内蒙古鄂温克族与其他14个民族的群体遗传关系

目的：研究内蒙古鄂温克族9个STR位点的群体遗传结构及其与其他14个民族之间的群体遗传学关系。方法：选择9个S豫位点（D3S1358，vWA，FGA，TH01，TPOX，CSF1PO，D5S818，D13S317，D7S820），采用复合扩增及荧光标记基因扫描技术，检测90名鄂温克族无关个体血液样本。对所得基因频率进行主成分分析。结果：9个STR位点在90名鄂温克族群体检出64种等位基因，频率分布为0．0056～0．4722；检出158种基因型，频率分布为0．0111～0．3000。9个STR位点的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡定律（P〉0．05）。主成分分析结果显示：满一通古斯语族的鄂温克族与蒙古语族、突厥语族距离较近，满一通古斯语族的鄂伦春族、突厥语族的裕固族和语系未定的朝鲜族明显离散。结论：获得内蒙古鄂温克族9个STR位点的群体遗传结构；阿尔泰语系相同语族的民族相对较为集中，分子遗传结构接近的民族其语言也相似。     

中国北方汉族人群HLA基因多态性研究

目的：分析中国北方汉族人群HLA-A，-B，-DRB1位点基因多态性，获得完整、准确的北方汉族HLA分子遗传学数据。方法：应用PCR-SSP及SSOP技术对8924名北方汉族造血干细胞志愿捐献者进行HLA-A，-B，-DRB1位点基因分型。结果：共检出低分辨HLA-A基因18种，HLA-B基因44种，HLA-DRB1基因13种，其中包括某些以前国内未检出的低频率基因。北方汉族人群最常见的HLA基因为A^*02、B^*13和DRB1^*15，其相应基因频率分别为0.2886、0.1430和0.1759；北方汉族人群最常见的A-B单倍型为A^*30-B^*13，频率为0.0895，最常见的A-B-DRB1单倍型是A^*30-B^*13-DRB1^*07，频率为0.0742。结论：北方汉族人群HLA-A，-B，-DRB1基因具有显著多态性，大样本和DNA分型有助于HLA低频率基因的检出。     

中国畲族人群DYS287位点多态性的研究

目的：分析Y染色体特异的Alu插入位点DYS287的遗传多态性。并对江西，浙江和福建三省不同地区的畲族人群Alu插入频率进行比较。方法：以中国畲族群体的117名男性个体为研究对象，采用PCR-SSP法扩增后琼脂糖凝胶电泳分离的方法检测结果。结果：我国畲族人群中Alu插入的基因频率为17.1%，江西，浙江入福建三省不同地区的畲族人群中Alu插入频率无显著差异。结论：DYS287位点作为一种稳定，可靠的遗传标记可以为研究民族间的遗传关系及其起源提供可靠的证据。     

云南地区汉族群体21个常染色体短串联重复序列基因座遗传多样性及群体遗传学关系

目的 调查21个常染色体短串联重复(short tandem repeats,STR)序列基因座在云南汉族人群中的遗传多态性，为法医学个体识别及亲子鉴定提供基础数据。同时基于不同试剂盒19个重叠位点的遗传信息，探索22个中国群体遗传结构及群体间的遗传关系。方法 采用AGCU EX22荧光检测试剂盒对1 418份云南汉族个体的21个STR基因座及Amelogenin基因进行扩增，利用3130xl基因分析仪对扩增产物进行分型，利用GeneMapper?ID软件进行分析，统计21个STR基因座的等位基因频率和群体遗传学参数。利用Phlip3.695软件计算遗传距离，并利用SPSS 21.0、MVSP和Mega 7.0软件分别作多维尺度分析、主成分分析和系统发生分析。结果 基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡，且各基因座之间均不存在连锁现象，21个STR基因座三联体累积非父排除概率为0.999 999 993，累积个体识别能力为0.999 999 999 999 999 999 999 999 93。群体遗传关系比较发现云南汉族群体和周边汉族群体有较近的遗传关系(Nei遗传距离≤0...     

Association of HLA-B Alleles With Human Immunodeficiency Virus Type 1 Infection in the Yi Ethnic Group in Sichuan Province

Objective To determine the distribution of HLA-B alleles in the Chinese Yi ethnic group and its association with HIV infection. Methods One hundred and six unrelated healthy HIV negative and 73 HIV positive Chinese Yi ethnic individuals were typed by PCR-SSP. Results The frequency of alleles B*07, B‘35, and B‘46 were increased in HIV-l-positive subjects, whereas the alleles B‘55, B‘44 and B‘78 were absent in the HIV-infected persons studied. The B‘46 allele was present in a significantly higher gene frequency among H/V-1-positive individuals (P--0.02, OR=3.32,95% CI=1.13-9.78) compared with control subjects. Conclusion HLA-B*46 may be associated with its susceptibility to H1V-1 infections.     

我国20个少数民族群体体质指数特征及其类型研究

目的：了解我国20个少数民族群体体质指数特征及其类型,方法：根据20个少数民族男性群体的6项体质指标,计算出10项体质指数后进行聚类进行分析。结果：南北民族群体体质指数各聚一类,西北的两个民族;保安族和土族与南方的民话群体聚在一起,结论：我国20个少数民族群体体质指数类型可分为南部类型,北部类型及由北向南过渡的藏彝走廊类型。     

西藏珞巴族HLA-DRB1基因多态性

目的：检测西藏珞巴族HLA-DRB1等位基因及基因型频率，并将其与18个人群的HLA-DRB1频率进行比较，绘制系统发生树。方法：应用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSO)技术，对我国西藏南部林芝地区3代内无血缘关系的92个珞巴族健康个体进行了HLA-DRB1位点的基因分型。采用不加权配对组算术方法（UPGMA）绘制系统发生树。结果：在92例珞巴族个体的184个等位基因中共检出11种HLA-DRB1等位基因，其中HLA-DRB1*04(27.20%)，DRB*12(25.50%)在珞巴族中最常见，共占珞巴族可检出等位基因的52.70％；其他频率大于5％的等位基因还有DRB1*14(15.20%)，DRB1*15(9.80%)和DRB1*08(8.20%)。结论：西藏珞巴族HLA-DRB1等位基因分布与其他华人群体均存在很大的差异，显示其HLA等位基因频率分布的民族独特性；在遗传距离上珞巴族和藏族最近，这与民族学、历史学和社会学研究结果相一致。     

四川省多民族农村地区儿童膳食多样性与生长发育的相关性

目的了解四川省多民族农村地区儿童膳食多样性及生长发育现状,探究膳食多样性与生长发育指标的关系。方法 采用多阶段随机整群抽样方法,选取四川省汉族、藏族和彝族农村地区18~36月龄儿童及其主要看护人为研究对象。采用自行设计的问卷收集儿童及其看护人的社会人口学特征和家庭基本情况。按照联合国粮食及农业组织《衡量家庭和个人膳食多样性的准则》计算儿童膳食多样性得分(DDS)。采用标准的人体学测量设备测量儿童的身高(长)和体重,依据世界卫生组织标准计算儿童的年龄别身高Z评分(HAZ)、年龄别体重Z评分(WAZ)、身高别体重Z评分(WHZ)。运用多元线性回归分析儿童膳食多样性与生长发育指标的关系。结果 共纳入1092名儿童,DDS为(4.8±1.7)分,低膳食多样性(DDS≤4)的儿童所占比例为45.3%。汉族儿童的DDS[(5.8±1.4)分]均高于藏族儿童[(4.9±1.6)分]和彝族儿童[(3.9±1.6)分](P均<0.001)。儿童生长迟缓(HAZ<-2)率、低体重(WAZ<-2)率以及消瘦(WHZ<-2)率分别为21.1%、4.9%、2.5%。多元线性回归结果显示,在调整了儿童性别、月龄、出生体重、是否早产、父母身高因素后,DDS与HAZ呈正相关(β=0.206,95%CI=0.158~0.254,P<0.001),进一步调整家庭固定资产、民族、看护人类型、看护人文化程度因素后,DDS与HAZ仍呈正相关(β=0.077,95%CI=0.026~0.128, P=0.003)。结论 四川省多民族农村地区儿童的膳食多样性情况较差,且存在明显的民族差异,其中彝族农村地区问题尤为突出。儿童DDS与HAZ呈正相关。建议针对四川省多民族农村地区的儿童膳食特征,开展营养健康教育指导,从而改善儿童的生长发育状况。     

中国彝族人群CCR5基因单核苷酸多态性及其与HIV感染的关联研究

目的对中国彝族人群CCR5基因调节区和结构区的单核苷酸多态性（SNP）进行全面检测,并分析SNP与HIV感染的关联.方法通过巢式-PCR分别扩增102份彝族正常人和68份HIV感染者样本的CCR5基因调节区和结构区,利用变性高压液相色谱法（DHPLC）筛选存在突变的基因片段,对突变片段进行双向DNA序列测定,然后应用Sequence Navigator 软件对CCR5基因的单核苷酸多态性进行分析,并通过SPSS and PPAP 软件分析SNPs与HIV感染的相关性.结果在中国彝族人群CCR5基因的编码区中检测到A77G、G316A、T532C、C921T、G668A五种SNP以及第686-688位的AGA缺失突变（686Del3）,除C921T（Y307Y）为无意义突变外,其他A77G、G316A、T532C、G668A均为有意义突变,它们的氨基酸突变分别为K26R、G106R、C178R、R223Q突变.在这些突变位点中,只有G668A突变的等位基因频率较高,可达0.08, 其余均小于0.01,并且在正常人群和HIV感染者两个群体中的等位基因频率没有显著性差异（P＞0.05）;与编码区所不同的是,在调节区检测到T58934G、G59029A、T59353C、G59402A和C59653T五种SNP,他们的等位基因频率较高,在0.1912-0.2941范围之间. 所检测到的每一个突变在正常人群和HIV感染人群中的分布均差异无统计学意义（P＞0.05）.突变位点间的连锁与HIV感染的相关性,提示T59353C-G59402A单体型与HIV感染可能存在关联.结论 DHPLC是一种快速的高效筛选未知基因突变的高通量方法.SNP与HIV感染的关联性有待于进一步深入研究.     

27重SNP系统推断种族来源的效能

目的 验证和评估27-plex SNPs复合扩增系统(简称27重SNP系统)推断种族来源的效能.方法 验证27重SNP系统的灵敏度和种属特异性;用该系统检测非洲、华南地区汉族、回族、苗族、彝族、藏族、维吾尔族、欧洲、中亚、西亚、南亚、东南亚、南美洲等13个人群的533份样本,将其分型数据与HapMap数据库的东亚(CHB)、欧洲(CEU)、非洲(YRI)3个代表人群的分型数据进行聚类分析,分析祖先成分,计算匹配概率;分析46份盲测样本的种族来源.结果 该系统灵敏度达0.125 ng;除猩猩和猴子分别检出20和6个位点,其余动物样本仅在rs10496971位点检出扩增产物;该系统可以进行洲际人群区分,但是无法区分东南亚与东亚人群,无法细分广东汉族与彝族、回族、苗族和藏族等少数民族人群;盲测样本洲际人群推断的准确率为100%.结论 27重SNP系统灵敏度高、特异性好,可准确区分个体的非洲、欧洲或东亚祖先成分.该系统不具备亚人群区分效力,有待后续筛选更多的特异性祖先信息标记,以满足区分东南亚人群以及中国不同族群的需要.     

西藏藏族群体15个短串联重复序列位点的遗传多态性研究

目的获得15个短串联重复（Short tandem repeat，STR）基因座在西藏藏族人群中的基因型及等位片段频率分布，获得相应位点的群体遗传学数据。方法126份EDTA抗凝血样采自西藏藏族地区无血缘关系的藏族个体。Chelex法提取DNA，PCR复合扩增，自动基因分析仪电泳收集电泳结果数据，基因扫描分析软件计算扩增产物片段相对大小，基因分型软件进行样本基因型分型。结果全部样本的每个STR基因座都获得了清晰的基因型分型结果。15个STR基因座的杂合度介于0.627-0.897之间。累计非父排除率和累计个人识别机率为0.999999527和〉0.999999999。结论经一次扩增电泳可获得15个STR基因座的基因型分型结果，累计非父排除率和累计个人识别机率较高，适用于法医学亲权鉴定和个人识别。     

中国北方汉族人群低氧诱导因子-1α基因C1772T多态性研究

目的:研究低氧诱导因子-1α(HIF-1α)基因C1772T单核苷酸多态性(SNP/C1772T)在中国北方汉族人群中的分布特征。方法:通过PCR-RFLP实验方法,解析206名中国北方汉族人群HIF-1α基因C1772T单核苷酸多态性。结果:HIF-1α基因C1772T单核苷酸多态性基因型频率、等位基因频率在中国北方汉族人群中分布为:CC基因型93%,CT基因型7%,C等位基因96%,T等位基因4%,未发现突变纯合子TT基因型。且中国北方汉族人群中HIF-1α基因C1772T单核苷酸多态性等位基因频率的分布特征与欧洲白种人相比有显著性差异(P<0.05);与美洲人及日本人在基因型、等位基因频率的分布上基本一致。结论:HIF-1α基因C1772T单核苷酸多态性具有一定的种族差异性。