3个X染色体短串联重复的复合扩增及其多态性

目的　建立 3个 X染色体特异性短串联重复 ( X- chromosome specific shorttandem repeat,X- STR)基因座的复合扩增体系 ,并调查其多态性。方法　复合扩增 DXS6 799、DXS6 80 4和 DXS6 85 4 3个基因座 ,并用聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染法显色技术进行基因分型。结果　在广东汉族 2 6 2名无关男性个体及 2 5 5名无关女性个体中 ,3个基因座均发现了 7个等位基因 ,男性个体共检出 73种单倍型 ,单倍型多样性为 0 .96 74。结论　这 3个基因座的复合扩增系统有较高的多态性信息 ,在个体识别和亲权鉴定中有潜在的应用价值     

河北汉族人群五个基因座遗传多态性研究

目的调查DXS6801，DXS6809，DXS7423，DXS7424，DXS9902五个基因座在河北汉族人群中的遗传多态性。方法用PCR和变性聚丙烯酰胺凝胶电泳及DNA序列分析河北汉族114名无关男性及118名无关女性个体DXS6801，DXS6809，DXS7423，DXS7424，DXS9902五个基因座的遗传多态性。结果5个基因座共发现了31个等位基因，男性个体共检出了101种单倍型，男性单倍型多样性为0．9975。论结5个基因座在河北汉族人群中有较高的多态信息含量，有潜在的法医学应用价值。并为X染色体短串联重复序列数据库的建立提供了河北汉族人群的遗传学数据。     

河北汉族人群四个X染色体短串联重复序列基因座遗传多态性研究

目的调查DXS6800、DXS6797、GATA172D05、DXS9864个基因座在河北汉族人群中的遗传多态性。方法无关个体样本基因组DNA的提取采用酚-氯仿法,家系和腐败降解检材基因组DNA的提取采用Chelex-100法。用PCR和变性聚丙烯酰胺凝胶电泳及DNA序列分析河北汉族150名无关男性及150名无关女性个体DXS6800、DXS6797、GATA172D05、DXS9864个基因座的遗传多态性。结果4个基因座共检测到25个等位基因,男性个体共检出138种单倍型,男性单倍型多样性为0.9986。结论DXS6800、DXS6797、GATA172D05、DXS9864个基因座的多态性数据为X染色体短串联重复序列数据库的建立提供了河北汉族人群的群体遗传学资料。     

温州永嘉汉族人群3个Y-STR基因座的遗传多态性研究

目的研究3个Y染色体STR基因座及其单倍型在温州永嘉人群中的遗传多态性分布,获得相应的群体遗传学数据。方法用复合扩增的方法扩增DYS435、DYS436和DYS4373个基因座,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染显带技术进行分型,检测140名无关男性个体单倍型分布。结果3个基因座在该群体中分别检出3、3、4个等位基因,GD值分别是0.5100,0.1490,0.4056,观察到11种单倍型,其单倍型的变异度为0.7042。结论Y-STR基因座复合扩增体系和建立的Y染色体STR数据库,在法医学鉴定中有帮助意义。     

九个X染色体短串联重复基因座复合扩增体系的建立及遗传多态性

目的 发掘更多多态性高的X染色体短串联重复(X-chromsomme short tandem repeats,XSTR)基因座,以解决法医学实践中的特殊案例.方法 建立一组四色荧光复合扩增体系,同时检测DXS7133,DXS981,DXS7424,DXS6789,DXS7132,GATA165B12,DXS101,GATA31E08和DXS10011共9个X-STR基因座,采用ABI PRISM 3100遗传分析仪电泳和GeneMapper ID 3.1软件进行基因分型.结果 用此体系检测华南地区363个无关个体(251名男性,112名女性),9个基因座共检出111个等位基因,女性个体识别率为0.5837～0.9959;三联体非父排除率为0.4072～0.9511;多态性信息含量为0.4481～0.9531.结论 本体系中的基因座多态性高,高多态性的X-STR基因座复合扩增体系能为解决特殊的亲权鉴定案提供快速鉴定技术,是常染色体STR、Y-STR等鉴定方法的良好补充,在法医学实践和临床产前诊断中将有较好的实用价值.     

藏族群体Y染色体14个短串联重复序列基因座遗传多态性

目的调查藏族Y染色体上14个短串联重复序列基因座及单倍型的遗传多态性。方法应用AmpFISTRYfilerTM PCR Amplification kit进行复合PCR扩增,自动基因分析仪电泳检测126名藏族男性无关个体血样。结果在14个基因座中共检出121个等位基因,基因多样性分布在0.4104(DYS391)至0.9489(DYS385a,b)之间,除了DYS391以外,其余等位基因频率多样性均大于0.5。由14个基因座组成的Y染色体单倍型系统单倍型有105种,单倍型频率多样性0.9998。结论上述14个Y-短串联重复基因座在藏族群体中具有较好的多态性,单倍型具有很高的遗传多态性。     

中国南方汉族群体九个短片段长度Y-STR基因座的遗传多态性及其法医学应用

目的研究中国南方汉族群体中，扩增产物片段长度在180bp以下的9个Y染色体的短串联重复（Y-short tandem repeal，Y-STR）基因座的遗传多态性，并用于法医学鉴定。方法采用PCR复合扩增和基因测序仪荧光检测方法，检测213个无关男性个体，调查南方汉族的9个Y-SIR基因座的等位基因频率和单倍型频率，并对84对真父子和36对非父子的亲子鉴定样本进行检测。结果213个无关男性个体中，DYS426基因座检出3个等位基因，DYS393、DYS460、DYS391和DYS389 Ⅰ基因座均检出了5个等位基因，DYS456基因座检出6个等位基因，H4和DYS388基因座检出7个等位基因，DYS458基因座检出8个等位基因。除DYS426基因座的基因多样性（gene diversity，GD）值（0．1489）较低外，其余8个基因座的GD值介于0．5064～0．9133。9个Y-SIR基因座的单倍型共有178种，其中154种单倍型仅出现1次，单倍型多样性达0．9983。在84对真父子中，未观察到基因座突变。检测36对非父子，有2个Y-STR基因座排除的案例有2例（5．56％）；有3个和3个以上的Y-STR基因座可以排除父子关系的案例为33例（91．67％）；9个Y-SIR基因座不能排除父子关系的有1例。结论9个Y-SIR基因座具有丰富的遗传多态性，该短片段长度Y-STR基因复合荧光扩增系统可用于法医学个体识别和亲子鉴定。     

潮汕地区汉族人群12个Y短串联重复序列基因座遗传多态性分析

目的调查潮汕地区汉族人群12个Y染色体短串联重复序列基因座的遗传多态性。方法应用PowerPlex^TM Y荧光标记复合扩增系统，对潮汕地区121名无关男性个体血样进行12个Y染色体短串联重复序列基因座的复合扩增，用ABIPRISM 3100遗传分析仪对扩增产物进行检测分析。结果DYS19、DYS437、DYS389Ⅰ、DYS389Ⅱ、DYS438、DYS439、DYS393、DYS391、DYS390、DYS392基因座检出4—7个基因型，DYS385检出35个等位基因组，各基因座遗传多样性（gene diversity，GD值）分布在0．4445—0．9525之间，DYS385基因座最高。结论上述12个Y染色体短串联重复序列基因座构成的单倍型在潮汕人群中具有较高的遗传多态性，适用于法医个体识别和亲权鉴定、遗传学及人类学的相关研究。     

温州汉族群体4个Y-STR复合扩增及其单倍型多态性研究

目的建立DYS426、DYS393、DYS390、DYS438基因座的复合扩增体系，研究四基因座单倍型频率。方法建立复合扩增体系，利用聚合酶链式反应（PCR）、聚丙烯酰胺凝胶电泳（page）及银染分型技术，对温州地区汉族155名无关个体的DYS426、DYS393、DYS390、DYS438位点进行分型，检验其单倍型多态性。结果复合扩增DYS426、DYS393、DYS390、DYS438位点分别检出4、8、5和4个等位基因，共52种单倍型，其平均基因差异度为0．9608。结论该研究Y-STR基因座复合扩增体系和所获单倍型频率数据在法医学个人识别和亲子鉴定中有较高实用价值，适用于温州汉族群体。     

中国朝鲜族六个基因座遗传多态性

目的 了解中国朝鲜族群体中6个X染色体短串联重复序列(short tandem repeat,X-STR)基因座DXS7132、DXS6854、DXS6769、DXS9898、DXS8378和GATA31E08在中国朝鲜族群体中的遗传多态性.方法 用PCR扩增、变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染方法对6个X-STR基因座进行检测.结果 6个基因座中分别检出8个、6个、8个、8个、5个和lO个等位基因,6个基因座基因型频率分布(女性个体)均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05);观测杂合度均大于0.4660、多态信息含量均大于0.5293、女性个人识别力均大干0.7737、男性个人识别力均大于0.6107,男性单倍型多样性为0.9993.结论 6个基因座均具有较高的遗传多态性,是较理想的遗传标记系统.为中国朝鲜族起源的研究和朝鲜族群体的亲子鉴定和个人识别提供了宝贵的基础资料.     

X染色体STR荧光复合扩增体系的建立及多态性

目的 研究X染色体STR基因座的遗传多态性,建立群体遗传学数据.方法 利用荧光标记引物复合PCR技术,在同一反应管中同时检测 DXS6801、DXS9902、DXS6809、DXS6803、DXS6804 和DXS6799 6个X-STR 基因座,采用 ABI PRISM 3100 遗传分析仪电泳和 GeneMapper ID 3.1 软件进行基因分型.结果 用此体系同时分析6个 X-STR 基因座,检测264个广东汉族无关个体(男202人;女62人),DXS6801、DXS9902、DXS6809、DXS6803、DXS6804和DXS6799分别检出8、6、11、10、6和9个等位基因,多态性息含量(PIC)为0.662 3～0.837 6,女性个体识别率(PDF)为0.824 2～0.951 1,三联体非父排除率(MEC)为0.594 9～0.817 4.结论 本研究的6个X-STR基因座有高多态性和高个体识别率,在法医学个体识别和女孩的亲权鉴定中有重要应用价值.     

珞巴族群体8个X染色体短串联重复序列位点的遗传多态性

目的调查西藏珞巴族人群8个位于X染色体上的短串联重复序列DXS7133、XS6789、DXS6804、DXS8378、DXSl01、DXS7424、DXS7132和HPRTB的等位基因及基因型频率分布。方法用聚合酶链反应、变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染的方法检测96名健康珞巴族无关个体的X染色体8个STR位点基因多态性。结果DXS7133、DXS6789、DXS6804、DXS8378、DXSl01、DXS7424、DXS7132和HPRTB分别检出5种、8种、7种、5种、8种、8种、8种和5种等位基因；基因型频率分别分布在0．0040～0．4800、0．0076～0．3214、0．0078～0．3359、0．0076～0．5606、0．0154～0．3615、0．0076～0．3214、0．0149～0．2910、0．0408～0．3980之间，此8个位点女性的基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡。结论中国珞巴族X染色体8个短串联重复序列基因座群体遗传数据资料，可用于法庭科学个体识别、亲子鉴定、疾病相关研究及人类学研究。     

藏族X染色体10个STR位点的遗传多态性

目的研究西藏藏族X染色体上的10个短串联重复序列（DXS7423，DXS8378，DXS6799，DXS7424，DXS7130，DXS7132，DXS6789，DXSl01，DXS6804，DXS7133）的基因及基因型频率分布。方法随机抽取101名西藏藏族无关个体静脉血，提取DNA，PCR扩增，变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，银染检测结果。结果DXS7423，DXS8378，DXS6799，DXS7424，DXS7130，DXS7132，DXS6789，DXS101，DXS6804，DXS7133分别检出5种、5种、5种、9种、7种、7种、11种、9种、5种和4种等位基因；基因频率分别分布在0．0172～0．5610、0．0179～0．5595、0．0122～0．5614、0．0122—0．4024、0．0172—0．4828、0．0116～0．4035、0．0119～0．2857、0．0119-0．3774、0．0351-0．0．3929、0．0116～0．6786之间，此10个位点女性的基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡。结论此10个X染色体STR位点有较高的个体识别率，在个体识别和女孩亲权鉴定中有较高应用价值．对疾病相关研究有重要意义。     

X-chromosome genetic variation in São Paulo State (Brazil) population

Abstract

As data on X-chromosomal short tandem repeats (X-STRs) for the Brazilian population are scarse, the aim of this study was to determine the allele frequencies of five X-STRs (DXS6854, DXS7424, DXS101, DXS6808 and DXS7132) in the São Paulo State, Brazil. No deviations from the Hardy–Weinberg equilibrium were observed, with the exception of DXS101. The forensic efficiency parameters demonstrated that DXS101 was the most informative marker. Population comparisons revealed that the X-STR profile sampled in the state of São Paulo was more similar to European and African populations than Asiatic populations reported in this work.     

Investigator Argus X-12扩增体系在广东汉族人群的遗传多态性

目的 调查Investigator Argus X-12扩增体系的12个X染色体短串联重复序列(Xchromosome short tandem repeat,X-STR)基因座在广东汉族人群的遗传多态性.方法 采用荧光标记复合扩增和毛细管阵列电泳技术,对200名广东汉族无关个体(男性100名,女性100名)和103例家系样本(父-母-女三联体59例,母-子二联体44例)的DNA进行12个X-STR基因座分型.结果 在该群体中12个X-STR基因座共检出137个等位基因,其中包括9种稀有等位基因(off-ladder allele,OL allele).在162次减数分裂中共观察到6个突变事件.12个X-STR基因座的累积男性个体识别力为0.999 999 997,累积女性个体识别力为0.999 999 999,累积三联体非父排除率为0.999 999 988,累积二联体非父排除率为0.999 998 013.结论 Investigator Argus X-12系统在广东汉族人群中具有高度的多态性,对个体识别和亲权鉴定案件,尤其是特殊亲权鉴定案件极具应用价值.     

Investigator Argus X-12扩增体系在广东汉族人群的遗传多态性

目的 调查Investigator Argus X-12扩增体系的12个X染色体短串联重复序列(Xchromosome short tandem repeat,X-STR)基因座在广东汉族人群的遗传多态性.方法 采用荧光标记复合扩增和毛细管阵列电泳技术,对200名广东汉族无关个体(男性100名,女性100名)和103例家系样本(父-母-女三联体59例,母-子二联体44例)的DNA进行12个X-STR基因座分型.结果 在该群体中12个X-STR基因座共检出137个等位基因,其中包括9种稀有等位基因(off-ladder allele,OL allele).在162次减数分裂中共观察到6个突变事件.12个X-STR基因座的累积男性个体识别力为0.999 999 997,累积女性个体识别力为0.999 999 999,累积三联体非父排除率为0.999 999 988,累积二联体非父排除率为0.999 998 013.结论 Investigator Argus X-12系统在广东汉族人群中具有高度的多态性,对个体识别和亲权鉴定案件,尤其是特殊亲权鉴定案件极具应用价值.     

Investigator Argus X-12扩增体系在广东汉族人群的遗传多态性

目的 调查Investigator Argus X-12扩增体系的12个X染色体短串联重复序列(Xchromosome short tandem repeat,X-STR)基因座在广东汉族人群的遗传多态性.方法 采用荧光标记复合扩增和毛细管阵列电泳技术,对200名广东汉族无关个体(男性100名,女性100名)和103例家系样本(父-母-女三联体59例,母-子二联体44例)的DNA进行12个X-STR基因座分型.结果 在该群体中12个X-STR基因座共检出137个等位基因,其中包括9种稀有等位基因(off-ladder allele,OL allele).在162次减数分裂中共观察到6个突变事件.12个X-STR基因座的累积男性个体识别力为0.999 999 997,累积女性个体识别力为0.999 999 999,累积三联体非父排除率为0.999 999 988,累积二联体非父排除率为0.999 998 013.结论 Investigator Argus X-12系统在广东汉族人群中具有高度的多态性,对个体识别和亲权鉴定案件,尤其是特殊亲权鉴定案件极具应用价值.

Abstract：

Objective To investigate the genetic polymorphisms of 12 X chromosome short tandem repeat (X-STR) loci of Investigator Argus X-12 amplification kit in Guangdong Han population. Methods DNA samples from 200 unrelated individuals (100 males and 100 females) and 103 families (59 fathermother-daughter trios and 44 mother-son duos) were extracted and amplified with fluorescence labeled multiplex PCR system. PCR products were separated and genotyped with capillary array electrophoresis.Results One hundred and thirty-seven alleles,including 9 off-ladder alleles (OL allele) were observed at the 12 X-STR loci in the population. Six mutations were observed in 162 meioses. The combined power of discrimination (DP) was 0. 999 999 997 in males and 0. 999 999 999 in females, and the combined mean exclusion chance (MEC) was 0. 999 999 988 in the trio cases and 0. 999 998 013 in the duo cases. Conclusion Investigator Argus X-12 amplification system is highly polymorphic in Guangdong Han population and it is powerful for personal identification and paternity testing.     

Genetic Polymorphism and Haplotype Analysis of 4 Tightly Linked X-STR Duos in Koreans

Aim

To investigate genetic polymorphism and haplotypes of tightly linked X-chromosomal short tandem repeat (X-STR) clusters in Koreans.

Methods

Four X-STR duos in the linkage group 1-4 (DXS10135-DXS8378, DXS7132-DXS10074, HPRTB-DXS10101, and DXS10134-DXS7423) were investigated in 450 unrelated Koreans (300 men and 150 women) using the Mentype Argus X-8 Polymerase Chain Reaction Amplification Kit.

Results

No significant deviation from Hardy-Weinberg equilibrium was observed in any of the 8 loci. DXS10135 was the most polymorphic X-STRs, with 25 alleles and DXS7423 was the least informative, with 5 alleles. Eleven off-ladder alleles and a triallelic pattern were observed, and these alleles were characterized by cloning and sequencing analysis. In 300 Korean men, 38 to 59 haplotypes were observed for each linkage duo with 91.6-96.6% of haplotype diversities. However, due to the low genetic diversity of DXS7423, the X-STR duo in linkage group 4 (DXS10134-DXS7423), in comparison with other linkage duos, had considerably lower haplotype diversity values (91.6%) with 3 common haplotypes (35-15, 36-15, and 37-15) observed in 44.3% of Koreans.

Conclusion

Four X-STR duos in the linkage group 1-4 will be able to provide a powerful tool for solving complex kinship cases in Koreans. However, to increase the haplotype diversity in the linkage group 4, it will be useful to discover a new marker for Asians that can serve as an adequate substitute for DXS7423 or at least complement the existing linkage duo of DXS10134-DXS7423.Gonosomal markers have been efficiently used for solving deficiency cases (1,2). Due to hemizygosity in men and high mean exclusion chances, X-chromosomal short tandem repeats (X-STR) are particularly helpful in paternity testing and kinship analyses, such as father-daughter, mother-son, and grandmother-granddaughter kinship testing, or the kinship testing of putative sisters (1). However, when second and third degree kinships are investigated, extremely polymorphic STRs might be required (3). As the degree of polymorphism is limited in most STRs and highly polymorphic STRs like DXS10011 are prone to mutations (4,5), it has recently been suggested that stable haplotypes of closely linked loci are used in kinship testing instead of a single STR (2).This approach of substituting single STRs with haplotypes consisting of clustered STRs resulted in the division of the chromosome X into the linkage groups 1-4 located at Xp22, Xq12, Xq26, and Xq28, each of which yields independent genotype information (2,6). Especially, 4 X-STR duos in the linkage groups 1-4 (DXS10135-DXS8378, DXS7132-DXS10074, HPRTB-DXS10101, and DXS10134-DXS7423) have been widely investigated in various population groups (6-12). Since each of the 4 STR clusters spans less than 0.5 cM, the clusters represent stable haplotypes, thereby providing highly informative tools for kinship testing (2,6).In the present study, we investigated the polymorphisms and haplotypes of the 4 tightly linked X-STR duos in Koreans and evaluated their efficiency in forensic practice. In addition, we provided relevant information about population differences with respect to allele distribution patterns and haplotype diversities.