NS5B区核酸序列测定的丙型肝炎病毒基因分型研究

目的了解昆明市丙型肝炎感染者HCV基因型分布特征。方法用RT-PCR法扩增40例HCVRNA阳性的患者血清样本丙型肝炎病毒NS5B区段,PCR产物纯化后进行测序分析,测序结果与参考序列共同构建系统进化树,得到丙型肝炎病毒基因型和基因亚型。结果丙型肝炎病毒NS5B区段基因序列的系统进化树分析能对丙型肝炎病毒感染者样本进行很好的分型;分型结果显示,昆明地区丙型肝炎病毒主要的基因型是3b型占45.0%,其次2a型占22.5%,1b型占20.0%,3a型占7.5%,6n型及6a型各占2.5%。结论构建丙型肝炎病毒NS5B区系统进化树分析能得到准确的HCV基因型和亚型;昆明地区的丙型肝炎病毒基因型以3型为主,其次2a、1b型,同时发现6型;昆明丙型肝炎感染者中HCV基因型分布更接近于中国香港和东南亚国家的丙型肝炎病毒基因分布。     

河南地区慢性丙型肝炎患者丙型肝炎病毒基因型分布研究

目的调查河南地区慢性丙型肝炎患者丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)基因型的分布特点。方法 106例慢性丙型肝炎患者的血清标本,采用反转录PCR扩增HCV NS5B区,产物直接测序,并构建进化树进行HCV基因分型。结果 106例患者中HCV分型阳性95例(89.6%),共检出7种基因型:1a、1b、2a、2b、3a、3b、6a,其中1a亚型1例(1.1%)、1b亚型56例(58.9%)、2a亚型18例(18.9%)、2b亚型1例(1.1%)、3a亚型6例(6.3%)、3b亚型2例(2.1%)、6a亚型11例(11.6%)。结论河南地区慢性丙型肝炎患者HCV基因型以1b型为主,其次为2a和6a型,基因型的分布呈现多样化。     

湖北地区慢性丙型肝炎患者HCV基因分型结果分析

目的 应用基因测序技术检测分析湖北地区慢性丙型肝炎患者的HCV基因型及其分布特点。方法 收集2013年2月～2015年7月武汉大学人民医院感染科447例HCV-RNA阳性的慢性丙型肝炎患者血浆标本,通过Sanger测序法测定HCV基因的NS5B区基因序列,然后与NCBI genebank数据库中HCV基因型数据进行比对,分析患者HCV基因型。结果 研究检测的慢性丙型肝炎患者血浆中,共检测出11种HCV基因型,分别是1a,1b,2a,3a,3b,6a,6b,1b/2a混合型,1b/2k混合型,6a/1b混合型和6d/6k混合型。其中,HCV1a型为7例(1.57%),1b型325例(72.71%),2a型67例(14.99%),3a型7例(1.57%),3b型20例(4.47%),6a型14例(3.13%),6b型2例(0.45%),1b/2a混合型2例(0.45%),1b/2k型1例(0.22%),6a/1b混合型1例(0.22%)和6d/6k混合型1例(0.22%)。结论 湖北地区慢性丙型肝炎患者的HCV-RNA基因型以1b型为主,其次为2a型,亦可见其他型别,提示湖北地区HCV流行的基因型呈多样性。     

山东地区448例丙型肝炎患者HCV基因分型状况分析

目的研究丙型肝炎病毒(HCV)基因分型,了解山东地区丙型肝炎的基因分型情况。方法收集448例丙型肝炎患者的血清标本,采用焦磷酸测序法对HCV感染标本进行分型。结果 448例丙型肝炎患者共检出7种基因亚型,分别为1b型288例(64.28%)、2a型137例(30.57%)、1a型13例(2.90%)、3b型4例(0.90%)、3a型2例(0.45%)、6a型2例(0.45%)、1a1b型2例(0.45%);对HCV基因型与性别、年龄的关系进行分析显示无明显相关性;2013-2016年各基因型患病率分析结果显示无明显的变化趋势。结论山东地区HCV感染基因型以1b型为主,其次为2a型;HCV基因型分布与性别、年龄差异无统计学意义(P0.05),且近4年山东地区各基因型年患病率无明显变化趋势。     

川南地区汉族人群丙型肝炎病毒基因分型及其与临床关系

目的了解丙型肝炎病毒(HCV)基因型在川南地区汉族丙型肝炎患者中的分布特点及其与丙型肝炎临床病变的关系。方法采用焦磷酸测序法对89例来该院就诊的丙型肝炎患者进行HCV基因分型,探讨不同基因型丙型肝炎患者之间病毒载量、肝功能损害指标[丙氨酸氨基转移酶(ALT)、天门冬氨酸氨基转移酶(AST)、碱性磷酸酶(ALP)、谷氨酰转肽酶(GGT)]及使用聚乙二醇干扰素联合利巴韦林治疗后的疗效差异。结果 (1)89例川南地区HCV-RNA阳性的丙型肝炎患者成功分型86例,共发现4种基因型7种亚型,按照1a、1b、2a、2b、3a、3b、6a的顺序,所占的比例依次是:2.4%、53.5%、3.5%、2.3%、3.5%、24.4%、10.5%,急性丙型肝炎、慢性丙型肝炎和丙型肝炎后肝硬化均以1b亚型为主,其次是3b、6a亚型;本试验敏感度为96.6%,特异度为100.0%;(2)丙型肝炎患者中,1b亚型HCV-RNA的载量、ALT、AST、ALP、GGT水平均明显高于其他型别患者,差异有统计学意义(P0.05);(3)1b亚型对干扰素联合利巴韦林药物治疗应答效果最差,6a亚型效果最好,与其他亚型比较,差异有统计学意义(P0.05)。结论川南地区HCV-RNA阳性的汉族HCV感染者以1b亚型为优势基因,3b、6a亚型也占有相当高的比例,其中1b亚型造成的临床损害较其他亚型严重,对抗病毒药物治疗的疗效也明显较其他亚型差。     

云南省丙型肝炎病毒基因型及3b型遗传进化树分析

目的了解云南省丙型肝炎患者HCV基因型分布,对3b型进行遗传进化树分析。方法应用丙型肝炎非编码区ABC程序酶切分型法对云南省46例HCVRNA阳性血清标本进行HCV基因分型研究。从根据5′端非编码区(5′NCR)ABC分型结果判断为3b基因型10例标本中随机选择2例(A18、A32)进行HCV5′NCRcDNA双向测序。结果通过46例HCV5′NCRRNA阳性标本分型研究,云南省HCV感染基因型依次为1b型、3b型、3a、1a和2b型、2a/2b等混合型,各型所占比例分别为34.78%、21.74%、10.88%、6.52%、17.39%。2例(A18、A32)3b型进行HCV5′NCRcDNA双向测序,根据测序结果进行基因进化树分析,云南省HCV3b型与GenBank号中国HCV5′NCR3b株的同源性为99%~100%。结论云南省HCV主要流行基因型为1b型,其次为3b型;应用5′NCRABC分型法可得到准确分型结果。     

武汉市区169例丙型肝炎患者HCV基因型状况分析

目的探讨武汉市丙型肝炎病毒基因型分布特点。方法采用巢式PCR扩增c DNA、基因测序法检测武汉市区169份抗-HCV阳性和HCV RNA增高患者的HCV基因型,目标检测基因型为1a、1b、2a、2b、3a、3b、4、5a、5b、6a共10个型。结果武汉市区169例HCV感染者血清中,基因1型115例(68.04%)、基因2型32例(18.93%)、基因3型16例(9.47%)、基因6型6例(3.55%),各基因亚型例数和其所占比例依次为1 b型113例(66.86%)、2 a型31例(18.34%)、3b型12例(7.10%)、6a型6例(3.55%)、3a型4例(2.37%)、1a型2例(1.18%)、2b型1例(0.59%),未检出4型、5a、5b和混合基因型,169例患者HCV以基因1b型为主。结论武汉市区丙型肝炎感染HCV主要基因型为1b型,其次为2a、3b、6a,而3a、1a、2b比例极低。     

武汉地区254例丙型肝炎患者HCV基因分型结果分析

目的 应用基因测序技术检测分析武汉地区慢性丙型肝炎患者的HCV基因型及其分布特点.方法 收集2013年2月-2014年1月武汉大学人民医院感染科254例HCV-RNA阳性慢性丙型肝炎患者血浆标本,通过Sanger测序法测定靶片段的基因序列,然后与NCBI genebank数据库中HCV基因型数据进行比对,分析患者HCV基因型.结果 研究检测的慢性丙型肝炎患者血浆中,共检测出11种HCV基因型,分别是1a,1b,2a,3a,3b,6a,6b,1b/2a混合型,1b/2k混合型,6a/1b混合型和6d/6k混合型.其中,HCV1a型为2例（0.79％）,1b型189例（74.41％）,2a型35例（13.78％）,3a型4例（1.57％）,3b型12例（4.72％）,6a型6例（2.36％）,6b型1例（0.39％）,1b/2a混合型2例（0.79％）,1b/2k型1例（0.39％）,6a/1b混合型型1例（0.39％）和6d/6k混合型1例（0.39％）.结论 武汉地区HCV-RNA基因型以1b型为主,其次为2a型,亦可见其他型别,提示武汉地区HCV流行的基因型呈多样性.     

基于丙型肝炎病毒NS5B基因序列分析的基因分型

目的：建立基于丙型肝炎病毒(HCV)NS5B基因序列分析的基因分型方法，对上海地区慢性丙型肝炎进行基因分型。方法：用HCVRNA实时荧光定量检测试剂盒对慢性丙型肝炎患血清标本的HCV RNA水平进行定量分析。用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)和套式-PCR扩增HCV RNA阳性的41份标本的部分HCV NSSB区基因，PCR产物经回收、纯化后直接进行测序分析。从GenBank中下载25份不同基因型的HCV原型序列，用NSSB区222bp的基因片段构建系统进化树，对临床标本相应的HCVNS5B区序列进行分析。结果：基于HCVNS5B基因序列的系统进化树分析，可成功地对本组41份标本进行基因分型。分型结果显示，1b型占85．4％(35／41)，2a型占12．20％(5／41)，3a型占2．44％(1／41)。结论：基于HCVNSSB区基因序列的系统进化树分析是一种可靠和方便的HCV基因分型方法。上海地区的HCV基因型以1b型为主。     

西北部分地区无偿献血人群HCV感染的分子流行病学的研究

目的探讨西北部分地区无偿献血人群中丙型肝炎病毒(HCV)基因型(亚型)的分布。方法收集无偿献血人群中HCV RNA阳性标本,通过RT-PCR扩增NS5B基因,测定其核苷酸序列后,与Genebank中已知序列进行分子进化分析,确定HCV基因型(亚型)。结果对西北部分地区(新疆、陕西、青海)137例HCV RNA阳性血清进行NS5B基因扩增,扩增阳性128例,其中1b占43.00%(55/128),2a占35.16%(45/128),3a占9.38%(12/128),3b占10.16%(13/128),6a占2.34%(3/128)。1b亚型之间同源性最高为99%,最低为93%,2a亚型之间同源性最高为98%,最低为91%,3a亚型之间同源性最高为98%,最低为91%,3b亚型之间同源性最高为98%,最低为93%。结论西北部分地区无偿献血人群中HCV基因分型以1b和2a为主,3a,3b,6a亚型占的比例较低,和中国内陆地区的基因型分布相似。     

深度测序法在检测HCV不同基因型/亚型混合感染中的应用

目的将深度测序法用于HCV感染者中不同基因型/亚型混合感染的检测。方法 2例HCV RNA阳性血浆标本(标记为1和2号标本),以NS5B和E1编码区为目的基因,经RT-PCR扩增后做sanger核苷酸序列测定,对其做基因分型发现2个编码区的分型结果后,重复3次NS5B基因PCR扩增;合并3次PCR产物用Ion TorrentTM半导体测序仪做深度测序。获得的序列用Geneious软件的"The map to reference algorithm"和"De novo assembly"2种方法做序列分析和比对,并用Mega 5构建进化树。结果 sanger测序:1、2号标本NS5B基因分型均为1b,E1基因分型均为2a;深度测序:2个标本均为HCV 1b与2a混合感染,其中The map to reference algorithm(Geneious)方法显示,1号标本中1b占92.7%、2a占3.8%、没有比对到的序列(unused seq)占3.5%,2号标本相应为84.3%、5.4%,没有比对到的序列占10.3%;De novo assembly(Geneious)方法显示,1号标本中1b占96.3%、2a占3.7%,2号标本相应为94.1%、5.9%。结论深度测序技术可以精确地获得HCV混合感染的不同基因型/亚型信息,De novo assembly(Geneious)分析HCV的深度测序数据更为精确和直观。     

云南省德宏州人民医院276例丙型肝炎病毒患者基因型分布

目的：了解云南省德宏地区丙型肝炎病毒(hepatitis C virus, HCV ) 基因型的分布特征。方法：选取2014年1月至2017年3月在云南省德宏州人民医院诊治的 HCV RNA阳性患者276例,采集其血清样本,采用PCR反向点杂交法分析HCV基因型（1a、1b、2a、3a、3b和6型）;对不能确定型别的样本采用非结构蛋白5B（nonstructural protein 5B,NS5B）测序法进行分型。结果：276例患者的HCV基因型中,主要为6型120例（43.48%）、3b型80例（28.99%）,其次是1b型33例（11.96%）、3a型30例（10.87%）、1a型9例(3.26%)、2a型4例（1.45%）。其中德宏地区的患者有151例,主要为6型61例（40.40%）、3b型53例(35.10%),其次是1b型15例(9.93%)、3a型14例(9.27%)、1a型4例（2.65%）、2a型4例（2.65%）。将德宏地区151例基因分型分布结果与国内其他地区进行比较,结果提示差异有统计学意义,云南省德宏州地区的HCV 6型及3型（包括6n、6u、6a、6m、6型混合）所占百分比明显高于其他地区,而1a和2a型检出百分比较低（P<0.05）。结论：云南省德宏州地区的HCV基因亚型共检出9种,主要以3b型和6型为主,其次是1b型及3a型,与国内其他地区比较有显著差异,提示本地区HCV亚型有其独特性。     

成都地区无偿献血者HCV基因型分布

目的研究成都地区献血者人群HCV感染的基因型分布。方法从血液筛查出的抗-HCV反应性血清标本中提取HCV RNA,RT-PCR获得HCV核酸C区及NS5B区序列片段,用MEGA软件构建序列进化树,分析HCV的亚型分布特征及可能的原因。结果对313例HCV RNA阳性标本分型结果如下,1b亚型283例,2a亚型14例,3b亚型7例,3a亚型3例,6a亚型5例,6u亚型1例;4和5基因型没有发现。结论在成都地区献血者人群感染的HCV中共有6个亚型分布。其中1b是绝对优势亚型,占90.41%(283/313);6u亚型在成都地区首次被检测到。     

丙型肝炎基因型分布特点及流行分析

目的分析萍乡地区丙型肝炎患者的丙型肝炎病毒(HCV)基因型,了解本地区丙型肝炎分布及流行情况,为慢性丙型肝炎的诊断、治疗及预防提供有力的依据。方法利用门诊及住院患者血清HCV抗体阳性标本,经荧光定量PCR检测HCVRNA阳性标本102例,用基因芯片进行基因分型检测。结果检测HCV感染标本102例,共检出7种基因亚型,分别为1b、6型、2a、1b+2a、1b+3a、3a和3b,其中1b占72.6,6型占8.8,2a占7.8,1b+2a占5.9,1b+3a占2.9,3a占1.0,3b占1.0。结论萍乡地区HCV基因型主要为1b,6型为第2常见亚型,混合基因型感染较多;有吸毒史、外伤史、输血史三者合计76例,占74.5。安源区和湘东区所占比例较大。     

云南和山西无偿献血人群HCV部分基因的核苷酸序列测定及基因分型

目的了解云南和山西2地无偿献血人群丙型肝炎病毒(HCV)的基因型分布及其差异。方法采用荧光定量PCR(Q-PCR),对所收集的203份ELISA检测抗-HCV阳性的无偿献血者标本(云南102份,山西101份)做核酸检测,对核酸阳性的标本做E1基因扩增和测序;E1基因阴性者,进一步做NS5B基因扩增;采用DNASTAR、Bi-oedit和Mega4等软件对E1、NS5B基因进行分析及分子进化研究。结果203份ELISA检测抗-HCV阳性的无偿献血者标本中,云南102份标本经Q-PCR检测出核酸阳性55份,从中扩增出E1基因43份,补做NS5B基因扩增获得阳性结果8份;山西省101份标本经Q-PCR检测出阳性46份,从中扩增出E1基因33份,补做NS5B基因扩增获得阳性结果6份。云南省献血者HCV基因型(亚型)可分为7种:1b[7.84%(4/51)]、2a[13.73%(7/51)]、3a[17.65%(9/51)]、3b[41.18%(21/51)]、6a[7.84%(4/51)]、6n[9.80%(5/51)]和6v[1.96%(1/51)];山西省献血者HCV基因型(亚型)较简单,可分为3种:1b[89.74%(35/39)]、2a[7.69%(3/39)]和3b[2.56%(1/39)]。结论我国云南和山西2地无偿献血人群中的HCV基因型(亚型)的分布存在明显的差异。     

中国丙型肝炎病毒基因型的进化树分析

目的了解丙型肝炎病毒的基因型在中国的分布,对各基因型做遗传进化树分析。方法分型方法按5′端非编码区(5′NCR)ABC程序酶切分型技术进行。应用BsrBⅠ、HaeⅡ、HinfⅠ、BstUⅠ、HaeⅢ等5种限制性内切酶,对HCV阳性血清进行分型研究。对1a、3b基因型进行HCVNS5bPCR,测序。对5′NCR和NS5b进行遗传进化树分析。结果测序结果证实中国存在HCV3b和1a型;进化树分析结果表明第86、98、123株样品与3bD49374相关,获美国NCBI的GenBank认证;第61株与HC J1D107491a型相关;5′NCR测序结果证实第16、62株与HC J82b型相关。结果表明中国存在着HCV1a、2b、3b型的感染。结论经过遗传进化树分析证实了ABC程序酶切分型技术可准确地检测1a～6aHCV基因型。     

寡核苷酸阵列芯片检测丙型肝炎病毒的基因型及临床应用

目的建立寡核苷酸阵列芯片方法，检测丙型肝炎病毒（HCV）感染后丙型肝炎患者的基因型。方法采用合成后点样的方法把自行设计合成的一系列寡核苷酸探针固定在经过修饰的显微镜载玻片上，制成用于HCV检测的基因芯片。结果对62例血清HCVRNA阳性HC患者进行基因分型，武汉地区HCV的流行株基因型主要为1b亚型（44．64％），2a亚型（19．65％）及混合型（7．14％），其余基因亚型较少见。结论采用寡核苷酸阵列芯片技术可对HCV进行基因型以及基因亚型的分析，方法快速、简便、敏感、特异。     

萍乡地区丙型肝炎基因分型

目的了解萍乡地区慢性丙型肝炎患者的HCV基因分型情况,为丙型肝炎病毒的诊断和治疗提供有力的依据。方法利用门诊及住院病人血清HCV抗体阳性标本,经荧光定量PCR检测HCV-RNA阳性的102例标本用基因芯片进行不同基因分型检测。结果检测HCV感染标本102例,共检出7种基因亚型,分别为1b,6,2a,1b+2a,1b+3a,3a和3b型,其中1b占72.6%,6型占8.8%,2a占7.8%,1b+2a占5.9%,1b+3a占2.9%,3a占1.0%,3b占1.0%。结论萍乡地区HCV基因型主要为1b与中国其它地区HCV基因型分布比较一致。     

慢性丙型肝炎患者血清基因型与HCV RNA的相关性研究

目的 研究丙型肝炎患者HCV基因型的分布,探讨基因型在性别上的分布以及基因型与HCV RNA病毒载量的相关性.方法 收集2010年5-12月来自40家医院的206例丙型肝炎患者的血清标本,采用瑞士罗氏公司生产的定量PCR试剂(罗氏试剂)对进行HCV RNA检测,应用雅培公司生产的Abbott RealTime HCV GenotypeⅡ试剂(雅培试剂)对206例丙型肝炎患者的血清标本进行基因分型,分析基因型在性别上的分布以及HCV基因型与HCV RNA病毒载量的相关性.结果 206份HCV RNA阳性血清标本中HCV1型(未具体分1a和1b型)占3.4%(7/206)、1a型占1.0%(2/206)、1b型占59.7%(123/206)、2型占15.5%(32/206)、3型占13.1%(27/206)、6型占2.9%(6/206)、1/6混合型占2.4%(5/206)、2/4混合型占0.5%(1/206),未分型占1.5%(3/206).132例基因1型和65例非基因1型(2型、3型和6型)患者HCV基因型在性别上的分布差异无统计学意义(x2=0.000,P＞0.05).188例患者不同基因型之间血清HCV RNA病毒载量差异有统计学意义(F=3.371,P＜0.05).将197例HCV单基因型患者按地区分为东、南、西、北、中5组,基因型1型与非基因1型在地区分布上差异无统计学意义(x2=5.840,P＞0.05).结论 丙型肝炎病毒感染以1b型为主,其次为基因2型.基因型在性别上的分布没有差异.基因1b型HCV RNA病毒载量高于基因3型,基因2型HCV RNA病毒载量高于基因3型,基因6型HCV RNA病毒载量高于基因3型.     

丙型肝炎病毒基因分型与治疗效果关系的研究

目的 分析丙型肝炎病毒（HCV）基因型与利巴韦林联合聚乙二醇干扰素α-2a治疗效果的关系,为临床抗HCV治疗提供依据.方法 选择179例慢性丙型肝炎初治患者进行利巴韦林联合聚乙二醇干扰素α-2a的标准方案进行治疗,采用实时荧光定量聚合酶链反应（PCR）进行HCV-RNA定量检测,采用基因测序检测进行HCV基因分型.治疗后评价持续病毒学应答（SVR）.结果 179例丙型肝炎患者中,HCV 1b型占79.3%,HCV 2a型占8.4%,HCV 3b型占5.0%,HCV 6a型占2.2%,HCV 1b、2a混合型占1.1%,其他型占4.0%.HCV 2a型患者获得SVR率明显高于HCV 1b型,差异有统计学意义（χ^2=4.956,P=0.026）.结论 该院HCV基因型主要为HCV 1b和HCV 2a型,HCV 1b型患者对标准治疗方案的疗效较2a型差.