AIDS相关全基因组关联研究进展

全基因组关联分析( genomewide association studies,GWAS)是应用人类基因组中数以百万计的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)为标记进行病例-对照关联分析,以期确定疾病相关基因、易感区域或疾病的标记物,从而探究复杂疾病遗传机制的方法[1].该研究建立在常见疾病具有常见变异的假设基础上,其基本思想是在一定规模的实验组和对照组中比较全基因组范围内所有SNP位点的等位基因或者基因型频率在某种疾病中出现的差异.若某SNP位点的等位基因或基因型在患病人群中出现的频率明显高于或低于对照组,则认为该位点与疾病间存在关联性,进而根据该位点在基因组中的位置和连锁不平衡关系推测可能的疾病易感基因.     

妊娠期糖尿病相关基因研究进展

GDM是一种由环境、生活方式、遗传等多因素共同参与和相互作用导致的妊娠期并发症,对母儿健康危害极大,随着人类基因组计划的完成、功能基因组学研究的开展及高通量基因分型技术的进步,越来越多的证据表明妊娠糖尿病同T2DM一样,遗传因素在发病机理中起到了重要作用,全基因组关联研究(GWAS)发现T2DM部分易感基因及单核苷酸多态位点(SNP)与GDM遗传易感性相关,此外,近年来在表观遗传基因方面,微小RNA(microRNA,miRNA)与GDM发病机制之间的研究逐渐被报道,本文就GDM相关的遗传基因及其多态性及miRNA的最新研究进展进行综述。     

HIV/AIDS的遗传背景及全基因组关联研究

宿主遗传背景是人类免疫缺陷病毒(HIV)感染机体后个体间表型差异的主要影响因素之一.它不仅影响HIV易感性,而且影响获得性免疫缺陷综合征(AIDS)进程.全基因组关联研究(GWAS)是一种在全基因组范围内检测与疾病相关基因的技术方法.目前,共有22项与HIV/AIDS相关的GWAS,发现了多个与HIV感染及AIDS进程相关的易感基因和位点.这些结果对研究宿主遗传背景在HIV感染中的作用、AIDS进程的预测及疫苗的研发都有重要意义.本文将对HIV/AIDS的遗传背景及其相关的GWAS作一综述.     

MHCⅡ类分子反式激活因子基因多态性与慢性乙型肝炎易感性的关联

反式激活因子(classⅡtransactivator,CⅡTA)是调控MHCⅡ类基因表达水平的限速因子,故将CⅡTA作为慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B, CHB)候选基因,分析其单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)与CHB易感性的关联。以福建医科大学附属闽东医院汉族患者为基础进行病例对照研究,其中596例CHB患者为病例组,313例HBV自限性感染者为对照组。采用Haploview 4.2软件筛选出CⅡTA基因的15个标签SNP,再用多重高温连接酶检测反应对所选标签SNP进行基因型检测。结果显示,CⅡTA基因内含子rs13333382[TT+TA vs AA:P=0.003,OR=0.65, 95%可信区间(confidence interval,CI)为0.49～0.87]和rs4780335(CC+CG vs GG:P=9.40×10~(-5),OR=0.55, 95%CI为0.41～0.74)多态性与HBV自限性感染呈正相关,而3'非翻译区rs1139564 (TT+TC vs CC:P=0.002,OR=1.61, 95%CI为1.19～2.16)多态性可增加CHB风险。因此,作者认为CⅡTA基因多态性与HBV感染结局存在关联。     

乙型肝炎病毒变异与肝细胞癌发生关系

乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)基因组复制时,以病毒前基因组RNA作为模板合成子代病毒DNA,催化该过程的逆转录酶缺乏校对功能,所以HBV易出现变异.近年来,各国学者通过比较肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者和非HCC患者的HBV基因序列,发现HBV基本核...     

人类白细胞抗原复合体与HBV感染的相关性研究进展

乙型肝炎是全球性公共卫生问题,据估计世界约有20亿人口曾感染乙肝病毒(hepatitis B virus,HBV),其中约4亿人发展为慢性,每年有600 000至1 200 000人死于HBV的感染[1].HBV感染后形成复杂的疾病谱,如亚临床感染、轻重程度不等的急性肝炎、慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)、肝硬化(liver cirrhosis,LC)和肝细胞癌(Hepatic cell carcinoma,HCC)等[2],具体形成机制尚不完全清楚,但环境、病毒(病毒载量、基因型、病毒变异)、宿主(健康状况、免疫特性)等被认为是影响HBV感染后病情进展的关键因素,尤其是宿主的免疫特性.人体免疫特性受主要组织相容性复合体(major his-tocompatibility,MHC)调控,此基因是编码人类白细胞抗原复合体(human leukocyte antigen,HLA)的机密连锁基因组,其具有向抗原特异性受体传递抗原多肽的特性,在免疫应答、免疫调控、破坏外来抗原等方面起重要作用[3].有关HLA基因多态性与HBV感染的临床转归国内外已进行了大量相关研究,但重复性较差,至今尚无定论,此领域仍有待进一步深入研究.本文就目前国内外研究现状作一简要综述.     

全基因组关联研究的策略及面临的挑战

在人类基因组测序费用还没有足够低廉的情况下,全基因组关联研究( genome-wide association study,GWAS)仍然是复杂疾病易感基因研究的有效策略之一.在此文中,对GWAS的研究设计、遗传分析方法、多重假设检验调整方法等基本原理和面临的挑战等问题进行了系统的阐述.     

SNP与肿瘤易感相关性研究进展

单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymorphism ,SNP)是基因组变异最丰富的一种DNA序列变化形式 ,反映了个体表型、疾病易感性和对药物、环境因子反应的差异。肿瘤是一种多基因遗传病 ,除涉及外界环境因素的作用外 ,还涉及到多个遗传易感基因的作用。现就肿瘤易感相关基因SNP与肿瘤易感相关关系进行综述 ,并分析其在肿瘤的一级预防、早期诊断等方面的应用前景和目前存在的问题     

结合功能预测值与Variable Threshold检验法研究非同义SNP

背景：目前,随着全基因组关联分析的开展,成千上万的SNP基因型测序已经使遗传流行病学的研究进入一个新的阶段。通常,识别疾病相关的遗传位点依赖于DNA序列的单个碱基改变,而其中的一些改变可能影响蛋白质的结构和功能。因此出现在编码区域并导致氨基酸替代或插入的非同义SNP由于改变了氨基酸序列,更倾向于影响与复杂疾病易感性相关的蛋白质功能。 目的：结合非同义SNP的功能预测分数和Variable Threshold (VT)检验提高复杂疾病易感基因识别的准确率。 方法：文中首先对非同义SNP,计算它们的SIFT分数值和Polyphen-2分数值。然后筛选了35个疾病基因,对这些基因采用加权的VT检验进行分析,并与传统的关联分析进行了比较。 结果与结论：结果显示结合了SNP功能预测分数的VT检验,检验效能要高于传统的关联分析,提高了风险基因识别的准确率。     

海府地区慢性HBV感染不同免疫状态患者基因分型、病毒变异研究

目的 了解海府地区慢性HBV感染不同免疫状态患者基因分型、病毒变异及其相互之间的关联性.方法 入选对象为海府地区慢性HBV感染患者,依照HBV感染自然史分为4组:慢性无症状HBV携带组、HBeAg(+)CHB组、HBsAg-IaC组、HBeAg(-)CHB组,各50例,PCR-RELP、PCR-反向点杂交法检测所有样本基因型、病毒变异.结果 ①4组患者B基因型感染分布比率分别为:60％、56％、62％、60％;C基因为:38％、38％、34％、32％;D基因为:2％、6％、0、6％;B+C基因为:0、0、4％、2％.各型基因在4组患者中感染同比分布差异无统计学意义(P＞0.05).4组之间优势基因均为B、C基因,尤以B基因感染为主.②4组患者均存在PC、BCP区变异,其中HBeAg(-)CHB组患者变异比例最高,其次为HBeAg(+)CHB组,与HBsAg-IaC组相较,差异有统计学意义(x2=24.73、18.32、6.78、3.84;P=6.59E-07、1.87E-05、0.009、0.049).③B、C型基因感染患者均存在PC、BCP区变异.PC、BCP区变异结果中C基因型发生比例较B基因型高,分别为:43.66％比15.97％、33.80％比10.92％,两者相较差异有统计学意义(x2=17.59、14.84,P=2.74E-05、0.000).结论 海府地区慢性HBV感染优势基因为B、C基因,尤以B基因为主,4种免疫状态均存在PC、BCP区变异.C基因型感染患者及HBeAg(-)CHB患者存在高PC、BCP区变异,可能更易引起严重的肝细胞炎症、坏死和纤维化修复、病毒的高复制及流行,因此,对患者基因分型及病毒变异进行有效监控,将为海府地区慢性HBV感染者的管理开辟新的途径,具有很高的临床实用价值.     

HBV基因转染对肾小管上皮细胞凋亡及表型转化的影响

乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)感染人体后不仅引起肝脏功能和结构的改变,还可引起肝外多种脏器损伤,其中乙型肝炎病毒相关性肾炎(hepatitis Bvirus associated glomerulonephritis,HBV-GN)最受人们关注.但其发病机制尚不清楚.研究发现肾小管间质纤维化在肾脏病变中有重要意义[1].我们前期研究发现慢性乙型肝炎患者TGF-β1水平升高,HBV-DNA阳性血清可导致肾小管HK-2上皮细胞凋亡及表型转化[2-3].因此用含3.2 kb HBV全基因组的AM12质粒转染HK-2,进一步探讨HBV在HBV-GN肾损伤中的作用及机制.     

MTNR1B基因多态性与2型糖尿病

2型糖尿病是一种与多基因、多因素相关联的具有明显遗传异质性的疾病.全基因组关联分析显示MTNR1B基因变异与胰岛素分泌、葡萄糖水平以及2型糖尿病发病有显著相关性.MTNR1B基因是2型糖尿病重要的易感基因之一,其变异可能通过减少β细胞胰岛素分泌,从而增加2型糖尿病的易感性.     

MTNR1B基因多态性与2型糖尿病

2型糖尿病是一种与多基因、多因素相关联的具有明显遗传异质性的疾病.全基因组关联分析显示MTNR1B基因变异与胰岛素分泌、葡萄糖水平以及2型糖尿病发病有显著相关性.MTNR1B基因是2型糖尿病重要的易感基因之一,其变异可能通过减少β细胞胰岛素分泌,从而增加2型糖尿病的易感性.     

中国科学家发现白癜风易感基因

由安徽医科大学张学军教授领衔的研究团队历时5年，运用全基因组关联分析研究（GWAS）成功发现了白癜风易感基因，首次在国际上明确白癜风是自身免疫性疾病，为最终征服白癜风这种复杂疾病奠定了第一步基础。     

藏族人群原发性高血压易感基因全基因组关联分析

目的通过全基因组关联分析(GWAS)发现并鉴定与藏族高血压关联的遗传变异。方法结合高通量芯片分析和高效DNA混合池策略的SNP-Ma P方法,对藏族原发性高血压(EH)患者与藏族正常对照进行了全基因扫描。筛选出有显著差异的位点后,用直接测序和PCR-RFLP的方法,进行群体验证,鉴定出各个基因型和相应等位基因的频率。结果在全基因组的遗传标记中,5个标签位点的等位基因频率在患者组与对照组之间存在显著差异(P9.2×10-8)。用直接测序和PCR-RFLP的方法进行群体验证,发现rs17136827和rs1866525两个位点的基因型和等位基因频率分布在两组间均无差异;rs9865108、rs12541835和rs4547758的基因型频率和等位基因频率在两组间的差异显著,携带C等位基因个体具有较高的EH发病风险。结论证实affymetrix Human SNP芯片和高效混合池策略结合的SNP-Ma P能够有效地大范围分析人类EH易感基因。rs9865108、rs12541835和rs4547758与藏族EH易感相关。     

单核苷酸多态性检测技术进展与全基因组关联研究

单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)是第三代遗传标记,在基因定位、遗传疾病等研究中发挥着重要作用.随着SNP检测技术的发展,在大规模人群中研究全基因组的变异位点与复杂疾病的关系已经成为可能.文章系统地介绍了全基因组关联研究(whole genome association,GWA)中所采用的几种高通量的SNP检测技术、原理、基因芯片及其商品信息,并对SNP技术在GWA研究中亟待解决的问题进行了阐述.     

HBeAg诱导HBV免疫逃逸的机制研究进展

乙型肝炎病毒e抗原(hepatitis B e antigen,HBeAg)阳性是慢性乙型肝炎处于免疫耐受期的主要表现之一。HBeAg可通过抑制乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)感染后的机体免疫应答,从而抑制机体免疫系统对HBV的清除,在诱导HBV免疫逃逸并导致HBV感染慢性化的过程中发挥重要作用。本文就近年来围绕HBeAg诱导HBV免疫逃逸的机制研究做简要综述。     

HBV疫苗接种后高、低、无应答个体B细胞特征的研究进展

乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)感染一直以来都是世界范围内严重的公共卫生问题,可导致急、慢性肝脏疾病以及多种并发症。接种HBV疫苗诱导机体B细胞分泌保护性的乙型肝炎病毒表面抗体(hepatitis B surface antibody,HBsAb)是预防HBV感染最重要的措施。研究表明不同个体对HBV疫苗应答的效应不一致,可分为超高/高、正常/中等、低/无应答,对其产生机制的研究可为高滴度HBsAb制备、HBV感染防治等提供参考。本文将对HBV疫苗接种后不同应答效应个体B细胞特征和机制的研究概况与进展进行综述。     

SNP检测技术进展与全基因组关联研究

单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism, SNP)是第三代遗传标记,在基因定位、遗传疾病等研究中发挥着重要作用。随着SNP检测技术的发展，在大规模人群中研究全基因组的变异位点与复杂疾病的关系成为可能。文章系统地介绍了全基因组关联研究（Genome-wide association studies，GWA）中所采用的几种高通量SNP检测技术、原理、基因芯片及其商品信息，并对SNP技术在 GWA研究中涵待解决的问题进行了阐述。     

74046例阿尔茨海默病确认11个新的易感基因位点的Meta分析

以往的文献报道确定了迟发性阿尔茨海默病( LOAD)的11个易感基因位点;然而,这种疾病大部分的遗传风险仍无法解释。本研究对欧洲人的全基因组关联研究( GWAS)进行了广泛、两个阶段的Meta分析。在第一(筛选)阶段,本研究使用基因分型和估算(包括7055881个SNPs数据),对以前发表的4个 GWAS 数据集进行 Meta 分析,包括17008例阿尔茨海默病病例和37154例对照。在第二(验证)阶段,对8572例阿尔茨海默病病例和11312例对照的11632个SNPs进行基因分型和测试。结合初筛阶段和验证阶段的综合分析,除APOE基因(编码载脂蛋白E)之外,有19个位点达到全基因组显著性(P<5×10-8),其中11个是与阿尔茨海默病相关联的新位点。