单核苷酸多态性与复杂性状疾病

单核苷酸多态性(SNPs)是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异而引起的DNA序列多态性,频率大于1%.SNPs在人类基因组中广泛存在,并通常以二等位基因的形式出现,便于进行大规模和高通量分析,因此是继限制性酶切长度多态性(RFLP)和微卫星之后的第三代遗传标记.SNPs在生物学诸多领域具有广阔的应用前景.本文简要叙述了SNPs与复杂性状疾病(如肿瘤、高血压、糖尿病等)的关系,以及SNPs在复杂性状疾病的致病基因定位、发病机制的阐明、个体化用药和药物设计等领域的应用.     

单核苷酸多态性在复杂性状疾病易感基因研究中的应用

大多数常见病都是一些复杂性状的遗传病,致病机制是由多个遗传易感基因与环境因素相互作用所致.目前认为一些常见的遗传变异,主要是指单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)与复杂性状疾病的易感有关.本文在以下几个方面对SNPs与复杂性状疾病易感基因研究的策略和方法学问题作了较为详细的综述:(1)SNP特点及其有关网上资源;(2)对直接测序法、单碱基延伸法、TaqMan法、基于实时动态荧光(动力学)PCR的等位基因特异扩增法,变性高效液相色谱(DHPLC)法和OLA/PCR 的SNPs基因分型方法的原理、通量和优缺点进行了比较;(3)SNPs与复杂性状疾病易感基因关联研究的策略.     

终末期肝脏疾病病人TNFα基因启动区单核苷酸多态性的分析

本研究通过对 12 1例肝移植病人ＴＮＦα基因启动区单核苷酸多态性的分析 ,探讨ＴＮＦα基因启动区单核苷酸多态性与终末期肝脏疾病的关系。一、对象与方法1 对象 :12 1例肝移植病人 ,均来自澳大利亚ＰｒｉｎｃｅｓｓＡｌｅｘａｎｄｒａ医院 1988～ 1999年收治的病人。其中 ,男 /女为72 /4 9,均为白种人 ,平均年龄为 43.9岁 ,诊断为酒精性肝硬化 31例 (2 5 .6 % ) ,病毒性肝炎后肝硬化 19例 (15 .7% ) ,原发性胆汁性肝硬化 18例 (14.9% ) ,原发性硬化性胆管炎性肝硬化 2 1例 (17.4% ) ,原因不明性肝硬化 9例 (7.4% ) ,其他 2 3例 (19.0 % )…     

大鼠Hrh1基因的编码区单核苷酸多态性研究

目的：对大鼠Hrh1基因编码区进行单核苷酸多态性（SNP）检测及定位。方法：提取健康SD大鼠全血基因组DNA,聚合酶链式反应（PCR）高保真扩增Hrh1基因的编码区（CDS）全长序列,结合DNA测序方法进行cSNP（coding SNP）筛查。结果：在大鼠Hrh1 CDS全长1461bp中,共有4个cSNP位点,分别为：①237位C／T多态;②928位A／G多态;③1041位C／T多态;④1342位A／G多态。其中928位、1342位为非同义cSNP,237位、1041位为同义cSNP。结论：大鼠Hrh1基因编码区内4个cSNP位点中928位A／G多态与1342位A／G多态引起的错义突变,可造成编码氨基酸多肽链一级结构的改变,从而可能影响受体蛋白的特性和功能。大鼠Hrh1 928 cSNP与1342 cSNP可能导致大鼠Hrh1基因遗传多态性,表现出Hrh1受体活性的个体差异。     

单核苷酸多态性的研究意义

单核苷酸多态性（SNP）作为第3代遗传标记，具有量大、高频率、低突变率等优点。广泛应用于基因组分析、生物信息自动化检测、简单和复杂疾病的遗传研究及全球种族遗传学研究等。本就SNP的遗传特性、检测、应用及存在问题作了综合性介绍。     

泉州市人群ABCG2基因rs3114018单核苷酸多态性与原发性痛风的相关性研究

目的 研究泉州市人群三磷酸腺苷结合转运蛋白G2基因(ABCG2)rs3114018位点基因多态性与原发性痛风的相关性,为痛风的早期诊断和预防提供参考。方法 本研究共选取了163例来自泉州市的痛风患者和187例健康对照志愿者。通过等位基因特异性聚合酶链式反应(AS-PCR)对SNP位点(rs3114018)进行基因分型,并用SPSS 16.0统计学软件分析不同基因型与原发性痛风的相关性。结果 痛风组CC基因型携带频率为36.20%,正常组携带频率为19.25%,两组比较差异有统计学意义(P<0.001)。Logistic回归分析显示,CC基因型与AA型比较,发病风险提高了4.619倍(OR=4.619,95%CI:2.437～8.869,P<0.001)。C等位基因携带者与A等位基因比较,发病风险提高了2.099倍(OR=2.099,95%CI:0.756～1.587,P<0.001)。另外,rs3114018位点的基因多态性对痛风发病的相关指标如血尿酸、尿素、C反应蛋白、甘油三酯、肾结石等有显著影响。结论 ABCG2基因rs3114018位点单核苷酸多态性可能与泉州市...     

单核苷酸多态性与冠心病的关联研究

冠心病是由多种危险因素引起的一种复杂的遗传病,近年来,应用单核苷酸多态性研究冠心病的易感因素的遗传基础成为热点,本文就冠心病的易感基因的单核苷酸多态性与冠心病的关系进行综述。     

环氧化酶-2-765位点单核苷酸多态性与宁夏人群慢性阻塞性肺疾病的相关性研究

目的探讨环氧化酶(cyclooxygenase,COX)-2基因启动子区-765位点与宁夏人群慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)的关联。方法收集319例COPD患者和551例健康对照者,运用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性技术(PCR-RFLP)对COX-2基因-765位点多态性进行检测。结果 COPD组中COX-2-765位点GG、GC、CC基因型频率分别为58.3%、39.2%和2.5%,对照组中分别为64.1%、33.0%、2.9%,两组基因型和等位基因频率经比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论 COX-2基因-765多态性位点单核苷酸多态性可能与宁夏人群COPD的发生无关联。     

线粒体DNA单核苷酸多态性研究进展

线粒体不仅是能量生成的场所,还参与脂肪酸的合成及某些蛋白质的合成。线粒体基因组(mtDNA)是约1650 bp的环状分子,含有37个基因,其中24个是合成蛋白质时所需的RNA编码基因,其余的13个基因参与编码呼吸链关键性复合酶的亚单位。所以mtDNA在调节机体氧化磷酸化中起关键作用。由于线粒体中的氧化呼吸链,mtDNA的突变率高于核中DNA,并且缺乏自我修复能力,mtDNA的任何突变都会累及到基因组中的功能区域,其突变和编码线粒体蛋白的基因组DNA的突变可导致线粒体功能的异常,对机体代谢、组织功能都有影响。笔者对线粒体单核苷酸多态性的生理、病理的新进展做一综述。     

双向等位特异PCR技术及其在单核苷酸多态性研究中的应用

目的：建立双向等位特异PCR体系,并将其应用于单核苷酸多态性（SNP）研究工作。方法：通过美国国家生物信息中心（NCBI）的Genbank获取基因序列及其相应位点的SNP信息。利用Primer5．0软件设计引物,并经NCBI的B1ast2．0软件检验其特异性。双向等位基因特异性引物PCR（Bi—PASAPCR）,将该技术应用于与张力蛋白在10号染色体上同源缺失的磷酸酶（PTEN）基因SNP的研究。结果：证实该技术具有较高的可靠性和优越性。结论：双向等位特异PCR技术是一种简便、特异性较高、费用低廉和便于推广的SNP检测方法,特别是在群体基因SNP研究中更有优势。     

MicroRNA 基因单核苷酸多态性与类风湿关节炎的相关性研究

目的 分析类风湿关节炎（RA）患者和健康人群microRNA-146a（miR-146a）、miR-499a、 miR-149 及miR-196a 多态性位点的相关rs2910164、rs3746444、rs2292832 及rs11614913 等位基因和基因型 频率分布的差异。探讨其与类风湿关节炎（RA）发病风险的相关性,以及与疾病活动性及严重性的关系。 方法 收集600 例RA 患者和398 例健康人群的外周静脉血,提取基因组DNA,采用基于连接酶检测反应的 单核苷酸多态位点（SNP）分型技术对研究对象的4 个SNP 位点进行检测。结果 rs3746444 位点的CT 基 因型与中国汉族人群RA 疾病的活动性和严重性相关,并且rs11614913 位点（miR-196a）与性别存在交互作用, 可能与RA 发病有关。结论 miR-499a 的rs3746444 位点的CT 基因型可能与中国汉族人群RA 疾病的活动 性和严重性相关。     

Association between single nucleotide polymorphisms and wheat-dependent exercise-induced anaphylaxis in Chinese population

Background Wheat-dependent exercise-induced anaphylaxis (WDEIA) is a complex disease resulting from interaction of environmental and genetic factors.The aim of this study was to investigate the associa...     

三种基因SNP与BAVM易感及出血风险的相关性研究

目的 探讨白细胞介素-17(IL-17A)、转化生长因子-β(TGF-β)及其受体(TGFRβ2)的单核苷酸多态性(SNP)与脑动静脉畸形(BAVM)易感及出血风险的相关性.方法 前瞻性收集BAVM患者外周血(n=53),健康对照人群来自体检中心(n=120).采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)法,检测IL-17A-197 G/A,TGFβ1-509 C/T及TGFRβ2-875 A/G基因的SNP特征,并做关联分析探讨以上基因SNP与BAVM易感及出血风险的相关性.结果 BAVM组与对照组比较,IL-17A-197 G/A和TGFβ1-509 C/T基因型及基因频率分布上的差异无统计学意义(P＞0.05),TGFRβ2-875 A/G基因型及基因频率分布差异有统计学意义(P＜0.05);BAVM出血组IL-17A-197G/A的G/G基因型和TGFRβ2-875 A/G的G基因频率明显高于未出血组(P＜0.05).结论 TGFRβ2-875 A/G的G/G基因型可能是中国南方人群易感BAVM的危险因素,IL-17A-197 G/A的G/G基因型可能与BAVM易破裂出血风险有关.     

microRNA-206单核苷酸多态性与乙型肝炎病毒相关原发性肝癌关系的初步研究

目的 探讨microRNA-206 (miRNA-206)单核苷酸多态性与乙型肝炎病毒(HBV)相关原发性肝癌遗传易感性及术后复发的关系.方法 共纳入三组受试对象,分别为128例HBV相关肝癌患者(HCC组)、121例慢乙肝患者(CHB组)及129例健康受试者(CON组).采用生物信息学方法预测并筛选位于miRNA-206启动子调控区域的三个标签SNP,基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法检测miRNA-206 rs16882131、rs6920648、rs945210三个SNP位点的基因型,分析其与HBV相关肝癌易感性及早期复发的关系.结果 miRNA-206 rs16882131基因型及等位基因分布在HCC、CHB、CON三组间差异有统计学意义,其突变基因型CC和等位基因C降低HBV相关肝癌发生风险(OR =0.354,95％ CI0.163～0.771;OR =0.182,95％ CI0.124 ～0.267),但与肝癌术后早期复发无显著相关性.结论 miRNA-206rs16882131多态性可能与HBV相关肝癌遗传易感性相关,但与肝癌术后早期复发无明显关系.     

骨保护素基因启动子单核苷酸多态性与脊髓型颈椎病的相关研究

目的探讨骨保护素基因启动子149、950T/C单核苷酸多态性与脊髓型颈椎病的相关性。方法提取192例脊髓型颈椎病和192例性别年龄匹配的健康人外周血DNA,聚合酶链反应产物根据限制性内切酶作用后不同分解产物和等位基因来判断每例患者骨保护素的基因型。确定对照组、疾病组不同的基因型及等位基因,评价颈椎病严重度以JOA评分,同时采用颈椎MRI评价病变节段,采用χ2检验比较两组的基因型分布差异。采用两元回归分析来确定脊髓型颈椎病的独立风险因子。结果在疾病组和对照组之间,149T/C基因型分布及等位基因频率间差异存在统计学意义。对于950 T/C单核苷酸多态性,两组分布差异并无统计学意义。对于149T/C基因型,其JOA评分、颈椎MRI受累节段两者差异无统计学意义。Logistic回归分析结果 149 T/C SNP、平均桌面工作时间为脊髓型颈椎病发病的独立风险因素。结论骨保护素149 T/C单核苷酸多态性与脊髓型颈椎病的发病有关,而与其严重度无关。950T/C单核苷酸多态性与脊髓型颈椎病的发病无明确相关性。149 T/C SNP、平均桌面工作时间为脊髓型颈椎病发病的独立风险因素。     

STAT4rs3024877单核苷酸多态性与ANCA相关性血管炎的关系

目的:分析STAT4rs3024877多态性与原发性中性粒细胞胞浆抗体（ANCA）相关性血管炎（AAV）易感性及肾损害病理特点的关联。方法:研究对象为2005年1月—2018年12月于广西医科大学第二附属医院就诊的AAV患者（AAV组,145例）和健康体检者（对照组,216名）,比较AAV组不同性别、基因型间实验室指标的差异。基因分型采取多重聚合酶链式反应-高通量测序（MPCR-HTS）的方法,比较两组间基因型、等位基因的分布频率差异。根据肾脏穿刺结果,分析不同基因型、等位基因与AAV患者肾脏病理类型的相关性。结果:AAV组中,女性比男性患者具有较低的白细胞（t=-2.00,P=0.04）、红细胞计数（t=-2.00,P=0.04）,较高的免疫球蛋白M水平（t=-1.99,P=0.04）。AAV组TT和CC基因型、T等位基因频率高于对照组,CT基因型、C等位基因频率低于对照组,分布差异均无统计学意义（基因型:χ2=0.764,P=0.682;等位基因:χ2=0.064,P=0.801）;AAV肾损害不同病理类型间的基因型、等位基因频率差异均有统计学意义（基因型:χ2=16.017,P=0.001;等位基因:χ2=14.306,P=0.003）,Logistic回归分析提示,T等位基因为新月体型（OR=7.273,95%CI:1.897~28.145,χ2=8.258,P=0.004）、混合型（OR=4.364,95%CI:1.060~17.961,χ2=4.165,P=0.041）的危险因素;TT基因型为新月体型（OR=16.000,95%CI:2.558~127.925,χ2=6.833,P=0.009）、混合型（OR=16.000,95%CI:2.001~17.961,χ2=4.165,P=0.041）的危险因素。结论:STAT4rs3024877基因多态性与AAV易感性不相关,与肾损害病理类型关联。     

蛋白激酶Cξ亚型基因内SNP的连锁不平衡分析

目的：对中国北方汉族人群2型糖尿病候选易感基因蛋白激酶Cξ亚型（PRKCZ）内的单核苷酸多态性（single nuceotide polymorphism,SNP),标记进行群体相关分析及连锁不平衡（linkage disequilibrium,LD)分析,寻找疾病相关单体型。方法：通过生物信息学方法公共SNP数据库中查找PRKCZ基因中的SNP位点,用单碱基延伸反应（single base extension,SBE)法对北方汉族散发2型糖尿病患者173例及对照组152例进行分型及病例－对照关联分析和LD分析,构建SNP单体型区段（haplotype block)。结果：PRKCZ基因中有多个SNP位点与疾病相关,它们在病例组和对照组构成不同的hahpltype block结构,由5个SNP位点组成的单体型频率在两组人群间存在显著差异,结论：PRKCZ基因内由5个SNP位点组成的单体型可能和中国北方汉族人2型糖尿病相关,进一步从统计学角度证了PRKCZ基因为该人群疾病易感基因。     

12个单核苷酸多态性位点与儿童急性淋巴细胞白血病易感性的关系

目的：鉴定国外全基因组关联分析（GWAS）报道的13 个儿童急性淋巴细胞白血病（ALL）易感性单核苷酸多态性（SNPs）位点与中国人群的关系,为我国儿童ALL预测及诊治提供新策略。方法：采用微流体动态芯片（IFC）,通过Fluidigm的JunoTM分析系统,对191例ALL患儿和191例健康志愿者的13个ALL易感性相关候选SNPs位点进行基因分型。对照组进行Hardy-Weinberg遗传平衡检验后采用χ2检验及logistic回归分析。结果：rs10849033 位点不满足Hardy-Weinberg遗传平衡,将该位点剔除。病例组与对照组风险等位基因频率存在明显差异的位点有位于ARID5B 基因的rs10821936（风险等位基因C频率为0.489,P ＜0.001,OR =1.692,95%CI =1.265～2.264）、rs10994982（风险等位基因A频率为0.598,P =0.016,OR =1.425,95%CI =1.068～1.901）,位于ZNF230 基因的rs7554607（风险等位基因A频率为0.721,P =0.002,OR =1.599,95%CI =1.179～2.169）,位于IKZF1 基因的rs11978267（风险等位基因G频率为0.191,P =0.001,OR =1.965,95%CI =1.301～2.968）、rs4132601（风险等位基因G频率为0.175,P =0.003,OR =1.871,95%CI =1.225～2.857）。结论：ARID5B 基因的rs10821936与rs10994982、ZNF230 基因的rs7554607位点多态性与我国儿童ALL发病相关,IKZF1 基因的rs11978267及rs4132601为我国儿童ALL潜在易感性位点。