山东省HIV-1感染者分子流行病学研究

目的了解流行于山东省境内艾滋病病毒(HIV-1)毒株的亚型及各种亚型的分布特点。方法对93例HIV感染者进行详细的流行病学调查，并采集外周静脉防凝血，提取前病毒DNA进行体外扩增，获得包膜蛋白(env)、核心蛋白(gag)、tat区基因的核酸片段，并对各基因区核苷酸进行测定和分析。结果发现在所有目标人群中共存在B、B’、C3种亚型以及CRF07-BC、CRF08-BC、CRF02-AG和CRF01-AE 4种重组毒株，B’亚型在人群和地域上分布最广，涉及献血员、受血者、二者的配偶和性乱人群，分布在山东省10个地市；CRF07-BC、CRF08-BC亚型以吸毒人群为主，分布在5个地市；CRF01-AE和其他亚型则主要为性乱人群，集中在几个经济发达的城市。结论山东省HIV-1亚型众多，各亚型在我省高危人群和地域分布不平衡，各有特点，从总的亚型流行特征来看，HIV-1在我省有流行加快的趋势。     

合肥市HIV/AIDS未治疗人群的耐药基因及亚型分析

目的了解合肥地区HIV/AIDS未治疗人群基因亚型和原发性耐药情况。方法应用巢式RT-PCR扩增HIV-1 pol区聚合酶基因,经DNA测序后进行系统进化树分析和耐药性分析。结果收集79例合肥地区HIV/AIDS未治疗者,经RT-PCR扩增并获得有效基因亚型序列65例,基因分型以CRF01-AE重组亚型最多39例（60.0%）;其次依次是CRF07-BC 21例（32.3%）、B亚型4例（6.2%）和CRF08-BC1例（1.5%）。1例蛋白酶抑制剂（PIs）主要耐药基因突变,2例反转录酶抑制剂（RTIs）耐药基因突变。总耐药突变率为4.6%（3/65）。结论当前合肥市主要的HIV-1流行亚型是CRF01-AE和CRF07-BC,HIV原发性耐药的发生率在国内处于较低水平。     

深圳市男男性行为人群人类免疫缺陷病毒1型流行株的聚集性分析

目的研究深圳市男男性行为(MSM)人群人类免疫缺陷病毒1(HIV-1)亚型的聚集性,为艾滋病的预防治疗提供科学依据。方法 RT-PCR巢式扩增深圳市MSM人群HIV-1病毒的gag基因和env基因,结合HIV数据库和MEGA4.02软件分析测序结果,确定亚型;建立进化树,比较各亚型的组内基因离散率。结果深圳市MSM人群中HIV-1流行株以CRF01-AE为主,占53.0%,与CRF07-BC、CRF08-BC、B、C共同存在,各个亚型均形成了簇集(cluster);B亚型cluster的基因离散率最大(gag区:9.5%,env区:16.1%),CRF01-AE形成了3个独立的cluster。结论深圳市MSM人群中流行的HIV-1毒株是复杂的,并且不同亚型的毒株也有各自的变异,以CRF01-AE和B亚型最为典型,病毒基因的变异对病毒的表型,疾病的进程及耐药性的影响尚待进一步研究。     

石家庄市男男性接触者HIV-1毒株亚型研究

[目的]了解石家庄市男男性接触者(MSM)HIV-1感染者HIV-1毒株亚型类型,为制定MSM人群干预措施提供科学依据. [方法]提取36例HIV感染阳性者外周血单个核细胞(PBMC)的核酸,利用套氏PCR方法扩增env基因部分片断,并对扩增片断进行序列测定和分析. [结果]36例阳性者中21份毒株与国际标准株B亚型聚在一起,而与其他国际标准株远离,其组内基因距离为10.3±1.0;与国际标准株的基因距离为15.7±1.6,与其他亚型国际标准株间的基因距离均在25以上,亚型分类属于B亚型.14份毒株与国际标准参考株01-AE.TH.90.CM240 ACCU54771最近,基因距离为9.6±1.9,组内距离为5.6±0.9,属于CRF01-AE亚型.1份毒株与08-BC亚型国际参考株08 BC.CN.97.97CNGx 6F ACC AY008715聚在一起,基因距离为9.7±1.2,属于CRF08-BC亚型. [结论]HIV-1在石家庄市MSM中的流行株以B亚型和重组亚型CRF01-AE最常见,也存在CRF08-BC重组亚型.     

河南省新确证艾滋病感染者毒株亚型分析

目的 了解河南省新确证的艾滋病感染者人类免疫缺陷病毒(HIV)亚型分布情况及其流行特征.方法 随机采集351例河南省2010年新确证HIV-1阳性者的全血样本,分离血浆,提取RNA,PCR扩增gag区基因并进行序列测定,对测序得到的序列进行生物信息学分析,确定基因亚型.结果 最终得到210条gag区基因序列,包含B、CRF01-AE、CRF07-BC、CRF08-BC、CRF01A1、CRF01B和CRF31-BC 7种亚型,其中B亚型185例(88.09％),CRF01-AE亚型12例(5.71％),CRF07-BC亚型8例(3.81％),CRF08-BC亚型2例(0.95％),CRF01A1、CRF01B和CRF31-BC各1例(0.48％).结论 河南省新确证的艾滋病感染者艾滋病毒有7种亚型,B亚型仍然占主导地位.     

山东省HIV-1流行株多基因区亚型分析

目的 了解流行于山东省境内HIV-1毒株的亚型,尤其是流行重组型毒株的种类及变异情况,分析其来源并推测其流行趋势。方法采集93份HIV-1感染者的外周静脉防凝血,提取前病毒DNA进行体外扩增,获得包膜蛋白（env）、核心蛋白（gag）、tat区基因的核酸片段,并对各基因区核苷酸进行测定和分析。结果发现在所有目标人群中共存在B、B,、C3种亚型以及CRF07-BC、CRF08-BC、CRF01-AG和CRF01-AE4种重组毒株,其中B’亚型数量最大71株（占77．2％）,CRF01-AE9株（占9．8％）,CRF07-BC、CRFOB-BC各3株（均占3．3oA）,B、C和CRF02-AG各2株（占2．2％）。3个基因区env区变异最大,gag和tat相对保守。3种优势亚型中,A／E变异最大,B’次之,B’／C最保守。结论山东省HIV-1流行毒株亚型众多。各优势毒株发生了不同程度的变异,在山东省有流行加快的趋势,应加强防控。     

广西HIV-1毒株膜蛋白V3环氨基酸变异分析

目的了解广西HIV-01亚型膜蛋白v3环的氨基酸序列特征及变异特点。方法应用nest—PCR对46份来自广西主要流行区的HIV-1重组毒株env基因区进行扩增后，使用ABI 310型测序仪测序，然后应用CLUSTAL、MEGA和dnatools等生物学软件对env基因区V3环及其临近区域的氨基酸序列进行分析。结果46份基因序列，43份为CRF01-AE（93．48％），3份为CRF08-BC（6．52％）；V3环氨基酸序列分析显示，CRF01-AE毒株存在7种类型：GPGQ（74．4％）、GPGR（9．3％）、GPGK（4．7％）、GPGH（4．7％）、GPGA（2．3％）、GRGE（2．3％）和RPGE（2．3％），而CRF08-BC毒株V3顶端四肽为GPGQ；根据V3环关键氨基酸推测辅助受体使用情况，结果显示：60．47％的CRF01-AE重组毒株可能使用CCR5为辅助受体，39．53％不能对辅助受体的使用做出预测，CRF08-BC重组毒株100％可能使用CCR5。结论目前广西HIV-1的主要流行株是CRF01-AE；V3环序列高度变异，顶端四肽主要是GPGQ，可能为NSI型毒株。     

HIV-1基因突变株对贵州省艾滋病流行的影响

目的研究HIV-1基因突变株对艾滋病流行的关系,为控制艾滋病流行提供科学依据。方法分3个时段检测贵州省多地区192份HIV-1毒株样本,用套式PCR扩增其Env、Gag基因和测序分析,实验结果与贵州省艾滋病流行现状进行相关分析。结果贵州省HIV-I毒株经变异产生了CRF07-BC、CRF08-BC、CRF01-AE3种新的基因重组亚型毒株,亚型的产生、传播与贵州省艾滋病的暴发流行高度相关。结论 HIV-1毒株的突变或重组是加速贵州省艾滋病传播与流行的因素之一;HIV-1基因突变引起亚型改变先于HIV的暴发流行,及时监控HIV-1基因突变,可作为防控艾滋病暴发流行的先行指标之一。     

新余市HIV-1流行毒株基因分型及其流行特征分析

目的了解新余市HIV-1的流行亚型、遗传多样性及其分子流行病学特征,为艾滋病的治疗与预防提供实验室数据。方法随机收集49份血清抗-HⅣ阳性者的血浆标本并提取RNA,逆转录为模版DNA后采用巢式PCR法扩增基因e聊及gag,并对扩增产物进行测序,Blast比对确定基因亚型,构建系统进化树,分析其流行病学特征。结果 49份标本中,扩增出env及gag基因片段18份(36.73%),共发现2种基因型,其中CRF01-AE亚型16份(88.89%)、CRF07-BC亚型2份(11.11%)。两基因构建的系统进化树高度一致,主要是CRF01-AE、CRF07-BC流行。结论新余市至少有2种HⅣ-1基因亚型在流行,都为重组型,其中CRF01-AE为主要亚型。新余市应更加重视HIV-1基因亚型和变异的监测。     

贵州省HIV-1毒株基因亚型变异特征分析

目的 分析贵州省人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)毒株亚型的变异特征,为获得性免疫缺陷综合征(艾滋病,AIDS)防治提供科学依据.方法 收集贵州省1998、2002、2007年HIV-1感染者190例,采集血液样品,采用巢式聚合酶链反应(nested PCR)扩增env基因并进行测序分析,与国际标准亚型毒株和其他地区阳性株进行对比,根据[同源性、离散率等]分析HIV-1毒株亚型的变异特征.结果 贵州省HIV-Ⅰ毒株经变异产生3种新亚型毒株,B、B′、C亚型通过基因重组变异为CRF 07-BC、CRF08 -BC流行性重组亚型毒株;E亚型毒株变异成了CRF01-AE重组亚型毒株;3种亚型毒株分别占当年核酸检测阳性数的63.41％、36.59％、52.10％;CRF07-BC、CRF08-BC与来源于印度的C.IN.92.同源,CRF01-AE与从欧美传入泰国的01 AE.TH90.同源;变异后的BC亚型组内基因离散率为(0.049±0.007)％,AE亚型的组内基因离散率为(0.064±0.008)％.结论 贵州省的HIV-1毒株具有高度变异特性;HIV-Ⅰ变异毒株在传播和流行中较易形成当地流行的优势毒株.     

不同途径感染人群HIV-1亚型分布

目的 了解河北省石家庄市不同感染人群人类免疫缺陷病毒Ⅰ型(HIV-1)亚型及分布特点.方法 从石家庄市报告的148例HIV-1抗体阳性者抗凝全血中提取前病毒DNA,用套式聚合酶链反应(nested-PER)扩增病毒膜蛋白(ENV)基因的C2-V3区并进行序列测定,与国际标准参考序列比较确定亚型.结果 148例样品分属8个亚型,45例为欧美B,37例为CRF07-BC,35例为泰国B(B'),25例为CRF01-AE,C和CRF02-AG各2例,CRF03-AB和CRF11-CPX各1例.结论 既往供受血人员和注射吸毒人群感染的HIV-1亚型相对单一,性传播亚型分布较广.     

HIV-1重组毒株gag区快速基因分型方法

目的建立一种简便、快速基因分型方法,对广西人类免疫缺陷病毒（HIV-1）重组毒株gag基因区进行亚型鉴定。方法从HIV阳性样本中提取核酸,使用HIV-1 M组通用引物对gag区进行第1轮扩增,第2轮使用分别检测C亚型和CRF01-AE重组型的二套特异性引物放入同一反应管中进行扩增,根据不同亚型扩增的目的带位置不同判断亚型。另外设计了一套引物,专门用于检测B’/C重组毒株。扩增出的所有样本均进行基因测序和系统树分析以验证结果。结果54份样本中,经基因测序和系统树分析证实CRF08-BC样本4份（7.41%）,CRF01-AE样本46份（85.18%）,4份（7.41）无法确定亚型。经亚型特异性引物PCR法检测出4份（100%）B’/C重组毒株,45份（97.83%）CRF01-AE重组毒株,灵敏度为98%,特异性为100%。2种方法检测结果经差异性检验显示,P〉0.05,差异无统计学意义,结果一致性高达98.15%。与基因分析结果吻合。重复实验显示,B’/C的平均重复性为100%（20/20）,CRF01-AE为98.3%（59/60）。结论该方法具有简便、快速,高度灵敏度和特异性的特点,可直接对广西HIV-1重组毒株CRFO 1-AE gag基因区进行分型。     

广东省艾滋病患者HIV-1基因亚型分析

目的 了解目前广东省HIV/AIDS患者HIV-1基因型的流行状况.方法 用套式PCR对222例HIV/AIDS患者外周血单核细胞(PBMC)中HIV前病毒DNA膜蛋白env基因C2-V4区及其邻近区域片段进行扩增,并对片段进行序列测定,与国际HIV-1标准毒株序列进行比较,依据同源性确定基因型.结果 222例患者中,...     

广西HIV-1重组流行株env基因V3-V4区序列变异分析

[Objective] To study the genetic variations of V3-V4 and flanking regions of the env gene from the circulating recombinant form （CRF） of human immunodefieiency virus type 1 （HIV-1） in Guangxi. [Methods] 24 samples were collected from the prevailing area of HIV-1 in Guangxi. Fragments of the HIV-1 env gene were amplified by nest-PCR from proviral-DNA templates of HIV-1 infected individuals. The PCR products were then directly sequenced by using ABI 310 DNA SEQUENCER. The sequencesof V3-V4 region and flanking region of the env gene from CRF were carried out amino acid mutations by CLUSTAL. MEGA and dnatools software. [ Results] Of the 24 samples, 21 samples （ 87.5% ） were infected with CRF01-AE. 3 （12.5%） were infected with CRF08-BC. Phylogenetic tree analysis showed that 21 CRF01-AE strains clustered with 97CNGX2F andTHCM240, while 2 CRF08-BC strains were closely related to CRF08-BC.98CN006 and CRF08-BC. 97CNGX6f, and 1 CRF08-BC clustered with C.95IN21068. Nueleotied sequence analysis showed that DNA distances in V3-V4 regions of the env gene of 24 samples were closely related to the normal strains in Guangxi, and majority of amino acid substitution occurred in C3 and V4 regions rather than V3 region. [Conclusions] Majority of genetric variation in V3-V4 regions of the env gene from recombinant form of CRF01-AE occur in the C3 and V4 regions rather than V3 region.     

云南省2014―2018年HIV-1流行毒株遗传变异及基因亚型分布

  目的   调查云南省2014―2018年人类免疫缺陷病毒1（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）毒株基因亚型和重组型流行分布情况及其原始传播溯源。   方法   收集2014―2018年云南省16个州（市）2 604例在定点医院随访的HIV感染者或艾滋病患者的血样及流行病学信息,扩增HIV-1pol区基因,应用Genotyping和BLAST在线分析工具及软件MEGA 6.06确定毒株亚型,通过计算基因距离和系统进化树分析鉴定HIV-1重组型,阐明云南省HIV-1基因亚型的地区和人群分布特征。   结果   经扩增后共获得1 843条pol区序列,云南省HIV-1毒株主要亚型占比为CRF08_BC 55.8%,CRF07_BC 13.4%,CRF01_AE 14.3%,C亚型3.1%,B（B'）亚型2.6%,独特重组型（unique recombinant forms,URFSs）8.1%,其他2.7%。其中,CRF08_BC为最常见亚型。HIV-1基因型分布在年龄,感染途径,民族上的差异均有统计学意义（均有P < 0.05）。16个州（市）各亚型的分布均有差异（均有P < 0.05）。其中,德宏、保山和怒江主要以CRF01_AE为主,丽江和迪庆主要以CRF07_BC为主,其余地州主要以CRF08_BC为主。   结论   云南省16个州（市）HIV-1亚型以CRF08_BC流行为主,各种常见亚型均存在,仍有新型流行重组型（circulating recombinant forms,CRFs）出现,与2012―2014年的资料相比较,在地区、民族、年龄和感染途径方面有变化,应密切监测。     

上海市人类免疫缺陷病毒阳性人群HIV-1分布特征分析

[目的 ]　分析上海市人类免疫缺陷病毒 (HIV )阳性人群HIV -1分布特征 ,为制定预防HIV传播措施提供科学依据。　 [方法 ]　选择 40例不同感染途径的HIV阳性者 ,提取其血浆中核酸进行扩增 ,然后进行序列测定 ,确定其HIV -1型别。　 [结果 ]　 3 8例分离到核酸的阳性者中 ,发现 4种HIV -1亚型 (A、B、B’和C)、2种重组亚型 (CRF0 1_AE和CRF0 8_BC)和 1种未见报道的亚型 (CRF0 1_AEenvBgagUpol)。不同人群感染毒株不同 ,经性接触传播感染者感染毒株较为广泛 ( 7种 ) ,而经血传播者都为B/B’亚型。　 [结论 ]　上海地区存在着多样的HIV -1亚型和重组毒株