校内宋内志贺菌暴发疫情的溯源和耐药性分析

目的对由宋内志贺菌引起的2所学校细菌性痢疾暴发分离株进行分子流行病学分析,追溯传染来源;同时了解分离株的耐药状况。方法对该起疫情中分离的32株宋内志贺茵,用BInⅠ酶切进行PFGE分子分型,所得图谱用Bionumerics6.0软件UPGMA算法进行聚类分析,观察患者分离株之间及和环境株的相似性;利用K-B法对宋内志贺菌进行耐药性检测。结果从患者分离的31株和自备井水分离1株宋内志贺菌指纹图谱完全相同,聚类分析相似度为100%;32株菌均对氨苄西林、四环素、萘啶酸、链霉素、复方新诺明、磺胺异噁唑、甲氧苄氨嘧啶、头孢噻肟耐药。结论引起2所学校宋内志贺痢疾的暴发菌株和环境株为同一来源菌株,结合流行病学调查结果判断为井水受到污染引起疫情暴发,且引起该起疫情的菌株对多种抗生素耐药。     

脉冲场凝胶电泳分型技术应用于宋内志贺菌溯源分析

目的：分析四川省成都市2006年崇州、大邑两地相继暴发的宋内志贺菌食源性感染疫情中病人分离菌株之间,及其环境分离菌株之间的分子分型特征和遗传相关性,推断传染来源。方法：收集两地疫情暴发期间分离的宋内志贺菌株,用脉冲场凝胶电泳（PFGE）对菌株进行分子分型,所得结果用BioNumerics V4.0软件UPGMA方法进行聚类分析。结果：共测试56株菌,用XbaⅠ酶切后PFGE可分为14个带型。其中崇州菌株38株,有26株带型完全相同（包括1株环境株）;有37株菌分布于5种带型,其相似性在97%以上。大邑菌株18株,有10株带型完全相同;其余8株有7种带型,相似性较差。两地之间菌株分子分型差异明显,其相似性小于92%。结论：确证崇州、大邑两地确有宋内志贺菌食源性感染疫情的暴发,但两地之间无交叉传染关系;提示崇州的宋内志贺菌疫情是由食物凉拌菜引起;提示大邑本地有较高的宋内志贺菌流行水平和复杂的传染源。     

广西三起菌痢疫情病原药敏特性及分子分型

目的了解广西三起细菌性痢疾疫情中宋内志贺菌的耐药情况及其同源性。方法采用微量肉汤法对从三起疫情分离到的43株宋内志贺菌进行药物敏感性试验,根据最低抑菌浓度进行分析和判读。对菌株基因组DNA进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型,利用Bio Numerics分析软件对图谱进行聚类分析。结果分离到的43株宋内志贺菌对氨苄西林、头孢曲松钠的耐药率均为100.00%,对甲氧苄啶/磺胺甲噁唑的耐药率为97.67%,对环丙沙星无耐药。43株宋内志贺菌可分为23个PFGE带型,带型的相似度为86.70%。结论三起菌痢疫情分离株的药敏特性高度一致,对青霉素类、头孢类(Ⅲ代)抗生素耐药严重;三个地区菌株具有高度同源性,说明存在同一克隆系的宋内志贺菌跨地区流行。     

一起学校细菌性痢疾暴发疫情的病原追溯 和流行病学特征分析

摘要:目的　对学校发生的一起细菌性痢疾暴发疫情进行调查,并采用脉冲凝胶电泳（PFGE）方法对菌株进行同源性分析,为查找传染源、切断传播途径,提供参考依据。方法　开展现场流行病学调查,采用描述流行病学的方法对暴发原因进行分析,同时采集患者粪便、水样进行细菌学培养,运用PFGE对分离的菌株进行同源性分析。结果　此次暴发疫情的调查共发现病例60例,罹患率为10.12%,发病人群均为小学学生;从53例患者的粪便中共检出30例痢疾阳性病例,且菌群均为宋内志贺菌;水样检测发现2号水井及其旁边的水塘存在宋内志贺菌;对4份病例的粪便、2份水样进行PFGE分析,其结果显示,6份样本所检出菌株的电泳带型完全相同。结论　该事件是一起因饮用宋内志贺菌污染的水源而导致的细菌性痢疾暴发疫情。     

福建省志贺菌PFGE分型研究

目的了解福建省志贺菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型情况,描述基因群的流行及分布特征,探讨优势血清群的变迁规律。方法收集2005-2010年志贺菌96株,分离自临床患者。选择NotⅠ进行酶切,H9812作为脉冲场凝胶分子量标准。采用脉冲场凝胶电泳技术分析电泳酶切指纹图谱,运用BioNumer-ics软件进行聚类分析。结果按照100%的相似度可将34株福氏志贺菌酶切图谱分为27种PFGE型别;将62株宋内志贺菌酶切图谱分为43种PFGE型别。根据TENOVER原则,福氏志贺菌有2个优势基因群G1-G2,宋内志贺菌有4个优势基因群GI-GIV。优势基因群集中分布于7～10月,其他PFGE型别分布比较分散,无明显时间和地区的聚集性。结论福建省志贺菌分子分型呈现多样性,宋内和F4c的某些基因群可能逐渐演变为福建省优势且稳定的志贺菌流行菌株。     

浙江省引起暴发的宋内志贺菌的耐药性及分子分型研究(2006)

目的：了解引起浙江省菌痢暴发的宋内志贺菌耐药性及分子分型情况，为流行病学溯源及合理有效使用抗生素提供依据。方法：77株志贺菌均按GB16002-1995标准进行鉴定分型，并采用Kirby-Bauer法检测其对14种抗生素的敏感性，并采用WHONET5．3软件，对菌株的耐药性进行分析。同时，通过脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术对菌株进行分子分型，通过同源性分析以确定菌株间的亲缘关系。结果：77株宋内志贺菌对氨苄西林、利福平的耐药率最高，达100．0％，其次是红霉素98．7％；对诺氟沙星、环丙沙星最敏感，其敏感性高达98．7％。脉冲场凝胶电泳分型77株试验菌株共分为3个PFGE基因型，1型16株占20．8％，庆元、苍南菌痢暴发可能源于同一宋内志贺菌克隆系；2型34株占44．2％，常山、龙湾菌痢暴发可能源于同一宋内志贺菌克隆系；3型27株，均分离自江山，占35．0％。结论：宋内志贺菌是2006年引起浙江省菌痢暴发的主要菌型，多重耐药现象严重，基因型间差异较小，抗生素型与基因型间无明确关系。     

上海市静安区儿童腹泻中分离的宋内志贺菌脉冲场凝胶电泳分析

[目的]研究上海市静安区2006～2008年儿童腹泻标本中分离的20株宋内志贺菌的耐药性和脉冲场凝胶电泳图谱特征。[方法]采用K-B法检测对16种抗生素的敏感性,并用WHONET5.3软件对菌株的耐药性进行分析。通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术对菌株进行分子分型,通过同源性分析以确定菌株间的亲缘关系。[结果]20株宋内志贺菌对利福平和奈啶酸100%耐药,对四环素、氨苄青霉素、复方新诺明的耐药率≥85%。主要分为6种复合耐药型。19株宋内志贺菌被分成16个带型,聚类分析显示属于来源高度相似的克隆系。[结论]建立了本区的宋内志贺菌脉冲常凝胶电泳分析方法和初步带型数据库。宋内志贺菌存在多重耐药现象,抗生素型与基因型间无明确关系。     

深圳市志贺菌脉冲场电泳分子分型分析

目的 分析深圳市2001-2006年分离志贺菌菌株之间的相关性,初步建立志贺菌的脉冲场电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)分子分型监测网络.方法 55株志贺菌基因组DNA经Xba Ⅰ酶切,通过PFGE获得电泳图谱,利用BioNumerics软件对图谱进行聚类分析.结果 55株志贺菌被分为41种PFGE图谱,聚类分析显示32株细菌谱型属于同一个群,其余菌株谱型差异较大.结论 深圳地区存在遗传紧密相关的志贺菌流行克隆,也存在遗传不相关克隆.PFGE分子分型监测网络的建立,有助于细菌性痢疾的主动监测、暴发调查和传染源追踪.     

北京市2010年细菌性痢疾病原学分析

目的掌握北京市2010年细菌性痢疾的血清学分布以及脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)分子分型特征,为流行病学研究提供合理依据。方法从形态特征、生化反应、血清分型、PFGE分子分型方面对北京市6个区的肠道多病原监测点分离到的195株志贺菌进行了系统鉴定和病原学分析。结果 195株志贺菌包括福氏志贺菌33株(16.92%)、宋内志贺菌162株(83.08%);福氏志贺菌血清型以F2a为主。7、8、9三个月志贺菌的发病率最高。选择其中55株宋内志贺菌进行脉冲场凝胶电泳分析,结果显示55株菌可以分为27个带型,其中以J16X01.BJ0016带型(11株)和J16X01.BJ0011(7株)为主。结论北京市2010年6个监测区县分离到的志贺菌包括福氏和宋内2种血清群,以宋内志贺菌为优势血清群,福氏志贺菌以F2a血清型为主。8月份为志贺菌高发季节。J16X01.BJ0016为宋内志贺菌PFGE优势型别。     

一起学校细菌性痢疾暴发疫情流行病学调查

分析学校发生的一起细菌性痢疾暴发疫情状况,并采用脉冲凝胶电泳(PFGE)方法对致病菌株进行同源性分析,为今后此类疫情的防控提供经验.方法 开展现场流行病学调查,采用描述和分析流行病学的方法对暴发原因进行分析,同时开展病原学检测,运用PFGE对分离的菌株进行同源性分析.结果 此次疫情波及2所学校,即A中学和B小学.共发现病例358例(疑似病例291例,确诊病例67例),其中A中学233例,罹患率为4.82%;B小学125例,罹患率为2.88%,均为学生.从37例患者的粪便中共检出20株宋内志贺菌;对23株宋内志贺菌进行PFGE分析,发现A中学和B小学的菌株分型为同一带型.饮用直饮水生水是该次疫情发生的主要危险因素(OR=2.04,95%CI=1.18~3.53),但不排除与相似症状病人接触和不洁的生活习惯是可能危险因素.结论 在学校开学之际落实各项菌痢防控措施,提高学校卫生工作质量非常重要.     

2008年海南省霍乱暴发分离株的分析

目的 分析海南省2008年霍乱暴发菌株的分子分型成簇性,为疫情分析提供分离株的病原学特征,协助疫情判断.方法 从本次霍乱疫情患者中分离69株,外环境分离7株[其中患者家厕所1株,水样1株,患者家附近鱼(池)塘3株,患者上卫生所就诊时呕吐地面的涂抹拭子1株和海南大学食堂菜刀涂抹拭子1株]共76株,对分离株进行常规病原学检测,利用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术获取受试菌株的DNA分子指纹图谱并对其结果进行聚类分析,将PFGE图像应用BioNumerics(Version4.0)数据库软件(Applied Maths BVBA,Belium)进行处理,识别图像条带,自动生成得出相似系数.结果 2008年海南省暴发霍乱疫情中分离的76株霍乱菌株中,6月份分离到的5株分离菌株图谱相同,相似系数达100%;10-11月份自患者和环境水体中分离到的70株菌图谱完全一致,相似系数达100%,但与6月份分离株的图谱不同;1株在暴发中分离自食堂菜刀的菌株,其图谱与其他菌株差异较大,相似系数为79.7%.结论 海南2008年存在不同的霍乱暴发,10-11月出现在不同市县的疫情可能属于一起较大范围的流行,环境水体污染是传播的不可忽视的环节.     

丰台区2013年水产品及腹泻患者中副溶血性弧菌脉冲场凝胶电泳分型

目的 分析丰台区2013年水产品和腹泻患者分离的副溶血性弧菌分子生物学特征及其两者之间的遗传相关性,建立丰台区副溶血性弧菌分子分型数据库。 方法 对水产品及腹泻患者中分离到的72株副溶血弧菌进行PFGE分子分型,利用BioNumerics 5.10分析软件对图谱进行聚类分析。 结果 50株水产品来源的菌株分成48个PFGE型、22株腹泻患者来源的菌株分成13个PFGE型、对菌株间的相似性进行比较发现8个100%同源的PFGE型,其他菌株的分子特征的同源性均大于50%,水产品和腹泻患者来源的菌株分子特征同源性小于80%。 结论 丰台区2013年腹泻患者分离株与水产品分离株间PFGE带型具有相似性,但是两者间的关联需要进一步流行病学证据支持。水产品来源菌株基因型呈多态分布,腹泻患者菌株整体没有发现明显优势菌群。     

肠道致病菌暴发事件中分子分型技术的应用

目的探讨建立快速敏感的肠道病原菌的诊断分型方法。方法2002年7月用脉冲场电泳胶（PFGE）与噬菌体分型实验方法对发生在日本静冈县的4起暴发事件中29株宋内志贺菌（Shigella.sonnei）分离株与1999年口本静冈县某区现场分离的12株肠出血性大肠埃希菌（enterohemorrhagic Escherichia coli,EHEC）O157：H7菌株进行分型。结果4起事件中Shigetta．sonnei的PFGE结果显示,同起事件的DNA条带几乎一致;2起EHEC O157：H7暴发事件中,同起事件的PFGE条纹几乎一致,而3株散发菌株的PFGE条纹各异;12株EHEC O157：H7噬菌体分型结果也显示了比较好的分型力。结论PFGE具有分型能力强、重复性好等特点,能直观地判断肠道致病菌的亲缘关系,及时查明暴发流行的传染源,从而有效控制疫情的蔓延。     

某地3起沙门菌肠炎暴发疫情溯源分析

目的某地区1月内连续地发生3起由肠炎沙门菌引起的食源性疾病,应用脉冲场凝胶电泳分型技术对疫情分离菌株进行分析,为查找传染源和传播途径,控制疫情发展提供依据。方法运用限制性内切酶XbaⅠ,对3起疫情中分离的7株肠炎沙门菌进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型,BioNumerics V4.0软件UPGMA方法进行聚类分析。结果 3起疫情中分离的7株肠炎沙门菌交叉分为3个基因型,其中分别从疫情1、2、3中的4株菌同属基因型1,分别从疫情1、2中分离的2株菌同属基因型2,从疫情1中分离的1株菌属基因型3。结论此地区1月内暴发的3起疫情分离菌株的PFGE型别具有相同的型别,提示该地1月内暴发的3起疫情有共同的传染来源。     

湖南省B群脑膜炎奈瑟菌的药物敏感性及PFGE分型特征分析

目的 了解湖南省B群脑膜炎奈瑟菌的病原生物学特征、药物敏感性以及PFGE分型特征。 方法 29株B群流脑菌株经生化和血清学鉴定后,对菌株进行药敏试验和脉冲场凝胶电泳分型。 结果 29株B群脑膜炎奈瑟菌菌株对米诺环素、头孢曲松、头孢噻肟、美罗培南、利福平、氯霉素和阿奇霉素全部敏感,对青霉素和氨苄青霉素的敏感率为75.86%和86.21%, 对环丙沙星、左氧氟沙星、复方新诺明耐药率较高,耐药率为34.48%、41.38%和96.55%;29株B群脑膜炎奈瑟菌的PFGE分型共分为22个带型,不同地区间分离株可见带型一致的情况。 结论 B群脑膜炎奈瑟菌对抗菌药物的敏感性与其它血清群基本一致,PFGE分子分型呈现高度多态性,健康人群携带者的带型与病人的带型呈现一定的遗传相关性,应持续开展监测,密切关注菌株的传播趋势。     

脉冲场凝胶电泳技术对成都市两起细菌性痢疾暴发的分型研究

目的 运用脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)和聚合酶链反应(PCR)技术对成都市两起细菌性痢疾暴发分离株进行分析.方法 利用PCR检测志贺菌分离株ipaH基因和ial基因.用PFGE对菌株进行分型,所得结果用BioNumeries V 4.0软件UPGMA方法进行聚类分析.结果 所试54株分离菌ipaH基因均为阳性,48株为ial阳性.以Xba Ⅰ酶切后PFGE分型,崇州可分为4个带型,有26株型别一致,占实验菌株(36株)的72%,为优势菌株.自凉拌白肉中分离的菌株带型与优势菌株相同.大邑县可分为8个带型,有10株型别一致,占实验菌株(18株)的56%.崇州和大邑县的优势菌株带型差异较大.结论 利用PFGE能够有效地鉴别细菌性痢疾的暴发和传播来源.     

2021年长沙市食源性疾病沙门菌血清分型及PFGE分子分型分析

目的 了解长沙市食源性疾病沙门菌的血清分型和PFGE分子分型情况,为食源性疾病防控提供依据。 方法 按《食源性疾病监测工作手册》收集长沙市4所哨点医院食源性疾病病例粪便标本,从中分离沙门菌,并对沙门菌进行血清分型和凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE),通过Bionumerics 7.6 软件对电泳图谱进行分析。 结果 全年共监测528份标本,检出沙门菌50株,检出率为9.47%,阳性病例主要集中在5岁及以下年龄段,占74.00%(37/50),发病主要在夏秋5—9月,占全年的76.00%(38/50)。血清型共有12种,主要血清型是鼠伤寒沙门菌占60.00%(30/50),其次为斯坦利沙门菌4株占8.00%,肠炎沙门菌3株占6.00%。 50株沙门菌PFGE分型为41种带型,相似度为55.7％～100％,呈现多态性,主要分成两个簇,有8组相似度 100％ 的菌株,共17株(占34.00%,17/50),主要是鼠伤寒沙门菌;有10簇相似度90%以上的克隆系,包含32株沙门菌。 结论 长沙市2021年食源性疾病沙门菌感染的优势血清型是鼠伤寒沙门菌,沙门菌PFGE分子分型带型呈多态化,PFGE分型可识别共同感染来源的病例,可用于暴发疫情识别和控制。     

荧光定量PCR和DNA分子分型在菌痢暴发中的应用

[目的]探讨实时荧光PCR快速检测和脉冲肠凝胶电泳（PFGE）分型方法在菌痢暴发流行病学研究中的应用。[方法]采用实时荧光PCR检测技术对一起菌痢患者的24份肛拭增菌液进行快速检测，同时从患者肛拭中分离的5株福氏4型志贺氏菌采用脉冲场凝脉电泳的方法进行了分子分型。[结果]在这一起菌痢疫情中，实时荧光PCR快速检测24份肛拭增菌液．5份阳性，并从PCR阳性的增菌液中分离到5株福氏4型志贺氏菌，而且5株志贺氏菌的脉冲场凝胶（PFGE）图谱显示DNA条带完全一致，具有高度的同源性。[结论]实时荧光定量PCR技术特异性强，灵敏度高，能在采样后数小时内检测到病原菌的DNA，达到快速诊断的目的。PFGE具有分型能力强，重复性好等特点，能直观地判断致病菌的亲缘关系，及时查明暴发流行的传染源从而有效控制疫情的蔓延，在志贺氏菌的分子流行病学研究中具有重要作用。     

Analysis of thermostable direct hemolysin-producing Vibrio parahaemolyticus by pulsed-field gel electrophoresis

OBJECTIVES: We investigated the source of thermostable direct hemolysin-producing Vibrio parahaemolticus infection (positive strains) that causes Vibrio parahaemolticus food poisoning. METHODS: We investigated the coincidence rate of serotypes isolated from samples of sea water used to store clams in 1998 in Shizuoka Prefecture, and those isolated from patients who developed symptoms of food poisoning in the same year. Furthermore, using isolated types 03:K6 and 04:K68, We treated the chromosomal DNA with a restriction endonuclease Sfi I and compared the digestion patterns by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). RESULTS: (1) Of 225 samples of sea water used to store clams, the thermostable direct hemolysin gene was detected in 23 samples by the PCR method. Among these 23 samples, 10 positive strains were detected in five samples. The serotypes of these productive strains were 03:K6 (four isolates), 03:K37 (two isolates), 04:K8 (one isolate), 04:K9 (two isolates) and 04:K68 (one isolate). (2) The five serotypes isolated from the sea water samples were consistent with those of 17 of 17 cases (100%) of which serotypes could be confirmed by this institute and 94 of 100 strains (94%) isolated in a large scale outbreak of food poisoning that occurred in the same year. (3) Using types 03:K6 and 04:K68 isolated from sea water samples and patients, chromosomal DNA were compared among the isolates by PFGE. As a result, of 28 isolates examined, 26 isolates showed a similar electrophoretic migration pattern between the sources and serotypes. CONCLUSION: The etiologic strains for Vibrio parahaemolyticus food poisoning appear to have been derived from the environment. Regarding the findings that types 03:K6 and 04:K68 showed a similar electrophoretic migration pattern, these types can be considered to belong to the same PFGE type.