山东半岛地区贝类中诺如病毒污染状况与病毒鉴定初报

目的调查研究山东半岛沿海地区双壳贝类中诺如病毒污状况并对阳性株进行鉴定。方法应用常规RT-PCR与实时荧光定量RT-PCR,对2007年9月到2008年8月间在山东半岛沿海8个地区收集的186份双壳贝类样品进行了诺如病毒的定性和定量检测,并对阳性株核酸片段进行克隆、转化和序列分析,使用DNAStar软件进行核酸序列同源性比较,经MEGA4绘制系统进化树。结果 186份样品中检出5份诺如病毒阳性,检出率为2.67%,诺如病毒含量为大于102拷贝RNA,序列分析与遗传进化树显示5份诺如病毒阳性株均为GGII型NVs,与国内报道的GGII型毒株同源性达到98%以上。结论山东半岛地区贝类中含有的诺如病毒以GGII型为主,冬季检出率较高。     

贝类中GⅠ、GⅡ诺如病毒快速检测与分群方法的建立

目的建立贝类中GⅠ、GⅡ诺如病毒快速检测与分群方法。方法对比分析6株主要流行的GⅠ、GⅡ诺如病毒及参考诺如病毒的基因序列,筛选保守区域引物,优化建立SYBR Green Ⅰ荧光定量检测与熔解曲线快速分群方法,并对实际样品检测验证。结果引物P289/290可同时检测GⅠ、GⅡ诺如病毒,SYBR Green Ⅰ荧光定量检测方法在病毒浓度10~3～10~9 copies之间呈现良好的线性关系(R~2=0.993,P0.01),熔解曲线Tm值可区分GⅠ和GⅡ不同基因群的诺如病毒(F=7 507.60,P0.05)。120份贝类样品阳性检出率5.83%,其中阳性结果测序鉴定与快速分群方法结论一致。结论该方法成本低、检测快速、分群准确,具有良好重复性,适用于贝类中GⅠ、GⅡ诺如病毒的快速检测与分群。     

673例急性腹泻患儿诺如病毒GⅠ、GⅡ型感染快速筛查结果分析

目的?分析西安市儿童医院收治的急性腹泻患儿诺如病毒感染的流行病学特征,为西安市儿童诺如病毒防控提供科学依据。方法?采用胶体金法检测2021年1月—2022年12月西安市儿童医院收治的673例急性腹泻患儿的粪便样本诺如病毒GⅠ、GⅡ型。结果?673例样本中,诺如病毒检出率为20.51%（138/673）,138例诺如病毒阳性样本中GⅠ型占34.06%（47/138）、GⅡ型占46.37%（64/138）、GⅠ型/GⅡ型占19.56%（27/138）;诺如病毒阳性样本集中在第1季度;男女急性腹泻患儿诺如病毒检出率分别为21.63%（85/393）、18.93%（53/280）;年龄＜3岁和≥3岁急性腹泻患儿的诺如病毒检出率之间差异有统计学意义（χ2＝3.852,P=0.001）,其中0～6个月、7～12个月、1～岁、2～岁急性腹泻患儿诺如病毒检出率较高,依次为32.53%、30.48%、23.23%、30.43%;3～岁急性腹泻患儿主要发生诺如病毒GⅠ型/GⅡ型混合感染,占80%。结论?西安市急性腹泻患儿感染诺如病毒基因型主要是GⅡ型,春冬季节是高发期,年龄＜3岁婴幼儿是诺如病毒易感人群。     

常规RT-PCR与荧光定量RT-PCR检测GⅠ、GⅡ型诺如病毒方法的建立及其应用北大核心CSCD

目的建立GI、GII型诺如病毒的常规RT-PCR和荧光定量RT-PCR检测方法,并对两种方法进行应用。方法优化筛选出最佳PCR反应体系与反应条件,并从灵敏性、特异性、临床样品检测等方面对建立的方法进行比较与评价。结果该两种方法特异性强,与札幌病毒、轮状病毒、星状病毒、腺病毒同时检测无交叉反应,同一体系内GI、GII型诺如病毒相互之间没有干扰;常规RT-PCR最低检测限为103copies/μL,荧光定量RT-PCR最低检测限为102copies/μL;对180份临床粪便样品进行检测,常规RT-PCR则检测率为5.56%(10/180),符合率达97.22%,荧光定量RT-PCR检测率为8.33%(15/180),符合率达100%;对15份阳性样品测序分析,证实均为诺如病毒。结论建立的常规RT-PCR与荧光定量RT-PCR均可用于诺如病毒的快速检测,荧光定量RT-PCR更为灵敏。     

猪嵴病毒 SYBRⅠ实时荧光定量PCR方法的建立

本研究根据GenBank中登录猪嵴病毒（porcine kobuvirus,PKV）株的3D蛋白序列基因特征,设计特异性引物,建立基于SYBR GreenⅠ检测PKV的实时荧光定量RT-PCR方法。该方法检测PKV 3D蛋白在6.42×102 ~ 6.42×108拷贝/反应范围内有很好的线性关系,其扩增相关系数为0.999,扩增效率为100%,扩增产物的融解曲线分析只出现1个单特异峰,融解温度为（84.94±0.24）℃,对传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪圆环病毒、猪繁殖与呼吸综合症病毒、猪伪狂犬病毒、猪瘟病毒均检测不到荧光信号,特异性强。所建立实时荧光定量RT-PCR方法组内变异系数为0.26%~1.14%,组间变异系数0.63%~1.79%,重复性好。本方法的建立为PKV的早期诊断及定量分析PKV感染程度和靶器官提供新的检测方法。     

SYBR Green荧光PCR检测美洲钩虫方法的建立

目的建立荧光定量PCR检测美洲钩虫的方法。方法提取虫体基因组DNA、根据GenBank中美洲钩虫ITS 2序列设计特异引物,PCR扩增ITS 2序列、克隆、测序和比对。常规PCR检验引物特异性。将ITS 2序列扩增产物回收、纯化后经T克隆转入大肠埃希菌DH5α,提取重组质粒,鉴定后作为标准品模板建立荧光定量PCR标准曲线,并做灵敏性和重复性试验。结果构建的荧光定量PCR标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,溶解曲线的吸收峰单一,实验重复性良好。结论成功构建了SYBR Green I荧光定量PCR检测美洲钩虫的方法,可用于快速、准确、定量检测美洲钩虫。     

空肠弯曲菌实时荧光定量PCR检测方法的研究

目的建立一种快速廉价的检测空肠弯曲菌的实时荧光定量PCR方法。方法根据空肠弯曲菌flaA、gyrA基因设计引物,建立空肠弯曲菌实时荧光定量PCR检测方法。结果以flaA基因引物对空肠弯曲菌DNA进行实时荧光定量PCR,扩增曲线呈S形指数增长,大肠埃希菌等对照菌扩增阴性。方法的灵敏度为10CFU/ml菌悬液。结论建立的空肠弯曲菌荧光定量PCR检测方法具有快速、简便、准确等特点,具有一定的使用价值。     

山羊Th1/Th2细胞因子实时荧光定量检测方法的建立

目的 在mRNA 水平对山羊Th1/Th2型细胞因子进行定量分析,建立山羊Th1/Th2型细胞因子实时荧光定量检测方法。方法 根据GenBank山羊Th1(IL-2和IFN-γ)和Th2(IL-4、IL-6和IL-10)细胞因子基因保守序列设计引物,以标准阳性质粒为模板分别进行荧光定量PCR反应的标准曲线、溶解曲线建立。结果 山羊Th1/Th2细胞因子实时荧光定量检测方法Ct值与标准品呈良好的线性关系,R²均大于0.985,所有稀释度标准品模板出现特异性熔解峰;利用N1蛋白缺失的重组山羊痘病毒(△N1L株)与山羊痘AV41株感染山羊外周血淋巴细胞进行IL-4和IFN-γ mRNA 表达水平检测,△N1L株与山羊痘AV41株均能能够刺激机体IL-4和IFN-γ细胞因子,但二者差异无统计学意义(t=3.333,P>0.5)。结论 本研究建立山羊Th1/Th2细胞因子实时荧光定量检测,为山羊痘基因工程疫苗的研究奠定基础。     

急性腹泻患者粪便诺如病毒抗原检测及临床分析

目的探讨诺如病毒性腹泻患者的临床特点,了解粪便诺如病毒抗原检测在临床诊疗中的意义。方法2007年10月～2008年2月就诊于首都医科大学附属北京友谊医院肠道门诊的297例腹泻患者,留取粪便,采用ELISA检测诺如病毒抗原,并进行临床分析。结果297例腹泻患者,ELISA检测粪便,诺如病毒抗原阳性100例,阳性率为33.7%。结论诺如病毒感染是引起腹泻的重要原因之一,粪便诺如病毒ELISA检测为临床诊断该病提供了依据。     

多重荧光RT-PCR同时检测GⅠ型和GⅡ型诺如病毒方法的建立

目的建立可同时检测GⅠ型和GⅡ型诺如病毒的双重荧光RT-PCR快速检测方法,并应用于临床标本的检测。方法使用针对GI型和GⅡ型诺如病毒各亚型代表株保守序列设计的特异性引物和TaqMan探针,通过调整引物、探针浓度优化最佳反应条件,建立一步法荧光RT-PCR快速检测反应体系。对该方法的灵敏度、特异性、稳定性进行评估,并对临床粪便标本进行检测,与已有的单重荧光RT-PCR方法进行比较。结果实验结果表明,该检测方法特异性强,对GⅠ型、GⅡ型诺如病毒、轮状病毒、肠道腺病毒、甲型肝炎病毒进行检测,均无交叉反应;对GⅠ型和GⅡ型诺如病毒核酸的最低检出限分别可达1pg/mL和10pg/mL,并且重复性好;对101份临床标本分别用已有的单重荧光RT-PCR和本文建立的多重荧光RT-PCR进行检测,结果显示本文建立的多重荧光RT-PCR方法对GⅠ型诺如病毒的检测能力优于前者。结论本研究建立的多重荧光RT-PCR方法能同时对GⅠ型和GⅡ型诺如病毒进行快速检测,并且灵敏度高,特异性好,可用于感染性腹泻暴发中诺如病毒的快速检测。     

香港海鸥形菌多重PCR及嵌合荧光PCR检测方法的建立与应用

目的 建立香港海鸥形菌(Laribacer hongkongensis, LH)的多重PCR(multi-PCR)及嵌合荧光法(SYBR Green I)PCR检测方法,并对其在临床及环境微生物方面的应用前景进行评价。方法 通过对62株香港海鸥形菌16S RNA 基因和16S-23S rRNA基因间隔区(16-23S rRNA intergenic spacer region, ISR)进行PCR扩增和多序列比对,设计两对特异性引物,建立多重PCR体系,用15种细菌性腹泻标准菌株及临床菌株进行PCR特异性和敏感性检验;并在此基础上针对两对引物分别用嵌合荧光PCR法进行浓度梯度检测,以确定最低检测限。结果 香港海鸥形菌多重PCR法特异性为100%,最低检出限为5×10³ CFU/mL菌液;而嵌合荧光PCR法两对引物的最低检出限均达到5×10² CFU/mL菌液。结论 该法的建立为临床及环境微生物学提供了一种快速和灵敏的香港海鸥形菌检测手段。     

检测蚊虫感染黄病毒属病毒Real-time PCR方法的建立

目的 建立SYBR Green Real-time PCR检测和筛选黄病毒属病毒方法. 方法 参照文献报道的通用引物,以JEV cDNA 和DEN cDNA为模板,建立RT-PCR和SYBR Green Real-time PCR,检测和筛选黄病毒属病毒,并比较两者的敏感性. 结果 此黄病毒属引物适合两种反应体系,SYBR Green Real-time PCR方法的敏感性是RT-PCR方法的100倍,最低检出病毒浓度为0.5×10-2 PFU/ml. 结论 建立的两种方法均可用于黄病毒属病毒检测,以SYBR Green Real-time PCR方法具有更高的敏感性,对于黄病毒属病毒初筛检测具有应用价值.     

流产衣原体荧光定量PCR方法的建立及小鼠感染菌体载量测定

目的 建立荧光定量PCR (qPCR)对流产衣原体的检测方法。在流产衣原体灭活疫苗的生产中,代替具有主观判断影响的涂片染色疫苗效价检测方法。方法 根据流产衣原体富含半胱氨酸的胞质蛋白(envB)基因保守序列设计特异性引物,利用EnvB-PMD19T阳性质粒为参考标准品,优化了反应条件,进行了敏感性、特异性及重复性试验,检测了感染流产衣原体小鼠的菌体载量。结果 以重组质粒为标准品建立的标准曲线在1×10² copies/μL~1×10⁶ copies/μL内呈现良好的线性关系,扩增效率为97%。灵敏度试验表明,该检测方法的最低检出限低至10 copies/μL。组内、组间重复性试验的变异系数均小于2%,具有良好的重复性和稳定性。消化道检测到的菌体载量高于腹腔注射的菌体载量。结论 本研究建立的方法能够有效的检测小鼠相应脏器的菌体含量,为流产衣原体灭活疫苗的效检提供可靠的检测方法。     

肠出血性大肠埃希菌O157∶H7环介导恒温扩增快速检测方法的建立与应用

目的肠出血性大肠埃希菌(Enterohemorrhagic Escherichia coli,EHEC)O157∶H7是一种重要的人畜共患病致病菌,主要通过被污染的食物传播,引起出血性结肠炎,建立其快速检测方法具有重要意义。方法基于EHEC O157∶H7保守的rfbE基因序列,设计4条引物,利用环介导等温扩增技术(loop-mediatedisothermal amplification,LAMP),成功建立了EHEC O157∶H7LAMP快速检测方法 ,60min内即可完成致病菌检测。结果利用该LAMP方法对30种共38株细菌进行检测,所试EHEC O157∶H7均为阳性结果 ,说明该方法具有高度特异性。本方法对纯培养的EHEC O157∶H7检测限为12CFU/mL,污染食品中EHEC O157∶H7的检测限为18CFU/g。实践应用表明,对1121份进出口肉类、奶类制品及人工污染样品等进行检测,检出57份LAMP阳性,与采用AOAC标准检测结果的符合率为100%。结论该LAMP方法操作简便、特异性强、灵敏度高,具有良好的实用性。     

快速检测猪链球菌的环介导等温扩增方法

目的建立猪链球菌(S. suis)的环介导等温扩增方法(LAMP)。方法通过BLASTn序列比对确定较为保守的S. suis种特异基因,用软件PrimerExplorer V4设计针对靶基因的LAMP试验引物;分别用煮沸法和试剂盒提取法提取基因组做敏感性试验,并用62株非S. suis菌株评价了实验的特异性;再用100株分离自不同地区不同时间的S. suis菌株评价该方法的可靠性。结果确定了S. suis种特异性基因dnaN为靶基因,并针对该基因建立了检测S. suis的LAMP方法。敏感性实验中,每个反应的检测下限是31.25 fg纯DNA,相当于14个拷贝;煮沸法的检测下限是每个反应27 CFU。在对62株非S. suis菌株与有争议的S. suis菌株的特异性评价实验中,未发现有假阳性。结论成功建立了针对dnaN基因检测S. suis的LAMP方法。     

基于SYBR Green检测微小隐孢子虫的实时荧光定量PCR方法的建立及应用

目的建立一种方便快捷的检测微小隐孢子虫的实时荧光定量PCR（Real-time PCR）方法。方法根据GenBank公布的微小隐孢子虫18s rRNA基因序列设计1对引物,通过质粒DNA和卵囊检测标准曲线的绘制及特异性和重复性的研究,建立检测微小隐孢子虫的基于SYBR Green的Real-time PCR方法,进而对奶牛粪便进行检测。结果建立的Real-time PCR法对检测微小隐孢子虫具有很高的特异性,质粒DNA和卵囊的检测阈值分别达到1个拷贝和10个卵囊,奶牛粪便阳性率为25.93%（21/81）,高于普通PCR检测率20.99%（17/80）。结论建立的Real-timePCR方法简便、快速,特异性强,敏感度高,可用于微小隐孢子虫的快速定量检测。     

一种高效的葡萄球菌基因敲除方法的建立与应用

目的 建立一种高效构建葡萄球菌基因敲除突变株的方法。方法 通过融合PCR将vraSR操纵子上、下游同源片段连接起来;通过基于位点特异性重组的Gateway克隆技术将融合PCR产物连接入温度敏感型穿梭质粒pKOR1,转化修饰缺陷型大肠杆菌DC10B,获得同源重组质粒pKOR1-vraSR;电转化表皮葡萄球菌RP62A株;在高温和氯霉素双重选择压力下,质粒通过第1次同源重组整合到表皮葡萄球菌染色体上;转移到无抗生素的培养基中继续培养,发生第2次同源重组;将菌液涂布于含1 μg/mL脱水四环素的培养基上进行反向筛选,那些未发生重组的整合菌株因表达必需基因secY的反义RNA而无法生存,最后,挑取菌落通过PCR进行鉴定。结果 成功构建了难以转化的表皮葡萄球菌RP62A株的vraSR基因敲除突变株。结论 利用大肠杆菌DC10B和穿梭质粒pKOR1对葡萄球菌进行基因敲除的方法简便高效,适用的范围更广泛。     

直接ELISA和PCR相结合快速检测样品中的沙门氏菌

目的 通过样品试验，得到优化的沙门氏菌检测方法。方法 在单抗直接ELISA和PCR法检测沙门氏菌的基础上，将PCR法和单抗直接ELISA两种快速检测方法进行比较研究。结果 直接ELISA方法结合PCR方法对城区141份水样、2002年春季饮食行业工作人员健康检查的1426份人粪便样品，并与常规国标方法对比，直接ELISA法的敏感性和特异性达100％和97．2％，PCR法的敏感性和特异性均为100％。通过对鲜牛奶样、龙虾、虾仁、熟食制品、水样、人粪样测试，最终确定较优化的沙门氏菌检测程序。结论 PCR法的敏感性优于直接ELISA法。对大量样品采用直接ELISA筛检，除去大量阴性样品，阳性样品用PCR法作进一步鉴定；需要确定血清型时则用国标方法。