基于Oncomine和GEO数据库分析SIRPα基因在乳腺癌中的表达意义以及丹参酚酸B的干预作用研究

目的通过挖掘Oncomine和GEO基因芯片数据库中的相关数据,分析信号调节蛋白α(SIRPα)基因在乳腺癌中的表达及其临床意义,并探讨丹参酚酸B对乳腺癌细胞中SIRPα基因的干预作用。方法检索Oncomine和GEO数据库中有关乳腺癌和丹参酚酸B干预乳腺癌的数据集,对所获取的数据资料进行数据挖掘,并结合文献资料综合分析。考察丹参酚酸B作用于乳腺癌MCF7细胞的基因表达谱。结果对Oncomine数据库中共收集的9项关于乳腺癌和乳腺正常组织SIRPα基因有差异表达的研究数据进行分析,发现乳腺癌组织中SIRPα基因的表达明显低于乳腺正常组织,差异具有统计学意义(P0.05)。通过生存分析发现低表达SIRPα基因乳腺癌患者无病生存期明显差于高表达者,高表达患者的预后更好(P0.05)。通过挖掘GEO数据库中的数据集GSE85871发现丹参酚酸B能够上调乳腺癌细胞SIRPα基因的表达(P0.01)。结论SIRPα基因在乳腺癌组织中呈现低表达,并与乳腺癌患者的预后相关,该基因可能是丹参酚酸B干预乳腺癌细胞的一个新靶点。     

基于数据挖掘分析BUB1基因在肝癌中的表达及临床意义

目的 探讨BUB1基因在肝癌中的表达及临床意义.方法 分别检索BioGPS、Oncomine、癌症细胞系百科全书(CCLE)数据库,挖掘分析BUB1基因在正常人体组织、肝癌组织及肝癌细胞系中的表达情况,应用Kaplan-Meier Plotter、GEPIA等数据库分析BUB1基因对肝癌患者预后的影响.结果 BioGP...     

PYCR基因家族在乳腺癌中的表达及预后作用的研究

目的 研究PYCR基因家族（PYCRs）与乳腺癌发生、发展及预后的关系。方法 应用Oncomine,基于基因表达水平值的交互分析平台（GEPIA）和人类蛋白图谱数据库以及荧光定量聚合酶链反应实验分析PYCRs在乳腺癌中的表达情况;通过Kaplan-Meier Plotter和肿瘤免疫在线研究工具（TIMER）数据库分析PYCRs的表达与乳腺癌临床病理分期以及预后的关系。结果 PYCRs在乳腺癌中均为高表达;PYCRL与乳腺癌病理分型显著相关;PYCR1与PYCRL的高表达具有较差的预后;PYCRs与乳腺癌肿瘤纯度呈正相关,而与多种免疫细胞浸润丰度呈负相关。结论 本研究发现PYCRs的高表达与乳腺癌的发生发展密切相关,该基因家族有望成为乳腺癌的诊断标志物以及免疫治疗的关键靶点。     

Reg Ⅳ在不同分子分型乳腺癌中的表达及意义 #br#

目的 检测再生基因衍生家族成员IV（regenerating islet-derived family, member 4, Reg IV）在恶性乳腺癌及其不同分子分型中的表达及临床意义。方法 收集140例恶性乳腺癌手术切除标本,其中LA型30例、LB型50例、HER-2+30例、TNBC型30例。以其中75例癌旁的正常乳腺组织作为对照,采用EnVison免疫组化、实时荧光定量PCR法和生物数据库分析Reg IV蛋白和基因在恶性乳腺癌及不同分子分型中的表达情况。结果 （1）Reg IV蛋白在正常组织中的阳性率（25.33%）低于癌组织(49.29%),在非TNBC中的阳性率（56.36%）高于TNBC型（23.33%）,差异有统计学意义(P＜0.05);（2）Reg IVmRNA在恶性乳腺癌中的表达量（2.040.66）高于正常乳腺组织（1.190.47）,且在TNBC型中的表达量均低于非TNBC型乳腺癌（P＜0.05）;（3）Ualcan数据库中Reg IVmRNA在乳腺癌中的表达量高于正常组织,差异有统计学意义（P＜0.05）,在非TNBC型中的表达较TNBC的表达水平有增高趋势,但无统计学差异（P≥0.05）,GCBI数据库中,Reg IV在乳腺癌中的表达量亦显著高于正常乳腺组织 ;(4) Reg IV在ER、PR和HER-2阳性组中的表达明显高于阴性组,而与EGFR和Ki-67表达无关;（5）Reg IV的表达与患者年龄、肿瘤直径、TNM分期及预后相关（P＜0.05）,而与淋巴结转移、组织学分级和部位无关。结论 Reg IV在乳腺癌,尤其非TNBC型的发生发展中可能发挥作用,且与患者的预后相关,有望为乳腺癌的治疗提供潜在的治疗靶点。     

基于数据挖掘分析Elafin在肺癌中的表达及意义 #br#

目的通过数据库数据分析肺癌中弹性蛋白酶抑制因子（Elafin）的表达及意义。 方法Oncomine数据库 分析Elafin基因在肺癌中表达情况并通过实时荧光定量PCR（qPCR）进行验证；Kaplan-Meier数据库分析Elafin表达 与肺癌患者预后的关系；Linkedomics数据库分析Elafin基因在TCGA LUAD中的相关基因；通过GSEA tools对Elafin 的相关基因进行基因本体论（GO）功能注释、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析；string-db 数据库构建 Elafin蛋白相互作用网络。 结果Oncomine及qPCR结果显示，肺癌组织中Elafin的mRNA表达水平较正常组织显著 增高；Kaplan-Meier生存分析显示，Elafin高表达患者总生存期和无病生存期较低表达者明显降低；Linkedomics分析 显示Elafin有7 697个相关基因；GO分析、KEGG分析显示，Elafin及其相关基因可能与体液免疫反应、粒细胞活化、白 细胞介素（IL）-17信号通路、核因子（NF）-κB信号通路等相关；Elafin蛋白相互作用网络显示Elafin与Loricrin角化包 膜前体蛋白（LOR）、胱抑素A（CSTA）、丝蛋白（FLG）等相互作用。 结论Elafin在肺癌中表达明显增高且与患者预后 相关，是肺癌潜在的诊断与治疗靶标。     

基于TCGA数据库的胆囊癌关键基因及预后基因的挖掘与分析

目的 通过TCGA数据库深入挖掘胆囊癌发生的关键基因,寻找胆囊癌的预后基因。方法 从癌症基因组图谱（TCGA）数据库中下载胆囊癌及癌旁正常组织转录组数据,采用R软件中的edgeR包对数据进行差异表达分析,将获取的差异表达基因进行GO和KEGG富集分析,并通过STRING在线生物信息学工具构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,通过Cytoscape软件进行关键基因筛选,利用R软件中的survival包对关键基因进行生存预后分析。结果 共获取胆囊癌差异表达基因1 766个,其中上调基因1 172个,下调基因594个。差异基因主要富集于环氧酶P450途径、细胞器膜、四烯酸环氧酶活性和代谢途径。构建PPI网络,获取10个关键基因,分别是BUB1、BUB1B、CDK1、UBE2C、KIF2C、AURKB、CDC20、KIF23、CCNB2和KIF20A。生存分析显示,KIF23与胆囊癌的预后显著相关。结论 基于TCGA数据库挖掘出10个胆囊癌关键基因,有助于深入了解胆囊癌的发生发展过程,KIF23有可能成为胆囊癌潜在的治疗靶点及预后标志物。     

基于生物信息基因表达谱的乳腺癌转移基因标志物的分析研究

目的 确定潜在和乳腺癌转移相关的基因标志物,并对其进行生存分析.方法 使用基因表达综合数据库(GEO),筛选乳腺癌转移部位和非转移部位之间的差异表达基因(DEGs).对DEGs进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书途径富集(KEGG)分析,构建蛋白质-蛋白质交互(PPI)网络,并使用MCODE进行模块分析.然后,通过Kaplan-Meier工具对中枢基因进行总生存(OS)和远处无转移生存(DMFS)分析.通过GEPIA对基因和临床生存数据的相关性进行验证.结果 本研究共获得295个DEGs,主要与细胞外分泌、粘着相关通路、细胞分裂相关.KEGG通路分析表明,重要的通路包括丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、Rap1信号通路、细胞粘附分子(CAMs)、抗原加工和呈递.建立了具有280个节点和357个连接的蛋白-蛋白交互网络.从蛋白-蛋白交互网络中发现了10个模块.结论 共筛选出20个基因作为枢纽基因,其中TYMS、SKA1、ADCY7的低表达和MX1的高表达与OS较差有关.POLR3H的低表达和CDCA8、ASE1、KIF14、MX1的高表达与较差的DMFS有关.POLR3H和PRC1可作为诊断乳腺癌转移或潜在药物靶标的新生物标志物.     

ESPL1基因在卵巢癌中的表达及意义

目的 探讨分离酶(ESPL1)基因在卵巢癌中的表达及意义。方法 利用GEPIA数据库,对比相应正常组织,分析ESPL1在泛癌及卵巢癌中的表达。运用The Human Protein Atlas数据库,分析ESPL1蛋白在卵巢及卵巢癌组织中表达及定位;应用String数据库绘制ESPL1基因的相关蛋白网络图,并进行基因功能富集分析。使用Kaplan-Meier Plotter网站,对ESPL1表达影响不同临床特征患者预后指标及化疗药物疗效进行分析。结果 ESPL1在14种恶性肿瘤中表达明显上调,而在食管癌中表达量下调;与正常卵巢组织相比,在卵巢癌中ESPL1基因在mRNA及蛋白质水平的表达显著升高,在卵巢癌中表达定位于细胞膜或浆及核中。与ESPL1基因相互作用蛋白有SMC3、KIF11、PTTG1等10个,主要富集在细胞周期、卵母细胞减数分裂等信号通路。Kaplan-Meier生存分析显示,ESPL1高表达的卵巢癌患者总生存时间明显短于ESPL1低表达者,且临床I+II期患者总生存期较短(P<0.05),其它期别及病理分级的患者预后无差异;应用多西他赛单药组中,ESPL1高表达组较...     

基于Oncomine数据库及生物信息学方法挖掘UBE2C 基因在卵巢癌中的表达及作用机制

摘要： 目的 通过深度挖掘Oncomine数据库中的基因信息， 分析泛素结合酶E2C （UBE2C） 在卵巢癌中的表达及作用机制。方法 收集Oncomine数据库中关于UBE2C研究的信息， 对其在卵巢癌的表达水平变化进行分析。采用 Kaplan-Meier法分析UBE2C表达水平与卵巢癌患者生存之间的关系， 探讨其临床意义。应用Genecards数据库收集与UBE2C基因相关的蛋白， 并通过STRING绘制UBE2C相关蛋白网络图， 分析蛋白富集的生理过程。结果 在 Oncomine数据库中共收集14项关于卵巢癌和卵巢正常组织UBE2C基因有差异表达的研究， 对其数据进行分析， 发现卵巢癌组织中UBE2C基因的表达显著高于卵巢正常组织 （P＜0.05）。通过Kaplan-Meier生存分析发现高表达 UBE2C基因的卵巢癌患者无病生存期、 总生存期明显短于低表达者， 低表达患者的预后更好 （P＜0.05）。通过 Genecards数据库收集到与UBE2C相关的蛋白有RLIM、 CBX4、 SIAH2等25个， 其相关蛋白富集分析结果显示主要富集在泛素依赖蛋白的分解代谢过程、 蛋白质分解代谢过程、 蛋白质泛素化、 有丝分裂细胞周期中泛素-蛋白连接酶活性的调控、 有丝分裂细胞周期的调节、 细胞周期等生理过程。结论 UBE2C基因可能通过调节蛋白泛素化过程在卵巢癌发生、 发展中发挥作用， 高表达时提示卵巢癌患者预后不良， 靶向UBE2C可能是一个潜在的肿瘤诊断和治疗工具。     

基于数据挖掘分析GPR87在非小细胞肺癌中的表达及临床意义

目的 探索G蛋白偶联受体87（GPR87）在非小细胞肺癌（NSCLC）中的表达及意义。方法 通过GE-IA在线工具分析TCGA数据库中GPR87 mRNA在NSCLC和正常肺组织中的表达情况,并进一步分析GPR87基因表达与NSCLC患者TNM分期和总生存期（OS）之间的关系。利用String在线工具分析与GPR87相互作用的蛋白。结果 GPR87 mRNA在肺腺癌（LUAD）和肺鳞癌（LUSC）组织中的表达水平均明显高于正常肺组织（P<0.01）。GPR87 mRNA高表达倾向于与NSCLC患者临床进展期有关,但差异无统计学意义（P>0.05）。TCGA数据库中,GPR87 mRNA高表达组LUAD患者的OS明显短于低表达组（P=0.006 5）,并在Kaplan-Meier Plotter数据库中得到了进一步验证（P=0.029）。然而,在TCGA数据库中,GPR87 mRNA高表达组LUSC患者的OS明显长于低表达组（P=0.036）,但在Kaplan-Meier Plotter数据库中差异无统计学意义（P=0.35）。String分析显示,LPAR1、LPAR2、LPAR3、SCIN、OR56A3、OR52W1、OR52L1、OR56B4、OR56A1、OR52B2等蛋白与GPR87有明显的相互作用。结论 基于肿瘤基因数据库信息挖掘,GPR87在NSCLC组织中呈高表达,并与LUAD患者预后不良相关,可能是LUAD的潜在分子标志物。     

基于Oncomine和GEO数据库分析S100P在胰腺癌中的表达及临床意义

目的 阐明S100P蛋白在胰腺癌中的表达及临床意义.方法 检索Oncomine和GEO数据库中有关S100P的信息,并对所获取的数据资料挖掘并进行二次分析,对S100P在胰腺癌中的作用进行分析.结果 Oncomine数据库中共收集了438项不同类型S100P的研究结果,关于S100P表达差异有统计学意义的结果有63项,其中S100P表达增高的有38项,表达降低的有25项.胰腺癌中高表达的研究有5项、低表达的有0项.共有11项研究涉及S100P在胰腺癌组织和正常组织中的表达,包括387例样本.在数据库中综合比较11项研究成果,发现与对照组相比,S100P在胰腺癌中的表达量高于正常组织(P＜0.05).通过分析GEO数据库中的数据集GSE28735,自身对照发现S100P在胰腺癌组织中的转录水平显著高于其癌旁组织(P＜0.05).不仅如此,通过挖掘GEO数据库,分析数据集GSE28735和GSE57495,发现高表达S100P的患者总体病死率较高,低表达S100P的患者预后较好(P＜0.05).结论 通过深入挖掘Oncomine和GEO基因芯片数据库中肿瘤相关的基因信息,提示S100P mRNA在胰腺癌组织中呈现高表达,并与胰腺癌预后相关,其有望成为抗胰腺癌药物的重要治疗靶点.     

基于公共数据库分析FABP5在肾透明细胞癌中表达及预后的意义

摘要： 目的 探讨脂肪酸结合蛋白5 （FABP5） 基因在肾透明细胞癌中的表达及预后意义。方法 提取Oncomine 和GEO数据库中有关FABP5的信息并进行表达情况分析, 通过DAVID数据库对差异基因进行功能注释, 采用 GEPIA进行预后分析。结果 Oncomine数据库中共找到445项FABP5在不同肿瘤类型中的研究数据集, 表达差异有统计学意义的结果中表达增高的有32项 （肾癌5项）, 表达降低的有24项 （肾癌0项）。肾癌中有4项涉及肾透明细胞癌和正常组织中FABP5的表达研究数据集。综合比较这4项数据集发现, FABP5在肾透明细胞癌中的表达量高于正常组织 （P＜0.05）。GEO数据库中GSE66271芯片数据分析结果发现差异基因FABP5在肾透明细胞癌中的表达量显著高于正常组织 （P＜0.01）。DAVID功能分析发现这些差异基因主要集中于影响细胞的转运蛋白活性和蛋白质的消化和吸收代谢功能。使用GEPIA分析来自TCGA数据库和GTEx项目的516例患者预后发现FABP5高表达的患者总体死亡率较高, 低表达FABP5的患者预后较好 （P=0.001 1）。结论 FABP5在肾透明细胞癌组织中呈现高表达,并与肾透明细胞癌预后差相关, 其有望成为抗肾透明细胞癌药物的重要治疗靶点。     

乳腺癌组织PTEN和nm23蛋白表达与乳腺癌生物学特性相关性的探讨

目的研究ER、PR、nm23及PTEN基因蛋白在乳腺癌中的表达及临床病理意义。方法采用免疫组织化学S—P法,检测石腊包埋42例乳腺癌组织和12例乳腺小叶增生中PTEN蛋白、nm23蛋白、ER和PR的表达水平。结果PTEN在乳腺癌高表达比乳腺小叶增生低（P〈0．05）。PTEN基因表达与肿瘤大小、临床分期、组织分级和肿瘤复发无相关性,小于45岁患者PTEN表达比大于45岁偏低（P〈0．05）;PTEN高表达与腋淋巴结转移情况有显著负相关性（P〈0．01）;与ER受体呈正相关性。PTEN基因高表达与远处转移有负相关性（P〈0．05）;与5年生存率呈正相关性（P〈0．01）。乳腺恶性肿瘤组织中nm23高表达率与良性组织比较差异无显著性（P〉0．05）。nm23基因表达与肿瘤大小、临床分期、组织分级、肿瘤复发及年龄无相关性,nm23高表达与腋淋巴结转移情况有显著正相关性（P〈0．001）,nm23高表达与患者远处转移有显著负相关性（P〈0．001）。与患者5年生存率有正相关性（P〈0．05）。结论nm23与PTEN表达异常与乳腺癌发生发展密切相关,联合检0n．4ER、PR、nm23及PTEN基因的表达可作为一种预测乳腺肿瘤预后和恶性程度的指标。     

KIF18A蛋白在胃癌组织中的表达水平及临床意义

目的 探讨KIF18A蛋白在胃癌组织中表达水平及临床意义.方法 选取2013年5月-2015年8月确诊并接受胃癌根治术治疗的71例,以癌旁组织作为对照,检测KIF18A的mRNA及蛋白表达水平,并分析其与临床病理特征间的关系.结果 胃癌患者肿瘤组织中KIF18A mRNA和蛋白表达水平均高于癌旁组织(P＜0.05).免疫组化结果显示在肿瘤组织中KIF18A表达阳性率更高,染色强度更深.KIF18A表达水平与肿瘤组织临床分期、浸润程度及淋巴结转移呈正相关(r=0.782、0.804、0.831,P＜0.05),与组织学分级呈负相关(r=-0.872,P＜0.05).结论 KIF18A蛋白在胃癌组织中呈高表达,并与相关临床病理特征具有相关性,可作为胃癌诊断及评估预后的指标.     

基于TCGA数据库建立的八基因预后模型在乳腺癌中的应用

目的 利用TCGA数据库建立预测乳腺癌预后的多基因预后模型， 分析多基因预后模型与乳腺癌各临床病理特征之间的关系。方法 对TCGA数据库中乳腺癌患者的mRNA数据进行整理， 通过R语言软件筛选出在乳腺癌样本及正常样本中差异表达的基因， 采用Cox比例风险回归模型从中筛选和建立多基因预后模型， 计算预后评分。根据预后评分的中位数将患者分为高风险组和低风险组。将临床病理因素和预后评分因素纳入Cox回归模型分析乳腺癌患者的生存影响因素。根据年龄、 ER受体状态、 HER-2表达情况、 淋巴结转移状态及病理分期进行分组， 采用Kaplan-Meier （K-M） 方法以多基因预后模型作为影响因素进行生存分析， 验证多基因模型对总体及各亚组乳腺癌患者中的预后价值。结果 将分析得到的2 142个差异基因纳入Cox回归分析， 共筛选出8个差异基因， 包括羧基酯脂肪酶 （CEL）、 POU区域转录因子 （POU3F2）、 维生素D-24羟化酶 （CYP24A1）、 脂肪酸结合蛋白7 （FABP7）、 MURC、 G 蛋白偶联受体 （GCCR）、 低密度脂蛋白受体相关蛋白-1B （LRP1B） 及丝氨酸蛋白酶2 （PRSS2）， 并建立八基因预后模型。预后评分 （PI） 公式为： PI=0.156×CEL的表达量+0.112×POU3F2的表达量-0.071×CYP24A1的表达量-0.065× FABP7的表达量+0.135×MURC的表达量-0.201×GCGR的表达量-0.063×LRP1B的表达量-0.090×PRSS2的表达量。计算709例患者预后评分后， 中位值为0.98， 共有355例患者纳入高风险组， 354例患者纳入低风险组。Cox回归分析显示， 年龄、 病理分期和八基因预后模型均是乳腺癌患者预后的独立影响因素 （P＜0.05）。生存分析证实， 在总体乳腺癌患者及各亚组 （除Ⅳ期外） 乳腺癌患者中， 预后评分低风险的患者总体生存率明显升高， 差异有统计学意义 （P＜ 0.01）。结论 八基因预后模型可用于预测乳腺癌患者的预后， 在根据临床病理特征分组的乳腺癌亚组中得到了验证， 有利于进一步指导临床治疗。     

基于数据挖掘分析PLOD2基因在肺腺癌中的表达及临床意义

目的：阐明PLOD2基因在肺腺癌中的表达及临床意义。方法：检索Oncomine和TCGA等生物信息数据库中有关PLOD2的信息，对所获取的数据资料挖掘并进行2次分析，对PLOD2在肺腺癌中的作用进行荟萃分析。结果：Oncomine数据库中共收集了444项不同类型PLOD2的研究结果，关于在肿瘤与对照组织中PLOD2表达有统计学差异的结果有56项，其中PLOD2表达增高的有49项，表达降低的有7项。涉及到肺癌的研究共有9项。肺腺癌中高表达的数据集有8项、低表达的有0项。共有815例样本涉及PLOD2的mRNA在肺腺癌和正常组织中的表达。在数据库中综合比较8项研究成果，发现与对照组相比，PLOD2在肺腺癌中的表达高于正常组织（P < 0.05）。另外，免疫组织化学显示PLOD2在肺腺癌组织中表达较强或中等，而在正常组织中表达较弱或呈阴性。不仅如此，通过挖掘TCGA数据库，发现高表达PLOD2的患者总体死亡率较高，低表达PLOD2的患者预后较好（P < 0.05）。结论：通过深入挖掘公共数据库中肿瘤相关的基因信息，提示PLOD2的mRNA水平在肺腺癌组织中呈现高表达，并与肺腺癌预后相关，有望成为肺腺癌药物治疗的重要治疗靶点。     

生物信息学分析OLFML2B基因在胃癌中的功能及临床预后价值★

目的 采用生物信息学方法分析OLFML2B基因在胃癌中的表达、功能及预后价值。方法 从Oncomine数据库挖掘胃癌中OLFML2B基因的表达信息，利用Kaplan-Meier plotter数据库分析OLFML2B在胃癌中的预后价值，并使用UALCAN数据验证胃癌中OLFML2B的表达水平及预后价值，最终通过LinkedOmics数据库探索胃癌中与OLFML2B相关的基因及可能的生物学过程。结果 Oncomine 数据库共纳入了319项OLFML2B在不同肿瘤中的研究结果，差异有统计学意义的共39项（均表现为OLFML2B在肿瘤中高表达），其中6项分析显示OLFML2B在胃癌中的表达较正常胃组织明显升高，包括324例样本，差异有统计学意义（Fold Change>2， P<0.000 1）。OLFML2B表达量与胃癌总体生存率呈负相关，即OLFML2B表达水平越高则患者总体生存率越低（P<0.05）。亚组分析发现，弥漫型胃癌与胃肠型胃癌患者中，OLFML2B高表达组总体生存率较低表达组明显缩短（P<0.05）。UALCAN数据库验证表明，OLFML2B在胃癌组织中高表达且与胃癌预后相关。此外，LinkedOmics数据库提示，OLFML2B可能作为癌基因，通过影响血管生成、细胞黏附和细胞周期等途径参与胃癌的发生发展。结论 与正常胃组织相比，OLFML2B在胃癌组织中的表达水平明显升高，其高表达与胃癌患者不良预后相关，可能成为胃癌预后的生物标志物，并以癌基因的角色参与胃癌的发生发展。