沙门氏菌CTX-M型超广谱β-内酰胺酶基因分型及变异研究

目的通过对不同血清型中沙门氏菌中CTX-M型超广谱β-内酰胺酶分子基因型别、脉冲场凝胶电泳(PFGE)溯源分析及CTX-M氨基酸位点变异情况,研究CTX-M各型别流行特征及在超级耐药克隆中的作用。方法对来源于江苏及周围地区的61株CTX-M阳性的肠炎沙门氏菌(S.enteritidis)、印第安纳沙门氏菌(S.indiana)、汤卜逊沙门氏菌(S.thompson)等进行CTX-M型别鉴定、PFGE分子分型、全基因测序对不同型别CTX-M氨基酸位点变异分析。结果 61株菌株分为3个CTX-M群6个型。S.indiana含有6种CTX-M基因型,主要型别是CTX-M-65和CTX-M-55;S.enteritidis和S.thompson主要型分别为CTX-M-55、CTX-M-65。PFGE聚类分型有19个型。A2型是携带CTX-M-55型S.enteritidis; B4、B8、B9型是携带CTX-M-55型或CTX-M-65型的S.indiana;D2为携带CTX-M-65型的S.thompson。CTX基因组序列分析显示,在CTX-M-1群、CTX-M-9群、CTX-M-64群易变化氨基酸位点分别是4、3、12个。结论本地区主要CTX型别为CTX-M-55型或CTX-M-65型,S.indiana是CTX基因主要来源。位于质粒上的CTX-M基因复杂且多变是S.indiana超级耐药克隆形成并广泛流行重要原因之一。     

宠物源大肠杆菌产ESBLs流行性调查与耐药机制研究

目的 为了解耐第三代头孢菌素的宠物源大肠杆菌对公共卫生的影响,测定宠物源大肠杆菌耐药性情况、超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)的流行性及其分子传播机制,以期对其风险评估提供科学依据。方法 2014年从广州市4个动物医院采集92份患病犬猫的肛门拭子,共分离56株大肠杆菌。通过采用琼脂二倍稀释法测定17种抗菌药物的敏感性;采用PCR方法测定ESBLs的流行性及种族系统进化关系;通过接合转移试验获得CTX-M接合子,并对接合子进行复制子分型。结果 药敏试验结果表明,除黏菌素(7.1%)、头孢西丁(16.1%)和头孢他啶(10.7%)稍敏感外,有11种抗菌药物的耐药率均达到50%以上,其中动物专用的第三代头孢菌素,头孢噻肟和头孢噻呋耐药率分别为55.4%和57.1%。ESBLs检测结果表明,13株携带有CTX-M,检出率为23.2% (13/56),其中主要流行的亚型依次为CTX-M-14、CTX-M-65和CTX-M-55;7株CTX-M基因阳性菌成功接合转移,主要为FIB型复制子。未检测到TEM、OXA和SHV型。种族系统进化关系显示,分离株主要分布在A组和B1组。结论 患病犬猫的肛门拭子分离的大肠杆菌耐药性较为严重,其中以共生型为主。分离株对第三代头孢耐药的机制以产CTX-M-14,CTX-M-65和 CTX-M-55酶为主。提示宠物与人之间耐头孢菌素药物的大肠杆菌的互相传递存在风险。     

猪源大肠杆菌耐药性及超广谱β-内酰胺酶流行性分析

目的 对福建地区分离的猪源大场杆菌进行耐药性测定以及对ESBLs流行性进行分析,以期为临床合理用药科学提供依据。方法 采用琼脂稀释法测定373株菌大肠杆菌对12种抗菌药物的敏感性,并用PCR方法检测ESBLs耐药基因的携带情况以及分析CTX-M阳性菌的种系发育关系。结果 分离株对甲氧苄啶/磺胺甲噁唑、萘啶酸、氟苯尼考及氨苄西林耐药率较高,分别为93.8%、82.8%、73.7%和70.0%;对恩诺沙星、四环素、庆大霉素、多西环素、环丙沙星、卡那霉素、头孢噻呋和头孢噻肟的耐药率依次为54.4%、53.1%、52.0%、46.6%、44.0%、41.0%、35.9%和30.8%。在373株大肠杆菌中,共有122株菌携带有ESBLs耐药基因,检出率为32.7%,其中CTX-M、TEM及OXA的检出率分别是18.0%(67)、12.1%(45)和7.5%(28),其中CTX-M的阳性菌中以CTX-M-14最为流行,其次是CTX-M-65和CTX-M-55;其种系发育显示分离株主要分布在A群。结论 福建地区猪大肠杆菌对抗菌药表现出较强的耐药性,ESBLs在猪源大肠杆菌中广泛流行,CTX-M是其主要流行的基因型,并且多数菌以共生型大肠杆菌为主。     

2014-2019年阜阳市食品和病人分离单增李斯特菌的分子特征分析

目的 比较分析阜阳市食品和病人分离单增李斯特菌的毒力基因、分子型别,建立阜阳市单增李斯特菌分子特征信息数据库,为防控单增李斯特菌病提供科学依据。方法 对阜阳市2014-2019年分离自食品和病人的55株单增李斯特菌,用聚合酶链反应(PCR)检测其毒力基因prfA、plcB、hly、actA、iap、inlA;用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术进行分子分型及同源性分析;用多位点序列分型(MLST)技术进行分子分型和聚类分析。结果 55株单增李斯特菌全部携带prfA、plcB、hly、actA、iap、inlA基因;PFGE将其分为21个带型,相似度60.3%~100%;MLST将其分为14个ST型,ST9型为优势型别;3株病人分离菌株的PFGE带型和ST型互不相同,其中2株病人来源菌株分别与食品分离株具有相同PFGE带型和ST型。结论 阜阳市食品和病人中分离的单增李斯特菌均携带6个毒力基因,食品分离菌株的分子型别呈现出多样性,其中存在同型别单增李斯特菌持续性污染现象,病人分离菌株具有与食品来源菌株相同的PFGE带型和ST型,提示食源性感染的风险较高。     

不同血清群致病性钩端螺旋体PFGE分析研究

目的 了解不同血清群致病性钩体的脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)带型特征。方法 应用PFGE方法对65株不同血清群致病性钩体国际、国内参考菌株和疫苗株进行分型,并以此聚类分析,同时与菌株的多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)、多位点串联重复序列数变化分析(multilocus VNTR analysis, MLVA)分型结果进行比较研究。结果 不同血清群致病性钩体基因组DNA经NotⅠ酶切电泳后,获得了较高清晰度酶切图谱,各条带分离良好。65株钩体菌株分为61种PFGE型别。相同的血清群的钩体菌株的PFGE型别不尽相同。比较分析结果显示尽管PFGE、MLST和MLVA之间的分型结果不尽相同,但都具有较高的分辨率。聚类分析显示这些菌株可形成11个大小不一进化簇,呈现多点分散进化特征。结论 获得致病性钩体分子分型的第一手资料,为后续钩体分子溯源及流行病学研究提供科学指导。     

浙江省衢州地区鼠类携带莱姆病螺旋体研究

目的 了解衢州市鼠类携带莱姆病螺旋体状况以及莱姆病螺旋体基因型。方法 采用针对莱姆病螺旋体5S~23S基因间隔区的巢式PCR方法检测鼠脾标本,对阳性样本进行基因测序及分析,构建系统发育树。结果 在378份鼠标本中检出莱姆病螺旋体核酸阳性57份,阳性率15.08%。有Borrelia garinii(B.g)基因型、Borrelia valaisiana(B.v)基因型Borrelia spielmanii(B.sp)基因型。结论 衢州境内鼠类存在至少3个型别莱姆病螺旋体感染,应加强该病原体的检测和莱姆病的防制。     

广州市鼠形动物肠道产ESBL大肠埃希菌分布及病原特征分析

目的 获得鼠形动物肠道产ESBL大肠埃希菌分布特征、菌型特点及相关耐药机制。方法 2016年9月-11月,在广州市城区内某居民区捕捉鼠形动物。从鼠形动物肠道内容物中分离耐头孢噻肟大肠埃希菌并进行产ESBL表型确认实验。Vitek2 compact进行产ESBL大肠埃希菌的抗生素敏感实验。PCR检测产ESBL大肠埃希菌的CTX-M、TEM、SHV和OXA等ESBL基因,并测序鉴定CTX-M亚型。对CTX-M大肠埃希菌进行MLST和PFGE分析。结果 共捕获鼠形动物123只,包括57只黄胸鼠、54只褐家鼠、11只臭鼩鼱和1只黑毛鼠。分离到35株耐头孢噻肟大肠埃希菌,经表型确认实验证实全部是产ESBL菌株,检出率为28.5%(35/123)。35株产ESBL菌株对氨苄西林、氨苄西林-舒巴坦、哌拉西林、头孢噻肟、头孢曲松、头孢吡肟、环丙沙星以及左氧氟沙星的耐药率很高,分别为100%(35/35)、91.4%(32/35)、97.1%(34/35)、100%(35/35)、100%(35/35)、88.6%(31/35)、80%(28/35)和74.3%(26/35)。 35株菌一共检出CTX-M耐药基因37个,有2株菌各携带2种CTX-M耐药基因,其中bla_ctx-m-79 23株,bla_ctx-m-55 6株,bla_ctx-m-123 4株,bla_ctx-m-15 2株,bla_ctx-m-65和bla_ctx-m-27各1株。MLST结果发现鼠形动物肠道分离的产ESBL大肠埃希菌具有遗传多样性,无优势克隆。结论 鼠形动物产ESBL大肠埃希菌的耐药率很高,产ESBL耐药机制主要是菌株携带CTX-M型基因。本研究检出的几种CTX-M型ESBL基因也见于人临床或健康人群菌株。MLST和PFGE的结果发现产ESBL大肠埃希菌具有遗传多样性。本研究结果表明鼠型动物是产ESBL大肠埃希菌的重要储存宿主。     

宁波市耐三代头孢菌素志贺菌携带β-内酰胺酶与基因分型

目的了解本市耐三代头孢菌素志贺菌携带ESBLs及其基因型,为疾病防控提供依据。方法采用直接和增菌培养法,分离患者标本中志贺菌;药敏采用K-B法,ESBLs志贺菌表型确证采用纸片法;CTX-M、OXA、TEM和SHV耐药基因采用PCR法;耐药基因分型采用核苷酸序列法,用BLAST分析比较确定基因型别。结果药敏筛检出69株耐三代头孢菌素志贺菌,占ESBLs志贺菌的74.19%。检出CTX-M(CTX-M-1群和CTX-M-9群)、OXA和TEM耐药基因,检出率分别为79.71%、79.01%和26.09%,未检出CTX-M-2群和SHV耐药基因。DNA序列比对CTX-M-1群以CTX-M-15型为主,还检出7个其它型;CTX-M-9群则以CTX-M-14型多,其它型检出6个;49株OXA和18株TEM耐药基因测序后均为1型(OXA-1型和TEM-1型)。携带2种以上耐药基因的志贺菌21株,占30.43%。结论本市志贺菌对头孢曲松等三代头孢菌素耐药率较高,检出的ESBLs酶型种类多,CTX-M(CTX-M-1群的CTX-M-15型和CTX-M-9群的CTX-M-14型)是主流酶型,且可同时携带多种耐药基因,给疾病防控带来困难。OXA-1型的高携带率,提示我们应加强分析。B群志贺菌无论是表型的耐药性,还是耐药基因检出率均高于D群志贺菌,该发现有助志贺菌的扩散与流行研究。     

2015-2017年聊城市腹泻病例中沙门氏菌分子分型及耐药性研究

目的 对2015-2017年聊城地区主动监测哨点医院腹泻患者中分离到的沙门氏菌进行病原学分析,了解沙门氏菌的感染现状及血清型分布、分子分型特征和耐药情况。方法 对2015-2017年分离自腹泻患者的41株沙门氏菌进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)和药物敏感性测试,并用BioNumerics软件分析菌株之间的相似度,用微量肉汤稀释法进行菌株耐药性检测。结果 腹泻患者中沙门氏菌总分离率为7.16%,且不同年龄段分离率存在差异。分离的沙门氏菌共有8个血清型,其中鼠伤寒沙门氏菌和肠炎沙门氏菌分别为18株和7株,为优势血清型;PFGE分析发现41株菌共产生了34种不同的PFGE带型,相同血清型的沙门氏菌的PFGE带型比较相近,不同血清型的PFGE带型具有多态性,未发现菌株成簇存在现象。测试菌株对四环素耐药率最高为73.17%,多重耐药率达68.29%,发现6株携带不同耐药基因类型的产广谱β-内酰胺酶的鼠伤寒沙门氏菌。结论 聊城地区沙门氏菌具有一定的血清型及遗传的多样性,高耐药和多重耐药现象严重,应加强病例及环境联合耐药监测。     

产新德里金属β-内酰胺酶大肠埃希菌耐碳青霉烯类药物相关机制研究和分子分型

目的 研究某三甲医院临床分离的产新德里金属β-内酰胺酶(NDM)大肠埃希菌的耐药机制和分子流行病学特征。方法 在某三甲医院收集的耐碳青霉烯类大肠埃希菌中利用聚合酶链反应(PCR)筛查是否携带NDM基因,通过测序确定NDM型别并进一步检测其它碳青霉烯酶相关基因和广谱β-内酰胺酶类耐药基因。通过载体构建和表达研究NDM-1、NDM-6及NDM-9对亚胺培南的水解能力。采用多位点序列分型(MLST)对产NDM大肠埃希菌进行分子分型。结果 共筛选出8 株携带NDM大肠埃希菌,其中2株为NDM-9型,6株为NDM-6型。4株大肠埃希菌同时携带NDM-6、TEM和CTX-M-1基因,1 株同时携带NDM-6、TEM和CTX-M-9基因。携带NDM-1、NDM-6与NDM-9重组菌对亚胺培南均耐药,最小抑菌浓度(MIC)分别为32 μg/mL、128 μg/mL和64 μg/mL。产NDM大肠埃希菌MLST分型结果为ST226、ST648和ST1284型各1 株,ST101型5 株,此5 株均来源于神经内科。结论 首次发现同时携带NDM-6、TEM和CTX-M-1基因和携带NDM-6、TEM和CTX-M-9基因的大肠埃希菌,NDM-6、NDM-9对亚胺培南的耐药性比NDM-1强,应引起重视。MLST分型结果提示某三甲医院可能存在耐碳青霉烯类大肠埃希菌的院内局部传播。     

上海市汤卜逊沙门菌流行特征分析

目的研究上海市汤卜逊沙门菌暴发菌株的流行特征。方法调查和收集本地区在全球沙门菌监测(GSS)腹泻病例中分离的汤卜逊沙门菌散发和暴发病例的菌株,并经过系统表型鉴定和耐药性分析;脉冲凝胶电泳(PFGE)选用:XbaⅠ限制性内切酶,聚类软件选用BioNumerics4.0软件。结果2007年GSS分离汤卜逊沙门菌22株,在上海市非伤寒沙门菌型的确诊腹泻病例中排第3位,2007年黄浦区中心医院报告的8株集聚性腹泻病例分离的汤卜逊沙门菌对四环素、奥格门丁、氨苄西林、氯霉素、萘啶酸、磺胺异恶唑6种抗生素的耐药率均为100%,耐药谱明显高于其他散发病例菌株。20株腹泻株和2株食品被PFGE图谱分为15个带型,其中8株暴发菌株显示单一PFGE图谱,其余14个PFGE带型的菌株均仅有1株,分别来自汤卜逊沙门菌散发菌株(12株)和食品株(2株),菌株间的遗传相似度不高。结论2007年10月上海市黄浦区某工地发生的1起暴发病例是由在遗传上完全相同的汤卜逊沙门菌的多重耐药克隆株引起的,PFGE技术可以通过菌株之间的分子同源性关系来证实监测病例中存在的局部暴发病例。     

山东省动物源沙门氏菌MLST和血清分型与分布研究

目的比较动物源沙门氏菌多位点序列分型(MLST)与血清分型的差别,获得动物源沙门氏菌在山东省的分布规律。方法从山东部分地区分离78株鸡源沙门氏菌、56株鸭源沙门氏菌和20株猪源的沙门氏菌,PCR扩增七段沙门氏菌内部保守的片段序列进行多位点序列分型,同时用玻片凝集法分析其血清型。结果血清分析结果表明,鸡源沙门氏菌检出6种血清型,其中肠炎沙门氏菌占88.5%、印第安纳沙门氏菌占5.1%、汤卜逊沙门氏菌占2.6%、鼠伤寒沙门氏菌占1.3%、山夫登堡沙门氏菌占1.3%、阿格玛沙门氏菌占1.3%;鸭源沙门氏菌检出2种血清型,其中肠炎沙门氏菌占67.9%、鼠伤寒沙门氏菌占32.1%;猪源沙门氏菌检出3种血清型,其中鼠伤寒沙门氏菌占65%、德贝儿沙门氏菌占20%、肠炎沙门氏菌占15%。通过MLST分型,鸡源检出7种ST型:ST11、ST19、ST26、ST128、ST14、ST17和New1;鸭源检出3种ST型:ST11、ST19和New2;猪源检出3种:ST34、ST40和ST3007。结论整体来看,分离菌的血清型和ST型数量比较接近,二者分型能力相近。     

动物源沙门菌的耐药表型、基因型及流行特征研究

目的 研究动物源沙门菌耐药及流行特征。方法 对116株动物源沙门菌进行血清学分型、药物敏感试验、耐药基因(簇)检测和多位点序列(MLST)分析。结果 鸡源沙门菌多为ST11克隆肠炎沙门菌和ST17克隆印第安那沙门菌,猪源沙门菌多属于ST40克隆德尔卑沙门菌。ST11克隆主要表现为对氨苄青霉素、萘啶酸、四环素、头孢哌酮耐药,且多数为多重耐药(MDR);ST17克隆多数对9种以上的药物特别是头孢类及氟喹诺酮类耐药,为超级耐药(Super-MDR)克隆。ST11克隆中blaTEM-1-like携带率最高,ST17克隆中blaOXA-1-like、blaCTX-M、blaTEM-1-like及floR、aadA2、sul1及aac(6')-1b高携带率是其成为超级耐药克隆的主要原因。结论 抗菌药物特别是头孢类、氟喹诺酮类药物在动物生产中应当控制使用,对控制耐药菌的产生及传播有重要意义。     

Diversity of genotypes in CTX-M-producing Klebsiella pneumoniae isolated in different hospitals in Brazil

ObjectiveThe present study was undertaken to characterize CTX-M ESBL-producing Klebsiella pneumoniae collected from hospitals in different cities of Brazil.Material and MethodsEighty-five K. pneumoniae strains isolated from hospitalized patients in six different hospitals of three cities of Brazil were analyzed. ESBL production was confirmed by the standard double-disk synergy test and the Etest^®. The MIC₅₀ and MIC₉₀ for ESBL-producing isolates were determined by the Etest^® method. The antimicrobial susceptibilities of bacterial isolates were determined using the agar diffusion method according to the CLSI. Screening for bla_TEM, bla_SHV, bla_CTX-M genes and class 1 integron was performed by PCR amplification. To determine the genomic diversity of CTX-M-producers, isolates were analyzed by macrorestriction profile analysis following PFGE.Results and DiscussionSeventy-one K. pneumoniae isolates were ESBL-producing. PCR and sequencing experiments detected 38 CTX-M-producing K. pneumoniae belonged to groups CTX-M 1, CTX-M 2, CTX-M 8 and CTX-M 9. The association of different types ESBL (CTX-M, SHV and TEM) was frequent. All K. pneumoniae isolates carried class 1 integron. PFGE analysis revealed thirty-one clonal types among CTX-M-producing isolates. The data presented herein illustrate the diversity of genotypes of CTX-M producing K. pneumoniae among Brazilians hospitals.     

Molecular epidemiology of CTX-M producing Enterobacteriaceae isolated from bloodstream infections in Rio de Janeiro,Brazil: emergence of CTX-M-15

ObjectiveThe present study was designed to evaluate the molecular epidemiology of CTX-M producing Klebsiella pneumoniae, Enterobacter cloacae and Escherichia coli isolated from bloodstream infections at tertiary care hospitals in the State of Rio de Janeiro, Brazil.Material and methodsA total of 231 nonduplicate Enterobacteriaceae were isolated from five Brazilian hospitals between September 2007 and September 2008. The antimicrobial susceptibility testing was performed by disk diffusion method according to the Clinical Laboratory Standard Institute. Isolates showing resistance to third-generation cephalosporins were screened for ESBL activity by the double-disk synergy test. The presence of bla_CTX-M, bla_CTX-M-15 and bla_KPC genes was determined by Polymerase Chain Reaction (PCR) amplification and DNA sequencing. The molecular typing of CTX-M producing isolates was performed by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE).Results and discussionNinety-three isolates were screened as ESBL positive and 85 (91%) were found to carry CTX-M-type, as follows: K. pneumoniae 59 (49%), E. cloacae 15 (42%), and E. coli 11 (15%). Ten isolates resistant for carbapenems in K. pneumoniae were bla_KPC-2 gene positive. Among CTX-M type isolates, CTX-M-15 was predominant in more than 50% of isolates for K. pneumoniae, E. coli, and E. cloacae. PFGE analysis of CTX-M producing isolates showed the predominance of CTX-M-15 in 10 of 24 pulsotypes in K. pneumoniae, 6 of 13 in E. cloacae and 3 of 6 in E. coli. CTX-M-15 was also predominant among KPC producing isolates. In conclusion, this study showed that CTX-M-15 was circulating in Rio de Janeiro state in 2007–2008. This data reinforce the need for continuing surveillance because this scenario may have changed over the years.     

质粒介导的印第安纳沙门氏菌耐药机制及分子溯源研究

目的 通过全基因测序方-法(NGS)分析印第安纳沙门氏菌耐药克隆的质粒结构特征并与肠杆菌科质粒BLAST分子溯源,通过质粒消除研究其耐药表型和基因型的变化,探索印第安纳沙门氏菌耐药克隆成因及起源。方法 通过对2株(编号222、15)泛耐药印第安纳沙门菌全基因测序结-果尤其是其质粒序列耐药I类整合子、耐药基因、移动元件的分析,并与NCBI中28株肠杆菌科菌的质粒BLAST比对溯源。 对3株印第安纳沙门氏菌(编号15、38、222),1株肠炎沙门氏菌(编号17)、1株鼠伤寒沙门氏菌(编号32)、1株德尔卑沙门氏菌(编号163)进行高温-SDS质粒消除试验并比较质粒消除后菌株耐药表型及基因型的变化。结果 全基因测序结-果显示5株菌株拥有1个带有1个以上的耐药I类整合子及多个转座酶(Tns)和插入序列(ISs)等多种移动元件的结构相似、携带大量耐药基因且同源性大于99%的质粒(>210 000 bp)。经质粒消除实验后菌株15、38对四环素、庆大霉素、环丙沙星、阿奇霉素、阿米卡星等抗生素恢复敏感,菌株222对头孢噻圬、庆大霉素、环丙沙星、萘啶酸、卡那霉素等抗生素恢复敏感。菌株15不再携带TEM-1、OXA-1、sul1、aacC4、dfrA17、floR、qnrB等7种耐药基因,菌株38不再携带TEM-1、OXA-1、CTX-M、sul1、aacC4、dfrA17、floR,菌株222不再携带TEM-1、OXA-1、sul1、aacC4、aac6-1b。BLAST溯源结-果表明印第安纳携带的质粒与大肠杆菌质粒高度相似,同源性大于99%。结论 印第安纳沙门氏菌拥有含耐药I类整合子、多种移动元件(Tns)、插入序列(ISs)及大量耐药基因的耐药质粒是印第安纳沙门氏菌泛耐药克隆形成的主要原因。该质粒可能是其进化过程中从大肠杆菌类菌中获得。