肌腱膜纤维肉瘤癌基因B型同系物基因的单核苷酸多态性与非综合征型唇腭裂关联研究

目的揭示位于染色体20q12的肌腱膜纤维肉瘤癌基因B型同系物基因(v-maf musculoaponeurotic fibrosarcoma oncogene homolog B,MAFB)上游单核苷酸多态性位点rs17820943与中国南方汉族人群非综合征型唇腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)发病的相关性。方法采用引物单碱基延伸、基质辅助激光解析-电离飞行时间质谱分析法检测了300例NSCL/P患者(病例组)和354例健康志愿者(对照组)以及168个完整患儿-健康父母3人核心家系的rs17820943基因型。并以测定的基因型为基础分别进行病例-对照研究以及患儿-健康父母3人家系研究。结果 rs17820943的等位基因和基因型频率在病例组与对照组间差异均有统计学意义(P等位基因=0.001和P基因型=0.002)。其中等位基因T(频率病例∶对照=0.358∶0.448)和基因型TT(频率病例∶对照=0.110∶0.195)的比值比(oddsratio,OR)和95%可信区间(95%confidence interval,95%CI)值分别为ORT=0.69(95%CI:0.55～0.86)和ORTT=0.43(95%CI:0.26～0.70)。患儿-健康父母3人家系研究也表明该位点与NSCL/P存在强阳性关联(ORT vs.C=0.55,95%CI:0.41～0.75,传递不平衡检验P=0.000)。结论 MAFB基因的rs17820943位点的单核苷酸多态性与中国南方汉族人群的NSCL/P易感性相关,表明MAFB基因可能是NSCL/P的易感基因。     

IL-17基因rs2275913多态性与胃癌易感性的Meta分析

目的:探讨IL-17基因rs2275913多态性与胃癌易感性的关系。方法:检索多个国内外数据库,收集有关IL-17基因GA多态性位点rs2275913(G197A)与胃癌易感性的病例-对照研究。筛选文献、提取数据和文献质量评价后,采用STATA 12.1统计软件进行Meta分析。结果:最终纳入10个病例-对照研究,其中病例组4 371例,对照组5 345例。Meta分析结果显示,IL-17基因rs2275913位点多态性的等位基因模型(A vs.G)(OR=1.22,95%CI=1.10~1.37)与相加模型(AA vs.GG)(OR=1.58,95%CI=1.23~2.04)胃癌风险增加,显性模型(AG+GG vs.AA)(OR=0.63,95%CI=0.48~0.84)、隐性模型(GG vs.AG+AA)(OR=0.86,95%CI=0.78~0.94)胃癌风险降低(均P0.05),但共显性模型(AG vs.AA+GG)(OR=0.91,95%CI=0.78~1.07)与罹患胃癌的风险无明显关系(P0.05)。结论:IL-17基因rs2275913多态性的与胃癌易感性密切相关。     

FGFR1基因rs13317多态性与中国华东地区部分人群非综合征性唇腭裂的相关研究

目的 探讨FGFRI基因rs13317位点多态性与中国华东地区部分人群非综合征性唇腭裂发生的相关性.方法 选取50个NSCL/P的核心家庭为实验组,选取50个正常儿童作为对照组.应用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法,进行FGFR1基因rs13317多态性检测.进行人群关联研究分析、病例组核心家庭TDT、HHRR、FBAT等遗传检验统计分析.结果 对患儿组和对照组等位基因频数进行病例对照研究发现,分布差异无统计学意义(P>0.05);病例组核心家庭TDT检验X2=0.2,P>0.05;HHRR检验x2=0.209,P>0.05;FBAT检验Z=0.447,P>0.05.结论 FGFR1基因rs13317位点多态性与中国华东地区部分人群NSCL/P的发生无相关性,可能不是该人群NSCL/P的主要易感因素.     

TP53基因rs1042522单核苷酸多态性与男性不育相关性研究

目的:探讨肿瘤蛋白p53(TP53)基因rs1042522位点单核苷酸多态性与男性不育的关系。方法:采用病例-对照研究,收集南京地区特发性男性不育患者380例(病例组),有生育史的健康男性398例(对照组);并将病例组分为无精子症组(n=140)和少精子症组(n=240)。用Sequence Mass Array技术检测TP53基因rs1042522位点的基因型,通过Logistic回归分析该位点多态性与男性不育的相关性。结果:病例组与对照组前向运动精子百分率[(10.38±5.57)%vs(42.55±9.57)%]、精子浓度[(13.13±24.96)×106/ml vs(77.34±49.24)×106/ml]、T[(14.07±5.36)nmol/L vs(11.89±4.50)nmol/L]、FSH[(16.80±18.20)U/L vs(4.55±7.17)U/L]存在显著性差异(P0.05)。经Logistic回归分析,未发现各基因型与男性不育有统计学意义的相关性,亚组分析也未发现相关性。结论:TP53基因rs1042522位点的单核苷酸多态性与男性不育无显著相关性。     

SKI基因多态性与中国华东地区部分人群非综合征性唇腭裂的相关研究

目的：探讨SKI基因257C〉G多态与中国华东地区部分人群非综合征性唇腭裂（NSCL／P）发生的关系。方法：采用病例对照设计，应用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP），进行SKI基因257C〉G多态性检测，并进行遗传统计分析。结果：对于SKI基因257C〉G，8个杂合子父母及患儿的核心家庭TDT检验（x^2=3．56，P〉0．05）；50例NSCL／P患儿和50例正常儿童基因型及等位基因频数病例对照研究（x^2=2．08，P〉0．05）。结论：SKI基因257C〉G位点多态与中国华东地区部分人群NSCL／P的发生无相关性，可能不是NSCL／P的主要易感基因。     

DNA损伤修复基因XRCC1 rs25487单核苷酸多态性与男性不育关系的Meta分析

目的通过Meta分析系统评价DNA损伤修复基因XRCC1 rs25487基因多态性与男性不育的相关性。方法通过检索PubMed、CBM、中国知网及万方数据库中关于XRCC1 rs25487基因多态性与男性不育相关性的病例对照研究,由两名独立研究者按照纳入及排除标准获取文献,收集相关数据。采用Review Manager 5.3软件对纳入文献进行数据处理,通过5种比较模型分析XRCC1 rs25487多态性与男性不育发生之间的相关性。结果共纳入符合标准的7篇文献,包含病例组1 579例和对照组1 013例。Meta分析结果显示XRCC1 rs25487多态性与男性不育发生之间无明显相关性。5种比较模型中,等位基因模型A vs. G:OR=1.06,95%CI(0.83,1.36),P=0.64;显性模型AA+AG vs. GG:OR=1.08,95%CI(0.76,1.54),P=0.67;隐性模型AA vs. GG+AG:OR=1.03,95%CI(0.77,1.36),P=0.85;纯合模型AA vs. GG:OR=1.03,95%CI(0.77,1.36),P=0.85;杂合模型AG vs. GG:OR=1.04,95%CI(0.72,1.51),P=0.82。以种族和病例数(200或200)进行亚组分析,结果显示5种模型下差异均无统计学意义(P0.05)。结论 DNA损伤修复基因XRCC1 rs25487位点多态性与男性不育发生之间无明显相关性。     

雌激素受体β基因多态性与非梗阻性无精子症关系的Meta分析

目的利用Meta分析系统评价雌激素受体β(ERβ)的Rsa I(rs1256049)和Alu I(rs4986938)位点基因多态性与非梗阻性无精子症(NOA)的相关性。方法检索国内外各数据库关于ERβ与NOA的相关文献, 其中国外数据库包括PubMed、Medline、Embase、Web of Science、Cochrane Library, 国内数据库包括中国知网、万方数据库, 检索时间从建库至2020年10月1日。利用STATA 12.0软件计算优势比及95%置信区间(95%CI)评价其相关性, 并进行异质性、敏感性和发表偏倚分析。结果共纳入5篇病例对照研究, 其中病例组702例, 对照组1 323例。对于Rsa I(rs1256049)基因位点, G vs. A(OR=0.580, 95%CI:0.380～0.900)、GG vs. AG+AA(OR=0.560, 95%CI:0.360～0.860)、GG vs. AG(OR=0.569, 95%CI:0.374～0.894)三种模型结果均与NOA具有明显的相关性(均P<0.05), 提示G等位基因是NOA的保护性因...     

江浙地区汉族人群非综合征性唇腭裂与PVRL 1exon 3多态性的相关研究

目的 探讨PVRL 1基因外显子3(poliovims receptor-related 1 exon 3,PVRL 1 exon 3)多态性与江浙地区汉族人群非综合征性唇腭裂(nonsyndromic cleft lip and/or palate,NSCL/P)的相关性. 方法 NSCL/P患者与双亲组成一核心家庭,共50个核心家庭(135人),应用聚合酶链反应-单链构象多态分析技术及测序的方法对NSCL/P患者PVRL 1 exon 3的多态性进行检测. 结果 测序结果与GenBank中PVRL 1 exon 3标准序列比对,未发现W185X突变,也未发现另外可信的多态性位点. 结论 非综合征性唇腭裂的发生与PVRL 1 exon 3多态性无相关性.     

COX-2基因–765G>C位点多态性与结直肠癌易感性的meta分析

目的采用meta分析的方法定量评价环氧化酶-2(COX-2)基因–765GC位点多态性与结直肠癌易感性的关系。方法计算机检索Pub Med、Embase、The Cochrane Library、CNKI、CBM、VIP和万方数据库,搜集有关COX-2基因–765GC位点多态性与结直肠癌发病风险相关性的病例对照研究,检索时限均从建库至2016年5月。由两位评价员独立筛选文献并提取资料,采用Stata 12.0软件进行meta分析。结果共纳入13个病例对照研究,包括4 998例结直肠癌患者和7 750位健康对照者。总体人群的meta分析结果显示:COX-2基因–765GC位点多态性与结直肠癌易感性无关[GG vs.GC:OR=0.98,95%CI(0.89,1.07),P=0.590;GC vs.CC:OR=0.85,95%CI(0.65,1.11),P=0.236;GG vs.CC:OR=0.86,95%CI(0.66,1.12),P=0.275;GG+GC vs.CC:OR=0.87,95%CI(0.67,1.13),P=0.288);GG vs.GC+CC:OR=0.97,95%CI(0.89,1.05),P=0.425]。亚组分析结果显示,COX-2基因–765GC位点多态性的GG vs.GC和GG vs.GC+CC模型与亚洲人种结直肠癌的易感性可能有关[GG vs.GC:OR=0.70,95%CI(0.58,0.86),P=0.001;GG vs.GC+CC:OR=0.71,95%CI(0.58,0.87),P=0.001],而其他模型与结直肠癌的易感性无关[GC vs.CC:OR=1.74,95%CI(0.61,5.00),P=0.301;GG vs.CC:OR=1.18,95%CI(0.40,3.45),P=0.762;GG+GC vs.CC:OR=1.50,95%CI(0.53,4.23),P=0.440];COX-2基因–765GC位点多态性与高加索人种结直肠癌的易感性无关[GG vs.GC:OR=1.05,95%CI(0.95,1.16),P=0.321;GC vs.CC:OR=0.80,95%CI(0.61,1.01),P=0.129;GG vs.CC:OR=0.85,95%CI(0.64,1.11),P=0.228;GG+GC vs.CC:OR=0.83,95%CI(0.64,1.09),P=0.198;GG vs.GC+CC:OR=1.03,95%CI(0.94,1.13),P=0.526]。结论当前证据显示,COX-2基因–765GC位点多态性可能与亚洲人种结直肠癌易感性有关,而与高加索人种结直肠癌易感性无关。     

东北汉族人群中IRF6基因单核苷酸多态性与非综合征唇腭裂的相关性研究

目的探讨干扰素调节因子6基因rs2235371,rs2013162位点单核酸多态性与中国东北部人群的非综合征唇腭裂的相关l生。方法收集东北地区非综合征唇腭裂患儿165例,患者父亲109例,患者母亲118例,核心家系101例,对照组164例。采用聚合酶连一限制性片段长度多态性方法检测基因多态位点的基因型,进行病例对照和传递不平衡（TDT）分析。结果病例对照研究结果显示,单纯唇裂和唇腭裂rs2235371位点的GG基因型频率存在显著差异（P〈0．05）,而在单纯腭裂组比较,差异无统计学意义（P=0．11）。采用传递不平衡分析研究发现,干扰素调节因子6基因rs2235371位点的G等位基因在唇腭裂患者中存在过度传递（P〈0．05）,而在腭裂组没有统计学意义。rs2013162位点基因型无明显统计学意义。但c等位基因在单纯唇裂组与唇腭裂都存在过度传递。rs2235371与rs2013162位点的FBAT分析中未见统计学意义。结论干扰素调节因子6基因rs2235371位点G等位基因与东北人群的非综合征唇腭裂存在相关性。     

α转化生长因子基因BamHⅠ限制酶切片段长度多态性与广东地区人群非综合征性唇腭裂的关系

目的 探讨中国广东地区人群非综合性唇腭裂与α转化生长因子(transforming growth factor α,TGF-α)基因多态性的关系.方法 应用聚合酶链式反应-限制酶切片段长度多态性(PCR-RFLP)核苷酸分型技术,以BamH Ⅰ限制性内切酶消化PCR扩增产物,对107例非综合征性唇裂或唇腭裂(nonsyndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)患者,136例正常人为对照组的TGF-α/BamH Ⅰ等位基因多态性进行分析.结果 NSCL/P患者的A1等位基因频率比正常对照组明显增高,差异有统计学意义(P＜0.05).NSCL/P患者中,有家族史与无家族史者等位基因频数,差异无统计学意义(P＞0.05);双侧NSCL/P患者与单侧NSCL/P患者的TGF-α/BamH Ⅰ基因型频率,差异无统计学意义(P＞0.05).结论 中国广东地区人群NSCL/P患者TGF-α基因中存在BamH Ⅰ多态性位点,TGF-α基因BamH Ⅰ位点与中国广东地区人群NSCL/P的发生有关.     

Sequencing of the interferon regulatory factor 6 (IRF6) gene and correlation to its phenotypes in familial non-syndromic cleft lip and palate in North Indian population

Background

The incidence of orofacial clefting varies depending upon geographical location, ethnicity, sex and even socioeconomic status. The study aimed to test the contribution of interferon regulatory factor 6 (IRF6) gene allelic variation to the incidence of non-syndromic cleft lip and/or cleft palate (CL/P) from the population of North India.

Methods

Patients from 12 North Indian families with non-syndromic cleft lip with or without cleft palate (NSCL/P) with at least two members affected were clinically evaluated and tested. DNA was extracted from the blood, and three exonic part of the IRF6 gene (exons 2, 5 and 7) were amplified by PCR. Direct sequencing was performed by PCR product, and sequencing results were compared with the reference DNA sequence of the IRF6 gene.

Results

Three SNPs (rs861019, rs2013162 and rs2235372) in 4 out of 12 families were observed. SNP rs861019 was detected in family no. 4 (F4) around exon 2, SNP 2013162 was detected in family no. 10 (F10) and SNP 2235372 was detected in family nos. 5 and 9 (F5 and F9).

Conclusions

This study demonstrates that the three SNPs within the IRF6 gene are associated with NSCL/P, suggesting IRF6 gene sequence variability and variation in this gene, providing first genetic clue to the NSCL/P phenotype in North Indian families. This is our initial step to demonstrate the involvement of the IRF6 gene in NSCL/P patients in North India. Further extensive study and statistical analysis are needed to validate our result. Level of Evidence: Level IV, diagnostic study.     

MTHFR基因C677T和A1298C多态与中国部分人群非综合征性唇腭裂的相关研究

目的 探讨MTHFR基因C677T和A1298C多态与非综合征性唇腭裂（NSCL／P）发生的关系。方法 采用病例对照设计，应用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性（PCR—RFLP）方法，进行亚甲基四氢叶酸还原酶（MTHFR）基因C677T和A1298C多态性检测，并进行遗传统计分析。结果 对于MTHFR基因C677T，48个杂合子父母及患儿的核心家庭TDT检验（X^2=0．02，P〉0．05）；76例NSCL／P患儿和60例正常儿童基因型及等位基因频数病例对照研究（X^2=9．91，P〈0．05）。而MTHFR基因A1298C，27个杂合子父母及患儿的核心家庭TDT检验（X^2=4．00，P〈0．05）；76例NSCL／P患儿和60例正常儿童基因型及等位基因频数病例对照研究（X^2=4．42，P〈O．05）。结论 MTHFR基因C677T位点多态与NSCL／P的发生相关，MTHFR基因A1298C位点多态可能是NSCL／P的遗传易感因子。     

Single nucleotide polymorphism of bone morphogenetic protein 4 gene: A risk factor of non-syndromic cleft lip with or without palate

Background:

The bone morphogenetic protein (BMP) signalling pathway is crucial in a number of developmental processes and is critical in the formation of variety of craniofacial elements including cranial neural crest, facial primordium, tooth, lip and palate. It is an important mediator in regulation of lip and palate fusion, cartilage and bone formation.

Aim:

To study the role of mutation of BMP4 genes in the aetiology of non-syndromic cleft lip with or without palate (NSCL ± P) and identify it directly from human analyses.

Materials and Methods:

A case-control study was done to evaluate whether BMP4T538C polymorphism, resulting in an amino acid change of Val=Ala (V152A) in the polypeptide, is associated with NSCL ± P in an Indian paediatric population. Genotypes of 100 patients with NSCL ± P and 100 controls (in whom absence of CL ± P was confirmed in three generations) were detected using a polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism strategy. Logistic regression was performed to evaluate allele and genotype association with NSCLP.

Results:

Results showed significant association between homozygous CC genotype with CL ± P (odds ratio [OR]-5.59 and 95% confidence interval [CI] = 2.85-10.99). The 538C allele carriers showed an increased risk of NSCL ± P as compared with 538 T allele (OR - 4.2% CI = 2.75-6.41).

Conclusion:

This study suggests an association between SNP of BMP4 gene among carriers of the C allele and increased risk for NSCLP in an Indian Population. Further studies on this aspect can scale large heights in preventive strategies for NSCLP that may soon become a reality.KEY WORDS: Aetiology of non-syndromic cleft lip and palate, bone morphogenetic protein 4 gene, bone morphogenetic protein gene     

TBX22基因多态性与非综合征性唇腭裂相关关系的研究

目的：探讨TBX22基因多态性与中国华东地区部分人群非综合性征唇腭裂的关系。方法：选取80个核心家庭的80例NSCL/P患儿为实验组;选取80例正常儿童作为对照组。分别提取患儿及其父母和正常儿童的外周血DNA。应用聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）分别扩增TBX22基因编码区外显子3的全部序列（包含G359A、A361G突变位点）,然后运用DNA测序技术,检测华东地区核心家庭的TBX22基因编码区的突变情况,分析记录基因型。根据测序所得基因型数据,比较患者组与正常儿童的基因型和等位基因频率,并对核心家庭的数据进行单倍型相对风险分析（haplotype relative risk,HRR）,对父母至少一方为杂合子的核心家庭进行传递不平衡检验（transmitted disequilibrium test,TDT）。结果：TBX22基因A361G未检出多态性;G359A检测出基因多态性,实验组和对照组儿童进行病例对照研究发现基因型频数分布差异有统计学意义（P〈0.05）。而两组间单体型相对风险率的分析（HRR）和传递不平衡检验（TDT）结果均无统计学意义（P〉0.05）。结论：TBX22基因G359A位点多态性与中国华东地区部分人群NSCL/P的发生相关,可能是NSCL/P的易感基因。     

Association of Single-Nucleotide Polymorphisms of MAFB Gene with Nonsyndromic Cleft Lip with or without Cleft Palate in Kinh Vietnamese Patients

Background  Cleft lip with or without palate (CL/P) is the most common orofacial birth defect. Single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in MAFB gene (V-Maf avian musculoaponeurotic fibrosarcoma oncogene homolog B) were identified as susceptible to this defect in a genome-wide association study. To further evaluate its role in this birth defect, we conducted this study with the aim of identifying allele frequencies, genotype frequencies, and association of SNPs rs13041247, rs6065259, and rs6072081 of MAFB gene with nonsyndromic cleft lip/palate (NCL/P) in Kinh Vietnamese patients. Methods  We performed case–control study involved 79 patients with NCL/P and 77 healthy controls. DNAs were extracted from participants'' saliva and tetra-amplification refractory mutation system polymerase chain reaction (tetra-ARMS PCR) was used for genotyping SNPs. Results  SNPs of MAFB gene were genotyped using the Tetra-ARMS PCR method. We found that genotype CT of rs13041247 was associated with an increased risk of NCL/P in Kinh Vietnamese (odds ratio _TCTT [OR _TC/TT ] = 1.63, 95% confidence interval [CI] = 0.83–3.19, p  = 0.17). The G allele genotypes of SNP rs6072081 increase high risk for the malformation, statistically significant result (OR _GG/AA  = 7.06, 95% CI = 2.13–23.42, p  < 0.001). There is no clear association between rs6065259 and CL/P (OR _AA/GG  = 0.75, 95% CI = 0.22–2.50, p  = 0.32; OR _AG/GG  = 1.53, 95% CI = 0.79–2.97, p  = 0.32). When the patients were divided into the phenotypic subgroups, there was a similar significant trend between the patients and controls for all SNPs. Conclusions  Our study provides further evidence of role of MAFB gene variations with NCL/P defect in Kinh Vietnamese.     

唇腭裂1386例发病特点回顾性分析

目的：通过对唇腭裂患者临床资料进行回顾性统计分析,研究该病的发病特点,为唇腭裂的预防及治疗提供临床参考。方法：统计分析2007年1月～2010年1月手术治疗的1386例唇腭裂患者,分别从患者诊断、性别、年龄、出生地,唇腭裂裂型分布情况等方面进行回顾性调查。结果：本组病例中,单纯唇裂356例（25．69％）,唇裂合并腭裂580例（41．84％）,单纯腭裂450例（32．47％）;男809例,女577例,男：女=1．40：1;单侧唇裂伴或不伴腭裂明显多于双侧者,两者之比为5．67：1,其中左侧多于右侧（1．82：1）。结论：唇腭裂发病以唇裂合并腭裂居多,男性发病多于女性,在腭裂患者中女性发病高于男性;单侧发病多于双侧,左侧多于右侧。     

表皮生长因子5'非编码区rs4444903单核苷酸多态性与儿童肾母细胞瘤易感性及预后因素的研究

目的 研究表皮生长因子(epidermal growth factor,EGF)5'非编码区rs4444903单核苷酸多态性(SNP)与儿童肾母细胞瘤易感性及病理分期的关系.方法 采用病例对照研究,收集临床病理确诊的儿童肾母细胞瘤外周血96例,及正常同龄儿童外周血200例,应用聚合酶链反应-连接酶特异检测技术(PCR-LDR)分析两组儿童外周血DNA中EGF rs444490位点的多态性,比较不同基因型与前列腺癌易感性及病理分期的关系.结果 Logistic回归分析显示,儿童携带EGF rs4444903 GG和GG+ GA基因型能增加罹患肾母细胞瘤的风险(OR =2.45,95％CI=1.12～4.87,OR=1.25,95％ CI=1.08～ 2.34,P＜0.05),与患儿病理分期呈正相关(Ⅲ-Ⅴ期vs Ⅰ-Ⅱ期:OR =2.28,95％ CI=1.30 ～4.48,P＜0.01),并且GG/GA携带者其EGF血清表达亦增高(P＜0.05).结论 EGFrs444490位点多态性与肾母细胞瘤易感性及其预后相关,携带GG/GA基因型的肾母细胞瘤患儿预后较差.