DNA条形码序列对9种蒿属药用植物的鉴定

目的 采用DNA条形码序列对9种常见的蒿属药用植物进行鉴定,为常见蒿属药用植物的鉴定提供分子依据。方法 对9种常见蒿属药用植物的4条候选DNA条形码序列（ITS2、rbcL、matK、psbA-trnH）进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增和测序效率,应用BLAST1、Distance方法来评估各序列的鉴定效率。此外,基于MEGA5分析9种常见蒿属药用植物ITS2序列种间K2P遗传距离并构建NJ树。结果 除matK外,其余3条片段的PCR扩增和测序效率均为100%,ITS2序列对9种蒿属药用植物的物种水平鉴定成功率最高,为100%,而psbA-trnH、rbcL、matK、matK＋rbcL的鉴定成功率（BLAST1法）分别为83.3%、66.7%、54.5%、75%。通过ITS2序列的种间K2P遗传距离及NJ树均能将不同物种全部区分。结论 ITS2序列可以作为鉴定蒿属药用植物的潜在条形码。     

葫芦科植物通用DNA条形码的筛选

目的 评价几个热点DNA条形码候选序列对葫芦科植物的鉴别能力。方法 使用ITS2、rbcL、matK和psbA-trnH序列的通用引物对葫芦科植物进行PCR扩增和测序,通过比较各序列的扩增和测序成功率、种内和种间的变异、barcoding gap,并采取相似性探索BLAST 1和最近距离Nearest Distance 方法评价不同序列的鉴别能力。结果 ITS2序列对葫芦科33个属、90个物种、182个样本进行分析,其鉴定成功率较高,在属水平为100.0%,在物种水平为88.5%;psbA-trnH序列对201个样本进行分析,其鉴定成功率在属水平为93.0%,在物种水平为73.1%,但其可以补充部分ITS2不能分析的物种区域。结论 ITS2和psbA-trnH是适合葫芦科植物鉴别的一个较好的DNA条形码序列组合。     

紫苏及其变种的分子鉴定和亲缘关系研究

目的 构建紫苏属种、变种之间系统发育关系,准确鉴别紫苏Perilla frutescens var. arguta、白苏P. frutescens与其他变种。方法 提取紫苏、白苏及其他变种的DNA,对ITS和psbA-trnH序列扩增和测序,计算物种种内（变种内）种间（变种间）Kimura 2-parameter（K2P）遗传距离。采用最简约法（MP）和邻接法（NJ）构建分子系统树,进行系统发育和鉴定分析。结果 ITS和psbA-trnH MP系统树显示白苏和紫苏的不同地域的样本聚为一单系分支（支持率为100%和93%）,紫苏与回回苏构成姐妹群分支（支持率为95%和90%）,野生紫苏和耳齿紫苏构成一单系分支（支持率为100%和90%）;白苏、紫苏与其他变种间的ITS和psbA-trnH序列遗传距离0.008 21～0.018 18和0.002 38～0.029 31,明显大于白苏与紫苏间遗传距离0～0.001 65和0,大于各变种内遗传距离。结论 白苏和紫苏合并为一个种紫苏;紫苏与回回苏亲缘关系最近,野生紫苏与耳齿紫苏亲缘关系最近;ITS和psbA-trnH序列可以准确鉴别紫苏与其他变种。     

河南产不同居群柴胡遗传多样性分析

目的 研究河南野生柴胡遗传多样性。方法 利用伏牛山区和太行山区的4个居群36份个体的ITS序列进行了遗传多样性分析。结果 基于ITS序列共得到13个单倍型（A～M）,单倍型多样性指数（H）为0.758±0.001 3,核酸多样性指数（π）为0.004 73,遗传分化系数（Gst）为0.319 8,种群间基因流（Nm）为0.53。结论 河南野生柴胡种群具有较高的遗传多样性,但部分地区已经造成了柴胡遗传多样性的降低,柴胡种群间地理距离会限制种子介导的基因流。     

我国不同地区天门冬核DNA ITS序列分析

目的 研究我国不同地区天门冬核DNA ITS序列差异及其与地理位置的关系,为不同居群天门冬的鉴定和道地产区的确定提供理论依据。方法 运用PCR法对25个地区的75个样本ITS序列扩增后双向测序,用软件DNAMAN和MEGA 4分析测序结果。结果 每个地区的3个样本的ITS序列基本相同,不同地区样本间的ITS全序列存在一定差异,ITS2片段变异高于ITS1。贵州产天门冬遗传分化度较大,变异位点和信息位点较多。ITS序列构建的系统树表明,同一个地区的3个样本优先聚类,然后是同省的样本聚类,位于北纬24.6°～36.6°和22.2°～24.4°的样本分别聚为1大支;第1大支中包括青海、湖南和贵州省的样本,第2大支则包括浙江、广东、云南和广西4省的样本。结论 ITS序列可鉴定不同产地的天门冬,贵州省是天门冬药材道地产区之一,不同地区天门冬的亲缘聚类主要与纬度相关,与经度关系不大。     

基于ITS2序列的羌活及其混伪品的DNA条形码鉴定

目的 对羌活及其混伪品进行分子鉴定,以确保该药材的质量以及临床疗效。方法 利用PCR测序法,对样品进行核基因ITS2片段扩增并双向测序,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,用软件MEGA 4.0进行相关数据分析,并构建邻接（NJ）树。利用已建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构。结果 羌活与宽叶羌活ITS2序列长度均为228 bp,二者种内平均K2P（Kimura-2-parameter）遗传距离均远远小于其与混伪品的种间平均K2P遗传距离;由所构建的系统聚类树图可以看出,羌活与宽叶羌活均表现出了单系性,而同时又与其他混伪品明显分开;比较ITS2二级结构发现,羌活基原植物与其混伪品在4个螺旋区的茎环数目、大小、位置以及螺旋发出时的角度均有明显差异。结论 ITS2序列作为DNA条形码可以方便快捷地鉴别羌活及其混伪品,为其种质资源鉴定及临床安全用药提供了重要分子依据。     

石豆兰属植物rDNA ITS序列的克隆与分析

目的 通过测定11种石豆兰属植物的ITS序列,为石豆兰属植物分子鉴定和遗传多样性研究提供依据。方法 利用PCR法从叶片基因组DNA中克隆ITS序列,并借助生物信息学软件对其进行分析。结果 11种石豆兰属植物的ITS全长为633～645 bp,5.8 S序列长度162 bp,ITS1和ITS2序列变异位点丰富,共168个,其中信息位点95个,序列存在大量的转换、颠换和缺失;5.8 S序列较为保守,仅含6个变异位点和2个信息位点;11种石豆兰属植物的遗传距离为0.002 2～0.212 0,其中齿瓣石豆兰与斑唇石豆兰之间的遗传距离最小,亲缘关系最为接近。序列已上传至NCBI,登录号为JN619409～JN619419。结论 获得了11种石豆兰属植物的rDNA ITS序列,为石豆兰属植物分子鉴定和遗传多样性研究奠定了基础。     

铁线莲属8种药用植物ITS序列分析

目的 通过测定并比较柱果铁线莲、单叶铁线莲、威灵仙、山木通、毛蕊铁线莲、转子莲、女萎和天台铁线莲的ITS序列,为铁线莲属药用植物的分子鉴定提供依据。方法 利用PCR法从叶片基因组DNA中扩增ITS,借助Clustal X、MEGA、DNASTAR等软件比较和分析ITS的序列特征。结果 铁线莲属8种药用植物ITS1与ITS2之间的长度为534～561 bp,变异位点50个,信息位点22个;天台铁线莲与转子莲的遗传距离最小,与女萎遗传距离最大,亲缘关系最远。序列已提交至NCBI数据库,登录号为JF714638－JF714645。结论 获得铁线莲属8种药用植物的ITS序列,为分子鉴定奠定了基础。     

冬虫夏草促繁地土壤真菌种群结构的变性梯度凝胶电泳技术分析

目的 采用变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术对冬虫夏草促繁地土壤真菌多样性进行初步研究。方法 利用PCR方法选择特异性引物ITS3-GC和ITS4扩增ITS rDNA基因的ITS2片段,结合DGGE分离技术,并借助生物信息学软件进行分析。结果 所测的土壤样品中真菌ITS2基因序列与GenBank已报道的丝盖伞属Inocybe (Fr.) Fr.、口蘑属Tricholoma (Fr.) Staude、根肿黑粉菌属Entorrhiza C.A. Weber及未确定的子囊菌Ascomycota、土壤真菌等的序列相似性较高,土壤真菌种群结构相似性仅有19.4%～50.1%。结论 冬虫夏草促繁地土壤真菌多样性丰富。     

灰毡毛忍冬自然群体遗传多样性的SRAP研究

目的 研究灰毡毛忍冬自然群体的遗传多样性。方法 以15个不同来源地的野生灰毡毛忍冬及2个花蕾型栽培品种为试材,通过SRAP分析,利用Popgene及Treeconw软件分析处理数据,UPGMA方法聚类,构建亲缘关系系统图。结果 通过筛选得到24对SRAP引物,扩增出239条条带,其中210条为多态性条带,多态性条带比率为87.8%;Nei′s多样性指数He为0.239 9,Shannon多样性指数I为0.372 4;从DNA分子水平揭示出灰毡毛忍冬存在着丰富的遗传多样性。遗传相似系数在0.442 3～0.940 2。用UPGMA法得到所有样本的聚类图,可分为两大类群。结论 灰毡毛忍冬有着丰富的遗传多样性,SRAP技术可有效运用于灰毡毛忍冬的遗传分析。     

毛黄堇和石生黄堇的ITS序列差异分析

目的 从分子水平鉴别濒危药用植物毛黄堇和石生黄堇的差异。方法 分别从毛黄堇和石生黄堇的叶片中提取DNA,以核基因组通用引物为引物进行扩增,扩增产物经纯化后对PCR产物采用直接测序法进行测序。结果 获得ITS及5.8 S rDNA完全序列,分别为毛黄堇561 bp、石生黄堇552 bp;二者的ITS序列差异呈显著性,其中ITS1差异性达16.28%,ITS2差异性达21.21%。结论 ITS序列可有效地鉴别毛黄堇和石生黄堇,并可广泛应用于中药材的鉴别。     

基于DNA条形码区域的中药地鳖隐存物种多样性发现研究

[目的]基于DNA条形码COI数据,发现地鳖(土鳖虫主要基原)内部可能的隐存多样性。[方法]对8批33个地鳖个体的线粒体COI片段进行PCR扩增及序列测定。分析COI序列单倍型,分析变异位点,运用邻接法、最大简约法分别构建分子系统发育树,结合种群(批次)内及临时种间的遗传距离发现隐存多样性。[结果]根据系统发育结果区分临时种EsPS1及EsPS2。分析得到COI基因的物种间阈值SST为5.33%。临时种EsPS1与EsPS2间的最小遗传距离为12.00%,显著大于物种间阈值SST。[结论]地鳖内部存在隐存物种多样性。     

浙江西南野生金银花种质资源的特性研究

目的 研究浙江西南地区野生金银花种质资源的形态性状、有效成分及遗传特性,为金银花种质资源的开发利用及遗传育种提供依据。方法 采用形态性状调查、HPLC检测及ITS序列分析揭示野生金银花种质的特性。结果 浙江西南地区的6个野生金银花种质在形态性状上差异较小,通过ITS序列分析表明它们之间亲缘关系非常相近,能够与忍冬属其他植物明显区分。6个野生种质与栽培品种之间形态差异和有效成分量差异较大,其中有性状优良的野生种质,如产自浙江省景宁县（ZJJN1）与浙江省青田县（ZJQT）的样品,其绿原酸量分别为1.94%和2.42%,达到《中国药典》2010年版标准。结论 研究野生金银花种质的优良特性,对浙江西南地区野生金银花资源的开发及优良栽培品种的选育具有重要的现实意义。     

益母草类中药原植物的核核糖体内转录间隔区序列分析

目的分析益母草属4种植物nrDNAITS序列,探讨其在益母草药材DNA分子鉴别中的作用。方法对4种益母草属植物分别进行ITS序列的PCR扩增和测序,并运用CLUSTRALX和MEGA软件进行分析。结果测得4种植物的ITS序列,包括ITS1、5.8S和ITS2全长序列以及18S、26S部分序列;益母草及其易混淆的3种植物ITS1、ITS2序列的差异性分别为7.2%～18.8%和14.2%～27%。根据ITS序列特征所构建的系统树与传统分类有所不同。结论ITS序列特征可作为益母草种间鉴别的有效分子标记。     

菟丝子rDNA ITS序列的测定及分析

目的研究菟丝子rDNA-ITS序列特征。方法分别采用PCR产物直接测序法和克隆测序法,对菟丝子属7个种rDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8S rDNA和ITS-2)进行序列测定。结果菟丝子属植物ITS序列总长度约为612 bp,GC含量分别为:ITS-1区53%~63%,5.8S rDNA 48%~55%,ITS-2区46%~56%;苜蓿菟丝子种内的3个地理种发现了3个变异位点。用NJ法构建系统发育树显示:含日本菟丝子Cuscuta.japonica的分支处于系统树靠近基部位置,与之亲缘关系较近的依次为中国菟丝子C.chinensis和杯花菟丝子C.cupulata;余下5个种的分支中田野菟丝子C.campestris和五角菟丝子C.pentagona合为一支,南方菟丝子C.australis和苜蓿菟丝子C.approximata合为一支。结论NJ法建立的发育树与形态学分类基本相符,为菟丝子属植物分类鉴定提供了重要的分子依据。     

长江中下游地区菱属植物的DNA分子鉴别

目的 对野生菱和栽培菱种rDNA ITS片段进行分析，探讨该片段在两大群体中的系统学及鉴别研究意义。方法 对菱的rDNA ITS区进行了PCR扩增、测序，运用clustal、Mega 2．0等软件对ITs区进行序列分析鉴别。结果 获得rDNAI TS1、ITS2和5．8S rDNA完整序列，10个居群菱的ITS1与ITS2序列的长度分别为234～236 bp和220～221 bp，5．8S区均为164bp，不同居群的碱基差异为0．22％～2．94％。变异位点数为16个，信息位点数6个。用NJ法根据ITS序列数据构建系统发生树。结论 尽管菱属各居群间rDNA ITS的差异百分率较小，其亲缘关系较近，但根据ITS序列的特征可以很好地鉴别野生菱、栽培菱，菱属植物有可能都起源于同一种野生类居群。     

显齿蛇葡萄查耳酮合成酶基因cDNA克隆及蛋白质序列分析

目的 对显齿蛇葡萄Ampelopsis grossedentata查耳酮合成酶（CHS）基因进行克隆及序列分析。方法 根据已经克隆的植物基因的保守序列设计一对引物,以显齿蛇葡萄总RNA为模板,采用RT-PCR的方法扩增CHS基因序列并连接到pMD18-T Simple载体上,阳性克隆经PCR检测后进行测序。结果 得到一段1 173 bp的序列,序列分析表明,该片段编码390个氨基酸,与其他高等植物CHS基因氨基酸序列同源性在67.9%以上。结论 首次从显齿蛇葡萄中克隆了CHS基因,为有效利用该基因奠定了基础。     

基于ISSR的新疆贝母属植物遗传多样性研究

目的 通过对新疆贝母属植物进行遗传多样性分析,以期获得新疆贝母属不同种之间的遗传多态性。方法 应用琼脂糖凝胶电泳法结合ISSR分子标记,对所选材料进行遗传多样性与亲缘关系的综合分析。结果 2%琼脂糖凝胶电泳扩增总条带数为185条,其中多态性条带为181条,多态性条带比率（PPB）为97.84%。基于UPGMA软件对10种贝母的遗传差异性分析表明,12个ISSR引物可以将新疆贝母不同种之间遗传差异明显区分开来,其遗传相似系数范围在0.37～0.80,以0.50为最低遗传相似系数,可将10种贝母分成4个大类。结论 揭示了10种贝母种质资源间的遗传多样性与亲缘关系,为新疆野生贝母属植物资源的收集和种间分类等提供理论依据。